View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11120_high_2 (Length: 372)

Name: NF11120_high_2
Description: NF11120
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11120_high_2
NF11120_high_2
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (1-367)||(4697667-4698033)
chr7 (4-362)||(4846503-4846861)
chr7 (4-341)||(4784338-4784675)
chr7 (4-341)||(4816767-4817104)
chr7 (4-286)||(4863165-4863447)
chr7 (4-356)||(4712554-4712906)
chr7 (34-277)||(4661110-4661353)
chr7 (12-277)||(4642988-4643253)
chr7 (4-277)||(4666211-4666484)
chr7 (28-277)||(4671940-4672189)
chr7 (28-363)||(4636157-4636492)
chr7 (31-275)||(4630212-4630456)
chr7 (31-298)||(4652823-4653090)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (58-286)||(18926297-18926525)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (27-146)||(5479308-5479427)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 359; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 4698033 - 4697667
Alignment:
Q  1 tcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4698033 tcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatga 4697934  T
Q  101 actcgtttacaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaac 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4697933 actcgtttacaccttgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaac 4697834  T
Q  201 tccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagttgacgaaccttct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4697833 tccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagttgacgaaccttct 4697734  T
Q  301 tttcttgtcctccacgaactttcttccatttcaatatgagattcaagtcttcttctccttctagcat 367  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4697733 tttcttgtcctccatgaactttcttccatttcaatatgagattcaagtcttcttctccttctagcat 4697667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 4 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 4846861 - 4846503
Alignment:
Q  4 taaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaact 103  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  4846861 taaactagaatcatctctgcatcttcgttgcaatatccaatgagggaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcatctcgatttcattcatgaatt 4846762  T
Q  104 cgtttacaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactcc 203  Q
    | |||| ||| | | |||||||||||||   ||||||||| || ||||||||   | ||| ||||||||||||| ||||||| || ||||||||| ||||    
T  4846761 catttagaccttatcgagaacccggtttacgacgttttatcgcaacaggtgtgagtccattgatgtaacctttgtacacgttgccgaaccctccagctcc 4846662  T
Q  204 aatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagttgacgaaccttctttt 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||     
T  4846661 aatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcttctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggacggtaaagttgaggaaccttctttg 4846562  T
Q  304 cttgtcctccacgaactttcttccatttcaatatgagattcaagtcttcttctccttct 362  Q
     ||||| |||| |||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||| |||||    
T  4846561 tttgtcttccatgaactttcttccatttgaagattagattcaaatcttcttcttcttct 4846503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 4 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 4784675 - 4784338
Alignment:
Q  4 taaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaact 103  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||| |||||    
T  4784675 taaacgagaatcatctctacaccttcattgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaact 4784576  T
Q  104 cgtttacaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactcc 203  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||| || || |||||| || |||| || ||||||||| |||| || || ||||||||||| ||    
T  4784575 cgttcacaccttgttgagaacctggtttaagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaacccc 4784476  T
Q  204 aatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagttgacgaaccttctttt 303  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||     
T  4784475 gatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagctgcttttatttccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaacttgaggaaccttgtttc 4784376  T
Q  304 cttgtcctccacgaactttcttccatttcaatatgaga 341  Q
     ||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  4784375 tttgtcttccatgaactttcttccatttcagtatgaga 4784338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 178; E-Value: 6e-96
Query Start/End: Original strand, 4 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 4817104 - 4816767
Alignment:
Q  4 taaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaact 103  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||| |||||    
T  4817104 taaacgagaatcatctctacaccttcattgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaact 4817005  T
Q  104 cgtttacaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactcc 203  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||| || || |||||| || |||| || ||||||||| |||| || || ||||||||||| ||    
T  4817004 cgttaacaccttgttgagaaccaggtttaagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaacccc 4816905  T
Q  204 aatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagttgacgaaccttctttt 303  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||     
T  4816904 gatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagctgcttttatttccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaacttgaggaaccttgtttc 4816805  T
Q  304 cttgtcctccacgaactttcttccatttcaatatgaga 341  Q
     ||||| |||| ||| ||||||| |||||| |||||||    
T  4816804 tttgtcttccatgaaatttcttcaatttcagtatgaga 4816767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 4 - 286
Target Start/End: Original strand, 4863165 - 4863447
Alignment:
Q  4 taaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaact 103  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||    
T  4863165 taaacgagaatcatctcctcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaact 4863264  T
Q  104 cgtttacaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactcc 203  Q
    | |||| ||| ||||||||||| ||||| | ||||||||| || |||||| |  || |||| || ||||||||| ||||||| || ||||||||||||||    
T  4863265 catttataccttgttgagaacctggtttaagacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactcc 4863364  T
Q  204 aatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaag 286  Q
    |||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4863365 aatgatgaaaatatcgtcaaagttgtttgtagcagctcttatctctgttattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaag 4863447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 4 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 4712906 - 4712554
Alignment:
Q  4 taaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaact 103  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4712906 taaacaagaatcatctctgcatcttcattgcaatatccaatgagggaaactaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcgatttcattcatgaatt 4712807  T
Q  104 cgtttacaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactcc 203  Q
    | |||| ||| ||| ||||||||  |||   ||||||||| || |||||| |   | |||| |||||||||||| ||||||| || || |||||||| ||    
T  4712806 catttagaccttgtcgagaacccaatttacgacgttttatcgcaacaggtatgagtccatcaatgtaacctttgtacacgttgccgaatcctccaacccc 4712707  T
Q  204 aatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagttgacgaaccttctttt 303  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||| | || |||||||||||||||||| |||| |||||||| ||     
T  4712706 gatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatttccactatagtaaaacatcgacacaaatgggatggtaaaattgatgaaccttcatta 4712607  T
Q  304 cttgtcctccacgaactttcttccatttcaatatgagattcaagtcttcttct 356  Q
     || || ||||   |||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||||    
T  4712606 tttatcttccaatgactttctttcatttcaaattgagattcaaatcttcttct 4712554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 34 - 277
Target Start/End: Original strand, 4661110 - 4661353
Alignment:
Q  34 caatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccggtttca 133  Q
    |||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||| |    
T  4661110 caatatcccatgagggacaccaaatgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcgttcatgaactcgttgacaccttgttgagagcccgatttga 4661209  T
Q  134 aacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgt 233  Q
      ||||| || || ||| ||||   | |||| |   |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||| || ||||| |||||    
T  4661210 ggcgtttaatcgcaacaagtgttgatccatcaacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccaatgatgaaatcatcatcaaagttttttgt 4661309  T
Q  234 agcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatggg 277  Q
     || ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||    
T  4661310 ggctgctctgatctctgcaattgtaaagtagcggcacaaatggg 4661353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 12 - 277
Target Start/End: Original strand, 4642988 - 4643253
Alignment:
Q  12 aatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttaca 111  Q
    |||||||||||   | |||||||||||||| | ||| || |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  4642988 aatcatctctgtgtcatcgttgcaatatcccacgagggacaccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcattcatgaactcgttggca 4643087  T
Q  112 ccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataa 211  Q
    || |||||||| |||| ||| |  || || |  || ||| ||||   | |||| |   |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  4643088 ccttgttgagagcccgatttgaggcgcttaaccgcaacaagtgtggatccatcaacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgataa 4643187  T
Q  212 aaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatggg 277  Q
    ||  ||| ||||||||||||||||| ||| | ||||| || ||||||||  ||||||||| |||||    
T  4643188 aagcatcatcgaagttgtttgtagctgctttgatctctgcgattgtaaaggagcggcacagatggg 4643253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 4 - 277
Target Start/End: Original strand, 4666211 - 4666484
Alignment:
Q  4 taaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaact 103  Q
    ||||| |||||||||||||   | || ||||||||||| |  || || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  4666211 taaaccagaatcatctctgtgtcgtcattgcaatatcccacaagggataccaagtgaatgtggcgaagctgagagagcaattcgatttcgttcatgaact 4666310  T
Q  104 cgtttacaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactcc 203  Q
    ||||  |||| |||||||| || | ||| |  |||||||| || ||| ||||   | ||||||   |||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  4666311 cgttggcaccttgttgagagcctgatttgaggcgttttatggcaacaagtgtggatccatcgacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactcc 4666410  T
Q  204 aatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatggg 277  Q
     ||||| |||  ||| || ||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||  | |||||||||||||    
T  4666411 gatgatgaaatcatcgtcaaagttgtttgtggctgctctgatctctgcaattgtaaaggaccggcacaaatggg 4666484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 28 - 277
Target Start/End: Original strand, 4671940 - 4672189
Alignment:
Q  28 tcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccg 127  Q
    |||| ||||||||||| ||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  |||| || ||||| ||||    
T  4671940 tcgtcgcaatatccaacgagggataccaagtgaatgtggcgaagttgagagagtaactcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgctgagagcccg 4672039  T
Q  128 gtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagtt 227  Q
     ||| |  |||||||| || ||| ||||   | ||||||   |||||||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||| ||  ||| ||||||||    
T  4672040 atttgagccgttttatggcaacaagtgtggatccatcgacacaacctttgtacaggtttccaaaccctccaactccgatgatagaagcatcatcgaagtt 4672139  T
Q  228 gtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatggg 277  Q
    |||||| || ||| | ||||| || ||||||||  | |||||||| ||||    
T  4672140 gtttgtggctgctttgatctctgcgattgtaaaggaacggcacaagtggg 4672189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 28 - 363
Target Start/End: Original strand, 4636157 - 4636492
Alignment:
Q  28 tcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccg 127  Q
    |||||||||||||| |  || || |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||| |||||||| ||||    
T  4636157 tcgttgcaatatcccacaagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatctcgttcatgaactcatttgcaccttgttgagagcccg 4636256  T
Q  128 gtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagtt 227  Q
       | |  |||||||| || || |||||   | |||| ||| |||||||| |||| || |||||||| ||||| || || ||      ||| ||||||||    
T  4636257 acctgaggcgttttatcgcaacgggtgtggatccatcaatgaaacctttgtacacattcccaaaccccccaacaccgataatgttttcatcatcgaagtt 4636356  T
Q  228 gtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagttgacgaaccttcttttcttgtcctccacgaactttcttcc 327  Q
     ||||| || ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  ||||  ||||  ||||||||  |    
T  4636357 ttttgtggctgctctgatctctgcgattgtaaagtagcggcacaaataggatggtaaagttgacgaaccttcattctttgttttccataaactttctatc 4636456  T
Q  328 atttcaatatgagattcaagtcttcttctccttcta 363  Q
    |||| |||| ||||||||| |||  || ||||||||    
T  4636457 attttaataggagattcaaatctctttgtccttcta 4636492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 31 - 275
Target Start/End: Original strand, 4630212 - 4630456
Alignment:
Q  31 ttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccggtt 130  Q
    ||||||||||| |  || || |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| |||||||| || | ||    
T  4630212 ttgcaatatcctacaagggacaccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcctgatt 4630311  T
Q  131 tcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgtt 230  Q
    | |  |||||||| || ||||||||   | ||||||   |||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| ||||| |||  ||  || ||||||||    
T  4630312 tgaggcgttttatcgcaacaggtgtggatccatcgacacaacctttgtacacgttcccaaaccctccaaatccgatgatgaaatcattgtcaaagttgtt 4630411  T
Q  231 tgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatg 275  Q
    ||| || ||| | |||||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  4630412 tgtggctgctttgatctccgcgattgtaaagtagcgacacaaatg 4630456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 31 - 298
Target Start/End: Original strand, 4652823 - 4653090
Alignment:
Q  31 ttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccggtt 130  Q
    ||||||||||| | ||| || |||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||| |||||||| || | ||    
T  4652823 ttgcaatatcccacgagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagtaactcgatctcattcatgaactcgttggcaccttgttgagagccagatt 4652922  T
Q  131 tcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgtt 230  Q
    | |  |||||||| || |||||  |   | |||||||| |||||||| ||||||| ||||| |||||||| || ||||| |||| ||| |||||||| ||    
T  4652923 tgaggcgttttatcgcaacaggcatggatccatcgatgcaacctttgtacacgttgccaaatcctccaacaccgatgatgaaaacatcatcgaagttatt 4653022  T
Q  231 tgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagttgacgaacctt 298  Q
    ||| || ||| | ||||| || ||||| ||  |||| |||||||| | ||| |||| |||||| ||||    
T  4653023 tgtggctgctttgatctctgcgattgtgaaggagcgacacaaatgtggtggcaaagatgacgaccctt 4653090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 89; Significance: 8e-43; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 58 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 18926525 - 18926297
Alignment:
Q  58 tgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtac 157  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | || |||||||| || ||||| | |||||||||||| || |||||      
T  18926525 tgaatgtggcgaagttgagagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggtttgagacgttttattgcaacgggtgtgg 18926426  T
Q  158 cttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgt 257  Q
     || ||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||  ||| || ||||| ||||| || ||| ||||||| || |||||    
T  18926425 atttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttatttgtggctgcttttatctctgcaattgt 18926326  T
Q  258 aaaatagcggcacaaatgggatggtaaag 286  Q
    ||| ||||||||||||||||  |||||||    
T  18926325 aaagtagcggcacaaatggggcggtaaag 18926297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 27 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 5479427 - 5479308
Alignment:
Q  27 ttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaaccc 126  Q
    ||||||||| || ||||| | |||||| |  ||||| |||||||| |  |||||||  ||||||||||| |||||||| ||| |||| ||||| ||||||    
T  5479427 ttcgttgcagtaaccaatcaaagaaacaagatgaatatgacgaagcttcgagagcatgtcgatttcattgatgaactcattttcaccttgttgtgaaccc 5479328  T
Q  127 ggtttcaaacgttttattgc 146  Q
    ||||| |  |||||||||||    
T  5479327 ggtttaagccgttttattgc 5479308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University