View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11121_high_36 (Length: 350)

Name: NF11121_high_36
Description: NF11121
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11121_high_36
NF11121_high_36
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-333)||(49871768-49872100)
chr4 (1-333)||(49865837-49866169)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 49872100 - 49871768
Alignment:
Q  1 aaggaattgatcaaacaagcattcaatgcaacagctgaagaactctcgaaacaaatccacaactcaacactctacaaggaattggctaccaatgacatga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49872100 aaggaattgatcaaacaagcattcaatgcaacagctgaagaactcgtgaaacaaatacacaactcaacactctacaaggaattggctaccaatgacatga 49872001  T
Q  101 caaagcaagctatggatatttgcaaagaagtccttggttatgcagttgatgatgttcatcaatctattcactcattggataaatttgatcttaacaaaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49872000 caaagcaagctatggatatttgcaaagaagtccttggttatgcagttgatgatgttcatcaatctattcactcattggataaatttgatcttaacaaaat 49871901  T
Q  201 tgatgagattgcttatgatcttaaagtttggctctcaggtacacttgccaatcaacaaacatgtttagatggatttgagaacacaactacccatgcagga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49871900 tgatgagattgcttatgatcttaaagtttggctctcaggtacacttgccaatcaacaaacatgtttagatggatttgagaacacaactacccatgcagga 49871801  T
Q  301 caaaccatggctaaggttcttaacgcttctttg 333  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49871800 caaaccatggctaaggttcttaacgcttctttg 49871768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 1 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 49866169 - 49865837
Alignment:
Q  1 aaggaattgatcaaacaagcattcaatgcaacagctgaagaactctcgaaacaaatccacaactcaacactctacaaggaattggctaccaatgacatga 100  Q
    |||||||||||||||  || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  49866169 aaggaattgatcaaagcagtattcaaagcaacagctgaagaactctcgaaacaaatccataactcaaaactctacaaggaattagctaccaatgacatga 49866070  T
Q  101 caaagcaagctatggatatttgcaaagaagtccttggttatgcagttgatgatgttcatcaatctattcactcattggataaatttgatcttaacaaaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||    
T  49866069 caaagcaagctatggatatttgcaaagaagtccttggttatgcagttgatgatgttcatcaatctattcactcattggataaatttgatattagaaaaat 49865970  T
Q  201 tgatgagattgcttatgatcttaaagtttggctctcaggtacacttgccaatcaacaaacatgtttagatggatttgagaacacaactacccatgcagga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  49865969 tgatgagattgcttatgatcttaaagtttggctctcaggtacacttgccaatcaacaaacatgtttatatggatttgagaacacaactacccatgcagaa 49865870  T
Q  301 caaaccatggctaaggttcttaacgcttctttg 333  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  49865869 caaaccatggctaaggttcttaaggcttctttg 49865837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University