View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11121_high_9 (Length: 511)

Name: NF11121_high_9
Description: NF11121
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11121_high_9
NF11121_high_9
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (1-491)||(37411936-37412425)
chr5 (1-488)||(37429794-37430287)
chr5 (3-488)||(37391585-37392070)
chr5 (1-490)||(37595373-37595862)
chr5 (1-491)||(37640921-37641411)
chr5 (1-490)||(37712673-37713156)
chr5 (1-487)||(37534149-37534635)
chr5 (1-491)||(37824944-37825428)
chr5 (152-490)||(37436895-37437233)
chr5 (147-488)||(37380959-37381300)
chr5 (1-491)||(37399448-37399923)
chr5 (138-488)||(37697973-37698323)
chr5 (1-482)||(37703717-37704192)
chr5 (1-106)||(37436756-37436861)
chr5 (1-104)||(37697836-37697939)
chr5 (63-115)||(37381332-37381384)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-488)||(14554087-14554562)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (26-458)||(24216397-24216832)
chr4 (150-489)||(16841499-16841838)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 451; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 451; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 37412425 - 37411936
Alignment:
Q  1 aaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacgttatgaatgagtttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  37412425 aaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacattatgaatgagttcct 37412326  T
Q  101 tccatgtgaagggatcaagtttgagtttttgatccatgtaccagttactgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattgtggaaggaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37412325 tccatgtgaagggatcaagtttgagtttttgatccatgtatcagttactgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattgtggaaggaat 37412226  T
Q  201 attaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaaatcattaaaagcc 300  Q
    ||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37412225 attacaaatgattccagtgtttgataaattaagatgtgtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacctgaaaaaatcattaaaagcc 37412126  T
Q  301 aagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaaccaatcacatgat 400  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37412125 -agttgagtcgttgaaggtgtttaagtttgaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaaccaatcacatgat 37412027  T
Q  401 ccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaacaact 491  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37412026 ccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaacaact 37411936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 488
Target Start/End: Original strand, 37429794 - 37430287
Alignment:
Q  1 aaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacgttatgaatgagtttct 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||  |||| ||||| ||| |||||| ||||||||| |||||||| ||| | ||| ||||||||||||    
T  37429794 aaattccttagcagcgacaaagatctctctctgattaaagatatatccacagtattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattaagaatgagtttct 37429893  T
Q  101 tccatgtgaagggatcaagtttgagtttttgatccatgtaccagttact------gctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattgtgga 194  Q
    |||||||||  ||| |||||| |||||| || ||||||| ||||| |||      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37429894 tccatgtgagtggaccaagttcgagtttctgttccatgttccagtaactataactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtgga 37429993  T
Q  195 aggaatattaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaaatcatta 294  Q
     | |||||||||| | ||  | |||||| ||| ||| ||||||||||| ||||| | ||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37429994 ggaaatattaccactaatgccggtgtttgatagatttagatgtgtgagcttcactagatcaccaataccagcatgcaccgaagacccgaaaaaatcatta 37430093  T
Q  295 aaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaaccaatca 394  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||     ||||||||| || ||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  37430094 aaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagttgaaagatggtgctattggccgctaattcaccgttcagattgttgcaactaaggtccagaccaatca 37430193  T
Q  395 catgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaaca 488  Q
    ||| |||  | | | |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||     |||||||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  37430194 cataatcgtacatgatgtcgcacgtgacaccatcccactcgcagcaatctgtgccggttttccaagattctgtcttgaaagaaaaagaggaaca 37430287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 3 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 37392070 - 37391585
Alignment:
Q  3 attctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacgttatgaatgagtttcttc 102  Q
    |||||||||||  ||||||||  ||||||| |||||| ||||||| || ||||||| ||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||||    
T  37392070 attctttagcatagacaaagagctctctctaatggaatacatatccactctattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttc 37391971  T
Q  103 catgtgaagggatcaagtttgagtttttgatccatgtaccagttactgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattgtggaaggaatat 202  Q
    ||||| || | |||||||||||||| ||| |||| || || || | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  37391970 catgtcaatgtatcaagtttgagttgttgttccaagtgccggtaattgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggagggaatat 37391871  T
Q  203 taccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaaatcattaaaagccaa 302  Q
    ||||| |||  | |   ||| ||| ||| |||| |||||||||||| ||||||| |||| || ||||||  |||||||| ||||||  ||| |||| |||    
T  37391870 taccactgaggtaacaatttgatagatttagatatgtgagattcactaaatcaccaataccaacatgcaatgaagacccaaaaaaaaaatttaaagacaa 37391771  T
Q  303 gttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaaccaatcacatgatcc 402  Q
    ||||||| ||||||||||| |||| || ||||||||||||||| ||||||| ||||| || | ||||||||| || ||||| |   ||||||| |||||     
T  37391770 gttgagttgttgaaggtgtctaagctgaaagatagtgctattgggatgtaaatcaccattcaaattgttgcaactgaggtctagttcaatcacgtgatct 37391671  T
Q  403 aaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaaca 488  Q
     | | |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||| | ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  37391670 gacatggtgtcgcacgtgacaccatcccacttgcaacaatttgtactgtttttccaagattctgtcttgaaagaaaaagaggaaca 37391585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 490
Target Start/End: Original strand, 37595373 - 37595862
Alignment:
Q  1 aaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacgttatgaatgagtttct 100  Q
    |||||||||||||  ||||||||  ||||  | |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||    
T  37595373 aaattctttagcatggacaaagagctctccgtaatggaagacatatccacactattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttct 37595472  T
Q  101 tccatgtgaagggatcaagtttgagtttttgatccatgtaccagttactgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattgtggaaggaat 200  Q
    ||||  |||| |  |  ||||| | |      ||   | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37595473 tccaaatgaatgacttgagtttcaatcccacttcttcggaccagtaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaat 37595572  T
Q  201 attaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaaatcattaaaagcc 300  Q
    ||||||| |||  | |   | | ||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| | || | ||  | |||  |||||| |  |||||| ||||||||||    
T  37595573 attaccactgaggtaacaatatgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagactcagaaaaattattaaaagcc 37595672  T
Q  301 aagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaaccaatcacatgat 400  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||| ||||    
T  37595673 aagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattcacctttaagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgat 37595772  T
Q  401 ccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaacaac 490  Q
    |  | | |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| | |||| |||||| ||||| || |||||||||||||||||||    
T  37595773 ctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccactcacaacaatctgtactgttttcccaagattctgtcttgaaagaaaaagaggaacaac 37595862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 491
Target Start/End: Original strand, 37640921 - 37641411
Alignment:
Q  1 aaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacgttatgaatgagtttct 100  Q
    |||||||||||||  ||||||||  ||||  | |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||    
T  37640921 aaattctttagcattgacaaagagctctccgtaatggaagacatatccacactattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttct 37641020  T
Q  101 tccatgtgaagggatcaagtttgagttt---ttgatccatgtaccagttactgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattgtggaagg 197  Q
    ||||  |||| | ||  ||||| | |     ||| ||   | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37641021 tccaaatgaatgaattgagtttcaatcccacttgttc---ggaccagtaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaagg 37641117  T
Q  198 aatattaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaaatcattaaaa 297  Q
    |||||||||| |||  | |   ||| ||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| | || | ||  | |||  ||||||    |||||| |||||||    
T  37641118 aatattaccattgaggtaacattttgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaattattaaaa 37641217  T
Q  298 gccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaaccaatcacat 397  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||||||||| |    
T  37641218 gccaagttgagttggtgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgt 37641317  T
Q  398 gatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaacaact 491  Q
    ||||  | | |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||    
T  37641318 gatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccactcacaacaatctgtattgtttttccaagattctgtcttgaaagaaaaagagggacaact 37641411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 490
Target Start/End: Original strand, 37712673 - 37713156
Alignment:
Q  1 aaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacgttatgaatgagtttct 100  Q
    |||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||||| |  ||| ||| || || ||| || |||||||| ||| | ||||||||||||||||    
T  37712673 aaattctttagcattgacaaagagctctctctgatggaagacatgttcacattatccaaataaagttcccttaaattagtagcattatgaatgagtttct 37712772  T
Q  101 tccatgtgaagggatcaagtttgagtttttgatccatgtaccagttactgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattgtggaaggaat 200  Q
    ||||||| || ||||  ||||| | ||      |||  | ||    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37712773 tccatgtcaatggatttagtttcaatt------ccacatccccaaaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaat 37712866  T
Q  201 attaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaaatcattaaaagcc 300  Q
    ||||||| |||  | |   ||| ||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| | || | ||  | |||  |||||||   |||||| ||||||||||    
T  37712867 attaccattgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagaccaagaaaaatgattaaaagcc 37712966  T
Q  301 aagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaaccaatcacatgat 400  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||||||||| ||||    
T  37712967 aagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgat 37713066  T
Q  401 ccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaacaac 490  Q
    |  | | |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| | |||| |||||| ||||| || |||||||||||||||||||    
T  37713067 ctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccactcacaacaatctgtactgttttgccaagattctgtcttgaaagaaaaagaggaacaac 37713156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 487
Target Start/End: Original strand, 37534149 - 37534635
Alignment:
Q  1 aaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacgttatgaatgagtttct 100  Q
    |||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||||| |  ||| ||| || || ||| || |||||||| ||| | ||||||||||||||||    
T  37534149 aaattctttagcattgacaaagagctctctctgatggaagacatgttcacattatccaaataaagttcccttaaattagtagcattatgaatgagtttct 37534248  T
Q  101 tccatgtgaagggatcaagtttgagtttttgatccatgtaccagttactgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattgtggaaggaat 200  Q
    ||||  |||| | ||  ||||| | |      ||   | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37534249 tccaaatgaacgaattgagtttcaatcccacttctgcggaccagtaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaat 37534348  T
Q  201 attaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaaatcattaaaagcc 300  Q
    ||||||| |||  |||| || | ||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| | || | ||  | | |  |||||||   |||||| ||||||||||    
T  37534349 attaccactgaggtcagagtatgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggtattgaagaccaagaaaaatgattaaaagcc 37534448  T
Q  301 aagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaaccaatcacatgat 400  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||||||||| ||||    
T  37534449 aagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgat 37534548  T
Q  401 ccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaac 487  Q
    |  | | |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| | |||| |||||| ||||| || ||||||||||| ||||    
T  37534549 ctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccactcacaacaatctgtactgttttcccaagattctgtcttgaaagaaaaagaagaac 37534635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 148; E-Value: 7e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 491
Target Start/End: Original strand, 37824944 - 37825428
Alignment:
Q  1 aaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacgttatgaatgagtttct 100  Q
    |||||||||||||  ||||| ||  |||||| ||| |||||||| |  || | ||| |||||||| || |||||||| ||| | ||||||||||||||||    
T  37824944 aaattctttagcattgacaatgagctctctccgattgaagacatgttcactccattaagatgaagatcccttaaattagtagcattatgaatgagtttct 37825043  T
Q  101 tccatgtgaagggatcaagtttgagtttttgatccatgtaccagttactgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattgtggaaggaat 200  Q
    ||||  |||| | ||  ||||| | |       ||| || |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37825044 tccaaatgaatgaattgagtttcaatc------ccacgtgccagtttctgctgagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaat 37825137  T
Q  201 attaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaaatcattaaaagcc 300  Q
    ||||||| |||  | |   ||| ||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| | || | ||  | |||  ||||||    |||||||||||||||||    
T  37825138 attaccattgaggtaacattttgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagcc 37825237  T
Q  301 aagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaaccaatcacatgat 400  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||||||||| ||||    
T  37825238 aagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgat 37825337  T
Q  401 ccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaacaact 491  Q
    |  | | |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| | |||| |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||    
T  37825338 ctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccactcacaacaatctgtactgttttcccaagattctgtcttgaaagaaaaagaggaacaact 37825428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 152 - 490
Target Start/End: Original strand, 37436895 - 37437233
Alignment:
Q  152 taagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattgtggaaggaatattaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattcaccaa 251  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||  |||  || | |||  || ||||||||||| ||||| ||    
T  37436895 taagatcaagggatactaattttgacaaatgagagattttggaaggaatattaccactgaggtcacagtatgataggtttagatgtgtgagtttcactaa 37436994  T
Q  252 atcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaaatcattaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgt 351  Q
    |||||||||| ||  | | |  |||||| |  |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||    
T  37436995 atcactaataccaataggtattgaagactcagaaaaatgattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgt 37437094  T
Q  352 aattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaaccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattat 451  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||||||||| |||||  | | |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| | |    
T  37437095 aattcacctttcagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccactcacaacaatctgtactgt 37437194  T
Q  452 ttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaacaac 490  Q
    ||| |||||| ||||| || |||||||||||| ||||||    
T  37437195 tttcccaagattctgtcttgaaagaaaaagagaaacaac 37437233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 147 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 37381300 - 37380959
Alignment:
Q  147 actgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattgtggaaggaatattaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattc 246  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||  ||    |  || | ||| ||| |||||||||||||||    
T  37381300 actgctgagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggagggaatattaccaccgagggaacagtgtgatagatttagatgtgtgagattc 37381201  T
Q  247 accaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaaatcattaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattga 346  Q
    || ||||||  ||||  | ||||||   |||||||  |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| |||||||||     
T  37381200 actaaatcatcaatactaacatgcaataaagacccagaaaaattattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtctaagctggaagattgtgctattgg 37381101  T
Q  347 gatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaaccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgt 446  Q
    ||||||||||||| || |||||| |||| || ||||||| |||||||||||||||  | | || ||||||| ||||||||| |||| | |||||||||||    
T  37381100 gatgtaattcaccattcagattgctgcaactgaggtccagaccaatcacatgatctgacatggagtcgcacgtgacaccatcccacccacaacaatctgt 37381001  T
Q  447 attatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaaca 488  Q
    ||||||||||||||| ||| | || |||||||||| ||||||    
T  37381000 attatttttccaagattctatcttgaaagaaaaagtggaaca 37380959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 37399923 - 37399448
Alignment:
Q  1 aaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacgttatgaatgagtttct 100  Q
    |||||||||||||  ||||||||  ||||||||| ||||||||| |  ||| |||||| ||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||    
T  37399923 aaattctttagcattgacaaagagctctctctgagggaagacatgttcacaatattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttct 37399824  T
Q  101 tccatgtgaagggatcaagtttgagtttttgatccatgtaccagttactgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattgtggaaggaat 200  Q
    ||||||| || | |||||||| ||          ||      |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37399823 tccatgtcaatgaatcaagttcga----------caa-----agttaaagctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaat 37399739  T
Q  201 attaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaaatcattaaaagcc 300  Q
    ||||||| |||  | |   | | ||  ||| ||||||||||| ||||| ||||| | || | ||  | |||  ||||||||  |||||| ||||||||||    
T  37399738 attaccattgaggttacaatatgatgtatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagacccagaaaaattattaaaagcc 37399639  T
Q  301 aagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaaccaatcacatgat 400  Q
    || || ||| ||||||||||| |||| || |||||  |||||||| |||||||||||||||| || |||||||| || ||||||| ||||||||| ||||    
T  37399638 aaattaagttgttgaaggtgtctaagctgaaagatgatgctattgggatgtaattcaccttttagtttgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgat 37399539  T
Q  401 ccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaacaact 491  Q
    |  | | |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| | |||| |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||    
T  37399538 ctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccactcacaacaatctgtactgttttcccaagattctgtcttgaaagaaaaagaggaacaact 37399448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 138 - 488
Target Start/End: Original strand, 37697973 - 37698323
Alignment:
Q  138 gtaccagttactgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattgtggaaggaatattaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgt 237  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||  | |   ||| ||| ||| ||||||    
T  37697973 gtaccagtaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccattgaggtaacaatttgatagatttagatgt 37698072  T
Q  238 gtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaaatcattaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatag 337  Q
    ||||| ||||| ||||| |  | | ||  | | |  |||||||   |||||| |||||||||||| || ||| |||||||| || |||| ||||||||||    
T  37698073 gtgagtttcactaaatctccgacaccaataggtattgaagaccaagaaaaattattaaaagccaaattaagttgttgaaggcgtctaagctggaagatag 37698172  T
Q  338 tgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaaccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgca 437  Q
    |||||||| |||||||||||||||| | ||||||||| || ||||||||||||||||| | |||| |  | ||||| ||| ||||||||| ||||| |||    
T  37698173 tgctattgggatgtaattcacctttcaaattgttgcaactgaggtccaaaccaatcacgtaatccgactcagtgtcacacgtgacaccatcccacttgca 37698272  T
Q  438 acaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaaca 488  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||  |  ||||||||||||||||    
T  37698273 acaatctgtattgtttttccaagattctgtcctggaagaaaaagaggaaca 37698323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 482
Target Start/End: Original strand, 37703717 - 37704192
Alignment:
Q  1 aaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacgttatgaatgagtttct 100  Q
    |||||||||||||  ||||| ||  ||||  | |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||    
T  37703717 aaattctttagcattgacaatgagctctccgtaatggaagacatatccacactattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttct 37703816  T
Q  101 tccatgtgaagggatcaagtttgagtttttgatccatgtaccagttactgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattgtggaaggaat 200  Q
    ||||||| || |||| || ||  |     || || | ||| |  | |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| |    
T  37703817 tccatgtcaacggattaatttcca-----tgttcga-gtaactataactgctaagatcaagtgatattaattttgacaaatgagagattgtggagggagt 37703910  T
Q  201 attaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaaatcattaaaagcc 300  Q
    ||||||  |||  | |     | ||||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||| ||  | |||  ||||| ||  |||||| ||||||||||    
T  37703911 attacccttgaggtgacaaaatgataaatttagatgtgtgagattcactaaatcgccaataccaataggcattgaagatccagaaaaatgattaaaagcc 37704010  T
Q  301 aagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaaccaatcacatgat 400  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||| | | |||| ||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||| ||||    
T  37704011 aagttgagttgttgaaggtgtctaagcttgtagattgtgctattaggttgtaattcacctttcagattgttgcaactgagatccaaaccaatcacgtgat 37704110  T
Q  401 ccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaaga 482  Q
    |  | |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||     |||||||||| ||||| || |||||||||||    
T  37704111 cagacacggtgtcgcacgtgacaccatcccactcgcaacaatctgtgccggttttccaagattctgtcttaaaagaaaaaga 37704192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 106
Target Start/End: Original strand, 37436756 - 37436861
Alignment:
Q  1 aaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacgttatgaatgagtttct 100  Q
    |||||| ||| || |||||||||  ||||||  || |||||||| |  || | ||||||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||    
T  37436756 aaattcgttaacaacgacaaagagctctctccaattgaagacattttcactccattcagatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttct 37436855  T
Q  101 tccatg 106  Q
    ||||||    
T  37436856 tccatg 37436861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 104
Target Start/End: Original strand, 37697836 - 37697939
Alignment:
Q  1 aaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacgttatgaatgagtttct 100  Q
    |||||||||||||  ||||| ||  |||||| ||| |||||||| |  || | ||| |||||||| || |||||||| ||| | ||||||||||||||||    
T  37697836 aaattctttagcattgacaatgagctctctccgattgaagacatgttcactccattaagatgaagatcccttaaattagtagcattatgaatgagtttct 37697935  T
Q  101 tcca 104  Q
    ||||    
T  37697936 tcca 37697939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 63 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 37381384 - 37381332
Alignment:
Q  63 aagctcgcttaaatttgtaacgttatgaatgagtttcttccatgtgaagggat 115  Q
    |||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  37381384 aagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgtcaatggat 37381332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 131; Significance: 1e-67; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 488
Target Start/End: Original strand, 14554087 - 14554562
Alignment:
Q  1 aaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacgttatgaatgagtttct 100  Q
    |||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||||| |  || | |||||||| ||| || |||||||| ||| | |||||||||||||| |    
T  14554087 aaattctttagcattgacaaagagctctctctgatggaagacatgttcactccattcagataaagatcccttaaattagtagcattatgaatgagtttat 14554186  T
Q  101 tccatgtgaagggatcaagtttgagtttttgatccatgtaccagttactgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattgtggaaggaat 200  Q
    ||||||| || |||| || ||            ||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14554187 tccatgtaaatggattaattt------------ccaagaaccagttaatgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaat 14554274  T
Q  201 attaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaaatcattaaaagcc 300  Q
    ||||||| | |  | |   ||  ||| ||| |||||  |||| ||||| ||||| | |||| ||  | |||  |||||||| |||| ||||||||||||     
T  14554275 attaccactaaggtaacaattggatatatttagatgcatgagtttcactaaatcgccaataccaagaggcattgaagacccaaaaatatcattaaaagct 14554374  T
Q  301 aagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaaccaatcacatgat 400  Q
    | ||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||  ||||||||||||| || | ||||||||| |||||||| |   ||||||| |||     
T  14554375 aggttgagttgttgaaggtgtctaagctggaagatagtgctattaggatgtaattcaccattcaaattgttgcaactaaggtctagttcaatcacgtgac 14554474  T
Q  401 ccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaaca 488  Q
    |  | | |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||    
T  14554475 ctgatatggtgtcgcacgtgacaccatcccactcgcaacaatctgtactctttttccaagattctgtcttgaaagaaaaagagaaaca 14554562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 110; Significance: 3e-55; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 26 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 24216832 - 24216397
Alignment:
Q  26 tctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacgttatgaatgagtttcttccatgtgaagggatcaagtttgag 125  Q
    |||||||||| ||||| || || || | |||||| | |||||| |||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||  ||  ||||||||    
T  24216832 tctctctgattgaagatatgtccactccattcaggtaaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgtgaagatattgagtttgag 24216733  T
Q  126 tttttgatccatgtaccagtta---ctgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattgtggaaggaatattaccaatgatttcagtgttt 222  Q
    |||||| ||||    ||||| |   ||  ||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | |  | |  | ||    
T  24216732 tttttgttccaccggccagtaataacttttaagatcaagtgacactagttttgacaactgagagattgtggagggaatattaccagtaaggtaacagctt 24216633  T
Q  223 tataaattaagatgtgtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaaatcattaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtt 322  Q
     ||||||| |||| |||||||||||| | ||||| |||  || ||||||  |||||||   |||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||     
T  24216632 gataaatttagatatgtgagattcactagatcaccaatcccaacatgcattgaagaccaagaaaaattattaaaggccaagttgagttgttgaaggtgtc 24216533  T
Q  323 taagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaaccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgac 422  Q
    |||| | ||||||||||| |||  ||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| | ||   |    ||||| ||||||||    
T  24216532 taagcttgaagatagtgcaatttggatgtaactcacctttcagattgttgcaactaaggtccagaccaatcacgtaatttgacctagtgtcacacatgac 24216433  T
Q  423 accataccactcgcaacaatctgtattatttttcca 458  Q
     |||| ||||||||||||||||| |  |||||||||    
T  24216432 cccatcccactcgcaacaatctgcaccatttttcca 24216397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 150 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 16841838 - 16841499
Alignment:
Q  150 gctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattgtggaaggaatattaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattcacc 249  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| | |||| |||  |||  || | ||| ||| |||||||||| ||||||     
T  16841838 gctaagatcaagagatactaattttgacaaatgagagattgtggagtgaatgtcaccattgaggtcacagtatgatagatttagatgtgtgatattcact 16841739  T
Q  250 aaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaaatcattaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagat 349  Q
    ||||| |||||| ||  | |||  ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | |  |||| ||||||||||||| |||    
T  16841738 aaatcgctaataccaataggcattgaagacccagaaaaattattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtcttaactggaggatagtgctattgggat 16841639  T
Q  350 gtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaaccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtatt 449  Q
    ||||||||||||| | ||||||||| || ||||||||||||| ||| | |||  |  | ||||| ||| ||||||||| ||||| ||||||||| |||      
T  16841638 gtaattcacctttcaaattgttgcaactgaggtccaaaccaaccacgtaatctgattcagtgtcacacgtgacaccatcccacttgcaacaatccgtacc 16841539  T
Q  450 atttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaacaa 489  Q
     ||||||||||| | ||| || ||||||  ||||||||||    
T  16841538 gtttttccaagattttgtcttgaaagaagtagaggaacaa 16841499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University