View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF11125_low_2 (Length: 921)
Name: NF11125_low_2
Description: NF11125
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11125_low_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 710; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 710; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 160 - 905
Target Start/End: Original strand, 27090420 - 27091164
Alignment:
| Q |
160 |
ggttttcaaaccacaatcttgtacaaatccttagcgagtacgacgtcctcctctatttggatattgaaatccaatgccttccatagtggcaattgtgttg |
259 |
Q |
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| T |
27090420 |
ggttttcaaaccacaatcttgtacaaatccttagcgagtacgacgtcctcctctatttggatattgaaatccaatgccttccatagtggcaattgtgttg |
27090519 |
T |
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| Q |
260 |
aacattggtctcttgtacacctcttccaatagttgcggtcgatgaagctgcaagctcctatgctgctccatgtttgaatgatttttaggtatcctcgaca |
359 |
Q |
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| T |
27090520 |
aacattggtctcttgtacacctcttccaatagttgtggtcgatgaagctgcaagctcctatgctgctccatgtttgaatgatttttaggtatcctcgacg |
27090619 |
T |
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| Q |
360 |
atccgtgatggctcgttccatggccaccacatctacaaccattacaagagtccattttcgggtgcaaaaaatatttggcgaaattacttgtgtctccctc |
459 |
Q |
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| T |
27090620 |
atccgtgatggctcgttccatggccaccacatctacaaccattacaatagtccattttcgggtgcaaaaaatatttggcgaaattacttgtgtctccctc |
27090719 |
T |
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| Q |
460 |
ttctatatgccttgatctaatgcattgtagattgttatgtttggctctagcttcttctactattgttgggcaatgttcatcttcatgatattggatattt |
559 |
Q |
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| T |
27090720 |
ttctatatgtcttgatctaatgcattgtagattgttatgtttggctctagcttcttctactattgttgggcaatgctcatcttcatgatattggatattt |
27090819 |
T |
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| Q |
560 |
gaacatttgtaggagttcattgagcttggtgagcttccatcatcattcatatataaatctacaaaatacatatatggttcataaatgaggcagaacaacg |
659 |
Q |
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| T |
27090820 |
gaacatttgtaggagttcattgagcttggtgagcttccatcatcattcatatataaatctacaaaatacatatatggttcataaatgaggcagaacaacg |
27090919 |
T |
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| Q |
660 |
catcattcaaatctataaaataatatgtaaaaagtgtgctaaagattttgctagtattatccaaacttgaaacatatatttaccaaagtgttttacaagt |
759 |
Q |
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| T |
27090920 |
tatcattcaaatctataaaataatatgtaaaaagtgtgctaaagattttgctagtattatccaaacttgaaa-atatatttaccaaagtgttttacaagt |
27091018 |
T |
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| Q |
760 |
aaaattaccttgattccattcttgaggaaacatgctatgctttgcacagaagtgggccttggagtgagacttagggagagaatcatgaggggaagaagga |
859 |
Q |
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| T |
27091019 |
aaaattaccttgattccattcttgaggaaacatgctatgctttgcacagaagtgggccttggagtgagacttagtgagagaatcatgaggggaagaagga |
27091118 |
T |
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| Q |
860 |
taagatgatgataagacaaaaggattatggttattaacatcctcat |
905 |
Q |
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| T |
27091119 |
taagatgatgataagacaaaaggattatggttattaacatcctcat |
27091164 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 710; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 160 - 905
Target Start/End: Complemental strand, 27187881 - 27187137
Alignment:
| Q |
160 |
ggttttcaaaccacaatcttgtacaaatccttagcgagtacgacgtcctcctctatttggatattgaaatccaatgccttccatagtggcaattgtgttg |
259 |
Q |
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| T |
27187881 |
ggttttcaaaccacaatcttgtacaaatccttagcgagtacgacgtcctcctctatttggatattgaaatccaatgccttccatagtggcaattgtgttg |
27187782 |
T |
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| Q |
260 |
aacattggtctcttgtacacctcttccaatagttgcggtcgatgaagctgcaagctcctatgctgctccatgtttgaatgatttttaggtatcctcgaca |
359 |
Q |
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| T |
27187781 |
aacattggtctcttgtacacctcttccaatagttgtggtcgatgaagctgcaagctcctatgctgctccatgtttgaatgatttttaggtatcctcgacg |
27187682 |
T |
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| Q |
360 |
atccgtgatggctcgttccatggccaccacatctacaaccattacaagagtccattttcgggtgcaaaaaatatttggcgaaattacttgtgtctccctc |
459 |
Q |
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| T |
27187681 |
atccgtgatggctcgttccatggccaccacatctacaaccattacaatagtccattttcgggtgcaaaaaatatttggcgaaattacttgtgtctccctc |
27187582 |
T |
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| Q |
460 |
ttctatatgccttgatctaatgcattgtagattgttatgtttggctctagcttcttctactattgttgggcaatgttcatcttcatgatattggatattt |
559 |
Q |
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| T |
27187581 |
ttctatatgtcttgatctaatgcattgtagattgttatgtttggctctagcttcttctactattgttgggcaatgctcatcttcatgatattggatattt |
27187482 |
T |
|
| Q |
560 |
gaacatttgtaggagttcattgagcttggtgagcttccatcatcattcatatataaatctacaaaatacatatatggttcataaatgaggcagaacaacg |
659 |
Q |
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| T |
27187481 |
gaacatttgtaggagttcattgagcttggtgagcttccatcatcattcatatataaatctacaaaatacatatatggttcataaatgaggcagaacaacg |
27187382 |
T |
|
| Q |
660 |
catcattcaaatctataaaataatatgtaaaaagtgtgctaaagattttgctagtattatccaaacttgaaacatatatttaccaaagtgttttacaagt |
759 |
Q |
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| T |
27187381 |
tatcattcaaatctataaaataatatgtaaaaagtgtgctaaagattttgctagtattatccaaacttgaaa-atatatttaccaaagtgttttacaagt |
27187283 |
T |
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| Q |
760 |
aaaattaccttgattccattcttgaggaaacatgctatgctttgcacagaagtgggccttggagtgagacttagggagagaatcatgaggggaagaagga |
859 |
Q |
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| T |
27187282 |
aaaattaccttgattccattcttgaggaaacatgctatgctttgcacagaagtgggccttggagtgagacttagtgagagaatcatgaggggaagaagga |
27187183 |
T |
|
| Q |
860 |
taagatgatgataagacaaaaggattatggttattaacatcctcat |
905 |
Q |
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| T |
27187182 |
taagatgatgataagacaaaaggattatggttattaacatcctcat |
27187137 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 15 - 126
Target Start/End: Original strand, 27090275 - 27090386
Alignment:
| Q |
15 |
cagagatttggataacaaacacaagtttattacacaattatacttgaattaaaaatactttcacacatcaaacattatagagcaaagcaattcaagacaa |
114 |
Q |
| |
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|
| T |
27090275 |
cagagatttggataacaaacacaagtttattacacaattatacttgaattaaaaatactttcacacatcaaacattatagagcaaagcaattcaagacaa |
27090374 |
T |
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| Q |
115 |
cacaacaaacac |
126 |
Q |
| |
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| T |
27090375 |
cacaacaaacac |
27090386 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 15 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 27188026 - 27187915
Alignment:
| Q |
15 |
cagagatttggataacaaacacaagtttattacacaattatacttgaattaaaaatactttcacacatcaaacattatagagcaaagcaattcaagacaa |
114 |
Q |
| |
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|
| T |
27188026 |
cagagatttggataacaaacacaagtttattacacaattatacttgaattaaaaatactttcacacatcaaacattatagagcaaagcaattcaagacaa |
27187927 |
T |
|
| Q |
115 |
cacaacaaacac |
126 |
Q |
| |
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|
| T |
27187926 |
cacaacaaacac |
27187915 |
T |
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