View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11127_high_1 (Length: 794)

Name: NF11127_high_1
Description: NF11127
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11127_high_1
NF11127_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-776)||(32810700-32811454)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 649; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 649; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 776
Target Start/End: Original strand, 32810700 - 32811454
Alignment:
Q  18 ctcctaactattttaattattgtacttgtgattaacacaatatgagaacttagtctgtaaataagctgaagctcttaggttttctgtaacctgaattagg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32810700 ctcctaactattttaattattgtacttgtgattaacacaatatgagaacttagtctgtaaataagctgaagctcttaggttttctgtaacctgaattagg 32810799  T
Q  118 aagagnnnnnnnngtatatgtcaagttataacgatagttatcataaagcaattaccacactannnnnnnctaagtttataaaagaagatatcaaagattg 217  Q
    |||||        |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32810800 aagagaaaaaaaagtatatgttaagttataacgatagttatcataaagcaattaccacactatttttttctaagtttataaaagaagatatcaaagattg 32810899  T
Q  218 gatcgtcattttctatcaatgaaacttgattttgatggtgatggcac--atgatagattctttactttaagcagagcaaatatataggttcttagttatt 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32810900 gatcgtcattttctatcaatgaaacttgattttgatggtgatggcactgatgatagattctttactttaagcagagcaaatatataggttcttagttatt 32810999  T
Q  316 tccccaccttccatatggatgcatgagaaggtcactgccttcttgctttcatttctgactcggattacatccattatgggccaataaaaaagcaaaagat 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32811000 tccccaccttccatatggatgcatgagaaggtcactgccttcttgcttttatttctgactcggattacatccattatgggccaataaaaaagcaaaagat 32811099  T
Q  416 tattactattattgttcaaaaaggtaggaaatacccccactttgactttggtgtttgcaatgcacacatcaacttttcttccatttaattgtatgttatc 515  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32811100 tattactattattgttcaaaaagctaggaaatacccccactttgactttggtgcttgcaatgcacacatcaacttttcttccatttaattgtatgttatc 32811199  T
Q  516 ttcaatccttaattgagttattttcacttgattggatgcgaagaaatagccgtgtcaatggtcactactcactagataagtaataatagctagtaacatt 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  32811200 ttcaatccttaattgagttattttcacttgattggatgcgaagaaatagccgtgtcaatggtcactactcactagataag---taatagctagtaacatt 32811296  T
Q  616 tacactagtgtcaaataattgcaagcacgtccataaagataagtaaggacataaaataatttgatactatgctaagcaattaagcattgagatttgaata 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32811297 tacactagtgtcaaataattgcaagaacgtccataaagata---aaggacataaaataatttgatactatgctaagcaattaagcattgagatttgaata 32811393  T
Q  716 tgataaacgtgacatgatggattttcaaggttaaccattgagattgaataatactactact 776  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  32811394 tgataaacgtgacatgatggattttcaaggttaaccagcgagattgaataatactactact 32811454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University