View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11129_low_7 (Length: 416)

Name: NF11129_low_7
Description: NF11129
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11129_low_7
NF11129_low_7
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (17-406)||(9373601-9373990)
chr5 (17-406)||(9301389-9301778)
chr5 (17-406)||(9305007-9305396)
chr5 (17-394)||(9297174-9297551)
chr5 (17-394)||(9292567-9292944)
chr5 (22-384)||(9367717-9368079)
chr5 (19-387)||(9288037-9288405)
chr5 (17-395)||(9356490-9356868)
chr5 (17-387)||(9351533-9351906)
chr5 (22-387)||(9349116-9349481)
chr5 (17-387)||(9331805-9332178)
chr5 (22-311)||(9328963-9329252)
chr5 (19-300)||(9361023-9361301)
chr5 (163-296)||(9307772-9307905)
chr5 (163-290)||(9355034-9355161)
chr5 (307-394)||(9310083-9310170)
chr5 (163-242)||(9347606-9347685)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (160-394)||(31476657-31476891)
chr8 (136-394)||(31502021-31502279)
chr8 (136-394)||(31466811-31467069)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 326; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 9373990 - 9373601
Alignment:
Q  17 aagatccaaccaagaaagacaaaacagattcaaagatagacaagttcattttaatgacctctctaagaactgtaatcactgcgacaaggtcttgatcttg 116  Q
    ||||||||||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9373990 aagatccaaccaagaaagagaaaatggattgaaagatagacaagttcattttaatgacctctctaagaactgtaataactgcgacaaggtcttgatcttg 9373891  T
Q  117 attcaaaagtgaagaaactccaaatttagtttccatatgttttaaagatgtgatcaactttgtaacattcttcttcatcttctttgtgaagaatttatat 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9373890 attcaaaagtgaagaaactccaaatttagtttccatatgttttaaagatgtgatcaactttgtgacattcttcttcatcttctttgtgaagaatttatat 9373791  T
Q  217 tcggctacacttttttcaatgcttgaatctccctttctccttctaagagcagagtgaagtgtttgaacattttctttaatttgtaacatggtgtcccttg 316  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9373790 tcggctacacttgtttcaatgcttgaatctccctttctccttctaagagaagagtgaagtgattgaacattttctttaatttgtaacatggtgtcccttg 9373691  T
Q  317 taatgccacagatatccaacatcttcattgaaccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggcgagaaacaagattctgtg 406  Q
    | ||||||||||||||||| |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  9373690 tgatgccacagatatccaaaactttcactgaaccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggtgagaaacaagcttctgtg 9373601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 17 - 406
Target Start/End: Original strand, 9301389 - 9301778
Alignment:
Q  17 aagatccaaccaagaaagacaaaacagattcaaagatagacaagttcattttaatgacctctctaagaactgtaatcactgcgacaaggtcttgatcttg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  9301389 aagatccaaccaagaaagacaaaacagattgaaagatagacaagttcaatttaatgacctctctaagaactgtaatcactgcaacaaggtcttgatcttt 9301488  T
Q  117 attcaaaagtgaagaaactccaaatttagtttccatatgttttaaagatgtgatcaactttgtaacattcttcttcatcttctttgtgaagaatttatat 216  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9301489 tttcaaaagtgaagaagctccaaatttactttccatatgttttaaagatgtgatcaactttgtgacattcttcttcatcttctttgtgaaaaatttatat 9301588  T
Q  217 tcggctacacttttttcaatgcttgaatctccctttctccttctaagagcagagtgaagtgtttgaacattttctttaatttgtaacatggtgtcccttg 316  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  9301589 tctgctacacttttttcaatgcttgaatctccctttctccttctaagagaagagtgaagtgattgaacattttctttaatgtgtaacatagtgtcccttg 9301688  T
Q  317 taatgccacagatatccaacatcttcattgaaccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggcgagaaacaagattctgtg 406  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||    
T  9301689 taatgccacatatatccaacattttcattgaaccatccaacaactcttccacaaatttctcaccatgatggtgagaaacaagcttctgtg 9301778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 17 - 406
Target Start/End: Original strand, 9305007 - 9305396
Alignment:
Q  17 aagatccaaccaagaaagacaaaacagattcaaagatagacaagttcattttaatgacctctctaagaactgtaatcactgcgacaaggtcttgatcttg 116  Q
    ||||||||||||||||||| ||||  |||  |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  9305007 aagatccaaccaagaaagaaaaaagggatcgaaagatagacaagttcattgcaatgacctctctaagaactgtaatcactgcaacaaggtcttgatcttt 9305106  T
Q  117 attcaaaagtgaagaaactccaaatttagtttccatatgttttaaagatgtgatcaactttgtaacattcttcttcatcttctttgtgaagaatttatat 216  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9305107 attcaaaagtgaagaagctccaaatttactttccatatgttttaaagatgtgatcaactttgtgacattcttcttcatcttctttgtgaaaaatttatat 9305206  T
Q  217 tcggctacacttttttcaatgcttgaatctccctttctccttctaagagcagagtgaagtgtttgaacattttctttaatttgtaacatggtgtcccttg 316  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9305207 tctgctacacttttttcaatgcttgaatctccctttttccttctaagagaagagtgaagtgattgaacattttctttaatttgtaacatagtgtcccttg 9305306  T
Q  317 taatgccacagatatccaacatcttcattgaaccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggcgagaaacaagattctgtg 406  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  9305307 taatgccacatatatccaacattttcattgaaccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggtgagaaacaagcttctgtg 9305396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 17 - 394
Target Start/End: Original strand, 9297174 - 9297551
Alignment:
Q  17 aagatccaaccaagaaagacaaaacagattcaaagatagacaagttcattttaatgacctctctaagaactgtaatcactgcgacaaggtcttgatcttg 116  Q
    |||||||||||||||||||||| |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9297174 aagatccaaccaagaaagacaatatggattgaaagatagacaagttcattttaatgacctctctaagaactgtaataactgcgacaaggtcttgatcttg 9297273  T
Q  117 attcaaaagtgaagaaactccaaatttagtttccatatgttttaaagatgtgatcaactttgtaacattcttcttcatcttctttgtgaagaatttatat 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  9297274 attcaaaagtgaagaaactccaaatttagtttccatatgttttaaatatgtgatcaactttgtgacattcttcttcatcttcttagtgaaaaatttatat 9297373  T
Q  217 tcggctacacttttttcaatgcttgaatctccctttctccttctaagagcagagtgaagtgtttgaacattttctttaatttgtaacatggtgtcccttg 316  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9297374 tcggctacacttgtttcaatgcttgaatctccctttctccttctaagagaagagtgaagtgattgaacattttctttaatttgtaacatggtgtcccttg 9297473  T
Q  317 taatgccacagatatccaacatcttcattgaaccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggcgagaaa 394  Q
    | ||||||||||||||||| |  |||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9297474 tgatgccacagatatccaaaactttcactgaaccatccaataattcttccacaaatttctcaccttgatggtgagaaa 9297551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 17 - 394
Target Start/End: Original strand, 9292567 - 9292944
Alignment:
Q  17 aagatccaaccaagaaagacaaaacagattcaaagatagacaagttcattttaatgacctctctaagaactgtaatcactgcgacaaggtcttgatcttg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  9292567 aagatccaaccaagaaagacaaaactgattgaaagatagacaagttcattttaatgacctctctaagaactgtaatcagtgcaacaaggtcttgatcttg 9292666  T
Q  117 attcaaaagtgaagaaactccaaatttagtttccatatgttttaaagatgtgatcaactttgtaacattcttcttcatcttctttgtgaagaatttatat 216  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9292667 attcaaaagtgaggaagctccaaatttagtttccatatgttttaaagatgtgatcaactttgtgacattcttcttcatcttctttgtgaagaatttatat 9292766  T
Q  217 tcggctacacttttttcaatgcttgaatctccctttctccttctaagagcagagtgaagtgtttgaacattttctttaatttgtaacatggtgtcccttg 316  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |    
T  9292767 tcggctacacttttttcaatgtttgattctccctttctccttctaagagaagagtgaagtgattgaacattttctttaatttgtaacacgatgtccctgg 9292866  T
Q  317 taatgccacagatatccaacatcttcattgaaccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggcgagaaa 394  Q
    | ||||||||||||||||| |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  9292867 tgatgccacagatatccaaaactttcattgaaccatccagcaactcttccacaaatttctcaccctgatggtgagaaa 9292944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 22 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 9368079 - 9367717
Alignment:
Q  22 ccaaccaagaaagacaaaacagattcaaagatagacaagttcattttaatgacctctctaagaactgtaatcactgcgacaaggtcttgatcttgattca 121  Q
    |||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9368079 ccaaccaagaaagacagaagggattgaaagatagacatgttcattgcaatgacctctctaataactgtaatcactgcaacaaggtcttgatcttgattca 9367980  T
Q  122 aaagtgaagaaactccaaatttagtttccatatgttttaaagatgtgatcaactttgtaacattcttcttcatcttctttgtgaagaatttatattcggc 221  Q
    |||| || ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9367979 aaagcgaggaagctccaaatttactttccatatgttttaaagatgtgatcaactttgtgacattcttcttcatcttctttgtgaagaatttatattcggc 9367880  T
Q  222 tacacttttttcaatgcttgaatctccctttctccttctaagagcagagtgaagtgtttgaacattttctttaatttgtaacatggtgtcccttgtaatg 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||    
T  9367879 tacacttttttcaatgcttgaatctgcctttctccttctaagagcagagtgaagtgtttgaacattttctttaatttgtgacacggtgtcccttgtgatg 9367780  T
Q  322 ccacagatatccaacatcttcattgaaccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttga 384  Q
    || ||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9367779 ccgcagatatccaaaattttcactgaaccatccaacaactcttcaacaaatttctcaccttga 9367717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 19 - 387
Target Start/End: Original strand, 9288037 - 9288405
Alignment:
Q  19 gatccaaccaagaaagacaaaacagattcaaagatagacaagttcattttaatgacctctctaagaactgtaatcactgcgacaaggtcttgatcttgat 118  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9288037 gatccaaccaagaaagacaaaatggattgaaagatagacatgttcattgcaatgacctctctaagaactgtaatcactgcaacaaggtcttgatcttgat 9288136  T
Q  119 tcaaaagtgaagaaactccaaatttagtttccatatgttttaaagatgtgatcaactttgtaacattcttcttcatcttctttgtgaagaatttatattc 218  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9288137 tcaaaagtgaggaagctccaaatttactttccattcgttttaaagatgtgatcaactttgtgacattcttcttcatcttctttgtgaataatttatattc 9288236  T
Q  219 ggctacacttttttcaatgcttgaatctccctttctccttctaagagcagagtgaagtgtttgaacattttctttaatttgtaacatggtgtcccttgta 318  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  9288237 ggctacacttgtttcgatgcttgaatctctctttctccttctaagggaagagtgaagggattgaacattttctttaatctgtaacatggtgtcccttgtg 9288336  T
Q  319 atgccacagatatccaacatcttcattgaaccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatgg 387  Q
    ||||||||||||||||| |  |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  9288337 atgccacagatatccaaaactttcactgaaccatccaacaactcttcgacaaatttctcacctcgatgg 9288405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 17 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 9356868 - 9356490
Alignment:
Q  17 aagatccaaccaagaaagacaaaacagattcaaagatagacaagttcattttaatgacctctctaagaactgtaatcactgcgacaaggtcttgatcttg 116  Q
    ||||||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||     
T  9356868 aagatccaaccaagaaagaaaaaagggattgaaagatagacaagttcattgcaatgacctctctaagaactgtaatcactgcaacaaggtcttgattttt 9356769  T
Q  117 attcaaaagtgaagaaactccaaatttagtttccatatgttttaaagatgtgatcaactttgtaacattcttcttcatcttctttgtgaagaatttatat 216  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9356768 attcaaaagtgaggaagctccaaatttactttccatctgttttaaagatgtgatcaactttgcgacatttttcttcatcttctttgtgaagaatttatat 9356669  T
Q  217 tcggctacacttttttcaatgcttgaatctccctttctccttctaagagcagagtgaagtgtttgaacattttctttaatttgtaacatggtgtcccttg 316  Q
    |||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  9356668 tcggctacactagtttcgatgcttgaatccccctttctccttctaagagcagagtgaagtgattgaacattttctttaatttgtagcatggtgtctcttg 9356569  T
Q  317 taatgccacagatatccaacatcttcattgaaccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggcgagaaac 395  Q
    | |||||||| ||||| || |  ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9356568 tgatgccacatatatctaaaagtttcaccgaaccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggtgagaaac 9356490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 17 - 387
Target Start/End: Original strand, 9351533 - 9351906
Alignment:
Q  17 aagatccaaccaagaaagacaaaacagattcaaagatagacaagttcattttaatgacctctctaagaactgtaatcactgcgacaaggtcttgatct-- 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||  |||  |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||      
T  9351533 aagatccaaccaagaaagaaaaaagggatcgaaagatagacaagttcattgcaatgacctctctaagaactgtaatcactgcaacaaggtcttgatctaa 9351632  T
Q  115 -tgattcaaaagtgaagaaactccaaatttagtttccatatgttttaaagatgtgatcaactttgtaacattcttcttcatcttctttgtgaagaattta 213  Q
     | |||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9351633 tttattcaaaagtgaggaagctccaaatttactttccatatgttttaaagatgtaatcaactttgtgacgttcttcttcatcttctttgtgaagaattta 9351732  T
Q  214 tattcggctacacttttttcaatgcttgaatctccctttctccttctaagagcagagtgaagtgtttgaacattttctttaatttgtaacatggtgtccc 313  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  9351733 tattctgctacacttttttcaatgcttgattctccctttctccttctaagagaagagtgaattgattgaacattttcgttaatttgtaacatgatgtccc 9351832  T
Q  314 ttgtaatgccacagatatccaacatcttcattgaaccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatgg 387  Q
    |||| |||||||| |||||||| |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9351833 ttgtgatgccacatatatccaaaactttcactgaaccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatgg 9351906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 22 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 9349481 - 9349116
Alignment:
Q  22 ccaaccaagaaagacaaaacagattcaaagatagacaagttcattttaatgacctctctaagaactgtaatcactgcgacaaggtcttgatcttgattca 121  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||    
T  9349481 ccaatcaagaaagaaaaaacagatttgaagattgacaagttcattgcaatgacctcactaagaactgtaatcacagcagcaaggtcttgatcttgattca 9349382  T
Q  122 aaagtgaagaaactccaaatttagtttccatatgttttaaagatgtgatcaactttgtaacattcttcttcatcttctttgtgaagaatttatattcggc 221  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9349381 aaagtgaggaagctccaaatttagtttccatatgttttaaagatgtgatcaactttatgacatttttcttcatcttcttcgtgaagaatttatattcggc 9349282  T
Q  222 tacacttttttcaatgcttgaatctccctttctccttctaagagcagagtgaagtgtttgaacattttctttaatttgtaacatggtgtcccttgtaatg 321  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  9349281 tacacttttttcaatgcttgattttccctttctccttctaagagaagactgaagtgattgaacattttcttttatttgtaacatggtgtcccttgtgatg 9349182  T
Q  322 ccacagatatccaacatcttcattgaaccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatgg 387  Q
    ||||| |||||||| |  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9349181 ccacatatatccaaaactttcaccgaaccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatgg 9349116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 17 - 387
Target Start/End: Original strand, 9331805 - 9332178
Alignment:
Q  17 aagatccaaccaagaaagacaaaacagattcaaagatagacaagttcattttaatgacctctctaagaactgtaatcactgcgacaaggtcttgatct-- 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||  |||  |||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||      
T  9331805 aagatccaaccaagaaagaaaaaagggatcgaaaggtagacaagttcattgcaatgacctctctaagaactgtaatcactgcaacaaggtcttgatctaa 9331904  T
Q  115 -tgattcaaaagtgaagaaactccaaatttagtttccatatgttttaaagatgtgatcaactttgtaacattcttcttcatcttctttgtgaagaattta 213  Q
     | |||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9331905 tttattcaaaagtgaggaagctccaaatttactttccatatgttttaaagatgtaatcaactttgtgacgttcttcttcatcttctttgtgaagaattta 9332004  T
Q  214 tattcggctacacttttttcaatgcttgaatctccctttctccttctaagagcagagtgaagtgtttgaacattttctttaatttgtaacatggtgtccc 313  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  9332005 tattctgctacacttttttcaatgcttgattctccctttctccttctaagagaagagtgaattgattgaaaattttcgttaatttgtaacatgatgtccc 9332104  T
Q  314 ttgtaatgccacagatatccaacatcttcattgaaccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatgg 387  Q
    |||| |||||||| |||||||| |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9332105 ttgtgatgccacatatatccaaaactttcactgaaccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatgg 9332178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 22 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 9329252 - 9328963
Alignment:
Q  22 ccaaccaagaaagacaaaacagattcaaagatagacaagttcattttaatgacctctctaagaactgtaatcactgcgacaaggtcttgatcttgattca 121  Q
    |||||||||||| ||||||  |||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  9329252 ccaaccaagaaacacaaaatggattgaaagatagacatgttcattgcaatgacctctctaagaactgtaatcactgcaacaaggtcttgatctttattca 9329153  T
Q  122 aaagtgaagaaactccaaatttagtttccatatgttttaaagatgtgatcaactttgtaacattcttcttcatcttctttgtgaagaatttatattcggc 221  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  9329152 aaagtgaggaagctccaaatttagtttccatatgttttaaagatgagatcaactttgtgacattcttcttcatcttctttgtgaataatttatattctgc 9329053  T
Q  222 tacacttttttcaatgcttgaatctccctttctccttctaagagcagagtgaagtgtttgaacattttctttaatttgtaacatggtgtc 311  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9329052 tacacatttttcaatgcttgattctccttttctccttctaatagaagagtgaagtgattgaacattttctttaatttgtaacatggtgtc 9328963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 19 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 9361301 - 9361023
Alignment:
Q  19 gatccaaccaagaaagacaaaacagattcaaagatagacaagttcattttaatgacctctctaagaactgtaatcactgcgacaaggtcttgatcttgat 118  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||| |||  ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||    
T  9361301 gatccaaccaagaaagacaaaatggattgaaagatagacatgtttattgcaatgatctctctaagaactgtaatcactgcaacaatttcttgatcttgat 9361202  T
Q  119 tcaaaagtgaagaaactccaaatttagtttccatatgttttaaagatgtgatcaactttgtaacattcttcttcatcttctttgtgaagaatttatattc 218  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||    
T  9361201 tcaaaagtgaggaagctccaaatttagtttccatatgttttaaagatgtgatcaactttgtgacattcttcttca---tctttgtgaagaatttatattc 9361105  T
Q  219 ggctacacttttttcaatgcttgaatctccctttctccttctaagagcagagtgaagtgtttgaacattttctttaatttgt 300  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9361104 tgctacacttttttcaatgcttgaatctccttttctccttctaagagaagagtgaagtgtttgaacattttctttaatttgt 9361023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 163 - 296
Target Start/End: Original strand, 9307772 - 9307905
Alignment:
Q  163 gatgtgatcaactttgtaacattcttcttcatcttctttgtgaagaatttatattcggctacacttttttcaatgcttgaatctccctttctccttctaa 262  Q
    ||||||||||||||  || |||||||||||||||||  || |||||| |||||||  ||||||||||||||||||||| |||| |  ||| |||||||||    
T  9307772 gatgtgatcaacttcctagcattcttcttcatcttcactgagaagaagttatatttagctacacttttttcaatgcttcaatcccattttatccttctaa 9307871  T
Q  263 gagcagagtgaagtgtttgaacattttctttaat 296  Q
    ||||||||| ||||  |||||||||||| |||||    
T  9307872 gagcagagtaaagtacttgaacattttccttaat 9307905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 163 - 290
Target Start/End: Original strand, 9355034 - 9355161
Alignment:
Q  163 gatgtgatcaactttgtaacattcttcttcatcttctttgtgaagaatttatattcggctacacttttttcaatgcttgaatctccctttctccttctaa 262  Q
    ||||||||||||||  || ||||||||||||||||| ||| ||| || |||||||  |||||||||||||   ||||| |||| |  |||||||||||||    
T  9355034 gatgtgatcaacttcctagcattcttcttcatcttcattgagaataagttatatttagctacactttttttgttgcttcaatcccattttctccttctaa 9355133  T
Q  263 gagcagagtgaagtgtttgaacattttc 290  Q
    ||||||| | |||||  |||||||||||    
T  9355134 gagcagaataaagtgcctgaacattttc 9355161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 307 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 9310170 - 9310083
Alignment:
Q  307 gtgtcccttgtaatgccacagatatccaacatcttcattgaaccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggcgagaaa 394  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||| |  |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||| ||||||    
T  9310170 gtgtcccttgtgatgccacaaatatccaaaactttcactgaaccatccaacaattcttcgacaaatttctcgccatgatggtgagaaa 9310083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 163 - 242
Target Start/End: Original strand, 9347606 - 9347685
Alignment:
Q  163 gatgtgatcaactttgtaacattcttcttcatcttctttgtgaagaatttatattcggctacacttttttcaatgcttga 242  Q
    |||||||||||| |  || ||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||  || ||||| ||||| ||||||||    
T  9347606 gatgtgatcaacctcctagcattcttcttcatcttcattgagaagaagttatatttagcaacactcttttcgatgcttga 9347685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 160 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 31476891 - 31476657
Alignment:
Q  160 aaagatgtgatcaactttgtaacattcttcttcatcttctttgtgaagaatttatattcggctacacttttttcaatgcttgaatctccctttctccttc 259  Q
    |||||||||||||||||  ||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||| ||||||  |||||||| || ||||| || |    
T  31476891 aaagatgtgatcaacttgttaacattttttttcatcttttttgtgaagaatttgtattctgccacacttctttcaacacttgaatcaccttttcttctcc 31476792  T
Q  260 taagagcagagtgaagtgtttgaacattttctttaatttgtaacatggtgtcccttgtaatgccacagatatccaacatcttcattgaaccatccaacaa 359  Q
    | |||| ||||||||| | |||||||||||| ||  |||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||  |||| |||| |||||||||    
T  31476791 ttagagaagagtgaagggcttgaacattttccttggtttgcaaaatggtgtcccttgtgatgccacatatatccaagattctcatagaactatccaacaa 31476692  T
Q  360 ctcttccacaaatttctcaccttgatggcgagaaa 394  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||| ||||||    
T  31476691 ctcttccacacatttttcaccttgatggtgagaaa 31476657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 136 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 31502279 - 31502021
Alignment:
Q  136 ccaaatttagtttccatatgttttaaagatgtgatcaactttgtaacattcttcttcatcttctttgtgaagaatttatattcggctacacttttttcaa 235  Q
    ||||||||| | ||||| || || |||||||||||||||||  ||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||  |  |||||| ||||||    
T  31502279 ccaaatttactatccatttgcttcaaagatgtgatcaacttgttaacattttttttcatcttttttgtgaagaatttgtattgtgtcacacttatttcaa 31502180  T
Q  236 tgcttgaatctccctttctccttctaagagcagagtgaagtgtttgaacattttctttaatttgtaacatggtgtcccttgtaatgccacagatatccaa 335  Q
      |||||||| || ||||| || || |||  ||||||||| | |||||||||||| || ||||| |  || || ||||| || |||||||| ||||||||    
T  31502179 cacttgaatcaccttttcttctccttagacaagagtgaagggcttgaacattttccttgatttgaagaattgtatccctagtgatgccacaaatatccaa 31502080  T
Q  336 catcttcattgaaccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggcgagaaa 394  Q
     ||  ||||||||| |||||||| |||||| |   |||||||||||  |||| ||||||    
T  31502079 aattctcattgaactatccaacacctcttcaatgcatttctcacctctatggtgagaaa 31502021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 136 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 31467069 - 31466811
Alignment:
Q  136 ccaaatttagtttccatatgttttaaagatgtgatcaactttgtaacattcttcttcatcttctttgtgaagaatttatattcggctacacttttttcaa 235  Q
    ||||||||| | |||||||| || |||  |||||||||||| || ||||| |||||||||   |||||||| ||||| |||||  | |||||| ||||||    
T  31467069 ccaaatttactatccatatgcttcaaacttgtgatcaacttggtgacatttttcttcatcagttttgtgaaaaatttgtattcttccacacttctttcaa 31466970  T
Q  236 tgcttgaatctccctttctccttctaagagcagagtgaagtgtttgaacattttctttaatttgtaacatggtgtcccttgtaatgccacagatatccaa 335  Q
      |||||||| || ||||| || || |||  ||||||||| | |||||||||||| || ||||| |  || || ||| | || |||||||| ||||||||    
T  31466969 cacttgaatcaccttttcttctccttagacaagagtgaagggcttgaacattttccttgatttgaagaattgtatccttagtgatgccacaaatatccaa 31466870  T
Q  336 catcttcattgaaccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggcgagaaa 394  Q
     ||  ||||||||| |||||||| |||||| |   |||||||||||  |||| ||||||    
T  31466869 aattctcattgaactatccaacacctcttcaatgcatttctcacctctatggtgagaaa 31466811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University