View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF11131_high_1 (Length: 935)
Name: NF11131_high_1
Description: NF11131
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11131_high_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 862; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 862; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 917
Target Start/End: Complemental strand, 32032277 - 32031371
Alignment:
| Q |
12 |
agcagagagataacgacaactttattgcaatctaaaaccactagtaggaaataactatattaaattgatacaattaaaatacaataccaagaccttccca |
111 |
Q |
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| T |
32032277 |
agcagagagataacgacaactttattgcaatctaaaaccactagtaggaaataactatattaaattgatacaattaaaatacaataccaagaccttccca |
32032178 |
T |
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| Q |
112 |
aagagaaatctaagcttatcttactacttattaggaaccttaataaaacccacgtgtgtagtattttctactttagtaagggtttgaagatcataagctt |
211 |
Q |
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|
| T |
32032177 |
aagagaaatctaagcttatcttactacttattaggaaccttaataaaacccacgtgtgtagtattttctactttagtaagggtttgaagatcataagctt |
32032078 |
T |
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| Q |
212 |
tccaacaccttgagttatccttgtggtagaaatacccaacacacttacaatccttggtacatttgtttccacatgcatcttcacttacactatcaccagt |
311 |
Q |
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| T |
32032077 |
tccaacaccttgagttatccttgtggtagaaatacccaacacacttacaatccttggtacatttgtttccacatgcatcttcacttacactatcaccagt |
32031978 |
T |
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| Q |
312 |
agtgtatttgctcatgtagtgctcaactccttcaattttgtagtaatgaaattcacttgctttgcatactcctcctaaaggcttagcattacatttatta |
411 |
Q |
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| T |
32031977 |
agtgtatttgctcatgtagtgctcaactccttcaattttgtagtaatgaaattcacttgctttgcatactcctcctaaaggcttagcattacatttatta |
32031878 |
T |
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| Q |
412 |
ctccaaccaaatattccattctccaatggacaaccaacacattgattatcctcacaaagcccaaatttcccacatctctcaggcaatt-ggcactcaccc |
510 |
Q |
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| T |
32031877 |
ctccaaccaaatattccattctccaatggacaaccaacacattgattatcctcacaaagcccaaatttcccacatctctcaggcaattgggcactcaccc |
32031778 |
T |
|
| Q |
511 |
tcatcttcatcttcatcaaagagagtgtatgtcactttccaaacaccactacgcacatcaaggaagtaggtgtgaaatttaatattaccatcaattccaa |
610 |
Q |
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| T |
32031777 |
tcatcttcatcttcatcaaagagagtgtatgtcactttccaaacaccactacgcacatcaaggaagtaggtgtgaaatttaatattaccatcaattccaa |
32031678 |
T |
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| Q |
611 |
gcctaagatatgttaaggtactattattcactggcctaccaatgatactactaccagaagtggtagaattggcaacnnnnnnntcaaatccatactcaaa |
710 |
Q |
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| T |
32031677 |
gcctaagatatgttaaggtactattattcactggcctaccaatgatactactaccagaagtggtagaattggcaacaaaaaaatcaaatccatactcaaa |
32031578 |
T |
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| Q |
711 |
agattctggatcagattttagtgtgacattttctaatgagcctttttcaaatgaaaaccaagaagatgaaaaccaatatttaactggcctaggagaattt |
810 |
Q |
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| T |
32031577 |
agattctggatcagattttagtgtgacattttctaatgaacctttttcaaatgaaaaccaagaagatgaaaaccaatatttaattggcctaggagaattt |
32031478 |
T |
|
| Q |
811 |
gtactcttataatataaagccaaacctttaggctccaaaaccaaactataaggaccattaacattttctttttctgaaagtctactaacaagctttgaag |
910 |
Q |
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| T |
32031477 |
gtactcttataatataaagccaaacctttaggctccaaaaccaaactataaggaccatcaacattttctttttctgaaagtctactaacaagctttgaag |
32031378 |
T |
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| Q |
911 |
gtccatt |
917 |
Q |
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| ||||| |
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| T |
32031377 |
gaccatt |
32031371 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 586; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 917
Target Start/End: Complemental strand, 32065423 - 32064506
Alignment:
| Q |
27 |
acaactttattgcaatctaaaaccactagtaggaaataactatattaaattgatacaattaaaatacaataccaa---------------------gacc |
105 |
Q |
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| T |
32065423 |
acaactttattgcattctaaaacaactagtaggaaataacaaaattaaattgatacaattaaaatacaataccaaaaaaaaaaaaaaaaataccaagacc |
32065324 |
T |
|
| Q |
106 |
ttcccaaagagaaatctaagcttatcttactacttattaggaaccttaataaaacccacgtgtgtagtattttctactttagtaagggtttgaagatcat |
205 |
Q |
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| T |
32065323 |
ttcccatggaaaaatctaagcttatcttattacttattaggcaccttaatataacccacatgtgtggtattttgaactctagtaagagtttgaagatcat |
32065224 |
T |
|
| Q |
206 |
aagctttccaacaccttgagttatccttgtggtagaaatacccaacacacttacaatccttggtacatttgtttccacatgcatcttcacttacactatc |
305 |
Q |
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| T |
32065223 |
aagctatccaacaccttgattcatccttatggtagaaatacccaacacacttacaatcattggtacatttgtttccacatgcatcttcacttactatatc |
32065124 |
T |
|
| Q |
306 |
accagtagtgtatttgctcatgtagtgctcaactccttcaattttgtagtaatgaaattcacttgctttgcatactcctcctaaaggcttagcattacat |
405 |
Q |
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| T |
32065123 |
accactagtgtatttgttcatgtaatgctcaactccttcaattttgtagtaatgaaattcacttgctttgcatactcctcctaaaggcttagggctacac |
32065024 |
T |
|
| Q |
406 |
ttattactccaaccaaatattccattctccaatggacaaccaacacattgattatcctcacaaagcccaaatttcccacatctctcaggcaattggcact |
505 |
Q |
| |
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| T |
32065023 |
ttattactccaaccaaatattccattctccaatggacaaccaaaacattgattatcctcacaaagcccaaattccccacatctctctggcaattgacact |
32064924 |
T |
|
| Q |
506 |
caccctcatct------tcatcttcatcaaagagagtgtatgtcactttccaaacaccactacgcacatcaaggaagtaggtgtgaaatttaatattacc |
599 |
Q |
| |
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|
| T |
32064923 |
cactctcatctagatcttcatcttcatcaaagagagtgaatgtcactttccaaacaccactgcgtacatctagaaagtaagtgtgaaattgaatgttacc |
32064824 |
T |
|
| Q |
600 |
atcaattccaagcctaagatatgttaaggtactattattcactggcctaccaatgatactactaccagaagtggtagaattggcaacnnnnnnntcaaat |
699 |
Q |
| |
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|
| T |
32064823 |
atcaattccaagcctaagatatgttaaggtactattattcactggcctaccaatgatactattgccagaagtggtagaattggtaacatgaaaatcaaat |
32064724 |
T |
|
| Q |
700 |
ccatactcaaaagattctggatcagattttagtgtgacattttctaatgagcctttttcaaatgaaaaccaagaagatgaaaaccaatatttaactggcc |
799 |
Q |
| |
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| T |
32064723 |
ccaaactcaaaagattctggatcagatttaagtgtgacattttctaatgagcctttttcaaatgaaaaccaagaagaagaaaaccaatatttacttggcc |
32064624 |
T |
|
| Q |
800 |
taggagaatttgtactcttataatataaagccaaacctttaggctccaaaaccaaactataaggaccattaacattttctttttctgaaagtctactaac |
899 |
Q |
| |
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| T |
32064623 |
taggagaatttgtactcctataatataaagccaaacctttaggttccaaaaccaaactataagggccatcaacattttctttttctgaaagtctactaac |
32064524 |
T |
|
| Q |
900 |
aagctttgaaggtccatt |
917 |
Q |
| |
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| T |
32064523 |
aagctttgaaggtccatt |
32064506 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 294 - 917
Target Start/End: Complemental strand, 32072458 - 32071838
Alignment:
| Q |
294 |
acttacactatcaccagtagtgtatttgctcatgtagtgctcaactccttcaattttgtagtaatgaaattcacttgctttgcatactcctcctaaaggc |
393 |
Q |
| |
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| T |
32072458 |
acttactctatcaccaacagtgtatttgctcatataatgctcaactccttcaattttgtagtaatgaaactcacttgctttgcatactactac---aggc |
32072362 |
T |
|
| Q |
394 |
ttagcattacatttattactccaaccaaatattccattctccaatggacaaccaacacattgattatcctcacaaagcccaaatttcccacatctctcag |
493 |
Q |
| |
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| T |
32072361 |
ttagcactacaattattgctcgaacttaagattccattctccaaaggacaaccaacacattgattatcctcacaaagcccaaattttccacatctctttg |
32072262 |
T |
|
| Q |
494 |
gcaattggcactcaccctcatcttcatcttcatcaaagagagtgtatgtcactttccaaacaccactacgcacatcaaggaagtaggtgtgaaatttaat |
593 |
Q |
| |
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| T |
32072261 |
gcaattgacattcactctcatcaaaatctctatcaaagagagtgtatgtcactttccaaacaccatcttgaacatctagaaaatatgtgtaaaatctgat |
32072162 |
T |
|
| Q |
594 |
attaccatcaattccaagcctaagatatgttaaggtactattattcactggcctaccaatgatactactaccagaagtggtagaattggcaacnnnnnnn |
693 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
32072161 |
gttaccatcaattccaagcctaagatatgttaaagtactattcttcactggcctaccaatgatactactaccagaagtggtagaattggcaacaaaaaaa |
32072062 |
T |
|
| Q |
694 |
tcaaatccatactcaaaagattctggatcagattttagtgtgacattttctaatgagcctttttcaaatgaaaaccaagaagatgaaaaccaatatttaa |
793 |
Q |
| |
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|
| T |
32072061 |
tcaaatccaaactcaaaagattctggatcagatttaagtgtgacattttctaatgagcctttttcaaatgaaaaccaagaagatgaaaaccaatatttaa |
32071962 |
T |
|
| Q |
794 |
ctggcctaggagaatttgtactcttataatataaagccaaacctttaggctccaaaaccaaactataaggaccattaacattttctttttctgaaagtct |
893 |
Q |
| |
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|||| |||| ||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |
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| T |
32071961 |
ttggcataggtgaaatttcactcttataatacaaagccaaacctttaggctccaaaatcaaactataaggaccatcaacattttctttttctgaaagcct |
32071862 |
T |
|
| Q |
894 |
actaacaagctttgaaggtccatt |
917 |
Q |
| |
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|||| |||| |||||||| ||||| |
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| T |
32071861 |
actagcaagttttgaaggaccatt |
32071838 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 756 - 917
Target Start/End: Complemental strand, 32078524 - 32078363
Alignment:
| Q |
756 |
ttcaaatgaaaaccaagaagatgaaaaccaatatttaactggcctaggagaatttgtactcttataatataaagccaaacctttaggctccaaaaccaaa |
855 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||| ||||||| |||||| || ||||||||| |||||| ||||||| |||||||||| ||| |||||||| || ||||||||| |
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| T |
32078524 |
ttcaaatgaataccaattagatgaattccaatagggaattggcctaggtgaatttttactcttgtaatataaagtcaaccctttaggatcgaaaaccaaa |
32078425 |
T |
|
| Q |
856 |
ctataaggaccattaacattttctttttctgaaagtctactaacaagctttgaaggtccatt |
917 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
32078424 |
ctataaggaccatcaacattttctttttctgaaagcctactaacaagttttgaaggtccatt |
32078363 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 580 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 32078700 - 32078642
Alignment:
| Q |
580 |
gtgtgaaatttaatattaccatcaattccaagcctaagatatgttaaggtactattatt |
638 |
Q |
| |
|
||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||| |
|
|
| T |
32078700 |
gtgtgaattttaatgttaccatcaattccaagccttggatatgttaaagtgctattatt |
32078642 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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