View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11131_low_5 (Length: 455)

Name: NF11131_low_5
Description: NF11131
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11131_low_5
NF11131_low_5
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (6-439)||(825778-826211)
chr3 (6-413)||(832475-832882)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (6-429)||(937984-938407)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 410; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 410; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 826211 - 825778
Alignment:
Q  6 agaagcaaaggatatgaaggccgctctggaatcaaaaggtgaggttgagtttgaagtgtgtacgcttgggaaaactgtaactattaataagagcatggtg 105  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  826211 agaagcattggatatgaaggccgctctggaatcaaaaggtgaggttgagtttgaagtgtgtacgcttggggaaactgtaactattaataagagcatggtg 826112  T
Q  106 agcattcacaaggagaaaaagaaagagcatcagcgagtttttacaccatctgtgattgaaccatcctttgggattggacggataatatattgtctatttg 205  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  826111 agcattcacatggagaaaaagaaagagcatcagcgagtttttacaccatctgtgattgaaccatcctttgggattggacggataatatattgtctatttg 826012  T
Q  206 agcacactttctatacaaggcagagtaaaactggggatgaacagttaaatgtattccgctttccttcacttgtggctcctattaagtgcacagtttttcc 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  826011 agcacactttctatacaaggcagagtaaagctggggatgaacagttaaatgtattccgctttccttcacttgtggctcctattaagtgcacagtttttcc 825912  T
Q  306 tctggttcaaaaccagaagtttgaagaggttgccaaattaatttctaagtcgttgactgctgctggaatttcgcataagattgacattacaggtatgttg 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  825911 tctggttcaaaaccagaagtttgaagaggttgccaaattaatttctaagtcgttgactgctgctggaatttcgcataagattgacattacaggtatgttg 825812  T
Q  406 ttaaagttgaagttttcattaacaattaaaatat 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  825811 ttaaagttgaagttttcattaacaatcaaaatat 825778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 832882 - 832475
Alignment:
Q  6 agaagcaaaggatatgaaggccgctctggaatcaaaaggtgaggttgagtttgaagtgtgtacgcttgggaaaactgtaactattaataagagcatggtg 105  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  832882 agaagcattggatatgaaggccgctctggaatcaaaaggtgaggttgaatttgaagtgtgtacgcttgggaaaactgtaactattaataagagcatggtg 832783  T
Q  106 agcattcacaaggagaaaaagaaagagcatcagcgagtttttacaccatctgtgattgaaccatcctttgggattggacggataatatattgtctatttg 205  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  832782 agcattcacacggagaaaaagaaagagcatcagcgagtttttacaccatctgtgattgaaccatcctttgggattggacggataatatattgtctatttg 832683  T
Q  206 agcacactttctatacaaggcagagtaaaactggggatgaacagttaaatgtattccgctttccttcacttgtggctcctattaagtgcacagtttttcc 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  832682 agcacactttctatacaaggcagagtgaagctggggatgaacagttaaatgtatttcgctttccttcacttgtggctcctattaagtgcactgttttccc 832583  T
Q  306 tctggttcaaaaccagaagtttgaagaggttgccaaattaatttctaagtcgttgactgctgctggaatttcgcataagattgacattacaggtatgttg 405  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  832582 tctggttaaaaaccaggagtttgaagaggttgccaatctaatttccgagtcgttgactgctgctggaatttggcatatgattgacattacaggtatgttg 832483  T
Q  406 ttaaagtt 413  Q
    ||||||||    
T  832482 ttaaagtt 832475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 312; Significance: 1e-176; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 6 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 938407 - 937984
Alignment:
Q  6 agaagcaaaggatatgaaggccgctctggaatcaaaaggtgaggttgagtttgaagtgtgtacgcttgggaaaactgtaactattaataagagcatggtg 105  Q
    |||||||  |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  938407 agaagcattggatatgaaggctgctctggactcaaaaggcgaggttgagtttgaagtatgtacacttgggaaaactgtaactattaataagaatatggtg 938308  T
Q  106 agcattcacaaggagaaaaagaaagagcatcagcgagtttttacaccatctgtgattgaaccatcctttgggattggacggataatatattgtctatttg 205  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  938307 accattcacaaggagataaagaaagagcatcagcgagtttttacaccatctgtgattgaaccatcctttgggattggacggataatatattgcctatatg 938208  T
Q  206 agcacactttctatacaaggcagagtaaaactggggatgaacagttaaatgtattccgctttccttcacttgtggctcctattaagtgcacagtttttcc 305  Q
    |||| |||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  938207 agcatactttctatacaaggtcgagtaaagctggggatgaacagttaaatgtatttcgctttccttctcttgtggctcctattaaatgcacagttttccc 938108  T
Q  306 tctggttcaaaaccagaagtttgaagaggttgccaaattaatttctaagtcgttgactgctgctggaatttcgcataagattgacattacaggtatgttg 405  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  938107 tctggttcaaaatcagaagtatgaagatgttgccaaattgatttccaagtcgttgactgctgctggaatttcgcataagattgacattacaggtatgttg 938008  T
Q  406 ttaaagttgaagttttcattaaca 429  Q
    |||||||||||||| || ||||||    
T  938007 ttaaagttgaagttctcgttaaca 937984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University