View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11133_high_13 (Length: 448)

Name: NF11133_high_13
Description: NF11133
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11133_high_13
NF11133_high_13
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (18-432)||(15019675-15020089)
chr2 (18-432)||(14528701-14529121)
chr2 (18-432)||(14542927-14543347)
chr2 (18-431)||(14512251-14512670)
chr2 (18-429)||(31969100-31969511)
chr2 (18-429)||(14533935-14534343)
chr2 (18-429)||(15013183-15013591)
chr2 (18-430)||(15007773-15008185)
chr2 (18-432)||(15003847-15004260)
chr2 (18-431)||(14520091-14520504)
chr2 (18-429)||(14547074-14547485)
chr2 (54-407)||(14567359-14567712)
chr2 (51-406)||(14850329-14850684)
chr2 (51-407)||(15023743-15024099)
chr2 (51-396)||(14552317-14552662)
chr2 (270-348)||(14847677-14847755)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (46-120)||(17357027-17357101)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 18 - 432
Target Start/End: Original strand, 15019675 - 15020089
Alignment:
Q  18 actttcatcacaaccccacaaaaggttattgcctaagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaactacaaac 117  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| ||||  ||| | ||| ||  ||||||||| |||||||||||||| || ||    
T  15019675 actttcatcacaaccccacaaaatgttattgccaaagtttcaattctttctatctgatgcttcttattcctctgatattattccattgttaactgcacac 15019774  T
Q  118 ccttacattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaa 217  Q
    |||   ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15019775 cctagaattttacaaggtagcttggagagacgaataatccctttttttgaattattaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaa 15019874  T
Q  218 ttcgatattgggctgcattttctactaatccctatcaccttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgattctaccattgctag 317  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||||||  |||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  15019875 ttcgatattggactgcattttctactaatccccatgaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttgattttggattttctgattctaccattgctag 15019974  T
Q  318 attgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaacgacggctttt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  15019975 attgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagttattggaggaaattaagggtttagggtttaaaccttcaacgaccgctttt 15020074  T
Q  418 gggactgctttgatg 432  Q
    |||||||||||||||    
T  15020075 gggactgctttgatg 15020089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 18 - 432
Target Start/End: Original strand, 14528701 - 14529121
Alignment:
Q  18 actttcatcacaaccccacaaaaggttattgcctaagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaactacaaac 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14528701 actttcatcacaaccccacaaaaggtttttgccaaagtttcaattttttctatccaatgctgcttcttcctctgatattgttccattgttaactacaaac 14528800  T
Q  118 ccttacattttacaaagtagc------ttggagagacgaataatccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgttt 211  Q
    |||   ||||||| |||||||      ||||||| || ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  14528801 cctagaattttacgaagtagcctggacttggagaaacaaataatccctctttttgaattattaagtaggttcttgaaaaccaacaaggatatcattcttt 14528900  T
Q  212 gcttaattcgatattgggctgcattttctactaatccctatcaccttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgattctaccat 311  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  |   ||    
T  14528901 gcttaattcgatattggactgcatttgctactaatccctatcaccttattgtgtctaatatcaatttgatgtctgattttggagtttctgataatgttat 14529000  T
Q  312 tgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaacgacg 411  Q
    || ||| |||||||   ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||| | ||||||| |||     
T  14529001 tggtagtttgcttcagtcaaggccgtctatatttggttcaaaggatttgattaagtcattggaggaagttaaggatttagggtttcatccttcaatgact 14529100  T
Q  412 gcttttgggactgctttgatg 432  Q
      |||||||||||||||||||    
T  14529101 aattttgggactgctttgatg 14529121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 18 - 432
Target Start/End: Original strand, 14542927 - 14543347
Alignment:
Q  18 actttcatcacaaccccacaaaaggttattgcctaagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaactacaaac 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14542927 actttcatcacaaccccacaaaaggtttttgccaaagtttcaattttttctatccaatgctgcttcttcctctgatattgttccattgttaactacaaac 14543026  T
Q  118 ccttacattttacaaagtagc------ttggagagacgaataatccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgttt 211  Q
    |||   ||||||| |||||||      ||||||| || ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  14543027 cctagaattttacgaagtagcctggacttggagaaacaaataatccctctttttgaattattaagtaggttcttgaaaaccaacaaggatatcattcttt 14543126  T
Q  212 gcttaattcgatattgggctgcattttctactaatccctatcaccttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgattctaccat 311  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  |   ||    
T  14543127 gcttaattcgatattggactgcatttgctactaatccctatcaccttattgtgtctaatatcaatttgatgtctgattttggagtttctgataatgttat 14543226  T
Q  312 tgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaacgacg 411  Q
    || ||| |||||||   ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||| | ||||||| |||     
T  14543227 tggtagtttgcttcagtcaaggccgtctatatttggttcaaaggatttgattaagtcattggaggaagttaaggatttagggtttcatccttcaatgact 14543326  T
Q  412 gcttttgggactgctttgatg 432  Q
      |||||||||||||||||||    
T  14543327 aattttgggactgctttgatg 14543347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 18 - 431
Target Start/End: Original strand, 14512251 - 14512670
Alignment:
Q  18 actttcatcacaaccccacaaaaggttattgcctaagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaactacaaac 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14512251 actttcatcacaaccccacaaaaggtttttgccaaagtttcaattttttctatccaatgctgcttcttcctctgatattgttccattgttaactacaaac 14512350  T
Q  118 ccttacattttacaaagtagcttgga------gagacgaataatccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgttt 211  Q
    |||   ||||||| ||||||||||||      || || ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  14512351 cctagaattttacgaagtagcttggacttggagaaacaaataatccctctttttgaattattaagtaggttcttgaaaaccaacaaggatatcattcttt 14512450  T
Q  212 gcttaattcgatattgggctgcattttctactaatccctatcaccttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgattctaccat 311  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  |   ||    
T  14512451 gcttaattcgatattggactgcatttgctactaatccctatcaccttattgtgtctaatatcaatttgatgtctgattttggagtttctgataatgttat 14512550  T
Q  312 tgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaacgacg 411  Q
    || ||| |||||||   ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| |||||| |||||| |||||||||| | ||||||  |||     
T  14512551 tggtagtttgcttcagtcaaggccgtctatatttggttcaaaggatttgattaagtcattagaggaagttaaggatttagggtttcatccttcattgact 14512650  T
Q  412 gcttttgggactgctttgat 431  Q
     ||||| || ||||||||||    
T  14512651 acttttagggctgctttgat 14512670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 18 - 429
Target Start/End: Original strand, 31969100 - 31969511
Alignment:
Q  18 actttcatcacaaccccacaaaaggttattgcctaagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaactacaaac 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  31969100 actttcatcacaaccccacaaaaggttattgcctaagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaactgcaaac 31969199  T
Q  118 ccttacattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaa 217  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||| ||||||||| |||||  | |||||||||||||||||  ||||||| |||||    
T  31969200 cctcacattttacaaagtagcttggacaaacgaataatccctctttttcaattgttaaataggttttcgaaaaccaacaaggatactattgtttacttaa 31969299  T
Q  218 ttcgatattgggctgcattttctactaatccctatcaccttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgattctaccattgctag 317  Q
    ||||| |||      | |||  |  | |||||  | ||||| | | | |||||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||| ||||||||||    
T  31969300 ttcgacattcaaggtcgtttattgtttatccccttaaccttctagaggctaatatcaatttgatggttgattttggagtttatgattctgccattgctag 31969399  T
Q  318 attgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaacgacggctttt 417  Q
    |||||||||||| |||  |||||||| | ||||||||||| |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||  || |||    
T  31969400 attgcttcgaactaggaaatctatatcttgttcaaatgatttgattaagtcattggaggacgttaagggtttagggtttgacccttcaacgatcgcattt 31969499  T
Q  418 gggactgctttg 429  Q
    ||||||||||||    
T  31969500 gggactgctttg 31969511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 18 - 429
Target Start/End: Original strand, 14533935 - 14534343
Alignment:
Q  18 actttcatcacaaccccacaaaaggttattgcctaagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaactacaaac 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14533935 actttcatcacaaccccacaaaaggttattgccaaagtttcaattttttctatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaactacaaac 14534034  T
Q  118 ccttacattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaa 217  Q
    |||   ||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||| |||| |||||||||| ||| |||||||||| ||||  |||| |||||||||    
T  14534035 cctcgaattttacgaagtagcttggagaaacaaataatccctctttttcaattattaagtaggtgcttaaaaaccaacagggatgccattatttgcttaa 14534134  T
Q  218 ttcgatattgggctgcattttctactaatccctatcaccttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgattctaccattgctag 317  Q
    |   | ||||| || ||||| ||| | ||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||    
T  14534135 taaaacattggactacatttactatttat---tatcaccttattgtggctaatatcaatttgatgactgattttggaattcctcattctgtcattgctag 14534231  T
Q  318 attgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaacgacggctttt 417  Q
    |||| ||||| | || |||| | || || ||||||| ||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  |||||    
T  14534232 attgattcgatctagaccatttttaatttgttcaaaggatttgattaattcattggaggaaattaagggtttagggtttgatccttcaacgactactttt 14534331  T
Q  418 gggactgctttg 429  Q
    |||  |||||||    
T  14534332 gggtatgctttg 14534343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 18 - 429
Target Start/End: Original strand, 15013183 - 15013591
Alignment:
Q  18 actttcatcacaaccccacaaaaggttattgcctaagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaactacaaac 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15013183 actttcatcacaaccccacaaaaggttattgcctaagtttcaattttttatatccaacggtgcttctttatctgatattgttccattgttaactgcaaac 15013282  T
Q  118 ccttacattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaa 217  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||| |||| |||| |||| |||||  |||||||||||||||||||  ||||||| |||||    
T  15013283 cctcacattttacaaagtagcttggacaaacggataatccctctttttcaattattaaataggtttttgaaaaccaacaaggatactattgtttacttaa 15013382  T
Q  218 ttcgatattgggctgcattttctactaatccctatcaccttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgattctaccattgctag 317  Q
    ||| | |||   |    |  | ||  | ||||  ||||||| | | | |||||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||| ||||||||||    
T  15013383 ttctaaatt---caaggtcgtttataactccccttcaccttctagaggctaatatcaatttgatggttgattttggagtttgtgattctgccattgctag 15013479  T
Q  318 attgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaacgacggctttt 417  Q
    |||||||||||| |||  |||||||| | ||||||||||| |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  15013480 attgcttcgaactaggaaatctatatattgttcaaatgatttgattaagtcattggaggacgttaagggtttagggtttgacccttcaacggccgctttt 15013579  T
Q  418 gggactgctttg 429  Q
    ||||||||||||    
T  15013580 gggactgctttg 15013591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 18 - 430
Target Start/End: Original strand, 15007773 - 15008185
Alignment:
Q  18 actttcatcacaaccccacaaaaggttattgcctaagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaactacaaac 117  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| |||| ||||||| |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  15007773 actttcatcacaaccccacaaaatgttattgccaaagtttgaatattttctatccaaaggtgcttcttcagctgatattgtttcattgttaactgcaaac 15007872  T
Q  118 ccttacattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaa 217  Q
    |||   ||||||| |||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15007873 cctacaattttacgaagtagcttgggcaaacgaataatccctctttttgaattgttaagtaggttctttaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttac 15007972  T
Q  218 ttcgatattgggctgcattttctactaatccctatcaccttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgattctaccattgctag 317  Q
    ||||| |||      | |||  || ||  || ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||     
T  15007973 ttcgacattcaatgtcgtttattattagcccatatcaccttattgtggctaatatcaatttgataactggttttggagtttctgattctaccattgctaa 15008072  T
Q  318 attgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaacgacggctttt 417  Q
    ||||||||  | ||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||||| | |||||||| ||  |||||    
T  15008073 attgcttcagaaaaggccatctatatttggttcaactgatttgattaagtcattagaggaagttaagcgtttagggtttcatccttcaacaactactttt 15008172  T
Q  418 gggactgctttga 430  Q
    |||||||||||||    
T  15008173 gggactgctttga 15008185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 18 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 15004260 - 15003847
Alignment:
Q  18 actttcatcacaaccccacaaaaggttattgcctaagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaactacaaac 117  Q
    ||||||||| |||||||||||| | |||||| | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  15004260 actttcatcgcaaccccacaaaggtttattgtcaaagtttcaattttttctatccaaaggtgcttcttcctctgatattgtttcattgttaacttcaaac 15004161  T
Q  118 ccttacattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaa 217  Q
    |||   ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||||  ||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  15004160 cctcgaattttacaaagtagcttggagaatcgaataatccctctttttgaattgttaaataggt-tttcgaaaccaacaaggataccattgttggcttaa 15004062  T
Q  218 ttcgatattgggctgcattttctactaatccctatcaccttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgattctaccattgctag 317  Q
    |||||||||      | ||| ||  | ||||||||||| || | | | |||||||||||||||||   |||||||  ||| |||||||||||||||||||    
T  15004061 ttcgatattcaagatcgtttactttttatccctatcactttctagaggctaatatcaatttgatggtggattttgatgtttctgattctaccattgctag 15003962  T
Q  318 attgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaacgacggctttt 417  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||| |||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||  |||||    
T  15003961 attgcttcaaaaaaggccatctatatttggttcaaaggatttgattatgtcattggaggaagttaagtgtttagggtttgacgcttcaacgaccactttt 15003862  T
Q  418 gggactgctttgatg 432  Q
    |||||||||||||||    
T  15003861 gggactgctttgatg 15003847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 18 - 431
Target Start/End: Original strand, 14520091 - 14520504
Alignment:
Q  18 actttcatcacaaccccacaaaaggttattgcctaagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaactacaaac 117  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||  | ||||| ||||||||||  ||||||||| |||   |||||||| ||||     
T  14520091 actttcatcacaaccccacaaaatggtattgccaaagtttcaatttttactctccaaaggtgcttcttcctctgatattattcgcctgttaactgcaaat 14520190  T
Q  118 ccttacattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaa 217  Q
    ||| | |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| |||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14520191 cctaaaattttacaaagtagtttggagaaacgaataatccctctttttcaattgttaaataggttttcgaaaaccaacaaggataccattgtttgcttaa 14520290  T
Q  218 ttcgatattgggctgcattttctactaatccctatcaccttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgattctaccattgctag 317  Q
    ||||| |||      | |||  || | ||||||||||  || | | | |||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  14520291 ttcgaaattcactatcgtttattatttatccctatcatgttctagaggctaatatcaatttgatgattgaatttggagtttctgattctaacattgctag 14520390  T
Q  318 attgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaacgacggctttt 417  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||| |||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||||| | ||||||| |||  |||||    
T  14520391 attgcttcaaacaaggtcatctatatttggttcaactgatttgattaagtcattagaggaagttaagtgtttagggtttcatccttcaaagactactttt 14520490  T
Q  418 gggactgctttgat 431  Q
    ||| ||||||||||    
T  14520491 ggggctgctttgat 14520504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 18 - 429
Target Start/End: Original strand, 14547074 - 14547485
Alignment:
Q  18 actttcatcacaaccccacaaaaggttattgcctaagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaactacaaac 117  Q
    |||||||| |||||||||||| |   | ||||| |||||| |||||||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||||| ||||  ||||   ||||    
T  14547074 actttcattacaaccccacaatataattttgcccaagtttgaattttttctatccaaaggtgctacttcatctgatattgtttcattcataacagaaaac 14547173  T
Q  118 ccttacattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaa 217  Q
    |||   ||||| | |||||||||||||| |||||| ||||||| |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||     
T  14547174 cctcgaattttgcgaagtagcttggagaaacgaattatccctctttttcaattgttaagtagcttcttgaaaaccaacaaggatgtcattctttgcttac 14547273  T
Q  218 ttcgatattgggctgcattttctactaatccctatcaccttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgattctaccattgctag 317  Q
    ||||| ||| | ||    || ||  |||| ||||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||    
T  14547274 ttcgacattcgacttatgttacttttaattcctatcaccttgttgccgctaatatcaatttgatgactgattttggagtttctgattctgtcattgctag 14547373  T
Q  318 attgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaacgacggctttt 417  Q
     ||||||| || ||||||||||||||||||||| | |||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||| |  |||||    
T  14547374 cttgcttcaaaaaaggccatctatatttggttcgactgatttgattaagtcattggaggaagttaagtgtttagggtttgatccttcaacggctactttt 14547473  T
Q  418 gggactgctttg 429  Q
    ||| ||||||||    
T  14547474 ggggctgctttg 14547485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 54 - 407
Target Start/End: Original strand, 14567359 - 14567712
Alignment:
Q  54 gtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaactacaaacccttacattttacaaagtagcttggagagacgaata 153  Q
    |||||| |||||| ||||||| ||||||||||  ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||   ||||| || | ||| ||||||| |||||||    
T  14567359 gtttcacttttttctatccaaaggtgcttcttcctctgagattgtttcattgttaacttcaaaccctataattttgcatattagtttggagaaacgaata 14567458  T
Q  154 atccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattgggctgcattttctactaatccctatc 253  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  |||   ||||||||||||  ||| ||||||    
T  14567459 atccctctttttgaattgttaagtaagttcttgaaaaccaacaaagatatcattatttgcttaattcggcattcaactgcattttctatgaattcctatc 14567558  T
Q  254 accttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaa 353  Q
    |||||||| ||  |||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||  |  ||||||||| |||||||   |||||||||||||| ||||||||||    
T  14567559 accttattatggataatgtcaatttgatgtctgattttggagtttctgataatgtcattgctagtttgcttcagtcaaggccatctatagttggttcaaa 14567658  T
Q  354 tgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaac 407  Q
     ||  |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  14567659 ggaattgattaagtcattggaggaagttaagagtttagggtttgatccttcaac 14567712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 51 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 14850684 - 14850329
Alignment:
Q  51 taagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaactacaaacccttacattttacaaagtagcttggagagacga 150  Q
    ||||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||  ||| ||||| || ||||||||||| |||||||| | |||||||||  |||||| || | ||||    
T  14850684 taagtttgaatattttctatccaaaggtgcttcttcctctcatattatttcattgttaacttcaaaccctcaaattttacaatatagcttagacaaacga 14850585  T
Q  151 ataatccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattgggctgcattttctactaatccct 250  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||| ||| |||||||| |||| | ||||||||||||| ||   |||||||| |||  |||||||    
T  14850584 ataatccctctttttgaattattaagtaggttcttgaaatccagcaaggataccattctctgcttaattcgatgttccactgcatttactataaatccct 14850485  T
Q  251 atcaccttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttc 350  Q
    ||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |  |||||||||  ||||||   || |||||||| ||||||||||    
T  14850484 atcgcattattgtggctaatatcaatttgatgactgattttggagtttctgataatgtcattgctagtatgcttcagtcatggccatctgtatttggttc 14850385  T
Q  351 aaatgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaa 406  Q
    ||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | |||||||    
T  14850384 aaaggatttgattaagtcattggaggaagttaagtgtttagggtttgatccttcaa 14850329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 51 - 407
Target Start/End: Original strand, 15023743 - 15024099
Alignment:
Q  51 taagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaactacaaacccttacattttacaaagtagcttggagagacga 150  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||||||| |||||| ||||  |||    
T  15023743 taagtttgaattttttctatccaaaggtgcttcttcatctcatattgtttcattgttaactacataccctcaaattttacaaactagctttgagaatcga 15023842  T
Q  151 ataatccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattgggctgcattttctactaatccct 250  Q
    |||||||||| |||| ||||| |||  |||| ||| ||||| ||||||||||  |||||||||||||||| | ||| |       || ||| | |||||     
T  15023843 ataatccctctttttaaattgctaacaaggttctttaaaactaacaaggatactattgtttgcttaattcaacattcgaaatgggttactagtcatcccc 15023942  T
Q  251 atcaccttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttc 350  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||||    
T  15023943 atcaccttattgtggctagtatcaatctgatttctgattttggagtttctgattctgtcattgctagattgcttcaaaataagccatctatatttggttc 15024042  T
Q  351 aaatgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaac 407  Q
    ||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  15024043 aaaggatttgattaagtcattggaggaagttaagagtttagggtttgatccttcaac 15024099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 51 - 396
Target Start/End: Original strand, 14552317 - 14552662
Alignment:
Q  51 taagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaactacaaacccttacattttacaaagtagcttggagagacga 150  Q
    ||||||| ||| |||| ||||||| |||||||||| |||| ||||| || ||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||| |||| | ||||    
T  14552317 taagtttgaatattttctatccaaaggtgcttcttcatctcatattatttcattgttaacttcaaaccctcaaattttacaaagtagcctggacaaacga 14552416  T
Q  151 ataatccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattgggctgcattttctactaatccct 250  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| | || ||| ||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| ||| |       || ||| | |||||     
T  14552417 ataatccctctttttgaattgttaagaatgttctttaaaactaacaaggatacaattgtttgcttaattcgacattcgaaatgggttgctagttatcccc 14552516  T
Q  251 atcaccttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttc 350  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||| ||  || |||||  ||||||||||||||||| ||  |  |||||||||||| ||||    
T  14552517 atcaccttattgtggctaatattaatctgatgtctgattttggcgtgtctcattctgtcattgctagattgcttcaaattaaaccatctatattttgttc 14552616  T
Q  351 aaatgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggttt 396  Q
    ||| ||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  14552617 aaaggatttgattaagtcattggaggaagttaaaggtttagggttt 14552662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 270 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 14847755 - 14847677
Alignment:
Q  270 tatcaatttgatgactgattttggagttcctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggt 348  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||||||||||    
T  14847755 tatcaattttaggactgattttggagtttgcgattctaccattgatagattgcttcaaaaaaggtcatctatatttggt 14847677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 46 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 17357101 - 17357027
Alignment:
Q  46 ttgcctaagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaactacaaaccct 120  Q
    ||||| |||||| |||||||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||    
T  17357101 ttgccaaagtttgaattttttctatccaaaggtgctacttcatctgatattgtttcattcgtaactgcaaaccct 17357027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University