View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11133_high_4 (Length: 652)

Name: NF11133_high_4
Description: NF11133
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11133_high_4
NF11133_high_4
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (13-607)||(12196422-12197013)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (179-549)||(6372476-6372849)
chr7 (193-546)||(10332540-10332894)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (10-558)||(33684053-33684593)
chr2 (10-558)||(33701107-33701647)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (332-547)||(14639669-14639886)
chr3 (134-259)||(14639519-14639644)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 491; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 491; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 607
Target Start/End: Complemental strand, 12197013 - 12196422
Alignment:
Q  13 gaatattgggattgtactgcaaacaagtgcagtgtctctgagaagcaggttatcattgaagataatagagaatctgatgagctcaccataaatgaagttg 112  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12197013 gaatattgggattgtactgcaaataagtgcagtgtctctgagaaggaggttatcattgaagataatagagaatctgatgagctcaccataaatgaagttg 12196914  T
Q  113 ctaatgaagaagaaatcttagatgaagagtcaaccactatagccagaccacaaagaaacagacaaattccaagaagtttagaagactgtcaggtaactgg 212  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  12196913 ctaatgatgaagaaatcatagatgaagagtcaaccactatagccagaccacaaagaaacagacaaattccaagaagttcagaagactgtcaggtaactgg 12196814  T
Q  213 tgatgaagaagtaggtagtgatggtgaattggtgcattttacaatgcgagcagacatcgagccattagattacatagctgcactatgtgataaggcattg 312  Q
    |||||| |||     |||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  12196813 tgatgatgaa----ctagtgatggttaattggtgcattttgcaatgctagcagacatcgagccattagattacatagctgcactatgtgataaggcatta 12196718  T
Q  313 aaggaagctatgatagatgaactaaaatctattgagaagagtcagacttgtgaactgattaagcttcgagatggaaagaaggcaatagatataaaattgg 412  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12196717 aaggaagctatgataggtgaactaaaatctattgagaagagtcagacttgtgaactgataaagcttcgagatggaaaaaaggcaatagatataaaattgg 12196618  T
Q  413 ttttcaagttaaaatttaatcaagaagggaagattgtgaagcacaaagcaaggcttttggctagaggtttatttagaaggaaagttttgattacactaaa 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12196617 ttttcaagttaaaatttaatcaagaagggaagattgtgaatcacgaagcaaggcttttggctagaggtttatttagaaggaaggttttgattacactaaa 12196518  T
Q  513 gttttctca-cagttgcaagacatgaaactatcagattggttatagcgttagcaactagtaaagtttgcatttctgaatggtacattagaagagac 607  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12196517 gttttctcaccagatgcaagacatgaaactatcagattggttatagtattagcaactagtaaagtttgcatttctgaatggtacattagaagagac 12196422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 154; Significance: 2e-81; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 179 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 6372849 - 6372476
Alignment:
Q  179 ttccaagaagtttagaagactgtcaggtaactggtgatgaagaagtaggtagtgatggtgaattggtgcattttacaatgcgagcagacatcgagccatt 278  Q
    ||||||| || || ||||| ||| |||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||  ||||||||    
T  6372849 ttccaaggagattggaagattgttaggtaactagtgatgatgaagtaggcagtgatggtgaattggtgcatttcgcaatgctagcagacactgagccatt 6372750  T
Q  279 agattacatagctgcactatgtgataaggcattgaaggaagctatgatagatgaactaaaatctattgagaagagtcagacttgtgaactgattaagctt 378  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||| | || |||||    
T  6372749 agattataaagctgcactatgtgataagaaatggaaggaagctataatagatgaactaaaatctattgagaagaataagacttgggaaccgtttcagctt 6372650  T
Q  379 cgagatggaaagaaggcaatagatataaaattggttttcaagttaaaatttaatcaagaagggaagattgtgaagcacaaagcaaggcttttggctagag 478  Q
    | |||| ||||||| ||||||||| | |||| ||| |||||||| ||||| || |  || |||||||||||||| || |||||||| ||| |||||||||    
T  6372649 ctagattgaaagaaagcaatagatgtcaaatgggtcttcaagtttaaattgaaccctgacgggaagattgtgaatcaaaaagcaagacttgtggctagag 6372550  T
Q  479 gtttatt-tagaaggaaagttttgattacactaaagttttctca-cagttgc-aagacatgaaactatcagatt 549  Q
    |||| || ||||| ||| | |||||||||||| ||||||||||| || |||| || ||||||||||||||||||    
T  6372549 gtttcttatagaatgaaggctttgattacactgaagttttctcaccaattgcaaaaacatgaaactatcagatt 6372476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 193 - 546
Target Start/End: Original strand, 10332540 - 10332894
Alignment:
Q  193 gaagactgtcaggtaactggtgatgaagaagtaggtagtgatggtgaattggtgcattttacaatgcgagcagacatcgagccattagattacatagctg 292  Q
    ||||||| |||| |||||  |||||| |||||||| |||||||||||  |||| || ||| |||||  ||||||  | |||| | ||||||| | || ||    
T  10332540 gaagactatcagctaactcctgatgatgaagtaggaagtgatggtgagctggtacactttgcaatgttagcagattttgagcaagtagattagaaagttg 10332639  T
Q  293 cactatgtgataaggcattgaaggaagctatgatagatgaactaaaatctattgagaagagtcagacttgtgaactgattaagcttcgagatggaaagaa 392  Q
    || | |||||||| |||| |||  ||| |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||| || || ||||| || |||||||  | |||||||||    
T  10332640 caatgtgtgataaagcatggaaataagatatgatagatgaactaatgtctattgagaagaatcaaacatg-gaactaatcaagcttcctggtggaaagaa 10332738  T
Q  393 ggcaatagatataaaattggttttcaagttaaaatttaatcaagaagggaagattgtgaagcacaaagcaaggcttttggctagaggtttatt-tagaag 491  Q
     ||||| ||| | |||| |||||| ||| | ||||| || |  |||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||| ||  || || | ||||    
T  10332739 agcaattgatttcaaatgggtttttaagctgaaattgaaccttgaagggaagattgtgaagcacaaagccaggcttgtagctaaagaattcttatggaag 10332838  T
Q  492 gaaagttttgattacactaaagttttctca-cagttgcaagacatgaaactatcag 546  Q
    ||| | ||| | || ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||    
T  10332839 gaaggatttaactatactaaagttttctcaccagttgcatgacatgaaaccatcag 10332894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 152; Significance: 4e-80; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 10 - 558
Target Start/End: Original strand, 33684053 - 33684593
Alignment:
Q  10 gaagaatattgggattgtactgcaaacaagtgcagtgtctctgagaagcaggttatcattgaagataatagagaatctgatgagctcaccataaatgaag 109  Q
    ||||||||||||||||| | | ||||  | |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  33684053 gaagaatattgggattggaattcaaatgaatgcagtgtgtctgagaagcaagttatcattgaagataataaagaaactgatgagcttaccatcaatgaag 33684152  T
Q  110 ttgctaatgaagaagaaatcttagatgaagagtcaaccactatagccagaccacaaagaaacagacaaattccaagaagtttagaagactgtcaggtaac 209  Q
      |||| | ||||| |||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||  || ||  | || ||||| ||| |    
T  33684153 aagctattaaagaataaatattagatgaggagccaaccactatagccagaccataaagaaacaaacaaatcccaatgagattgcaggattgtcaagtatc 33684252  T
Q  210 tggtgatgaagaagtaggtagtgatggtgaattggtgcattttacaatgcgagcagacatcgagccattagattacatagctgcactatgtgataaggca 309  Q
    ||||||||| |||||||||  | ||||||||||||||||||||  |||||  ||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |    
T  33684253 tggtgatgatgaagtaggttctaatggtgaattggtgcattttgaaatgcttgcagactctgagccattagattacaaagctgcactatgtgataataaa 33684352  T
Q  310 ttgaaggaagctatgatagatgaactaaaatctattgagaagagtcagacttgtgaactgattaagcttcgagatggaaagaaggcaatagatataaaat 409  Q
    | |||||||||||||||||||||  | || ||||||||||||| ||||||    ||||||||| | || |  ||||| ||||| || | |||| | ||||    
T  33684353 tggaaggaagctatgatagatgagttgaattctattgagaagaatcagacacaagaactgattcaactccctgatggtaagaaagctacagatgtcaaat 33684452  T
Q  410 tggttttcaagttaaaatttaatcaagaagggaagattgtgaagcacaaagcaaggcttttggctagagg-tttatttagaaggaaagttttgattacac 508  Q
      |||||||| || ||||| ||||  ||||||||          |||||||||||  |  |||||||||| ||| |  |||| ||| |||||||||||||    
T  33684453 aagttttcaaattgaaattgaatcctgaagggaa----------cacaaagcaagattagtggctagaggttttctacagaaagaaggttttgattacac 33684542  T
Q  509 taaagttttctca-cagttgcaagacatgaaactatcagattggttatagc 558  Q
    | ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  33684543 tgaagttttctcaccagttgcaaggcatgaaactatcagattgattatagc 33684593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 10 - 558
Target Start/End: Original strand, 33701107 - 33701647
Alignment:
Q  10 gaagaatattgggattgtactgcaaacaagtgcagtgtctctgagaagcaggttatcattgaagataatagagaatctgatgagctcaccataaatgaag 109  Q
    ||||||||||||||||| | | ||||  | |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  33701107 gaagaatattgggattggaattcaaatgaatgcagtgtgtctgagaagcaagttatcattgaagataataaagaaactgatgagcttaccatcaatgaag 33701206  T
Q  110 ttgctaatgaagaagaaatcttagatgaagagtcaaccactatagccagaccacaaagaaacagacaaattccaagaagtttagaagactgtcaggtaac 209  Q
      |||| | ||||| |||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||  || ||  | || ||||| ||| |    
T  33701207 aagctattaaagaataaatattagatgaggagccaaccactatagccagaccataaagaaacaaacaaatcccaatgagattgcaggattgtcaagtatc 33701306  T
Q  210 tggtgatgaagaagtaggtagtgatggtgaattggtgcattttacaatgcgagcagacatcgagccattagattacatagctgcactatgtgataaggca 309  Q
    ||||||||| |||||||||  | ||||||||||||||||||||  |||||  ||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |    
T  33701307 tggtgatgatgaagtaggttctaatggtgaattggtgcattttgaaatgcttgcagactctgagccattagattacaaagctgcactatgtgataataaa 33701406  T
Q  310 ttgaaggaagctatgatagatgaactaaaatctattgagaagagtcagacttgtgaactgattaagcttcgagatggaaagaaggcaatagatataaaat 409  Q
    | |||||||||||||||||||||  | || ||||||||||||| ||||||    ||||||||| | || |  ||||| ||||| || | |||| | ||||    
T  33701407 tggaaggaagctatgatagatgagttgaattctattgagaagaatcagacacaagaactgattcaactccctgatggtaagaaagctacagatgtcaaat 33701506  T
Q  410 tggttttcaagttaaaatttaatcaagaagggaagattgtgaagcacaaagcaaggcttttggctagagg-tttatttagaaggaaagttttgattacac 508  Q
      |||||||| || ||||| ||||  ||||||||          |||||||||||  |  |||||||||| ||| |  |||| ||| |||||||||||||    
T  33701507 aagttttcaaattgaaattgaatcctgaagggaa----------cacaaagcaagattagtggctagaggttttctacagaaagaaggttttgattacac 33701596  T
Q  509 taaagttttctca-cagttgcaagacatgaaactatcagattggttatagc 558  Q
    | ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  33701597 tgaagttttctcaccagttgcaaggcatgaaactatcagattgattatagc 33701647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 62; Significance: 2e-26; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 332 - 547
Target Start/End: Original strand, 14639669 - 14639886
Alignment:
Q  332 aactaaaatctattgagaagagtcagacttgtgaactgattaagcttcgagatggaaagaaggcaatagatataaaattggttttcaagttaaaatttaa 431  Q
    |||||||||||| || ||||| |||||| || ||| ||||||| ||    ||||| ||||| ||||||||| | |||| ||| || ||||| ||||| ||    
T  14639669 aactaaaatctagtgggaagaatcagacatgggaattgattaaactatctgatggtaagaaagcaatagatgttaaatgggtctttaagttgaaattgaa 14639768  T
Q  432 tcaagaagggaagattgtgaagcacaaagcaaggcttttggctagaggtttatt-tagaaggaaagttttgattacactaaagttttctca-cagttgca 529  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||| ||| ||  |||||||| | |||||||| ||| |||| |||||| ||||| ||    
T  14639769 tcctgaagggaagattgtgaagcacaaagctagacttgtggctagagttttcttgaagaaggaaggctttgattatactgaagtgttctcaccagttcca 14639868  T
Q  530 agacatgaaactatcaga 547  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  14639869 agacatgaaaccatcaga 14639886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 134 - 259
Target Start/End: Original strand, 14639519 - 14639644
Alignment:
Q  134 atgaagagtcaaccactatagccagaccacaaagaaacagacaaattccaagaagtttagaagactgtcaggtaactggtgatgaagaagtaggtagtga 233  Q
    |||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| || ||  | || ||||| |||||| ||||||| ||  |||||  |||    
T  14639519 atgaggagccaacaactatagccagaccacaaagaaacaaacaaatgctaaggagattgcaggattgtcaagtaacttgtgatgatgagataggttctga 14639618  T
Q  234 tggtgaattggtgcattttacaatgc 259  Q
    |||||| || ||||||||| ||||||    
T  14639619 tggtgagttagtgcattttgcaatgc 14639644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University