View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11134_low_20 (Length: 249)

Name: NF11134_low_20
Description: NF11134
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11134_low_20
NF11134_low_20
[»] chr4 (25 HSPs)
chr4 (1-241)||(24288009-24288246)
chr4 (1-192)||(10739285-10739476)
chr4 (1-192)||(10953054-10953245)
chr4 (1-191)||(48160982-48161167)
chr4 (1-156)||(10733229-10733383)
chr4 (1-156)||(10946998-10947152)
chr4 (11-193)||(26963287-26963468)
chr4 (1-157)||(6257187-6257342)
chr4 (28-191)||(49976636-49976798)
chr4 (1-156)||(48167201-48167351)
chr4 (1-156)||(33458249-33458404)
chr4 (10-156)||(50168624-50168769)
chr4 (38-156)||(26956812-26956929)
chr4 (61-157)||(4632869-4632964)
chr4 (1-97)||(33461434-33461529)
chr4 (1-123)||(3769590-3769710)
chr4 (4-126)||(19686341-19686462)
chr4 (6-70)||(4632419-4632482)
chr4 (4-92)||(44831658-44831746)
chr4 (65-151)||(34308060-34308144)
chr4 (50-151)||(55473133-55473230)
chr4 (28-119)||(9237412-9237502)
chr4 (30-101)||(50427427-50427497)
chr4 (77-170)||(50156043-50156135)
chr4 (28-102)||(35177808-35177882)
[»] chr3 (25 HSPs)
chr3 (1-193)||(10244280-10244471)
chr3 (4-191)||(49151637-49151823)
chr3 (1-193)||(42197108-42197299)
chr3 (1-186)||(11846016-11846200)
chr3 (1-193)||(38455498-38455687)
chr3 (1-156)||(11839708-11839862)
chr3 (1-191)||(10766819-10767008)
chr3 (4-156)||(49157704-49157855)
chr3 (1-156)||(10238195-10238349)
chr3 (1-156)||(8331809-8331963)
chr3 (1-156)||(10760633-10760787)
chr3 (1-156)||(30051085-30051239)
chr3 (1-156)||(17055775-17055930)
chr3 (1-157)||(42191202-42191357)
chr3 (3-153)||(55003398-55003547)
chr3 (1-156)||(38449048-38449200)
chr3 (5-156)||(48128030-48128180)
chr3 (28-157)||(28964917-28965043)
chr3 (9-150)||(53069043-53069183)
chr3 (1-170)||(17593250-17593419)
chr3 (1-91)||(34300519-34300609)
chr3 (1-156)||(13445083-13445227)
chr3 (3-146)||(46656708-46656850)
chr3 (55-158)||(24643532-24643635)
chr3 (10-89)||(12108716-12108796)
[»] chr8 (24 HSPs)
chr8 (1-191)||(32890911-32891100)
chr8 (1-156)||(9935301-9935455)
chr8 (1-156)||(32897035-32897189)
chr8 (1-191)||(42992952-42993140)
chr8 (1-156)||(14799399-14799552)
chr8 (4-157)||(7771257-7771409)
chr8 (1-156)||(5542143-5542297)
chr8 (1-156)||(14417963-14418114)
chr8 (1-156)||(36818994-36819147)
chr8 (1-165)||(1882725-1882890)
chr8 (1-170)||(39735517-39735689)
chr8 (1-149)||(22219706-22219854)
chr8 (1-157)||(10705860-10706021)
chr8 (6-157)||(39727299-39727443)
chr8 (1-77)||(10700052-10700127)
chr8 (47-157)||(24250171-24250279)
chr8 (70-151)||(1171414-1171493)
chr8 (103-167)||(10700132-10700197)
chr8 (102-156)||(39689784-39689838)
chr8 (56-129)||(31399047-31399119)
chr8 (20-102)||(17954549-17954630)
chr8 (79-156)||(42033856-42033930)
chr8 (58-131)||(31379430-31379502)
chr8 (146-191)||(31373515-31373560)
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (1-193)||(25387450-25387641)
chr1 (1-152)||(34740008-34740158)
chr1 (1-156)||(50306212-50306365)
chr1 (4-157)||(1078249-1078401)
chr1 (1-156)||(25381518-25381672)
chr1 (4-157)||(31058070-31058221)
chr1 (4-191)||(31051570-31051760)
chr1 (1-181)||(24963659-24963839)
chr1 (11-156)||(44410042-44410186)
chr1 (1-192)||(38151922-38152106)
chr1 (1-157)||(24926737-24926891)
chr1 (1-156)||(12183562-12183720)
chr1 (34-156)||(27955216-27955336)
chr1 (1-97)||(8092887-8092983)
[»] chr5 (22 HSPs)
chr5 (4-191)||(28531430-28531616)
chr5 (1-193)||(12692227-12692418)
chr5 (4-156)||(28525369-28525520)
chr5 (1-156)||(7389531-7389684)
chr5 (1-156)||(12686162-12686316)
chr5 (1-191)||(32096908-32097097)
chr5 (1-170)||(24054356-24054526)
chr5 (1-156)||(41297299-41297453)
chr5 (1-191)||(19066055-19066244)
chr5 (3-156)||(16215157-16215309)
chr5 (4-157)||(30384358-30384511)
chr5 (1-156)||(32094142-32094296)
chr5 (1-159)||(30772305-30772463)
chr5 (14-150)||(14610184-14610321)
chr5 (3-157)||(19059746-19059899)
chr5 (8-149)||(26316782-26316922)
chr5 (1-146)||(26509874-26510013)
chr5 (10-77)||(28542269-28542336)
chr5 (3-72)||(20500162-20500231)
chr5 (28-100)||(37896336-37896408)
chr5 (102-150)||(8706454-8706502)
chr5 (40-96)||(33753294-33753350)
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (1-191)||(3817259-3817448)
chr7 (1-191)||(339393-339582)
chr7 (1-156)||(3811152-3811306)
chr7 (1-157)||(351808-351963)
chr7 (1-157)||(20238973-20239128)
chr7 (1-156)||(28420942-28421096)
chr7 (1-157)||(42767276-42767432)
chr7 (4-157)||(12804025-12804177)
chr7 (1-156)||(35147986-35148142)
chr7 (4-141)||(43540010-43540146)
chr7 (1-156)||(5849547-5849702)
chr7 (1-156)||(5979156-5979311)
chr7 (28-157)||(22741900-22742035)
chr7 (1-128)||(26383648-26383774)
chr7 (1-116)||(30219269-30219383)
chr7 (11-87)||(18666547-18666622)
chr7 (46-191)||(26381136-26381278)
[»] chr6 (19 HSPs)
chr6 (1-191)||(8662729-8662918)
chr6 (1-156)||(32035269-32035423)
chr6 (1-157)||(8650785-8650940)
chr6 (1-159)||(21782733-21782890)
chr6 (1-156)||(4580304-4580458)
chr6 (3-156)||(21190849-21191001)
chr6 (11-193)||(21196967-21197148)
chr6 (4-156)||(31756196-31756349)
chr6 (1-156)||(25354234-25354388)
chr6 (1-191)||(25343647-25343840)
chr6 (9-157)||(18778614-18778761)
chr6 (1-194)||(6098003-6098196)
chr6 (31-151)||(17581678-17581797)
chr6 (11-150)||(21770546-21770685)
chr6 (11-97)||(21783350-21783436)
chr6 (11-97)||(21789573-21789659)
chr6 (11-132)||(34603338-34603457)
chr6 (11-132)||(34724615-34724734)
chr6 (49-155)||(6102693-6102803)
[»] chr2 (17 HSPs)
chr2 (1-207)||(35090581-35090786)
chr2 (1-193)||(13456122-13456313)
chr2 (1-156)||(28682928-28683082)
chr2 (1-156)||(36750437-36750591)
chr2 (1-191)||(31002399-31002589)
chr2 (1-150)||(35084665-35084813)
chr2 (1-156)||(13462063-13462217)
chr2 (4-151)||(13149674-13149819)
chr2 (1-156)||(30965350-30965505)
chr2 (1-161)||(31008377-31008537)
chr2 (1-157)||(44716786-44716942)
chr2 (31-156)||(35438693-35438816)
chr2 (9-156)||(11048536-11048682)
chr2 (28-191)||(29833257-29833419)
chr2 (1-156)||(23343583-23343737)
chr2 (67-157)||(1388002-1388090)
chr2 (38-77)||(31651664-31651703)
[»] scaffold0208 (2 HSPs)
scaffold0208 (1-199)||(6545-6742)
scaffold0208 (1-157)||(12418-12573)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (1-191)||(172838-173027)
[»] scaffold0236 (1 HSPs)
scaffold0236 (1-157)||(5557-5712)
[»] scaffold0363 (1 HSPs)
scaffold0363 (1-156)||(605-756)
[»] scaffold0440 (1 HSPs)
scaffold0440 (1-156)||(1176-1331)
[»] scaffold1114 (1 HSPs)
scaffold1114 (3-156)||(1112-1261)
[»] scaffold0185 (1 HSPs)
scaffold0185 (28-118)||(5972-6061)
[»] scaffold0085 (1 HSPs)
scaffold0085 (1-152)||(38452-38600)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 25)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 24288009 - 24288246
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24288009 tcctaataccctaattcttaataaccttgataaatcaaacatgtcgtagatacgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 24288108  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttattagattgatc 200  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24288109 aa-ttgttgaacatgttttatgaaatctatttat--taagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcggtcttcatgtttgatttattagattgatc 24288205  T
Q  201 gaattttgtgaattttgtggtctgaactttttggtctgtgc 241  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24288206 gagttttgtgaattttgtggtctgaattttttggtctgtgc 24288246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 10739476 - 10739285
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10739476 tcctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttctgctattgattcat 10739377  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagca-gtcttcatgtgtgatttatta 192  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||||    
T  10739376 -aattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatgttaagagctaaatgtccaacaagtggtatcagagcaggtctacatgtttggtttatta 10739285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 10953245 - 10953054
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10953245 tcctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttctgctattgattcat 10953146  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagca-gtcttcatgtgtgatttatta 192  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||||    
T  10953145 -aattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatgttaagagctaaatgtccaacaagtggtatcagagcaggtctacatgtttggtttatta 10953054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 191
Target Start/End: Original strand, 48160982 - 48161167
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48160982 tcctaataccctaattcttaatatct-tgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataattatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 48161080  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttatt 191  Q
    |    ||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||    
T  48161081 a----gttgaacatattttatgaaatctatttttattaagacctaaatttctaacaagtggtatcagagccaccttcatgtttgatttatt 48161167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 10733383 - 10733229
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10733383 tcctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttatttgcttccgctattgattcat 10733284  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||    
T  10733283 -aattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatgttaagagctaaatgtccaaca 10733229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 10947152 - 10946998
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10947152 tcctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttatttgcttccgctattgattcat 10947053  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||    
T  10947052 -aattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatgttaagagctaaatgtccaaca 10946998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 11 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 26963468 - 26963287
Alignment:
Q  11 ctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgttga 110  Q
    ||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  26963468 ctaattcttgatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgttcatacttatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat-aatcgttga 26963370  T
Q  111 acatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttattag 193  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||| ||||    
T  26963369 acatgttttatgaaatttgtttttattaagacctaaatttccaacaagtagtatcagagcggtcttcatgtttgatttgttag 26963287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 6257342 - 6257187
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||| |||||||||||| |||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  6257342 tcctaatatcctaattcttaacatccttgataaatcaaacatgttgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctgttgatttat 6257243  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaa 157  Q
      |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6257242 -gattgttgaacatgtattatgaaatctatttatattaagacctaaatttccaacaa 6257187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 28 - 191
Target Start/End: Original strand, 49976636 - 49976798
Alignment:
Q  28 tgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgttgaacatgttttatgaaatc 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||     
T  49976636 tgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatattcaatgttttgtttgctttcgctatcgattcat-aattgttgaatatgttttatgaaatt 49976734  T
Q  128 tgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttatt 191  Q
    ||||| |||||| | ||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||    
T  49976735 tgtttttattaaaatctaaatttctaacaagtggtatcagagtggtcttcatgtttgatttatt 49976798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Original strand, 48167201 - 48167351
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48167201 tcctaataccctaattcttaatatct-tgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataattatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 48167299  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
    |    ||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||    
T  48167300 a----gttgaacatattttatgaaatctatttttattaagacctaaatttctaaca 48167351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 33458404 - 33458249
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |     
T  33458404 tcctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatattttgtttgcttccgctattgattta- 33458306  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttat-attaagacctaaatttccaaca 156  Q
      |||||||||||| | ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  33458305 cgattgttgaacatatattatgaaatctgtttttaattaagacctaaatttccaaca 33458249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 10 - 156
Target Start/End: Original strand, 50168624 - 50168769
Alignment:
Q  10 cctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgttg 109  Q
    ||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  50168624 cctaattgttaatattcttgataaatcaaacatgtcgtatattcgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat-aattgttg 50168722  T
Q  110 aacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
    ||| ||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  50168723 aacgtgttttatgtaatctggttttattaagacctaaatttccaaca 50168769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 38 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 26956929 - 26956812
Alignment:
Q  38 aacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatatt 137  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26956929 aacatgtcgtagatccgttcatacttatgttcaatgttttatttgcttccgctattgattcat-aatcgttgaacatgttttatgaaatctgtttttatt 26956831  T
Q  138 aagacctaaatttccaaca 156  Q
    |||||||||||||||||||    
T  26956830 aagacctaaatttccaaca 26956812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 61 - 157
Target Start/End: Original strand, 4632869 - 4632964
Alignment:
Q  61 atcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaa 157  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4632869 atcatgttcaatgttttgtttgcttccgctgttgattaataa-ttgttgaacatgttttatgaaatctgtttttattaagacctaaatttccaacaa 4632964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 33461529 - 33461434
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgatt 97  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33461529 tcctaataccctaattcttaatatct-tgataaatcaaacatgtcgtaaatccgaccataatcatgttcaatgttttgtttgcttccactattgatt 33461434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 123
Target Start/End: Original strand, 3769590 - 3769710
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||    
T  3769590 tcctaatacc-taattattaatatccttgattaatgaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttaaattattgattcat 3769688  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatga 123  Q
     |||| |||||||| ||||||||    
T  3769689 -aattattgaacatattttatga 3769710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 4 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 19686462 - 19686341
Alignment:
Q  4 taataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaa 103  Q
    |||||||| ||||||||||||   |||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||| | ||||||| ||||||||||||||| |||||||| || |     
T  19686462 taatacccgaattcttaatatgcttgattaatcaagcatgttgtagatccgatgataattacgttcaatattttgtttgcttccgttattgatttat-ag 19686364  T
Q  104 ttgttgaacatgttttatgaaat 126  Q
    || ||||||||||||||||||||    
T  19686363 ttattgaacatgttttatgaaat 19686341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 6 - 70
Target Start/End: Original strand, 4632419 - 4632482
Alignment:
Q  6 ataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttca 70  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4632419 ataccctaattcttaatatct-tgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttca 4632482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 4 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 44831746 - 44831658
Alignment:
Q  4 taataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctat 92  Q
    |||||||||| |||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||  ||||||||||||||    
T  44831746 taataccctagttcttaatatccttgataaattaaacatgtcgtagattcgatcatattcatgttcaatgattaatttgcttccgctat 44831658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 65 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 34308144 - 34308060
Alignment:
Q  65 tgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttc 151  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  34308144 tgttcaatattttgtatgcttccgctattgattcat-aattattgaacatgttttataaaatctgttt-tattaagacgtaaatttc 34308060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 50 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 55473230 - 55473133
Alignment:
Q  50 atccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatt 149  Q
    |||| ||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||| || |    |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  55473230 atccaatcataatcatattcaatattttatttgcttccgctattgatttatta----ttgaacatattttatgaaatttgtttctattaagacctaaatt 55473135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 28 - 119
Target Start/End: Original strand, 9237412 - 9237502
Alignment:
Q  28 tgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgttgaacatgtttt 119  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||  ||||| |||||| |||  |||||||||||||    
T  9237412 tgataaatcaaacatgtcgtaaatccgagcataatcatattcaatgttctgtttgcttcgactattcattcat-aatcattgaacatgtttt 9237502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 30 - 101
Target Start/End: Original strand, 50427427 - 50427497
Alignment:
Q  30 ataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcata 101  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  50427427 ataaattaaacatgtcgtacatccgatcataatcat-ttcaatgttttgattgcttccactattaattcata 50427497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 77 - 170
Target Start/End: Original strand, 50156043 - 50156135
Alignment:
Q  77 tgtttgcttccgctattgattcataaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagc 170  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||| || |||||| |  |||||||  |||||||| |||||||||    
T  50156043 tgtttacttccgctattgattcataa-ttgttgaacatgttttatataatctggttttattaacaattaaatttttaacaagtgatatcagagc 50156135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 28 - 102
Target Start/End: Original strand, 35177808 - 35177882
Alignment:
Q  28 tgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataa 102  Q
    ||||||||| || |||| ||| ||||||| |||||||| || ||||||||||||  ||| |||||| ||||||||    
T  35177808 tgataaatctaatatgttgtatatccgattataatcatatttaatgttttgtttttttcagctattaattcataa 35177882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 161; Significance: 6e-86; HSPs: 25)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 10244471 - 10244280
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10244471 tcctaatagcctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 10244372  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttattag 193  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  10244371 -aattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagagctaaatttccaacaagtggtatcagagcggtcttcatgtttgatttattag 10244280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 4 - 191
Target Start/End: Original strand, 49151637 - 49151823
Alignment:
Q  4 taataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  49151637 taataccctaattcttaatatccttaataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat-aa 49151735  T
Q  104 ttgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttatt 191  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  49151736 ttgttgaacatgtattatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcggtcttcatgtttgatttatt 49151823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 42197299 - 42197108
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  42197299 tcctaataccctaattcttaatacccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcaggttcaatgttttgtttgcttccgctattgattca- 42197201  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttattag 193  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  42197200 caattgttgaacatgtattatgaaatctatttatattaagacctatatttccaacaagtggtatcagagcggtcttcatgtttgatttattag 42197108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 11846200 - 11846016
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  11846200 tcctaataccctaattcttaatatacttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgatttat 11846101  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgat 186  Q
     ||||||||||||||| |||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  11846100 -aattgttgaacatgtattataaaatctgttttaattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcggtcttcatgtttgat 11846016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 38455687 - 38455498
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  38455687 tcctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgttgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgatttat 38455588  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttattag 193  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  38455587 -aattgttgaacatgtattatgaaatc--tttatattaagaccgaaatttccaacaaatggtatcagagcggtcttcatgtttgatttattag 38455498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 11839862 - 11839708
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11839862 tcctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 11839763  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11839762 -aattgttgaacatgtatcatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 11839708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 10767008 - 10766819
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  10767008 tcctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccggtcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctgttgatttat 10766909  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttatt 191  Q
     ||||||||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||    
T  10766908 -aattgttgaacatgtattatgaaatttgtttttaataagacctaaatttccaacaagtggtatcagagccaccttcatgtttgatttatt 10766819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 4 - 156
Target Start/End: Original strand, 49157704 - 49157855
Alignment:
Q  4 taataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  49157704 taataccctaattcttaatatccttaataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat-aa 49157802  T
Q  104 ttgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49157803 ttgttgaacatgtattatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 49157855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 10238349 - 10238195
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10238349 tcctaatagcctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatctgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 10238250  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10238249 -aattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagagctaaatttccaaca 10238195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Original strand, 8331809 - 8331963
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  8331809 tcctaatagcctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgatttat 8331908  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  8331909 -aattgttgaacatgttttataaaatctatttatattaagagctaaatttccaaca 8331963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 10760787 - 10760633
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  10760787 tcctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttatttgcttccgctattgatttat 10760688  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  10760687 -aattgttgaacatgtattatgaaatctgtttttaataagacctaaatttccaaca 10760633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 30051239 - 30051085
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30051239 tcctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatctgattataatcatgttcaatattttgtttgcttccgctattgattcat 30051140  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  30051139 -aattgttgaacatgttttatgaaatctgtttttattaagacctaaattttcaaca 30051085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 17055930 - 17055775
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17055930 tcctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 17055831  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctg-tttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     ||||||||||||| |||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| ||||    
T  17055830 -aattgttgaacatattttatgaaaactgttttttattaagacctaaatttcgaaca 17055775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 42191357 - 42191202
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  42191357 tcctaataccctaattcttaatacccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcaggttcaatgttttgtttgcttccgctattgattca- 42191259  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaa 157  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  42191258 caattgttgaacatgtattatgaaatctatttatattaagacctatatttccaacaa 42191202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 3 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 55003547 - 55003398
Alignment:
Q  3 ctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataa 102  Q
    ||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |    
T  55003547 ctaataccctaattcttaatatacttgataaattaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttatttgcttctgctattgattcat-a 55003449  T
Q  103 attgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttcca 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  55003448 attgttgaacatgttttatgaaatctgtttttattaagacctaaatttcca 55003398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 38449200 - 38449048
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  38449200 tcctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgttgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgatttat 38449101  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||    
T  38449100 -aattgttgaacatgtattatgaaatc--tttatattaagaccgaaatttccaaca 38449048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 5 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 48128180 - 48128030
Alignment:
Q  5 aataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaat 104  Q
    ||||||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  48128180 aataccctaattcttaatattcttaataaatcaaacatgtcgtagaaccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgtttccgctattgattcat-aat 48128082  T
Q  105 tgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  48128081 tgttgaacatgtttcatgaaatctgtttttattgagacctaaatttccaaca 48128030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 28 - 157
Target Start/End: Original strand, 28964917 - 28965043
Alignment:
Q  28 tgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgttgaacatgttttatgaaatc 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||    
T  28964917 tgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattc----attgttgaacatgttttatgaaatc 28965012  T
Q  128 tgtttat-attaagacctaaatttccaacaa 157  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  28965013 tgtttttaattaagacctaaatttccaacaa 28965043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 9 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 53069183 - 53069043
Alignment:
Q  9 ccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgtt 108  Q
    |||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||    
T  53069183 ccctgattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcatagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctatcgatttat-aattgtt 53069085  T
Q  109 gaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaattt 150  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  53069084 gaacatgttttataaaatctgtttttattaagacctaaattt 53069043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 17593419 - 17593250
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |     
T  17593419 tcctaataccctaattcttaatattcttgataaattaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgcgattgattta- 17593321  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttat-attaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagc 170  Q
      |||||||||||| | ||||||||| | ||| | |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  17593320 cgattgttgaacatctattatgaaatatatttttaattaagacctaaatttcctacaagtgttatcagagc 17593250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 91
Target Start/End: Original strand, 34300519 - 34300609
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgcta 91  Q
    |||||||||||||||||||||||||  | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34300519 tcctaataccctaattcttaatatcctttataaatcaaatatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgcta 34300609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Original strand, 13445083 - 13445227
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  13445083 tcctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcat----------aatgttttatttgcttccgctattgatttat 13445172  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     |||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||| ||||||||||||| ||||    
T  13445173 -aattgttgaacatgttctatcaaatctatttttatttagacctaaatttctaaca 13445227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 3 - 146
Target Start/End: Original strand, 46656708 - 46656850
Alignment:
Q  3 ctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataa 102  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || || |||||||| ||| |||| |||||| |||||| |    
T  46656708 ctaataccctcattctcaatatcattgataaatcaaacatatcgtagatccgatcataattatattgaatgttttatttacttcagctattaattcat-a 46656806  T
Q  103 attgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaa 146  Q
     || |||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||    
T  46656807 tttattgaacatgttttatgaaatatgtttttatttagacctaa 46656850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 55 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 24643635 - 24643532
Alignment:
Q  55 atcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgttgaacatgttt--tatgaaatctgtttatattaagacctaaatttcc 152  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||| | ||||| |||||||||||||||||||    
T  24643635 atcataatcatgttcaatgttttatttacttccgctattgattcataaa-tgttgaacatgttttatatgaagtttgttt-tattaagacctaaatttcc 24643538  T
Q  153 aacaag 158  Q
    ||||||    
T  24643537 aacaag 24643532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 10 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 12108796 - 12108716
Alignment:
Q  10 cctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttg-tttgcttccgc 89  Q
    ||||||| ||||||||  |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  12108796 cctaattgttaatatccttgataaatcaaacatgtcttagatcaaatcataatcatattcaatgttttgatttgcttccgc 12108716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 159; Significance: 9e-85; HSPs: 24)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 191
Target Start/End: Original strand, 32890911 - 32891100
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32890911 tcctaataccctaattcttaatatccttggtaaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 32891010  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttatt 191  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  32891011 -aattgttgaacatgtattatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcggtcttcatgtttgatttatt 32891100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Original strand, 9935301 - 9935455
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9935301 tcctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatattcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 9935400  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9935401 -aattgttgaacatgttttatgaaatctgtttttattaagacctaaatttccaaca 9935455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Original strand, 32897035 - 32897189
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32897035 tcctaataccctaattcttaatatccttggtaaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 32897134  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32897135 -aattgttgaacatgtattatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 32897189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 42993140 - 42992952
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42993140 tcctaataccctaattcttaatatct-tgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 42993042  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttat-attaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttatt 191  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   |||||||| |||||||||    
T  42993041 -aattgttgaacatgtattatgaaatctgtttttaattaagacctaaatttccatcaagtggtatcagagc-cacttcatgtttgatttatt 42992952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 14799552 - 14799399
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14799552 tcctaataccctaattcttaatatct-tgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 14799454  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14799453 -aattgttgaacatgtattatgaaatttgtttatattaagacctaaatttccaaca 14799399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 4 - 157
Target Start/End: Original strand, 7771257 - 7771409
Alignment:
Q  4 taataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  7771257 taataccctaattcttaatatccttggtaaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgatttat-aa 7771355  T
Q  104 ttgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaa 157  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7771356 ttgttgaacatgtattatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaa 7771409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 5542297 - 5542143
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5542297 tcctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 5542198  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     ||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  5542197 -aattgttgaacatgtattataaaatctatttatattaaaacctaaatttccaaca 5542143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Original strand, 14417963 - 14418114
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14417963 tcctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 14418062  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
    |    ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  14418063 a----gttaaacatgttttatgaaatctgtttttattaagacctaaatttccaaca 14418114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Original strand, 36818994 - 36819147
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36818994 tcctaataccctaattcttaatatct-tgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatattcaatgttttgtttgcttccactattgattcat 36819092  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     ||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36819093 -aattgttgaacatgtattatgagatttgtttatattaagacctaaatttccaaca 36819147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 1882890 - 1882725
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgt-agatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattca 99  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  1882890 tcctaataccctaattcttaacatccttgataaatcaaacatgtcattagatccgttcatattcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattc- 1882792  T
Q  100 taaattgttgaacatgttttatgaaatctg-tttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatc 165  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1882791 ttaattgttgaacatgttctatgaaatctgttttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatc 1882725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 39735689 - 39735517
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  39735689 tccttataccctagttcttaatatctttgataaatcaaacatgtcgtagatacaatcataatcatgttcaatattttatttacttccgctattgattcat 39735590  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatatt----aagacctaaatttccaacaagtggtatcagagc 170  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39735589 -aattgttgaacatgttttatgaaatctatttttattattaaaaacctaaatttccaacaagtggtatcagagc 39735517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 22219854 - 22219706
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgtttt-gtttgcttccgctattgattca 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| |||| ||||||||||||    
T  22219854 tcctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaaagttttctttttcttctgctattgattca 22219755  T
Q  100 taaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatt 149  Q
    | || | |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  22219754 t-aactattgaacatgttttatgaaatctctttttattaagacctaaatt 22219706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 157
Target Start/End: Original strand, 10705860 - 10706021
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatca------taatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattg 94  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10705860 tcctaataccctaattcttaatatct-tgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttacgctattg 10705958  T
Q  95 attcataaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttat-attaagacctaaatttccaacaa 157  Q
    ||| |   |||||| ||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  10705959 attta-cgattgttaaacatgtattatgaaatctgtttttaattaagacctaaatttccaacaa 10706021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 6 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 39727443 - 39727299
Alignment:
Q  6 ataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaatt 105  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  39727443 ataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgt---------gatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgttattgattcat-aatt 39727354  T
Q  106 gttgaacatgttttatgaaatctgttt---atattaagacctaaatttccaacaa 157  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||    ||||||||||||||||||||||||    
T  39727353 gttgaacatgttttatgaaatctatttttattattaagacctaaatttccaacaa 39727299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 77
Target Start/End: Original strand, 10700052 - 10700127
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgtttt 77  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10700052 tcctaataccctaattcttaatatct-tgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgtttt 10700127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 47 - 157
Target Start/End: Original strand, 24250171 - 24250279
Alignment:
Q  47 tagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaa 146  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||    
T  24250171 tagatccgatcataataatgttcaatattttgtttgtttccgctattgattcat-atttgttcaacatgttttatgaaatatgttt-ttttaagacctaa 24250268  T
Q  147 atttccaacaa 157  Q
    |||| ||||||    
T  24250269 attttcaacaa 24250279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 70 - 151
Target Start/End: Original strand, 1171414 - 1171493
Alignment:
Q  70 aatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttc 151  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| |||||| |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1171414 aatgttttgtttgcttccgcggttgaatcataa-ttgttgaatatgtttcatgaaatctgttt-tattaagacctaaatttc 1171493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 103 - 167
Target Start/End: Original strand, 10700132 - 10700197
Alignment:
Q  103 attgttgaacatgttttatgaaatctgtttata-ttaagacctaaatttccaacaagtggtatcag 167  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10700132 attgttaaacatgtattatgaaatatgtttttaattaagacctaaatttccaacaagtggtatcag 10700197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 102 - 156
Target Start/End: Original strand, 39689784 - 39689838
Alignment:
Q  102 aattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| | |||||||    
T  39689784 aattgttgaacatgttttatgaaatctgtttttattaaaacctaagtctccaaca 39689838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 56 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 31399119 - 31399047
Alignment:
Q  56 tcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgttgaacatgttttatgaaatctg 129  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||| |||| |||||||| | |||| |||||||    
T  31399119 tcataatcatgttcaatgtattgtttgcctccactattgattcat-aattattgaacatatgttattaaatctg 31399047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 20 - 102
Target Start/End: Original strand, 17954549 - 17954630
Alignment:
Q  20 aatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataa 102  Q
    |||||||| |||| ||||||||||| || ||||| |||||| ||||||| |||||| | |||||||||| || ||||||||||    
T  17954549 aatatcac-gatagatcaaacatgttgtggatccaatcatattcatgtttaatgttgtttttgcttccgttaatgattcataa 17954630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 79 - 156
Target Start/End: Original strand, 42033856 - 42033930
Alignment:
Q  79 tttgcttccgctattgattcataaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
    |||||||| |||||||||||||   ||||||||  ||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||    
T  42033856 tttgcttctgctattgattcattg-ttgttgaa--tgttttatgaaatctatttttagtaagacctaaatttccaaca 42033930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 58 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 31379502 - 31379430
Alignment:
Q  58 ataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgttgaacatgttttatgaaatctgtt 131  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||  |||||||||| |||| || ||||||| ||||||||| ||||    
T  31379502 ataatcatgttcaatgttttatttgcctccgtcattgattcat-aattattaaacatgtgttatgaaatttgtt 31379430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 146 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 31373560 - 31373515
Alignment:
Q  146 aatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttatt 191  Q
    |||||| |||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||    
T  31373560 aatttctaacaagtggtatcagaacggtcttcatgtttgatttatt 31373515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 157; Significance: 1e-83; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 25387641 - 25387450
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25387641 tcctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 25387542  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttattag 193  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  25387541 -atttgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagatctatatttccaacaagtggtatcagagcggtcttcatgtttgatttattag 25387450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 152
Target Start/End: Original strand, 34740008 - 34740158
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34740008 tcctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 34740107  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttcc 152  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34740108 -aattgatgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttcc 34740158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Original strand, 50306212 - 50306365
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50306212 tcctaatagcctaattcttaatatct-tgataaatcaaacatgtcgtagatccgattataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 50306310  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50306311 -aattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 50306365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 4 - 157
Target Start/End: Original strand, 1078249 - 1078401
Alignment:
Q  4 taataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaa 103  Q
    |||||||||||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  1078249 taataccctaattcttaatattcttggtaaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattaat-aa 1078347  T
Q  104 ttgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaa 157  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1078348 ttgttgaacatgtattatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaa 1078401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 25381672 - 25381518
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25381672 tcctaataccctaattcttaatatccttggtaaatcaaacatttcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 25381573  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25381572 -agttgttgaacatgtattatgaaatctgtttatattaagacctatatttccaaca 25381518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 4 - 157
Target Start/End: Original strand, 31058070 - 31058221
Alignment:
Q  4 taataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |    
T  31058070 taataccctaattcttaatatct-tgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattta-cga 31058167  T
Q  104 ttgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaa 157  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  31058168 ttgttgaacatgtattatgaaatctgtttatattaagacctaaatttctaacaa 31058221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 4 - 191
Target Start/End: Original strand, 31051570 - 31051760
Alignment:
Q  4 taataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |    
T  31051570 taataccctaattcttaatatct-tgataaatcaaacatgtcgtagatccaatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattta-cga 31051667  T
Q  104 ttgttgaacatgttt-----tatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttatt 191  Q
    ||||||||||||| |     ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||    
T  31051668 ttgttgaacatgtattatgatatgaaatctgtttatattaagacctaaattcctaacaagtggtatcagagcggtcttcatgtttgatctatt 31051760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 24963839 - 24963659
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||  ||||||||| |||   |||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24963839 tcctaatactttaattcttactattcttgataaatcaaacatggcgtagatccgttcatattcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 24963740  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagca-gtcttcatgt 181  Q
     | | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||| |||||| ||||||||||    
T  24963739 -attcgttgaacatgttttatgaaatctgtttttattaagatctaaattttcaacaaatggtattagagcatgtcttcatgt 24963659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 11 - 156
Target Start/End: Original strand, 44410042 - 44410186
Alignment:
Q  11 ctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgttga 110  Q
    ||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  44410042 ctaattcttgatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgttcatatttatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat-aatcgttga 44410140  T
Q  111 acatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  44410141 acatgttttatgaaatctgtttttagtaagacctaaatttccaaca 44410186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 38152106 - 38151922
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| ||||||      ||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||    
T  38152106 tcctaataccctaattcttaatatgtttgataaatcaaacatgtcgtagatctgatcat------gttcaatattttgtttgcttccgctgttgattaat 38152013  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagc-agtcttcatgtgtgatttatta 192  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  38152012 -aattgttgaacatgttttatgaaatctattt-tattaagacttggatttctaacaagtggtatcagagcgagtcttcatgtttgatttatta 38151922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 24926891 - 24926737
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||  |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24926891 tcctaatacgttaattcttaatattcttgataaatcaaacatgtcgtagatccgttcatattaatgttcaatgttttggttgcttccgctattgattcat 24926792  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaa 157  Q
     ||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  24926791 -aatcgttgaacatgttttatg-aatctgtttttattaagacctaaattttcaacaa 24926737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 12183720 - 12183562
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    ||||||||| | |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  12183720 tcctaatactcaaattcttaatatct-tgataaatcaaacatgtcgtagatccaatcataattatgttcaatattttgtttgcttccactattgattcat 12183622  T
Q  101 aa----attgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
    ||    |||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||    
T  12183621 aattatattgttgaacatattttatgaaatctatttttattaagaactaaatttccaaca 12183562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 34 - 156
Target Start/End: Original strand, 27955216 - 27955336
Alignment:
Q  34 atcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgttgaacatgttttatgaaatctgttta 133  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||| || |||||||||||||||||||||||     
T  27955216 atcaaacatgttgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgatt-at-gattattaaacatgttttatgaaatctgtttt 27955313  T
Q  134 tattaagacctaaatttccaaca 156  Q
    |||||||||||||||||| ||||    
T  27955314 tattaagacctaaatttctaaca 27955336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 8092983 - 8092887
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgatt 97  Q
    |||| |||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  8092983 tcctcatacccaaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcatagatccgatcataatcatgttcaatgttttatttgcttctgctattgatt 8092887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 156; Significance: 5e-83; HSPs: 22)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 4 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 28531616 - 28531430
Alignment:
Q  4 taataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  28531616 taataccctaattcttaatatccttaataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat-aa 28531518  T
Q  104 ttgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttatt 191  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  28531517 ttgttgaacatgtattatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcggtcttcatgtttgatttatt 28531430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 12692418 - 12692227
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  12692418 tcctaatagcctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgatttat 12692319  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttattag 193  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  12692318 -aattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatatcaagagctaaatttccaacaagtggtatcagagccgtcttcatgtttgatttattag 12692227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 4 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 28525520 - 28525369
Alignment:
Q  4 taataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  28525520 taataccctaattcttaatatccttaataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat-aa 28525422  T
Q  104 ttgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28525421 ttgttgaacatgtattatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 28525369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 7389684 - 7389531
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7389684 tcctaataccctaattcttaatatct-tgataaatcaaacatgtcgtggatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 7389586  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7389585 -aattgttgaacatgtattatgaaatttgtttatattaagacctaaatttccaaca 7389531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 12686316 - 12686162
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  12686316 tcctaatagcctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgatttat 12686217  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  12686216 -aattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatatcaagagctaaatttccaaca 12686162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 32097097 - 32096908
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  32097097 tcctaatacc-taattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatcctatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattta- 32097000  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttat-attaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttatt 191  Q
      |||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  32096999 cgattgttgaacatgtattatgaaatctgtttttaattaagacctaaatttccaacaaatggtatcagagcggtcttcatgtttgatttatt 32096908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 170
Target Start/End: Original strand, 24054356 - 24054526
Alignment:
Q  1 tcctaata-ccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattca 99  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  24054356 tcctaatatcccaaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctatagattta 24054455  T
Q  100 taaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacct-aaatttccaacaagtggtatcagagc 170  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  24054456 t-aattgttgaacatgttttatgaaatctgtttttattaagacctaaaattttcaacaagtggtatcagagc 24054526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Original strand, 41297299 - 41297453
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  41297299 tcctaataccctaattctttatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataattatgttcaatgttttgtttgcttctgctattgattcat 41297398  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  41297399 -aattgttgaacatgtattatgaaatctctttatattaagacccaaatttccaaca 41297453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 19066244 - 19066055
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  19066244 tcctaataccataattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgttcatattcatgcttaatgttttgtttgcttccgctaatgatttat 19066145  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttatt 191  Q
     ||| |||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||  || |||||||||    
T  19066144 -aatcgttgaacatggtttatgaaatatgtttttattaagacttaaatttccaactagtggtatcagagcggtcttcgcgtttgatttatt 19066055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 3 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 16215309 - 16215157
Alignment:
Q  3 ctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataa 102  Q
    |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  16215309 ctaataccctaatttttaatatccttgataaatcaaacatttcgtagatccaatcataatcatgttaaatgttttgtttgcttccgctattgattcat-a 16215211  T
Q  103 attgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||    
T  16215210 attgttgaatatgtgttatgaaatctgtttttataaagacctaaatttctaaca 16215157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 4 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 30384511 - 30384358
Alignment:
Q  4 taataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaa 103  Q
    ||||||||| ||||||||||||  |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  30384511 taatacccttattcttaatatccttgataaatcagacatgtc-tagatccgatcataatcgtgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat-aa 30384414  T
Q  104 ttgttgaacatgttttatgaaatctg--tttatattaagacctaaatttccaacaa 157  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||| |||||||||||||||||    
T  30384413 ttgttgaacatgttttatgaaatctgtttttttattaaaacctaaatttccaacaa 30384358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 32094296 - 32094142
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  32094296 tcctaatacc-taattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatcctatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattta- 32094199  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttat-attaagacctaaatttccaaca 156  Q
      |||||||||||||| |||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  32094198 cgattgttgaacatgtattataaaatctgtttttaattaagacctaaatttccaaca 32094142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 159
Target Start/End: Original strand, 30772305 - 30772463
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatg-ttttgtttgcttccgctattgattca 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || || |||||    
T  30772305 tcctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgttgtcgatccgatcataatcatgttcattgtttttgtttgcttccactgtttattca 30772404  T
Q  100 taaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagt 159  Q
    | |||| |||||||||||||||||||| | ||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  30772405 t-aattattgaacatgttttatgaaatttatttttattaagaactaaatttccaacaagt 30772463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 14 - 150
Target Start/End: Original strand, 14610184 - 14610321
Alignment:
Q  14 attcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgttgaaca 113  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  14610184 attcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtaaatccgatcataatcatgttcaatggtttatttgcttccgctattaattcat-aattgttgaaca 14610282  T
Q  114 tgttttatgaaatctg--tttatattaagacctaaattt 150  Q
    ||||||||||||||||  ||| | |||||||||||||||    
T  14610283 tgttttatgaaatctgtttttttgttaagacctaaattt 14610321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 3 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 19059899 - 19059746
Alignment:
Q  3 ctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataa 102  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||| |||||||||||||| ||| ||||| || |    
T  19059899 ctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgtttatattcatgtttaatattttgtttgcttcccctaatgatttat-a 19059801  T
Q  103 attgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaa 157  Q
    || |||||| | |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19059800 atcgttgaatacgttttatgaaatatgtttttattaagacctaaatttccaacaa 19059746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 8 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 26316922 - 26316782
Alignment:
Q  8 accctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgt 107  Q
    ||||||||| |||||| |   ||||||||||||||||| ||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||| | ||||| |    
T  26316922 accctaattattaataccgtagataaatcaaacatgtcctagatccaatcatattaatgttcaatgttttttttgcttccactattaattta-aaattat 26316824  T
Q  108 tgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatt 149  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||  |||||||||||    
T  26316823 tgaacatgttttatgaaatatgtttttatgtagacctaaatt 26316782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 146
Target Start/End: Original strand, 26509874 - 26510013
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||| |   |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||   |||||    
T  26509874 tcctaatacc-taattcttaatatct-tgatgaatcaaatatgtcgtagtttatatcataattatgttcaatgttttgtttgcttccactat---ttcat 26509968  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaa 146  Q
     |||  |||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||    
T  26509969 -aatgattgaacatgttttatgaaatctgtttttatttaggcctaa 26510013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 10 - 77
Target Start/End: Original strand, 28542269 - 28542336
Alignment:
Q  10 cctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgtttt 77  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  28542269 cctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagtttcgatcataatcatgttcaatgtttt 28542336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 3 - 72
Target Start/End: Original strand, 20500162 - 20500231
Alignment:
Q  3 ctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaat 72  Q
    ||||||| |||||||||| ||||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20500162 ctaatactctaattcttagtatccttgataaatcaagtatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaat 20500231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 28 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 37896408 - 37896336
Alignment:
Q  28 tgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||| |||| ||| |||||||||    
T  37896408 tgataaatcaatcatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaacattttatttacttctgctgttgattcat 37896336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 102 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 8706502 - 8706454
Alignment:
Q  102 aattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaattt 150  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  8706502 aattgttgaacatattttatgaaatctatttttattaagacctaaattt 8706454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 40 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 33753350 - 33753294
Alignment:
Q  40 catgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgat 96  Q
    ||||| |||||| |||||||| ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||||    
T  33753350 catgttgtagattcgatcatattcatgctcaaagttttttttgcttccgctaatgat 33753294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 151; Significance: 5e-80; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 3817448 - 3817259
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3817448 tcctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 3817349  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttatt 191  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||| |||| ||||    
T  3817348 -aattgttgaacatgtattatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcggtgtttatgtttgatctatt 3817259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 191
Target Start/End: Original strand, 339393 - 339582
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  339393 tcctaatagcctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 339492  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttatt 191  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||    
T  339493 -aattgttgaacatgttttatgaaatctctttatattaagagctaaatttccaacaagtggtatcagagccaccttcatgtttgatttatt 339582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 3811306 - 3811152
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3811306 tcctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 3811207  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3811206 -aattgttgaacatgtattatgaaatctgtttatattaagacctacatttccaaca 3811152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 157
Target Start/End: Original strand, 351808 - 351963
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  351808 tcctaatagcctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctgttgattcat 351907  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaa 157  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  351908 -aattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagagctaaatttccaacaa 351963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 157
Target Start/End: Original strand, 20238973 - 20239128
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  20238973 tcctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgatgtat 20239072  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaa 157  Q
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20239073 -gattgttgaacatgttttatgaaatttgtttatattaagacctaaatttccaacaa 20239128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 28421096 - 28420942
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  28421096 tcctaatagcctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgatttat 28420997  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  28420996 -aattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatatcaagagctaaatttccaaca 28420942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 42767432 - 42767276
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  42767432 tcctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaatatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatattttgtttgcttccgctattgattcat 42767333  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttat-attaagacctaaatttccaacaa 157  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  42767332 -aattgttgaacatgtattatgaaatctgtttttaattaagacctaaatttccaacaa 42767276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 4 - 157
Target Start/End: Original strand, 12804025 - 12804177
Alignment:
Q  4 taataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaa 103  Q
    |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  12804025 taataccctaattcttaatattcttgataaatcaaacatgtcgtagatccgttcatgttcatgttcaatgttttgcttgcttccgctattgattcat-aa 12804123  T
Q  104 ttgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaa 157  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12804124 tcgttgaacatgttttatgaaatctgtttttattaagacctaaatttccaacaa 12804177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 35148142 - 35147986
Alignment:
Q  1 tcctaataccc-taattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattca 99  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  35148142 tcctaatacccctaattcttaatatccttgataaatcaaacgtgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctatcgattta 35148043  T
Q  100 taaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacct-aaatttccaaca 156  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||    
T  35148042 t-aattgttgaacatgttttatgaaatctgtttttattaagacataaaatttccaaca 35147986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 4 - 141
Target Start/End: Original strand, 43540010 - 43540146
Alignment:
Q  4 taataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaa 103  Q
    ||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||  ||||||||||||||||| ||    
T  43540010 taataccctaatttttaatattcttgataaatcaaacatgttgtagatccgatcataatcatgttcaatattttatttaattccgctattgattcat-aa 43540108  T
Q  104 ttgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaaga 141  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  43540109 ttattgaacatgttctatgaaatctgtttttattaaga 43540146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Original strand, 5849547 - 5849702
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||| |||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5849547 tcctaatatcctaattcttgatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgttcatatttatgttcaatgttttggttgcttccgctattgattcat 5849646  T
Q  101 aaattgttgaacat-gttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     |||  ||||||||  |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  5849647 -aatcattgaacataattttataaaatttgtttttattaagacctaaatttgcaaca 5849702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 5979311 - 5979156
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| |     
T  5979311 tcctaataccctaattcttaacatccttaataaatcaaacatgtcgtagatccaatcataatcatgttcaatagtttgtttgctttcgctattgattta- 5979213  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttat-attaagacctaaatttccaaca 156  Q
      |||||| ||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||    
T  5979212 cgattgttcaacatgtattatgaaatctgtttttaattaagacctaaattttcaaca 5979156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 28 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 22742035 - 22741900
Alignment:
Q  28 tgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgcta---ttgattcat---aaattgttgaacatgttttat 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||   |||||||||    ||||||||||||||||||||    
T  22742035 tgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttcagtttgcttccgctattgttgattcattcataattgttgaacatgttttat 22741936  T
Q  122 gaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaa 157  Q
    |||| |||||  |||| |||||||||||||||||||    
T  22741935 gaaacctgttcttattgagacctaaatttccaacaa 22741900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 128
Target Start/End: Original strand, 26383648 - 26383774
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||| | | |||||||||    
T  26383648 tcctaataccctaattcttagtatgcttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcatgatcatgttcaatattttgtttgtttctgttgttgattcat 26383747  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatct 128  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||    
T  26383748 -aattgttgaacatgtcttatgaaatct 26383774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 30219383 - 30219269
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||    
T  30219383 tcctaataccataattcttaatatctttaataaatcaaacatgtcgtagatccgttcatattcatgttcaacgttttgtttgattccgctaatgattcat 30219284  T
Q  101 aaattgttgaacatgt 116  Q
     |||| ||||||||||    
T  30219283 -aattattgaacatgt 30219269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 11 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 18666622 - 18666547
Alignment:
Q  11 ctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttcc 87  Q
    |||||| ||||||||| || |||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18666622 ctaattattaatatcattgctaaatcaaacatgtcgta-atctgatcataatcaagttcaatgttttgtttgcttcc 18666547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 46 - 191
Target Start/End: Original strand, 26381136 - 26381278
Alignment:
Q  46 gtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagaccta 145  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||| || |||||| || | |  ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| |||||||    
T  26381136 gtagatctgatcatgatcatgttcaatattgtgtttgttttcccccttgattcataa-ttgttgaacatgtcttatgaaatctattt-tatttagaccta 26381233  T
Q  146 aatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttatt 191  Q
    |||||| ||  |||| ||||||||| || ||||| | |||||||||    
T  26381234 aatttctaatgagtgatatcagagc-gtgttcatatttgatttatt 26381278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 151; Significance: 5e-80; HSPs: 19)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 8662918 - 8662729
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8662918 tcctaatagcctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 8662819  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttatt 191  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||    
T  8662818 -aattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagagctaaatttacaacaagtggtatcagagcggtctttatgtttgatttatt 8662729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 32035423 - 32035269
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32035423 tcctaataccctaattcttaataaccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 32035324  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32035323 -aattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 32035269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 8650940 - 8650785
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8650940 tcctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 8650841  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaa 157  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  8650840 -aattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagagctaaatttacaacaa 8650785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 21782890 - 21782733
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  21782890 tcctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgatttat 21782791  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagt 159  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21782790 -aattgttgaacatgtattatgaaatctgtttatattaagacctaaatttctaacaagt 21782733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 4580458 - 4580304
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4580458 tcctaataccctaattcttaatatccttggtaaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 4580359  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4580358 -agttgttgaacatgtattatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 4580304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 3 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 21191001 - 21190849
Alignment:
Q  3 ctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataa 102  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  21191001 ctaataccctaattcttaatatctttgataaatcaaatatatcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat-a 21190903  T
Q  103 attgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21190902 attgttgaacatattttatgaaatctgtttataataagacctaaatttccaaca 21190849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 11 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 21197148 - 21196967
Alignment:
Q  11 ctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgttga 110  Q
    ||||||||| |||||  ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  21197148 ctaattcttgatatccttgataaatcaaacatgttgtagatccgttcatacttatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataa-tcgttga 21197050  T
Q  111 acatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttattag 193  Q
    |||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||    
T  21197049 acatgttttatgaaatctgtttttactatgacctaaatttccaacaagtggtatcagagcggtctttatgtttgatttattag 21196967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 4 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 31756349 - 31756196
Alignment:
Q  4 taataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||| ||    
T  31756349 taataccctaattcttaatatccttgataattcaaacatgtcgtagatccgattataatcatgttcaatgttttatttgcttccgttgttgattcat-aa 31756251  T
Q  104 ttgttgaacatgttttatgaaatctg--tttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||    
T  31756250 ttgttgaacatgttttatgaaatctgtttttttattaagacctaaatttccaaca 31756196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Original strand, 25354234 - 25354388
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |     
T  25354234 tcctaataccctaattcttaatatct-tgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgctttgtttgcttccgctattgattta- 25354331  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttat-attaagacctaaatttccaaca 156  Q
      |||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||    
T  25354332 cgattgttgaacatgtattatgaaatctgtttttaattaagatctaaatttccaaca 25354388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 191
Target Start/End: Original strand, 25343647 - 25343840
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |     
T  25343647 tcctaatactctaattcttaatatct-tgataaatcaaaaatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttctgctattgattta- 25343744  T
Q  101 aaattgttgaa----catgttttatgaaatctgtttat-attaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttatt 191  Q
      |||||||||    ||||| ||||||||| ||||| | |||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  25343745 cgattgttgaacatgcatgtattatgaaatttgtttttaattaagatataaatttccaacaagtggtatcagagcggtcttcatgtttgatttatt 25343840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 9 - 157
Target Start/End: Original strand, 18778614 - 18778761
Alignment:
Q  9 ccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgtt 108  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  18778614 ccctaattcttaatat-attgataaatcaaatacgtcgtagatccgatcataattatgttcaacgttttgtttgcttccgctattgattcat-aattatt 18778711  T
Q  109 gaacatg-ttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaa 157  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||    
T  18778712 gaacatgtttttatgaaatttgttttaattaagacctaaatttccaacaa 18778761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 194
Target Start/End: Original strand, 6098003 - 6098196
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctatt-gattca 99  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||| |||||||||||| || |   ||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||    
T  6098003 tcctaataccctaattcttaacatct-tgataaatcaaacacgtcgtagatccgttctt---catgttcaatgttttgtctacttccgctatttgattca 6098098  T
Q  100 taaat--tgttgaacatgttttatgaaatctgtttat-attaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttattaga 194  Q
    ||| |  |||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| ||||    
T  6098099 taattgttgttgaacatgttttatgaaatttgttttttattaagacctaagttttcaacaagtggtatgagagcaatcttcatgtttgatttagtaga 6098196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 31 - 151
Target Start/End: Original strand, 17581678 - 17581797
Alignment:
Q  31 taaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgttgaacatgttttatgaaatctgt 130  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||| | |||    
T  17581678 taaatcaaacatgtcgtagatcctataataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctatcgattcat-aatagttgaacatgttttatgaattatgt 17581776  T
Q  131 ttatattaagacctaaatttc 151  Q
    || |||| ||| |||||||||    
T  17581777 ttttatttagatctaaatttc 17581797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 11 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 21770685 - 21770546
Alignment:
Q  11 ctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgttga 110  Q
    ||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |   ||||||||    
T  21770685 ctaattcttgatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgttcatatttatgttcaatgttttgtttacttcctctattaattta-cgattgttga 21770587  T
Q  111 acatgttttatgaaatctgtttat-attaagacctaaattt 150  Q
     ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  21770586 tcatgtattatgaaatctgtttttaattaagacctaaattt 21770546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 11 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 21783436 - 21783350
Alignment:
Q  11 ctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgatt 97  Q
    ||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21783436 ctaattcttgatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgttcatatttatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgatt 21783350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 11 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 21789659 - 21789573
Alignment:
Q  11 ctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgatt 97  Q
    ||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21789659 ctaattcttgatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgttcatatttatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgatt 21789573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 11 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 34603457 - 34603338
Alignment:
Q  11 ctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgttga 110  Q
    |||||| ||||||||  |||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||      
T  34603457 ctaattgttaatatccttgataaatcaaacatgccatagatccgatcataattatgttcaatgctttgtttgctt-cgctatttattcat-aattgttac 34603360  T
Q  111 acatgttttatgaaatctgttt 132  Q
    ||||||||||| |||| |||||    
T  34603359 acatgttttattaaatatgttt 34603338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 11 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 34724734 - 34724615
Alignment:
Q  11 ctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgttga 110  Q
    |||||| ||||||||  |||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||      
T  34724734 ctaattgttaatatccttgataaatcaaacatgccatagatccgatcataattatgttcaatgctttgtttgctt-cgctatttattcat-aattgttac 34724637  T
Q  111 acatgttttatgaaatctgttt 132  Q
    ||||||||||| |||| |||||    
T  34724636 acatgttttattaaatatgttt 34724615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 49 - 155
Target Start/End: Original strand, 6102693 - 6102803
Alignment:
Q  49 gatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgcta-ttgattcataa--attgttgaacatgttttatgaaatctg-tttatattaagacct 144  Q
    |||||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |   ||||||||||| ||||||||||| || ||| ||| |||||||    
T  6102693 gatccgttcatattgatgttcaatgttttgtctgcttccgctatttgattcatgattgttgttgaacatattttatgaaatatgttttttatgaagacct 6102792  T
Q  145 aaatttccaac 155  Q
    |||||||||||    
T  6102793 aaatttccaac 6102803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 148; Significance: 3e-78; HSPs: 17)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 35090786 - 35090581
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    ||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35090786 tcctaatacactaattgttaatattcttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 35090687  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttatt-agattgat 199  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| ||    
T  35090686 -aattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaattt-caacaagtggtatcagagcggtcttcatgtttgatttattgagattaat 35090589  T
Q  200 cgaatttt 207  Q
     |||||||    
T  35090588 tgaatttt 35090581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 193
Target Start/End: Original strand, 13456122 - 13456313
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  13456122 tcctaataccctaattcttaatacccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcaggttcaatgttttgtttgcttccgctattgattca- 13456220  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttattag 193  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  13456221 caattgttgaacatgtattatgaaatctatttatattaagacctatatttccaacaagtggtatcagagcggtcttcatgtttgatttattag 13456313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 28683082 - 28682928
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28683082 tcctaataccctaattcttaataaccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 28682983  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28682982 -aattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 28682928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Original strand, 36750437 - 36750591
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36750437 tcctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 36750536  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  36750537 -aattgttgaacatgttttatgaaatctgtttttattaagacttaaatttccaaca 36750591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 191
Target Start/End: Original strand, 31002399 - 31002589
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |     
T  31002399 tcctaataccctaattcttgatattcttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatattttgtttgcttccgctattgattta- 31002497  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttat-attaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttatt 191  Q
      |||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  31002498 cgattgttgaacatgtattatgaaatctgtttttaattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcggtcttcatgtttgatttatt 31002589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 35084813 - 35084665
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    ||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35084813 tcctaatacactaattgttaatattcttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcattttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 35084714  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaattt 150  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35084713 -aattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaattt 35084665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Original strand, 13462063 - 13462217
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  13462063 tcctaataccctaattcttaatacccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcaggttcaatgttttgtttgcttccgctattgattca- 13462161  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  13462162 caattgttgaacatgtattatgaaatctatttatattaagacctatatttccaaca 13462217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 4 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 13149819 - 13149674
Alignment:
Q  4 taataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |    
T  13149819 taataccctaattcttaatatct-tgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattta-cga 13149722  T
Q  104 ttgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttc 151  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13149721 ttgttgaacatgtattatgaaatctgtttatattaagacctaaatttc 13149674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Original strand, 30965350 - 30965505
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  30965350 tcctaataccctaattcttaaaataattgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatattttgtttgcttccgctattgatttat 30965449  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttat-attaagacctaaatttccaaca 156  Q
      |||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||    
T  30965450 -gattgttgaacatgtattatgaaatctgtttttaattaagacctaaatttctaaca 30965505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 161
Target Start/End: Original strand, 31008377 - 31008537
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |     
T  31008377 tcctaataccctaattcttgatattcttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatattttgtttgcttccgctattgattta- 31008475  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttat-attaagacctaaatttccaacaagtgg 161  Q
      |||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||    
T  31008476 cgattgttgaacatgtattatgaaatctgtttttaattaagacctaaatttccaacaggtgg 31008537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 44716942 - 44716786
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgtttt-gtttgcttccgctattgattca 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |    
T  44716942 tcctaataccctaattcttaatatccttggtaaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttcttttgcttccgctattgattga 44716843  T
Q  100 taaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaa 157  Q
    | ||  |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  44716842 t-aaccgttgaacatgttttatgatatctgtttttattaagacctaaatttctaacaa 44716786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 31 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 35438816 - 35438693
Alignment:
Q  31 taaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgttgaacatgttttatgaaatctgt 130  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||    
T  35438816 taaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttatttgcttccgctattgattcat-aactgttgaacatgttttatgaaatttgt 35438718  T
Q  131 ttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
    || ||||||| |||||||||||||||    
T  35438717 tt-tattaaggcctaaatttccaaca 35438693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 9 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 11048682 - 11048536
Alignment:
Q  9 ccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgtt 108  Q
    |||||||||||||||||  || || |||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  11048682 ccctaattcttaatatccttggtacatcaaacatgacgtatatccaatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttcagctattgattcat-aattgtt 11048584  T
Q  109 gaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
    | |||||||||||||||| | ||| || ||||||||||||||||||||    
T  11048583 ggacatgttttatgaaatttatttttaataagacctaaatttccaaca 11048536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 28 - 191
Target Start/End: Original strand, 29833257 - 29833419
Alignment:
Q  28 tgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgttgaacatgttttatgaaatc 127  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||| |||| |||| ||||| |||||||||| || || || ||||||| ||||||||||    
T  29833257 tgataaatcaaacatgttgtcgatccgatcataattatgttcaatattttatttgtttccgttattgattcacaa-ttattaaacatgtattatgaaatc 29833355  T
Q  128 tgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttatt 191  Q
    | |||||||| | ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  29833356 tctttatatttatacctaaatttctaacaagtagtatcagagcagtcttcatgtttgatttatt 29833419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Original strand, 23343583 - 23343737
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    ||||||||||| || ||||||||||  |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  23343583 tcctaataccccaactcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagattcgttcatattcatgttcaatgttttgtttgcttccgctgttgattcgt 23343682  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     ||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||| |||| ||||||||| ||||    
T  23343683 -aatcgttgaacatgttttatgaaatctcttcttatcaagatctaaatttcaaaca 23343737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 67 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 1388090 - 1388002
Alignment:
Q  67 ttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaa 157  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| | | ||| ||||  ||||||||||| ||||||    
T  1388090 ttcaatgttttgtttgtttccgttattgattcat-aattattgaa-atgttttatgaagtatatttttattttgacctaaatttacaacaa 1388002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 38 - 77
Target Start/End: Original strand, 31651664 - 31651703
Alignment:
Q  38 aacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgtttt 77  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31651664 aacatgtcataaatccgatcataatcatgttcaatgtttt 31651703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0208 (Bit Score: 143; Significance: 3e-75; HSPs: 2)
Name: scaffold0208
Description:

Target: scaffold0208; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 199
Target Start/End: Original strand, 6545 - 6742
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6545 tcctaatagcctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgttgtagattcagtcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 6644  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttattagattgat 199  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||    
T  6645 aaattgttgaacatggtttatgaaat-tgtttatattaagagctaaatttccaacaagtggtatcagagccgtcttcatgtttgatttattaggttgat 6742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0208; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 157
Target Start/End: Original strand, 12418 - 12573
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12418 tcctaatagcctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagattcgatcataattatgttcaatgttttatttgcttccgctattgattcat 12517  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaa 157  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12518 aaattgttgaatatggtttatgaaat-tgtttatattaagagctaaatttccaacaa 12573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 139; Significance: 8e-73; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 173027 - 172838
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  173027 tcctaatatcctaattcttaatatccttgataaattaaacatgtcgtagatccgatcataatcattttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 172928  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaagtggtatcagagcagtcttcatgtgtgatttatt 191  Q
     |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  172927 -aattgtagaacatgttttatgaaacctgtttatattaagacctaaattttcaacaagtagtatcagagcggtcttcatgtttgatttatt 172838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0236 (Bit Score: 129; Significance: 7e-67; HSPs: 1)
Name: scaffold0236
Description:

Target: scaffold0236; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 157
Target Start/End: Original strand, 5557 - 5712
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5557 tcctaatagcctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 5656  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaacaa 157  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  5657 -aattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatatcaagagctaaatttccaacaa 5712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0363 (Bit Score: 123; Significance: 3e-63; HSPs: 1)
Name: scaffold0363
Description:

Target: scaffold0363; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 756 - 605
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  756 tcctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 657  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
    |    ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  656 a----gttaaacatgttttatgaaatctgtttttattaagacctaaatttccaaca 605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440 (Bit Score: 117; Significance: 1e-59; HSPs: 1)
Name: scaffold0440
Description:

Target: scaffold0440; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 1331 - 1176
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  1331 tcctaataccctaattcttaatatccttgataaatcaaacatatcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgcctttgattcat 1232  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttat-attaagacctaaatttccaaca 156  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  1231 -aattgttgaacatgttttatgaaatctgtttttaattaagacctaaatttccaaca 1176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1114 (Bit Score: 64; Significance: 4e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold1114
Description:

Target: scaffold1114; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 3 - 156
Target Start/End: Original strand, 1112 - 1261
Alignment:
Q  3 ctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataa 102  Q
    ||||||| |||||| |||||||   |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |  ||    |||||||||| || |||||||||||||    
T  1112 ctaatactctaattgttaatatgcatgataagtcaaacatgtcgttgatccgatcataatcatatctaaa---ttgtttgctttcgatattgattcataa 1208  T
Q  103 attgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttccaaca 156  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||    
T  1209 -tggttgaacatgttttatgaaatctgtttttattaagatctgaatttccaaca 1261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0185 (Bit Score: 59; Significance: 4e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0185
Description:

Target: scaffold0185; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 28 - 118
Target Start/End: Original strand, 5972 - 6061
Alignment:
Q  28 tgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcataaattgttgaacatgttt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||||| || |||| ||||||||||||    
T  5972 tgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcatattcatgttcaatgttttgtttaatgccgctattgattaat-aattattgaacatgttt 6061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0085 (Bit Score: 52; Significance: 6e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0085
Description:

Target: scaffold0085; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 152
Target Start/End: Original strand, 38452 - 38600
Alignment:
Q  1 tcctaataccctaattcttaatatcactgataaatcaaacatgtcgtagatccgatcataatcatgttcaatgttttgtttgcttccgctattgattcat 100  Q
    |||||||||| ||||| |||||||   ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| || ||||||  |    
T  38452 tcctaatacc-taattattaatattcttgataaa-caaacatgttgtagatccgatcataactatgttcaatgttttgtttgcttccactgttgatttct 38549  T
Q  101 aaattgttgaacatgttttatgaaatctgtttatattaagacctaaatttcc 152  Q
     |||  |||||||||| |||||||||||| || |||| |  |||||||||||    
T  38550 -aatgattgaacatgtcttatgaaatctggttttatttaatcctaaatttcc 38600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University