View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11137_high_5 (Length: 718)

Name: NF11137_high_5
Description: NF11137
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11137_high_5
NF11137_high_5
[»] scaffold0036 (1 HSPs)
scaffold0036 (11-702)||(90935-91626)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (54-697)||(26672021-26672664)
chr5 (54-697)||(26943619-26944262)
chr5 (57-697)||(26901307-26901953)
chr5 (519-620)||(13658717-13658818)


Alignment Details
Target: scaffold0036 (Bit Score: 648; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0036
Description:

Target: scaffold0036; HSP #1
Raw Score: 648; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 702
Target Start/End: Original strand, 90935 - 91626
Alignment:
Q  11 cacagacccaaatgatccaatgattgagttcatgtcaagagagtgccaaagagctcaaaaagcatctgctataattttgaatacatttgatgctttagag 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  90935 cacagacccaaatgatccaatgattgagttcatgtcaagagagtgccaaagagctcaaaaagcatctgctataattttgaacacatttgatgctttagag 91034  T
Q  111 catgatgttttggaagcattctcttcaatttttcctcctatcttttccattggtcccttaaatttactcttgaaaaaggtgaccaatgaagaattgaact 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  91035 catgatgttttggaagcattctcttcaatttttcctcctatctattccattggccccttaaatttactcttgaaagatgtgaccaatgaagaattgaact 91134  T
Q  211 caatagggtccaacctttggaaagaagattcaaagtgtttgaaatggctaaacaacaaagaaccaaacactgttgtttatgtcaattttggtagcgtcac 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  91135 caatagggtccaacctttggaaagaagattcaaagtgtttgaaatggctaaacaacaaagaaccaaacactgttgtttatgtcaattttggtagcgtcac 91234  T
Q  311 tgttatgacaaaagaacaaatgattgagtttgcttgggggttaagtaacagtaaaaaaccgtttttgtgggtcataagaccggatcttgtatccggtgaa 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  91235 tgttatgacaaaagaacaaatgattgagtttgcttgggggttaagtaacagtaaaaaaccgtttttgtgggtcataaggccggatcttgtagccggtgaa 91334  T
Q  411 aatgctgttctacctctagagtttttggaagagacgaaagatagaggattgttgtcaagttggtgtccacaagaggaagtgttggctcattccgctatag 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  91335 aatgctgttctacctctagagtttttggaagagacgaaagatagaggattgttgtcaagttggtgtctacaaggggaagtgttggctcattccgctatag 91434  T
Q  511 gaggattcttgacacacagtggttggaattcgacgttggagagtgtgtgtgccggtgttccaatgatatgttggccgttctttgcggagcaacaaactaa 610  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  91435 gaggattcttgacacatagtggttggaattcgacgttggagagtgtgtgtgccggtgttccaatgatatgttggccgttctttgcggagcaacaaactaa 91534  T
Q  611 ttgtaggttttgttgtaatgagtgggagattggttttgagattgaagatgctaagagggacaaaattgagagccttgtgaaggagttgttgg 702  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  91535 ttgtaggttttgttgtaatgagtgggagattggtttggagattgaagatgctaagagggacaaaattgagagccttgtgaaggagttgttgg 91626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 54 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 26672664 - 26672021
Alignment:
Q  54 tgccaaagagctcaaaaagcatctgctataattttgaatacatttgatgctttagagcatgatgttttggaagcattctcttcaatttttcctcctatct 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||   ||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | |    
T  26672664 tgccaaagagctcaaaaagcatctgcaataattttcaacacatttgacaatttggaacacgatgttttggaagcattctcttccattttacctcctgttt 26672565  T
Q  154 tttccattggtcccttaaatttactcttgaaaaaggtgaccaatgaagaattgaactcaatagggtccaacctttggaaagaagattcaaagtgtttgaa 253  Q
     |||||||||||||||  |||||||| | ||| | ||||| ||| | |||||| | ||||| ||||||||||| ||||| |||||  || |||||||| |    
T  26672564 attccattggtcccttgcatttactcataaaagatgtgacaaataaggaattggattcaattgggtccaacctatggaaggaagagccagagtgtttgga 26672465  T
Q  254 atggctaaacaacaaagaaccaaacactgttgtttatgtcaattttggtagcgtcactgttatgacaaaagaacaaatgattgagtttgcttgggggtta 353  Q
    ||||||||| |  |||||||| || | ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  26672464 atggctaaatagtaaagaacccaatagtgttgtttatgtcaattttggaagtatcactgttatgacaagtgaacaaatgattgagtttgcttggggacta 26672365  T
Q  354 agtaacagtaaaaaaccgtttttgtgggtcataagaccggatcttgtatccggtgaaaatgctgttctacctctagagtttttggaagagacgaaagata 453  Q
    ||||| |||||||  || ||||||||||||||||| || ||||||||| | ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  26672364 agtaatagtaaaatgccctttttgtgggtcataaggccagatcttgtagctggtgaaaatgctgttttgcctctagagtttttggaagagaccaaaaata 26672265  T
Q  454 gaggattgttgtcaagttggtgtccacaagaggaagtgttggctcattccgctataggaggattcttgacacacagtggttggaattcgacgttggagag 553  Q
    |||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||  | || ||||| || |||||||| | |||||||||||| |||||||| ||    
T  26672264 gaggtttattatcaagttggtgtccacaagaggaagttttgggacattcatcaattggagggtttttgacacataatggttggaattcaacgttggaaag 26672165  T
Q  554 tgtgtgtgccggtgttccaatgatatgttggccgttctttgcggagcaacaaactaattgtaggttttgttgtaatgagtgggagattggttttgagatt 653  Q
    ||| ||||  ||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||    
T  26672164 tgtttgtggtggtgttccaatgatatgttggcctttttttgctgaacaacaaactaattgtagattttgttgtaatgaatgggggattggtttggagatt 26672065  T
Q  654 gaagatgctaagagggacaaaattgagagccttgtgaaggagtt 697  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||    
T  26672064 gaagatgctaagagggacaaaatagagattcttgtgaaggagtt 26672021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 54 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 26944262 - 26943619
Alignment:
Q  54 tgccaaagagctcaaaaagcatctgctataattttgaatacatttgatgctttagagcatgatgttttggaagcattctcttcaatttttcctcctatct 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||   ||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | |    
T  26944262 tgccaaagagctcaaaaagcatctgcaataattttcaacacatttgacaatttggaacacgatgttttggaagcattctcttccattttacctcctgttt 26944163  T
Q  154 tttccattggtcccttaaatttactcttgaaaaaggtgaccaatgaagaattgaactcaatagggtccaacctttggaaagaagattcaaagtgtttgaa 253  Q
     |||||||||||||||  |||||||| | ||| | ||||| ||| | |||||| | ||||| ||||||||||| ||||| |||||  || |||||||| |    
T  26944162 attccattggtcccttgcatttactcataaaagatgtgacaaataaggaattggattcaattgggtccaacctatggaaggaagagccagagtgtttgga 26944063  T
Q  254 atggctaaacaacaaagaaccaaacactgttgtttatgtcaattttggtagcgtcactgttatgacaaaagaacaaatgattgagtttgcttgggggtta 353  Q
    ||||||||| |  |||||||| || | ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  26944062 atggctaaatagtaaagaacccaatagtgttgtttatgtcaattttggaagtatcactgttatgacaagtgaacaaatgattgagtttgcttggggacta 26943963  T
Q  354 agtaacagtaaaaaaccgtttttgtgggtcataagaccggatcttgtatccggtgaaaatgctgttctacctctagagtttttggaagagacgaaagata 453  Q
    ||||| |||||||  || ||||||||||||||||| || ||||||||| | ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  26943962 agtaatagtaaaatgccctttttgtgggtcataaggccagatcttgtagctggtgaaaatgctgttttgcctctagagtttttggaagagaccaaaaata 26943863  T
Q  454 gaggattgttgtcaagttggtgtccacaagaggaagtgttggctcattccgctataggaggattcttgacacacagtggttggaattcgacgttggagag 553  Q
    |||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||  | || ||||| || |||||||| | |||||||||||| |||||||| ||    
T  26943862 gaggtttattatcaagttggtgtccacaagaggaagttttgggacattcatcaattggagggtttttgacacataatggttggaattcaacgttggaaag 26943763  T
Q  554 tgtgtgtgccggtgttccaatgatatgttggccgttctttgcggagcaacaaactaattgtaggttttgttgtaatgagtgggagattggttttgagatt 653  Q
    ||| ||||  ||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||    
T  26943762 tgtttgtggtggtgttccaatgatatgttggcctttttttgctgaacaacaaactaattgtagattttgttgtaatgaatgggggattggtttggagatt 26943663  T
Q  654 gaagatgctaagagggacaaaattgagagccttgtgaaggagtt 697  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||    
T  26943662 gaagatgctaagagggacaaaatagagattcttgtgaaggagtt 26943619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 57 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 26901953 - 26901307
Alignment:
Q  57 caaagagctcaaaaagcatctgctataattttgaatacatttgatgctttagagcatgatgttttggaagcattctcttcaatt------tttcctccta 150  Q
    |||||||||| |||||| || || |||||||| || ||||||||||| ||||| ||  | ||||| ||||||||||| || |||      || |||||      
T  26901953 caaagagctctaaaagcttcagcaataattttaaacacatttgatgcattagaacacaacgttttagaagcattctcatccattgataatttacctccag 26901854  T
Q  151 tcttttccattggtcccttaaatttactcttgaaaaaggtgaccaatgaagaattgaactcaatagggtccaacctttggaaagaagattcaaagtgttt 250  Q
    | | ||| ||||||||  ||||||| ||||| ||||| |||||  |||||||||||||||| || || |||||||| |||||||| ||  || | |||||    
T  26901853 tttattcaattggtccaataaattttctcttaaaaaatgtgactgatgaagaattgaactctattggatccaacctatggaaagatgagacagattgttt 26901754  T
Q  251 gaaatggctaaacaacaaagaaccaaacactgttgtttatgtcaattttggtagcgtcactgttatgacaaaagaacaaatgattgagtttgcttggggg 350  Q
      ||||||||   | ||||||||| || | ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| || ||| |  |||| ||||| |||||     
T  26901753 agaatggctagcaagcaaagaacctaatagtgttgtttatgtcaattttggaagtatcactgttatgacaaatgatcaattagttgaatttgcatgggga 26901654  T
Q  351 ttaagtaacagtaaaaaaccgtttttgtgggtcataagaccggatcttgtatccggtgaaaatgctgttctacctctagagtttttggaagagacgaaag 450  Q
     |   ||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||    ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||     
T  26901653 cttgctaatagtaaaaaaacatttttgtgggtaataagaccagatcttgtgagtggtaaaaatgctgttttacctcaagagtttttggaagagaccaaaa 26901554  T
Q  451 atagaggattgttgtcaagttggtgtccacaagaggaagtgttggctcattccgctataggaggattcttgacacacagtggttggaattcgacgttgga 550  Q
    ||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| || | ||||||  | || ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| ||    
T  26901553 atagaggtttattatcaagttggtgtccacaagaggaagttttaggtcattcatcaattggagggtttttgacacatagtggttggaattcaacgttaga 26901454  T
Q  551 gagtgtgtgtgccggtgttccaatgatatgttggccgttctttgcggagcaacaaactaattgtaggttttgttgtaatgagtgggagattggttttgag 650  Q
     ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| ||     
T  26901453 aagtgtttgtggtggtgttccaatgatatgttggcctttttttgctgaacaacaaactaattgtagattttgttgtaatgaatgggggattggtttggaa 26901354  T
Q  651 attgaagatgctaagagggacaaaattgagagccttgtgaaggagtt 697  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||    
T  26901353 attgaagatgctaagagggataaaattgagattcttgtgaaggagtt 26901307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 519 - 620
Target Start/End: Original strand, 13658717 - 13658818
Alignment:
Q  519 ttgacacacagtggttggaattcgacgttggagagtgtgtgtgccggtgttccaatgatatgttggccgttctttgcggagcaacaaactaattgtaggt 618  Q
    |||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||  |   ||||| || |||||||||||||| |  ||||| || ||||||| |||| ||||||    
T  13658717 ttgacacatagtggatggaattctactttggagagtgtggtttgtggtgtgcctatgatatgttggccttattttgctgatcaacaaattaatagtaggt 13658816  T
Q  619 tt 620  Q
    ||    
T  13658817 tt 13658818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University