View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11140_low_7 (Length: 252)

Name: NF11140_low_7
Description: NF11140
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11140_low_7
NF11140_low_7
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (1-214)||(37593518-37593731)
chr5 (1-214)||(37695909-37696122)
chr5 (1-214)||(37532414-37532627)
chr5 (1-250)||(37393510-37393759)
chr5 (1-214)||(37823218-37823431)
chr5 (1-214)||(37401631-37401844)
chr5 (1-214)||(37639060-37639273)
chr5 (1-188)||(37710844-37711031)
chr5 (1-188)||(37702023-37702210)
chr5 (2-216)||(37382960-37383174)
chr5 (1-216)||(37435022-37435237)
chr5 (1-113)||(37413798-37413910)
chr5 (36-232)||(37428348-37428543)
chr5 (84-172)||(26437679-26437767)
chr5 (84-172)||(26451048-26451136)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-250)||(14552650-14552899)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (2-213)||(16843630-16843841)
chr4 (11-232)||(24218374-24218595)
chr4 (2-186)||(16846298-16846481)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 206; Significance: 1e-113; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 37593731 - 37593518
Alignment:
Q  1 agaaactctacaagagttacaagttctaagcttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37593731 agaaactctacaagagttacaagttctaagcttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgaga 37593632  T
Q  101 atttttgatgtttctatcaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggtt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37593631 atttttgatgtttctatcaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggtt 37593532  T
Q  201 tgaaatacatgggt 214  Q
    || |||||| ||||    
T  37593531 tgcaatacaagggt 37593518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 37696122 - 37695909
Alignment:
Q  1 agaaactctacaagagttacaagttctaagcttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37696122 agaaactctacaagagttacaagttctaagcttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgaga 37696023  T
Q  101 atttttgatgtttctatcaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggtt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37696022 atttttgatgtttctatcaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggtt 37695923  T
Q  201 tgaaatacatgggt 214  Q
    || |||||| ||||    
T  37695922 tgcaatacaagggt 37695909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 37532627 - 37532414
Alignment:
Q  1 agaaactctacaagagttacaagttctaagcttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37532627 agaaactctacaagagttacaagttctaagcttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgaga 37532528  T
Q  101 atttttgatgtttctatcaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggtt 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37532527 atttttgatgtttctaacaacaattttagtgggcccttgccaatatcatgcatcaagaactttaaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggtt 37532428  T
Q  201 tgaaatacatgggt 214  Q
    || |||||| ||||    
T  37532427 tgcaatacaagggt 37532414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 250
Target Start/End: Original strand, 37393510 - 37393759
Alignment:
Q  1 agaaactctacaagagttacaagttctaagcttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37393510 agaaactctacaagagttacaggtgctaagtttacgatcaaatcatcttcatgggtcaatcacatgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgaga 37393609  T
Q  101 atttttgatgtttctatcaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggtt 200  Q
    |||| |||||| ||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  37393610 atttatgatgtctctagtaacaattttagtggccccttgccaacatcatgcttcaagaactttcaaggaatgatggatgtgaataacagccaaattggtt 37393709  T
Q  201 tgaaatacatgggtaaagccagttattataattactataatgagtctgtg 250  Q
    || ||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||| ||||||    
T  37393710 tgcaatacatgggtaaagccagatactttaattactataatgattctgtg 37393759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 37823431 - 37823218
Alignment:
Q  1 agaaactctacaagagttacaagttctaagcttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgaga 100  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  37823431 agaaactctaccagagttacaggtgataagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgaga 37823332  T
Q  101 atttttgatgtttctatcaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggtt 200  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||    
T  37823331 atttttgatgtctctaacaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgagtgacgaccaaattggtt 37823232  T
Q  201 tgaaatacatgggt 214  Q
    || |||||||||||    
T  37823231 tgcaatacatgggt 37823218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Original strand, 37401631 - 37401844
Alignment:
Q  1 agaaactctacaagagttacaagttctaagcttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgaga 100  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  37401631 agaaactctaccagagttacaggtgataagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgaga 37401730  T
Q  101 atttttgatgtttctatcaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggtt 200  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | | |||||    
T  37401731 atttttgatgtctctaacaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggtt 37401830  T
Q  201 tgaaatacatgggt 214  Q
    || |||||||||||    
T  37401831 tgcaatacatgggt 37401844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 37639273 - 37639060
Alignment:
Q  1 agaaactctacaagagttacaagttctaagcttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgaga 100  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  37639273 agaaactctaccagagttacaggtgataagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgaga 37639174  T
Q  101 atttttgatgtttctatcaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggtt 200  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | | |||||    
T  37639173 atttttgatgtctctaacaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggtt 37639074  T
Q  201 tgaaatacatgggt 214  Q
    || |||||||||||    
T  37639073 tgcaatacatgggt 37639060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 37711031 - 37710844
Alignment:
Q  1 agaaactctacaagagttacaagttctaagcttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgaga 100  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  37711031 agaaactctaccagagttacaggtgataagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgaga 37710932  T
Q  101 atttttgatgtttctatcaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgaca 188  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37710931 atttttgatgtctctaacaacaattttagtgggcccttgccagcatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaaggtgaatgaca 37710844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 37702210 - 37702023
Alignment:
Q  1 agaaactctacaagagttacaagttctaagcttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgaga 100  Q
    ||||||| ||| ||||||||| || || || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37702210 agaaactttaccagagttacaggtgctgagtttacgatcaaatcatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgaga 37702111  T
Q  101 atttttgatgtttctatcaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgaca 188  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  37702110 atttttgatgcctctaacaacaattttagtggccccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgattaatgtaaatgaca 37702023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 2 - 216
Target Start/End: Original strand, 37382960 - 37383174
Alignment:
Q  2 gaaactctacaagagttacaagttctaagcttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgagaa 101  Q
    |||||||||||||| ||||| || || || ||| |||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||    
T  37382960 gaaactctacaagaattacaggtgctcagtttaagatcaaataaacttcatggcgcaatcacatgctctagcaccaaacatccatttcccaagttgagaa 37383059  T
Q  102 tttttgatgtttctatcaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggttt 201  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   | | ||||||    
T  37383060 tttttgatgtctctaacaacaattttattgggcccttgccaacatcgtgcatcaagaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggttt 37383159  T
Q  202 gaaatacatgggtaa 216  Q
    | |||||||||||||    
T  37383160 gcaatacatgggtaa 37383174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 37435237 - 37435022
Alignment:
Q  1 agaaactctacaagagttacaagttctaagcttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||| || || || ||| |||||||||| ||| ||||| ||||||| ||||||| |||||| ||| | ||| ||||||| |||    
T  37435237 agaaactctacaagagttacaggtactcagtttaagatcaaataaacttaatggttcaatcacctgttctaacaccaaccatcctttttctaagttaaga 37435138  T
Q  101 atttttgatgt-ttctatcaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggt 199  Q
    ||||||||  | |||  | ||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  37435137 atttttgacatcttcggt-aacaattttagtggatccttgccaacatcatgtatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccagattggt 37435039  T
Q  200 ttgaaatacatgggtaa 216  Q
    ||| |||||||||||||    
T  37435038 ttgcaatacatgggtaa 37435022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 113
Target Start/End: Original strand, 37413798 - 37413910
Alignment:
Q  1 agaaactctacaagagttacaagttctaagcttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  37413798 agaaactctacaagagttacaggtgctaagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcacaaagcatacatttcccaagttgaga 37413897  T
Q  101 atttttgatgttt 113  Q
    || ||| ||||||    
T  37413898 atattttatgttt 37413910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 36 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 37428543 - 37428348
Alignment:
Q  36 gatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgagaatttttgatgtttctatcaacaattttagtgggcc 135  Q
    |||||||||| || |||||| |||||||||||||||  ||||| ||| |||| || |||||||||||||| ||  | | ||  || | ||||||||| ||    
T  37428543 gatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaaacatccattccc-aagttgagaattttcgacatctataataaaatttttagtggtcc 37428445  T
Q  136 cttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggtttgaaatacatgggtaaagccagttattataat 232  Q
    |||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  37428444 cttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaaggccaattactataat 37428348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 84 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 26437767 - 26437679
Alignment:
Q  84 catttcctaagttgagaatttttgatgtttctatcaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatg 172  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||| || | ||| |||||||||||  | ||||| ||| | | |||||| |||||| ||||||||    
T  26437767 catttcctaagttgagggtttttgatgtctccaacaataattttagtggctctttgcccacaacgtacatcaaaaactttaaaggaatg 26437679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 84 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 26451136 - 26451048
Alignment:
Q  84 catttcctaagttgagaatttttgatgtttctatcaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatg 172  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||| || | ||| |||||||||||  | ||||| ||| | | |||||| |||||| ||||||||    
T  26451136 catttcctaagttgagggtttttgatgtctccaacaataattttagtggctctttgcccacaacgtacatcaaaaactttaaaggaatg 26451048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 14552899 - 14552650
Alignment:
Q  1 agaaactctacaagagttacaagttctaagcttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgaga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| || |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14552899 agaaactctacaagagttacaagtgctaagtttacgatcaaatcatcttcacggagcaatcacctgttctagcatcaagcattcatttcctaagttgaga 14552800  T
Q  101 atttttgatgtttctatcaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggtt 200  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14552799 atttttgatgtctctaacaacaattttagtggcaccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaacgtgaatgacagccaaattggtt 14552700  T
Q  201 tgaaatacatgggtaaagccagttattataattactataatgagtctgtg 250  Q
    || ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||    
T  14552699 tgcaatacatgggtaaagccagctactataattactataatgattctgtg 14552650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 136; Significance: 5e-71; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 2 - 213
Target Start/End: Original strand, 16843630 - 16843841
Alignment:
Q  2 gaaactctacaagagttacaagttctaagcttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgagaa 101  Q
    |||||||||||||||||||| || ||    |||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16843630 gaaactctacaagagttacaggtactcgttttacgatctaataatcttcatggagtaatcacttgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgagaa 16843729  T
Q  102 tttttgatgtttctatcaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggttt 201  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||    
T  16843730 tttttgatgtctctaacaacaattttagtggcaccttgccaacatcatgcatccagaactttcaaggaatgatgaatgtggatgatagccagattggttt 16843829  T
Q  202 gaaatacatggg 213  Q
    | ||||||||||    
T  16843830 gcaatacatggg 16843841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 11 - 232
Target Start/End: Original strand, 24218374 - 24218595
Alignment:
Q  11 caagagttacaagttctaagcttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgagaatttttgatg 110  Q
    ||||||||||| || || || |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| |||||||||  ||||    
T  24218374 caagagttacaggtactcagtttacgatcaaatcatcttcatggtggaatcacttgttctagcaccaaacaatcatttccgaagatgagaatttacgatg 24218473  T
Q  111 tttctatcaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggtttgaaatacat 210  Q
    | |||   || |||||  |||| ||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||   ||  ||||||| |||||||    
T  24218474 tctctggtaataatttccgtggccccgtgccaacatcttgcctcaagaattttcaaggaatgattaatgtgaatgtcaataaatctggtttgcaatacat 24218573  T
Q  211 gggtaaagccagttattataat 232  Q
    |||||| |||| ||||||||||    
T  24218574 gggtaaggccaattattataat 24218595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 2 - 186
Target Start/End: Original strand, 16846298 - 16846481
Alignment:
Q  2 gaaactctacaagagttacaagttctaagcttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgagaa 101  Q
    |||||||||||||||||||| || || || ||| | |||||||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || |||||||    
T  16846298 gaaactctacaagagttacatgtactcagtttaaggtcaaataaactttatggttcaatcacatgttctagcaccaagcatccatttcc-aaattgagaa 16846396  T
Q  102 tttttgatgt-ttctatcaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatga 186  Q
    |||| ||  | ||| || ||||| || ||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||||||    
T  16846397 ttttggacatcttcgat-aacaaattcagtggaccgttgccaacatcatgtatcaagaattttcaaggaatgatgaacgcgaatga 16846481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University