View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11142_high_17 (Length: 483)

Name: NF11142_high_17
Description: NF11142
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11142_high_17
NF11142_high_17
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (1-280)||(27451195-27451474)
chr4 (281-465)||(27446634-27446818)
chr4 (1-280)||(23907324-23907603)
chr4 (1-280)||(48623549-48623828)
chr4 (26-280)||(1778038-1778293)
chr4 (55-280)||(435267-435492)
chr4 (66-280)||(53703655-53703870)
chr4 (28-281)||(39707472-39707725)
chr4 (15-107)||(16001137-16001230)
chr4 (33-92)||(56224776-56224835)
chr4 (210-275)||(2296364-2296429)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (1-280)||(32629593-32629868)
chr7 (1-276)||(36650975-36651250)
chr7 (1-280)||(33350828-33351107)
chr7 (35-280)||(39907401-39907646)
chr7 (25-280)||(38896622-38896877)
chr7 (16-280)||(24178217-24178481)
chr7 (1-221)||(11592670-11592890)
chr7 (94-280)||(22346586-22346772)
chr7 (137-280)||(38606156-38606298)
chr7 (170-280)||(46356873-46356983)
chr7 (207-280)||(36870346-36870419)
chr7 (225-284)||(11593158-11593217)
chr7 (9-78)||(33738551-33738620)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (1-280)||(20428659-20428938)
chr6 (1-276)||(5260274-5260549)
chr6 (13-258)||(30669888-30670132)
chr6 (1-280)||(6082370-6082660)
chr6 (1-280)||(9705779-9706035)
chr6 (131-280)||(3629377-3629526)
chr6 (1-232)||(26290765-26290995)
chr6 (69-259)||(2681479-2681669)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (1-280)||(15216293-15216570)
chr8 (1-280)||(36544133-36544411)
chr8 (46-280)||(42855035-42855271)
chr8 (179-280)||(36566263-36566364)
chr8 (174-243)||(6184814-6184883)
chr8 (33-113)||(13588720-13588800)
chr8 (219-279)||(30579245-30579305)
chr8 (1-113)||(31977597-31977709)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (27-277)||(45368651-45368901)
chr2 (1-280)||(24584628-24584910)
chr2 (1-273)||(8179774-8180046)
chr2 (33-280)||(452638-452885)
chr2 (1-181)||(13148303-13148482)
chr2 (1-230)||(37281088-37281316)
chr2 (195-280)||(2609703-2609788)
chr2 (207-280)||(14769487-14769560)
chr2 (42-202)||(33251337-33251497)
chr2 (238-281)||(13148540-13148583)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (6-280)||(43241403-43241677)
chr1 (1-280)||(8670899-8671178)
chr1 (1-280)||(51441786-51442065)
chr1 (1-259)||(49348445-49348702)
chr1 (36-280)||(29173551-29173795)
chr1 (10-280)||(32405486-32405752)
chr1 (51-280)||(45833593-45833820)
chr1 (32-113)||(11681833-11681914)
chr1 (55-259)||(35829434-35829638)
chr1 (66-280)||(34828107-34828321)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (1-280)||(2076496-2076775)
chr5 (1-280)||(20317972-20318251)
chr5 (1-280)||(24177505-24177784)
chr5 (1-234)||(1288596-1288829)
chr5 (1-277)||(26940-27215)
chr5 (35-105)||(22832091-22832161)
chr5 (41-280)||(37123591-37123831)
chr5 (33-106)||(25937109-25937183)
chr5 (42-176)||(756080-756214)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (1-280)||(51448731-51449010)
chr3 (16-280)||(52137824-52138088)
chr3 (1-262)||(38849083-38849344)
chr3 (1-275)||(3368744-3369016)
chr3 (25-197)||(27916583-27916753)
chr3 (210-277)||(48220971-48221038)
chr3 (207-280)||(50630343-50630414)
[»] scaffold0113 (1 HSPs)
scaffold0113 (29-280)||(13280-13531)
[»] scaffold0018 (1 HSPs)
scaffold0018 (72-280)||(30520-30728)
[»] scaffold0045 (1 HSPs)
scaffold0045 (95-262)||(90130-90297)
[»] scaffold0171 (1 HSPs)
scaffold0171 (141-258)||(5568-5685)
[»] scaffold0220 (1 HSPs)
scaffold0220 (171-234)||(25277-25340)
[»] scaffold0140 (1 HSPs)
scaffold0140 (87-157)||(14931-15001)
[»] scaffold0073 (1 HSPs)
scaffold0073 (1-113)||(20494-20606)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 27451474 - 27451195
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27451474 ataagaacaaaggggatatacataattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 27451375  T
Q  101 aagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatat 200  Q
    ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  27451374 aagaaaagagactcatgttacggataacttatttggttttattcctcggaggtcgactatggaagcgaactacttactttgacgcatgatggagcgatat 27451275  T
Q  201 cgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  27451274 cggacggataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggagaaggcgtaggatagagtacttagagagattttgtg 27451195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 281 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 27446818 - 27446634
Alignment:
Q  281 acaaatctctttcatttctccaagtcagtcatctactctaaaaccttgtgattcttgatggacatctctagaacatatggttgttttgacatgcccgagg 380  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27446818 acaaatctctttcatttctccaagtcagtcatctactctaaaaccttgtgattcttgatggacacctctagaacatatggttgttttgacatgcccgagg 27446719  T
Q  381 ctgacgaacttatgattacaaggctcttcgatttcattttgcaattttacaaccgcaattgttctcctacttcttccaataaaag 465  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27446718 ctgacgaacttatgattacaaggctcttcgatttcattttgcaattttacaaccgcaattgttctcctacttcttccaataaaag 27446634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 23907603 - 23907324
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    |||||||||| |||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||  |||||||    
T  23907603 ataagaacaagggggatatacaaaattccgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccataaagttatgggaaagggtgatcgaaagaagact 23907504  T
Q  101 aagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatat 200  Q
    ||||||  ||||||  ||||  |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  23907503 aagaaaggagactcgagttacggataatcaatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagcaatctacttacttcgacgcgtgatggagcgatat 23907404  T
Q  201 cgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  23907403 cgaacggataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggaaaaggcgtatgatagagtaccaagagagattttgtg 23907324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 48623828 - 48623549
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    |||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||    
T  48623828 ataagaacaagggggatatacaaaattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgatcgaaagaagact 48623729  T
Q  101 aagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatat 200  Q
    ||||||  ||||||  |||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  48623728 aagaaagaagactcgagttacagataaccaatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagcaatctacttagttcgacgcgtgatggagcgatat 48623629  T
Q  201 cgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
     | || ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  48623628 aggacggataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggaaaaggtgtatgatagagtaccgagagagattttgtg 48623549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 26 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 1778293 - 1778038
Alignment:
Q  26 ttgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagat 125  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| || ||  |||||||||||||  ||||||  ||||  |||    
T  1778293 ttgcgcgaattataggagaattaagctaatgagtcataccatggaattatgggaaagggtgatcgaaagaagactaagaaaggagactcgagttacggat 1778194  T
Q  126 aacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaat 225  Q
    |||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||| |||| |||||||||||| || ||||||||| ||||||| |    
T  1778193 aaccaatttgattttatgcctgggaggttgactatggaagcaatctacttacttcgacgtgtgatggagcgatatcggacggataaaaaaaacttgcact 1778094  T
Q  226 tagttttcacttatttgg-ggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    ||||||||| | ||||||   |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  1778093 tagttttcattgatttggaaaaaggtgtatgatagagtatcaagagagattttgtg 1778038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 55 - 280
Target Start/End: Original strand, 435267 - 435492
Alignment:
Q  55 tgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtc 154  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||||||||  || |||  ||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||     
T  435267 tgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgatcgaaagaagactaagaaaggaggctcgagttacggataaccaatttggttttatgcctgggaggtt 435366  T
Q  155 gactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtat 254  Q
    |||||||||||  | ||||||||||||||||||||  ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||  ||| |||||    
T  435367 gactatggaagcaatctacttacttcgacgcgtgatagagcgatatcggacggataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggaaaagacgtat 435466  T
Q  255 gatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||    
T  435467 gatagagtaccgagagagattttgtg 435492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 66 - 280
Target Start/End: Original strand, 53703655 - 53703870
Alignment:
Q  66 atgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaag 165  Q
    |||||||||||||||||||| || ||  |||||||||||||  ||||||  |||| |||||||  | ||| ||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  53703655 atgaagttatgggaaagggtgatcgaaagaagactaagaaaggagactcgggttacagataaccaaattgattttatgtctgagaggtcgactatggaag 53703754  T
Q  166 tgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagat-aaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtac 264  Q
      | |||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| ||||| |||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||||    
T  53703755 caatctacttacttcgacgcgtgacggagcgatatcggacggatgaaaaaggacttgcacttagttttcactgatttggaaaaggcgtatgattgagtac 53703854  T
Q  265 ctagagagattttgtg 280  Q
    | ||||||||||||||    
T  53703855 cgagagagattttgtg 53703870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 28 - 281
Target Start/End: Original strand, 39707472 - 39707725
Alignment:
Q  28 gcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaag-ggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagata 126  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| ||||| ||||||||||||||| | | ||   |||   |||    
T  39707472 gcgccaattatagaggaattaaactaatgagtcataccatgaagttataggaaaaaggtgattgaacgaagactaagaaaagaaagtcgatttacgaata 39707571  T
Q  127 acttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaatt 226  Q
    ||  |||| ||||||||||||| || | ||||| | ||| ||  |||||||||||||| |||| ||||||||| |  || ||||||||||||||||| ||    
T  39707572 accaattttgttttatgcctgg-agattgactacgaaagcgatttacttacttcgacgtgtgatggagcgataacagacggataaaaaagacttgcactt 39707670  T
Q  227 agttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtga 281  Q
    |||||||| | |||||| |||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  39707671 agttttcattgatttggagaagacgtatgatagagtgcctagagaggttttgtga 39707725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 15 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 16001230 - 16001137
Alignment:
Q  15 gatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagct-aatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaa 107  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||| |||||||  | |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||    
T  16001230 gatatacataattgcgtgaattataggagaattaaaattaatgagtcatactatgaagttatgggaaagggtgatttaacgaagactaagaaaa 16001137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 33 - 92
Target Start/End: Original strand, 56224776 - 56224835
Alignment:
Q  33 aattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgag 92  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  56224776 aattatagaggaattaaactaatgagtcatgtcatgaagttgtgggaaatggtaattgag 56224835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 210 - 275
Target Start/End: Original strand, 2296364 - 2296429
Alignment:
Q  210 aaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagatt 275  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | |||||| ||||| |||  ||||||| |||| |||||||    
T  2296364 aaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggagaaggtgtacaatagagttcctaaagagatt 2296429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 171; Significance: 1e-91; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 280
Target Start/End: Original strand, 32629593 - 32629868
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32629593 ataagaacaagggggatatacaacattgcgcgaattacaggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgaacgaagact 32629692  T
Q  101 aagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatat 200  Q
    ||||||| ||||||| ||||  ||||||  |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| || |    ||||||||||||||| |||| |||||    
T  32629693 aagaaaagagactcacgttacggataaccaatttggctttatgcctggaaggtcgactatggaagcgatc----tacttcgacgcgtgatggagagatat 32629788  T
Q  201 cgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    || || |||||||||||||| || |||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32629789 cggacggataaaaaagacttacacttagttttcattgatttggagaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 32629868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 276
Target Start/End: Original strand, 36650975 - 36651250
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    |||||||||| |||||||||||  |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  36650975 ataagaacaagggggatatacaaaattgcgtgaattataggagaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgattgaaagaagact 36651074  T
Q  101 aagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatat 200  Q
    ||||||  ||||||  ||||  ||||||  ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  36651075 aagaaaggagactcgagttacggataaccaatttggttttatgtctgggaggtcgattatggaagcaatctacttacttcgacgcgtgatggagcgatat 36651174  T
Q  201 cgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattt 276  Q
    || || ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  36651175 cggacggataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggaaaaggcgtatgatagagtaccgagagagattt 36651250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 7e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 33351107 - 33350828
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    |||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  |  |||||||    
T  33351107 ataagaacaagggggatatacaaaattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttgtgggaaagggtgatcaaaagaagact 33351008  T
Q  101 aagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatat 200  Q
    ||||||  ||||||  ||||  ||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  33351007 aagaaaggagactctagttacggataaccaatttggttttatgcttgggaggtcgactatggaagcaatctacttacttcaacgcgtgatggagcgatat 33350908  T
Q  201 cgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    || || ||||||||||||||||| |||||||||  | ||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33350907 cggacggataaaaaagacttgcacttagttttctttgatttggaaaaggggtatgatagagtaccgagagagattttgtg 33350828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 35 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 39907646 - 39907401
Alignment:
Q  35 ttataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttattt 134  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||||||||  |||| |  ||||  ||||||  ||||    
T  39907646 ttattggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgatcgaaagaagactaagaaaggagacccgagttacggataaccaattt 39907547  T
Q  135 ggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttca 234  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  39907546 ggttttatgcctgggaggtcgactgtggaagcaatctacttacttcgacgcgtgatggagcgatatcggacagataaaaaagacttgcacttagttttca 39907447  T
Q  235 cttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
     | ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39907446 ttgatttggaaaaggcgtatgatagagtaccgagagagattttgtg 39907401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 25 - 280
Target Start/End: Original strand, 38896622 - 38896877
Alignment:
Q  25 attgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaaga 124  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||  |||||||||||||  ||||||  ||||  ||    
T  38896622 attgcgcaaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatggaaaagggtgatcgaaagaagactaagaaaggagactcgagttacgga 38896721  T
Q  125 taacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaa 224  Q
    ||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||||||   | |||||||||||| || |||||||||||||||||     
T  38896722 taaccaattcggttttatgcctgggaggtcaactatggaagcaatctacttacttcgacgcacaatggagcgatatcggacggataaaaaagacttgcac 38896821  T
Q  225 ttagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    |||||||||| | ||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38896822 ttagttttcattaatttggaaaaggtgtatgatagagtaccgagagagattttgtg 38896877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 16 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 24178481 - 24178217
Alignment:
Q  16 atatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactca 115  Q
    |||||||  |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| |||||||    
T  24178481 atatacagaattgcgtgaattataggggaatttagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgattcaacgaagactaagaaaagagactca 24178382  T
Q  116 tgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaa 215  Q
     ||||  ||||||  ||||||||||| |||  |||||||||||||||||| || |||||| || ||| |||||| ||||||||| || || |||| ||||    
T  24178381 agttacggataacaaatttggttttacgccctggaggtcgactatggaagcgatctacttgctgcgatgcgtgatggagcgataccggacggatacaaaa 24178282  T
Q  216 gacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    |  || ||||||||||||| | |||||| || || |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  24178281 gggttacaattagttttcattgatttggagacggtgtatgacagagtacctagagagattttgtg 24178217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 11592670 - 11592890
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    |||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||    
T  11592670 ataaaaacaagggggatatacaaaattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgatcgaaagaagact 11592769  T
Q  101 aagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatat 200  Q
    ||||||  ||||||  ||||  ||||||  ||||||||||||| || ||||||||||||||||||  | || ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11592770 aagaaaggagactcgagttacggataaccaatttggttttatggcttggaggtcgactatggaagcaatctgcttacttcgacgcgtgatggagcgatat 11592869  T
Q  201 cgaacagataaaaaagacttg 221  Q
    || ||  ||||||||||||||    
T  11592870 cggacgaataaaaaagacttg 11592890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 94 - 280
Target Start/End: Original strand, 22346586 - 22346772
Alignment:
Q  94 gaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgaggga 193  Q
    |||||||||||||  ||||||  |||   ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||| ||||| |||    
T  22346586 gaagactaagaaaggagactcgagtttcggataaccaatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagcaatctacttacttcgacacgtgatgga 22346685  T
Q  194 gcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22346686 gcgatatcgaacggataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggaaaaggcgtatgatagagtaccgagagagattttgtg 22346772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 137 - 280
Target Start/End: Original strand, 38606156 - 38606298
Alignment:
Q  137 ttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcact 236  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||| |    
T  38606156 ttttatgtctgggaggtcgactatgaaagcgatctacttacttcgacgcgtgatggagcgatatcggacggataaaaaagacttacacttagttttcatt 38606255  T
Q  237 tatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
     |||| | ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  38606256 gattttgagaaggcgtatgat-gagtacctggagagattttgtg 38606298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 170 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 46356983 - 46356873
Alignment:
Q  170 ctacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctaga 269  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  46356983 ctacttacttcgacgcgtgatggagcgatatcggacgaataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggaaaaggcgtatgatagagtaccgaga 46356884  T
Q  270 gagattttgtg 280  Q
    |||||||||||    
T  46356883 gagattttgtg 46356873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 207 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 36870419 - 36870346
Alignment:
Q  207 gataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    ||||||||| ||||||| ||| |||||| | |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36870419 gataaaaaatacttgcacttaattttcattgatttggagaaggcgtatgatagagtgcctagagagattttgtg 36870346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 225 - 284
Target Start/End: Original strand, 11593158 - 11593217
Alignment:
Q  225 ttagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtgacaa 284  Q
    |||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11593158 ttagttttcattgatttggaaaaggcgtatgatagagtaccgagagagattttgtgacaa 11593217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 9 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 33738620 - 33738551
Alignment:
Q  9 aaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatggg 78  Q
    ||||||||| ||||  ||||||| || |||| || |||||| || ||||||||||| |||||||||||||    
T  33738620 aaaggggatttacaaaattgcgcaaaatataaggaaattaaacttatgagtcatactatgaagttatggg 33738551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 168; Significance: 8e-90; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 8e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 20428938 - 20428659
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20428938 ataagaacaagggggatatacaacattgcgcgaattataagggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgaacgaagact 20428839  T
Q  101 aagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatat 200  Q
    ||||| | ||||||| |||| | |||||  || ||||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||| |||| |||| ||||||||||    
T  20428838 aagaacagagactcacgttacaaataaccaatatggttttatgcttgggaggttgactatggaagcgatctacttactttgacgtgtgatggagcgatat 20428739  T
Q  201 cgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    || || |||||||||||||| ||  ||||||||| | |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20428738 cggacggataaaaaagacttacacctagttttcattgatttgtagaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 20428659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 5260549 - 5260274
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5260549 ataagaacaagggggatatacaacaatgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 5260450  T
Q  101 aagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatat 200  Q
     |||||| ||||||| ||||  ||||||  |||||||||||||  ||||||||||| |||||||| || ||  ||| |||||||| ||| ||||||||||    
T  5260449 tagaaaagagactcacgttacggataaccaatttggttttatgtatgggaggtcgattatggaagcgatctctttatttcgacgcctgatggagcgatat 5260350  T
Q  201 cgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattt 276  Q
    || || |||||||||||||| || ||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5260349 cggacggataaaaaagacttacacttagttttcatcgatttggagaaggcgtatgatagagtacctagagagattt 5260274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 13 - 258
Target Start/End: Original strand, 30669888 - 30670132
Alignment:
Q  13 gggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagac 112  Q
    ||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||  ||||    
T  30669888 gggatatacaaaaatgcgcaaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatggcaaaggatgattgaacgaagactaagaaatgagac 30669987  T
Q  113 tcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaa 212  Q
    ||| ||||  ||||||  |||||||||||||||  ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||| |||    
T  30669988 tcaagttacggataaccaatttggttttatgcc-aggaggtcgactatggaagcaatctacttacttcgacgtgtgatggagcgatatcggacagagaaa 30670086  T
Q  213 aaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgata 258  Q
    |||||||| || |||||||||| | |||||| |||||||| |||||    
T  30670087 aaagacttacacttagttttcattgatttggagaaggcgtttgata 30670132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 280
Target Start/End: Original strand, 6082370 - 6082660
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    |||||||||| ||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||    
T  6082370 ataagaacaaggggcatatacaaaattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgatcgaaagaagact 6082469  T
Q  101 aagaaaatagactcatgttaaagataac-----------ttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtga 189  Q
    ||||||  ||||||  ||||  ||||||           || |||  |||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||  ||||    
T  6082470 aagaaaggagactcgagttacggataaccaattttttttttttttttttttatgcctgggaggtcgactatggaagcaatctacttacttcgacatgtga 6082569  T
Q  190 gggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
     | |||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||| | ||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6082570 tgcagcgatatcggacggataaaaaggacttgcacttagttttcattgatttggaaaaggtgtatgatagagtaccgagagagattttgtg 6082660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 280
Target Start/End: Original strand, 9705779 - 9706035
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||               |||    
T  9705779 ataagaacaagggggatatacaacattgcgcgaattataggggaattaag--------tcataccatgaagttatgggaaag---------------act 9705855  T
Q  101 aagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatat 200  Q
    ||||||| ||||||| ||||  ||||||  | |||  ||||||||||||| |||||||||||||  || ||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  9705856 aagaaaagagactcacgttacggataaccaacttgactttatgcctgggaagtcgactatggaaacgatctacttacttcgacgcgcgatggagcgatat 9705955  T
Q  201 cgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    || || |||||||||||||| || |||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9705956 cggacggataaaaaagacttacacttagttttcattgatttggagaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 9706035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 131 - 280
Target Start/End: Original strand, 3629377 - 3629526
Alignment:
Q  131 atttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagtt 230  Q
    ||||| |||||||| | |||||||||| |||||| ||| |||||||||||| ||  ||| |||||||||||| ||| | ||||||||||| || ||||||    
T  3629377 atttgattttatgctttggaggtcgacaatggaaatgatctacttacttcggcgtatgatggagcgatatcggacaaacaaaaaagacttacacttagtt 3629476  T
Q  231 ttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    |||| | |||||  |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||    
T  3629477 ttcattgatttgaagaaggcgtatgataaagtacctatggagattttgtg 3629526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Original strand, 26290765 - 26290995
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    |||||||||| |||||||||||  |||| |||||| ||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||    |||| || ||||| ||||||||    
T  26290765 ataagaacaagggggatatacaaaattgtgcgaatgataggggaattaaccttatgagtcataccataaagttaataaaaagagtgattgaacgaagact 26290864  T
Q  101 aagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatat 200  Q
    || |||| || |||| ||||  || ||   |||| ||||||||  ||| ||||||| |||||||| || |||||| |||||| | |||| ||||||||||    
T  26290865 aaaaaaagagtctcaagttattgacaatcaatttagttttatgtttggaaggtcga-tatggaagcgatctacttgcttcgatgtgtgatggagcgatat 26290963  T
Q  201 cgaacagataaaaaagacttgcaattagtttt 232  Q
    |  ||| | ||||| |||||||| ||||||||    
T  26290964 cagacaaaaaaaaaggacttgcacttagtttt 26290995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 69 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 2681669 - 2681479
Alignment:
Q  69 aagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtga 168  Q
    |||||| |||||||||| |||||  ||||| |||||||| ||||||  |  |  ||||||  ||||||||||||| |||  | || ||||||||||| ||    
T  2681669 aagttacgggaaagggtgattgaaggaagattaagaaaagagactcgaggaatggataaccaatttggttttatgtctgtaaagttgactatggaagcga 2681570  T
Q  169 actacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatag 259  Q
      |||||| |||||||  ||    | |||||||  || | ||||||| ||||||| |||||||||| | |||||| |||||||||||||||    
T  2681569 cttacttagttcgacgtatggtacaacgatatcagacgggtaaaaaatacttgcacttagttttcattgatttggagaaggcgtatgatag 2681479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 161; Significance: 1e-85; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 15216570 - 15216293
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    |||||||||| | ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  15216570 ataagaacaaggtggatatacaacattgcacgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgcgaaagggtaattgagcgaagact 15216471  T
Q  101 aagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatat 200  Q
    ||||||| ||||||| ||||  |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| ||| |  |||||||    
T  15216470 aagaaaagagactcaagttatggataatcaatttggttttatgcctgggaggtcgactatgaaagcgatctacttacttcgacgcttgatg--gcgatat 15216373  T
Q  201 cgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    ||||  |||||||||||||| || |||||||||| | |||||   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  15216372 cgaatggataaaaaagacttacatttagttttcattgatttgaataaggcgtatgatagagtacctagatagattttgtg 15216293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 280
Target Start/End: Original strand, 36544133 - 36544411
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    |||||||||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||    
T  36544133 ataagaacaagggggatatacaaaattgcgcgaatcataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgatcgaaagaagact 36544232  T
Q  101 aagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatat 200  Q
    ||||||  ||||||| ||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  36544233 aagaaaggagactcaagttacggataaccaatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagcaatctacttacttcgacgcgtgattgagcgatat 36544332  T
Q  201 cgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    |  || ||||||||||| ||||| |||||||||| | |||| || |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  36544333 ctgacggataaaaaagatttgcacttagttttcattgattt-ggaaaggcgtatgatagagtaccgagatagattttgtg 36544411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 46 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 42855271 - 42855035
Alignment:
Q  46 ttaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcc 145  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||  ||||  ||||||  |||||||||||||||    
T  42855271 ttaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaaggaaaattgagcgaagactaagaaaagagactcgcgttacggataaccaatttggttttatgcc 42855172  T
Q  146 tgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagat--aaaaaagacttgcaattagttttcacttatttgg 243  Q
    ||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||| |||||||||| | || |||  ||||||||||| || |||||||||| | ||||||    
T  42855171 tgggaggtcgactattgaagcgatctacttacttcgacgcgtgatggagcgatattggacggataaaaaaaagacttacacttagttttcattgatttgg 42855072  T
Q  244 ggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
     |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  42855071 agaaggcatatgatagagtgcctagagatattttgtg 42855035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 179 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 36566364 - 36566263
Alignment:
Q  179 tcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttg 278  Q
    ||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  36566364 tcgacgcgtgatggagcgatatcggacggataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggaaaaggcgtatgatagagtatcgagagagattttg 36566265  T
Q  279 tg 280  Q
    ||    
T  36566264 tg 36566263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 174 - 243
Target Start/End: Original strand, 6184814 - 6184883
Alignment:
Q  174 ttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttgg 243  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||| | ||||||    
T  6184814 ttacttcgacgtgtgatggagcgatatcggacagataaaaaagacttacacttagttttcattgatttgg 6184883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 33 - 113
Target Start/End: Original strand, 13588720 - 13588800
Alignment:
Q  33 aattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagact 113  Q
    ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||| | | |||||||||| |||||||||| |||||    
T  13588720 aattataagtgaattaaactaatgagtcataccataaagttaagggaaatgatgattgagcgaaaactaagaaaagagact 13588800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 219 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 30579305 - 30579245
Alignment:
Q  219 ttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgt 279  Q
    ||||| |||||||| | | |||||| ||||||| || ||||||| ||||||||||||||||    
T  30579305 ttgcacttagttttaattcatttggagaaggcgaatcatagagtgcctagagagattttgt 30579245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 113
Target Start/End: Original strand, 31977597 - 31977709
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    |||||||||||| |||||||||  |||| || |||||||  ||||||||  | || |||||| |||| |||||||||  ||| || ||||| || |||||    
T  31977597 ataagaacaaagaggatatacaaaattgtgcaaattataaaggaattaaaattattagtcatgccataaagttatggacaagagtgattgaacggagact 31977696  T
Q  101 aagaaaatagact 113  Q
    | | |||||||||    
T  31977697 agggaaatagact 31977709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 159; Significance: 2e-84; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 27 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 45368901 - 45368651
Alignment:
Q  27 tgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagata 126  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  ||||    
T  45368901 tgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaaattatgggaaagggtaattgaacgaagactaagaaaagagactcatgttacggata 45368802  T
Q  127 acttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaatt 226  Q
    ||  |||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||  |||| || ||    
T  45368801 accaatttggctttatgcctgggaggttgactatggaagcgatatacttacttcgacgcgtgatggagcgatatcggacggataaaaagaacttacactt 45368702  T
Q  227 agttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagatttt 277  Q
    |||||||| | |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45368701 agttttcattgattttgagaaggcgtatgatagagtacctagagagatttt 45368651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 24584910 - 24584628
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaatt---gagcgaag 97  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   || | |||    
T  24584910 ataagaacaaaggggatatacaaaattgcacgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgattattgaacaaag 24584811  T
Q  98 actaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcga 197  Q
    |||||||||  ||||||  |||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||    
T  24584810 actaagaaaggagactcgagttatagataactgatttggttttatgtctgggaggtcgagtatggaagcgatctacttacttcgacgcgtgatggagcga 24584711  T
Q  198 tatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    ||||| || |||||||||||||| ||  || |||||| | |||||| ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||    
T  24584710 tatcggacggataaaaaagacttacacctaattttcattgatttggagaaggcgtatgatagagtttccagagagattttgtg 24584628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 8179774 - 8180046
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    |||||||||| | |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||    
T  8179774 ataagaacaaggaggatatacaaaattgcgcgaattataggggaattaagctaataagtcataccatgaagttatgggaaagggtgatcgaaagaagact 8179873  T
Q  101 aagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatat 200  Q
    ||||||  ||||||  ||||  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  | |||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  8179874 aagaaaggagactcgagttacggataaccaatttggttttatgcctgggaggtcgactatgaaagcaatctacttactttgacgcgtgatggagcgatat 8179973  T
Q  201 cgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagaga 273  Q
    || || ||||||||||||||||| || ||||||| | ||||||  ||| |||||||||||||||| |||||||    
T  8179974 cggacggataaaaaagacttgcacttggttttcattgatttggaaaagacgtatgatagagtaccgagagaga 8180046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 33 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 452885 - 452638
Alignment:
Q  33 aattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttat 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| || ||  |||||||||||||  ||||||  ||||  ||||||  ||    
T  452885 aattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttacgagaaagggtgatcgaaagaagactaagaaaggagactcgagttacggataaccaat 452786  T
Q  133 ttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagtttt 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||    
T  452785 ttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagcaatctacttacttcgacgcgtgatggagcgatatcggacggataaaaaagacttgcacttagtttt 452686  T
Q  233 cacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    || | ||||||  |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  452685 cattgatttggaaaaggcgtacgatagagtaccgagagagattttgtg 452638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 181
Target Start/End: Original strand, 13148303 - 13148482
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||  | |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  13148303 ataagaacaaaggggatatacaaaattgcttggattataggggaattaaactaatgagtcttaccatgaagttatgggaaagggtgattgaatgaagact 13148402  T
Q  101 aagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcg 181  Q
    ||||||| ||||||  ||||  ||||||  ||||| |||||||||| ||  ||| |||||||||| || ||||||||||||    
T  13148403 aagaaaagagactcgagttatcgataaccaatttgattttatgcctagg-tgtcaactatggaagcgatctacttacttcg 13148482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 230
Target Start/End: Original strand, 37281088 - 37281316
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    |||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||  |||  || ||||| ||||||||    
T  37281088 ataagaacaa-ggggatatacaaaattgcgcgaattataggagaattaaactaatgaatcataccatgaagttatgataaaaagtgattgaacgaagact 37281186  T
Q  101 aagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatat 200  Q
    ||| ||| | ||| | ||||  ||||||  |||||||||||| |||| || ||||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||| | |||||| |    
T  37281187 aagtaaacaaacttaagttactgataaccaatttggttttatacctgagaagtcgactatagaagtgatctacttactttgacgtgtgatgaagcgatgt 37281286  T
Q  201 cgaacagataaaaaagacttgcaattagtt 230  Q
    |   |  |||||||||| ||||||||||||    
T  37281287 catgcgaataaaaaagatttgcaattagtt 37281316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 195 - 280
Target Start/End: Original strand, 2609703 - 2609788
Alignment:
Q  195 cgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||    
T  2609703 cgatatcggacggataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggaaaaggcgtatgatagagtgctgagagagattttgtg 2609788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 207 - 280
Target Start/End: Original strand, 14769487 - 14769560
Alignment:
Q  207 gataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||| | |||||| |||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  14769487 gataaaaaagacttgcacttggttttcattgatttggagaagacgtatgataaagtagctagagagattttgtg 14769560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 42 - 202
Target Start/End: Original strand, 33251337 - 33251497
Alignment:
Q  42 ggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggtttta 141  Q
    |||||||| || ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||| ||||| |||||||||| ||||  || ||  ||||   |||||  || ||||||||    
T  33251337 ggaattaaacttatgagtcatcccatgaagctatggaaaatggtgattgaacgaagactaaaaaaagtgattcgagttacttataaccaatctggtttta 33251436  T
Q  142 tgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcg 202  Q
    |||| |  |||||  |||||||||| | ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  33251437 tgcccgaaaggtcttctatggaagttatctaattacttcgacgtgtgatggagcgatatcg 33251497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 238 - 281
Target Start/End: Original strand, 13148540 - 13148583
Alignment:
Q  238 atttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtga 281  Q
    |||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13148540 atttggggaaggtgtgtgatagagtgcctagagagattttgtga 13148583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 159; Significance: 2e-84; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 6 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 43241677 - 43241403
Alignment:
Q  6 aacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaa 105  Q
    ||||| |||||||||||  |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||||    
T  43241677 aacaagggggatatacaaaattgcgtgaattataagggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgatcgaaagaagactaagaa 43241578  T
Q  106 aatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaac 205  Q
    |  ||||||| ||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  43241577 aggagactcaagttacggataaccaatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagcaatctacttacttcgacgcgtgatggagcgatatcggac 43241478  T
Q  206 agataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||  ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  43241477 ggataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggaaaagacgtatgatagagtaccgagagagattttgtg 43241403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 280
Target Start/End: Original strand, 8670899 - 8671178
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    |||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||| |||    
T  8670899 ataagaacaagggggatatacaaaactgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgatggaaagaaaact 8670998  T
Q  101 aagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatat 200  Q
    ||||||  || |||  ||||  |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8670999 aagaaaggagcctcgagttacggataaaaaatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagcaatctacttacttcgacgcgtgatggagcgatat 8671098  T
Q  201 cgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    || || ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8671099 cggacggataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggaaaaggcgtatgatagagtaccgagagagattttgtg 8671178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 51442065 - 51441786
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    |||||||||| |||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||    
T  51442065 ataagaacaagggggatatacaaaatcacgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgatcgaaagaagact 51441966  T
Q  101 aagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatat 200  Q
    ||||||  ||||||  ||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| ||||||||||| |||| |||||    
T  51441965 aagaaaggagactcgagttacggataaccaatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagcaatctacttacatcgacgcgtgatggagtgatat 51441866  T
Q  201 cgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    |  || ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||  || ||||||||||||||| |  |||||||||||||    
T  51441865 cagacggataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggaaaaagcgtatgatagagtatcgtgagagattttgtg 51441786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 49348702 - 49348445
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    |||||||||| |||| ||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||  |||||||    
T  49348702 ataagaacaaggggg-tatacaaaattgcgcgaattataggagaattaagctaatgagtcataccatgaagtcatgggaaagggtgatcgaaagaagact 49348604  T
Q  101 aagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatat 200  Q
    ||||||  ||||||  ||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  49348603 aagaaagaagactcgagttatggataaccaatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagcaatctacttacttcgacgcgtgatggagcgatat 49348504  T
Q  201 cgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatag 259  Q
    || || ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||  ||||||| ||||||    
T  49348503 cggacggataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggaaaaggcgtgtgatag 49348445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 36 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 29173795 - 29173551
Alignment:
Q  36 tataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttg 135  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||| |||||| | ||||| |||| |||||||||| ||||||  ||||  ||||||| |||||    
T  29173795 tataggggaattaaactaatgagtcgtacaatcaagttatgcgaaaggatgattgaacgaaaactaagaaaagagactcgagttacggataactaatttg 29173696  T
Q  136 gttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcac 235  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||  |  |||||||||||||| |||| |||||||||||  || ||||||||||||||||| |||||||| |     
T  29173695 gttttatgcctaggaggtcgactatggaagcaatttacttacttcgacgtgtgatggagcgatatcagacggataaaaaagacttgcacttagtttttat 29173596  T
Q  236 ttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    | |||||| |||||||||||||||||| || |||||| |||||||    
T  29173595 tgatttggagaaggcgtatgatagagtgccgagagaggttttgtg 29173551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 10 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 32405752 - 32405486
Alignment:
Q  10 aaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaata 109  Q
    |||| ||||||||  |||| || |||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| |    
T  32405752 aaggcgatatacaaaattgtgcaaattatagggaaattaaccttatgagtcataccatgaagttatgggaaaaggtgattgagcggagactaagaaaa-a 32405654  T
Q  110 gactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagat 209  Q
    || ||  ||||   ||||   |||||| ||||||||| | ||||||||||||||||  | ||||||||||||||  |||| |||  ||||||  || |||    
T  32405653 gattcgagttaccaataatcaatttggatttatgccttgaaggtcgactatggaagcaatctacttacttcgacatgtgatgga--gatatcagactgat 32405556  T
Q  210 aaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    ||||||||  |||| |||||||||| | |||| || || ||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  32405555 aaaaaagatgtgcacttagttttcattgattt-ggaaaagcgtatgatagagtgtctagagagattttgtg 32405486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 51 - 280
Target Start/End: Original strand, 45833593 - 45833820
Alignment:
Q  51 ctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctggga 150  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||| |||| | | ||||||||||||||||  ||||||||||| |||   ||||||| |||||||||||||  || ||    
T  45833593 ctaacgagtcatgccatgaagttatgagaaatgatgattgagcgaagactaaagaaatagactcaagttt--gataactaatttggttttatgtatgaga 45833690  T
Q  151 ggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggc 250  Q
      || |||||| |||  | ||||||||||||||| |||| |||| ||||| | ||| |||||||||| ||| |  ||||||||| | |||||  ||||||    
T  45833691 tatcaactatgaaagcaacctacttacttcgacgtgtgatggagtgatattggacaaataaaaaagatttgtatatagttttcattgatttgaagaaggc 45833790  T
Q  251 gtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    ||| ||||||||  ||||||| ||||||||    
T  45833791 gtacgatagagtgtctagagatattttgtg 45833820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 32 - 113
Target Start/End: Original strand, 11681833 - 11681914
Alignment:
Q  32 gaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagact 113  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  11681833 gaattataggggaattaagctaaagagtcataccatcaaattatgggaaagggtgattgagcgaagactaagaaaagagact 11681914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 55 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 35829638 - 35829434
Alignment:
Q  55 tgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtc 154  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| || ||||| || ||| |||||||| | ||||  ||||   |||||  |||| | |||||||||||||||||    
T  35829638 tgagtcataccaagaagttatgggaaagagtgattgaacggagagtaagaaaaaatactcgagttacttataaccaatttagatttatgcctgggaggtc 35829539  T
Q  155 gactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtat 254  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||  ||| ||| | |||| | ||| ||||||||||  | || |||||||||| | |||||| |||||| |||    
T  35829538 gactatggaagtgatctacttacttagacgtatgatggaacaatattggacaaataaaaaagatatacacttagttttcattgatttggagaaggcttat 35829439  T
Q  255 gatag 259  Q
     ||||    
T  35829438 aatag 35829434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 66 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 34828321 - 34828107
Alignment:
Q  66 atgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaag 165  Q
    |||||||||||||||||| | |||||| |||||| ||| ||| |||||   ||||   |||    ||||| |||||||   |||||||||| ||| ||||    
T  34828321 atgaagttatgggaaaggatgattgagagaagaccaaggaaagagacttgagttatcaatattcaatttgattttatgttagggaggtcgattatagaag 34828222  T
Q  166 tgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacc 265  Q
     || |||| ||||||||||   || |||| ||||||| ||| ||||||| |||| ||| |||||||||| | |||||  ||| | |||||||| |||  |    
T  34828221 cgatctacctacttcgacgtacgatggagagatatcggacatataaaaatgactcgcacttagttttcattgatttgaagaatgtgtatgatatagtgtc 34828122  T
Q  266 tagagagattttgtg 280  Q
    || ||||||||||||    
T  34828121 taaagagattttgtg 34828107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 156; Significance: 1e-82; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 2076775 - 2076496
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    |||||||||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||    
T  2076775 ataagaacaagggggacatacaaaattgcgcgaattataggggaattaagctaacgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgatcgaaagaagact 2076676  T
Q  101 aagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatat 200  Q
    ||||||  ||||||  ||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  2076675 aagaaaggagactcgagttacggataaccaatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagcaatctacttacttcgacgcgggatggagcgatat 2076576  T
Q  201 cgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    || || ||||||||||||||||| ||| |||||| | ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2076575 cggacggataaaaaagacttgcacttaattttcattgatttggaaaaggcgtatgatagagtaccgagagagattttgtg 2076496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 280
Target Start/End: Original strand, 20317972 - 20318251
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    |||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||    
T  20317972 ataagaacaagggggatatacaaaattgcgcaaattattagggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgatcgaaagaagact 20318071  T
Q  101 aagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatat 200  Q
    ||||||  ||||||  |||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20318072 aagaaaggagactcgagttacagataaccaatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagcaatctacttacttcgacgcgtgatggagcgatat 20318171  T
Q  201 cgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    || || |||||| |||||||||| |||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  20318172 cggacggataaataagacttgcacttagttttcattaatttggaaaaggcgtatgatagagtaccgggagagattttgtg 20318251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 7e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 280
Target Start/End: Original strand, 24177505 - 24177784
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    |||||||||| |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||    
T  24177505 ataagaacaagggggatatacaaaattgcgtgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgatcgaaagaagact 24177604  T
Q  101 aagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatat 200  Q
    ||||||  ||||||  ||||  ||||||  |||||||||||||||||| |||||||||| |||||  | |||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  24177605 aagaaaggagactcgagttacggataaccaatttggttttatgcctggaaggtcgactacggaagcaatctacttacttcgacgcatgatggagcgatat 24177704  T
Q  201 cgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    || || ||||||||||||||||| |||||||||| | |||||   ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24177705 cggacggataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttgaaaaaggcatatgatagagtaccgagagagattttgtg 24177784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 1288829 - 1288596
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    |||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||  |||||||    
T  1288829 ataagaacaagggggatatacaaaattgtgcgaattataggggaattaagttaatgagtcataccatgaagctatgggaaagggtgatcgaaagaagact 1288730  T
Q  101 aagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatat 200  Q
    ||||||  ||||||  ||||  ||||||  ||||||||||||| |||||||||||| | ||||||  | |||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  1288729 aagaaaggagactcgagttacggataaccaatttggttttatggctgggaggtcgattgtggaagcaatctacttacttcgacgcgtgatggagcaatat 1288630  T
Q  201 cgaacagataaaaaagacttgcaattagttttca 234  Q
    || || |||||||||||| |||| ||||||||||    
T  1288629 cggacggataaaaaagacatgcacttagttttca 1288596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Original strand, 26940 - 27215
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    |||||||||| | |||||||||  ||||  |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| |  |||| ||||| |||| | |    
T  26940 ataagaacaaggaggatatacaaaattgttcgaattataggggaattaaattaatgagtcataccatgaagtcatggaagcgggtgattgaacgaaaatt 27039  T
Q  101 aagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatat 200  Q
    ||||||| |||||   ||||  ||||||   ||||||||||||| ||  || ||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||| | ||||||||    
T  27040 aagaaaaaagacttgagttactgataaccattttggttttatgcttga-agatcgactatggaagcgatctacttacttcaacgtgtgatgaagcgatat 27138  T
Q  201 cgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagatttt 277  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| | |||||| ||||||| |||||||| | |||| |||||||||    
T  27139 cgaacggataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggagaaggcgaatgatagatttcctaaagagatttt 27215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 35 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 22832161 - 22832091
Alignment:
Q  35 ttataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaa 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||  ||||||||||||    
T  22832161 ttataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaaaagtgattgaatgaagactaagaa 22832091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 41 - 280
Target Start/End: Original strand, 37123591 - 37123831
Alignment:
Q  41 gggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg--gtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggtt 138  Q
    |||| |||| || |||| ||||||||||||||||||| |||    || |||||  |||||||||||||| ||||||| ||||  | |||   | ||||||    
T  37123591 gggagttaaacttatgattcataccatgaagttatggaaaaaaaagtgattgaatgaagactaagaaaagagactcaagttattgttaatcaaattggtt 37123690  T
Q  139 ttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcactta 238  Q
    |||||| || || |||||| || ||||||| ||||||||| | |||  ||||| ||||||| ||||  |||||||||||  |||| |||||||||| | |    
T  37123691 ttatgcttgagatgtcgaccatagaagtgatctacttactacaacgtatgagg-agcgataacgaatggataaaaaagatgtgcacttagttttcattga 37123789  T
Q  239 tttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    ||||| |||   |||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  37123790 tttggagaaactgtatgatagagttcctaaagagattttgtg 37123831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 33 - 106
Target Start/End: Original strand, 25937109 - 25937183
Alignment:
Q  33 aattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatggg-aaagggtaattgagcgaagactaagaaa 106  Q
    |||||||||  |||||| || |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  25937109 aattataggacaattaaacttatgattcataccatgaagttatgggaaaaggttaattgagcgaagactacgaaa 25937183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 42 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 756214 - 756080
Alignment:
Q  42 ggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggtttta 141  Q
    |||||||| || | ||||| |||||  |||||||||||||| || |||||||| |||| ||||||| ||||||| | ||| |||||   ||||  |||||    
T  756214 ggaattaaacttaagagtcgtaccaacaagttatgggaaagagtgattgagcggagacaaagaaaagagactcaaggtaacgataatcaatttaatttta 756115  T
Q  142 tgcctgggaggtcgactatggaagtgaactactta 176  Q
    |||||| |||||  || ||||||| || |||||||    
T  756114 tgcctgagaggttaacaatggaagcgatctactta 756080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 156; Significance: 1e-82; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 51449010 - 51448731
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    ||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||  |||||||    
T  51449010 ataagaacaagagggatatacaaaattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccataaagttatgggaaagggtgatcgaaagaagact 51448911  T
Q  101 aagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatat 200  Q
    ||||||  ||||||  ||||  ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  | ||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  51448910 aagaaaggagactcgagttacggataaccaatttggttttatacctgggaggtcgactatggaagcaatctatttacttcgacgcgtgatggagcgatat 51448811  T
Q  201 cgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    || || ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  51448810 cggacggataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggaaaaggcgtatgatagagtaccgagagagattttgtg 51448731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 16 - 280
Target Start/End: Original strand, 52137824 - 52138088
Alignment:
Q  16 atatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactca 115  Q
    |||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||| |||||  ||| ||     
T  52137824 atatacaaaattgtgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgatcgaaagaagactcagaaaggagattcg 52137923  T
Q  116 tgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaa 215  Q
     ||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||| |||  | |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  52137924 agttacggataaccaatttggttttatgcctgggaggtcgaatatgaaagcaatctacttacttcgacgcgtgatggagcgatatcggacagataaaaaa 52138023  T
Q  216 gacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    |||||||| |||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  52138024 gacttgcacttagttttcattgatttggaaaaggcgtatgatagagtaccgagagagattttgtg 52138088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 262
Target Start/End: Original strand, 38849083 - 38849344
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    |||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||    
T  38849083 ataagaacaagggggatatacaaaattgcgcgaattataagggaattaaactaatgagtcataccatgaagttatgggaaagagtgattgaacgaaggct 38849182  T
Q  101 aagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatat 200  Q
    ||||||| ||||||  |||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||| ||| |||| ||| |    
T  38849183 aagaaaagagactcgggttacagataactaattttcttttatgcctgggaggtcgactatggaagcggtctacttactttgacgcttgacggagtgatgt 38849282  T
Q  201 cgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagt 262  Q
    || || ||||||||| |||| || |||||||||| | |||||| ||||||||| ||||||||    
T  38849283 cggacggataaaaaacacttacacttagttttcattgatttggagaaggcgtaagatagagt 38849344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Original strand, 3368744 - 3369016
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    ||||||||||   |||||||||  |||| | |||||||||  ||||||| || || | |||||||||||||||||||||||  || ||||| ||||||||    
T  3368744 ataagaacaagatggatatacaaaattgtgtgaattatagaagaattaaacttataattcataccatgaagttatgggaaaatgtgattgaacgaagact 3368843  T
Q  101 aagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatat 200  Q
    ||||||| ||||||  ||||   |||| | |||| ||| | ||| || ||| ||||||||| |||| | |||| ||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  3368844 aagaaaagagactcgagttacttataattaatttagttatttgcttgtgagatcgactatgaaagttatctacctacttcgacgcatgatggagcaatat 3368943  T
Q  201 cgaacagat-aaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagatt 275  Q
    |  || ||| |||||||||||||| |||||||||  | ||||||   ||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  3368944 cagacggataaaaaaagacttgcacttagttttctttgatttgg---aggtgtatgatagagtgcctagagagatt 3369016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 25 - 197
Target Start/End: Original strand, 27916583 - 27916753
Alignment:
Q  25 attgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaaga 124  Q
    |||||| |||||||||||||  |||  | ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| |||||||| |||| || ||||  ||    
T  27916583 attgcgtgaattataggggatataaattgatgagtcataccatgaagttatgagaaagggtgattgaacgaagaataagaaaagagacccaagttagtga 27916682  T
Q  125 taacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcga 197  Q
    ||||  ||||||||||||| ||   |||||||| ||||| ||||  |||||||||| ||| |||| |||||||    
T  27916683 taaccaatttggttttatgtct--aaggtcgaccatggatgtgatttacttacttccacgtgtgatggagcga 27916753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 210 - 277
Target Start/End: Original strand, 48220971 - 48221038
Alignment:
Q  210 aaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagatttt 277  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | |||||| |||  ||||||||||| | |||||||| |||||    
T  48220971 aaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggagaaaacgtatgatagattgcctagagatatttt 48221038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 207 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 50630414 - 50630343
Alignment:
Q  207 gataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| | |||||| |||||| ||||  ||||| ||| |||| ||||||||    
T  50630414 gataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggagaaggcatatg--agagtgcctcgagatattttgtg 50630343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0113 (Bit Score: 136; Significance: 9e-71; HSPs: 1)
Name: scaffold0113
Description:

Target: scaffold0113; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 29 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 13531 - 13280
Alignment:
Q  29 cgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataac 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||| |  ||||||  ||||  ||||||    
T  13531 cgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaatggtgattgaacgaagactaagagagaagactccagttacggataac 13432  T
Q  129 ttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattag 228  Q
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||  ||||||||||   || ||||| |||||||| || ||||    
T  13431 caatttggttttatgcttgggaggtcgactatggaaacgatctacttacttcgacgcgtggtggagcgatatatgacggataataaagacttacacttag 13332  T
Q  229 ttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 280  Q
    |||||| | |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13331 ttttcattgatttggagaaggcgtatgatagagttcctagagagattttgtg 13280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0018 (Bit Score: 101; Significance: 7e-50; HSPs: 1)
Name: scaffold0018
Description:

Target: scaffold0018; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 72 - 280
Target Start/End: Original strand, 30520 - 30728
Alignment:
Q  72 ttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaact 171  Q
    |||||||||||||| |||||  |||||||||||||  ||||||  ||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||    
T  30520 ttatgggaaagggtgattgaaagaagactaagaaaggagactcgagttacggataaccaatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagcaatct 30619  T
Q  172 acttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagaga 271  Q
    ||||||||| |||||||| | |||||||||  || ||||||||||||||||| |||||||||| | | ||||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  30620 acttacttcaacgcgtgatgaagcgatatcagacggataaaaaagacttgcacttagttttcattgaattggaaaaggcgtatgatagagtaccgagaga 30719  T
Q  272 gattttgtg 280  Q
    |||||||||    
T  30720 gattttgtg 30728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0045 (Bit Score: 68; Significance: 4e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0045
Description:

Target: scaffold0045; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 95 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 90297 - 90130
Alignment:
Q  95 aagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggag 194  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||||  ||||||  ||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||  |||   |||    
T  90297 aagactaagaaaagagactcgagttacggataaccaatttgattttatgccagggaggtcaactatggaagtgatctacttaattcgacatgtggtcgag 90198  T
Q  195 cgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagt 262  Q
    || ||||| || |||||||||||||| || |||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||    
T  90197 cgttatcggacggataaaaaagacttacacttagttttcattgatttggagaaggcgtatgatagagt 90130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0171 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0171
Description:

Target: scaffold0171; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 141 - 258
Target Start/End: Original strand, 5568 - 5685
Alignment:
Q  141 atgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatt 240  Q
    |||| ||||||||||| ||| |||| ||  | |||||||  ||| |||| ||||||||||   || ||||||||| | | ||| |||||||||| |||||    
T  5568 atgcatgggaggtcgaatatcgaagcgatttccttacttaaacgtgtgatggagcgatatttgactgataaaaaacaatcgcacttagttttcatttatt 5667  T
Q  241 tggggaaggcgtatgata 258  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  5668 tggagaaggcgtatgata 5685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0220 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0220
Description:

Target: scaffold0220; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 171 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 25340 - 25277
Alignment:
Q  171 tacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttca 234  Q
    ||||||||||||||  |||  ||| |||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  25340 tacttacttcgacgtttgatagagtgatatcaaacagataaaaaagacttgcacctagttttca 25277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0140 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0140
Description:

Target: scaffold0140; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 87 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 15001 - 14931
Alignment:
Q  87 attgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgac 157  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||| |||   |||| | ||||||||||||| || ||||||||||    
T  15001 attgagcgaagactaataaaagagactcatattatcaataattaatttggttttatgtctaggaggtcgac 14931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0073
Description:

Target: scaffold0073; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 20606 - 20494
Alignment:
Q  1 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 100  Q
    |||||||||||| |||||||||  |||| || |||||||  ||||||||  | || |||||| |||| |||||||||  ||| || ||||| || |||||    
T  20606 ataagaacaaagaggatatacaaaattgtgcaaattataaaggaattaaaattattagtcatgccataaagttatggacaagagtgattgaacggagact 20507  T
Q  101 aagaaaatagact 113  Q
    | | |||||||||    
T  20506 agggaaatagact 20494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University