View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF11142_low_10 (Length: 518)
Name: NF11142_low_10
Description: NF11142
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11142_low_10 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 452; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 452; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 28584029 - 28583538
Alignment:
| Q |
11 |
caaaggcttagtagattcaggtttattagaagttccaaaaatgtatatacaacccataaatgaaagaatcaacaaactagaaaccaaaccatgtgatatg |
110 |
Q |
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| T |
28584029 |
caaaggcttagtagattcaggtttattagaggttccaaagatatacatacaacccataaatgaaagaatcaacaaactagaaacaaaaccatgtgatatg |
28583930 |
T |
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| Q |
111 |
ccaccaattgacctatcaaagctcaatggaaaagaacatgaaaaagtggtgaatgagattgttagagcagctgaaactcttggattctttcaagtagtga |
210 |
Q |
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| T |
28583929 |
ccaccaattgacctatcaaagctcaatggaaaagaacatgaaaaagtggtgaatgagattgttagagcagctgaaactcttggattctttcaagtagtga |
28583830 |
T |
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| Q |
211 |
atcattgtgttcctttggagttattggaatcagttaaagattcagcacatgcatttttcaatatgccaccagagaaaaaagttgtttaccgacaaaatgt |
310 |
Q |
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| T |
28583829 |
atcattgtgttcctttggagttattggaatcagttaaagattcagcacatgcatttttcaatatgccaccagagaaaaaagttgtttaccgacaaaatgt |
28583730 |
T |
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| Q |
311 |
gagtacaagtttaaagatgagatatcaaactagttttgctcctgagatagaaaatgttttggaatggaaagattatatcaatatggtatatagtagtgat |
410 |
Q |
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| T |
28583729 |
gagtacaagtttaaagatgagatatcaaactatttttgctcctgagatagaaaatgttttggaatggaaagattatatcaatatggtatatagtagtgat |
28583630 |
T |
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| Q |
411 |
gaagatgctcttcaatattggcctaatgagtgcaagtaagtccatctactttctcaacaacactgccaattactttagttaaaactttttag |
502 |
Q |
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| T |
28583629 |
gaagatgctcttcaatattggcctaatgagtgcaagtaagtccatctactttctcaacaaaactaacaattactttagttaaatctttttag |
28583538 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 452; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 28588975 - 28588484
Alignment:
| Q |
11 |
caaaggcttagtagattcaggtttattagaagttccaaaaatgtatatacaacccataaatgaaagaatcaacaaactagaaaccaaaccatgtgatatg |
110 |
Q |
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| T |
28588975 |
caaaggcttagtagattcaggtttattagaggttccaaagatatacatacaacccataaatgaaagaatcaacaaactagaaacaaaaccatgtgatatg |
28588876 |
T |
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| Q |
111 |
ccaccaattgacctatcaaagctcaatggaaaagaacatgaaaaagtggtgaatgagattgttagagcagctgaaactcttggattctttcaagtagtga |
210 |
Q |
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| T |
28588875 |
ccaccaattgacctatcaaagctcaatggaaaagaacatgaaaaagtggtgaatgagattgttagagcagctgaaactcttggattctttcaagtagtga |
28588776 |
T |
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| Q |
211 |
atcattgtgttcctttggagttattggaatcagttaaagattcagcacatgcatttttcaatatgccaccagagaaaaaagttgtttaccgacaaaatgt |
310 |
Q |
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| T |
28588775 |
atcattgtgttcctttggagttattggaatcagttaaagattcagcacatgcatttttcaatatgccaccagagaaaaaagttgtttaccgacaaaatgt |
28588676 |
T |
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| Q |
311 |
gagtacaagtttaaagatgagatatcaaactagttttgctcctgagatagaaaatgttttggaatggaaagattatatcaatatggtatatagtagtgat |
410 |
Q |
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| T |
28588675 |
gagtacaagtttaaagatgagatatcaaactatttttgctcctgagatagaaaatgttttggaatggaaagattatatcaatatggtatatagtagtgat |
28588576 |
T |
|
| Q |
411 |
gaagatgctcttcaatattggcctaatgagtgcaagtaagtccatctactttctcaacaacactgccaattactttagttaaaactttttag |
502 |
Q |
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| T |
28588575 |
gaagatgctcttcaatattggcctaatgagtgcaagtaagtccatctactttctcaacaaaactaacaattactttagttaaatctttttag |
28588484 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 11 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 28570993 - 28570565
Alignment:
| Q |
11 |
caaaggcttagtagattcaggtttattagaagttccaaaaatgtatatacaacccataaatgaaagaatcaacaaactagaaaccaaaccatgtgatatg |
110 |
Q |
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| T |
28570993 |
caaaggcttggtagattcaggtttatcagaagttccaaagatatacatacaacccataaacaaaagaatcaacaaactagacacaaaaccatgtgatatg |
28570894 |
T |
|
| Q |
111 |
ccaccaattgacctatcaaagctcaatggaaaagaacatgaaaaagtggtgaatgagattgttagagcagctgaaactcttggattctttcaagtagtga |
210 |
Q |
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|
| T |
28570893 |
ccaccaattgacttatcaaagctcaatggaatagaacatgaaaaagtggtggatgagattgttagagcagctgaaactcttggattttttcaagtagtga |
28570794 |
T |
|
| Q |
211 |
atcattgtgttcctttggagttattggaatcagttaaagattcagcacatgcatttttcaatatgccaccagagaaaaaagttgtttaccgacaaaatgt |
310 |
Q |
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| T |
28570793 |
atcatagtgttcctttggagttattggaatcacttaaagattcagcacacacatttttcaatatgccaccagagaagaaagtagtttaagga-aaaat-- |
28570697 |
T |
|
| Q |
311 |
gagtacaagtttaaagatgagatatcaaactagttttgctcctgagatagaaaatgttttggaatggaaagattatatcaatatggtatatagtagtgat |
410 |
Q |
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| T |
28570696 |
---------tttaaagatgagatatgggactagctttgctcctgagaaagaaaatgtgctggaatggaaagacaatattgttatggagtatggtagtgat |
28570606 |
T |
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| Q |
411 |
gaagatgctcttcaatattggcctaatgagtgcaagtaagt |
451 |
Q |
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| T |
28570605 |
gaagatgctcttcaatattggcctaatgtgtgcaagtaagt |
28570565 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 11 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 28581076 - 28580881
Alignment:
| Q |
11 |
caaaggcttagtagattcaggtttattagaagttccaaaaatgtatatacaacccataaatgaaagaatcaaca----aactagaaaccaaaccatgtga |
106 |
Q |
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| T |
28581076 |
caaaggcttggtagattcaggtttattagaggctccaaaaatgtacatacaacctataaatgaaagaatcaacaaattaactagacacaaaaccatgtga |
28580977 |
T |
|
| Q |
107 |
tatgccaccaattgacctatcaaagctcaatggaaaagaacatga--aaaagtggtgaatgagattgttagagcagctgaaactcttggattcttt |
200 |
Q |
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| T |
28580976 |
tatatccccaattgagttatcaaaactgagtggaataaaacatgaataaaaatggtcgatgagattgttagagcagttgagacacttggattcttt |
28580881 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 345 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 28580759 - 28580671
Alignment:
| Q |
345 |
tttgctcctgagatagaaaatgttttggaatggaaagattatatcaatatggtatatagtagtgatgaagatgctcttcaatattggcctaat |
437 |
Q |
| |
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| T |
28580759 |
tttgctcctgagaatgaaaatgt----gaatggaaagactgtatcgttatggagtatagtagtgatgaagatgctcttcaatattggcctaat |
28580671 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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