View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11144_low_1 (Length: 780)

Name: NF11144_low_1
Description: NF11144
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11144_low_1
NF11144_low_1
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (18-771)||(5466825-5467578)
chr2 (19-163)||(5481570-5481714)
chr2 (253-416)||(5500634-5500797)
chr2 (18-163)||(5495400-5495545)
chr2 (253-404)||(5484632-5484783)
chr2 (323-705)||(5495669-5496054)
chr2 (307-721)||(5476749-5477163)
chr2 (26-163)||(5476501-5476638)
chr2 (30-169)||(5489630-5489769)
chr2 (20-146)||(5484435-5484561)
chr2 (253-486)||(5489817-5490050)
chr2 (214-705)||(5481729-5482212)
chr2 (391-552)||(5484996-5485156)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 706; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 706; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 771
Target Start/End: Original strand, 5466825 - 5467578
Alignment:
Q  18 ataatgatttcaaaggagttcccattccagaatttattggttctctcaatacgctcaattaccttgatttatcccatgcaaatttttctggaatggtccc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5466825 ataatgatttcaaaggagttcccattcctgaatttattggttctctcaatacgctcaattaccttgatttatcccatgcaaatttttctggaatggtccc 5466924  T
Q  118 tcctcatctcggaaatttgtcaaatttgcatcatcatgatgtctctggcccaagtataagctggacactttcagacataggctcgctcactacgggactt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5466925 tcctcatctcggaaatttgtcaaatttgcatcatcttgatgtctctggcccaagtataagctggacactttcagacataggcttgctcactacgggactt 5467024  T
Q  218 tgggtcagagacataagctggctctacaccttgtgttcgcttcaatatcttaacatggactttgttaacatcacagactcaccccgtgagttgtttcgag 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5467025 tgggtcagagacataagctggctctataccttgtcttcgcttcaatatcttaacatggactttgttaacatcacagactcaccccgtgagttgtttcgag 5467124  T
Q  318 ctgttaataagatgccatctctgttagagttgcatttgtccttttgcaatcttgctgcactccctccatcttcaccctttttaaatatttcatcacttta 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5467125 ctgttaataagatgccatctctgttagagttgcatttgtccttttgcaatcttgctgcactccctccatcttcaccctttttaaatatttcatcacttta 5467224  T
Q  418 tgtgcttgacctctctaagaatatttatgattcatcaatacctccctggttgttcaacatcagtacccttacacaacttattctttcttattcatctgta 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5467225 tgtgcttgacctctctaagaatatttatgattcctcaatacctccctggttgttcaacatcagtaccctcacacaacttattctttcttattcatctgta 5467324  T
Q  518 agaggtttatttccttctatgcttgggaaatggaatcttcacaatcttcagaatctagacctatcatttaatgatctaaccattgatatatctcaagtaa 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5467325 agaggtttatttccttctatgcttgggaaatggaatcttcacaatcttcgaaatctagacctatcatctaatgatctaaccattgatataactcaagtaa 5467424  T
Q  618 tggaggccttgtcttgtagcaaccaaagcctggaggttctagatttgaattataatcaactaactgggaaattgcctcattcattaggaaaacttactag 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5467425 tggaggccttgtcttgtagcaaccaaagcctggaggttctagatttgaattataatcaactaactgggaaattgcctcattcattaggaaaacttactag 5467524  T
Q  718 tttgcgtcagcttgacatttgtaacaacctcttgacctcacacataggtatctc 771  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5467525 tttgcgtcagcttgacattagtaacaacctcttgacctcacacataggtatctc 5467578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 19 - 163
Target Start/End: Original strand, 5481570 - 5481714
Alignment:
Q  19 taatgatttcaaaggagttcccattccagaatttattggttctctcaatacgctcaattaccttgatttatcccatgcaaatttttctggaatggtccct 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||  ||||||||||| | |||||||||| |    
T  5481570 taatgatttcaaaggagttcccattccagaatttattggttctctcaatatgctcaattaccttgacttatctaatgcaaattttacaggaatggtcctt 5481669  T
Q  119 cctcatctcggaaatttgtcaaatttgcatcatcatgatgtctct 163  Q
    |||||||| || ||| |||||||||||||| ||| |||| |||||    
T  5481670 cctcatcttggcaatctgtcaaatttgcattatcttgatatctct 5481714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 253 - 416
Target Start/End: Original strand, 5500634 - 5500797
Alignment:
Q  253 ttcgcttcaatatcttaacatggactttgttaacatcacagactcaccccgtgagttgtttcgagctgttaataagatgccatctctgttagagttgcat 352  Q
    ||||||||||||||||  |||||| ||| | ||||||||  ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  5500634 ttcgcttcaatatcttggcatggattttatcaacatcaccaactcgtcccgtgagttgtttcgagctgtgaataagatgtcatctctattagagttgcat 5500733  T
Q  353 ttgtccttttgcaatcttgctgcactccctccatcttcaccctttttaaatatttcatcacttt 416  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||||| |||| ||||    
T  5500734 ttgtccttttgcagtcttgcttcactccctccagcttcaccatttctaaatattacatctcttt 5500797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 18 - 163
Target Start/End: Original strand, 5495400 - 5495545
Alignment:
Q  18 ataatgatttcaaaggagttcccattccagaatttattggttctctcaatacgctcaattaccttgatttatcccatgcaaatttttctggaatggtccc 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||  || || |||||||||||||||||||    
T  5495400 ataatgatttcgaaggagttcccattccagaatttattggttccctcaatatgctcaattaccttgacttatcagattcatatttttctggaatggtccc 5495499  T
Q  118 tcctcatctcggaaatttgtcaaatttgcatcatcatgatgtctct 163  Q
     |||||||| || ||||||||||| |||||| ||| |||| |||||    
T  5495500 ccctcatcttggcaatttgtcaaacttgcattatcttgatatctct 5495545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 253 - 404
Target Start/End: Original strand, 5484632 - 5484783
Alignment:
Q  253 ttcgcttcaatatcttaacatggactttgttaacatcacagactcaccccgtgagttgtttcgagctgttaataagatgccatctctgttagagttgcat 352  Q
    ||||||||| ||||||  |||||| ||||| ||||||||  |||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  5484632 ttcgcttcactatcttggcatggattttgtcaacatcaccaactcgccccatgagttgtttcgagctgtgaataagatgtcatctctattagagttgcat 5484731  T
Q  353 ttgtccttttgcaatcttgctgcactccctccatcttcaccctttttaaata 404  Q
    ||||||| ||||||||||||| | || || || |||||||| ||||||||||    
T  5484732 ttgtcctcttgcaatcttgcttctcttccaccgtcttcaccatttttaaata 5484783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 323 - 705
Target Start/End: Original strand, 5495669 - 5496054
Alignment:
Q  323 aataagatgccatctctgttagagttgcatttgtccttttgcaatcttgctgcactccctccatcttcaccctttttaaatatttcatcactttatgtgc 422  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||    | |||||||||||||   ||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||    
T  5495669 aataagataccatctctattagagttgcatttaatgtattgcaatcttgcttttctcccaccatcttcaccatttttaaatattacatcactttctgtgc 5495768  T
Q  423 ttgacctctctaagaatatttatgattcatcaatacctccctggttgttcaacatcagtacccttacacaacttattctttct---tattcatctgtaag 519  Q
    |||| ||||||   |||  || | ||||||| |||||| | |||||||| ||||| |||||||||||| | |||| |||||||   |  |||||| |||     
T  5495769 ttgatctctctggaaatccttttaattcatctataccttcttggttgtttaacattagtacccttacataccttagtctttctgaatcatcatctctaat 5495868  T
Q  520 aggtttatttccttctatgcttgggaaatggaatcttcacaatcttcagaatctagacctatcatttaatgatctaaccattgatatatctcaagtaatg 619  Q
     ||| |  ||||||||||||| || | |||||| |||  ||| |||||   |||||||||||||| ||||  | | ||   ||||||| || |    ||     
T  5495869 cggtctcgttccttctatgctaggaagatggaagctttgcaaacttcaagttctagacctatcatctaattttattactggtgatatagctgataccatt 5495968  T
Q  620 gaggccttgtcttgtagcaaccaaagcctggaggttctagatttgaattataatcaactaactgggaaattgcctcattcattagg 705  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||  | |  | ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5495969 gaggccatgtcttgtagcaaccaaagtttgatgttgttggatttgagttataaccaactaactgggaaattgcctcattctttagg 5496054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 307 - 721
Target Start/End: Original strand, 5476749 - 5477163
Alignment:
Q  307 gttgtttcgagctgttaataagatgccatctctgttagagttgcatttgtccttttgcaatcttgctgcactccctccatcttcaccctttttaaatatt 406  Q
    ||||||||||||||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| | | ||||    || || | ||||||||| |||| || ||||||||||||    
T  5476749 gttgtttcgagctgtgaaaaagatgtcttctctgttagagttgcatttggcttcttgcggaatttcttctctccctccaacttcgccatttttaaatatt 5476848  T
Q  407 tcatcactttatgtgcttgacctctctaagaatatttatgattcatcaatacctccctggttgttcaacatcagtacccttacacaacttattctttctt 506  Q
     || |||||| ||||||||| ||||||   |||  ||   || | ||||| ||| | ||| |||||||||| |||||||||||| |||| | |||||       
T  5476849 acaccactttctgtgcttgatctctctggaaatcctttaaatacctcaatgccttcttggctgttcaacatgagtacccttacagaactcaatctttacg 5476948  T
Q  507 attcatctgtaagaggtttatttccttctatgcttgggaaatggaatcttcacaatcttcagaatctagacctatcatttaatgatctaaccattgatat 606  Q
      |||||| ||| ||||    ||||||||||| |||| | |||||||||   | |  ||||| |||||| |||    || ||||||||||    ||||||    
T  5476949 catcatctctaataggtcctattccttctatgtttggaagatggaatctctgccagattcagtatctagtcctcggtttaaatgatctaattggtgatat 5477048  T
Q  607 atctcaagtaatggaggccttgtcttgtagcaaccaaagcctggaggttctagatttgaattataatcaactaactgggaaattgcctcattcattagga 706  Q
    | |  || | || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| |  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5477049 aaccgaactgatagaggcattgtcttgtagcaaccaaagcctagagtttttagatttaaggtttaatcaactaactgggaaattgcctcattcattaggg 5477148  T
Q  707 aaacttactagtttg 721  Q
    ||| |||||||||||    
T  5477149 aaatttactagtttg 5477163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 26 - 163
Target Start/End: Original strand, 5476501 - 5476638
Alignment:
Q  26 ttcaaaggagttcccattccagaatttattggttctctcaatacgctcaattaccttgatttatcccatgcaaatttttctggaatggtccctcctcatc 125  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||  || |||| ||| | |||||||||||| || |||    
T  5476501 ttcaaaggaatttccattccagaatttattggttctctcaatatgctgaattatcttgacttatctaattcaaaatttacaggaatggtccctactgatc 5476600  T
Q  126 tcggaaatttgtcaaatttgcatcatcatgatgtctct 163  Q
    | || ||||||||||||||||| |||| |||| |||||    
T  5476601 ttggtaatttgtcaaatttgcaccatcttgatatctct 5476638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 30 - 169
Target Start/End: Original strand, 5489630 - 5489769
Alignment:
Q  30 aaggagttcccattccagaatttattggttctctcaatacgctcaattaccttgatttatcccatgcaaatttttctggaatggtccctcctcatctcgg 129  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| || ||| ||||||||||  |||||||||||||  || |||| ||    
T  5489630 aaggagctcccattccagaatttattggttatctcaatatgctcaattaccttgacttgtccaatgcaaatttcactggaatggtcccgactaatcttgg 5489729  T
Q  130 aaatttgtcaaatttgcatcatcatgatgtctctggccca 169  Q
     ||||| |||||||| ||  ||| |||| ||||| |||||    
T  5489730 caatttatcaaatttacactatcttgatatctctagccca 5489769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 20 - 146
Target Start/End: Original strand, 5484435 - 5484561
Alignment:
Q  20 aatgatttcaaaggagttcccattccagaatttattggttctctcaatacgctcaattaccttgatttatcccatgcaaatttttctggaatggtccctc 119  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| | | | |||||||||||  ||||  ||||||||||| ||||||| ||||||     
T  5484435 aatgatttcgaaggaattcccattccagaacatattggttctctcaaaatgttgaattaccttgacctatcaaatgcaaattttactggaattgtcccta 5484534  T
Q  120 ctcatctcggaaatttgtcaaatttgc 146  Q
     |||||| || ||||||||||||||||    
T  5484535 atcatcttggcaatttgtcaaatttgc 5484561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 253 - 486
Target Start/End: Original strand, 5489817 - 5490050
Alignment:
Q  253 ttcgcttcaatatcttaacatggactttgttaacatcacagactcaccccgtgagttgtttcgagctgttaataagatgccatctctgttagagttgcat 352  Q
    |||||||| ||||||| ||||| | ||||| ||||| ||  |||| || | ||||||||| | || ||| ||||||||| ||| | ||||||| ||||||    
T  5489817 ttcgcttcgatatcttgacatgaattttgtaaacattaccaactcgccacatgagttgttccaagttgtgaataagatgtcatatttgttagaattgcat 5489916  T
Q  353 ttgtccttttgcaatcttgctgcactccctccatcttcaccctttttaaatatttcatcactttatgtgcttgacctctctaagaatatttatgattcat 452  Q
    ||| | | |||||||||||  || ||||||||||| ||||| |||||||||  | ||||||||| ||||||||| ||||||   |||  || | |||| |    
T  5489917 ttggcttcttgcaatcttggcgctctccctccatcgtcaccatttttaaattctacatcactttctgtgcttgatctctctggaaatcattttaattcct 5490016  T
Q  453 caatacctccctggttgttcaacatcagtaccct 486  Q
    |||||||| | ||| |||||||||| || |||||    
T  5490017 caataccttcttggatgttcaacatgagcaccct 5490050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 214 - 705
Target Start/End: Original strand, 5481729 - 5482212
Alignment:
Q  214 actttgggtcagagacataagctggctctacaccttgtgttcgcttcaatatcttaacatggactttgttaacatcacagactcaccccgtgagttgttt 313  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||  ||  ||| ||||||||||||||||  |||||| ||||  ||  | |   |||| ||||  |||||||||    
T  5481729 actttgggtcagagacttaagttggctctctactctgtcttcgcttcaatatcttggcatggattttgccaaatttatcaactcgccccacgagttgttt 5481828  T
Q  314 cgagctgttaataagatgccatctctgttagagttgcatttgtccttttgcaatcttgctgcactccctccatcttcaccctttttaaatatttcatcac 413  Q
    ||| |||| ||||||||| | ||| ||||||||||||| |||||||        |||| ||| |||||| |||||||||| |||||||||||  ||||||    
T  5481829 cgatctgtgaataagatgtcttctatgttagagttgcacttgtcct--------cttgttgctctcccttcatcttcaccgtttttaaatatgacatcac 5481920  T
Q  414 tttatgtgcttgacctctctaagaatatttatgattcatcaatacctccctggttgttcaacatcagtacccttacacaacttattctttcttattcatc 513  Q
    ||| ||| ||||| |||||    |||  || | |||| ||||||||| | ||| | |||||||| || |  || | | ||||   ||||| | |||||||    
T  5481921 tttctgtccttgatctctcaggaaatccttttcattcctcaataccttcttggatattcaacatgagcagtctcatagaactagatctttgtaattcatc 5482020  T
Q  514 tgtaagaggtttatttccttctatgcttgggaaatggaatcttcacaatcttcagaatctagacctatcatttaatgatctaaccattgatatatctcaa 613  Q
    | ||| ||||     || | |||||||| | | |||||||||  |||| || ||| | |||||||| |||| |||| |||||||   ||||| | || ||    
T  5482021 tctaataggtcaggctcttcctatgcttagtagatggaatctctacaagctccagcaactagacctgtcatataattatctaacaggtgatacaactgaa 5482120  T
Q  614 gtaatggaggccttgtcttgtagcaaccaaagcctggaggttctagatttgaattataatcaactaactgggaaattgcctcattcattagg 705  Q
       || ||||||||||||||| | |||||||||||| || || || |||||  |  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5482121 acgattgaggccttgtcttgtggaaaccaaagcctgaagtttttaaatttgggtagtaatcaactaactgggaaattgcctcattctttagg 5482212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 391 - 552
Target Start/End: Original strand, 5484996 - 5485156
Alignment:
Q  391 accctttttaaatatttcatcactttatgtgcttgacctctctaagaatatttatgattcatcaatacctccctggttgttcaacatcagtacccttaca 490  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||   |||  || | |||| ||| ||||| | ||| |||||||||| ||||||||||||    
T  5484996 accctttttaaatattacatcactttatgtg-ttgatctctctggaaatccttttaattcctcattaccttcttggatgttcaacatgagtacccttaca 5485094  T
Q  491 caacttattctttcttattcatctgtaagaggtttatttccttctatgcttgggaaatggaa 552  Q
     |||||  ||||||  |||||||| ||| |||| |  |||||||||| ||||| | ||||||    
T  5485095 aaacttcgtctttccgattcatctctaataggtatcattccttctattcttggaagatggaa 5485156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University