View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11148_low_5 (Length: 446)

Name: NF11148_low_5
Description: NF11148
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11148_low_5
NF11148_low_5
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (17-433)||(30961028-30961444)
chr4 (140-405)||(33805975-33806239)
chr4 (159-405)||(11240198-11240443)
chr4 (171-405)||(44567139-44567371)
chr4 (272-316)||(40696107-40696151)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (152-405)||(721551-721803)
chr1 (145-400)||(38880768-38881021)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (146-396)||(16781532-16781779)
chr5 (145-405)||(42689679-42689938)
chr5 (140-405)||(23946775-23947039)
chr5 (21-97)||(38741988-38742064)
chr5 (24-97)||(38784465-38784538)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (140-405)||(45210711-45210975)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (146-405)||(17716244-17716502)
chr3 (146-405)||(19017473-19017731)
chr3 (145-405)||(37145661-37145920)
chr3 (149-384)||(53606210-53606444)
chr3 (351-405)||(53987074-53987128)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (234-410)||(8639266-8639441)
chr6 (146-404)||(8684715-8684972)
chr6 (149-432)||(1297344-1297628)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (153-405)||(48953549-48953801)
chr7 (258-410)||(42604101-42604252)
chr7 (149-384)||(46831430-46831664)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 389; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 30961444 - 30961028
Alignment:
Q  17 caataagtggaacaaaatttagttaccacgaagttaggggaggaaaggaaagtgaagttagcaacttttgagttcacaaattatgccatattacagtggg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30961444 caataagtggaacaaaatttagttaccacgaagttaggggaggaaaggaaagtgaagttagcaacttttgagttcacaaattatgccatattacagtggg 30961345  T
Q  117 atcaactacaaaaagagaggggatcacatcttgctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaa 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30961344 atcaactacaaaaagagaggggatcacatcttgctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaa 30961245  T
Q  217 ggacttgctaattgtttggaacatctctcttcatcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgct 316  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30961244 ggacttgctaattgttcggaacatctctcttcatcacaccttaagagaggggaaccaatgtgtggatttctttgctaaattgggtgctaattcagatgct 30961145  T
Q  317 cattttgtagtgcatccattcgcctccagctgacctccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagcggttttcttct 416  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30961144 cattttgtagtgcacccattcgcctccagctgacctccttcctctgcttagagctgatgtgatagacactttctttgttaggagctagcggttttcttct 30961045  T
Q  417 tttttctgtttctgttc 433  Q
    |||||||||||||||||    
T  30961044 tttttctgtttctgttc 30961028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 140 - 405
Target Start/End: Original strand, 33805975 - 33806239
Alignment:
Q  140 tcacatcttgctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaaca 239  Q
    |||| |||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| | |||| | || |    
T  33805975 tcacttcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgagatatcacacctacgccgtcctcattcagaacataaaggatttgcttaatgttcgaaata 33806074  T
Q  240 tctctcttcatcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgc 339  Q
    || |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||||||||||| |||| |||| || || ||| || |    
T  33806075 tcactctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcggatttctttgccaagttgggtgctaattcagatgttcatcttgtcgtcca-ccaatcac 33806173  T
Q  340 ctccagctgacctccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagc 405  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  33806174 cgccagctgacctcctccctctgcttagagcggatgctataggcactgtctttattaggagatagc 33806239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 159 - 405
Target Start/End: Original strand, 11240198 - 11240443
Alignment:
Q  159 ttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaacatctctcttcatcacacctt 258  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||| || ||||| || |||||| || ||| | ||||||||||||| |||||||||||    
T  11240198 ttatcaagaatgataccccgagattccacatctacgtcgtgctcattcaaaatattaaagacttgttagttgatcggaacatctctctccatcacacctt 11240297  T
Q  259 aagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctccagctgacctccttcc 358  Q
    |||||||| ||||||||||   |||| |||||||||||| | ||||| ||||||| ||||| |  | || || ||||||||||| |||||||||| ||||    
T  11240298 aagagaggggaaccaatgtttggattactttgctaaattaggtgctagttcagattctcatatgctcgttca-ccattcgcctctagctgacctcattcc 11240396  T
Q  359 tctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagc 405  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||  ||| |||| |||| |||||||    
T  11240397 tcttcttagagctgatgcgataggagcttgctttcttagaagctagc 11240443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 171 - 405
Target Start/End: Original strand, 44567139 - 44567371
Alignment:
Q  171 ataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaacatctctcttcatcacaccttaagagaggagaa 270  Q
    |||||||||||| ||||| |||   ||| ||||| |||||||| || ||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  44567139 ataccccgagattccacatctatatcgttctcattcagaatattaaagacttgctagttgatcggaacatctctcttcatcacaccttaagagaggggaa 44567238  T
Q  271 ccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctccagctgacctccttcctctgcttagagc 370  Q
      |||||| ||||| |||| ||||||| | |||||||||| |||||||| || | || || ||| ||| |||| |||| |||||||||||| ||||||||    
T  44567239 tgaatgtggagattactttactaaattaggtgctaattcatatgctcatcttatcgtcca-ccaatcgtctccggctgtcctccttcctcttcttagagc 44567337  T
Q  371 tgatgtgataggcactttctttgttaggagctagc 405  Q
    || || ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  44567338 tg-tgcgatagacactttctttgttagaagctagc 44567371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 272 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 40696151 - 40696107
Alignment:
Q  272 caatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgct 316  Q
    |||||||| || ||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  40696151 caatgtgcggacttctttgttaaatttgatgctaattcagatgct 40696107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 152 - 405
Target Start/End: Original strand, 721551 - 721803
Alignment:
Q  152 gttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaacatctctcttcatc 251  Q
    ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  721551 gttaatcttattatgaatgacactccgagataccacacctacgccgtcctcattcagaatataaaggatttgctaattgttcggaacttctctctccatc 721650  T
Q  252 acaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctccagctgacc 351  Q
    |||| |||||||||| || |||||| || |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||| || || ||| ||||||||||||||||    
T  721651 acacattaagagaggggagccaatgcgcggatttctttgctaagttgggtgctaattcagatgctcatcttgtcgtcca-ccaatcgcctccagctgacc 721749  T
Q  352 tccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagc 405  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||||||||| | ||| ||||||| ||||    
T  721750 tcctccctctgcttagagctgatgccataggcactgtttttattaggagatagc 721803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 145 - 400
Target Start/End: Original strand, 38880768 - 38881021
Alignment:
Q  145 tcttgctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaacatctct 244  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||| || | ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  38880768 tcttgcagttaatcttattatgaatgacactc-gagataccacacctacgtcgtcctcattcagaatataaaggatttgctaattgttcggaacatctct 38880866  T
Q  245 cttcatcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctcca 344  Q
    || |||||||| |||||| ||  ||||||||| || |||||||||||||| |||| || |||||||||||||||| |||| || || ||| |||||||||    
T  38880867 ctccatcacacattaagatagaggaaccaatgcgcggatttctttgctaagttgggtgttaattcagatgctcatcttgtcgtcca-ccaatcgcctcca 38880965  T
Q  345 gctgacctccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggag 400  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||  |||| |||| | ||| |||||||    
T  38880966 gctgacctcctccctctgcttagaactgatgccatagacactgtttttattaggag 38881021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 146 - 396
Target Start/End: Original strand, 16781532 - 16781779
Alignment:
Q  146 cttgctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaacatctctc 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||| ||||| | |||||| || ||||||||| ||| | ||||||||||||    
T  16781532 cttgctgttaatcttatcatgaatgatatcc-gagattccacatctacgccgttctcattc-gaatattaaagacttgctagttgatcggaacatctctc 16781629  T
Q  246 ttcatcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctccag 345  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  | || ||| ||||||||||    
T  16781630 ttcatcacaccttaagagaggggaatcaatgtgtggattactttgctaaattggatgctaatttagacgctcattttgtcctcca-ccaatcgcctccag 16781728  T
Q  346 ctgacctccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgtta 396  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  16781729 ctgacctccttcctctgcttagaattgatgcgataggcacttactttgtta 16781779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 145 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 42689938 - 42689679
Alignment:
Q  145 tcttgctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaacatctct 244  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| | |||| | || ||||||    
T  42689938 tcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgagatatcacacctacgccgtcctcattcagaacataaaggatttgcttagtgttcgaaatatctct 42689839  T
Q  245 cttcatcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctcca 344  Q
    || |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||||||||||| |||| |||| || || ||| ||||| |||    
T  42689838 ctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcggatttctttgccaagttgggtgctaattcagatgttcatcttgtcgtcca-ccaatcgccgcca 42689740  T
Q  345 gctgacctccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagc 405  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  42689739 gctgacctcctccctctgcttagagctgatgctataggcactgtctttattaggagatagc 42689679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 140 - 405
Target Start/End: Original strand, 23946775 - 23947039
Alignment:
Q  140 tcacatcttgctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaaca 239  Q
    |||| |||||| || |||||||| |||||||| || |||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||| | |||| | || |    
T  23946775 tcacttcttgcagtcaatcttattatgaatgacactccgagatatcacacatacgccttcctcattcagaacataaaggatttgcttagtgttcgaaata 23946874  T
Q  240 tctctcttcatcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgc 339  Q
    |  |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||||||||||| |||| |||| || || ||| || |    
T  23946875 taactctccatcacactttaagagaggggaaccaatgtgcggatttctttgccaagttgggtgctaattcagatgttcatcttgtcgtcca-ccaatcac 23946973  T
Q  340 ctccagctgacctccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagc 405  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  23946974 caccagctgacctcctccctctgcttagagctgatgctataggcactatctttattaggagatagc 23947039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 38742064 - 38741988
Alignment:
Q  21 aagtggaacaaa-atttagttaccacgaagttaggggaggaaaggaaagtgaagttagcaacttttgagttcacaaat 97  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||| || || ||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  38742064 aagtggaacaaatatttagttaccatgaagttagggaag-aatggaaagtgaagttagcaactttgaagttcacaaat 38741988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 24 - 97
Target Start/End: Original strand, 38784465 - 38784538
Alignment:
Q  24 tggaacaaa-atttagttaccacgaagttaggggaggaaaggaaagtgaagttagcaacttttgagttcacaaat 97  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  38784465 tggaacaaatatttagttaccatgaatttaggg-aggaatggaaagtgaagttagcaactttgaagttcacaaat 38784538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 118; Significance: 5e-60; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 140 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 45210975 - 45210711
Alignment:
Q  140 tcacatcttgctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaaca 239  Q
    |||| |||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| | |||| | || |    
T  45210975 tcacttcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgagatatcacacctacgccgtcctcattcagaacataaaggatttgcttagtgttcgaaata 45210876  T
Q  240 tctctcttcatcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgc 339  Q
    || |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||||||||||| |||| |||| || || ||| || |    
T  45210875 tcactctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcggatttctttgccaagttgggtgctaattcagatgttcatcttgtcgtcca-ccaatcac 45210777  T
Q  340 ctccagctgacctccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagc 405  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  45210776 cgccagctgacctcctccctctgcttagagctgatgctataggcactgtctttattaggagttagc 45210711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 146 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 17716502 - 17716244
Alignment:
Q  146 cttgctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaacatctctc 245  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||| || || || || || || || |||||| | | | ||||||||||||    
T  17716502 cttgctgttaatctcatcatgaatgatacaccgagattccacatctatgccgttcttattcaaaacattaaagatttgctagtcgatcggaacatctctc 17716403  T
Q  246 ttcatcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctccag 345  Q
    |||||||||||||||||||||  || |||||||||||||  ||||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||| || || ||| ||||| ||||    
T  17716402 ttcatcacaccttaagagagggaaatcaatgtgcagattattttgctaaattgggtgccatttcagatgctcagtttgttgtcca-ccaatcgcccccag 17716304  T
Q  346 ctgacctccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagc 405  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||    
T  17716303 ctgacctccttcctatgcttagagctgatgcgataggcacttattttgttagaagctagc 17716244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 146 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 19017731 - 19017473
Alignment:
Q  146 cttgctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaacatctctc 245  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||| || || || || || || || |||||| | | | ||||||||||||    
T  19017731 cttgctgttaatctcatcatgaatgatacaccgagattccacatctatgccgttcttattcaaaacattaaagatttgctagtcgatcggaacatctctc 19017632  T
Q  246 ttcatcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctccag 345  Q
    |||||||||||||||||||||  || |||||||||||||  ||||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||| || || ||| ||||| ||||    
T  19017631 ttcatcacaccttaagagagggaaatcaatgtgcagattattttgctaaattgggtgccatttcagatgctcagtttgttgtcca-ccaatcgcccccag 19017533  T
Q  346 ctgacctccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagc 405  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||    
T  19017532 ctgacctccttcctatgcttagagctgatgcgataggcacttattttgttagaagctagc 19017473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 145 - 405
Target Start/End: Original strand, 37145661 - 37145920
Alignment:
Q  145 tcttgctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaacatctct 244  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| | |||| | || ||| ||    
T  37145661 tcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgagatatcacacctacgccgtcctcattcagaacataaaggatttgcttagtgttcgaaatatcact 37145760  T
Q  245 cttcatcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctcca 344  Q
    || |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||||||||| | |||| |||| || || ||| | ||| |||    
T  37145761 ctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcggatttctttgccaagttgggtgctaattcagaagttcatcttgtcgtcca-ccaattgccgcca 37145859  T
Q  345 gctgacctccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagc 405  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  37145860 gctgacctcctccctctgcttagagatgatgctataggcactgtctttattaggagatagc 37145920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 149 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 53606444 - 53606210
Alignment:
Q  149 gctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaacatctctcttc 248  Q
    ||||||||||||||   |||||| || || |||||||||| ||||||||  || ||||||||||| || ||| |||||| ||   ||||||| || || |    
T  53606444 gctgttaatcttattgcgaatgacactcctagataccacatctacgccgctcttatccagaatatcaaagacctgctaaatgacaggaacatttccctcc 53606345  T
Q  249 atcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctccagctg 348  Q
    | ||||| |||||||||| ||| |||||||| || |||||||||||||| | ||||||||||||||||  | |||| || ||| || |||||||||||||    
T  53606344 accacactttaagagaggggaatcaatgtgcggacttctttgctaaatttggtgctaattcagatgctgctcttgtcgtccat-caatcgcctccagctg 53606246  T
Q  349 acctccttcctctgcttagagctgatgtgataggca 384  Q
    | ||||| ||  ||||||||||||||| | ||||||    
T  53606245 atctcctccccttgcttagagctgatgcgctaggca 53606210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 351 - 405
Target Start/End: Original strand, 53987074 - 53987128
Alignment:
Q  351 ctccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagc 405  Q
    ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  53987074 ctcctccctctgcttagagctgatgctataggcactgtctttattaggagatagc 53987128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 105; Significance: 3e-52; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 234 - 410
Target Start/End: Original strand, 8639266 - 8639441
Alignment:
Q  234 ggaacatctctcttcatcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatcc 333  Q
    |||||||||||||||||||| | | |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| | || || ||    
T  8639266 ggaacatctctcttcatcacgcttcaagagaggggaatcaatgtgcagattactttgctaaattgggtgctagttcagatgctcattttatcgtcca-cc 8639364  T
Q  334 attcgcctccagctgacctccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagcggttt 410  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||    
T  8639365 aatcgcctccagctgacctccttcctctgcttagagctgatgcgataggcacttactttgttagaagctagctgttt 8639441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 146 - 404
Target Start/End: Original strand, 8684715 - 8684972
Alignment:
Q  146 cttgctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaacatctctc 245  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| || || || || || || || || |||||| | | | ||||  ||||||    
T  8684715 cttgctgttaatctcatcatgaatgatacaccgagattccacatctacgctgttcttattcaaaacattaaagatttgctagtcgatcggaatttctctc 8684814  T
Q  246 ttcatcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctccag 345  Q
    |||||||||||||||||||||  || |||||||||  ||  ||||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||| || || ||| ||||| |||     
T  8684815 ttcatcacaccttaagagagggaaatcaatgtgcaatttattttgctaaattgggtgccatttcagatgctcagtttgttgtcca-ccaatcgcccccaa 8684913  T
Q  346 ctgacctccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctag 404  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||  |||||||| ||||||    
T  8684914 ctgacctccttcctatgcttagagctgatgcgatgggcacttattttgttagaagctag 8684972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 149 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 1297628 - 1297344
Alignment:
Q  149 gctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaacatctctcttc 248  Q
    ||||||||||||||   |||||| || || |||||||||| ||||||||| || ||| |||||||  | ||| |||||| || | ||||||| || || |    
T  1297628 gctgttaatcttattgcgaatgacactcctagataccacatctacgccgttcttatcgagaatatcgaagacctgctaaatgatcggaacatttccctcc 1297529  T
Q  249 atcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctccagctg 348  Q
    | ||||| |||||||| | ||| |||||||| || |||| ||||||||| | |||||||||||||| | || |||| || ||| ||||||||||||||||    
T  1297528 accacactttaagagaagggaatcaatgtgcggacttctctgctaaatttggtgctaattcagatgttgatcttgtcgtccat-cattcgcctccagctg 1297430  T
Q  349 acctccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagcggttttcttcttt--tttctgtttctgtt 432  Q
    | ||||| ||  ||||||||||||||| | |||||| ||  |||||||||||||||| ||||  |||| |  ||||||||||||||    
T  1297429 atctcctccccatgcttagagctgatgcgctaggcatttattttgttaggagctagctgtttgtttctctgctttctgtttctgtt 1297344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 78; Significance: 4e-36; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 153 - 405
Target Start/End: Original strand, 48953549 - 48953801
Alignment:
Q  153 ttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaacatctctcttcatca 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| || || ||||| ||||| ||||| ||||||  |    |||||||||||||||||||    
T  48953549 ttaatcttatcatgaatgataccccgagatatcacatctacgcagttcttatccacaatatcaaggatttgctagctaaccggaacatctctcttcatca 48953648  T
Q  253 caccttaagagaggagaaccaatgtgcaga-tttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctccagctgacc 351  Q
    |||  ||||||||| ||| ||| ||||| | ||| ||||||||||| || |||| |||||||||| || |||| || ||| || |||||| || |||| |    
T  48953649 cactctaagagaggggaatcaacgtgcaaactttttttgctaaattcgaagctatttcagatgctgatcttgtcgtccat-caatcgcctacaactgatc 48953747  T
Q  352 tccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagc 405  Q
    ||||||| ||||||||||||||||   ||||||| |||||  |||||| |||||    
T  48953748 tccttcccctgcttagagctgatgctctaggcaccttcttcattaggaactagc 48953801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 258 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 42604252 - 42604101
Alignment:
Q  258 taagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctccagctgacctccttc 357  Q
    |||||||||  || |||||||| |||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||| || || ||| ||||| ||||||||||||||||    
T  42604252 taagagagggaaatcaatgtgcggattactttgctaaattgggtgctatttcagatgctcagtttgttgtcca-ccaatcgcccccagctgacctccttc 42604154  T
Q  358 ctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagcggttt 410  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||  |||||||| ||||||| ||||    
T  42604153 ctatgcttagagctgatgcgataggcacttattttgttagaagctagctgttt 42604101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 149 - 384
Target Start/End: Original strand, 46831430 - 46831664
Alignment:
Q  149 gctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaacatctctcttc 248  Q
    ||||||||||||||   |||||| || || |||||||||| ||||||||  || ||||||||||| || ||| |||||| ||   ||||||| || || |    
T  46831430 gctgttaatcttattgcgaatgacactcctagataccacatctacgccgctcttatccagaatatcaaagacctgctaaatgacaggaacatttccctcc 46831529  T
Q  249 atcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctccagctg 348  Q
    | ||||| |||||||||| ||| |||||||| || |||||||||||||| | ||||||||||||||||  | |||| || ||| || |||||||||||||    
T  46831530 accacactttaagagaggggaatcaatgtgcggacttctttgctaaatttggtgctaattcagatgctgctcttgtcgtccat-caatcgcctccagctg 46831628  T
Q  349 acctccttcctctgcttagagctgatgtgataggca 384  Q
    | ||||| ||  ||||||||||||||| | ||||||    
T  46831629 atctcctccccttgcttagagctgatgcgctaggca 46831664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University