View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11149_low_3 (Length: 818)

Name: NF11149_low_3
Description: NF11149
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11149_low_3
NF11149_low_3
[»] scaffold0236 (1 HSPs)
scaffold0236 (22-804)||(21149-21946)
[»] scaffold1432 (1 HSPs)
scaffold1432 (586-807)||(1424-1645)


Alignment Details
Target: scaffold0236 (Bit Score: 644; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0236
Description:

Target: scaffold0236; HSP #1
Raw Score: 644; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 804
Target Start/End: Original strand, 21149 - 21946
Alignment:
Q  22 accccccggtatcagtaacgacagtgatattgctatcggacttggtgctgaaagagatcgaggatcggtgcaaattggggtgattttgttggggtatatg 121  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21149 accccccggtatcagtaacgaccgtgatattgctatcggacttggtgctgagagagatcgaggatcggtgcaaattggggtgattttgttggggtatatg 21248  T
Q  122 gtgacggatagtgcttcagtatcaatgacgttcaagtttggcccaaatgctgtaaaatttccagctggtagcagaaatggtgcctggtcttgggcgattc 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21249 gtgacggatagtgcttcagtatcaatgacgttcaagtttggcccaaatgctgtaaaatttccagctggtagcagaaatggtgcctggtcttgggcgattc 21348  T
Q  222 ctcgcccaatattgatgcataatttcatggtgtagtgttatctagtggcagggtgtatcatctttgt---------------------ttcatgaattaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                     ||||||||||||    
T  21349 ctcgcccaatattgatgcataatttcatggtgtagtgttatctagtggcagggtgtatcatctttgtaatcttttttgttcaccttgtttcatgaattaa 21448  T
Q  301 ttaatataataaagttcgtattttgagttaaaatattggtgctcttattcactgtgttgcattgaagtttatttatttgatctgctatatatgctatgtt 400  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21449 ttgatataataaagttcgtattttgagttaaa-tattggtgctcttattcgctgtgttgcattgaagtttatttatttgatctgctatatatgctatgtt 21547  T
Q  401 caatggagacttaattggcttataaatcatagcatatgcaaatcaattttaatcgatctcttctggcaattatggtgattaattgataacaaaattagtc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21548 caatggagacttaattggcttataaatcatagcatatgcaaatcaattttaatcgatctcttctggcaattatggtgattaattgataacaaaattagtc 21647  T
Q  501 ttataattatagatgccaaatcgctaatcatcactcaagaccatgtttttcttaccccatcaatatccgattccagatctaatgtcattgttggtgattt 600  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  21648 ttataattatagataccaaatcgctaatcatcactcaagatcatgtttttcttaacccatcattatccgattcaagatctaatgtcattgttggtgattt 21747  T
Q  601 tatgatttccttgttattttgctttgctttattttagtagtttgtatcgggtgtgtttggtatttgaaagtgacttggtttagtagtacagtattttgag 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |     |||||||||||    
T  21748 tatgatttccttgttattttgctttgctttattttagtagtttgtatcgggtgtgtttggtatttgaaagtgatttggtttact-----agtattttgag 21842  T
Q  701 taattggattatagcggctttagctaaattcagcatcctcttggccttacaagtaaaatttctaacaataaaaataaccgaaccctatcctttctcaatc 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||    
T  21843 taattggattatagcggctttagctaaattcaccatcctcttggccttacaagtaaaatttcaaacaataaaaataactgaaccctagtctttctcaatc 21942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1432 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 1)
Name: scaffold1432
Description:

Target: scaffold1432; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 586 - 807
Target Start/End: Complemental strand, 1645 - 1424
Alignment:
Q  586 cattgttggtgattttatgatttccttgttattttgctttgctttattttagtagtttgtatcgggtgtgtttggtatttgaaagtgacttggtttagta 685  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1645 catttttggtgaatttatgatttccttgttattttgctttgctttattttagtagtttgtatcgggtgtgtttggtatttgaaagtgacttggtttagta 1546  T
Q  686 gtacagtattttgagtaattggattatagcggctttagctaaattcagcatcctcttggccttacaagtaaaatttctaacaataaaaataaccgaaccc 785  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1545 gtacagtattttgagtaattggattatagcggctttagctaaattcagcatcctcttggccttacaagtaaaatttcaaacaataaaaataaccgaaccc 1446  T
Q  786 tatcctttctcaatctctgctc 807  Q
    |||||| |||||||||||||||    
T  1445 tatcctctctcaatctctgctc 1424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University