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Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11149_low_5 (Length: 700)

Name: NF11149_low_5
Description: NF11149
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11149_low_5
NF11149_low_5
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (3-684)||(43365809-43366494)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 620; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 620; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 684
Target Start/End: Original strand, 43365809 - 43366494
Alignment:
Q  3 caaaggataggcagccgcaacagcatcaattatctgcacccacaaacaatctgcattttttcaataccagaaatattgcatccacataacattatttatc 102  Q
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T  43365809 caaaagataggcagccacaacagcatcaattatctgcacccacaaacaatctgtattttttcaataccagaaatattgcatccacataacattatttatc 43365908  T
Q  103 attcatatttgtatcaccaatcattcatcaaattcgattgagaaaatcctaattgagnnnnnnnagccgaacggcacatacaaaatctgtatatcaatca 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43365909 attcatatttgtatcaccaatcattcatcaaattcgattgagaaaatcctaattgagtttttttagccgaacggcacatacaaaatctgtatatcgatca 43366008  T
Q  203 ccaatttgtgcagacctataattattgggtagaaatttcatcctatacttttttgcaaatgaccacggtcccactctatgaaataaagttatagcatatt 302  Q
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T  43366009 ccaatttgtgcagacctataattattgggtagaaatttcatcctatacttttttgcaaatgaccagggtcccactctatgaaataaagttatagcatatt 43366108  T
Q  303 acatattacatgttttagattgcagcatagttatattagtactcagaatgcaattatgtctactaatgaaatggaagaactattcatgcttaaataaaac 402  Q
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T  43366109 acatattacatgttttagattgcagcatagttatattagtactcagaatgcaattatgtctactaatgaaatggaagaactattcatgcttaaataaaaa 43366208  T
Q  403 aatttggttacataaagaaagatatacatattccaagtaatactttaacctcactgaactccttccttta----tatttatttgatcaaaaggattgcaa 498  Q
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T  43366209 aaattggttacataaagaaagatatacatattccaagtaatactttaacctcactgaactccttcctttatatttatttatttgatcaaaaggattgcaa 43366308  T
Q  499 aaacaaacaaatgccacagttcattaataaagaagcttagcttacccctgttctctgttgatttaagcctccactggttgcgattaacaagtatcggtcc 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366309 aaacaaacaaatgccacagttcattaataaagaagcttagcttacccctgttctctgttgatttaagcctccactggttgcgattaacaagtatcggtcc 43366408  T
Q  599 ggatgagttttgctattagcctctgcaacaattagaaatataaataaatacactcaatcaaaattaaattgatgagatgaaaaaag 684  Q
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T  43366409 ggatgagttttgctattagcctctgcaacaattagaaatataaataaatacactcaatcaaaattaaattgatgagatgaaaaaag 43366494  T

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