View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1114_low_38 (Length: 417)

Name: NF1114_low_38
Description: NF1114
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1114_low_38
NF1114_low_38
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (1-338)||(48700635-48700972)
chr4 (1-338)||(42267069-42267406)
chr4 (1-337)||(30948997-30949333)
chr4 (1-338)||(2000051-2000388)
chr4 (55-295)||(21513903-21514150)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-338)||(9442906-9443243)
chr8 (42-338)||(24597343-24597639)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (1-338)||(27877523-27877860)
chr6 (192-272)||(8479998-8480078)
chr6 (309-338)||(30968537-30968566)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (1-338)||(5822089-5822426)
chr3 (1-338)||(2816077-2816414)
chr3 (42-338)||(42586117-42586413)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (1-338)||(41719576-41719913)
chr5 (1-338)||(34353179-34353513)
chr5 (88-292)||(31502110-31502314)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (1-338)||(826645-826982)
chr2 (1-320)||(15603853-15604172)
chr2 (45-313)||(15603424-15603691)
chr2 (1-98)||(13842658-13842755)
chr2 (155-338)||(13842766-13842949)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-338)||(8137273-8137610)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 326; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 338
Target Start/End: Original strand, 48700635 - 48700972
Alignment:
Q  1 tctttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  48700635 tctttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagaaaaaccaatc 48700734  T
Q  101 tcggtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacagg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  48700735 tcggtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactggttgctgcttcactatacagg 48700834  T
Q  201 atttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttcttta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48700835 atttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcagaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttcttta 48700934  T
Q  301 cgtgccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48700935 cgtgccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 48700972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 42267406 - 42267069
Alignment:
Q  1 tctttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42267406 tctttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatggtcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagaaaaaccaatc 42267307  T
Q  101 tcggtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacagg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  42267306 tcggtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactggttgctgcttcactatacagg 42267207  T
Q  201 atttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttcttta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42267206 atttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcagaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttcttta 42267107  T
Q  301 cgtgccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42267106 cgtgccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 42267069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 1 - 337
Target Start/End: Original strand, 30948997 - 30949333
Alignment:
Q  1 tctttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30948997 tctttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacactgatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatc 30949096  T
Q  101 tcggtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacagg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  30949097 tcggtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccatacatcgttgagttgtctttcgccttcagaactggttgctgcttcactatacagg 30949196  T
Q  201 atttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttcttta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  30949197 atttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgtagcttcagaattcttctctccattcttcttattattccaacactccttcttta 30949296  T
Q  301 cgtgccctttcatgccacaaccgtagcatttgatatt 337  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30949297 cgtgccctttcatgccacaaccgtagcatttgatatt 30949333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 2000388 - 2000051
Alignment:
Q  1 tctttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatc 100  Q
    |||||| | |||||||||| |  ||| ||| |||||| |  |||||||| |||||| | ||||||| ||| |||||||| ||||| | | ||||||||||    
T  2000388 tctttattttgatagtaccaatcccaacaacttctaaagtgtgatcattgcccatgaatacagatcattccgagataggttcataggtgcaaaaccaatc 2000289  T
Q  101 tcggtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcg-cctttagaactagttgctgcttcactatacag 199  Q
       |||||||||||| || ||||| || ||| | |||| ||||||  |||| ||||| ||  ||||  |||||||||||| ||||| ||   |||||||     
T  2000288 cttgtgtggagtcatatgtcatgtggcgcctaagtccactatccaaccatcattgag-cgcatttccacctttagaactaattgctactctgctatacaa 2000190  T
Q  200 gatttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttcttt 299  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||  |||||||||||||| | ||| | |||||||||||| ||||     
T  2000189 gatttctccatcatctgaggtacttgcaacacaaccttgagaggttgacgcttctgatgtcttctctccattccttttgttgttccaacactccctctta 2000090  T
Q  300 acgtgccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 338  Q
       |||||| |||| ||||||| ||||||||||| ||||    
T  2000089 taatgccctctcataccacaactgtagcatttgaaattc 2000051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 55 - 295
Target Start/End: Original strand, 21513903 - 21514150
Alignment:
Q  55 tgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatctcggtgtggagtcatgtgcc-------atgttgcacctgaatccattatccaga 147  Q
    ||||||||  ||||| ||||||  ||| ||||||| |||| ||||||| |||| ||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||| |    
T  21513903 tgtacacaattccttatgagatcagctaataagagaaaaatcaatctcagtgtagagtcatgtgccaattgccatgttgcacctgaatccattatccaaa 21514002  T
Q  148 catcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacaggatttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttga 247  Q
     ||||||||| | ||||   |||||||||||||||  |||||| ||||||| |||||| || |||||| |||| ||| |||  |||||||||||||||||    
T  21514003 tatcgttgagacttcttctacctttagaactagttattgcttcgctatacaagatttcaccatcatctaaggtgcttccaatgcatccttgagatgttga 21514102  T
Q  248 agcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactcctt 295  Q
    | ||||  || | || ||||||| ||| ||  ||||||| ||||||||    
T  21514103 aacttcaaaagtattttctccatccttgttattattccaccactcctt 21514150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 338
Target Start/End: Original strand, 9442906 - 9443243
Alignment:
Q  1 tctttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9442906 tctttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatggtcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagaaaaaccaatc 9443005  T
Q  101 tcggtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacagg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9443006 tcggtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactggttgctgcttcactatacagg 9443105  T
Q  201 atttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttcttta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9443106 atttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcagaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttcttta 9443205  T
Q  301 cgtgccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9443206 cgtgccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 9443243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 42 - 338
Target Start/End: Original strand, 24597343 - 24597639
Alignment:
Q  42 tgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatctcggtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccatta 141  Q
    |||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||| |||||   | ||||||||||   | |||||||||| | |||||| |||||||| |||| ||    
T  24597343 tgatcattgcccatgaatacagatccttccgagataggttcatagctgcaaaaccaatccttgcgtggagtcatattccatgtggcacctgagtccacta 24597442  T
Q  142 tccagacatcgttgagtcgtctttcg-cctttagaactagttgctgcttcactatacaggatttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgag 240  Q
    ||||  |||| ||||| ||  ||||  ||||||| |||| ||| |||| | ||||||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  24597443 tccaaccatcattgag-cgcatttccacctttagtactaattgatgctccgctatacaagatttctccatcatctgaggtacttgctacacaaccttgag 24597541  T
Q  241 atgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttctttacgtgccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 338  Q
    | ||||| ||||| ||  |||||||| ||||| | ||| | |||||||||||| | || |  |||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  24597542 aggttgacgcttctgatgtcttctcttcattccttttgttgttccaacactcccttttcaaatgccctctcataccacaaccgtagcatttgaaattc 24597639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 338
Target Start/End: Original strand, 27877523 - 27877860
Alignment:
Q  1 tctttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27877523 tctttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatggtcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagaaaaaccaatc 27877622  T
Q  101 tcggtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacagg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27877623 tcggtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactggttgctgcttcactatacagg 27877722  T
Q  201 atttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttcttta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27877723 atttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcagaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttcttta 27877822  T
Q  301 cgtgccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27877823 cgtgccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 27877860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 192 - 272
Target Start/End: Original strand, 8479998 - 8480078
Alignment:
Q  192 ctatacaggatttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattc 272  Q
    ||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||  ||||||||||||||    
T  8479998 ctatacaagatttctccatcatctgaggtacttgcaacacaaccttgagaggttgatgcttctgatgtcttctctccattc 8480078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 309 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 30968566 - 30968537
Alignment:
Q  309 ttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30968566 ttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 30968537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 338
Target Start/End: Original strand, 5822089 - 5822426
Alignment:
Q  1 tctttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5822089 tctttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagaaaaaccaatc 5822188  T
Q  101 tcggtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacagg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  5822189 tcggtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactggttgctgcttcgctatacagg 5822288  T
Q  201 atttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttcttta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5822289 atttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcagaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttcttta 5822388  T
Q  301 cgtgccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5822389 cgtgccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 5822426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 1 - 338
Target Start/End: Original strand, 2816077 - 2816414
Alignment:
Q  1 tctttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2816077 tctttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatggtcatttcccatgtacactgatccttcagagataggctcataagagtaaaaccaatc 2816176  T
Q  101 tcggtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacagg 200  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| |    
T  2816177 tcagtgtggagtcatgtgccatattgcacctgaatccattatcaagacatcgttgagtcgtctttcacctttagaattggttgctgcttcactatacaag 2816276  T
Q  201 atttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttcttta 300  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2816277 attttcccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcaaaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttcttta 2816376  T
Q  301 cgtgccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 338  Q
     |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2816377 tgtgctctttcatgccacaactgtagcatttgatattc 2816414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 42 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 42586413 - 42586117
Alignment:
Q  42 tgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatctcggtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccatta 141  Q
    |||||||| |||||| | |||||| |||| |||||||| ||||| | | ||||||||||   | |||||||||| |||||||| |||||||| |||| ||    
T  42586413 tgatcattgcccatgaatacagattcttccgagataggttcataggtgcaaaaccaatccttgcgtggagtcatatgccatgtggcacctgagtccacta 42586314  T
Q  142 tccagacatcgttgagtcgtctttcg-cctttagaactagttgctgcttcactatacaggatttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgag 240  Q
    ||||| |||| ||||| ||  ||||  |||||||||||| |||||||| | ||||||| |||||| || |||||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  42586313 tccagccatcattgag-cgcatttccacctttagaactaattgctgctccgctatacaagatttctccatcatctcaggtacttgctacacaaccttgag 42586215  T
Q  241 atgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttctttacgtgccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 338  Q
    | ||||| ||||| ||  |||||||| ||||| | ||| | |||||||||||| | || |  |||||  |||| | ||||||||||||||||| ||||    
T  42586214 aggttgacgcttctgatgtcttctcttcattccttttgttgttccaacactcccttttcaaatgcccgctcatacgacaaccgtagcatttgaaattc 42586117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 314; Significance: 1e-177; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 1 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 41719913 - 41719576
Alignment:
Q  1 tctttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  41719913 tctttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagaaaaaccaatc 41719814  T
Q  101 tcggtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacagg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||    
T  41719813 tcggtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactggttgctgcctcgctatacagg 41719714  T
Q  201 atttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttcttta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41719713 atttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcagaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttcttta 41719614  T
Q  301 cgtgccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  41719613 cgtgccctttcatgccacaaccgtagcatttaatattc 41719576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 1 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 34353513 - 34353179
Alignment:
Q  1 tctttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34353513 tctttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagaaaaaccaatc 34353414  T
Q  101 tcggtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacagg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||||    
T  34353413 tcggtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactggttgttgcctcgctatacagg 34353314  T
Q  201 atttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttcttta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||    
T  34353313 atttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcaaaattcttctctccattcttcttgatattccaacactc---cttta 34353217  T
Q  301 cgtgccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34353216 cgtgccctttcatgccacaaccgtaacatttgatattc 34353179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 88 - 292
Target Start/End: Original strand, 31502110 - 31502314
Alignment:
Q  88 agtaaaaccaatctcggtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgc 187  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||| | ||||  |||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||    
T  31502110 agtaaaaccaatcttggtatggagtcatgttcgatgtcacacctgaatctattgtccatacatcgttgagtcgtctctcgcctttataactagttgttgc 31502209  T
Q  188 ttcactatacaggatttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaa 287  Q
    ||   |||    ||||||    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  || ||||||||||||| || ||   |||||||    
T  31502210 tttgatatcattgatttcattatcatctgaggtacttgcaacacatccttcagatgttaaagcttcaaaactcttctctccatttttattatcattccaa 31502309  T
Q  288 cactc 292  Q
    |||||    
T  31502310 cactc 31502314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 310; Significance: 1e-174; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 1 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 826982 - 826645
Alignment:
Q  1 tctttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  826982 tctttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaatgcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagaaaaaccaatc 826883  T
Q  101 tcggtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacagg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  826882 tcggtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactggttgctgcttcgctatacagg 826783  T
Q  201 atttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttcttta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  826782 atttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcagaattcttctctccattcttcttgatattccaacattccttcttta 826683  T
Q  301 cgtgccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  826682 cgtgccctttcatgccacaaccgtagcatttaatattc 826645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 15604172 - 15603853
Alignment:
Q  1 tctttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatc 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||    
T  15604172 tctttaatctgatagtacctacttcagaaatttctaaggcatgatcattttccatgtacactaatccttctgagatgggttcataagagtaaacccaatc 15604073  T
Q  101 tcggtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacagg 200  Q
    ||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |   |||| || |||||| |||||| ||||||| |    
T  15604072 tcggtgcagagtcgtgtgccatgttacacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtgttccaaatttataaatagttgttgcttcgctatacaag 15603973  T
Q  201 atttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttcttta 300  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || | |||||||||||||| ||  ||||||| ||| |||||||||    
T  15603972 attcccccatcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcataagtgttctctccattctttttattattccagcacaccttcttta 15603873  T
Q  301 cgtgccctttcatgccacaa 320  Q
     ||||||| |||| ||||||    
T  15603872 agtgccctctcattccacaa 15603853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 45 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 15603691 - 15603424
Alignment:
Q  45 tcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatctcggtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatcc 144  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| || ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||| |||||| ||| ||| |||||||| |    
T  15603691 tcatttcccatgtccactgatcctactaagataggttcataagagtaaaacaaatctcggtgcggattcaagtgtcatgttacacttga-tccattattc 15603593  T
Q  145 agacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacaggatttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgt 244  Q
    ||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||| |||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||| || || | | ||||||    
T  15603592 agacatcgttgagccgtcttccgcatttagaactagttgatgcttcgctatatagcatttccccgtcatatgaggtacttgcagcaaataccttagatgt 15603493  T
Q  245 tgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttctttacgtgccctttcat 313  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||| ||   ||||||| |||| ||||||| ||| ||| ||||    
T  15603492 tgaagcttcagaagtcttctctccattctttttatgattccaatactcattctttaagtgtcctctcat 15603424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 98
Target Start/End: Original strand, 13842658 - 13842755
Alignment:
Q  1 tctttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaa 98  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||  | |||||||||| |||   |||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  13842658 tctttaatatgatagtaccgactccaacaatttctaaagcattgtaatttcccatgcacaatcatccttttcagataggctcataagagtaaaaccaa 13842755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 155 - 338
Target Start/End: Original strand, 13842766 - 13842949
Alignment:
Q  155 gagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacaggatttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcg 254  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||| |||||   |||| | |||||  || ||||   || ||||| |||||||||||| ||||||||||||| |     
T  13842766 gagttgtctttcgcctttataactagttgttgctttgttatatatgattttaccatcattcaagatactttcaacacatccttaagatgttgaagctgca 13842865  T
Q  255 gaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttctttacgtgccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 338  Q
    ||| |||||| ||  ||||||||  |||||||||||||  |||||| ||||||| |||  ||| ||  ||||||||||| ||||    
T  13842866 gaagtcttctatcagttcttcttattattccaacactcagtctttaagtgccctctcagaccataattgtagcatttgagattc 13842949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 338
Target Start/End: Original strand, 8137273 - 8137610
Alignment:
Q  1 tctttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  8137273 tctttaatctgatagtaccgacttcagcaatttctaaggcatggtcatttcctatgtacattgatccttctgaaataggctcataagagtaaaaccaatc 8137372  T
Q  101 tcggtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacagg 200  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| |||| |||| ||||    
T  8137373 tcgatgtggagtcatatgccatgttgcacctgaatcctttatctagacatcgttgagtcatctttcgactttagaactagtcgcttcttcgctatgcagg 8137472  T
Q  201 atttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttcttta 300  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || |||||||||||||||||||  |||||||| |||| |||||||    
T  8137473 agttccccgtcatctgagatacttgcaacacatccttgagatattgaagcttcataagtcttctctccattcttcttattattccaagactcattcttta 8137572  T
Q  301 cgtgccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 338  Q
     ||| ||| |||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  8137573 agtgacctctcatgccacaattgtagcatttgagattc 8137610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University