View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11150_low_9 (Length: 474)

Name: NF11150_low_9
Description: NF11150
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11150_low_9
NF11150_low_9
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (19-462)||(2590259-2590696)
chr2 (19-378)||(18739117-18739465)
chr2 (196-387)||(21189331-21189522)
chr2 (196-378)||(35969283-35969461)
chr2 (226-387)||(14433596-14433758)
chr2 (235-366)||(1043114-1043244)
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (269-462)||(21185243-21185436)
chr8 (19-378)||(1788905-1789258)
chr8 (197-387)||(17028285-17028475)
chr8 (197-387)||(17558721-17558911)
chr8 (19-207)||(21185436-21185620)
chr8 (197-388)||(38678618-38678805)
chr8 (253-387)||(39655696-39655830)
chr8 (197-332)||(38676239-38676373)
chr8 (196-353)||(21347041-21347198)
chr8 (316-378)||(31183750-31183812)
chr8 (346-388)||(38676893-38676935)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (19-378)||(19697851-19698199)
chr6 (295-387)||(6591846-6591938)
chr6 (197-299)||(15517971-15518073)
chr6 (324-377)||(15518074-15518127)
chr6 (315-378)||(24044939-24045001)
chr6 (315-388)||(24041626-24041698)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (19-376)||(11673762-11674110)
chr7 (265-378)||(31210081-31210194)
chr7 (265-387)||(31206623-31206745)
chr7 (256-378)||(39426457-39426579)
chr7 (199-375)||(5434870-5435047)
chr7 (253-378)||(3850545-3850671)
chr7 (315-387)||(22301148-22301220)
chr7 (317-453)||(32352363-32352495)
chr7 (265-388)||(15569565-15569687)
chr7 (315-378)||(13815787-13815849)
chr7 (259-415)||(2609571-2609726)
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (199-378)||(6667725-6667902)
chr4 (218-388)||(13010529-13010698)
chr4 (199-378)||(6671397-6671568)
chr4 (287-377)||(895463-895553)
chr4 (265-387)||(44643451-44643572)
chr4 (315-387)||(20058100-20058172)
chr4 (320-447)||(11914000-11914126)
chr4 (232-400)||(31767432-31767599)
chr4 (196-243)||(20058203-20058250)
chr4 (315-400)||(43287897-43287982)
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (207-387)||(24981159-24981339)
chr1 (197-396)||(12141640-12141839)
chr1 (202-358)||(1953623-1953779)
chr1 (202-378)||(47580330-47580508)
chr1 (265-377)||(4242576-4242688)
chr1 (231-453)||(43254080-43254298)
chr1 (218-334)||(51465448-51465562)
chr1 (305-412)||(9111513-9111620)
chr1 (202-369)||(38825492-38825659)
chr1 (238-350)||(39197184-39197297)
chr1 (218-378)||(38828693-38828853)
[»] scaffold0014 (3 HSPs)
scaffold0014 (196-378)||(82550-82733)
scaffold0014 (19-133)||(86783-86900)
scaffold0014 (19-136)||(82379-82499)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (199-387)||(18594747-18594935)
chr5 (197-387)||(26703014-26703205)
chr5 (197-387)||(26972747-26972938)
chr5 (196-376)||(39292035-39292208)
chr5 (315-350)||(13292002-13292037)
[»] scaffold0028 (2 HSPs)
scaffold0028 (265-387)||(127699-127820)
scaffold0028 (265-378)||(110120-110232)
[»] scaffold0076 (1 HSPs)
scaffold0076 (266-378)||(6766-6877)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (196-415)||(19930005-19930223)
chr3 (255-358)||(11634196-11634300)
chr3 (315-415)||(42253531-42253630)
chr3 (315-400)||(9372196-9372280)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 19 - 462
Target Start/End: Original strand, 2590259 - 2590696
Alignment:
Q  19 tatggctcatttcccttaatacaaggaa--actcaccacaactctaatgaatatatccttcttttatttctccaaagaagacacccttaactcactacaa 116  Q
    |||| ||| |||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || | || |||||||||||||||    
T  2590259 tatgcctcttttcccttaatataaggaacaactcaccgcaactctcatgaatatatccttcttttatttctccaaacaaaaaacacttaactcactacaa 2590358  T
Q  117 tacatagcaattgccagtacnnnnnnnntaacaacaa-tacatactctttcacctatattttcatgtttttctgtactctcaattattttctctcatcca 215  Q
    ||||||||||||||| ||||        |||| |||| |||||||| ||||||       ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |    
T  2590359 tacatagcaattgccggtacagaaaaa-taacgacaaatacatactttttcac-------ttcatgttttt-tgtactcacaattattttctctcatcta 2590449  T
Q  216 agatattgaatttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcataacgggggagaactattat 315  Q
    | ||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||| || |    
T  2590450 aaatattgagtttctgggttatatctcctgatatctatgagataaatttgagttgttctgtcacctccggttatgattcataacggggaagaactgttgt 2590549  T
Q  316 atcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgctttaggttattgaacggtttaccatgttgcaggtcat 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2590550 atcctgggaggatatgcgcttatgaggcgaataaaatcctcaaggacagtgactatgtcacgcctcaggttattgaacggtttaccatgttgcaggtcat 2590649  T
Q  416 ctccgttcatgacttcttgtttgtttacttcaccattaatggcttca 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  2590650 ctccgttcatgacttcttgtttgtttacttcaccattaccggcttca 2590696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 19 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 18739465 - 18739117
Alignment:
Q  19 tatggctcatttcccttaatacaaggaa--actcaccacaactctaatgaatatatccttcttttatttctccaaagaagacacccttaactcactacaa 116  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||| |||| || ||||||| |||||||    
T  18739465 tatgcctcatttcccttaatataaggaacaactcaccacaactctcatgtatatattcttcttttatttctccaaacaagatacgcttaact-actacaa 18739367  T
Q  117 tacatagcaattgccagtacnnnnnnnntaacaaca-atacatactctttcacctatattttcatgtttttctgtactctcaattattttctctcatcca 215  Q
    ||||||||||||||||||||         ||  ||| |||||||||||  |||       |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  18739366 tacatagcaattgccagtacacaa-----aaatacatatacatactct--cac-------ttcatgtttttctgtacgtacaattattttctctcatcca 18739281  T
Q  216 agatattgaa-tttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcataacgggggagaactatta 314  Q
    | |||||||  ||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||  ||     
T  18739280 aaatattgaggtttctgggttacatctcatgatatatttgagataaattcgagctgttctgtcacctccgattatgattcataacggggaagaaccgttg 18739181  T
Q  315 tatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgc 378  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18739180 tattgtgggaggatatgcgcttatgaggcggataaaatcctcaaggacagtgactatgtcacgc 18739117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 196 - 387
Target Start/End: Original strand, 21189331 - 21189522
Alignment:
Q  196 caattattttctctcatccaagatattgaatttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattca 295  Q
    |||||||||||||||||| ||  ||||||  |||| |||||||||||| | ||| | |||||| | ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||    
T  21189331 caattattttctctcatctaaagtattgagcttctgggttacatctccggttatctttgagattattttgagttgttctgtcacctccagttatgattca 21189430  T
Q  296 taacgggggagaactattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgctttaggtta 387  Q
    |||||||| | |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  21189431 taacggggaataactgttgtatccggggaggatatgcgcttatgaggcggataaaatcctcaaggacagtgactatgtcacgcctcaggtta 21189522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 196 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 35969461 - 35969283
Alignment:
Q  196 caattattttctctcatccaagatattgaatttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattca 295  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||| | | ||| | |||||||||||||||||||||||| | ||||  ||||||||||    
T  35969461 caattattttctctcatctaaaatattgagtttctaggttacatcttcggttatctttgagataaatttgagttgttctgttacctcctgttatgattca 35969362  T
Q  296 taacgggggagaactattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgc 378  Q
    |||||||| |||||| || || | ||    ||||||||||| |||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  35969361 taacggggaagaactgtt-taacatg---tgatatgcgcttttgaggcggataaaatcttcaaggacagtgactatgtcacgc 35969283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 226 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 14433758 - 14433596
Alignment:
Q  226 tttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcataacgggggagaac-tattatatcctggga 324  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||  | |||||||||||||||||| ||||| | || |||| |||||    
T  14433758 tttctaggttacatctcctgatatctttgagataaatttgagttattctgtcacctttggttatgattcataacggggaagaacatgttgtatcttggga 14433659  T
Q  325 ggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgctttaggtta 387  Q
     ||| ||  |||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  14433658 agatgtgtacttatgaggcggataaaatccacaaggacagtgactatgtcacgcctcaggtta 14433596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 235 - 366
Target Start/End: Original strand, 1043114 - 1043244
Alignment:
Q  235 tacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcataacgggggagaactattatatcctgggaggatatgcgc 334  Q
    ||||||||||| ||| | |||||| |||||||  |||||||||| | |||||||||||||||||| ||| |||||  || ||||||||||||||||||||    
T  1043114 tacatctcctgttatctttgagatgaatttgacctgttctgtcacccccgattatgattcataac-gggaagaacggttgtatcctgggaggatatgcgc 1043212  T
Q  335 ttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtg 366  Q
     |||||| | |||||||||||||| |||||||    
T  1043213 ctatgagacggataaaatcctcaaggacagtg 1043244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 162; Significance: 3e-86; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 269 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 21185436 - 21185243
Alignment:
Q  269 tgttctgtcaactccgattatgattcataacgggggagaactattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgac 368  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  21185436 tgttttgtcacctccggttatgattcataacggggaagaactattatatgctgggaggatatgcgcttatgaggcggataaaatcctcaaggacagtgac 21185337  T
Q  369 tatgtcacgctttaggttattgaacggtttaccatgttgcaggtcatctccgttcatgacttcttgtttgtttacttcaccattaatggcttca 462  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21185336 tatgtcacgcttcaggttattgaacggtttaccatgttgcaggtcatctccgttcatgacttcttgtttgtttacttcaccattaatggcttca 21185243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 19 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 1789258 - 1788905
Alignment:
Q  19 tatggctcatttcccttaatacaaggaa--actcaccacaactctaatgaatatatccttcttttatttctccaaagaagacacccttaactcactacaa 116  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||||||||||||||| |||| || ||||||| |||| ||    
T  1789258 tatgcctcatttcccttaatataaggaacaactcaccacaaatctcatgtatatattcttcttttatttctccaaacaagatacacttaact-acta-aa 1789161  T
Q  117 tacatagcaattgccagtacnnnnnnnn-taacaaca-atacatactctttcacctatattttcatgtttttctgtactctcaattattttctctcatcc 214  Q
    ||||||||||||||||||||         |||| ||| |||||||||||  |||       ||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||    
T  1789160 tacatagcaattgccagtacagagaaaaataactacagatacatactct--cac-------ttcatgtttttctgtacccacaatcattttctctcatcc 1789070  T
Q  215 aagatattgaa-tttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcataacgggggagaactatt 313  Q
    || |||||||  ||||| ||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||| ||    
T  1789069 aaaatattgaggtttctgggttacatctcatgatatctttgagataaatttgagttgttctgtcacctccggttatgattcataacggggaagaactgtt 1788970  T
Q  314 atatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgc 378  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1788969 gtatcctgggaggatatgcgcttatgaggcggataaaatcctcaaggacagtgactatgtcacgc 1788905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 197 - 387
Target Start/End: Original strand, 17028285 - 17028475
Alignment:
Q  197 aattattttctctcatccaagat-attgaatttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattca 295  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| | ||  ||| ||||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||    
T  17028285 aattattttctctcatccaaaattattgagtttctaggttacatctcctgatatctgtgt-atatatttgagctgttgtgtcacctccggttatgattca 17028383  T
Q  296 taacgggggagaactattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgctttaggtta 387  Q
    |||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||| | ||||||    
T  17028384 taacggggaagaactgtcatatcctgggaggatatgcgctaatgaggcggataaaatcctcaaggacagtgactgtgtcacgcctcaggtta 17028475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 197 - 387
Target Start/End: Original strand, 17558721 - 17558911
Alignment:
Q  197 aattattttctctcatccaagat-attgaatttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattca 295  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| | ||  ||| ||||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||    
T  17558721 aattattttctctcatccaaaattattgagtttctaggttacatctcctgatatctgtgt-atatatttgagctgttgtgtcacctccggttatgattca 17558819  T
Q  296 taacgggggagaactattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgctttaggtta 387  Q
    |||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||| | ||||||    
T  17558820 taacggggaagaactgtcatatcctgggaggatatgcgctaatgaggcggataaaatcctcaaggacagtgactgtgtcacgcctcaggtta 17558911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 19 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 21185620 - 21185436
Alignment:
Q  19 tatggctcatttcccttaatacaaggaa--actcaccacaactctaatgaatatatccttcttttatttctccaaagaagacacccttaactcactacaa 116  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  21185620 tatgcctcatttcccttaatacaaggaacaactcaccacaactttaatgaatatatccttcttttatttctccaaagaagacacgcttaactcactgcaa 21185521  T
Q  117 tacatagcaattgccagtacnnnnnnnntaacaaca-atacatactctttcacctatattttcatgtttttctgtactctcaattattttct 207  Q
    ||||||||||||||||||||        |||| | | |||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21185520 tacatagcaattgccagtac-aaaaaaataacgatagatacatactctttcacc------ttcatgtttttctgtactctcaattattttct 21185436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 197 - 388
Target Start/End: Original strand, 38678618 - 38678805
Alignment:
Q  197 aattattttctctcatccaagatattgaatttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcat 296  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| || ||| | | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38678618 aattattttctctcatccaaaatattgaatttct-ggttgcatctcttgttatctttaagataaatttgagttgttctgtcacctccgattatgattcat 38678716  T
Q  297 aacgggggagaactattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgctttaggttat 388  Q
    |||||||   |||| || |||||||  |||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||    
T  38678717 aacgggg--aaactgttgtatcctgtaaggatatgcgcttatgagacggatcaaatcctcaaagaca-tgactatgtcacgcctcaggttat 38678805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 253 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 39655830 - 39655696
Alignment:
Q  253 tgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcataacgggggagaactattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaat 352  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||||| | |||||| || |||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  39655830 tgagataaatttgagctgttctgtcacatccggttatgattcataacggagaagaactgttgtatcatgggaggatatgcacttatgaggcggataaaat 39655731  T
Q  353 cctcaaagacagtgactatgtcacgctttaggtta 387  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  39655730 cctcaaggacagtgactatgtcacgcctcaggtta 39655696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 197 - 332
Target Start/End: Original strand, 38676239 - 38676373
Alignment:
Q  197 aattattttctctcatccaagatattgaatttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcat 296  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||  |||||||| ||| | | | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38676239 aattattttctctcatccaaaatattgagtttct-ggttgtatctcctgttatctttaaaataaatttgagttgttctgtcacctccgattatgattcat 38676337  T
Q  297 aacgggggagaactattatatcctgggaggatatgc 332  Q
    ||||||| |||| | || ||||||||||||||||||    
T  38676338 aacggggaagaattgttgtatcctgggaggatatgc 38676373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 196 - 353
Target Start/End: Original strand, 21347041 - 21347198
Alignment:
Q  196 caattattttctctcatccaagatattgaatttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattca 295  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||| ||| | |||||||||||| | | | | |||||| | ||| |||||||| |||| || |  ||||||||||    
T  21347041 caattattttctctcatccaaagtattgagtttgtgggttacatctccggttgtctttgagattattttcagttgttccgtcaccttcatttatgattca 21347140  T
Q  296 taacgggggagaactattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatc 353  Q
    ||||| |  |||||  || |||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  21347141 taacgtgaaagaacagttgtatcttgggaggatatgtgcttatgaggcggataaaatc 21347198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 316 - 378
Target Start/End: Original strand, 31183750 - 31183812
Alignment:
Q  316 atcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgc 378  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||  |||||||| |||||  ||||||| ||||||||||    
T  31183750 atccttggaggatatgcgctaatgaggtggataaaatactcaataacagtgattatgtcacgc 31183812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 346 - 388
Target Start/End: Original strand, 38676893 - 38676935
Alignment:
Q  346 ataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgctttaggttat 388  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||    
T  38676893 ataaaatcctcaaggacagtgactatgtcacgcctcaggttat 38676935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 134; Significance: 1e-69; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 19 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 19698199 - 19697851
Alignment:
Q  19 tatggctcatttcccttaatacaaggaa--actcaccacaactctaatgaatatatccttcttttatttctccaaagaagacacccttaactcactacaa 116  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| | ||| |||||| ||||||||||||||||||| |||| ||  |||||| |||||||    
T  19698199 tatgcctcatttcccttaatataaggaacaactcaccacaactttcatgtatatattcttcttttatttctccaaacaagatacgattaact-actacaa 19698101  T
Q  117 tacatagcaattgccagtacnnnnnnnntaacaaca-atacatactctttcacctatattttcatgtttttctgtactctcaattattttctctcatcca 215  Q
    ||||||||||||||||||||        |||| ||| |||||||||||  ||| ||       ||||||||  ||||    |||||||||||||| ||||    
T  19698100 tacatagcaattgccagtacagaaaaa-taactacagatacatactct--cactta-------atgtttttacgtac----aattattttctctcttcca 19698015  T
Q  216 agatattgaa-tttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcataacgggggagaactatta 314  Q
    | |||||||  ||||| ||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||     
T  19698014 aaatattgaggtttctgggttacatctcatgatatctttgagataaatttgagttgttctgtcacctccgattatgattcataacggggaagaactgttg 19697915  T
Q  315 tatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgc 378  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  19697914 tatcctgggaggatatgcgcttatgaggcggataaaatcctcaaggacaatgactatgtcacgc 19697851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 295 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 6591938 - 6591846
Alignment:
Q  295 ataacgggggagaactattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgctttaggtta 387  Q
    ||||||| | |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | ||||||    
T  6591938 ataacggagaagaactgttgcatcctgggaggatatgcgcttatgaggcggataaaatcctcaaggacagtgactacgtcacgcctcaggtta 6591846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 197 - 299
Target Start/End: Original strand, 15517971 - 15518073
Alignment:
Q  197 aattattttctctcatccaagatattgaatttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcat 296  Q
    ||||| |||| ||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||| |||| | | ||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||    
T  15517971 aattaatttccctcattcaaaatattgagtttctgggttacatctcctcatatctttaagataaagttgagttgttctgtcacctccggttatgatttat 15518070  T
Q  297 aac 299  Q
    |||    
T  15518071 aac 15518073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 324 - 377
Target Start/End: Original strand, 15518074 - 15518127
Alignment:
Q  324 aggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacg 377  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||| || |||||||||||||||    
T  15518074 aggatatgcgcttatgaggcggatataatcctcaaggaaagtgactatgtcacg 15518127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 315 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 24045001 - 24044939
Alignment:
Q  315 tatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgc 378  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| || |||||||||| ||||||||    
T  24045001 tatcctgggaggatatgcgcttatgaggc-gaataaatccttaaggacagtgactttgtcacgc 24044939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 315 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 24041698 - 24041626
Alignment:
Q  315 tatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgctttaggttat 388  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||  |||| || ||||||||||||| |||||||| ||| |||||    
T  24041698 tatcctaggaggatatgcgcttatgaggc-gaataaattcttaaagacagtgactttgtcacgccttatgttat 24041626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 130; Significance: 4e-67; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 19 - 376
Target Start/End: Original strand, 11673762 - 11674110
Alignment:
Q  19 tatggctcatttcccttaatacaaggaa--actcaccacaactctaatgaatatatccttcttttatttctccaaagaagacacccttaactcactacaa 116  Q
    |||| ||||||||||||| |||| ||||  ||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||| |||| || ||||||| |||||||    
T  11673762 tatgcctcatttcccttactacagggaacaactcaccacaactctgatgtatatattcttcttttatttctccaaacaagatacgcttaact-actacaa 11673860  T
Q  117 tacatagcaattgccagtacnnnnnnnntaacaaca-atacatactctttcacctatattttcatgtttttctgtactctcaattattttctctcatcca 215  Q
    ||||||||||||| |||| |        |||| ||| |||||||||||  |||       |||||||||| ||||||   |||| |||||||||||||||    
T  11673861 tacatagcaattgtcagt-ccaaaaaaataactacagatacatactct--cac-------ttcatgtttt-ctgtacatacaatcattttctctcatcca 11673949  T
Q  216 agatattgaa-tttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcataacgggggagaactatta 314  Q
    | |||||||  ||||| ||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | |||| ||     
T  11673950 aaatattgaggtttctgggttacatctcatgatatctttgagataaatttgagttgttctgtcacctccgattatgattcataac-gggaacaactgttg 11674048  T
Q  315 tatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcac 376  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11674049 tatcctgggaggatatgcgcttatgaggcggataaaatcctcaaggacagtgactatgtcac 11674110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 265 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 31210194 - 31210081
Alignment:
Q  265 gagttgttctgtcaactccgattatgattcataacgggggagaactattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacag 364  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| || || || |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  31210194 gagttgttctgtcacctccgattatgattcataacggggaagaactgttgtaccccgggaggatatgcacttatgaggcggataaaatcctcaaggacag 31210095  T
Q  365 tgactatgtcacgc 378  Q
    ||||||||||||||    
T  31210094 tgactatgtcacgc 31210081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 265 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 31206745 - 31206623
Alignment:
Q  265 gagttgttctgtcaactccgattatgattcataacgggggagaactattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacag 364  Q
    |||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||| |||||| || |||||||  |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  31206745 gagttgttctgtcacctccagttatgattcataacggggaagaactgttgtatcctgccaggatatgcgcttatgaggtggataaaatcctcaaagacag 31206646  T
Q  365 tgactatgtcacgctttaggtta 387  Q
    |||||||||||||| | ||||||    
T  31206645 tgactatgtcacgcctcaggtta 31206623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 256 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 39426579 - 39426457
Alignment:
Q  256 gataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcataacgggggagaactattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcct 355  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||||| || |||| ||||||||||| |||||||||| | |||||||||||    
T  39426579 gataaatttgagttgttctgtcacctccggttatgattcataacagggaagaactgttttatcttgggaggatattcgcttatgagacggataaaatcct 39426480  T
Q  356 caaagacagtgactatgtcacgc 378  Q
    ||| |||||||||||| ||||||    
T  39426479 caaggacagtgactatatcacgc 39426457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 199 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 5435047 - 5434870
Alignment:
Q  199 ttattttctctcatccaagatattgaatttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcataa 298  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||| ||| | |||||||||| ||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| |||   ||||||||| |||    
T  5435047 ttattttctatcatccaaaatattgagtttatgggttacatcttctgatatttttgagataaattttagttgttctgtcatctctatttatgattcttaa 5434948  T
Q  299 cgggggagaa-ctattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtca 375  Q
    ||||| |||| || || |||||||  || ||||||||||||||||  || |||||| |||||||||  ||||||||||    
T  5434947 cggggaagaacctcttgtatcctgacagaatatgcgcttatgaggtggaaaaaatcatcaaagacaacgactatgtca 5434870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 253 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 3850671 - 3850545
Alignment:
Q  253 tgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcataacgggggagaacta-ttatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaa 351  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||| |  ||||||||||| || || ||||||  || |||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  3850671 tgagataaatttgagttgttctatcacctctgggtatgattcataccgaggaagaactcgttgtatcataggaggatatgcgcttatgaggcgtataaaa 3850572  T
Q  352 tcctcaaagacagtgactatgtcacgc 378  Q
    || |||| |||||||||||||||||||    
T  3850571 tcatcaaggacagtgactatgtcacgc 3850545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 315 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 22301220 - 22301148
Alignment:
Q  315 tatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgctttaggtta 387  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  22301220 tatcttgggaggatatgcgcttatgaggcggataaaatcctcaaggacagtgactatgtcacgcctcaggtta 22301148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 317 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 32352495 - 32352363
Alignment:
Q  317 tcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgctttaggttattgaacggtttaccatgttgcaggtcatc 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| || |||||||||| |||||||| |   |||||| |||||||||| |   |||||||||||    
T  32352495 tcctgggaggatatgcgcttatgaggc-gaataaatccttaaggacagtgactttgtcacgcctcgtgttattcaacggtttactagtgtgcaggtcatc 32352397  T
Q  417 tccgttcatgacttcttgtttgtttacttcaccatta 453  Q
      |||| ||||   |||||||||||| |||| |||||    
T  32352396 atcgttaatga---cttgtttgtttatttcaacatta 32352363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 265 - 388
Target Start/End: Original strand, 15569565 - 15569687
Alignment:
Q  265 gagttgttctgtcaactccgattatgattcataacgggggagaac-tattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagaca 363  Q
    |||||||||||||| ||| ||| |||||||||| | | | ||||| | || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||  || ||||    
T  15569565 gagttgttctgtcacctctgat-atgattcatatcagagaagaacctgttgtatcctgggaggatatgtgcttatgaggcggat-aaatccctaaggaca 15569662  T
Q  364 gtgactatgtcacgctttaggttat 388  Q
    |||||| |||||||| | |||||||    
T  15569663 gtgactttgtcacgcctcaggttat 15569687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 315 - 378
Target Start/End: Original strand, 13815787 - 13815849
Alignment:
Q  315 tatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgc 378  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||  ||||||| || |||||||||| ||||||||    
T  13815787 tatcctgggaagatatgcgcttatgaggc-gaataaatccttaaggacagtgactttgtcacgc 13815849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 259 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 2609726 - 2609571
Alignment:
Q  259 aaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcataacgggggagaac-tattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctca 357  Q
    ||||| ||||||||||||||  || ||| |||||||||| | | | ||||| | || ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||| || |    
T  2609726 aaattcgagttgttctgtcacatctgat-atgattcatatcagagaagaacatgttgtatcctgcgaggatatgcgcttatgagacagat-aaatactta 2609629  T
Q  358 aagacagtgactatgtcacgctttaggttattgaacggtttaccatgttgcaggtcat 415  Q
    | || |||||||  ||||||| | |||||||  || || |||| || |||||||||||    
T  2609628 aggatagtgacttcgtcacgcctcaggttatataaaggcttactattttgcaggtcat 2609571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 109; Significance: 1e-54; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 199 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 6667902 - 6667725
Alignment:
Q  199 ttattttctctcatccaagatattgaatttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcataa 298  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||  | |||||||||||||||||| |  |||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  6667902 ttattttctctcatccaatatattgaattcatgggttacatctcctgatatct--gagatatatttgagctgttctgtcacctccggttatgattcataa 6667805  T
Q  299 cgggggagaactattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgc 378  Q
    ||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  6667804 cggggaagaactgttgtatcctgggaggatatgcgcttatgaggcggataaaatcctcaagaacagtgactatgtcacgc 6667725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 218 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 13010698 - 13010529
Alignment:
Q  218 atattgaatttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcataacgggggagaactattatat 317  Q
    ||||||| ||| | |||||||||| ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||  |||| ||||||||| |||||| | |||||| ||||||    
T  13010698 atattgagtttttgggttacatcttctgatatctctgagatatatttgagttgttctgtcacatccg-ttatgattcgtaacggagaagaactgttatat 13010600  T
Q  318 cctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgctttaggttat 388  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||    
T  13010599 cctaggaggatatgcgcttatgaggcggataaaatcctcaaggacagtgactatgtcacgcctcaggttat 13010529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 199 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 6671568 - 6671397
Alignment:
Q  199 ttattttctctcatccaagatattgaatttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcataa 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||| |  |||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  6671568 ttattttctctcatccaagatattgaattcatgggttacatctcctgatatct--gagatatatttgagctgttctgtcacctccggttatgattcataa 6671471  T
Q  299 cgggggagaactattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgc 378  Q
    ||||| |||||| || ||||||||||||||||||      ||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  6671470 cggggaagaactgttgtatcctgggaggatatgc------gaggcggataaaatcctcaaggacggtgactatgtcacgc 6671397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 287 - 377
Target Start/End: Original strand, 895463 - 895553
Alignment:
Q  287 tatgattcataacgggggagaactattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacg 377  Q
    |||||||||||   ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  895463 tatgattcatattagggaagaacttttgtatcctgggaggatatgcgcttatgaggcggataaaatcctcaaggacagtgactatgtcacg 895553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 265 - 387
Target Start/End: Original strand, 44643451 - 44643572
Alignment:
Q  265 gagttgttctgtcaactccgattatgattcataacgggggagaactattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacag 364  Q
    |||||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||| |||||| || |||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||| || || |||||    
T  44643451 gagttgttctgtcatctctggttatgattcatatcggggaagaactgttgtatcctaggaggatatgcgcttatgaggcggatagaat-ctgaaggacag 44643549  T
Q  365 tgactatgtcacgctttaggtta 387  Q
    |||||||||||||| | ||||||    
T  44643550 tgactatgtcacgcctcaggtta 44643572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 315 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 20058172 - 20058100
Alignment:
Q  315 tatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgctttaggtta 387  Q
    |||| ||| |||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  20058172 tatcgtggaaggatacgcgctaatgaggcggataaaatcctcaaggacagtgactatgtcacgcctcaggtta 20058100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 320 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 11914126 - 11914000
Alignment:
Q  320 tgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgctttaggttattgaacggtttaccatgttgcaggtcatctcc 419  Q
    ||||||||||||| |||||||| | |||||| |||| || || | |||||  ||||||| |||||||||| ||||||| || || ||| ||||||||       
T  11914126 tgggaggatatgcacttatgagacggataaa-tccttaaggataatgacttcgtcacgccttaggttatttaacggttgactattttgtaggtcatcgat 11914028  T
Q  420 gttcatgacttcttgtttgtttacttca 447  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||    
T  11914027 gttcatgattttttgtttgtttacttca 11914000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 232 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 31767599 - 31767432
Alignment:
Q  232 ggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcataacgggggagaac-tattatatcctgggaggatat 330  Q
    |||||||||||||| ||||| || |||| |||  ||||||||||||| ||| |||  ||||||||| | ||| ||||| | || |||||| |||||||||    
T  31767599 ggttacatctcctgctatgtttgtgatagattcaagttgttctgtcacctctgatg-tgattcatatcagggaagaacatgttgtatcctaggaggatat 31767501  T
Q  331 gcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgctttaggttattgaacggtttac 400  Q
    | ||||||||||| ||| ||||||| || || ||||| | |||||||| | | |||| | ||||||||||    
T  31767500 gtgcttatgaggcggat-aaatccttaaggatagtgattttgtcacgcctcatgttagttaacggtttac 31767432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 196 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 20058250 - 20058203
Alignment:
Q  196 caattattttctctcatccaagatattgaatttctaggttacatctcc 243  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||    
T  20058250 caattattttctctcatccaaattattgagtttctaggttacatctcc 20058203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 315 - 400
Target Start/End: Original strand, 43287897 - 43287982
Alignment:
Q  315 tatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgctttaggttattgaacggtttac 400  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||  |||||  | | || |||||||||| |||||||| | | |||||| ||||||||||    
T  43287897 tatcctggaaagatatgcgcttatgaggcgaataaatcctttaaggacagtgactttgtcacgcctcatgttattcaacggtttac 43287982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 105; Significance: 3e-52; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 207 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 24981339 - 24981159
Alignment:
Q  207 tctcatccaagatattgaatttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcataacgggggag 306  Q
    |||||||||| ||||||| |||||  ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||| ||    
T  24981339 tctcatccaaaatattgagtttctgtgttacatctcctgatatctttgagataaatttgagttgttctatcatctccggttatgattcataacggggaag 24981240  T
Q  307 aactattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgctttaggtta 387  Q
    |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||  |||||||||||||| | ||||||    
T  24981239 aactgttgtatcctgggaggatatgtgcttatgaggcggataaaatcctcaaggacgctgactatgtcacgcctcaggtta 24981159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 197 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 12141839 - 12141640
Alignment:
Q  197 aattattttctctcatccaagatattgaatttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcat 296  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||| ||| | ||||| |||| ||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| |||   |||||||||||    
T  12141839 aattattttccctcatccaaaatattgagtttttgggttatatcttctgatatctttgatataaatttgagttgttctgtcacctctagttatgattcat 12141740  T
Q  297 aacgggggagaactattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgctttaggttattgaacggt 396  Q
    ||||||| | || | || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||| | ||||||    
T  12141739 aacggggaataattgttgtatcctgggaggatatgcgcttatgaggcggataaaatcctcaaggacagtgactatgtcacgcctcaggttacttaacggt 12141640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 202 - 358
Target Start/End: Original strand, 1953623 - 1953779
Alignment:
Q  202 ttttctctcatccaagatattgaatttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcataacgg 301  Q
    |||||||| |||||| || |||| ||||| ||||||||||||||| || | || ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| |    
T  1953623 ttttctcttatccaaaatgttgagtttctgggttacatctcctgacatctttgtgataaatttgagttgttctgtcacctcccgttatgattcataacag 1953722  T
Q  302 gggagaactattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaa 358  Q
    || |||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1953723 ggaagaactgttgtatcctgggaggatattcgcttatgaggcagataaaatcctcaa 1953779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 202 - 378
Target Start/End: Original strand, 47580330 - 47580508
Alignment:
Q  202 ttttctctcatccaagatattgaatttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcataacgg 301  Q
    ||||||||||||||| || |||| ||||| ||||||||||||||| || | || |||||||||||||| |||||||| ||  | ||||||||||||||||    
T  47580330 ttttctctcatccaaaatgttgagtttctgggttacatctcctgacatctttgtgataaatttgagttcttctgtcatctttggttatgattcataacgg 47580429  T
Q  302 gggagaactattatatcctg--ggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgc 378  Q
    || ||| || || |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  47580430 ggaagacctgttgtatcctggtggaggatattcgcttatgaggcagataaaatcttcaaggacattgactatgtcacgc 47580508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 265 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 4242688 - 4242576
Alignment:
Q  265 gagttgttctgtcaactccgattatgattcataacgggggagaactattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacag 364  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| ||||     
T  4242688 gagttgttctgtcaccttcgattatgattcataacggggaagaacagttgtatcctgggaggatatgcgctcatgagtcggataaaatcctcaaggacaa 4242589  T
Q  365 tgactatgtcacg 377  Q
     || |||||||||    
T  4242588 cgattatgtcacg 4242576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 231 - 453
Target Start/End: Original strand, 43254080 - 43254298
Alignment:
Q  231 aggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcataacgggggagaac-tattatatcctgggaggata 329  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||||||| |||  ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||   ||| ||||| | || |||||||||||||||    
T  43254080 aggttacatctcctgctatctttgagatagattcaagttgttctgtcacctctgat-atgattcatatatgggaagaacatgttgtatcctgggaggata 43254178  T
Q  330 tgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgctttaggttattgaacggtttaccatgttgcaggtcatctccgttcatgact 429  Q
    |||||||||||||| ||  ||||||| || |||||||||| |||||||| | | |||||| |||||||||| |   || |||||||| ||||| ||||      
T  43254179 tgcgcttatgaggc-gaataaatccttaaggacagtgactttgtcacgcctcatgttattcaacggtttactactgtgtaggtcatcaccgttaatga-- 43254275  T
Q  430 tcttgtttgtttacttcaccatta 453  Q
     |||||||||||| |||| |||||    
T  43254276 -cttgtttgtttatttcaacatta 43254298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 218 - 334
Target Start/End: Original strand, 51465448 - 51465562
Alignment:
Q  218 atattgaatttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcataacgggggagaactattatat 317  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||  |||||| || |||    
T  51465448 atattgagtttctgggttacatctcctgatatct--gagataaatttgagttgttctgtaacctccgagtatgattcataacgggaaagaactgttgtat 51465545  T
Q  318 cctgggaggatatgcgc 334  Q
    ||||| || ||||||||    
T  51465546 cctggaagaatatgcgc 51465562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 305 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 9111620 - 9111513
Alignment:
Q  305 agaactattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgctttaggttattgaacggtttaccatg 404  Q
    |||||| || |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | || ||||  ||| |||||| ||     
T  9111620 agaactgttgtatcctgggaagatatgcgcttatgaggcggataaaatcctcaaggacagtgactatgtcacgcctcagattatataacagtttactatt 9111521  T
Q  405 ttgcaggt 412  Q
    ||||||||    
T  9111520 ttgcaggt 9111513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 202 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 38825659 - 38825492
Alignment:
Q  202 ttttctctcatccaagatattgaatttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcataacgg 301  Q
    ||||||||| ||| | |||||||||||   |||||||||| ||| ||| | |||||||||||  |||||||||| || ||  ||| |||||||||| | |    
T  38825659 ttttctctcctcctaaatattgaattttcgggttacatcttctgttatctttgagataaattcaagttgttctgccacctttgat-atgattcatagcag 38825561  T
Q  302 gggagaacta-ttatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgact 369  Q
     | ||||||  || ||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| || ||||||||||    
T  38825560 agaagaacttgttgtatcctgggaggatatgcgtttatgaggaggataaaatccttaaggacagtgact 38825492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 238 - 350
Target Start/End: Original strand, 39197184 - 39197297
Alignment:
Q  238 atctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcataacgg-gggagaactattatatcctgggaggatatgcgctt 336  Q
    |||||||| ||| | ||||||| |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||  || | | ||  | || |||||||| |||||||||||||    
T  39197184 atctcctgttatctttgagatatatttgagttgttctgtcaccttcgactatgattcatattggagagggacttgttgtatcctggtaggatatgcgctt 39197283  T
Q  337 atgaggcagataaa 350  Q
    ||||||||||||||    
T  39197284 atgaggcagataaa 39197297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 218 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 38828853 - 38828693
Alignment:
Q  218 atattgaatttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcataacgggggagaacta-ttata 316  Q
    ||||||||||| | |||||||||| ||  ||| | | |||||||||  |||||||||| |||||| ||| ||||||||||   ||| ||||||  || ||    
T  38828853 atattgaatttttgggttacatcttctcttatcttttagataaattcaagttgttctgccaactctgat-atgattcatagtagggaagaacttgtttta 38828755  T
Q  317 tcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgc 378  Q
    |||||||| |||||| |||||| |||| ||||||||||| || || |||||||  |||||||    
T  38828754 tcctgggaagatatgagcttataaggcggataaaatccttaaggatagtgacttcgtcacgc 38828693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 96; Significance: 7e-47; HSPs: 3)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 196 - 378
Target Start/End: Original strand, 82550 - 82733
Alignment:
Q  196 caattattttctctcatccaagatattgaa-tttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattc 294  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||  ||||| |||| |||||| |||||| | ||||||||||||||| ||||||||||  ||||  |||||||     
T  82550 caatcattttctctcatccaaaatattgaggtttctgggttgcatctcatgatatctttgagataaatttgagatgttctgtcacatccggctatgattt 82649  T
Q  295 ataacgggggagaactattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgc 378  Q
    ||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  82650 ataacggggaagaactgttgtatcctgggaggatatgcgcttatgaggcggataaaatcctcaaggatagtgactatgtcacgc 82733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 133
Target Start/End: Original strand, 86783 - 86900
Alignment:
Q  19 tatggctcatttcccttaatacaaggaa--actcaccacaactctaat--gaatatatccttcttttatttctccaaagaagacacccttaactcactac 114  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||  | |||||| ||||||||||||||||||| || | || ||||||| |||||    
T  86783 tatgcctcatttcccttaatataaggaacaactcaccacaactctcatatgtatatattcttcttttatttctccaaacaaaaaacgcttaact-actac 86881  T
Q  115 aatacatagcaattgccag 133  Q
    |||||| | ||||||||||    
T  86882 aatacacaacaattgccag 86900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 136
Target Start/End: Original strand, 82379 - 82499
Alignment:
Q  19 tatggctcatttcccttaatacaaggaa--actcaccacaactcta--atgaatatatccttcttttatttctccaaagaagacacccttaactcactac 114  Q
    |||| |||||| ||||||||| ||||||  |||||||||||||||   ||| |||||| ||||||||||||||||||| || |  |  |||||| |||||    
T  82379 tatgcctcattgcccttaatataaggaacaactcaccacaactctcgtatgtatatattcttcttttatttctccaaacaaaaatcgtttaact-actac 82477  T
Q  115 aatacatagcaattgccagtac 136  Q
    |||||| |||||||||||||||    
T  82478 aatacacagcaattgccagtac 82499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 93; Significance: 4e-45; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 199 - 387
Target Start/End: Original strand, 18594747 - 18594935
Alignment:
Q  199 ttattttctctcatccaagatattgaatttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcataa 298  Q
    ||||||| ||||||| || ||||||| ||| | |||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| || |  |||||||||||||    
T  18594747 ttattttttctcatctaaaatattgagtttttgggttacatctcctgatatctttgacataaatttgagttgttctgtcaccttcagttatgattcataa 18594846  T
Q  299 cgggggagaactattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgctttaggtta 387  Q
    ||||| |||||| || ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||| | ||||||    
T  18594847 cggggaagaactgttgtatcctgtgagaatatgcgcttatgaggcggataaaatcttcaaggacagtgacaatgtcacgcctcaggtta 18594935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 197 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 26703205 - 26703014
Alignment:
Q  197 aattattttctctcatccaagatattgaatttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcat 296  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||  |||||||||||| |||||| | ||||||||||||||  |||||||||| ||||| || ||||||||    
T  26703205 aattattttctctcatccaaaatattgagtttacaggttacatctcttgatatctgtgagataaatttgaactgttctgtcacctccggttttgattcat 26703106  T
Q  297 aacgggggagaac-tattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgctttaggtta 387  Q
    | | | | ||||| | || |||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | ||||||    
T  26703105 accagagaagaacttgttgtatcttgggaggatatgcgtttatgaggcggataaaatcctcaaggacagtgactaagtcacgcatcaggtta 26703014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 197 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 26972938 - 26972747
Alignment:
Q  197 aattattttctctcatccaagatattgaatttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcat 296  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||  |||||||||||| |||||| | ||||||||||||||  |||||||||| ||||| || ||||||||    
T  26972938 aattattttctctcatccaaaatattgagtttacaggttacatctcttgatatctgtgagataaatttgaactgttctgtcacctccggttttgattcat 26972839  T
Q  297 aacgggggagaac-tattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgctttaggtta 387  Q
    | | | | ||||| | || |||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | ||||||    
T  26972838 accagagaagaacttgttgtatcttgggaggatatgcgtttatgaggcggataaaatcctcaaggacagtgactaagtcacgcatcaggtta 26972747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 196 - 376
Target Start/End: Original strand, 39292035 - 39292208
Alignment:
Q  196 caattattttctctcatccaagatattgaatttctaggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattca 295  Q
    |||||||||||||||||| ||  ||||||  |||| |||||||||||| | ||| | |||||| | ||||||||||| ||||| |       ||||||||    
T  39292035 caattattttctctcatctaaagtattgagcttctgggttacatctccggttatctttgagattattttgagttgttatgtcacc-------atgattca 39292127  T
Q  296 taacgggggagaactattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcac 376  Q
    |||||| | |||||| || ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||||    
T  39292128 taacggagaagaactgttgtattctggaaggatatgcgcttatgaggcggataaaatccttaaggacagtgactatatcac 39292208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 315 - 350
Target Start/End: Original strand, 13292002 - 13292037
Alignment:
Q  315 tatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaa 350  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13292002 tatcctgggaggatatgcgcttatgaggcggataaa 13292037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 2)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 265 - 387
Target Start/End: Original strand, 127699 - 127820
Alignment:
Q  265 gagttgttctgtcaactccgattatgattcataacgggggagaactattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacag 364  Q
    |||||||||||||| ||| ||  |||||||||| | ||| |||||| || |||| |||||||||||||| || |||||| |||||||||||||| |||||    
T  127699 gagttgttctgtcacctctgac-atgattcatatcagggaagaactgttgtatcatgggaggatatgcgtttctgaggcggataaaatcctcaaggacag 127797  T
Q  365 tgactatgtcacgctttaggtta 387  Q
    |||||||||||||| | ||||||    
T  127798 tgactatgtcacgcctcaggtta 127820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 265 - 378
Target Start/End: Original strand, 110120 - 110232
Alignment:
Q  265 gagttgttctgtcaactccgattatgattcataacgggggagaactattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacag 364  Q
    |||||||||||||| ||| ||  |||||||||| | | | |||||| || |||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  110120 gagttgttctgtcacctctgac-atgattcatatcagcgaagaactgttgtatcttgggaggatatgcgtttatgaggcggataaaatcctcaaggacag 110218  T
Q  365 tgactatgtcacgc 378  Q
    ||||||||||||||    
T  110219 tgactatgtcacgc 110232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0076 (Bit Score: 53; Significance: 3e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0076
Description:

Target: scaffold0076; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 266 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 6877 - 6766
Alignment:
Q  266 agttgttctgtcaactccgattatgattcataacgggggagaactattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagt 365  Q
    ||||||||||||| ||| ||| |||||||||| | ||| | |||| || |||| ||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  6877 agttgttctgtcatctctgat-atgattcatatcagggaaaaactgttgtatcatggaaggatatgcacttatgaggcggataaaatcctcaatgacagt 6779  T
Q  366 gactatgtcacgc 378  Q
    |||||||||||||    
T  6778 gactatgtcacgc 6766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 196 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 19930223 - 19930005
Alignment:
Q  196 caattattttctctcatccaagatattgaatttc-taggttacatctcctgatatgtatgagataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattc 294  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||| |||  | |||||||||||||| ||| | ||||||| |||  ||||||||| ||| ||| |||  ||||||    
T  19930223 caattattttctcttatccaaaatattgagttttgtgggttacatctcctgctatctttgagatagattcaagttgttctatcacctctgatg-tgattc 19930125  T
Q  295 ataacgggggagaac-tattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgctttaggttattgaac 393  Q
    ||  | ||| ||||| | || |||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||| |||||| |||||||| | | |||||  |||    
T  19930124 atctcagggaagaacatgttgtatc-tgggaggatatgcgcttatgaggcggat-aaatccttaaggacggtgactttgtcacgcctcatgttatataac 19930027  T
Q  394 ggtttaccatgttgcaggtcat 415  Q
    ||||||| || |||||||||||    
T  19930026 ggtttactattttgcaggtcat 19930005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 255 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 11634300 - 11634196
Alignment:
Q  255 agataaatttgagttgttctgtcaactccgattatgattcataacgggggagaac-tattatatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatc 353  Q
    |||||||||||||||||| ||| | || |  |||||||||||||||||| || || | || ||||||||||||||||||| ||| ||||  |||||||||    
T  11634300 agataaatttgagttgttgtgttacctgcagttatgattcataacggggaaggacatgttgtatcctgggaggatatgcgtttacgaggtggataaaatc 11634201  T
Q  354 ctcaa 358  Q
    |||||    
T  11634200 ctcaa 11634196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 315 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 42253630 - 42253531
Alignment:
Q  315 tatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgctttaggttattgaacggtttaccatgttgcaggtca 414  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| | |||| |||| || |||||||||| |||||||| | | |||||  |||||||||| || ||||||||||    
T  42253630 tatccttggaggatatgcgcttatgaggcgggtaaa-tccttaaggacagtgactttgtcacgcctcatgttatataacggtttactattttgcaggtca 42253532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 315 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 9372280 - 9372196
Alignment:
Q  315 tatcctgggaggatatgcgcttatgaggcagataaaatcctcaaagacagtgactatgtcacgctttaggttattgaacggtttac 400  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||  ||||||| || ||||||||||  |||| || | |||||||| ||||||||||    
T  9372280 tatcctgggacgatatgcgcttatgaggc-gaataaatccttaaggacagtgacttcgtcatgcctcaggttatttaacggtttac 9372196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University