View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11151_low_1 (Length: 774)

Name: NF11151_low_1
Description: NF11151
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11151_low_1
NF11151_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-757)||(44016379-44017135)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 753; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 753; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 757
Target Start/End: Complemental strand, 44017135 - 44016379
Alignment:
Q  1 cacaatcaaaaatggaaaatattagtgttacctctttgttcttttgcttactcttttttagcataacaaagatacaagtaataacttctctttcacctga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44017135 cacaatcaaaaatggaaaatattagtgttacctctttgttcttttgcttactcttttttagcataacaaagatacaagtaataacttctctttcacctga 44017036  T
Q  101 tggacaagcacttctttctcttgcaacatcatcaccttctattctctcttcatggaacccttcaacatcaacaccatgttcatggaaaggcataacttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44017035 tggacaagcacttctttctcttgcaacatcatcaccttctattctctcttcatggaacccttcaacatcaacaccatgttcatggaaaggcataacttgt 44016936  T
Q  201 tcaccacaatctagagtgatttccctttctatccctgatactttcctcaacctcacttctttaccatctcaactatcctctttaacaatgcttcagcttc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44016935 tcaccacaatctagagtgatttccctttctatccctgatactttcctcaacctcacttctttaccatctcaactatcctctttaacaatgcttcagcttc 44016836  T
Q  301 ttaatctctcttcaaccaatctctctggctctatcccaccttcttttggtcaactctcccatcttcaactccttgacctctcctcaaactctctcactgg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44016835 ttaatctctcttcaaccaatctctctggctctatcccaccttcttttggtcaactctcccatcttcaactccttgacctctcctcaaactctctcactgg 44016736  T
Q  401 ttccattcctaatgaacttggaagcctctcttctcttcaattccttttcttaaactcaaacagattaacaggaaccattccacaacaattttcaaatctc 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  44016735 ttccattcctaatgaacttggaagcctctcttctcttcaattccttttcttaaactcaaacagattaacaggaaccattccaaaacaattttcaaatctc 44016636  T
Q  501 acttcacttgaagttctttgtcttcaagacaatcttctcaatggctcaattccttcacaactaggctctttgaaatctcttcaacagtttaggataggtg 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44016635 acttcacttgaagttctttgtcttcaagacaatcttctcaatggctcaattccttcacaactaggctctttgaaatctcttcaacagtttaggataggtg 44016536  T
Q  601 gtaacccttttctcactggagaacttccttcacagttaggactattaaccaacctcaccacatttggtgcagctgcaacttcactttcaggttccattcc 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44016535 gtaacccttttctcactggagaacttccttcacagttaggactattaaccaacctcaccacatttggtgcagctgcaacttcactttcaggttccattcc 44016436  T
Q  701 ctcttcatttggaaacttgatcaatctacaaactctagcactttatgatacagaaat 757  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44016435 ctcttcatttggaaacttgatcaatctacaaactctagcactttatgatacagaaat 44016379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University