View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11152_high_1_N (Length: 605)

Name: NF11152_high_1_N
Description: NF11152
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11152_high_1_N
NF11152_high_1_N
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (29-577)||(36107373-36107922)
chr4 (29-425)||(34971723-34972120)
chr4 (39-413)||(21482272-21482644)
chr4 (29-396)||(36100295-36100663)
chr4 (39-413)||(36090423-36090799)
chr4 (79-255)||(36079831-36080008)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (29-577)||(6838134-6838683)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (29-435)||(8338140-8338547)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 506; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 506; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 36107922 - 36107373
Alignment:
Q  29 cacctagagtaaaacagaccccagatgggaaagcaagcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaaccca 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36107922 cacctagagtaaaacagaccccagatgggaaagcaagcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaaccca 36107823  T
Q  129 tgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaattgaaatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatatgaaaa-ccttcatagtcg 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36107822 tgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaattgagatgaaacatgtcaagtataataaaaggcacatctgatacatatgaaaaaccttcatagtcg 36107723  T
Q  228 tgaccgccacttcgaattctaatttgaacgttgttgcttttggcacatttaattgtttcttggatatgtgaatcatcttttgcagttataattgccaaag 327  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36107722 tgaccgccacttcgaattctaatctgaatgttgttgcttttggcacatttaattgtttcttggatatgcgaatcatcttttgcagttataattgccaaag 36107623  T
Q  328 gtttcggtgttgttgctgttttaaatctcttattttgtattttcatgttgaggatagttgagaatgaggcattgtttggtgtgtaagtaacttcagagac 427  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36107622 gttttggtgttgttgctgttttaaatctcttattttgtattttcatgttgaggatagttgagaatgaggcattgtttggtgtgtaagtaacttcagagac 36107523  T
Q  428 aagggaatgtggaagacaatttagaaaatgttgaataggtgatgttgcagctgttgttgaattaaacaagacaattgttaacgttgccgtgagaaaagac 527  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  36107522 aagggaatgtggaagacaatttagaaaatgttgaataggtgatgttgcagctgttgttgaattaaacaagacaattgttaaggttgccgtgagaaaaaac 36107423  T
Q  528 aatttccccattgtatccatggtatagtagtaaaaatttggtttgctact 577  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  36107422 aatttccccattgtatccatggtatagtagtaacaatttggtttgctact 36107373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 29 - 425
Target Start/End: Original strand, 34971723 - 34972120
Alignment:
Q  29 cacctagagtaaaacagaccccagatgggaaagcaagcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaaccca 128  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||     ||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34971723 cacctacagtaaaacagaccccggatggaaaagcaaaagaattgtttttatttccaattgtataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaaccca 34971822  T
Q  129 tgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaattgaaatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatatga-aaaccttcatagtcg 227  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||     
T  34971823 tgttgttgattcttgtaaattgacatcaactgaattgaggtgaaacatgtcaagtacaataaaaggcacatctgataaatatgataaaccttcatagtca 34971922  T
Q  228 tgaccgccacttcgaattctaatttgaacgttgttgcttttggcacatttaattgtttcttggatatgtgaatcatcttttgcagttataattgccaaag 327  Q
    || || |||||||||||||| || |||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34971923 tgccctccacttcgaattcttatctgaatgttgttacttttggcacatttaattgttgcttggacatgagaaacatcttttgcagttataattgccaaag 34972022  T
Q  328 gtttcggtgttgttgctgttttaaatctcttattttgtattttcatgttgaggatagttgagaatgaggcattgtttggtgtgtaagtaacttcagag 425  Q
    | || || ||||||| || ||||||| |||| ||| ||||| | |  || || || | ||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||    
T  34972023 gctttggggttgttgttgctttaaatatcttgtttagtattcttacatttagtatggctgagaatgaggtattgtttggtgtgtaaatgacttcagag 34972120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 39 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 21482644 - 21482272
Alignment:
Q  39 aaaacagaccccagatgggaaagcaagcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaacccatgctgttgat 138  Q
    |||||| || || ||||||||||||||   |||  |||| ||| ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  21482644 aaaacaaacgccggatgggaaagcaagagagttatttttctttccaatggtataataaagctttccaagtgttgcacctgattcaacccatgctgtttct 21482545  T
Q  139 tcttgtaaattgatatcaactgaattgaaatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatatga-aaaccttcatagtcgtgaccgccac 237  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||    
T  21482544 tcttgtaaattgacatcaactgaattgagatgaagcaagtcaattataacaaaaggcacgtctgatacatatgagaaaccttcaaagtcgtggccgccac 21482445  T
Q  238 ttcgaattctaatttgaacgttgttgcttttggcacatttaattgtttcttggatatgtgaatcatcttttgcagttataattgccaaaggtttcggtgt 337  Q
    |||| ||||| || ||||  ||||| ||||||   |||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21482444 ttcggattctgatctgaattttgttacttttgaggcattgaattgttgcttggacatgagaatcatcttttgcagttataattgccaaaggttttggtgt 21482345  T
Q  338 tgttgctgttttaaatctcttattttgtattttcatgttgaggatagttgagaatgaggcattgtttggtgtgtaa 413  Q
    |||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  21482344 tgt---tgttttaaatctcttgttttgtattttcatgttgaggatggttgagaatgagatattgtttggagtgtaa 21482272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 29 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 36100663 - 36100295
Alignment:
Q  29 cacctagagtaaaacagaccccagatgggaaagcaagcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaaccca 128  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    ||  |||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  36100663 cacctagagaaaaacagaccccagatgggaaagcaagagaattatttttctttgaaatggtataataaatcttaccaagtgttgcaccagcttcaaccca 36100564  T
Q  129 tgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaattgaaatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatatgaaaa-ccttcatagtcg 227  Q
    || ||||   |||||||||||||  |||||||||||||  |||| || ||||| ||||||| ||||||| |||||||  ||||| || |||||||| |||    
T  36100563 tgttgtttcatcttgtaaattgacttcaactgaattgaggtgaagcaagtcaattataacataaggcacgtctgataagtatgagaagccttcataatcg 36100464  T
Q  228 tgaccgccacttcgaattctaatttgaacgttgttgcttttggcacatttaattgtttcttggatatgtgaatcatcttttgcagttataattgccaaag 327  Q
    || ||||||||||| ||||| | ||| | ||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  36100463 tggccgccacttcggattcttaattggaagttgttgattttggcacatttaattgttgtttggacatgagaatcatcttttggagttataattgctaaag 36100364  T
Q  328 gtttcggtgttgttgctgttttaaatctcttattttgtattttcatgttgaggatagttgagaatgagg 396  Q
     ||| |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||||||||    
T  36100363 cttttggtgatgttgctgttttaaatctcttgttatgtattttcatatttaggatggttgagaatgagg 36100295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 39 - 413
Target Start/End: Original strand, 36090423 - 36090799
Alignment:
Q  39 aaaacagaccccagatgggaaagcaagcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaacccatgctgttgat 138  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||   |||  ||||  |||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||  |    
T  36090423 aaaacataccccagatgggaaagcaagggagttatttttcattgcaatcgtataataaatcttaccaagtattgcacctgattcaacccatgcagtttct 36090522  T
Q  139 tcttgtaaattgatatcaactgaattgaaatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatatga-aaaccttcatagtcgtgaccgccac 237  Q
    |||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||||| ||||||  |||||||||| ||| |||||||| || || || |||||||    
T  36090523 tcttctaaattgacatcaattgaattgagatgaagcaagtcaattataacataaggcatgtctgatacatttgataaaccttcgtaatcatgtccgccac 36090622  T
Q  238 ttcgaattctaatttgaacgttgttgcttttggcacatttaattgtttcttggatatgtgaatcatcttttgcagttataattgccaaaggtttcggtg- 336  Q
    |||||||||| || |||| |||||| ||||| |||||||||| |||| |||||| ||| |||  ||| ||| | ||||||||||||||||||||  |||     
T  36090623 ttcgaattctgatctgaatgttgttacttttagcacatttaactgttacttggacatgggaactatcctttactgttataattgccaaaggttttagtgt 36090722  T
Q  337 ttgttgctgttttaaatctcttattttgtattttcatgttgaggatagttgagaatgaggcattgtttggtgtgtaa 413  Q
    ||||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||| ||| ||| |||||||||  |||||| | ||||||    
T  36090723 ttgttgctgttttgaatctcttgtaatgtattttcatgttgaagatggttaagaatgaggtgttgttttgagtgtaa 36090799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 79 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 36080008 - 36079831
Alignment:
Q  79 tttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaacccatgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaattgaaatgaaacatgt 178  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   | ||  |  |  |||||||||||||    |||||||||||    
T  36080008 tttgcaatgtaataataaaccttaccaagtgttgcacctgcttcaacccatgctgttccgttttcaacgtcaatatcaactgaatcatgatgaaacatgt 36079909  T
Q  179 caagtataacaaaaggcacatctgatacatatgaaa-accttcatagtcgtgaccgccacttcgaattctaatttgaa 255  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||  |||||| | || || || || ||||| |||||||||||||    
T  36079908 caagtataataaaaggaacatctgatacatatgaaaggccttcacaatcatggccaccgcttcggattctaatttgaa 36079831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 414; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 6838683 - 6838134
Alignment:
Q  29 cacctagagtaaaacagaccccagatgggaaagcaagcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaaccca 128  Q
    |||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6838683 cacctacagtaaagcacaccccagatgggaaagcaagcttgttgcttttctttgcaatggtataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaaccca 6838584  T
Q  129 tgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaattgaaatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatatgaa-aaccttcatagtcg 227  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6838583 tgctgttgattcttgtaaattgacatcaacagaattgagatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatatgaacaaccttcatagtcg 6838484  T
Q  228 tgaccgccacttcgaattctaatttgaacgttgttgcttttggcacatttaattgtttcttggatatgtgaatcatcttttgcagttataattgccaaag 327  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  6838483 tgaccaccacttcgaattctaatctgaatgttgttgcttttggcacatttaactgtttcttggacatgagaatcatcttttacagttataattgccaaag 6838384  T
Q  328 gtttcggtgttgttgctgttttaaatctcttattttgtattttcatgttgaggatagttgagaatgaggcattgtttggtgtgtaagtaacttcagagac 427  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6838383 gcttcggtgttgttgctgttttaaatctcttattttgtatttttatgttgaggatagttgagaatgaggtgttgtttggtgtgtaagtaacttcagagac 6838284  T
Q  428 aagggaatgtggaagacaatttagaaaatgttgaataggtgatgttgcagctgttgttgaattaaacaagacaattgttaacgttgccgtgagaaaagac 527  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | |||||| ||    
T  6838283 aagggaatgtgaaagacaatttataaaatgttgaataggtgattttgctgttgttgttgaattagacaagacaattgttaaggttgccataagaaaacac 6838184  T
Q  528 aatttccccattgtatccatggtatagtagtaaaaatttggtttgctact 577  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6838183 aatttccaaattgtatccatggtatagtagtaacaatttggtttgctact 6838134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 180; Significance: 7e-97; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 7e-97
Query Start/End: Original strand, 29 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 8338547 - 8338140
Alignment:
Q  29 cacctagagtaaaacagaccccagatgggaaagcaagcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaaccca 128  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||    ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||    
T  8338547 cacctagtgtagaacagaccccagacgggaaagcaagagaattgtttttctttgcaatggtataataaatcttaccgattgttgcaccagattcaaccca 8338448  T
Q  129 tgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaattgaaatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatatgaaaa-ccttcatagtcg 227  Q
    ||| |||   ||||||||||||| ||||||||||||||  |||| || ||||| |||||||||||  |  |||||||| || || || ||||| ||||||    
T  8338447 tgcagtttcatcttgtaaattgagatcaactgaattgaggtgaagcaggtcaattataacaaaagatatgtctgatacgtaagagaagccttcgtagtcg 8338348  T
Q  228 tgaccgccacttcgaattctaatttgaacgttgttgcttttggcacatttaattgtttcttggatatgtgaatcatcttttgcagttataattgccaaag 327  Q
    || ||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8338347 tggccgccacttcgaattcttatctgaatattgttgcttttggcacatttaattgttgcttggacatgagaagcatcttttgcagttataattgccaaag 8338248  T
Q  328 gtttcggtgttgttgctgttttaaatctcttattttgtattttcatgttgaggatagttgagaatgaggcattgtttggtgtgtaagtaacttcagagac 427  Q
     ||| |||||||||  ||||| ||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||| | ||||||||||     
T  8338247 attttggtgttgtttttgtttcaaatctcttgttatgtattttcatgtttaggatggttgagaatgaggtgttgtttggtgtgtaaatgacttcagagat 8338148  T
Q  428 aagggaat 435  Q
    | ||||||    
T  8338147 aggggaat 8338140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University