View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11152_low_3 (Length: 643)

Name: NF11152_low_3
Description: NF11152
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11152_low_3
NF11152_low_3
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (19-627)||(44114714-44115316)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (22-627)||(50017211-50017804)
chr4 (144-460)||(18855087-18855403)
chr4 (144-470)||(18843616-18843942)
chr4 (51-85)||(18854988-18855022)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (53-464)||(51304000-51304417)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 554; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 554; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 627
Target Start/End: Original strand, 44114714 - 44115316
Alignment:
Q  19 atatatatataaataagcaatgacaggaagacttacctcaaacggacttcctctttaagagaatctttggcatgatcagttgtagtaactaagaatggta 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44114714 atatatatataaataagcaatgacaggaagacttacctcaaacggacttcctctctaagagaatctttggcatgatcagttgtagtaactaagaatggta 44114813  T
Q  119 actttgcattgacagaatttaaaagttgaacatcattagcagcaatctcgatgaagccggttttgatcttgttgttgattgattgatttggacgaggcct 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44114814 actttgcattgacagaatttaaaagttgaacatcattagcagcaatctcgatgaagccggttttgatcttgttgttgattgattgatttggacgaggcct 44114913  T
Q  219 aacaatgccttgaattgcaaccacgtactccaatctaaggttattgataaaagaatgggcaacaggaaattcatctggaagtgttgtaacctgaacaatg 318  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44114914 aacaatgccttgaatggcaaccacgtactccaatctaaggttattgatagcagaatgtgcaacaggaaattcatctggaagtgttgtaacctgaacaatg 44115013  T
Q  319 ccggtatggtctctaagattgagaaaagtgagtccaccgtggagtctgtgaagtgcaacccagccacaaagacgaactgttttgccgatatcgttggaag 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44115014 ccggtatggtctctaagattgagaaaagtgagtccaccatggagtctgtgaagtgcaacccagccacaaagacgaactgttttgccgatatcgttggaag 44115113  T
Q  419 ataattcgccgcaatgatgagttcttgaaacccattgaagggattcgttgagtgtttctgtttcagaaggaagtggttgttgctgttgtattgaagcaga 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44115114 ataattcgccgcaatgatgagttcttgaaacccattgaaggggttcgttgagtgtttctgtttcagaaggaagtggttgttgctgttgtattgaagcaga 44115213  T
Q  519 aacagaagaaagggttctggttctggttctggttctggttgtggaaattaaagttggaatggttttggaaagtctagagagaaagaaaatcgatggggtc 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44115214 aacagaagaaagggttctggttctggttctggttc------tggaaattaaagttggaatggttttggaaagtctagagagaaagaaaattgatggggtc 44115307  T
Q  619 cgtcgaagg 627  Q
    |||||||||    
T  44115308 cgtcgaagg 44115316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 533; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 533; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 627
Target Start/End: Original strand, 50017211 - 50017804
Alignment:
Q  22 tatatataaataagcaatgacaggaagacttacctcaaacggacttcctctttaagagaatctttggcatgatcagttgtagtaactaagaatggtaact 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50017211 tatatataaataagcaatgacaggaagacttacctcaaacggacttcctctctaagagaatctttggcatgatcagttgtagtaactaagaatggtaact 50017310  T
Q  122 ttgcattgacagaatttaaaagttgaacatcattagcagcaatctcgatgaagccggttttgatcttgttgttgattgattgatttggacgaggcctaac 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50017311 ttgcattgacagaatttaaaagttgaacatcattagcagcaatctcgatgaagccggttttgatcttgttgttgattgattgatttggacgaggcctaac 50017410  T
Q  222 aatgccttgaattgcaaccacgtactccaatctaaggttattgataaaagaatgggcaacaggaaattcatctggaagtgttgtaacctgaacaatgccg 321  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  50017411 aatgccttgaatggcaaccacgtactccaatctaaggttattgatagcagaatgggcaacaggaaattcatctggaagtgttgtaacctgaacaatgcct 50017510  T
Q  322 gtatggtctctaagattgagaaaagtgagtccaccgtggagtctgtgaagtgcaacccagccacaaagacgaactgttttgccgatatcgttggaagata 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  50017511 gtatggtctctaagattgagaaaagtgagtccaccgtggagtctgtgaagtgcaacccagccacaaagacgaaccgttttgccgacatcgttggaagata 50017610  T
Q  422 attcgccgcaatgatgagttcttgaaacccattgaagggattcgttgagtgtttctgtttcagaaggaagtggttgttgctgttgtattgaagcagaaac 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50017611 attcgccgcaatgatgagttcttgaaacccattgaagggattcgttgagtgtttctgtttcagaaggaagtggttgttgctgttgtattgaagcagaaac 50017710  T
Q  522 agaagaaagggttctggttctggttctggttctggttgtggaaattaaagttggaatggttttggaaagtctagagagaaagaaaatcgatggggtccgt 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  50017711 agaagaaagggttctggttctggttc------------tggaaattaaagttggaatggttttggaaagtctagagagaaagaaaattgatggggtccgt 50017798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 144 - 460
Target Start/End: Original strand, 18855087 - 18855403
Alignment:
Q  144 ttgaacatcattagcagcaatctcgatgaagccggttttgatcttgttgttgattgattgatttggacgaggcctaacaatgccttgaattgcaaccacg 243  Q
    |||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||| || ||||||||  |||||||| | ||||||     
T  18855087 ttgaacctcatttgcagcaacctcgatgaagccggttttcatcttgttgttgattgattgggttggacaagacctaacaacaccttgaatggtaaccaca 18855186  T
Q  244 tactccaatctaaggttattgataaaagaatgggcaacaggaaattcatctggaagtgttgtaacctgaacaatgccggtatggtctctaagattgagaa 343  Q
    |||||   ||| ||||||||| ||  |||||| || || |||||||||| | || ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  18855187 tactcgcgtcttaggttattgttagcagaatgtgcgactggaaattcatttagatgtgttgtaacctgaataatgccggtgtggtctctaagaatgagaa 18855286  T
Q  344 aagtgagtccaccgtggagtctgtgaagtgcaacccagccacaaagacgaactgttttgccgatatcgttggaagataattcgccgcaatgatgagttct 443  Q
    | | || | |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||    
T  18855287 aggcgacttcaccgtggcgtctgtgaagtgcaacccaaccacaaagacgaacggttttgccgacatcgttcgaagataattcaccgcaatggtgagtcct 18855386  T
Q  444 tgaaacccattgaaggg 460  Q
    ||||| |||||| ||||    
T  18855387 tgaaatccattggaggg 18855403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 144 - 470
Target Start/End: Original strand, 18843616 - 18843942
Alignment:
Q  144 ttgaacatcattagcagcaatctcgatgaagccggttttgatcttgttgttgattgattgatttggacgaggcctaacaatgccttgaattgcaaccacg 243  Q
    |||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||| ||| ||||     
T  18843616 ttgaacctcatttgcagcaacctcgatgaagccggttttcatctcgtagttgattgattgagttgaacgagacctaacaacgccttgaatggcagccaca 18843715  T
Q  244 tactccaatctaaggttattgataaaagaatgggcaacaggaaattcatctggaagtgttgtaacctgaacaatgccggtatggtctctaagattgagaa 343  Q
    |||||   ||| ||||| ||| ||  |||||| || || |||||||||||| || ||||  ||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  18843716 tactcgcgtcttaggtttttgttagcagaatgtgcgactggaaattcatctagacgtgtcttaacctgaataatgccggtctggtctctaagaatgagaa 18843815  T
Q  344 aagtgagtccaccgtggagtctgtgaagtgcaacccagccacaaagacgaactgttttgccgatatcgttggaagataattcgccgcaatgatgagttct 443  Q
    | | || ||||||| ||  |||||||||| || |||| |||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  18843816 aggcgactccaccgaggcttctgtgaagttcagcccaaccacaaagacgaacggttttaccgacatcgttggaagataattcgccgcaatgatgagtcct 18843915  T
Q  444 tgaaacccattgaagggattcgttgag 470  Q
    ||||| |||||| ||||||| ||||||    
T  18843916 tgaaatccattggagggattggttgag 18843942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 51 - 85
Target Start/End: Original strand, 18854988 - 18855022
Alignment:
Q  51 ttacctcaaacggacttcctctttaagagaatctt 85  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18854988 ttacctcaaacggatttcctctttaagagaatctt 18855022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 163; Significance: 1e-86; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 53 - 464
Target Start/End: Original strand, 51304000 - 51304417
Alignment:
Q  53 acctcaaacggacttcctctttaagagaatctttggcatgatcagt------tgtagtaactaagaatggtaactttgcattgacagaatttaaaagttg 146  Q
    |||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||        ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||    
T  51304000 acctcaaaagggtttcctctttaagagaatctttggcatgatcatcatcatgtgtggtaactaagaatggtaactttgcattgacagagtttaacacttg 51304099  T
Q  147 aacatcattagcagcaatctcgatgaagccggttttgatcttgttgttgattgattgatttggacgaggcctaacaatgccttgaattgcaaccacgtac 246  Q
    ||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||| || |||||| ||||||||  |||||||| ||||| || |||    
T  51304100 aacctcatttgcaacaatttcgatgaagccggttttcatgttgttgtggattgattgaattagacgagacctaacaacaccttgaatggcaacgacatac 51304199  T
Q  247 tccaatctaaggttattgataaaagaatgggcaacaggaaattcatctggaagtgttgtaacctgaacaatgccggtatggtctctaagattgagaaaag 346  Q
    || | ||| | |||||||| |  | |||| ||  | ||||||||||  | ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  51304200 tcgagtcttacgttattgagagcataatgtgcggctggaaattcatgagtaagtgttttaacctgaataatgccggtatggtctctaagattgagaaagg 51304299  T
Q  347 tgagtccaccgtggagtctgtgaagtgcaacccagccacaaagacgaactgttttgccgatatcgttggaagataattcgccgcaatgatgagttcttga 446  Q
     |||||||||||||  || ||||  ||||||||||||||| || |||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||  |||||| |||||    
T  51304300 cgagtccaccgtgggatcggtgatatgcaacccagccacagaggcgaactgtttcgccgacattgttggaagataattcgccgcaaaaatgagtccttga 51304399  T
Q  447 aacccattgaagggattc 464  Q
    || ||||| |||||||||    
T  51304400 aatccattcaagggattc 51304417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University