View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11160_low_8 (Length: 464)

Name: NF11160_low_8
Description: NF11160
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11160_low_8
NF11160_low_8
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (11-440)||(2368885-2369314)
chr6 (11-405)||(2363139-2363533)
chr6 (11-373)||(2351508-2351870)
chr6 (13-406)||(2307376-2307769)
chr6 (66-406)||(2340110-2340450)
chr6 (66-319)||(2261160-2261413)
chr6 (26-403)||(2357839-2358216)
chr6 (73-235)||(14711303-14711465)
chr6 (97-235)||(14753374-14753512)
chr6 (97-206)||(2297361-2297470)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (24-422)||(4305850-4306248)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (11-381)||(5804059-5804429)
[»] scaffold0408 (1 HSPs)
scaffold0408 (106-235)||(560-689)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 378; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 378; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 440
Target Start/End: Original strand, 2368885 - 2369314
Alignment:
11 cagagaattgcagtttaggtggatatgatgtaagaaaaggaacacggttaattttaaatctttggaagattcacactgatccaaatgtttggtcagatcc 110  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
2368885 cagagaattgcaatttagatggatatgatgtaagaaaaggaacacggttaattttgaatcttagaaagattcacactgatccaaatatttggtcaaatcc 2368984  T
111 attggaattcaaaccagagcggtttcttactacccataaagatgttgatgttagaggtaatcattttgagctattaccatttggaggtggtagaagaatt 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
2368985 attggaattcaaaccagagcggtttcttactacccataaagacgttgatgttagaggtcatcattttgagctattaccatttggaggtggtagaaggatt 2369084  T
211 tgcccaggaatgtcatttggccttcaaatggtgcatttaactttggctagttttttgcattcctttgaaatcgtaaatccatcaagtgaacctattgata 310  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
2369085 tgccctggaatgtcatttggccttcaaatggtgcatttaactttggctagttttttgcattcctttgaaatcttaaatccatcaagtgaacctattgata 2369184  T
311 tgactgaaacttttggattaaccaacaccaaaacaactcctcttgagattcttattaagccacgtttgtcttcgaattgctatgaaattatgtgatctgt 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
2369185 tgactgaaacttttggattaaccaacaccaaaacaactcctcttgagattcttattaagccacgtttgtcttcgaattgctatgaaattatgtgatctct 2369284  T
411 gtgctagctttataatactttgtaatttgt 440  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
2369285 gtgctagctttataatactttgtaatttgt 2369314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 11 - 405
Target Start/End: Original strand, 2363139 - 2363533
Alignment:
11 cagagaattgcagtttaggtggatatgatgtaagaaaaggaacacggttaattttaaatctttggaagattcacactgatccaaatgtttggtcagatcc 110  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
2363139 cagagaattgtaatttaggtggatatgatgtaagaaatggaacacgattaattttgaatctttggaagattcacactgatcctaatgtttggtcagatcc 2363238  T
111 attggaattcaaaccagagcggtttcttactacccataaagatgttgatgttagaggtaatcattttgagctattaccatttggaggtggtagaagaatt 210  Q
    ||| | ||||||||| ||| |||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
2363239 attagtattcaaaccggagaggtttcttacaacgcataaagatattgattttagaggtaatcattttgagctattaccatttggaggtggtagaaggatt 2363338  T
211 tgcccaggaatgtcatttggccttcaaatggtgcatttaactttggctagttttttgcattcctttgaaatcgtaaatccatcaagtgaacctattgata 310  Q
    || || ||||| ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
2363339 tgtcccggaatatcattagggcttcaaatgctgcatttaactttggctagttttttgcattcctttgaaatcttaaatccatcaagtgaacctattgata 2363438  T
311 tgactgaaacttttggattaaccaacaccaaaacaactcctcttgagattcttattaagccacgtttgtcttcgaattgctatgaaattatgtga 405  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
2363439 tgaatgaaacttttggattaagcaacaccaaaacaactcctcttgagattcttataaagccacgtttgtcttcgaattgttatgaaattatgtga 2363533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 11 - 373
Target Start/End: Original strand, 2351508 - 2351870
Alignment:
11 cagagaattgcagtttaggtggatatgatgtaagaaaaggaacacggttaattttaaatctttggaagattcacactgatccaaatgtttggtcagatcc 110  Q
    |||||||||||| | | ||||| ||  |||| ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||    
2351508 cagagaattgcactattggtggttaccatgttagaaaaggaactcggttaatgctaaatctttggaagattcaaactgatcctagtgtttggtcagatcc 2351607  T
111 attggaattcaaaccagagcggtttcttactacccataaagatgttgatgttagaggtaatcattttgagctattaccatttggaggtggtagaagaatt 210  Q
    ||| || |||||||||||  |||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||| |      
2351608 attagagttcaaaccagaaaggtttcttaccactcataaagttgttgatgttagaggtaatcattttgaactactaccatttggaagtggtagaaggaag 2351707  T
211 tgcccaggaatgtcatttggccttcaaatggtgcatttaactttggctagttttttgcattcctttgaaatcgtaaatccatcaagtgaacctattgata 310  Q
    || || | ||| || ||||| |||||||| |||||||| ||| | || |||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||   | || | ||||||    
2351708 tgtcctgcaatatcttttggacttcaaattgtgcatttcactctagcaagttttttgcattcctttgatatcttaaatccaacacccggacttgttgata 2351807  T
311 tgactgaaacttttggattaaccaacaccaaaacaactcctcttgagattcttattaagccac 373  Q
    ||||||||   ||||||||| | ||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||| ||||    
2351808 tgactgaagaatttggattagcaaacaccaaagctactccacttgagattctcattaaaccac 2351870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 13 - 406
Target Start/End: Original strand, 2307376 - 2307769
Alignment:
13 gagaattgcagtttaggtggatatgatgtaagaaaaggaacacggttaattttaaatctttggaagattcacactgatccaaatgtttggtcagatccat 112  Q
    |||||||| | |||||| || ||| |||| | ||| ||||| || |||||   ||||||||||| |||| |||| ||||| ||| ||||| |||||||||    
2307376 gagaattgtactttaggaggttatcatgttataaagggaactcgattaatcacaaatctttggaggattaacacggatcctaatatttggccagatccat 2307475  T
113 tggaattcaaaccagagcggtttcttactacccataaagatgttgatgttagaggtaatcattttgagctattaccatttggaggtggtagaagaatttg 212  Q
    | || |||||||||||  | |||||||| || |||||||||||||||||||| |||| | |||||| |||||| ||||||||| |||||||||| || ||    
2307476 tagagttcaaaccagaaagatttcttaccactcataaagatgttgatgttaggggtagtaattttgtgctattgccatttggaagtggtagaaggatatg 2307575  T
213 cccaggaatgtcatttggccttcaaatggtgcatttaactttggctagttttttgcattcctttgaaatcgtaaatccatcaagtgaacctattgatatg 312  Q
    ||| ||||| ||| |||| ||||||||| ||||||| | | | ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |   ||||| | ||||||||    
2307576 ccctggaatatcacttggacttcaaatgctgcatttcattctagctagttttttgcattcctttgatatcttaaatccaacccctgaacttgttgatatg 2307675  T
313 actgaaacttttggattaaccaacaccaaaacaactcctcttgagattcttattaagccacgtttgtcttcgaattgctatgaaattatgtgat 406  Q
    | |||| | ||||||||||| ||||| ||| | ||||||||| ||||||| ||||| |||| |||||||   ||||| |||||||| |||||||    
2307676 agtgaatcctttggattaacaaacactaaagctactcctcttaagattctcattaaaccacatttgtctatcaattgttatgaaatcatgtgat 2307769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 66 - 406
Target Start/End: Original strand, 2340110 - 2340450
Alignment:
66 aaatctttggaagattcacactgatccaaatgtttggtcagatccattggaattcaaaccagagcggtttcttactacccataaagatgttgatgttaga 165  Q
    |||||||||||||||||| || ||||| | ||||||| |||||||||| || |||||||||||  ||||| |||| || ||||||| |||||||||||||    
2340110 aaatctttggaagattcaaacagatcctagtgtttggccagatccattagagttcaaaccagaaaggttttttaccactcataaagctgttgatgttaga 2340209  T
166 ggtaatcattttgagctattaccatttggaggtggtagaagaatttgcccaggaatgtcatttggccttcaaatggtgcatttaactttggctagttttt 265  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |  || || ||||| || ||||| ||||||||| ||||||| ||  | ||||||||||    
2340210 ggtaatcattttgaactattaccatttggaagtggtagaaggaaatgtcctggaatatcgtttggacttcaaatgctgcatttcaccctagctagttttt 2340309  T
266 tgcattcctttgaaatcgtaaatccatcaagtgaacctattgatatgactgaaacttttggattaaccaacaccaaaacaactcctcttgagattcttat 365  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||| ||  |||  || ||||||||| |||| | ||||||| ||| ||  ||||| | ||||| ||||||||||| ||    
2340310 tgcattcctttgatatcttaaatccaacacctgatgctgttgatatgagtgaagcctttggatcaacgaattccaaagctactccacttgagattctcat 2340409  T
366 taagccacgtttgtcttcgaattgctatgaaattatgtgat 406  Q
    ||| ||||||||||||   ||||| |||||  |||||||||    
2340410 taaaccacgtttgtctcacaattgttatgagtttatgtgat 2340450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 66 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 2261413 - 2261160
Alignment:
66 aaatctttggaagattcacactgatccaaatgtttggtcagatccattggaattcaaaccagagcggtttcttactacccataaagatgttgatgttaga 165  Q
    |||||||||||| ||||| || ||||||| | ||||| |||||||||| || |||||||||||  | |||||||| || || ||| |||||||||  |      
2261413 aaatctttggaaaattcaaaccgatccaagtatttggccagatccattagagttcaaaccagaaagatttcttaccactcacaaaaatgttgatgccaag 2261314  T
166 ggtaatcattttgagctattaccatttggaggtggtagaagaatttgcccaggaatgtcatttggccttcaaatggtgcatttaactttggctagttttt 265  Q
    ||| | ||||||||| | |||||||||||| |||||||||| || || |||||||| || ||||| ||||| ||| | |||||||||||||||| |||||    
2261313 ggtcaacattttgagttgttaccatttggaagtggtagaaggatatgtccaggaatatcttttggtcttcatatgattcatttaactttggctaattttt 2261214  T
266 tgcattcctttgaaatcgtaaatccatcaagtgaacctattgatatgactgaaa 319  Q
    | || ||||||||||| ||||||  ||| ||||||||| |||||||||||||||    
2261213 tacactcctttgaaattgtaaatggatctagtgaacctgttgatatgactgaaa 2261160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 26 - 403
Target Start/End: Original strand, 2357839 - 2358216
Alignment:
26 taggtggatatgatgtaagaaaaggaacacggttaattttaaatctttggaagattcacactgatccaaatgtttggtcagatccattggaattcaaacc 125  Q
    ||||||| |||||||| | ||||||||| ||  |||| |||||||||||||| || || || || |  ||||||||||| ||||||||  | || |||||    
2357839 taggtggttatgatgtcataaaaggaactcgactaatcttaaatctttggaaaatccaaacagaccataatgtttggtcggatccattaaagtttaaacc 2357938  T
126 agagcggtttcttactacccataaagatgttgatgttagaggtaatcattttgagctattaccatttggaggtggtagaagaatttgcccaggaatgtca 225  Q
    |||  | |||||||  ||  ||||||||||||||||| ||||   ||| |||||| | |||||||||||| |||||||||| ||||| || | ||| ||     
2357939 agaaagatttcttaacacttataaagatgttgatgttcgagggtgtcactttgagttgttaccatttggaagtggtagaaggatttgtcctgaaatatct 2358038  T
226 tttggccttcaaatggtgcatttaactttggctagttttttgcattcctttgaaatcgtaaatccatcaagtgaacctattgatatgactgaaacttttg 325  Q
    ||||| ||  ||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| |  || |||| ||||| |||||||||||||| |||   ||||    
2358039 tttggactagaaatgatgcatttaattttggctaattttttgcattcatttgaaatcttgtattcatcgagtgagcctattgatatgacagaagtctttg 2358138  T
326 gattaaccaacaccaaaacaactcctcttgagattcttattaagccacgtttgtcttcgaattgctatgaaattatgt 403  Q
    |||| ||   | ||||| | || || |||||||||||  |||| ||| ||||||||   |||||||| |||| |||||    
2358139 gattgacggtctccaaagctaccccacttgagattctggttaaaccatgtttgtctgttaattgctacgaaactatgt 2358216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 73 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 14711465 - 14711303
Alignment:
73 tggaagattcacactgatccaaatgtttggtcagatccattggaattcaaaccagagcggtttcttactacccataaagatgttgatgttagaggtaatc 172  Q
    |||||||| || |||||||| | ||||||| | ||||||||||| |||||||| ||| | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
14711465 tggaagatccaaactgatcctagtgtttggccggatccattggagttcaaacctgagagatttcttacaactcataaagatgttgatgttagaggtaatc 14711366  T
173 attttgagctattaccatttggaggtggtagaagaatttgcccaggaatgtcatttggccttc 235  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||| ||||| || || || ||||| || |||| |||||    
14711365 attttgagcttttaccatttggaagtggaagaaggatgtgtcctggaatatcctttgcccttc 14711303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 97 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 14753512 - 14753374
Alignment:
97 gtttggtcagatccattggaattcaaaccagagcggtttcttactacccataaagatgttgatgttagaggtaatcattttgagctattaccatttggag 196  Q
    |||||| | ||||||||||| ||||| || | | | |||||||| || |||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| | ||||||||||||     
14753512 gtttggccggatccattggagttcaagcctgggagatttcttacaactcataaagatgttgatgttaagggtcatcattttgagtttttaccatttggaa 14753413  T
197 gtggtagaagaatttgcccaggaatgtcatttggccttc 235  Q
    |||| ||||| ||||| || ||||| || ||||||||||    
14753412 gtggaagaaggatttgtcctggaatatcctttggccttc 14753374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 97 - 206
Target Start/End: Original strand, 2297361 - 2297470
Alignment:
97 gtttggtcagatccattggaattcaaaccagagcggtttcttactacccataaagatgttgatgttagaggtaatcattttgagctattaccatttggag 196  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||  |||||||||| ||  | |||||||||||| || | ||| |  |||||||| | || |||||||||     
2297361 gtttggtcagatccattagaatttaaacctgaaaggtttcttaccactaacaaagatgttgatcttgggggtcaaaattttgagttgttgccatttggaa 2297460  T
197 gtggtagaag 206  Q
    |||| |||||    
2297461 gtggaagaag 2297470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 163; Significance: 7e-87; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 24 - 422
Target Start/End: Original strand, 4305850 - 4306248
Alignment:
24 tttaggtggatatgatgtaagaaaaggaacacggttaattttaaatctttggaagattcacactgatccaaatgtttggtcagatccattggaattcaaa 123  Q
    ||||||||| |||||||| | |||||||||  |  ||||  | ||||| |||||||| || |||||||| || ||||||| ||| || || || ||||||    
4305850 tttaggtggttatgatgtcaaaaaaggaactagactaatcatgaatctatggaagatccatactgatcctaaggtttggttagaacctttagagttcaaa 4305949  T
124 ccagagcggtttcttactacccataaagatgttgatgttagaggtaatcattttgagctattaccatttggaggtggtagaagaatttgcccaggaatgt 223  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||  ||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |    
4305950 ccagaacggtttcttactactcataaaggtgttgatgttaagggtcatcattttgagttattaccatttggaagtggtagaaggatttgtccaggaatat 4306049  T
224 catttggccttcaaatggtgcatttaactttggctagttttttgcattcctttgaaatcgtaaatccatcaagtgaacctattgatatgactgaaacttt 323  Q
    | | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||  |||||  |||||||||||||||||||||| ||||    
4306050 cttatggccttcaaatggtgcatttatctttggctagttttttgcattcctttgaaatctcaaaggcatcagctgaacctattgatatgactgaagcttt 4306149  T
324 tggattaaccaacaccaaaacaactcctcttgagattcttattaagccacgtttgtcttcgaattgctatgaaattatgtgatctgtgtgctagcttta 422  Q
    |||| | ||||||  |||  ||||||| || ||||||||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||  ||| |||||| |||  ||||||||    
4306150 tggaatcaccaaccacaaggcaactccactagagattcttattaagcctcgtttgccttctaattgttatgaagctatatgatctttgtattagcttta 4306248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 123; Significance: 5e-63; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 11 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 5804429 - 5804059
Alignment:
11 cagagaattgcagtttaggtggatatgatgtaagaaaaggaacacggttaattttaaatctttggaagattcacactgatccaaatgtttggtcagatcc 110  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||| |||| | ||||||||| || |||||   ||||||||||||||| || || ||||  | ||||||| || ||||    
5804429 cagagaattgcactttaggtggttatcatgttacaaaaggaactcgattaatcacaaatctttggaagatccaaacagatcttagtgtttggccaaatcc 5804330  T
111 attggaattcaaaccagagcggtttcttactacccataaagatgttgatgttagaggtaatcattttgagctattaccatttggaggtggtagaagaatt 210  Q
    ||| || || || |||||  |||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||  |||||||||| |||||||||| |      
5804329 attagattttaagccagaaaggtttcttacaactcataaagatattgatgttaggggtaatcattttgaactacaaccatttggaagtggtagaaggaaa 5804230  T
211 tgcccaggaatgtcatttggccttcaaatggtgcatttaactttggctagttttttgcattcctttgaaatcgtaaatccatcaagtgaacctattgata 310  Q
    || || ||||| |  ||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||  ||||| ||||||||    
5804229 tgtcctggaatatgttttggacttcaaatggtgcattttactctagctagttttttgcattcctttgatatcttaaatccaacacctgaacttattgata 5804130  T
311 tgactgaaacttttggattaaccaacaccaaaacaactcctcttgagattcttattaagccacgtttgtct 381  Q
    ||||||||   ||||||||||| || | |||| | ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||    
5804129 tgactgaagaatttggattaacaaatagcaaagctactccacttgaaattctcattaaaccacgtttgtct 5804059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0408 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0408
Description:

Target: scaffold0408; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 106 - 235
Target Start/End: Original strand, 560 - 689
Alignment:
106 gatccattggaattcaaaccagagcggtttcttactacccataaagatgttgatgttagaggtaatcattttgagctattaccatttggaggtggtagaa 205  Q
    ||||||||||| ||||| || | | | |||||||| || |||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| | |||||||||||| |||| ||||    
560 gatccattggagttcaagcctgggagatttcttacaactcataaagatgttgatgttaagggtcatcattttgagtttttaccatttggaagtggaagaa 659  T
206 gaatttgcccaggaatgtcatttggccttc 235  Q
    | ||||| || ||||| || ||||||||||    
660 ggatttgtcctggaatatcctttggccttc 689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University