View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11163_low_1 (Length: 834)

Name: NF11163_low_1
Description: NF11163
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11163_low_1
NF11163_low_1
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-827)||(54304253-54305079)
chr3 (600-789)||(54305592-54305778)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 791; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 791; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 827
Target Start/End: Original strand, 54304253 - 54305079
Alignment:
Q  1 acaaatcatttacggcagatgattagcttgtaagtttcttgcctaattacttaattatgtgctgggatttcttctaatccgagtttaatgattgtacact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54304253 acaaatcatttacggcagatgattagcttgtaagtttcttgcctaattacttaattatgtgctgggatttcttctaatccgagtttaatgattgtacact 54304352  T
Q  101 gacaatgtatatatgtccgttaatatttcaccaacttcacacgttgttttgtaaataagtttttctaaaagtaatactactgggtgacaaaatagtgaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54304353 gacaatgtatatatgtccgttaatatttcaccaacttgacacgttgttttgtaaataagtttttctaaaagtaatactactgggtgacaaaatagtgaaa 54304452  T
Q  201 tttgatcgggggtacgtgctaaagtaatttacattgttggtgtatagttattaaattactttctatattgtacggcgatatgctaatgcgatgatgtatc 300  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  54304453 tttgatcgggggtacgtgcaaacgtaatttacattgttggtgtatagttattaaattactttctatattgtatggcgatatgctaatgcgatgatgtatc 54304552  T
Q  301 aatatgctaatattctgatatggctatttttaaaatgtaagatactatagacctaggattgtgtttggatatgcataaaaaggttcattgagtatgacaa 400  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54304553 catatgctaatattctgatatggctatttttaaaatgtaagatactatagacctaggattgtgtttggatatgcataaaaaggttcattgagtatgacaa 54304652  T
Q  401 atattgattggatatttaattctttgatgtttcgttgtaaaactagagcatggttttggttggatgcattagggtttggacttggagaaatacaccactg 500  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54304653 atattgattggatatttaattcttagatgtttcgttgtaaaactagagcatggttttggttggatgcattagggtttggacttggagaaatacaccactg 54304752  T
Q  501 aaagaaattacaagtattgcagtgagcataattgaagattcatgttttaaaattgtcctaaatgaagcctaataaattaatacttgtgattataacataa 600  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54304753 aaagaaatttcaagtattgcaatgagcataattgaagattcatgttttaaaattgtcctaaatgaagcctaataaattaatacttgtgattataacataa 54304852  T
Q  601 atgagcgcgtaaaaaatccatccttccaaaacagtatgtttcaataagtcaaatattaaataatggcgtaaacaaaacagtcctttacatattagttagg 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54304853 atgagcgcgtaaaaaatccatccttccaaaacagtatgtttcaataagtcaaatattaaataatggcgtaaacaaaacagtcctttacatattagttagg 54304952  T
Q  701 aaagcaaaacggtgcatttacatcagcaaggaaatccaaacgcagcgttccgagtgtttaaaaatgatagggttttcggtttctcgaaactaggtcgcag 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54304953 aaagcaaaacggtgcatttacatcagcgaggaaatccaaacgcagcgttccgagtgtttaaaaatgatagggttttcggtttctcgaaactaggtcgcag 54305052  T
Q  801 aagtccaacccaagtcagtctgtgctg 827  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  54305053 aagtccaacccaagtcagtctgtgctg 54305079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 600 - 789
Target Start/End: Original strand, 54305592 - 54305778
Alignment:
Q  600 aatgagcgcgtaaaaaatccatccttccaaaacagtatgtttcaataagtcaaatattaaataatggcgtaaacaaaacagtcctttacatattagttag 699  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||  |||||||||  ||||||||| |||| || | | |||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  54305592 aatgagcgcataaaaaatccagccttccaaaaca--atgtttcaaccagtcaaataataaacaacgacataaataaaacagtcctttacatattagctag 54305689  T
Q  700 gaaagcaaaacggtgcatttacatcagcaaggaaatccaaacgcagcgttccgagtgtttaaaaatgatagggttttcggtttctcgaaa 789  Q
     ||||||||||||||| |||| || ||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  54305690 taaagcaaaacggtgcgtttagattagtgaggaaatccaaacgcagcgttccgtgtgtttaaaaa-aatagggttttcggtttctcgaaa 54305778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University