View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11163_low_2 (Length: 701)

Name: NF11163_low_2
Description: NF11163
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11163_low_2
NF11163_low_2
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (1-685)||(1756271-1756955)
chr5 (43-244)||(1754672-1754873)
chr5 (81-197)||(1754243-1754359)
[»] chr4 (60 HSPs)
chr4 (362-685)||(27522047-27522370)
chr4 (10-296)||(27478786-27479072)
chr4 (5-324)||(27527107-27527429)
chr4 (45-296)||(27475482-27475733)
chr4 (43-250)||(27425796-27426003)
chr4 (45-296)||(27468230-27468481)
chr4 (11-270)||(27506650-27506909)
chr4 (10-205)||(27485937-27486132)
chr4 (37-250)||(27415602-27415812)
chr4 (45-296)||(27514877-27515128)
chr4 (7-244)||(27497277-27497514)
chr4 (43-250)||(27412654-27412855)
chr4 (43-250)||(27420392-27420599)
chr4 (37-250)||(27569998-27570211)
chr4 (43-247)||(27563298-27563502)
chr4 (43-247)||(27565903-27566107)
chr4 (45-256)||(27503908-27504119)
chr4 (45-297)||(27524510-27524761)
chr4 (45-256)||(27508838-27509049)
chr4 (43-238)||(27585672-27585867)
chr4 (43-249)||(27423206-27423412)
chr4 (26-216)||(27489927-27490117)
chr4 (43-199)||(27486967-27487123)
chr4 (43-199)||(27513776-27513932)
chr4 (38-208)||(17970278-17970448)
chr4 (37-199)||(27526112-27526274)
chr4 (43-198)||(27498399-27498554)
chr4 (37-199)||(27444794-27444956)
chr4 (43-208)||(27411447-27411612)
chr4 (37-208)||(27557467-27557638)
chr4 (43-197)||(27501301-27501455)
chr4 (43-209)||(27567239-27567405)
chr4 (43-208)||(27424505-27424670)
chr4 (38-199)||(27431148-27431309)
chr4 (43-199)||(27469444-27469600)
chr4 (43-199)||(27479885-27480041)
chr4 (362-471)||(27509440-27509548)
chr4 (43-199)||(27505702-27505858)
chr4 (37-197)||(27502809-27502969)
chr4 (37-197)||(27554287-27554447)
chr4 (43-198)||(27571607-27571762)
chr4 (43-208)||(27414295-27414460)
chr4 (43-199)||(27476671-27476827)
chr4 (43-199)||(27523403-27523559)
chr4 (43-198)||(27419072-27419227)
chr4 (40-199)||(27500338-27500497)
chr4 (43-209)||(27556369-27556535)
chr4 (362-470)||(27504460-27504567)
chr4 (97-199)||(27495574-27495676)
chr4 (535-609)||(27525119-27525192)
chr4 (43-163)||(27421971-27422091)
chr4 (88-199)||(27460507-27460618)
chr4 (88-198)||(27473921-27474031)
chr4 (43-209)||(27559230-27559396)
chr4 (362-469)||(27515454-27515558)
chr4 (88-199)||(27516609-27516720)
chr4 (145-207)||(27577404-27577466)
chr4 (43-208)||(27446131-27446296)
chr4 (532-635)||(27515622-27515727)
chr4 (487-571)||(27527595-27527679)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (38-206)||(38024868-38025036)
chr3 (38-206)||(38031320-38031488)
chr3 (54-208)||(55084781-55084935)
chr3 (38-205)||(38043882-38044049)
chr3 (38-252)||(50909939-50910153)
chr3 (38-205)||(50911863-50912030)
chr3 (38-251)||(38028714-38028927)
chr3 (38-251)||(38040029-38040242)
chr3 (38-199)||(50904792-50904953)
chr3 (38-251)||(38033723-38033940)
chr3 (38-274)||(38036718-38036954)
chr3 (35-208)||(48840703-48840875)
chr3 (43-113)||(50913480-50913550)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (38-207)||(21607288-21607457)
chr8 (38-251)||(21604702-21604915)
chr8 (121-208)||(21634605-21634692)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (38-208)||(3073548-3073718)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (46-113)||(21477460-21477526)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 669; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 669; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 685
Target Start/End: Complemental strand, 1756955 - 1756271
Alignment:
Q  1 agtgctactgctagccaagcagcttcaaaatcatcagatgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1756955 agtgctactgctagccaagcagcttcaaaatcatcagatgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaa 1756856  T
Q  101 tatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1756855 tatcatacttgaaccaaccatcgtttcaatacttgttgagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcac 1756756  T
Q  201 cgaagatgccttccaacatattacctcttgcttgaatgggctatgaatcttttactgtagcatactgacatagaccagattagtttagacattttttata 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1756755 cgaagatgccttccaacatattacctcttgcttgaatgggctatgaatcttttactgtagcatactgacatagaccagattagtttagacattttttata 1756656  T
Q  301 atacatatctttttaacttgtaaaaatatatttgtgtctctcggaatactagcataattatttttgctaattccaggtaagctaactaaagtgcttgaac 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1756655 atacatatctttttaacttgtaaaaatatatttgtgtctctcggaatactagcataattatttttgctaattccaggtaagctaactaaaatgcttgaac 1756556  T
Q  401 ggaatcaataactattgacgatttagccaaattgataaggctcggcctatgtcttcagaaattgcctttgctgtgattatatgttaattaagagctcttt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1756555 ggaatcaataactattgacgatttagccaaattgataaggctcggcctatgtcttcagaaattgcctttgctgtgattatatgttaattaagagctcttt 1756456  T
Q  501 tggttataattttcacatatcctcaaaaatgaaaagttgaacatgattatctcaactaatatcttatctcccaagaagaaatcagttcctatacttcaat 600  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1756455 tggttatatttttcacatatcctcaaaaatgaaaagttgaacatgattatctcaactaatatcttatctcccaagaagaaatcagctcctatacttcaat 1756356  T
Q  601 tttttcagatctttctaactcagtttattggtaaaaacttccaaaacttacaggtaacaccatcataagtcaaatatttctttct 685  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1756355 tttttcagatctttctaactcagtttattggtaaaaacttccaaaacttacaggtaacaccatcataagtcaaatatttctttct 1756271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 43 - 244
Target Start/End: Original strand, 1754672 - 1754873
Alignment:
Q  43 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtc 142  Q
    |||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||    
T  1754672 ccaaagggctatgttgcagtgtatattggagagaaacagaaacggcatgtgatcccaatatcatacttgaatcaaccatcgtttcaatccttgttgagtc 1754771  T
Q  143 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgccttccaacatattacctcttgcttgaatgggct 242  Q
    ||||||  ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||| || |||| || ||| |||| ||||||||    
T  1754772 aagctgcggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattctttgcacagaagatgtcttcgaaaatataacttctagcttaaatgggct 1754871  T
Q  243 at 244  Q
    ||    
T  1754872 at 1754873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 81 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 1754359 - 1754243
Alignment:
Q  81 gaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggt 180  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| | || |||||| | ||| | |   || |||| ||| | |||| ||||||||| || ||||||    
T  1754359 gaagcggtttgtgatccccgtatcatacttgaaccaatcgtcatttcaaaaattgctaaacaaatctgaggaacagtttgaatatgatcatccgatgggt 1754260  T
Q  181 ggcctcaccattccttg 197  Q
    || ||||| ||||||||    
T  1754259 ggtctcactattccttg 1754243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 177; Significance: 5e-95; HSPs: 60)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 5e-95
Query Start/End: Original strand, 362 - 685
Target Start/End: Original strand, 27522047 - 27522370
Alignment:
Q  362 ttttgctaattccaggtaagctaactaaagtgcttgaacggaatcaataactattgacgatttagccaaattgataaggctcggcctatgtcttcagaaa 461  Q
    |||||| ||||| ||||| |||||||||| |||| | ||| | |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27522047 ttttgcaaattcgaggta-gctaactaaaatgctcgcacgaattcaataactattgatgatctagccaaattgataaggctcggcctatgttttcagaaa 27522145  T
Q  462 ttgcctttgctgtgattatatgttaattaagagctcttttggttataattttcacatatcctcaaaaatgaaaagttgaacatgattatctcaactaata 561  Q
    |||| || || |||||||||| || |||||||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  27522146 ttgcattagcagtgattatatattcattaagagctgttttggttaaatttttcacatatactcaaaaatgaaaagttgaacatgattaccttaactaata 27522245  T
Q  562 tcttatctcccaagaagaaatcagttcctatactt-caattttttcagatctttctaactcagtttattggtaaaaacttccaaaacttacaggtaacac 660  Q
    ||||||||||||||||||||| || | |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||| ||||||||    
T  27522246 tcttatctcccaagaagaaataagcttctatacttccaattttttcagatctctctaactcagtttataggtaaaaacatccagaacttactggtaacac 27522345  T
Q  661 catcataagtcaaatatttctttct 685  Q
    ||||| |  ||| ||||||||||||    
T  27522346 catcagagttcagatatttctttct 27522370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 6e-82
Query Start/End: Original strand, 10 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 27479072 - 27478786
Alignment:
Q  10 gctagccaagcagcttcaaaatcatcagatgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatact 109  Q
    |||||||||||||||  ||||||| |||| || |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  27479072 gctagccaagcagctctaaaatcagcagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaacagaagcggtttgttgtcccaatatcatact 27478973  T
Q  110 tgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgc 209  Q
    |||||||||||| ||||||| | ||| |   |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  27478972 tgaaccaaccattgtttcaagaattgctacatcaagcggaagaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgctccgaagatgt 27478873  T
Q  210 cttccaacatattacctcttgcttgaatgggctatgaatcttttactgtagcatactgacatagaccagattagtttagacattttt 296  Q
     ||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||  |||||| |||||||| |||  | ||||||| | ||||||||||    
T  27478872 gttccaacatataacttcttgcttgaatgggctatgattcttacactgtaacatactgatatacgctagattagctgagacattttt 27478786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 5 - 324
Target Start/End: Original strand, 27527107 - 27527429
Alignment:
Q  5 ctactgctagccaagcagcttcaaaatcatcagatgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatc 104  Q
    ||||||||| ||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27527107 ctactgctaaccaagcatctccaaaatcatcagaagtaccaaagggctatcttgcggtgtatgttggagataaacagaaacggtttgtgatcccaatatc 27527206  T
Q  105 atacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaa 204  Q
    | |||| |||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||     || | ||||||||||  |||    
T  27527207 acacttaaaccaaccatcgtttctagagttgctgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccatggg----atcccaattccttgcagtgaa 27527302  T
Q  205 gatgccttccaacatattacctcttgc-------ttgaatgggctatgaatcttttactgtagcatactgacatagaccagattagtttagacatttttt 297  Q
    |||| |||||||||||| || ||||||         |||||| ||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  27527303 gatgtcttccaacatataacttcttgcagccaggaagaatggtctatgaatcttatactctaggatactgacatagactagattagttgagacatttttt 27527402  T
Q  298 ataatacatatctttttaacttgtaaa 324  Q
    ||||||  ||||||||| |||| ||||    
T  27527403 ataataggtatctttttgacttataaa 27527429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 45 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 27475733 - 27475482
Alignment:
Q  45 aaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtcaa 144  Q
    |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||  |  |||||||||  | ||  ||||||||||||| ||||| || |||||| ||||||||||||||    
T  27475733 aaagggctatgttgccgtgtatgttggagagaaattggcgcggtttgtagttcctgtatcatacttgaatcaaccttcatttcaagacttgttgagtcaa 27475634  T
Q  145 gctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgccttccaacatattacctcttgcttgaatgggctat 244  Q
    || || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  27475633 gccgaggaagagtttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgctccgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatgggctat 27475534  T
Q  245 gaatcttttactgtagcatactgacatagaccagattagtttagacattttt 296  Q
    ||||||| || |||| |||||||||||| || ||||||||| ||||||||||    
T  27475533 gaatcttatattgtaacatactgacatacactagattagttgagacattttt 27475482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 43 - 250
Target Start/End: Original strand, 27425796 - 27426003
Alignment:
Q  43 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtc 142  Q
    |||||||| |||||||||||  |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||    
T  27425796 ccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacaaaagcggtatgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcatttcaagacttattgagtc 27425895  T
Q  143 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgccttccaacatattacctcttgcttgaatgggct 242  Q
    ||  ||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||| || ||| |||||||||| ||    
T  27425896 aatttgaggaagagtttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaggatgtatttcaacatatgacatctcgcttgaatggcct 27425995  T
Q  243 atgaatct 250  Q
    ||||||||    
T  27425996 atgaatct 27426003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 45 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 27468481 - 27468230
Alignment:
Q  45 aaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtcaa 144  Q
    |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |  |||||||||  ||||  |||||||||| |||||||| || |||||| ||||||||||||||    
T  27468481 aaagggctatgttgcggtgtatgttggagagaaactggtgcggtttgtagtccctgtatcatacttaaaccaaccttcatttcaagacttgttgagtcaa 27468382  T
Q  145 gctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgccttccaacatattacctcttgcttgaatgggctat 244  Q
     | || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |  |||| ||||||||| ||||    
T  27468381 tccgaggaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcacggaagatgtcttccaacatataatttcttccttgaatggactat 27468282  T
Q  245 gaatcttttactgtagcatactgacatagaccagattagtttagacattttt 296  Q
    |||||||  ||||||||||||| |||||||| |||||| || ||||| ||||    
T  27468281 gaatcttacactgtagcatactcacatagactagattaattgagacaatttt 27468230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 11 - 270
Target Start/End: Original strand, 27506650 - 27506909
Alignment:
Q  11 ctagccaagcagcttcaaaatcatcagatgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatactt 110  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||  || |||||||||||| |||||||  |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  27506650 ctagccaagcagcatcaaaatcagcaggagttccaaagggctatgttgcagtatatgtcggagagaaacagacgcggtttgtgatcccaatatcatactt 27506749  T
Q  111 gaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgcc 210  Q
     |||||||||| ||||||| | ||| |   |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |    
T  27506750 aaaccaaccattgtttcaagaattgctacatcaagcggaagaagaatttggatatgatcatcccatgggtggactcaccattccttgcactgaagatgtc 27506849  T
Q  211 ttccaacatattacctcttgcttgaatgggctatgaatcttttactgtagcatactgaca 270  Q
    || ||||| || || ||||||||||||| || || |||||   ||| |||||||||||||    
T  27506850 tttcaacacataacttcttgcttgaatgagccataaatctgacactttagcatactgaca 27506909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 10 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 27486132 - 27485937
Alignment:
Q  10 gctagccaagcagcttcaaaatcatcagatgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatact 109  Q
    |||||||||||||||  ||||||| |||| || |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  27486132 gctagccaagcagctctaaaatcagcagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaacagaagcggtttgttgtcccaatatcatact 27486033  T
Q  110 tgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaag 205  Q
    |||||||||||| ||||||| | ||| |   |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27486032 tgaaccaaccattgtttcaagaattgctacatcaagcggaagaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcactgaag 27485937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 37 - 250
Target Start/End: Original strand, 27415602 - 27415812
Alignment:
Q  37 gatgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgt 136  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||   ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27415602 gatgtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttgga---aaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaagacttgt 27415698  T
Q  137 tgagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgccttccaacatattacctcttgcttgaa 236  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| || || ||| |||||||    
T  27415699 tgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcattccatgggtggcctcaccattccttgcacagaagatgtctttcaacacataacatctcgcttgaa 27415798  T
Q  237 tgggctatgaatct 250  Q
     ||  |||||||||    
T  27415799 cggaatatgaatct 27415812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 45 - 296
Target Start/End: Original strand, 27514877 - 27515128
Alignment:
Q  45 aaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtcaa 144  Q
    |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |  |||||||||  ||||  ||||||||||||| ||||| || |||||| ||||||||||||||    
T  27514877 aaagggctatgttgcggtgtatgttggagagaaactggtgcggtttgtagtccctgtatcatacttgaatcaaccttcatttcaagacttgttgagtcaa 27514976  T
Q  145 gctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgccttccaacatattacctcttgcttgaatgggctat 244  Q
     | || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||| |  |||| ||||||||| ||||    
T  27514977 tccgaggaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgtacagaagatgtcttccagcatataatttcttccttgaatggactat 27515076  T
Q  245 gaatcttttactgtagcatactgacatagaccagattagtttagacattttt 296  Q
    |||||||  ||||||||||||| |||||||| |||||| || ||||| ||||    
T  27515077 gaatcttacactgtagcatactcacatagactagattaattgagacaatttt 27515128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 7 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 27497514 - 27497277
Alignment:
Q  7 actgctagccaagcagcttcaaaatcatcagatgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcat 106  Q
    |||||||| |||||| | ||||||||   ||| || |||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||    
T  27497514 actgctagacaagcatcatcaaaatctgtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcat 27497415  T
Q  107 acttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaaga 206  Q
    |||| |||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  27497414 acttaaaccaaccattgtttcaatatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcaccattccttgcactgaaaa 27497315  T
Q  207 tgccttccaacatattacctcttgcttgaatgggctat 244  Q
    || ||||||||  || || ||| |||||||||||||||    
T  27497314 tgtcttccaacgcataacttctcgcttgaatgggctat 27497277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 43 - 250
Target Start/End: Original strand, 27412654 - 27412855
Alignment:
Q  43 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtc 142  Q
    |||||||| ||| |||| ||| |||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||| |||||||    
T  27412654 ccaaagggatatattgccgtgtatgttggagagaaac------ggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccattatttcaagacttattgagtc 27412747  T
Q  143 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgccttccaacatattacctcttgcttgaatgggct 242  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| || ||| ||| |||||||||    
T  27412748 aagctgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcacggaagatgtctttcaacatataacatctcgctcgaatgggct 27412847  T
Q  243 atgaatct 250  Q
    ||||||||    
T  27412848 atgaatct 27412855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 43 - 250
Target Start/End: Original strand, 27420392 - 27420599
Alignment:
Q  43 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtc 142  Q
    |||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| | | |||||  |||||||||||| |||||| || ||||||  |||| ||||||    
T  27420392 ccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatttaatccccgtatcatacttgagccaaccttcatttcaaggcttgctgagtc 27420491  T
Q  143 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgccttccaacatattacctcttgcttgaatgggct 242  Q
    ||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| || |||||||| ||||||||    
T  27420492 aagttgaggaagagtttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcacggaagatgtctttcaacatataacttcttgcttcaatgggct 27420591  T
Q  243 atgaatct 250  Q
    ||||||||    
T  27420592 atgaatct 27420599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 37 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 27570211 - 27569998
Alignment:
Q  37 gatgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgt 136  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| |||||||||  |||||||||| | |||||| || |||||| |||||     
T  27570211 gatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgc 27570112  T
Q  137 tgagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgccttccaacatattacctcttgcttgaa 236  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||| || ||| || ||||    
T  27570111 tgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatatctttcaacatataacatctcgcatgaa 27570012  T
Q  237 tgggctatgaatct 250  Q
     ||| |||||||||    
T  27570011 cgggatatgaatct 27569998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 43 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 27563502 - 27563298
Alignment:
Q  43 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtc 142  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||| |  ||||||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||| ||||||    
T  27563502 ccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaacattgtttcaagatttgctgagtc 27563403  T
Q  143 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgccttccaacatattacctcttgcttgaatgggct 242  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||| ||||||||| |||    
T  27563402 aagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatgcctttcaacatataacttctcgcttgaatgagct 27563303  T
Q  243 atgaa 247  Q
    |||||    
T  27563302 atgaa 27563298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 43 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 27566107 - 27565903
Alignment:
Q  43 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtc 142  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| |||  |    
T  27566107 ccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccattgtttcaagacttgctgatac 27566008  T
Q  143 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgccttccaacatattacctcttgcttgaatgggct 242  Q
    ||| ||| |||||   |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||| || |||||||||||||| ||    
T  27566007 aagttgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtggcgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatggact 27565908  T
Q  243 atgaa 247  Q
    |||||    
T  27565907 atgaa 27565903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 45 - 256
Target Start/End: Original strand, 27503908 - 27504119
Alignment:
Q  45 aaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtcaa 144  Q
    |||||||||| || | ||| ||||||||||||||  |  |||||||||  | ||  ||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||    
T  27503908 aaagggctatgtttccgtgtatgttggagagaaattggcgcggtttgtagttcctgtatcatacttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgagtcaa 27504007  T
Q  145 gctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgccttccaacatattacctcttgcttgaatgggctat 244  Q
    || || ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||| ||||    
T  27504008 gccgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgtcttccaacacataacttcttgcttgaatggactat 27504107  T
Q  245 gaatcttttact 256  Q
    ||||||| ||||    
T  27504108 gaatcttatact 27504119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 45 - 297
Target Start/End: Original strand, 27524510 - 27524761
Alignment:
Q  45 aaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtcaa 144  Q
    |||||||||  |||||||| ||||||||||||||| || ||||||  |  | ||  ||||||| ||||||||||| || |||||| ||||||||| ||||    
T  27524510 aaagggctacgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaa 27524609  T
Q  145 gctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgccttccaacatattacctcttgcttgaatgggctat 244  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || || ||||||||||| |  |    
T  27524610 gctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccgtgcaccgaagatgtcttccaacatataacttcatgcttgaatggccctt 27524709  T
Q  245 gaatcttttactgtagcatactgacatagaccagattagtttagacatttttt 297  Q
    ||| |||  ||| || |||||||| |||| | ||||||||| |||||||||||    
T  27524710 gaaccttacactttaacatactgaaatag-ctagattagttgagacatttttt 27524761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 45 - 256
Target Start/End: Original strand, 27508838 - 27509049
Alignment:
Q  45 aaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtcaa 144  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| || ||| |||||  | ||  | ||||| ||||||||||| || |||||| ||||||||| |||     
T  27508838 aaagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcgttttgtcgttcctgtgtcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcag 27508937  T
Q  145 gctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgccttccaacatattacctcttgcttgaatgggctat 244  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| || | |||||||||||||||||| ||| |||||||||  ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||    
T  27508938 gctgaggaagagtttggatatgatcatccaacgggtggcctcaccattccatgctccgaagatgtgttccaacatataacttcttgcttcaatggactat 27509037  T
Q  245 gaatcttttact 256  Q
    ||||||| ||||    
T  27509038 gaatcttatact 27509049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 43 - 238
Target Start/End: Original strand, 27585672 - 27585867
Alignment:
Q  43 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtc 142  Q
    |||||||| ||||| ||||||   ||||| || ||||| ||| | |||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||    
T  27585672 ccaaagggatatctcgcagtgtgcgttggtgataaacaaaagagatttgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgatgagtc 27585771  T
Q  143 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgccttccaacatattacctcttgcttgaatg 238  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| || | | |||||||||    
T  27585772 aagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggaggtctcaccattccttgcacagaagatgccttcaaacatataacttatcgcttgaatg 27585867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 43 - 249
Target Start/End: Original strand, 27423206 - 27423412
Alignment:
Q  43 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtc 142  Q
    |||||| | |||||||| ||  |||||||| |||||||||  |||  ||||||||  |||||||||||||||||||| || |||||| | ||||||||||    
T  27423206 ccaaagagatatcttgctgtatatgttggatagaaacagacacggcatgtgatccgcatatcatacttgaaccaaccttcatttcaagaattgttgagtc 27423305  T
Q  143 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgccttccaacatattacctcttgcttgaatgggct 242  Q
    |||| || ||||| ||||| ||  |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||  ||||||||||| || |||  ||||||||| ||    
T  27423306 aagccgaggaagagtttggttacaatcatcccatgggtggcctcaccgttccttgcacggaagatgttttccaacatataacttctcacttgaatggact 27423405  T
Q  243 atgaatc 249  Q
    |||||||    
T  27423406 atgaatc 27423412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 26 - 216
Target Start/End: Original strand, 27489927 - 27490117
Alignment:
Q  26 caaaatcatcagatgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtt 125  Q
    |||||||| |||| |||  |||||||||| ||| |||| |||||||||||||||| || ||||||||  ||||  | |||||||| ||| ||||||| ||    
T  27489927 caaaatcagcagaagtaagaaagggctatgttgtagtgtatgttggagagaaacaaaaacggtttgtagtccctgtgtcatacttaaacaaaccatcatt 27490026  T
Q  126 tcaacacttgttgagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgccttccaa 216  Q
    |||| | ||||||| |||||| || ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||  || |||||||| |||||||    
T  27490027 tcaagatttgttgaatcaagccgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattcctgtcaacgaagatgacttccaa 27490117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 43 - 199
Target Start/End: Original strand, 27486967 - 27487123
Alignment:
Q  43 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtc 142  Q
    |||||||| ||||| |||||| | || |||||||||  ||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||  |    
T  27486967 ccaaagggatatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctttatcatacttaaaccaaccatcgtttcaagaattgttgaacc 27487066  T
Q  143 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgca 199  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||| || |||||||| || || ||||||||||    
T  27487067 aagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtcttactattccttgca 27487123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 43 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 27513932 - 27513776
Alignment:
Q  43 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtc 142  Q
    ||||| || ||||| |||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| | |||||||  |    
T  27513932 ccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaacc 27513833  T
Q  143 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgca 199  Q
    ||||||||||| ||| || ||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||    
T  27513832 aagctgaagaacaatatgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgca 27513776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 38 - 208
Target Start/End: Original strand, 17970278 - 17970448
Alignment:
Q  38 atgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgtt 137  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||| | ||||||||| ||  |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| | || |||||| ||||| |    
T  17970278 atgtgccaaagggatatcttgcggtgtacgttggagaggaaatgaagcggtttgtgatccctacgtcatacttgaaccaaacttcatttcaatacttgct 17970377  T
Q  138 gagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatg 208  Q
    |||||  || || |||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  17970378 gagtcgggcagaggaagaattcggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatg 17970448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 37 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 27526274 - 27526112
Alignment:
Q  37 gatgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgt 136  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| | || || ||| | ||||    
T  27526274 gatgttccaaagggatatctagcagtgtatgttggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaacctcattccaagaattgt 27526175  T
Q  137 tgagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgca 199  Q
    |||| |||||||| ||| |||||| ||||||||| || | |||||| ||||| ||||||||||    
T  27526174 tgagccaagctgaggaacaatttgaatatgatcatccaacgggtggtctcactattccttgca 27526112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 43 - 198
Target Start/End: Original strand, 27498399 - 27498554
Alignment:
Q  43 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtc 142  Q
    |||||||| ||||| |||||  ||||||||||| ||  ||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  |    
T  27498399 ccaaagggatatctagcagtatatgttggagaggaaatgaaacgttttgtgatccctatatcatacttgaaccaaccatcgttccaagacttgttgaacc 27498498  T
Q  143 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgc 198  Q
    |||| || ||| |||| | ||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||    
T  27498499 aagccgaggaacaattcgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgc 27498554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 37 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 27444956 - 27444794
Alignment:
Q  37 gatgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgt 136  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||  | ||||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||| | || |    
T  27444956 gatgtgccaaagggatatcttgcagtatacgttggagaggaaatgaagaggtttgtgatcccaatatcatacttgagccaatcatcatttcaagaattat 27444857  T
Q  137 tgagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgca 199  Q
    ||| |||||| || ||| |||| |||||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||    
T  27444856 tgaatcaagccgaggaacaattcggatatgaccatccaatgggtggtctcacaattccttgca 27444794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 43 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 27411612 - 27411447
Alignment:
Q  43 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtc 142  Q
    ||||| |||||||| |||||  |||||||||| | |  ||  ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||  | | ||    
T  27411612 ccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatagaatgagacggttcgtgattccagtatcatacttgaaccaaccatcgtttcaagaattactaaatc 27411513  T
Q  143 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatg 208  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||    
T  27411512 aagcagaagaagaatttggatatgatcatcctatgggtggtctcacaattccttgcagcgaggatg 27411447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 37 - 208
Target Start/End: Original strand, 27557467 - 27557638
Alignment:
Q  37 gatgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgt 136  Q
    ||||| |||| ||| |||||||| ||  ||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| | |||     
T  27557467 gatgtgccaaggggatatcttgccgtatatgttggagaggaaatgaagaggtttgtgatcccaatgtcatacttaaaccaaccatcatttcaagaattgc 27557566  T
Q  137 tgagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatg 208  Q
    ||| ||||||||| ||| |||||| ||||| ||| || |||||||| ||||| ||||| ||||  |||||||    
T  27557567 tgaatcaagctgaggaacaatttgaatatgttcatccaatgggtggtctcactattccatgcagagaagatg 27557638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 43 - 197
Target Start/End: Original strand, 27501301 - 27501455
Alignment:
Q  43 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtc 142  Q
    |||||||| | ||| |||||  ||||||||||| ||  ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||  |    
T  27501301 ccaaagggatgtctagcagtatatgttggagaggaaatgaaacggtttgtgatcccaatatcatacttaaaccaaccattgtttcaagacttgttgaacc 27501400  T
Q  143 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttg 197  Q
    |||| || ||| |||||| ||| ||||| || | |||||| ||||| ||||||||    
T  27501401 aagccgaggaacaatttgaatacgatcatccaacgggtggtctcactattccttg 27501455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 43 - 209
Target Start/End: Original strand, 27567239 - 27567405
Alignment:
Q  43 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtc 142  Q
    ||||| |||||||| |||||  |||||||||| | |  ||  ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||  | | ||    
T  27567239 ccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatagaatgagacggttcgtgattccagtatcatacttgaaccaaccatcgtttcaagaattactaaatc 27567338  T
Q  143 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgc 209  Q
    || | |||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||| |||||||||| |||||||||    
T  27567339 aaacagaagaagaatttggttatgatcatccaatgggtggtctcacaattccttgcagcgaagatgc 27567405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 43 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 27424670 - 27424505
Alignment:
Q  43 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtc 142  Q
    ||||| |||||||| |||||  ||||||||||  ||  || |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || |||||| | ||| | | ||    
T  27424670 ccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatcaaatgaggcggtttgtgattccagtatcatacttgaaccaaccttcatttcaagaattgctaaatc 27424571  T
Q  143 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatg 208  Q
    || |||||||||||| |||||||||||| || |||||||| || |||||||| |||| ||| ||||    
T  27424570 aatctgaagaagaatatggatatgatcatccaatgggtggtcttaccattccgtgcagcgaggatg 27424505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 38 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 27431309 - 27431148
Alignment:
Q  38 atgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgtt 137  Q
    |||| |||||||| ||| |||||||  ||||||| ||  ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| | |||||    
T  27431309 atgtgccaaagggatatattgcagtatatgttggggatgaaatgaagaggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccgtcatttcaagaattgtt 27431210  T
Q  138 gagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgca 199  Q
    || |||||| || ||| ||||||||||||| || || |  ||||| ||||| ||||||||||    
T  27431209 gaatcaagccgaggaacaatttggatatgaccatccaaccggtggtctcacaattccttgca 27431148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 43 - 199
Target Start/End: Original strand, 27469444 - 27469600
Alignment:
Q  43 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtc 142  Q
    |||||||| ||||| |||||| | || |||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||| || ||| |  ||||||| |    
T  27469444 ccaaagggatatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctatatcatatttgaagcaaacatcattacaagaactgttgagcc 27469543  T
Q  143 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgca 199  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| || || |||||||| || || ||||||||||    
T  27469544 aagctgaagaacaatttgaatatgaacatccaatgggtggtctaactattccttgca 27469600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 43 - 199
Target Start/End: Original strand, 27479885 - 27480041
Alignment:
Q  43 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtc 142  Q
    ||||| |||||||| |||||  | || |||||||||  |||||| |||||||| ||  ||||||||||||||||| |||| || ||| | |||||||  |    
T  27479885 ccaaaaggctatctagcagtatacgtaggagagaaaatgaagcgttttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaacatcattccaaaagttgttgaacc 27479984  T
Q  143 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgca 199  Q
    ||||||| ||| |||||| ||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||    
T  27479985 aagctgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcaccattccttgca 27480041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 362 - 471
Target Start/End: Original strand, 27509440 - 27509548
Alignment:
Q  362 ttttgctaattccaggtaagctaactaaagtgcttgaacggaatcaataactattgacgatttagccaaattgataaggctcggcctatgtcttcagaaa 461  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||  ||||||||||||||||  |||||||||  || | |||||| | ||||||||||||||||    
T  27509440 ttttgctaattccaggta-gctaactaaaattcttgaactaaatcaataactattgattatttagccagtttaacaaggcttgtcctatgtcttcagaaa 27509538  T
Q  462 ttgcctttgc 471  Q
    ||||||||||    
T  27509539 ttgcctttgc 27509548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 43 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 27505858 - 27505702
Alignment:
Q  43 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtc 142  Q
    |||||||| ||||| |||||| | || |||||||||  ||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| | || || ||| | |||||||  |    
T  27505858 ccaaaggggtatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaacctcattccaagaattgttgaacc 27505759  T
Q  143 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgca 199  Q
    ||||||| ||| |||||| |||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||    
T  27505758 aagctgaggaacaatttgaatatgaccatccaatgggtggtctcactattccttgca 27505702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 37 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 27502969 - 27502809
Alignment:
Q  37 gatgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgt 136  Q
    ||||| ||||| || |||||||| ||  |||| ||||||||   ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||| | || |||||| |||||     
T  27502969 gatgtgccaaaaggatatcttgccgtttatgtaggagagaagatgaagcggtttgtgattccaatgtcatatttgaatcaaacttcatttcaagacttgc 27502870  T
Q  137 tgagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttg 197  Q
    |||| |||||||  ||||||||||||||||| || || |||||||| || || ||||||||    
T  27502869 tgagccaagctgtggaagaatttggatatgaccatccaatgggtggtcttactattccttg 27502809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 37 - 197
Target Start/End: Original strand, 27554287 - 27554447
Alignment:
Q  37 gatgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgt 136  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||  ||||||||||| ||  |||||||||||||||  |||| || |  || | |||||||||||||||| | |||     
T  27554287 gatgtgccaaagggataccttgcagtatatgttggagaggaaatgaagcggtttgtgatatcaatttctttgttaagccaaccatcgtttcaagaattgc 27554386  T
Q  137 tgagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttg 197  Q
    ||| ||||||||| ||| |||||||||||||||| || | |||| | ||||| ||||||||    
T  27554387 tgaatcaagctgaggaacaatttggatatgatcatccaacgggtagtctcacaattccttg 27554447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #41
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 43 - 198
Target Start/End: Original strand, 27571607 - 27571762
Alignment:
Q  43 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtc 142  Q
    ||||| |||||||| |||||  |||||||||| | |  || |||||| ||||| ||| ||||||| |||| ||| |||||||||||| | ||  | | ||    
T  27571607 ccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatagaatgaggcggttcgtgattccagtatcatatttgagccagccatcgtttcaagaattactaaatc 27571706  T
Q  143 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgc 198  Q
    || | ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||    
T  27571707 aatcagaagaagaatttggatatgatcatccaatgggtggtctcacaattccttgc 27571762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #42
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 43 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 27414460 - 27414295
Alignment:
Q  43 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtc 142  Q
    ||||| ||||||||||||||  | |||||||| |||  ||  ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| || |||||| | ||  | | ||    
T  27414460 ccaaaaggctatcttgcagtctacgttggagataaaatgagacggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaccctcatttcaagaattactaaatc 27414361  T
Q  143 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatg 208  Q
    || | ||||||||||||||||||||||| || |||||||| || || ||||| ||||  |||||||    
T  27414360 aatcagaagaagaatttggatatgatcatccaatgggtggtcttacaattccgtgcagtgaagatg 27414295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #43
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 43 - 199
Target Start/End: Original strand, 27476671 - 27476827
Alignment:
Q  43 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtc 142  Q
    |||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| | || || ||| |  || |||| |    
T  27476671 ccaaagggatatctagcagtgtatgttggtgagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaacctcattccaagaactgctgagcc 27476770  T
Q  143 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgca 199  Q
    ||  ||| ||| |||||| ||||||||| || |||||||| || || ||||||||||    
T  27476771 aaagtgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctaactattccttgca 27476827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #44
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 43 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 27523559 - 27523403
Alignment:
Q  43 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtc 142  Q
    |||||||||||||| |||||| | || |||||||||  ||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||| | || || ||| | ||||||||      
T  27523559 ccaaagggctatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatatttgaaccaaacttcattccaagaattgttgagcg 27523460  T
Q  143 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgca 199  Q
    |||| || ||| |||||| |||||| || || |||||||| || || ||||||||||    
T  27523459 aagccgaggaacaatttgaatatgaccatccaatgggtggtctaactattccttgca 27523403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #45
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 43 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 27419227 - 27419072
Alignment:
Q  43 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtc 142  Q
    ||||| |||||||| |||||  |||||||||| | |  || |||||| ||||| ||| ||||||| |||| ||| |||||||||||| | ||  | | ||    
T  27419227 ccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatagaatgaggcggttcgtgattccagtatcatatttgagccagccatcgtttcaagaattactaaatc 27419128  T
Q  143 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgc 198  Q
    || | ||||||||||||||||||||||| || |||||||| || || |||||||||    
T  27419127 aatcagaagaagaatttggatatgatcatccaatgggtggtcttacaattccttgc 27419072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #46
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 40 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 27500497 - 27500338
Alignment:
Q  40 gtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttga 139  Q
    |||||||| || ||||| |||||| | || |||||||||  |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||   || || ||| | ||| |||    
T  27500497 gtaccaaaaggatatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcgatttgtgatccctatatcatacttaaaccaaagttcattccaagaattgctga 27500398  T
Q  140 gtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgca 199  Q
    | ||| |||||||| | || |||||||| || || ||||||||| |||| ||||||||||    
T  27500397 gccaatctgaagaacagttcggatatgaccatccaatgggtggcatcactattccttgca 27500338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #47
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 43 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 27556535 - 27556369
Alignment:
Q  43 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtc 142  Q
    ||||| |||||||| |||||  |||||||||| |||  |||||| |||||||| || || ||||  ||||||||||| || |||||| | ||  |   ||    
T  27556535 ccaaaaggctatctcgcagtttatgttggagaaaaaatgaagcgatttgtgattcccatttcattattgaaccaaccttcatttcaagaattactacatc 27556436  T
Q  143 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgc 209  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||  | |||||||| ||||| ||||| ||||  ||||||||    
T  27556435 aagcagaagaagaatttggatatgatcattctatgggtggtctcacaattccatgcagtgaagatgc 27556369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #48
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 362 - 470
Target Start/End: Original strand, 27504460 - 27504567
Alignment:
Q  362 ttttgctaattccaggtaagctaactaaagtgcttgaacggaatcaataactattgacgatttagccaaattgataaggctcggcctatgtcttcagaaa 461  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||  |||| ||||||| |||  |||||||||  || | |||||| |  |||||||||||||||    
T  27504460 ttttgctaattccaggta-gctaactaaaattcttgaactaaatcgataactactgattatttagccagtttaacaaggcttgttctatgtcttcagaaa 27504558  T
Q  462 ttgcctttg 470  Q
    |||||||||    
T  27504559 ttgcctttg 27504567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #49
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 97 - 199
Target Start/End: Original strand, 27495574 - 27495676
Alignment:
Q  97 ccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattcctt 196  Q
    ||||||||||||||| | |||||  | |||||||| ||| |  || ||||||||||||| ||||||| | |||| || |||||||| |||||||||||||    
T  27495574 ccaatatcatacttgcatcaacctgcttttcaacaattgctaggtaaagctgaagaagagtttggatttaatcatccaatgggtggtctcaccattcctt 27495673  T
Q  197 gca 199  Q
    |||    
T  27495674 gca 27495676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #50
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 535 - 609
Target Start/End: Original strand, 27525119 - 27525192
Alignment:
Q  535 agttgaacatgattatctcaactaatatcttatctcccaagaagaaatcagttcctatacttcaattttttcaga 609  Q
    |||||||| ||||||| | |||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||  ||||||||||||||||    
T  27525119 agttgaacttgattattt-aactaatatcttatctccaaagtagaaatcagctcctacgcttcaattttttcaga 27525192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #51
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 43 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 27422091 - 27421971
Alignment:
Q  43 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtc 142  Q
    ||||| |||||||| |||||  |||||||||| | |  ||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||  |||||| | ||  | | ||    
T  27422091 ccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatagaatgaaacggttcgtgattccagtatcatacttgaaccaaccattatttcaagaattactaaatc 27421992  T
Q  143 aagctgaagaagaatttggat 163  Q
    |||| ||||||||||||||||    
T  27421991 aagcagaagaagaatttggat 27421971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #52
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 88 - 199
Target Start/End: Original strand, 27460507 - 27460618
Alignment:
Q  88 tttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctca 187  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| |||  ||| || ||| | ||| |||| |||  ||| ||| |||||| ||||||||| || |||||||| ||||    
T  27460507 tttgtgatccctatatcatatttgaagcaaaaatcattccaagaattgctgagccaaagtgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctca 27460606  T
Q  188 ccattccttgca 199  Q
    ||||||||||||    
T  27460607 ccattccttgca 27460618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #53
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 88 - 198
Target Start/End: Original strand, 27473921 - 27474031
Alignment:
Q  88 tttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctca 187  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| |||  ||| || ||| | ||| |||| |||  ||| ||| |||||| ||||||||| || |||||||| ||||    
T  27473921 tttgtgatccctatatcatatttgaagcaaaaatcattccaagaattgctgagccaaagtgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctca 27474020  T
Q  188 ccattccttgc 198  Q
    |||||||||||    
T  27474021 ccattccttgc 27474031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #54
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 43 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 27559396 - 27559230
Alignment:
Q  43 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtc 142  Q
    ||||| |||||||| |||||  |||||||||| |||  |||| | ||| |||| || || ||||  ||||| ||| | || |||||| | || || || |    
T  27559396 ccaaaaggctatctcgcagtttatgttggagacaaaatgaagagatttctgattcctatttcattattgaatcaatcttcatttcaatagttattaagcc 27559297  T
Q  143 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgc 209  Q
    || | |||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||    
T  27559296 aatcagaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggtctcacaattccttgcagtgaagatgc 27559230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #55
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 362 - 469
Target Start/End: Original strand, 27515454 - 27515558
Alignment:
Q  362 ttttgctaattccaggtaagctaactaaagtgcttgaacggaatcaataactattgacgatttagccaaattgataaggctcggcctatgtcttcagaaa 461  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||  |||||||||| |||||  ||||||||||||| || ||  | ||||  ||||||||||||    
T  27515454 ttttgctaattccaggtaaa-taactaaagttattgaactaaatcaataaccattgataatttagccaaattaattagttttggcc--tgtcttcagaaa 27515550  T
Q  462 ttgccttt 469  Q
     |||||||    
T  27515551 atgccttt 27515558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #56
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 88 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 27516720 - 27516609
Alignment:
Q  88 tttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctca 187  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| |||  ||| || ||| | |||||||  |||||||| ||| |||||| |||||| || || ||||| || ||||    
T  27516720 tttgtgatccctatatcatatttgaagcaaaaatcattccaagaattgttgaaccaagctgaggaacaatttgaatatgaccatccaatggggggtctca 27516621  T
Q  188 ccattccttgca 199  Q
    | ||||||||||    
T  27516620 ctattccttgca 27516609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #57
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 145 - 207
Target Start/End: Original strand, 27577404 - 27577466
Alignment:
Q  145 gctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagat 207  Q
    |||||||||||||||||||   ||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||    
T  27577404 gctgaagaagaatttggattcaatcaccctatgggtggtctcacaattccatgcactgaagat 27577466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #58
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 43 - 208
Target Start/End: Original strand, 27446131 - 27446296
Alignment:
Q  43 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtc 142  Q
    ||||| ||||||||||| ||  |||||||||| |||  |||||| |||||||| ||||  ||||  ||||| ||||| || |||||| | | ||| || |    
T  27446131 ccaaaaggctatcttgcggtttatgttggagaaaaaatgaagcgatttgtgattccaacttcattattgaatcaaccttcatttcaagagtcgttaagcc 27446230  T
Q  143 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatg 208  Q
    || | |||||||| |||| ||||||||| |  |||| ||| ||| | ||||||||||  |||||||    
T  27446231 aatcagaagaagagtttgaatatgatcatcgaatggatggtctctcgattccttgcagtgaagatg 27446296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #59
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 532 - 635
Target Start/End: Original strand, 27515622 - 27515727
Alignment:
Q  532 aaaagttgaacatgattatctcaactaatatcttatctcccaagaagaaatcagttcctatacttcaatttt-ttcag-atctttctaactcagtttatt 629  Q
    ||||||||||||||||||  | ||||| | | |||||||| ||| |||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |||| ||| ||| ||||||||    
T  27515622 aaaagttgaacatgattactttaactattttattatctcctaagcagaaattagctcctacacttcaattttattcagaatctatctcacttagtttatt 27515721  T
Q  630 ggtaaa 635  Q
     |||||    
T  27515722 agtaaa 27515727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #60
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 487 - 571
Target Start/End: Original strand, 27527595 - 27527679
Alignment:
Q  487 attaagagctcttttggttataattttcacatatcctcaaaaatgaaaa-gttgaacatgattatctcaactaatatcttatctcc 571  Q
    ||||||||||  |||||||| | |||| |||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||||| |||||||    
T  27527595 attaagagctagtttggttaaatttttgacatgtactcaaaaaggaaaaagttgaacatgattat-ttaactaatatcctatctcc 27527679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 97; Significance: 3e-47; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 38 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 38025036 - 38024868
Alignment:
Q  38 atgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgtt 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||  |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| | || |||||| |||| ||    
T  38025036 atgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttatt 38024937  T
Q  138 gagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaaga 206  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  38024936 gagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaaga 38024868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 38 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 38031488 - 38031320
Alignment:
Q  38 atgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgtt 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||  |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| | || |||||| |||| ||    
T  38031488 atgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttatt 38031389  T
Q  138 gagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaaga 206  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  38031388 gagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaaga 38031320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 54 - 208
Target Start/End: Original strand, 55084781 - 55084935
Alignment:
Q  54 tcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgttgagtcaagctgaagaa 153  Q
    |||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||  || || |||    
T  55084781 tcttgcagtgtatgttggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctatgtcttacttgaaccaaccatcatttcaagacttgttgagtcgggcggaggaa 55084880  T
Q  154 gaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatg 208  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  55084881 gaatttggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatg 55084935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 38 - 205
Target Start/End: Original strand, 38043882 - 38044049
Alignment:
Q  38 atgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgtt 137  Q
    |||| |||||| |||||||||||||| |  |||||||| ||  |||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| | ||||||||| ||||| |    
T  38043882 atgtgccaaagagctatcttgcagtgtactttggagaggaaatgaagcggtttgtgatccctatgtcatacttgaatcaaacttcgtttcaagacttgct 38043981  T
Q  138 gagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaag 205  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  38043982 gagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggcggcctcacaattccttgcaccgaag 38044049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 38 - 252
Target Start/End: Original strand, 50909939 - 50910153
Alignment:
Q  38 atgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgtt 137  Q
    |||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||  |  ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| | || |||||| |||||||    
T  50909939 atgtgccaaagggttatcttgcagtgtatgttggagagcaaatgctgcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacttgtt 50910038  T
Q  138 gagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgccttccaacatattacctcttgcttgaat 237  Q
    || |||||  || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||   || ||||| ||| |||| |||    
T  50910039 gaatcaagtggaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatgtcttcttgcaaattacttctcgcttcaat 50910138  T
Q  238 gggctatgaatcttt 252  Q
    | ||||| |||||||    
T  50910139 gagctataaatcttt 50910153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 38 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 50912030 - 50911863
Alignment:
Q  38 atgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgtt 137  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||| ||   ||| |||||||||||||| |  ||||||||||||||| | || |||||| |||||||    
T  50912030 atgtgccaaagggctatcttgcggtatatgttggagacaagatgaaacggtttgtgatccccaagtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacttgtt 50911931  T
Q  138 gagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaag 205  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||    
T  50911930 gagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctaacaattccttgcacagaag 50911863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 38 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 38028927 - 38028714
Alignment:
Q  38 atgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgtt 137  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||  |||||| ||||| ||||| |  ||||||||||||||| | || |||||| || ||||    
T  38028927 atgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagagcaaatgaagcgatttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacctgtt 38028828  T
Q  138 gagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgccttccaacatattacctcttgcttgaat 237  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||| || || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |  |||   |||||||| |||  ||| |||    
T  38028827 gagtcaagccgaggaagaatttggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcacagaagacgttttcttgcatattacttctcacttcaat 38028728  T
Q  238 gggctatgaatctt 251  Q
    ||||||| ||||||    
T  38028727 gggctataaatctt 38028714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 38 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 38040242 - 38040029
Alignment:
Q  38 atgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgtt 137  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||  |||||| ||||| ||||| |  ||||||||||||||| | || |||||| || ||||    
T  38040242 atgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagagcaaatgaagcgatttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacctgtt 38040143  T
Q  138 gagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgccttccaacatattacctcttgcttgaat 237  Q
    ||||||||| || |||||||| |||||||| || || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |  |||   |||||||| |||  ||| |||    
T  38040142 gagtcaagccgaggaagaattcggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcacagaagacgttttcttgcatattacttctcacttcaat 38040043  T
Q  238 gggctatgaatctt 251  Q
    ||||||| ||||||    
T  38040042 gggctataaatctt 38040029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 38 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 50904953 - 50904792
Alignment:
Q  38 atgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgtt 137  Q
    |||| |||||||| |||||||||||| | ||||||||  ||  |||||||||||||||||  || || |||||||||||| | || |||||| |||||||    
T  50904953 atgtgccaaagggatatcttgcagtgtacgttggagaagaaatgaagcggtttgtgatccatatgtcctacttgaaccaaacttcatttcaagacttgtt 50904854  T
Q  138 gagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgca 199  Q
    ||||| ||| || || ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  50904853 gagtcgagcagaggatgaattcggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgca 50904792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 38 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 38033940 - 38033723
Alignment:
Q  38 atgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgtt 137  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||  |||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||| | || |||||| |||||||    
T  38033940 atgtgccaaagggctatcttgcagtgtacattggagagcaaatgaagcggtttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacttgtt 38033841  T
Q  138 gagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccc----catgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgccttccaacatattacctcttgctt 233  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||| || ||     ||||| ||| |||| ||||| ||||| |||||||  |||   |||||||| ||| ||||    
T  38033840 gagtcaagccgaggaagaatttggatatgaccatccaattaatgggcggcatcacaattccctgcacagaagatgttttcttgcatattacttctcgctt 38033741  T
Q  234 gaatgggctatgaatctt 251  Q
     |||||||||| ||||||    
T  38033740 caatgggctataaatctt 38033723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 38 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 38036954 - 38036718
Alignment:
Q  38 atgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgtt 137  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||  ||| ||||||||  |||| ||  |||||||||||||| | || |||||| | |||||    
T  38036954 atgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagagcaaatgaaacggtttgttgtccccatgccatacttgaaccaagcttcatttcaaaatttgtt 38036855  T
Q  138 gagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgccttccaacatattacctcttgcttgaat 237  Q
    ||||||||| || |||||||| |||||||| || || ||||| |||||||| ||||||||||| ||| | |  |||   |||||||| |||  ||| |||    
T  38036854 gagtcaagccgaggaagaattcggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcacagaatacgttttcttgcatattacttctcacttcaat 38036755  T
Q  238 gggctatgaatcttttactgtagcatactgacataga 274  Q
    ||||||| ||||||  ||| ||| | |||||||||||    
T  38036754 gggctataaatcttacactataggagactgacataga 38036718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 35 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 48840875 - 48840703
Alignment:
Q  35 cagatgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacactt 134  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||| || | || |||||| |   |||||| ||||| ||||| ||  |||||||||||||| | || |||||| ||||    
T  48840875 cagatgtgccaaagggatatcttgcattgtacgtcggagaggagatgaagcgatttgtaatccccatgccatacttgaaccaagcctcatttcaagactt 48840776  T
Q  135 gttgagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatg 208  Q
    ||||||| |||  ||  ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  48840775 gttgagt-aagtggagaaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatg 48840703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 43 - 113
Target Start/End: Original strand, 50913480 - 50913550
Alignment:
Q  43 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaa 113  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||  |||| |||||||||| ||||||    
T  50913480 ccaaaaggctatcttgcagtgtatgttggagagaaaatgaagaggttcttgattccaatatcattcttgaa 50913550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 82; Significance: 2e-38; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 38 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 21607457 - 21607288
Alignment:
Q  38 atgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgtt 137  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||  ||||||||||| ||  |||||||||||| ||||| || ||||||||||||| | | || |||||| |||| ||    
T  21607457 atgtaccaaagggatatcttgcggtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccgagcttcctttcaaaacttatt 21607358  T
Q  138 gagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagat 207  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| ||||||    
T  21607357 gagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacggttccttgcacagaagat 21607288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 38 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 21604915 - 21604702
Alignment:
Q  38 atgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgtt 137  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| | || |||||| ||  |||||| ||||| ||||| |  ||||||||||||||| | || |||||| || ||||    
T  21604915 atgtgccaaagggctatcttgcagtgtaagtaggagagcaaatgaagcgatttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacatgtt 21604816  T
Q  138 gagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgccttccaacatattacctcttgcttgaat 237  Q
    ||||||||  || |||||||| |||||||| || || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |  |||   |||||||| |||  ||| |||    
T  21604815 gagtcaagacgaggaagaattaggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcacagaagacgttttcttgcatattacttctcacttcaat 21604716  T
Q  238 gggctatgaatctt 251  Q
    ||||||| ||||||    
T  21604715 gggctataaatctt 21604702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 121 - 208
Target Start/End: Original strand, 21634605 - 21634692
Alignment:
Q  121 tcgtttcaacacttgttgagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatg 208  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| |  ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||    
T  21634605 tcgtttcaagacttgctgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatcgaatgggcggcttcacaattccttgcaccgaagatg 21634692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 67; Significance: 2e-29; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 38 - 208
Target Start/End: Original strand, 3073548 - 3073718
Alignment:
Q  38 atgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaacacttgtt 137  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||| | ||||||||| ||  |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| | || |||||| ||||| |    
T  3073548 atgtgccaaagggatatcttgcggtgtacgttggagaggaaatgaagcggtttgtgatccctacgtcatacttgaaccaaacttcatttcaatacttgct 3073647  T
Q  138 gagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatg 208  Q
    |||||  || || |||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  3073648 gagtcgggcagaggaagaattcggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatg 3073718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 46 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 21477526 - 21477460
Alignment:
Q  46 aagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaa 113  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||  | |||||| ||||||||||||||||||||    
T  21477526 aagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaaatgacaccgtttgt-atcccaatatcatacttgaa 21477460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University