View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11166_low_2 (Length: 771)

Name: NF11166_low_2
Description: NF11166
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11166_low_2
NF11166_low_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (11-756)||(49085565-49086314)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 652; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 652; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 756
Target Start/End: Original strand, 49085565 - 49086314
Alignment:
Q  11 atgaaagccgaaaaagacaggcagagaaccgcccccgggtgaaagggcagtttgttcgccaagtacagggtgaagttccagtagctgaaaccagaggcta 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  49085565 atgaaagccgaaaaagacaggcagagaaccgcccccgggtgaaagggcagtttgttcgccaagtacagggtgaagttccggtagctgaaaccagaggcta 49085664  T
Q  111 ctgagattgttttgtttcaagttaccttcattattgatttacagtctgacttgaacactaatttgactcaacaatggttaactgtagtgtaggtcgagtg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  49085665 ctgagattgttttgtttcaagttaccttcattattgatttacagtctgacttgaacactaatttgactcaacaatggttaactgtagtgtaggtctagtg 49085764  T
Q  211 agatgaaattgtttttaatagcatttttagtgctttctgtcggcttgtttgttaattatattgactcattgactgtctcctacaaatttaggattgtaat 310  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49085765 aaatcaaattgtttttaatagcatttttagtgctttctgtcggcttgtttgttaattacattgactcattgactgtctcctacaaatttaggattgtaat 49085864  T
Q  311 tattatgtagtgattgatttgaattttttattgtacctcg----tgtaaatcttacttgttagggctgtggtttaactagtatgcttatgtctaataacg 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  49085865 tattatgtagtgattgatttgaattttttattgtacctcgtttatttaaatcttacttgttagggctgtggtttaactagcatgcttatgtctaataacg 49085964  T
Q  407 atgaggccaagatcctgcttttagctggaagaattgcatttgcaggaatgatttcgtccgttcttacattatttctgtgccnnnnnnngagtagaatata 506  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||    
T  49085965 atgaagccaagatcctgcttttagctggaagaattgcatttgcaggaatgatttcgtccgttcttacattatttctgtgcctttttttgagtagaatata 49086064  T
Q  507 agcacgattcataaaatatactctcaaattgtattttatcattcaaaaagattttttaaataacgcttcgaaacattgatgaattctgctactgtaatca 606  Q
    |||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  49086065 agcaagattcataaaatatgctctaaaattgtattttatcattcaaaaagattttttaaataacgcttcgaaacattgatgaattctgcttctgtaacca 49086164  T
Q  607 tttggggattaatatgttgaagactcgcataacattatggcttcgtttgttatagtaatagttgtcccattagcgatccacgtagaatgtttattatgca 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  49086165 tttggggattaatatgttgaagactcgcataacattatggcttcgtttgttatagtaatagttgtcccattaacgatccacgtagaatgtttattatgca 49086264  T
Q  707 ctagattatttttgccttattcgtcgtctttcttaatgaaggtgtttgct 756  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  49086265 ctagattatttttgccttattcgtcgtctttcataatgaaggtgtttgct 49086314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University