View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF11171A_high_13 (Length: 424)
Name: NF11171A_high_13
Description: NF11171A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11171A_high_13 |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 347; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 280766 - 280386
Alignment:
| Q |
19 |
acatcaaagacagaagagtagtgtgcaagttgagatcaagtttaaccctaactttgaagctaagaaaaggttatatatatatgtattcaggccattatta |
118 |
Q |
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| T |
280766 |
acatcaaagacagaagagtagtgtgcaagttgagatcaagtttaaccctaactttgaagctaagaaaaggttatatat----gtattc----cattatta |
280675 |
T |
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| Q |
119 |
agccggcaaaacaagggtaggagtaaagcagcaaaaatatgtcagttctaattcctaaggttcaagtgggttccacagacaagctagaaagaacttatgg |
218 |
Q |
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| T |
280674 |
agccggcaaaacaagggtaggagtaaagcagcaaaaatatgtcagttctaattcctaaggttcaagtgggttccacagacaagctagaaagaacttatgg |
280575 |
T |
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| Q |
219 |
ataaaatacaatacaagagcaagagggagaatatgatatatctatccatcccttaattatatctaaaataaacatctttataataataaactatagtagt |
318 |
Q |
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| T |
280574 |
ataaaatataatacaagagcaagagggagaatatgatatatctatccatcccttaattatatctaaaataaacatctttataataataaactatagcagt |
280475 |
T |
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| Q |
319 |
attgaattgtgatattgaatatgtttcaatcagatgcattttgatgataagaattcagaaaacaaaaaccatacgtacctgtttatttg |
407 |
Q |
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| T |
280474 |
attgaattgtgatattgaatatgtttcaatcagatgcattttgatgataagaattcagaaaacaaaaaccatacgtacctgtttatttg |
280386 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 407
Target Start/End: Original strand, 635086 - 635466
Alignment:
| Q |
19 |
acatcaaagacagaagagtagtgtgcaagttgagatcaagtttaaccctaactttgaagctaagaaaaggttatatatatatgtattcaggccattatta |
118 |
Q |
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| T |
635086 |
acatcaaagacagaagagtagtgtgcaagttgagatcaagtttaaccctaactttgaagctaagaaaaggttatatat----gtattc----cattatta |
635177 |
T |
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| Q |
119 |
agccggcaaaacaagggtaggagtaaagcagcaaaaatatgtcagttctaattcctaaggttcaagtgggttccacagacaagctagaaagaacttatgg |
218 |
Q |
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| T |
635178 |
agccggcaaaacaagggtaggagtaaagcagcaaaaatatgtcagttctaattcctaaggttcaagtgggttccacagacaagctagaaagaacttatgg |
635277 |
T |
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| Q |
219 |
ataaaatacaatacaagagcaagagggagaatatgatatatctatccatcccttaattatatctaaaataaacatctttataataataaactatagtagt |
318 |
Q |
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| T |
635278 |
ataaaatataatacaagagcaagagggagaatatgatatatctatccatcccttaattatatctaaaataaacatctttataataataaactatagcagt |
635377 |
T |
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| Q |
319 |
attgaattgtgatattgaatatgtttcaatcagatgcattttgatgataagaattcagaaaacaaaaaccatacgtacctgtttatttg |
407 |
Q |
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| T |
635378 |
attgaattgtgatattgaatatgtttcaatcagatgcattttgatgataagaattcagaaaacaaaaaccatacgtacctgtttatttg |
635466 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 407
Target Start/End: Original strand, 820889 - 821269
Alignment:
| Q |
19 |
acatcaaagacagaagagtagtgtgcaagttgagatcaagtttaaccctaactttgaagctaagaaaaggttatatatatatgtattcaggccattatta |
118 |
Q |
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| T |
820889 |
acatcaaagacagaagagtagtgtgcaagttgagatcaagtttaaccctaactttgaagctaagaaaaggttatatat----gtattc----cattatta |
820980 |
T |
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| Q |
119 |
agccggcaaaacaagggtaggagtaaagcagcaaaaatatgtcagttctaattcctaaggttcaagtgggttccacagacaagctagaaagaacttatgg |
218 |
Q |
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| T |
820981 |
agccggcaaaacaagggtaggagtaaagcagcaaaaatatgtcagttctaattcctaaggttcaagtgggttccacagacaagctagaaagaacttatgg |
821080 |
T |
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| Q |
219 |
ataaaatacaatacaagagcaagagggagaatatgatatatctatccatcccttaattatatctaaaataaacatctttataataataaactatagtagt |
318 |
Q |
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| T |
821081 |
ataaaatataatacaagagcaagagggagaatatgatatatctatccatcccttaattatatctaaaataaacatctttataataataaactatagcagt |
821180 |
T |
|
| Q |
319 |
attgaattgtgatattgaatatgtttcaatcagatgcattttgatgataagaattcagaaaacaaaaaccatacgtacctgtttatttg |
407 |
Q |
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| T |
821181 |
attgaattgtgatattgaatatgtttcaatcagatgcattttgatgataagaattcagaaaacaaaaaccatacgtacctgtttatttg |
821269 |
T |
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