View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11171A_low_16 (Length: 448)

Name: NF11171A_low_16
Description: NF11171A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11171A_low_16
NF11171A_low_16
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (39-448)||(15651872-15652282)
chr8 (39-448)||(15608059-15608470)
chr8 (39-448)||(15616581-15616984)
chr8 (93-448)||(15628104-15628452)
chr8 (39-448)||(15639795-15640176)
chr8 (62-448)||(15995503-15995887)
chr8 (39-165)||(15626437-15626564)
chr8 (39-165)||(15650194-15650321)
chr8 (93-273)||(12068310-12068492)
chr8 (66-193)||(15971980-15972106)
chr8 (279-380)||(12057583-12057687)
chr8 (288-380)||(12039289-12039384)
chr8 (271-347)||(12059163-12059241)
chr8 (272-337)||(12139315-12139382)
chr8 (275-337)||(12043797-12043861)
chr8 (393-430)||(12063528-12063565)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (61-134)||(2660323-2660397)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 359; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 15652282 - 15651872
Alignment:
Q  39 accaacaaacgagat-gacgttggcattcaaactcaaagattaggtttagatttcttttagccaaaaagacagcaatggcggctgaactgcttcttgaac 137  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15652282 accaacaaacgagatcgacggtggcattcaaactcaaagattaggtttagatttcttttggccaaaaagaaagcaatggcggctgaacagcttcttgaac 15652183  T
Q  138 acttcaaatctctgatgtcacttgaaattatgtatgattccgttatcctctcctctagtcagaccttaggccgttttctcggtttttctcaacatactcc 237  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15652182 acttcaaatgtctgatttcacttgaaatcatgtatgattccgttatcctctcctctagtcagaccttaggccgttttctcggtttttctcagcatactcc 15652083  T
Q  238 acagtgtatgatgatgggatatgtatagatatgttgctcagtatctagacaataataagactgcaaccaaaatacaacacagtcaagtgatagacattca 337  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15652082 acagtgtatgatgatgggatatgtatagatatgttgctcagtatctagacaataataagactgcaaccaaaatacaacacagtcaagtgatagacattca 15651983  T
Q  338 aagaaaaagatacaatggtggagagtattcaaataattatttctttacatgaatactaattaattttctctctatgtcagagatataagtagaattgttg 437  Q
     ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15651982 tagaaaaagatacattgatggagagtattcaaataattatttctttacatgaatactaattaattttctctctatgtcagagatataagtagaattgttg 15651883  T
Q  438 ctgcaaatatt 448  Q
    |||||||||||    
T  15651882 ctgcaaatatt 15651872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 15608470 - 15608059
Alignment:
Q  39 accaacaaacgagat-gacgttggcattcaaactcaaagattaggtttagatttcttttagccaaaaagacagcaatggcggctgaactgcttcttgaac 137  Q
    ||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15608470 accaacaaacgagatcgatggtggcattcaaactcaaagattaggtttagatttcttttagccaaaaagacagcaatggcggctgaacagcttcttgaac 15608371  T
Q  138 acttcaaatctctgatgtcacttgaaattatgtatgattccgttatcctctcctctagtcagaccttaggccgttttctcggtttttctcaacatactcc 237  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15608370 acttcaaatgtctgatttcacttgaaatcatgtatgattccgttatcctctcctgtagtcagaccttaggccgttttctcggtttttctcagcatactcc 15608271  T
Q  238 acagtgtatgatgatgggatatgtatagatatgttgctcagtatctagacaataataagactgcaaccaaaatacaacacagtcaagtgatagaca-ttc 336  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  15608270 acagtgtatgatgatgggatatgtatagatatgttgctcagtatctagacaataataagactgcaaccaaaatacaacacagtcaagtgatagacatttc 15608171  T
Q  337 aaagaaaaagatacaatggtggagagtattcaaataattatttctttacatgaatactaattaattttctctctatgtcagagatataagtagaattgtt 436  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15608170 aaagaaaaagatacaatggtggagagtattcaaataattatttctttacatgaatactaactaattttctctctatgtcagagttataagtagaattgtt 15608071  T
Q  437 gctgcaaatatt 448  Q
    ||||||||||||    
T  15608070 gctgcaaatatt 15608059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 39 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 15616984 - 15616581
Alignment:
Q  39 accaacaaacgagat-gacgttggcattcaaactcaaagattaggtttagatttcttttagccaaaaagacagcaatggcggctgaactgcttcttgaac 137  Q
    ||||||||||||||| || | || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15616984 accaacaaacgagatcgatggtgtcattcaaactcaaagattaggtttagatatcttttagccaaaaagacagcaatggcggctgaacagcttcttgaac 15616885  T
Q  138 acttcaaatctctgatgtcacttgaaattatgtatgattccgttatcctctcctctagtcagaccttaggccgttttctcggtttttctcaacatactcc 237  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||| ||| | ||          
T  15616884 acttcaaatgtctgatgtcacttgaaatcatgtatgattccgttatcctctcctctagtcagaccttaggccaatatctcggtttctcttagca------ 15616791  T
Q  238 acagtgtatgatgatgggatatgtatagatatgttgctcagtatctagacaataataagactgcaaccaaaatacaacacagtcaagtgatagacattca 337  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15616790 -cagtgtatgatgatgggatatgtatagatatgttgctcaatatctagacaataataagactgcaaccaaaatacaacacagtcaagtgatagacattca 15616692  T
Q  338 aagaaaaagatacaatggtggagagtattcaaataattatttctttacatgaatactaattaattttctctctatgtcagagatataagtagaattgttg 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  15616691 aagaaaaagatacaatggtggagagtattcaaataattatttgtttacatgaatactaattaattttctctctatgtcagagatataagtagaatctttg 15616592  T
Q  438 ctgcaaatatt 448  Q
    |||||||||||    
T  15616591 ctgcaaatatt 15616581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 93 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 15628452 - 15628104
Alignment:
Q  93 ttttagccaaaaagacagcaatggcggctgaactgcttcttgaacacttcaaatctctgatgtcacttgaaattatgtatgattccgttatcctctcctc 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15628452 ttttagccaaaaagacagcaatggcggctgaacagcttcttgaacacttcaaatgtctgatttcacttgtaatcatgtatgattccgttatcctctcctc 15628353  T
Q  193 tagtcagaccttaggccgttttctcggtttttctcaacatactccacagtgtatgatgatgggatatgtatagatatgttgctcagtatctagacaataa 292  Q
    |||||||||||||||||  | ||||||||| ||| | ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15628352 tagtcagaccttaggccaatatctcggtttctcttagca-------cagtgtatgatgatgggatatgtatagatatgttgctcaatatctagacaataa 15628260  T
Q  293 taagactgcaaccaaaatacaacacagtcaagtgatagacattcaaagaaaaagatacaatggtggagagtattcaaataattatttctttacatgaata 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15628259 taagactgcaaccaaaatacaacacagtcaagtgatagacattcatagaaaaagatacattgatggagagtattcaaataattatttctttacatgaata 15628160  T
Q  393 ctaattaattttctctctatgtcagagatataagtagaattgttgctgcaaatatt 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15628159 ctaattaattttctctctatgtcagagatataagtagaattgttgctgcaaatatt 15628104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 39 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 15640176 - 15639795
Alignment:
Q  39 accaacaaacgagat-gacgttggcattcaaactcaaagattaggtttagatttcttttagccaaaaagacagcaatggcggctgaactgcttcttgaac 137  Q
    ||||||||||||||| || | || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15640176 accaacaaacgagatcgatggtgccattcaaactcaaagattaggtttagatatcttttagccaaaaagacagcaatggcggctgaacagcttcttgaac 15640077  T
Q  138 acttcaaatctctgatgtcacttgaaattatgtatgattccgttatcctctcctctagtcagaccttaggccgttttctcggtttttctcaacatactcc 237  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||| ||| | ||          
T  15640076 acttcaaatgtctgatgtcacttgaaatcatgtatgattccgttatcctctcctctagtcagaccttaggccaatatctcggtttctcttagca------ 15639983  T
Q  238 acagtgtatgatgatgggatatgtatagatatgttgctcagtatctagacaataataagactgcaaccaaaatacaacacagtcaagtgatagacattca 337  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15639982 -cagtgtatgatgatgggatatgtatagatatgttgctcaatatctagacaataataagactgcaaccaaaatacaacacagtcaagtgatagacattca 15639884  T
Q  338 aagaaaaagatacaatggtggagagtattcaaataattatttctttacatgaatactaattaattttctctctatgtcagagatataagtagaattgttg 437  Q
    |||||||  ||||                    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15639883 aagaaaa--atac--------------------taattaattgtttacatgaatactaattaattttctctctatgtcagagatataagtagaattgttg 15639806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 62 - 448
Target Start/End: Original strand, 15995503 - 15995887
Alignment:
Q  62 cattcaaactcaaagattaggtttagatttcttttagccaaaaagacagcaatggcggctgaactgcttcttgaacacttcaaatctctgatgtcacttg 161  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  15995503 cattcaaactcctagattaggtttagattttttttagccaaaaagacagcaatggcggctgaacagcttcttgaacacttcaaatgtctgatttcacttg 15995602  T
Q  162 aaattatgtatgattccgttatcctctcctctagtcagaccttaggccgttttctcggtttttctcaacatactccaca--gtgtatgatgatgggatat 259  Q
    |||| ||||  ||| || |||||||||| |||  ||||||||| | || ||    || || |||| | ||| |  ||||  |||||||||||||| ||||    
T  15995603 aaatcatgtccgatcccattatcctctcatctgatcagacctttgaccattc---cgtttattcttagcatgcatcacatagtgtatgatgatggtatat 15995699  T
Q  260 gtatagatatgttgctcagtatctagacaataataagactgcaaccaaaatacaacacagtcaagtgatagacattcaaagaaaaagatacaatggtgga 359  Q
    ||| ||  |||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  15995700 gtacagtaatgttgctcagtatatggacaataataagactgtaacaaaaataaaacacagtcaagtgatagacattcaaagaaaatgatacattggtgga 15995799  T
Q  360 gagtattcaaataattatttctttacatgaatactaattaattttctctctatgtcagagatataagtagaattgttgctgcaaatatt 448  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||  ||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15995800 gagtattcaaaaaattatttccttgaatgaa-actaattaatttgctctctatgtcagatatataagtagaattgttgctgcaaatatt 15995887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 39 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 15626564 - 15626437
Alignment:
Q  39 accaacaaacgagat-gacgttggcattcaaactcaaagattaggtttagatttcttttagccaaaaagacagcaatggcggctgaactgcttcttgaac 137  Q
    ||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15626564 accaacaaacgagatcgatggtggcattcaaactcaaagattaggtttagatttcttttagccaaaaagacagcaatggcggctgaacagcttcttgaac 15626465  T
Q  138 acttcaaatctctgatgtcacttgaaat 165  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15626464 acttcaaatgtctgatgtcacttgaaat 15626437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 39 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 15650321 - 15650194
Alignment:
Q  39 accaacaaacgagat-gacgttggcattcaaactcaaagattaggtttagatttcttttagccaaaaagacagcaatggcggctgaactgcttcttgaac 137  Q
    ||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15650321 accaacaaacgagatcgatggtggcattcaaactcaaagattaggtttagatttcttttagccaaaaagacagcaatggcggctgaacagcttcttgaac 15650222  T
Q  138 acttcaaatctctgatgtcacttgaaat 165  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||    
T  15650221 acttcaaatgtctgatatcacttgaaat 15650194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 93 - 273
Target Start/End: Original strand, 12068310 - 12068492
Alignment:
Q  93 ttttagccaaaaagacagcaatggcggctgaactgcttcttgaacacttcaaatctctgatgtcacttgaaattatgtatgattccgttatcctctcctc 192  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||  |||||||||| |||| |||| |||||||||||| |||    
T  12068310 ttttatccaaaaagacagcaatggcggttgaacagcttcttgaacacttcaaatgtccgattgcacttgaaatcatgtctgatcccgttatcctcttctc 12068409  T
Q  193 tagtcagaccttaggccgttttctcggtttttctcaacatactccac--agtgtatgatgatgggatatgtatagatatgttg 273  Q
    | ||||  |||||| ||||| || |||||||||  | | ||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12068410 tggtcaacccttagaccgttatcccggtttttcgtagcgtactccacatagtctatgatgatgggatatgtatagaaatgttg 12068492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 66 - 193
Target Start/End: Original strand, 15971980 - 15972106
Alignment:
Q  66 caaactcaaagattaggtttagatttcttttagccaaaaagacagcaatggcggctgaactgcttcttgaacacttcaaatctctgatgtcacttgaaat 165  Q
    ||||||| ||||||||||||||| || || ||||||||||||||| |||| ||||||||  |||||||||||||||||||| ||  || |||||||||||    
T  15971980 caaactccaagattaggtttagactt-ttgtagccaaaaagacagaaatgacggctgaatagcttcttgaacacttcaaatgtccaatttcacttgaaat 15972078  T
Q  166 tatgtatgattccgttatcctctcctct 193  Q
     ||||  |||   |||||||||||||||    
T  15972079 catgtccgatcttgttatcctctcctct 15972106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 279 - 380
Target Start/End: Original strand, 12057583 - 12057687
Alignment:
Q  279 tatctagacaataataagactgcaacc--aaaatacaacacagtcaagtgatagacattcaaag-aaaaagatacaatggtggagagtattcaaataatt 375  Q
    ||||| || |||||||||||| ||||   ||||||||||||| |||| ||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||||||| |||     
T  12057583 tatcttgataataataagactacaacagaaaaatacaacacactcaactgatagacattcatagaaaaaagatccattggtggagagtattcaaaaaatc 12057682  T
Q  376 atttc 380  Q
    |||||    
T  12057683 atttc 12057687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 288 - 380
Target Start/End: Original strand, 12039289 - 12039384
Alignment:
Q  288 aataataagactgcaacc--aaaatacaacacagtcaagtgatagacattcaaag-aaaaagatacaatggtggagagtattcaaataattatttc 380  Q
    |||||||||||| ||||   ||||||||||||| |||| ||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||||||| ||| |||||    
T  12039289 aataataagactacaacagaaaaatacaacacactcaactgatagacattcatagaaaaaagattcattggtggagagtattcaaaaaatcatttc 12039384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 271 - 347
Target Start/End: Original strand, 12059163 - 12059241
Alignment:
Q  271 ttgctcagtatctagacaataataagactgcaaccaaaa--tacaacacagtcaagtgatagacattcaaagaaaaaga 347  Q
    |||||| |||||| ||||||| |||||| |||||  |||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  12059163 ttgctcggtatctggacaatagtaagaccgcaacagaaaattacaacacagtcaagtgatagacattcatagaaaaaga 12059241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 272 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 12139382 - 12139315
Alignment:
Q  272 tgctcagtatctagacaataataagactgcaacc--aaaatacaacacagtcaagtgatagacattca 337  Q
    ||||| |||||| ||||| | ||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12139382 tgctcggtatctggacaacagtaagactgcaacagaaaaatacgacacagtcaagtgatagacattca 12139315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 275 - 337
Target Start/End: Original strand, 12043797 - 12043861
Alignment:
Q  275 tcagtatctagacaataataagactgcaacc--aaaatacaacacagtcaagtgatagacattca 337  Q
    ||||||||| ||||||||||||| | ||||   ||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  12043797 tcagtatcttgacaataataagattacaacagaaaaatacaacacaatcaactgatagacattca 12043861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 393 - 430
Target Start/End: Original strand, 12063528 - 12063565
Alignment:
Q  393 ctaattaattttctctctatgtcagagatataagtaga 430  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  12063528 ctaattaatttgcactctatgtcagagatataagtaga 12063565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000007; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 61 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 2660397 - 2660323
Alignment:
Q  61 gcattcaaactcaaagattaggtttaga-tttcttttagccaaaaagacagcaatggcggctgaactgcttcttg 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||| ||   |||||||||| ||||||||    
T  2660397 gcattcaaactcaaagattaggtttagattttgttttagccaaaatgacatcagcagcggctgaacagcttcttg 2660323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University