View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11176_low_1 (Length: 804)

Name: NF11176_low_1
Description: NF11176
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11176_low_1
NF11176_low_1
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (1-789)||(40146337-40147124)
chr3 (169-785)||(8103025-8103643)
chr3 (486-773)||(40409346-40409631)
chr3 (4-133)||(8102824-8102953)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (166-765)||(7637613-7638214)
chr4 (166-755)||(7629167-7629758)
chr4 (166-765)||(7615778-7616379)
chr4 (161-755)||(7606777-7607373)
chr4 (134-401)||(7655475-7655742)
chr4 (506-785)||(7655092-7655371)
chr4 (65-103)||(39082796-39082834)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (134-765)||(8935073-8935706)
chr7 (241-690)||(8934207-8934655)
chr7 (310-447)||(8929994-8930131)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (167-743)||(6501058-6501632)
chr6 (262-422)||(11969553-11969713)
chr6 (79-137)||(11969370-11969428)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 757; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 757; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 789
Target Start/End: Complemental strand, 40147124 - 40146337
Alignment:
Q  1 agatgtgtaaaaagtgattggagggatgatattttgttggtaccaatctccatgttggctttcaatttcagttgagcgattttctcctttgtgaaatgga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40147124 agatgtgtaaaaagtgattggagggatgatattttgttggtaccaatctccatgttggctttcaatttcagttgagcgattttctcctttgtgaaatgga 40147025  T
Q  101 ataacctctctgatgaattgaatttttcgttatcatcagagtcattcttttgtgactctatagtaaaaggaaatcgtatgggatgttgaataccacttgg 200  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40147024 ataacctctctgatggattgaacttttcgttatcatcagagtcattcttttgtggctctatagtaaaaggaaatcgtatgggatgttgaataccacttgg 40146925  T
Q  201 aaaccaacgttctagcgttatgagtttggatacttgattgcaacaaccacgcgagattttcgcccatgagttaatgaaaagccatgtggactctccgtca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40146924 aaaccaacgttctagcgttatgagtttggatacttgattgcaacaaccacgcgagattttcgcccatgaattaatgaaaagccatgtggactctccgtca 40146825  T
Q  301 acaaccgcatggttaaatgtaaaaccaatgaagaagccgtcaactaactctgtcacttgcacaactaacaatggttgtgatgtgccttcgtaatttttaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40146824 acaaccgcatggttaaatgtaaaaccaatgaagaagccgtcaactaactctgtcacttgcacagctaacaatggttgtgatgtgccttcgtaatttttaa 40146725  T
Q  401 ctctggttaatggaaaaaatgaatcgacgatgggaggaacgtaggtgcatccaagtatgtcacctacacaagtgtttctctgccgcggcatggacaaaga 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  40146724 ctctggttaatggaaaaaatgaatcgacgatgggaggaacgtaggtgcatccaagtatgtcacctacacaagtg-ttctctgccgcagcatggacaaaga 40146626  T
Q  501 gcgcgcctgcattgttgcatgtgacggaacatgaaacggtgttgtccttgtgatctgttatttctagacggcctgcaagtggtgggaaaaaggcaagggt 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40146625 gcgcgcctgcattgttgcatgtgacggaacatgaaacggtgttgtccttgtgatctgttatttctagacggcctgcaagtggtgggaaaaaggcaagggt 40146526  T
Q  601 agaagatagagagtgtttcagatgttgaatttggtttggcactagaggatggtgataaagaagaccctttttggtgggtgcaattagtaggtaccggaga 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40146525 agaagatagagagtgtttcagatgttgaatttggtttggcactagaggatggtgataaagaagaccctttttggtgggtgcaattagtaggtaccggaga 40146426  T
Q  701 tcccatggagttaaatcaattttttgatcacttgaatttggtgacttgattgtatgggtagagaggacttggaatgcagccatgtattt 789  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40146425 tcccatggagttaaatcaattttttgatcacttgaatttggtgacttgattgtatgggtagagaggacttggaatgcagccatgtattt 40146337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 169 - 785
Target Start/End: Original strand, 8103025 - 8103643
Alignment:
Q  169 ggaaatcgtatgggatgttgaataccacttggaaaccaacgttctagcgttatgagtttggatacttgattgcaacaaccac---gcgagattttcgccc 265  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||| || |||  ||||||||||  |||||||||||||||||   | |||||||  ||||    
T  8103025 ggaaatcgtatgggacattgaataccatctggaaaccaacgttcaagtgttgagagtttggatgtttgattgcaacaaccaccacgtgagatttcagccc 8103124  T
Q  266 atgagttaatgaaaagccatgtggactctccgtcaacaaccgcatggttaaatgtaaaaccaatgaagaagccgtcaactaactctgtcacttgcacaac 365  Q
    | || |||||||||  |||||  ||   ||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||  |    
T  8103125 acgaattaatgaaataccatgccgaagttccatcaacaaccacatggttaaaagtaaaaccaataaagatgccgtcaactaactctgtcacttgcacggc 8103224  T
Q  366 taacaatggttgtgatgtgccttcgtaatttttaactctggttaatggaaaaaatgaatcgacgatgggaggaacgtaggtgcatccaagtatgtcacct 465  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||| | || | | | |||| ||||||||| ||  ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  8103225 aaacaatggttgtgatgtgccttcgtagtttttgattccgttcagtggataaaatgaattgagaatgggaggaatataggtgcatccaagtatgtcacct 8103324  T
Q  466 acacaagtgtttctctgccgcggcatggacaaagagcgcgcctgcattgttgcatgtgacggaacatgaaacggtgttgtccttgtgatctgttatttct 565  Q
    ||||||||||| ||| |  |  ||||||||||||||  | || ||||||||||| ||||| ||||| || | ||||||||| |  || ||||||||||||    
T  8103325 acacaagtgtt-ctcagttgtagcatggacaaagagtacaccggcattgttgcacgtgaccgaacacgacatggtgttgtcttcatggtctgttatttct 8103423  T
Q  566 agacggcctgcaagtggtgggaaaaaggcaagggtagaagatagagagtgtttcagatgttgaatttggtttggcactagaggatggtgataaagaagac 665  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| || ||| |||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||    
T  8103424 agacggcctgcaagtagtgggaaaaaagcaagagtagatgatagagattgttttagctgtggaatttggtttgactctagaggatggtggtaaaggagac 8103523  T
Q  666 cctttttggtgggtgcaattagtaggtaccggagatcccatggagttaaatcaattttttgatcacttgaatttggtgacttgattgtatgggtagagag 765  Q
    |||| | ||||||| |||  |||||   |  ||||||||||||||| | ||||||||||| |||| |||||||||||| ||| |||||||  ||||||||    
T  8103524 ccttatgggtgggttcaacaagtagaaccttgagatcccatggagtaagatcaattttttcatcagttgaatttggtgcctttattgtatctgtagagag 8103623  T
Q  766 gacttggaatgcagccatgt 785  Q
    |||| |||  ||||||||||    
T  8103624 gactcggatggcagccatgt 8103643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 486 - 773
Target Start/End: Complemental strand, 40409631 - 40409346
Alignment:
Q  486 cggcatggacaaagagcgcgcctgcattgttgcatgtgacggaacatgaaacggtgttgtccttgtgatctgttatttctagacggcctgcaagtggtgg 585  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||| |||| ||||||||| || || |||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  40409631 cggcatgcacaaagagcgcacctgcattgttgcatgtgacacaacacgaaatggtgttgtctttatggtctgttctctctagacggcctgcaagtggtgg 40409532  T
Q  586 gaaaaaggcaagggtagaagatagagagtgtttcagatgttgaatttggtttggcactagaggatggtgataaagaagaccctttttggtgggtgcaatt 685  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||| |||||| |    
T  40409531 gaaaaaggcaagggcagaggatagagagtgtttcagatgttgaatttggtttggcactagaggatggtgatgaagaaga--ctttttggtgcgtgcaact 40409434  T
Q  686 agtaggtaccggagatcccatggagttaaatcaattttttgatcacttgaatttggtgacttgattgtatgggtagagaggacttgga 773  Q
    |||||| || |||||||||||||||| |||| | | |||||||   |||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| |||||||    
T  40409433 agtaggaactggagatcccatggagtcaaatgattattttgatttgttgaatttggtgcctttattgtatcggtagagagaacttgga 40409346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 4 - 133
Target Start/End: Original strand, 8102824 - 8102953
Alignment:
Q  4 tgtgtaaaaagtgattggagggatgatattttgttggtaccaatctccatgttggctttcaatttcagttgagcgattttctcctttgtgaaatggaata 103  Q
    |||| |||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||  | || | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  8102824 tgtgcaaaaagtgcttgaagggaagatattttgttcgtacccgtttctaagttggctttcaatttcaattgagagattttctcctttgtgaaatgaaata 8102923  T
Q  104 acctctctgatgaattgaatttttcgttat 133  Q
    ||||  ||||||  |||| |||||||||||    
T  8102924 acctaactgatgggttgagtttttcgttat 8102953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 116; Significance: 1e-58; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 166 - 765
Target Start/End: Original strand, 7637613 - 7638214
Alignment:
Q  166 aaaggaaatcgtatgggatgttgaataccacttggaaaccaacgttctagcgttatgagtttggatacttgat--tg-caacaaccacgcgagattttcg 262  Q
    |||||||||||||| ||  |||||| |||| ||||||||||||| ||||| |||  | |||| |||| |||||  || ||||||| ||| |||||||  |    
T  7637613 aaaggaaatcgtataggccgttgaacaccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttagatatttgatgatgacaacaactacgtgagatttcag 7637712  T
Q  263 cccatgagttaatgaaaagccatgtggactctccgtcaacaaccgcatggttaaatgtaaaaccaatgaagaagccgtcaactaactctgtcacttgcac 362  Q
    |||| || || |||||| ||||   ||||| ||||||||| ||  ||||||||||||   |||||||||| |  |||||||||| ||| || ||||| ||    
T  7637713 cccaggaattgatgaaatgccacacggactttccgtcaacgacaacatggttaaatgagcaaccaatgaaaataccgtcaactagctccgttacttgaac 7637812  T
Q  363 aactaacaatggttgtgatgtgccttcgtaatttttaactctggttaatggaaaaaatgaatcgacgatgggaggaacgtaggtgcatccaagtatgtca 462  Q
      | |||||||||| |||||||||||| ||  || | |||  || ||| | ||| ||| |||| || || ||||| |||||||||  | | || |||||     
T  7637813 tgccaacaatggttttgatgtgccttcatagcttcttacttcggataaagcaaataataaatcaacaattggaggtacgtaggtgggttctaggatgtct 7637912  T
Q  463 cctacacaagtgtttctctgccgcggcatggacaaagagcgcgcctgcattgttgcatgtgacggaacatgaaacggtgttgtccttgtgatctgttatt 562  Q
     | |||||||| || |||||| |||||||||||||||||  | ||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||||||  |||| || ||||||    
T  7637913 gcaacacaagtatt-ctctgctgcggcatggacaaagagtacacctgcattgttgcatataacggaacacgaaacagtgttgtctctgtgttccgttatt 7638011  T
Q  563 tctagacggcctgcaagtggtgggaaaaaggcaagggtagaagatagagagtgtttcagatgttgaatttggtttggcactagaggatggtgataaagaa 662  Q
    |  |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||  || || ||||||||| ||||  |||| |||||||| |  || |  |||||| |||||||||    
T  7638012 ttgagacggccggcaagaggttggaaaaaggcaagggctgaggacagagagtgtctcagccgttggatttggttagctacaaccggatggcgataaagaa 7638111  T
Q  663 gaccctttttggtgggtgcaattagtaggtaccggagatcccatggagttaaatcaattttttgatcacttgaatttggtgacttgattgtatgggtaga 762  Q
    | ||||||||| ||| |  ||  ||||| |||||||||||||||||||| ||||  ||| |||| |||||||| ||||||| ||||||||||| ||| ||    
T  7638112 ggccctttttgttggttaaaacaagtagataccggagatcccatggagtcaaatggattgtttgctcacttgattttggtgccttgattgtatcggtgga 7638211  T
Q  763 gag 765  Q
    |||    
T  7638212 gag 7638214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 166 - 755
Target Start/End: Original strand, 7629167 - 7629758
Alignment:
Q  166 aaaggaaatcgtatgggatgttgaataccacttggaaaccaacgttctagcgttatgagtttggatacttgat--tg-caacaaccacgcgagattttcg 262  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    |||    |||| |||| |||||  || ||||||| ||| |||||||  |    
T  7629167 aaaggaaatcgtatgggaagttgaataccatttggaaaccaacgttcagatgttggaggtttagatatttgatgatgacaacaactacgtgagatttcag 7629266  T
Q  263 cccatgagttaatgaaaagccatgtggactctccgtcaacaaccgcatggttaaatgtaaaaccaatgaagaagccgtcaactaactctgtcacttgcac 362  Q
    ||||||| || |||||| ||||   ||||| ||||||||||||  ||||||| |||||  ||||||| ||||  |||||||||| ||| || ||||| ||    
T  7629267 cccatgaattgatgaaatgccacacggactttccgtcaacaacaacatggttgaatgtgcaaccaataaagacaccgtcaactagctccgttacttgaac 7629366  T
Q  363 aactaacaatggttgtgatgtgccttcgtaatttttaactctggttaatggaaaaaatgaatcgacgatgggaggaacgtaggtgcatccaagtatgtca 462  Q
    | | |||||||||| ||| |||||||||||  ||||| |||   | || | ||| | ||||||||| ||  |||| ||||||     | | || ||||||    
T  7629367 agccaacaatggttttgacgtgccttcgtagcttttatctcctataaaggcaaatagtgaatcgacaatttgaggtacgtagaccggttctaggatgtca 7629466  T
Q  463 cctacacaagtgtttctctgccgcggcatggacaaagagcgcgcctgcattgttgcatgtgacggaacatgaaacggtgttgtccttgtgatctgttatt 562  Q
     | |||||||| || ||| || || || |||| ||||||  | ||||||||||||||| | || ||||| || || || ||||||||||| || ||||||    
T  7629467 gcaacacaagtatt-ctcggctgcagcgtggataaagagtacacctgcattgttgcatataacagaacacgagacagtattgtccttgtgttccgttatt 7629565  T
Q  563 tctagacggcctgcaagtggtgggaaaaaggcaagggtagaagatagagagtgtttcagatgttgaatttggtttggcactagaggatggtgataaagaa 662  Q
    || |||||||| ||||| ||| | ||||||| ||||| ||| |||||||||||| ||||  |||| |||||| |||  || |  |||||| |||||||||    
T  7629566 tcaagacggccagcaagaggttgaaaaaaggaaagggcagaggatagagagtgtctcagccgttggatttgggttgctacaaccggatggcgataaagaa 7629665  T
Q  663 gaccctttttggtgggtgcaattagtaggtaccggagatcccatggagttaaatcaattttttgatcacttgaatttggtgacttgattgtat 755  Q
    | ||||||||| ||| || ||  |||||  | ||||||||||||||||| ||||  ||| |||| |||||||| ||||||| |||||||||||    
T  7629666 ggccctttttgttggttgaaacaagtagaaagcggagatcccatggagtcaaatggattgtttggtcacttgattttggtgccttgattgtat 7629758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 166 - 765
Target Start/End: Original strand, 7615778 - 7616379
Alignment:
Q  166 aaaggaaatcgtatgggatgttgaataccacttggaaaccaacgttctagcgttatgagtttggatacttgat--tg-caacaaccacgcgagattttcg 262  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| ||||| |||  | |||| |||| |||||  || ||||||| ||| || ||||  |    
T  7615778 aaaggaaatcgtatgggctgttgaacaccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttagatatttgatgatgacaacaactacgtgatatttcag 7615877  T
Q  263 cccatgagttaatgaaaagccatgtggactctccgtcaacaaccgcatggttaaatgtaaaaccaatgaagaagccgtcaactaactctgtcacttgcac 362  Q
    ||||||| || |||||| ||||    |||||||||||||| ||  ||||||| || |   ||||||| || |  |||||||||| ||| || ||||| ||    
T  7615878 cccatgaattgatgaaatgccacacagactctccgtcaacgacaacatggttgaacgagcaaccaataaaaataccgtcaactagctccgttacttgaac 7615977  T
Q  363 aactaacaatggttgtgatgtgccttcgtaatttttaactctggttaatggaaaaaatgaatcgacgatgggaggaacgtaggtgcatccaagtatgtca 462  Q
      | ||||| |||| ||| |||||||||||  ||| ||| | |||||| |  ||||||||||| || || ||||| || |||||   | | || ||||||    
T  7615978 tgccaacaacggttttgaggtgccttcgtagctttcaaccccggttaaagcgaaaaatgaatcaacaattggaggtacataggtaggttctaggatgtca 7616077  T
Q  463 cctacacaagtgtttctctgccgcggcatggacaaagagcgcgcctgcattgttgcatgtgacggaacatgaaacggtgttgtccttgtgatctgttatt 562  Q
     | |||||||| || ||| || || ||||||| ||||||  | ||||||||||||||| | || ||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||    
T  7616078 gcaacacaagtatt-ctcagctgcagcatggataaagagtacacctgcattgttgcatataacagaacacgagacggtgttgtcattgtgctccgttatt 7616176  T
Q  563 tctagacggcctgcaagtggtgggaaaaaggcaagggtagaagatagagagtgtttcagatgttgaatttggtttggcactagaggatggtgataaagaa 662  Q
    |  |||||||| | ||| ||| ||||||||||||||| ||| || | ||||||| ||||  |||| |||||||| |   | |  ||||||||||||||||    
T  7616177 ttgagacggccggaaagaggttggaaaaaggcaagggcagaggacaaagagtgtctcagccgttggatttggttagcttcaactggatggtgataaagaa 7616276  T
Q  663 gaccctttttggtgggtgcaattagtaggtaccggagatcccatggagttaaatcaattttttgatcacttgaatttggtgacttgattgtatgggtaga 762  Q
    ||||||||  | ||| || |   |||||  ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||| |||||| ||||||| ||| |||||||  |||||    
T  7616277 gaccctttgggttggttgtaccaagtagaaaccggagatcccatggagtcaaatcaatagtttgattacttgattttggtgccttaattgtatcagtaga 7616376  T
Q  763 gag 765  Q
    |||    
T  7616377 gag 7616379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 161 - 755
Target Start/End: Original strand, 7606777 - 7607373
Alignment:
Q  161 tagtaaaaggaaatcgtatgggatgttgaataccacttggaaaccaacgttctagcgttatgagtttggatacttgattgc---aacaaccacgcgagat 257  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||  | ||||||||| |||||  |   ||||||| || || ||    
T  7606777 tagtgaaaggaaatcgtatgggaagttgaataccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttggatatttgatcaccacaacaaccgcgtgatat 7606876  T
Q  258 tttcgcccatgagttaatgaaaagccatgtggactctccgtcaacaaccgcatggttaaatgtaaaaccaatgaagaagccgtcaactaactctgtcact 357  Q
    ||  |||||||| || |||||| ||||   ||||| ||||||||| ||  ||||||| || |   |||||||||| |  |||||||||| ||| || | |    
T  7606877 ttcagcccatgaattgatgaaatgccacacggactttccgtcaacgacaacatggttgaaggagcaaccaatgaaaataccgtcaactagctccgttatt 7606976  T
Q  358 tgcacaactaacaatggttgtgatgtgccttcgtaatttttaactctggttaatggaaaaaatgaatcgacgatgggaggaacgtaggtgcatccaagta 457  Q
    || ||| | |||||||||| ||| |||||||| || |||||| ||| | | || | ||||||||||||||| ||  |||| ||||||     | | || |    
T  7606977 tgaacagccaacaatggttttgacgtgccttcatagtttttatctccgatgaaggcaaaaaatgaatcgacaattagaggtacgtagaccggttccagga 7607076  T
Q  458 tgtcacctacacaagtgtttctctgccgcggcatggacaaagagcgcgcctgcattgttgcatgtgacggaacatgaaacggtgttgtccttgtgatctg 557  Q
    ||||| | |||| | | || ||||||  | || |||| ||||||  | |||||||| |||||| | ||||||||||| ||  |||||||  | || || |    
T  7607077 tgtcagcaacacgaatatt-ctctgctacagcgtggataaagagtacacctgcattattgcatataacggaacatgagacaatgttgtctctatgttccg 7607175  T
Q  558 ttatttctagacggcctgcaagtggtgggaaaaaggcaagggtagaagatagagagtgtttcagatgttgaatttggtttggcactagaggatggtgata 657  Q
    ||||||| || ||||| ||||| ||| ||||||||| ||||| ||| |||||||||||| |||   |||| |||||| |||  || |  ||||| |||||    
T  7607176 ttatttcaaggcggccggcaagaggttggaaaaaggaaagggcagaggatagagagtgtctcaaccgttggatttgggttgcaaccaccggatgatgata 7607275  T
Q  658 aagaagaccctttttggtgggtgcaattagtaggtaccggagatcccatggagttaaatcaattttttgatcacttgaatttggtgacttgattgtat 755  Q
    |||||| ||||||||| ||| || ||  |||||  | ||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  7607276 aagaaggccctttttgttggttgaaacaagtagaaaacggagatcccatggagtcaaatggattgtttgatcacttgattttggtgccttgattgtat 7607373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 134 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 7655742 - 7655475
Alignment:
Q  134 catcagagtcattcttttgtgactctatagtaaaaggaaatcgtatgggatgttgaataccacttggaaaccaacgttctagcgttatgagtttggatac 233  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||  ||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||  |   || ||||     
T  7655742 catcagagtgattcttttgtggctctatagttaaaggaaatcgtataggtcgttgaattccatttggaaaccaacgctccagcgttggggagttagatat 7655643  T
Q  234 ttgattgcaacaaccacgcgagattttcgcccatgagttaatgaaaagccatgtggactctccgtcaacaaccgcatggttaaatgtaaaaccaatgaag 333  Q
    |||||    ||||||||| || ||||  ||||| || || |||||| |||| ||||||| ||||||| | ||  ||||||| ||  |||| |||||||||    
T  7655642 ttgatgatgacaaccacgtgacatttcagcccacgaattgatgaaatgccacgtggactgtccgtcagctacgacatggttgaaattaaagccaatgaag 7655543  T
Q  334 aagccgtcaactaactctgtcacttgcacaactaacaatggttgtgatgtgccttcgtaatttttaac 401  Q
    | ||||||||||| ||| || ||||| ||| | |||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||    
T  7655542 atgccgtcaactagctccgtgacttgaacagccaacaatggttttgatgtgccttcgtagtttctaac 7655475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 506 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 7655371 - 7655092
Alignment:
Q  506 cctgcattgttgcatgtgacggaacatgaaacggtgttgtccttgtgatctgttatttctagacggcctgcaagtggtgggaaaaaggcaagggtagaag 605  Q
    |||||||| |||||||| || ||||| || ||  || |||| | ||| ||||| ||||  ||||| || ||||| ||| ||||||||| |||||  || |    
T  7655371 cctgcattattgcatgttacagaacacgagacaatgctgtcttcgtgttctgtaattttgagacgaccggcaagaggttggaaaaaggaaagggctgagg 7655272  T
Q  606 atagagagtgtttcagatgttgaatttggtttggcactagaggatggtgataaagaagaccctttttggtgggtgcaattagtaggtaccggagatccca 705  Q
    ||| ||||||| ||||  |||||||||||| ||   ||| |||||||||||||||||| || |||||  ||| || |   |||||  |  ||||||||||    
T  7655271 ataaagagtgtgtcagccgttgaatttggtctgatgctaaaggatggtgataaagaaggccttttttattggttggataaagtagaaattggagatccca 7655172  T
Q  706 tggagttaaatcaattttttgatcacttgaatttggtgacttgattgtatgggtagagaggacttggaatgcagccatgt 785  Q
    |||||||||||| ||||| |||| |||||| ||   || ||||||||||| ||| ||||| |||||||||||| ||||||    
T  7655171 tggagttaaatcgattttatgattacttgatttcaatgccttgattgtattggtggagagtacttggaatgcacccatgt 7655092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 65 - 103
Target Start/End: Original strand, 39082796 - 39082834
Alignment:
Q  65 atttcagttgagcgattttctcctttgtgaaatggaata 103  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  39082796 atttcagttccgcgattttctcctttgtgaaatggaata 39082834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 104; Significance: 2e-51; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 134 - 765
Target Start/End: Complemental strand, 8935706 - 8935073
Alignment:
Q  134 catcagagtcattcttttgtgactctatagtaaaaggaaatcgtatgggatgttgaataccacttggaaaccaacgttctagcgttatgagtttggatac 233  Q
    ||||||||| ||||||||||  ||| | ||| |||||||||||||| ||  |||||| ||||   ||||||||||||||||| |||    |||| ||||     
T  8935706 catcagagtgattcttttgttgctccaaagtgaaaggaaatcgtattggccgttgaacaccatccggaaaccaacgttctagtgttggaggtttagatat 8935607  T
Q  234 ttgat--tg-caacaaccacgcgagattttcgcccatgagttaatgaaaagccatgtggactctccgtcaacaaccgcatggttaaatgtaaaaccaatg 330  Q
    |||||  || ||||||| ||| |||||||  ||||| || || |||||| ||||    |||| ||||||||  || || ||||||||||   ||||||||    
T  8935606 ttgatgatgacaacaactacgtgagatttcagcccaagaattgatgaaatgccacacagactttccgtcaatgacagcgtggttaaatgagcaaccaatg 8935507  T
Q  331 aagaagccgtcaactaactctgtcacttgcacaactaacaatggttgtgatgtgccttcgtaatttttaactctggttaatggaaaaaatgaatcgacga 430  Q
    || |  ||||||| |||||| || ||||| ||  | |||||||||| |||||||||||||||  || ||||   |||||| | |||||||||||| || |    
T  8935506 aaaataccgtcaattaactcagttacttgaactgccaacaatggttttgatgtgccttcgtagcttctaacatcggttaaagcaaaaaatgaatcaacaa 8935407  T
Q  431 tgggaggaacgtaggtgcatccaagtatgtcacctacacaagtgtttctctgccgcggcatggacaaagagcgcgcctgcattgttgcatgtgacggaac 530  Q
    | || || |||||||||  | | || |||||| | |||||||| || |||||    |||||||||||||||  | ||||||||||||||| | ||||| |    
T  8935406 ttggtggtacgtaggtgggttctagaatgtcagcaacacaagtatt-ctctgatctggcatggacaaagagtacacctgcattgttgcatataacggagc 8935308  T
Q  531 atgaaacggtgttgtccttgtgatctgttatttctagacggcctgcaagtggtgggaaaaaggcaagggtagaagatagagagtgtttcagatgttgaat 630  Q
    | || || || ||||| | ||  || |||||||  |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||| ||    
T  8935307 acgagacagttttgtcttggtattccgttattttgagacggccggcaagaggttggaaaaaggcaagggttgaagatagagagtgtctcagccgttggat 8935208  T
Q  631 ttggtttggcactagaggatggtgataaagaagaccctttttggtgggtgcaattagtaggtaccggagatcccatggagttaaatcaattttttgatca 730  Q
    |||||| |  || |  ||||||||||||| ||| ||||||||| ||| || ||| |||||  ||||||||||||||||||| ||||  ||  ||||||||    
T  8935207 ttggttagatacaaccggatggtgataaaaaaggccctttttgttggttggaataagtagtgaccggagatcccatggagtcaaatggatcgtttgatca 8935108  T
Q  731 cttgaatttggtgacttgattgtatgggtagagag 765  Q
    ||||| |||| || ||| |||||||  ||||||||    
T  8935107 cttgattttgttgccttaattgtatcagtagagag 8935073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 241 - 690
Target Start/End: Complemental strand, 8934655 - 8934207
Alignment:
Q  241 caacaaccacgcgagattttcgcccatgagttaatgaaaagccatgtggactctccgtcaacaaccgcatggttaaatgtaaaaccaatgaagaagccgt 340  Q
    ||||||| ||| |||||||  |||||||| || |||||| ||||    |||| ||||||||  || || ||||||||||   |||||||||| |  ||||    
T  8934655 caacaactacgtgagatttcagcccatgaattgatgaaatgccacacagactttccgtcaatgacagcgtggttaaatgagcaaccaatgaaaataccgt 8934556  T
Q  341 caactaactctgtcacttgcacaactaacaatggttgtgatgtgccttcgtaatttttaactctggttaatggaaaaaatgaatcgacgatgggaggaac 440  Q
    ||| |||||| || ||||| ||  | |||||||||| |||||||||||||||  || |||| | |||||| | |||||||||||| || || ||||| ||    
T  8934555 caattaactccgttacttgaactgccaacaatggttttgatgtgccttcgtagcttctaacaccggttaaagcaaaaaatgaatcaacaattggaggtac 8934456  T
Q  441 gtaggtgcatccaagtatgtcacctacacaagtgtttctctgccgcggcatggacaaagagcgcgcctgcattgttgcatgtgacggaacatgaaacggt 540  Q
    |||||||  | | || |||||| | |||||||| || |||||    |||||||||||||||  |  |||||||||||||| | ||||| || || || ||    
T  8934455 gtaggtgggttctagaatgtcagcaacacaagtatt-ctctgatctggcatggacaaagagtacatctgcattgttgcatataacggagcacgagacagt 8934357  T
Q  541 gttgtccttgtgatctgttatttctagacggcctgcaagtggtgggaaaaaggcaagggtagaagatagagagtgtttcagatgttgaatttggtttggc 640  Q
     ||||| | ||  || |||||||  ||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| | || ||||| |||||||| |      
T  8934356 tttgtcttggtattccgttattttgagacgaccgacaagaggttggaaaaaggcaagggttgaagatagagagtgtcttagctgttggatttggttagat 8934257  T
Q  641 actagaggatggtgataaagaagaccctttttggtgggtgcaattagtag 690  Q
    || |  ||||||| ||||||||| ||||||||| ||| || ||| |||||    
T  8934256 acaaccggatggtaataaagaaggccctttttgttggttggaataagtag 8934207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 310 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 8930131 - 8929994
Alignment:
Q  310 tggttaaatgtaaaaccaatgaagaagccgtcaactaactctgtcacttgcacaactaacaatggttgtgatgtgccttcgtaatttttaactctggtta 409  Q
    ||||||||||   |||||||||| |  ||||||| |||||| || ||||| |   | |||||||||| ||||||| |||||||  || |||| | |||||    
T  8930131 tggttaaatgagcaaccaatgaaaataccgtcaattaactcagttacttgaaatgccaacaatggttttgatgtgacttcgtagcttctaacaccggtta 8930032  T
Q  410 atggaaaaaatgaatcgacgatgggaggaacgtaggtg 447  Q
    | | |||||||||||| || || ||||| |||||||||    
T  8930031 aagcaaaaaatgaatcaacaattggaggtacgtaggtg 8929994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 101; Significance: 1e-49; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 167 - 743
Target Start/End: Original strand, 6501058 - 6501632
Alignment:
Q  167 aaggaaatcgtatgggatgttgaataccacttggaaaccaacgttctagcgttatgagtttggatacttgattgcaacaaccacgcgagattttcgccca 266  Q
    ||||||||||||||| | | |||||| || |||||||| |||||||||| | |  ||||||||||| |||||| ||||||||||| || ||||  |||||    
T  6501058 aaggaaatcgtatggaacgctgaatatcatttggaaac-aacgttctagtgatgggagtttggatatttgattacaacaaccacgtgaaatttcagccca 6501156  T
Q  267 tgagttaatgaaaagccatgtggactctccgtcaacaaccgcatggttaaatgtaaaaccaatgaagaagccgtcaactaactctgtcacttgcacaact 366  Q
     ||  | || ||| ||||  |||||| |||  ||   ||| ||||||| ||| |||| ||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||  |     
T  6501157 ggaactgataaaatgccacatggactttccaccagtgaccacatggttgaatctaaacccaataaagacaccgccaactaactctgtcacttgcactgca 6501256  T
Q  367 aacaatggttgtgatgtgccttcgtaatttttaactctggttaatggaaaaaatgaatcgacgatgggaggaacgtaggtgcatccaagtatgtcaccta 466  Q
    | |||||||| |||| |||||||||| ||| || | | | | || ||||||||||||| ||||||  |||||| |||||||  |||||  |||||| |      
T  6501257 agcaatggttttgatatgccttcgtagtttctagccccgttgaaaggaaaaaatgaatggacgataagaggaaggtaggtgggtccaacgatgtcaacat 6501356  T
Q  467 cacaagtgtttctctgccgcggcatggacaaagagcgcgcctgcattgttgcatgtgacggaacatgaaacggtgttgtccttgtgatctgttatttcta 566  Q
    |||  ||||  ||||   || || |||||||||||  | ||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| | ||  || || ||||  |    
T  6501357 cacgtgtgtc-ctctattgcagcgtggacaaagagtacacctgcattgttgcatgtgatggaacatgaaacattgttgtcttcgttttccgtcattttga 6501455  T
Q  567 gacggcctgcaagtggtgggaaaaaggcaagggtagaagatagagagtgtttcagatgttgaatttggtttggcactagaggatggtgataaagaagacc 666  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||  ||| |||| ||||||| | ||  |||  ||||||||    |||| || ||||| ||| | ||||||    
T  6501456 gacggcccgcaagtggttggaaaaaggcaaggacagaggataaagagtgtctaaggcgttctatttggttgactactaaagaatggtcatagaaaagacc 6501555  T
Q  667 ctttttggtgggtgcaattagtaggtaccggagatcccatggagttaaatcaattttttgatcacttgaatttggtg 743  Q
      ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| || ||||||| |||||||  |||| ||||||    
T  6501556 tattttggtgggtgcaattagtaggaactggagatcccatggagtcaagtcaatttcttgatcagctgaagttggtg 6501632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 262 - 422
Target Start/End: Original strand, 11969553 - 11969713
Alignment:
Q  262 gcccatgagttaatgaaaagccatgtggactctccgtcaacaaccgcatggttaaatgtaaaaccaatgaagaagccgtcaactaactctgtcacttgca 361  Q
    |||||||| || |||||| |||| |||||| ||||||||||  |  |||| || | |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| |    
T  11969553 gcccatgaattgatgaaatgccaagtggacactccgtcaacggcgacatgattgattgtaaagccaatgaagatgccatcaactaactctgttacttgga 11969652  T
Q  362 caactaacaatggttgtgatgtgccttcgtaatttttaactctggttaatggaaaaaatga 422  Q
    |  | | |||||| | |||||| ||||| || ||| |||||| | | | ||||||||||||    
T  11969653 ctgcaagcaatggctctgatgtcccttcatagtttctaactccgttaagtggaaaaaatga 11969713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 79 - 137
Target Start/End: Original strand, 11969370 - 11969428
Alignment:
Q  79 attttctcctttgtgaaatggaataacctctctgatgaattgaatttttcgttatcatc 137  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| || |||||    
T  11969370 attttctgctttgtgaaatggaataacctctctggtggattgagtttttctttttcatc 11969428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University