View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11176_low_2 (Length: 803)

Name: NF11176_low_2
Description: NF11176
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11176_low_2
NF11176_low_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (16-793)||(41821223-41822000)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 762; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 762; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 793
Target Start/End: Complemental strand, 41822000 - 41821223
Alignment:
Q  16 aatagaactatagggaaactaaatgttgatacgactcgaaaaatggatagaagaaattcaaataatcaatgtaattaagctatactatgtaatttgaatt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41822000 aatagaactatagggaaactaaatgttgatacgactcgaaaaatggatagaagaaatccaaataatcaatgtaattaagctatactatgtaatttgaatt 41821901  T
Q  116 tgttataatgtatcaagtgttggatattattggtctttacaggtccagtggagcttgctgcagtaggagtgtccatagctctattcaatcaagcatcaag 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  41821900 tgttataatgtatcaagtgttggatattattggtctttacaggtccagtggagcttgctgcagtaggagtttccatagctctattcaatcaagcatcaag 41821801  T
Q  216 gatctttatattcccactagtcagtgtcacaacttcttttgtggctgaggaagatgccctaagcgacgcaagctcacaggtagaggagaatggatgcttg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41821800 gatctttatattcccactagtcagtgtcacaacttcttttgtggctgaggaagatgccctaagcgacgcaagctcacaggtagaggagaatggatgcttg 41821701  T
Q  316 gaagctgcgacacctccggatgcagaaaccaaagagttcttaccgcagaaaagtacgattcttctactttcctgatagtctgccaagccttgtttctcaa 415  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41821700 gaagctgcgacacctccggatgctgaaaccaaagagttcttaccgcagaaaagtacgattcttctactttcctgatagtctgccaagccttgtttctcaa 41821601  T
Q  416 caggaaaaccaagaaaaaatcctgattactaacatatgaatgtgttgacaactcagattcggttgttgaaagctttaatgtagttaaggatgatcaacat 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41821600 caggaaaaccaagaaaaaatcctgattactaacatatgaatgtgttgacaactcagattcggttgttgaaagctttaatgtagttaaggatgatcaacat 41821501  T
Q  516 aagagaaggcaaattccttcagcttcgtcagctttatattttggaggtgtccttggcctcgtccaggcaacaatacttatttctgcagcaaaacctttat 615  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41821500 aagagaaggcaaattccttcagcttcgtcagcgttatattttggaggtgtccttggcctcgtccaggcaacaatacttatttctgcagcaaaacctttat 41821401  T
Q  616 tgaacttcatgggagtgacttctgtaagtacttttgtataaacattacgagacttgcttataggctaatatcacttcagtctttattttaacctatatct 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41821400 tgaacttcatgggagtgacttctgtaagtacttttgtataaacattacgagacttgcttataggctaatatcacttcagtctttattttaacctatatct 41821301  T
Q  716 ttaatgatttgacctcgtatcaccacacgatgatttaaaagtaatatggatcatttgtacaggattctcctatgctac 793  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41821300 ttaatgatttgacctcgtatcaccacacgatgatttaaaagtaatatggatcatttgtacaggattctcctatgctac 41821223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University