View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11178_low_6 (Length: 282)

Name: NF11178_low_6
Description: NF11178
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11178_low_6
NF11178_low_6
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (97-282)||(39812092-39812276)
chr2 (97-275)||(32246579-32246758)
chr2 (97-282)||(44312728-44312908)
chr2 (116-245)||(19344236-19344364)
chr2 (116-245)||(19349094-19349222)
chr2 (143-274)||(11099050-11099180)
chr2 (143-275)||(14291331-14291463)
chr2 (143-275)||(9296523-9296655)
chr2 (190-275)||(25398386-25398469)
chr2 (190-275)||(25403524-25403607)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (97-282)||(39784928-39785112)
chr8 (97-281)||(25328384-25328566)
chr8 (123-275)||(6311121-6311272)
chr8 (147-274)||(7290038-7290166)
chr8 (118-245)||(35745208-35745335)
chr8 (143-275)||(4760197-4760329)
chr8 (143-275)||(36979221-36979352)
chr8 (118-218)||(10684432-10684533)
chr8 (143-275)||(30655484-30655617)
chr8 (143-275)||(33037928-33038060)
chr8 (143-275)||(18853290-18853422)
chr8 (143-274)||(10689266-10689396)
chr8 (143-275)||(18870684-18870813)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (97-273)||(31109697-31109870)
chr7 (97-281)||(12396712-12396891)
chr7 (117-282)||(12406149-12406312)
chr7 (97-282)||(4866530-4866711)
chr7 (97-247)||(24024467-24024616)
chr7 (116-247)||(21812379-21812508)
chr7 (118-247)||(19992130-19992257)
chr7 (143-275)||(20357670-20357801)
chr7 (118-218)||(16879889-16879990)
chr7 (118-218)||(16884745-16884846)
chr7 (118-218)||(24261491-24261592)
chr7 (118-218)||(24266370-24266471)
chr7 (143-261)||(2057802-2057921)
chr7 (143-244)||(1533595-1533694)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (97-282)||(28184299-28184485)
chr6 (97-282)||(14737680-14737864)
chr6 (97-282)||(14742540-14742723)
chr6 (97-282)||(11856767-11856952)
chr6 (97-282)||(22010801-22010981)
chr6 (118-247)||(6438319-6438445)
chr6 (118-245)||(6005234-6005361)
chr6 (87-281)||(28155676-28155869)
chr6 (118-245)||(16838561-16838688)
chr6 (118-239)||(33330594-33330715)
chr6 (118-218)||(33336112-33336212)
chr6 (118-218)||(5343297-5343397)
chr6 (143-247)||(30125944-30126048)
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (97-275)||(15044486-15044660)
chr5 (123-274)||(1457273-1457423)
chr5 (97-274)||(43592082-43592252)
chr5 (97-274)||(43598527-43598697)
chr5 (97-274)||(43604019-43604189)
chr5 (97-274)||(43609511-43609681)
chr5 (123-274)||(27444793-27444943)
chr5 (116-239)||(28807723-28807844)
chr5 (123-274)||(27449637-27449787)
chr5 (117-281)||(37561551-37561715)
chr5 (121-281)||(37556729-37556889)
chr5 (118-245)||(2785192-2785319)
chr5 (118-244)||(33791133-33791259)
chr5 (147-274)||(30631253-30631380)
chr5 (118-245)||(31401991-31402118)
chr5 (118-244)||(33767996-33768122)
chr5 (118-245)||(31397134-31397261)
chr5 (144-244)||(24135696-24135794)
chr5 (190-275)||(38192064-38192147)
chr5 (190-275)||(38219289-38219372)
chr5 (225-274)||(31180138-31180188)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (97-282)||(45347922-45348107)
chr4 (97-282)||(45357401-45357586)
chr4 (97-282)||(9224511-9224696)
chr4 (97-281)||(5732460-5732640)
chr4 (97-282)||(9229298-9229482)
chr4 (97-247)||(3813818-3813970)
chr4 (97-274)||(56146823-56146993)
chr4 (118-247)||(18855544-18855671)
chr4 (123-274)||(51520280-51520430)
chr4 (143-275)||(24741784-24741915)
chr4 (143-275)||(29760486-29760616)
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (97-282)||(22173299-22173482)
chr3 (97-281)||(18656230-18656410)
chr3 (116-245)||(2677229-2677358)
chr3 (116-245)||(2673073-2673202)
chr3 (118-245)||(10207750-10207877)
chr3 (143-275)||(7167088-7167219)
chr3 (143-275)||(2671708-2671840)
chr3 (118-218)||(8512032-8512132)
chr3 (118-218)||(8516912-8517012)
chr3 (118-218)||(32475301-32475402)
chr3 (118-218)||(32480158-32480260)
chr3 (147-270)||(28503982-28504104)
chr3 (151-245)||(24967957-24968051)
chr3 (143-275)||(8739185-8739318)
chr3 (143-275)||(9091423-9091556)
chr3 (143-213)||(40372980-40373049)
[»] scaffold0135 (1 HSPs)
scaffold0135 (97-282)||(35166-35350)
[»] scaffold0355 (2 HSPs)
scaffold0355 (97-275)||(9752-9928)
scaffold0355 (97-245)||(28-169)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (97-274)||(41398034-41398215)
chr1 (97-247)||(44024013-44024161)
chr1 (97-247)||(25445230-25445380)
chr1 (97-247)||(39445294-39445444)
chr1 (97-199)||(41386545-41386646)
chr1 (118-247)||(1055152-1055279)
chr1 (118-245)||(43988607-43988734)
chr1 (143-275)||(24787487-24787621)
chr1 (190-244)||(24202919-24202973)
chr1 (201-274)||(41390485-41390560)
[»] scaffold0464 (1 HSPs)
scaffold0464 (97-247)||(157-307)
[»] scaffold0127 (1 HSPs)
scaffold0127 (97-199)||(34136-34237)
[»] scaffold0197 (2 HSPs)
scaffold0197 (118-245)||(19306-19433)
scaffold0197 (118-218)||(14477-14578)
[»] scaffold0028 (1 HSPs)
scaffold0028 (118-245)||(149097-149224)
[»] scaffold0259 (1 HSPs)
scaffold0259 (118-245)||(2392-2519)
[»] scaffold0009 (1 HSPs)
scaffold0009 (118-218)||(182132-182233)
[»] scaffold0978 (1 HSPs)
scaffold0978 (143-275)||(358-491)
[»] scaffold0479 (1 HSPs)
scaffold0479 (97-186)||(13143-13233)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 166; Significance: 7e-89; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 97 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 39812276 - 39812092
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  39812276 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctcca 39812178  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagatcccaaagcacaaacaagataagcggtaaaa 282  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39812177 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagattccaaagcacaaacaagataagcggtaaaa 39812092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 97 - 275
Target Start/End: Original strand, 32246579 - 32246758
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttc--caaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctc 194  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  32246579 ttgtgaatccggttctacaaagaaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatctatgagaacaaatggtctc 32246677  T
Q  195 caagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagatcccaaagcacaaacaagataagc 275  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  32246678 caagctaacaacaacaaaacagtcctagactagtgtatagcaaaaccacacaagagattccaaagcataaacaagataagc 32246758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 97 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 44312908 - 44312728
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    ||||||||||||||| |||   | |||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44312908 ttgtgaatccggttcaaaa---atcttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 44312814  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagcggtaaaa 282  Q
    ||| |||||||||||| | ||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||    
T  44312813 agcaaacaacaacaaagccgccctagacaagtgtatagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaagataagcgataaaa 44312728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 116 - 245
Target Start/End: Original strand, 19344236 - 19344364
Alignment:
Q  116 gaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaaca 215  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  19344236 gaaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagagcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaaca 19344334  T
Q  216 gccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    | |||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  19344335 g-cctaagcctaatgtatagcaaaaccacac 19344364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 116 - 245
Target Start/End: Original strand, 19349094 - 19349222
Alignment:
Q  116 gaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaaca 215  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  19349094 gaaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagagcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaaca 19349192  T
Q  216 gccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    | |||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  19349193 g-cctaagcctaatgtatagcaaaaccacac 19349222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 143 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 11099180 - 11099050
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaac-aaaacagccctaagctagtgtatagcaaaacc 241  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  11099180 caaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatga-acaaaatggtttccaag-caacaacaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaaaacc 11099083  T
Q  242 acac-aagagatcccaaagcacaaacaagataag 274  Q
    |||| ||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  11099082 acacaaagagataccaaagca-aaacaagataag 11099050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 143 - 275
Target Start/End: Original strand, 14291331 - 14291463
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaac-aaaacagccctaagctagtgtatagcaaaacc 241  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||  ||| |||| |||||||||    
T  14291331 caaaggtgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgggca-aaatggtttccaagcaaacaacaacaaaaacagccctagactaatgtagagcaaaacc 14291429  T
Q  242 acac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagc 275  Q
    |||| |||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  14291430 acacaaagagataacaaagca-aaacaagataagc 14291463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 143 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 9296655 - 9296523
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaa-cagccctaagctagtgtatagcaaaacc 241  Q
    ||||||||||||||||||  | ||||||||||| ||||| | ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||  |||||||| |||||||||    
T  9296655 caaagatgtgtggagcaaaaggtagtggtaatctatgagca-aaatggtttccaagcaaacaacaacaaaaacagccctagtctagtgtagagcaaaacc 9296557  T
Q  242 acac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagc 275  Q
    |||| |||||||  ||||||| |||||||| ||||    
T  9296556 acacaaagagataacaaagca-aaacaagaaaagc 9296523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 190 - 275
Target Start/End: Original strand, 25398386 - 25398469
Alignment:
Q  190 gtctccaagccaacaacaacaaaa-cagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagatcccaaagcacaaacaagataagc 275  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||  |||||||| ||||| |||||||||||||   |||||  ||||||||||||||    
T  25398386 gtctccaagc-aacaacaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaacaccacacaagagaatacaaag--caaacaagataagc 25398469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 190 - 275
Target Start/End: Original strand, 25403524 - 25403607
Alignment:
Q  190 gtctccaagccaacaacaacaaaa-cagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagatcccaaagcacaaacaagataagc 275  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||  |||||||| ||||| |||||||||||||   |||||  ||||||||||||||    
T  25403524 gtctccaagc-aacaacaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaacaccacacaagagaatacaaag--caaacaagataagc 25403607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 158; Significance: 4e-84; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 97 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 39785112 - 39784928
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  39785112 ttgtgaatctggttccaaagaaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctcca 39785014  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagatcccaaagcacaaacaagataagcggtaaaa 282  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39785013 agccaataacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagattccaaagcacaaacaagataagcggtaaaa 39784928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 97 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 25328566 - 25328384
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25328566 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaacaatga-aataaatcaatgatgtgcggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctcca 25328468  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagatcccaaagcacaaacaagataagcggtaaa 281  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||| |||||| |||||||    
T  25328467 agccaacaacaacaaaacaaccctaa-ctagtgtatagcaaaaccacacaagagataccaaaacataaacgagataaacggtaaa 25328384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 123 - 275
Target Start/End: Original strand, 6311121 - 6311272
Alignment:
Q  123 tcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaa 222  Q
    |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||     
T  6311121 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaacaacaaagcagccctag 6311218  T
Q  223 gctagtgtatagcaaaaccacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagc 275  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  6311219 actagtgtatagcaaaaccacactaagagataacaaagcataaacaagataagc 6311272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 147 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 7290166 - 7290038
Alignment:
Q  147 gatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac- 245  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||     
T  7290166 gatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaaacaaacaacaacaaagcagccctagactagtgtatagcaaaaccacaca 7290067  T
Q  246 aagagatcccaaagcacaaacaagataag 274  Q
    |||||||  |||| || ||||||||||||    
T  7290066 aagagataacaaaccataaacaagataag 7290038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 118 - 245
Target Start/End: Original strand, 35745208 - 35745335
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||     
T  35745208 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacag- 35745306  T
Q  218 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  35745307 cctaagcctaatgtatagcaaaaccacac 35745335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 143 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 4760329 - 4760197
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaac-aaaacagccctaagctagtgtatagcaaaacc 241  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| | ||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  4760329 caaagatgtgtggagctagagatagtggtaatcaatgagca-aaatggtttccaag-caacaacaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaaaacc 4760232  T
Q  242 acac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagc 275  Q
    |||| |||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  4760231 acacaaagagataacaaagcataaacaagataagc 4760197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 143 - 275
Target Start/End: Original strand, 36979221 - 36979352
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaac-aaaacagccctaagctagtgtatagcaaaacc 241  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  36979221 caaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatga-acaaaatggtttccaag-caacaacaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaaaacc 36979318  T
Q  242 acac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagc 275  Q
    |||| ||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  36979319 acacaaagagataccaaagca-aaacaagataagc 36979352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 118 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 10684533 - 10684432
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaa-caacaacaaaacag 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  10684533 aaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcctccaagctaatcaacaacaaaacag 10684434  T
Q  217 cc 218  Q
    ||    
T  10684433 cc 10684432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 143 - 275
Target Start/End: Original strand, 30655484 - 30655617
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagc--caacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaac 240  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||| |||||||  ||||||||| ||||||||||||  |||||||| ||||||||    
T  30655484 caaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatga-acaaaatggtttccaagcaacaacaacaa-aaaacagccctagactagtgtagagcaaaac 30655581  T
Q  241 cacaca-agagatcccaaagcacaaacaagataagc 275  Q
    |||||| ||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  30655582 cacacatagagataacaaagcataaacaagataagc 30655617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 143 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 33038060 - 33037928
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaaca--aaacagccctaagctagtgtatagcaaaac 240  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||  |||||||| ||||||||    
T  33038060 caaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatga-acaaaatggtttccaag-caacaacaacaataaacagccctagactagtgtagagcaaaac 33037963  T
Q  241 cacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagc 275  Q
    ||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  33037962 cacacaaagagataccaaagca-aaacaagataagc 33037928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 143 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 18853422 - 18853290
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaaca-gccctaagctagtgtatagcaaaacc 241  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  |||||||| ||||||| |||||||| |||| | ||||||  || || || |||||||||    
T  18853422 caaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgag-tcaaatggtttccaagcaaacaacaaaaaaaaacgccctagacttgtttagagcaaaacc 18853324  T
Q  242 acac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagc 275  Q
    |||| ||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  18853323 acacaaagagataccaaagca-aaacaagataagc 18853290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 143 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 10689396 - 10689266
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaac-aaaacagccctaagctagtgtatagcaaaacc 241  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  | |||||| |||||| |||||||||| |||||| |||||   ||||||| |||||||||    
T  10689396 caaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgag-tctaatggtttccaag-caacaacaacaaaaacaaccctagtgtagtgtagagcaaaacc 10689299  T
Q  242 acac-aagagatcccaaagcacaaacaagataag 274  Q
    |||| ||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  10689298 acacaaagagataccaaagca-aaacaagataag 10689266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 143 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 18870813 - 18870684
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaacca 242  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||   ||||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||  || || || ||||||||||    
T  18870813 caaagatgtgtggagcaagagataatggtaatctatgag-ttaaatggtttccaagcaaacaacaa-aaaac-gccctagacttgtttagagcaaaacca 18870717  T
Q  243 cac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagc 275  Q
    ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  18870716 cacaaagagataccaaagca-aaacaagataagc 18870684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 129; Significance: 8e-67; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 97 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 31109870 - 31109697
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  31109870 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtgcagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctcca 31109773  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagatcccaaagcacaaacaagataa 273  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  31109772 agccaacaacaacaaaacagccctaa-ctagtgtatagcaaaaccacacaagagattccaaagcataaacaagataa 31109697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 97 - 281
Target Start/End: Original strand, 12396712 - 12396891
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    ||||||||||||||| |||   |||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12396712 ttgtgaatccggttcaaaa---accttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 12396806  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagcggtaaa 281  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  12396807 agcaaacaacaacaaagcagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaagataagcggtaaa 12396891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 117 - 282
Target Start/End: Original strand, 12406149 - 12406312
Alignment:
Q  117 aaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacag 216  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  12406149 aaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagcag 12406246  T
Q  217 ccctaagctagtgtatagcaaaaccacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagcggtaaaa 282  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  12406247 ccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaagataagcggtaaaa 12406312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 97 - 282
Target Start/End: Original strand, 4866530 - 4866711
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    ||||||||||||||| |||   |||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4866530 ttgtgaatccggttcaaaa---accttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgaggacaaatggtctcca 4866624  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagc-aaaaccacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagcggtaaaa 282  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||  |||||||||||| |||||||||| || |||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4866625 agcaaacaacaacaaaacagtcctagactagtgtatagcaaaaaccacacaaaaagataccaaagca-aaacaagataagcggtaaaa 4866711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 97 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 24024616 - 24024467
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaa-ccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcc 195  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24024616 ttgtgaatccggttccaaagaaaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcc 24024519  T
Q  196 aagccaacaacaacaaaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacacaa 247  Q
    |||| |||||||||||||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||||    
T  24024518 aagcaaacaacaacaaaacag-cctatgactagtatatagcaaaaccacacaa 24024467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 116 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 21812508 - 21812379
Alignment:
Q  116 gaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaaca 215  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||  ||||||| ||||||||| |||||    
T  21812508 gaaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagagcaaatggcttccaagctaacaacaac-aaaca 21812411  T
Q  216 gccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 247  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21812410 gccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 21812379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 118 - 247
Target Start/End: Original strand, 19992130 - 19992257
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||| |||||||    
T  19992130 aaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaggtgatagtgataatcaatgagaacaaatggcttccaagcttacaacaac-aaacagc 19992227  T
Q  218 cctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 247  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19992228 cctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 19992257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 143 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 20357801 - 20357670
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaac-aaaacagccctaagctagtgtatagcaaaacc 241  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  20357801 caaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgag-ccaaatggtctccaagctaacaacaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaaaacc 20357703  T
Q  242 acac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagc 275  Q
    |||| |||||||  |||||  ||||||||||||||    
T  20357702 acacaaagagataacaaag--caaacaagataagc 20357670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 118 - 218
Target Start/End: Original strand, 16879889 - 16879990
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaa-caacaacaaaacag 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  16879889 aaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcctccaagctaatcaacaacaaaacag 16879988  T
Q  217 cc 218  Q
    ||    
T  16879989 cc 16879990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 118 - 218
Target Start/End: Original strand, 16884745 - 16884846
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaa-caacaacaaaacag 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  16884745 aaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcctccaagctaatcaacaacaaaacag 16884844  T
Q  217 cc 218  Q
    ||    
T  16884845 cc 16884846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 118 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 24261592 - 24261491
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaa-caacaacaaaacag 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  24261592 aaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcctccaagctaatcaacaacaaaacag 24261493  T
Q  217 cc 218  Q
    ||    
T  24261492 cc 24261491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 118 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 24266471 - 24266370
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaa-caacaacaaaacag 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  24266471 aaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcctccaagctaatcaacaacaaaacag 24266372  T
Q  217 cc 218  Q
    ||    
T  24266371 cc 24266370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 143 - 261
Target Start/End: Original strand, 2057802 - 2057921
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaac-aaaacagccctaagctagtgtatagcaaaacc 241  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  |||||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||  || || || |||||||||    
T  2057802 caaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgag-tcaaatggtttccaagcaaacaacaacaaaaaccgccctagacttgtttagagcaaaacc 2057900  T
Q  242 acac-aagagatcccaaagca 261  Q
    |||| ||||||| ||||||||    
T  2057901 acacaaagagataccaaagca 2057921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 143 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 1533694 - 1533595
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaa-cagccctaagctagtgtatagcaaaacc 241  Q
    ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||| |||  || |||||| |||||||||||||| |||||| |  |||||||| ||||| |||    
T  1533694 caaagatgtgtggagcaaaatatagtggtaatcaatgagaaaaaa--gtttccaag-caacaacaacaaaaccagccccagtctagtgtagagcaacacc 1533598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 129; Significance: 8e-67; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 97 - 282
Target Start/End: Original strand, 28184299 - 28184485
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaa--tggtctc 194  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  |||||||    
T  28184299 ttgtgaatccggtttcaaacaaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaaaatggtctc 28184397  T
Q  195 caagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagatcccaaagcacaaacaagataagcggtaaaa 282  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28184398 caagcaaacaacaacaaaacagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaagagattccaaagcataaacaagataagcggtaaaa 28184485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 97 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 14737864 - 14737680
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14737864 ttgtgaatccggtttcaaataaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctcca 14737767  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac--aagagatcccaaagcacaaacaagataagcggtaaaa 282  Q
    ||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14737766 agcaaacaacaacaaaacagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaaagagataccaaagca-aaacaagataagcggtaaaa 14737680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 97 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 14742723 - 14742540
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14742723 ttgtgaatccggtttcaaataaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctcca 14742626  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagcggtaaaa 282  Q
    |||  ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14742625 agcatacaacaacaaaacagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagatatcaaagca-aaacaagataagcggtaaaa 14742540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 97 - 282
Target Start/End: Original strand, 11856767 - 11856952
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaa--ccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctc 194  Q
    ||||||||||||||| ||| |||  ||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11856767 ttgtgaatccggttcaaaaaaaaaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctc 11856864  T
Q  195 caagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagcggtaaaa 282  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  11856865 caagcaaacaacaacaaaacagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaagacaagcgataaaa 11856952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 97 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 22010981 - 22010801
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    ||||||||||||||| |||   | |||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22010981 ttgtgaatccggttcaaaa---atcttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 22010887  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagcggtaaaa 282  Q
    ||| |||||||||||| | ||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||    
T  22010886 agcaaacaacaacaaagccgccctagacaagtgtatagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaagataagcgataaaa 22010801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 118 - 247
Target Start/End: Original strand, 6438319 - 6438445
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||  ||||||| ||||||||| |||||||    
T  6438319 aaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaaccaatggcttccaagcaaacaacaac-aaacagc 6438415  T
Q  218 cctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 247  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6438416 cctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 6438445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 118 - 245
Target Start/End: Original strand, 6005234 - 6005361
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||     
T  6005234 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacag- 6005332  T
Q  218 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  6005333 cctaagcctaatgtatagcaaaaccacac 6005361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 87 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 28155869 - 28155676
Alignment:
Q  87 accaaacatcttgtgaatccggttccaaagaaa-ccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaaca 185  Q
    |||||| || ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||  ||||||| || ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||    
T  28155869 accaaagatgttgtgaatccggttctaaacaaaaccttcacaccaatgc-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagagca 28155772  T
Q  186 aatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagcggtaaa 281  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| | || ||||||||||||||||||| ||||| |  | ||||| ||||||||||| |||||||    
T  28155771 aatggtcttcaagctaacaacaacaaaacag-cctatgacttgtgtatagcaaaaccacactaagagctaac-aagcataaacaagataaacggtaaa 28155676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 118 - 245
Target Start/End: Original strand, 16838561 - 16838688
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| || ||||| ||||||||||||||||     
T  16838561 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatatgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggccttcaagctaacaacaacaaaacag- 16838659  T
Q  218 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  16838660 cctaagcctaatgtatagcaaaaccacac 16838688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 118 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 33330715 - 33330594
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  33330715 aaccttcacaccaattagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagc 33330616  T
Q  218 cctaagc-tagtgtatagcaaaa 239  Q
    | ||||| || ||||||||||||    
T  33330615 c-taagcctaatgtatagcaaaa 33330594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 118 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 33336212 - 33336112
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||| | |||||||||||||||||    
T  33336212 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaaactaacaacaacaaaacagc 33336113  T
Q  218 c 218  Q
    |    
T  33336112 c 33336112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 118 - 218
Target Start/End: Original strand, 5343297 - 5343397
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  5343297 aaccttcacaccaatgagaataagtcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagc 5343396  T
Q  218 c 218  Q
    |    
T  5343397 c 5343397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 143 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 30126048 - 30125944
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaa-cagccctaagctagtgtatagcaaaacc 241  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||  |||||||| |||||||||    
T  30126048 caaagatgtgtggagcaagaggtagtgataatctatgagc-caaatggtctccaagctaactacaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaaaacc 30125950  T
Q  242 acacaa 247  Q
    ||||||    
T  30125949 acacaa 30125944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 121; Significance: 5e-62; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 97 - 275
Target Start/End: Original strand, 15044486 - 15044660
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||| || |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15044486 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatga-aata---caatgacgtgtagagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 15044581  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagatcccaaagcacaaacaagataagc 275  Q
    | |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  15044582 aaccaacaacaacaaaacagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaagagattccaaagcataaacaagataagc 15044660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 123 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 1457423 - 1457273
Alignment:
Q  123 tcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaa 222  Q
    |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||     
T  1457423 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagcagccctag 1457326  T
Q  223 gctagtgtatagcaaaaccacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataag 274  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  1457325 actagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaagataag 1457273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 97 - 274
Target Start/End: Original strand, 43592082 - 43592252
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    ||||||||||||||||||||      ||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43592082 ttgtgaatccggttccaaag------tcacatcaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 43592173  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataag 274  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  43592174 agcaaacaacaacaaagcagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaagataag 43592252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 97 - 274
Target Start/End: Original strand, 43598527 - 43598697
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    ||||||||||||||||||||      |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  43598527 ttgtgaatccggttccaaag------tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaattggtctcca 43598618  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataag 274  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  43598619 agcaaacaacaacaaagcagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaagataag 43598697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 97 - 274
Target Start/End: Original strand, 43604019 - 43604189
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    ||||||||||||||||||||      |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  43604019 ttgtgaatccggttccaaag------tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaattggtctcca 43604110  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataag 274  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  43604111 agcaaacaacaacaaagcagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaagataag 43604189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 97 - 274
Target Start/End: Original strand, 43609511 - 43609681
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    ||||||||||||||||||||      |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  43609511 ttgtgaatccggttccaaag------tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaattggtctcca 43609602  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataag 274  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  43609603 agcaaacaacaacaaagcagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaagataag 43609681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 123 - 274
Target Start/End: Original strand, 27444793 - 27444943
Alignment:
Q  123 tcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaa 222  Q
    |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||     
T  27444793 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagtacaaatggtctccaagcaaacaacaacatagcagccctag 27444890  T
Q  223 gctagtgtatagcaaaaccacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataag 274  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  27444891 actagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaagataag 27444943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 116 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 28807844 - 28807723
Alignment:
Q  116 gaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaaca 215  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| |||||    
T  28807844 gaaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggcttccaagcaaacaacaac-aaaca 28807747  T
Q  216 gccctaagctagtgtatagcaaaa 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  28807746 gccctaagctagtgtatagcaaaa 28807723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 123 - 274
Target Start/End: Original strand, 27449637 - 27449787
Alignment:
Q  123 tcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaa 222  Q
    |||||||||||| ||||||| || ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||     
T  27449637 tcacaccaatga-aataaac-aatgatatgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagtacaaatggtctccaagcaaacaacaacatagcagccctag 27449734  T
Q  223 gctagtgtatagcaaaaccacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataag 274  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  27449735 actagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaagataag 27449787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 117 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 37561715 - 37561551
Alignment:
Q  117 aaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacag 216  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  37561715 aaaccttcacaccaatgataataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatagtgataatctatgagagcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacag 37561616  T
Q  217 ccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagcggtaaa 281  Q
     |||| | || ||||||||||||||||||| ||||| |  | ||||| ||||||||||| |||||||    
T  37561615 -cctatgacttgtgtatagcaaaaccacactaagagctaac-aagcataaacaagataaacggtaaa 37561551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 121 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 37556889 - 37556729
Alignment:
Q  121 cttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccct 220  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||    
T  37556889 cttcacaccaatgataataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatagtgataatctatgagagcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacag-cct 37556791  T
Q  221 aag-ctagtgtatagcaaaaccacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagcggtaaa 281  Q
    | | || ||||||||||||||||||| ||||| |  | ||||| ||||||||||| |||||||    
T  37556790 atgacttgtgtatagcaaaaccacactaagagctaac-aagcataaacaagataaacggtaaa 37556729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 118 - 245
Target Start/End: Original strand, 2785192 - 2785319
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||     
T  2785192 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacag- 2785290  T
Q  218 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  2785291 cctaagcctaatgtatagcaaaaccacac 2785319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 118 - 244
Target Start/End: Original strand, 33791133 - 33791259
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||     
T  33791133 aaccttcacatcaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacag- 33791231  T
Q  218 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccaca 244  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||    
T  33791232 cctaagcctaatgtatagcaaaaccaca 33791259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 147 - 274
Target Start/End: Original strand, 30631253 - 30631380
Alignment:
Q  147 gatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacaca 246  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||| |    
T  30631253 gatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagaacaaatggttttcaag-caacaacaacaaaacagccctagactagtgtatagcaaaatcacata 30631351  T
Q  247 -agagatcccaaagcacaaacaagataag 274  Q
     | ||||  ||||||| ||||||||||||    
T  30631352 tatagataacaaagcataaacaagataag 30631380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 118 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 31402118 - 31401991
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  31402118 aaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagc 31402019  T
Q  218 cctaagc-tagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    | ||||| || |||| |||||||||||||    
T  31402018 c-taagcctaatgtaaagcaaaaccacac 31401991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 118 - 244
Target Start/End: Original strand, 33767996 - 33768122
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||  |||||||| ||||||||||||||||     
T  33767996 aaccttcacatcaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatgacctccaagctaacaacaacaaaacag- 33768094  T
Q  218 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccaca 244  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||    
T  33768095 cctaagcctaatgtatagcaaaaccaca 33768122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 118 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 31397261 - 31397134
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||      
T  31397261 aaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaaca-t 31397163  T
Q  218 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    |||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  31397162 cctaagcctaatgtaaagcaaaaccacac 31397134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 144 - 244
Target Start/End: Original strand, 24135696 - 24135794
Alignment:
Q  144 aaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccac 243  Q
    |||||||||||||||||  |  |||||||||| ||||| | | |  |||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| ||||| |||||    
T  24135696 aaagatgtgtggagcaaaagggagtggtaatctatgagtaaaga--gtctccaagcaaacaacaacaaaacagccctagactagtgtagagcaacaccac 24135793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 190 - 275
Target Start/End: Original strand, 38192064 - 38192147
Alignment:
Q  190 gtctccaagccaacaacaacaaaa-cagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagatcccaaagcacaaacaagataagc 275  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||  |||||||| ||||| |||||||||||||   |||||  ||||||||||||||    
T  38192064 gtctccaagc-aacaacaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaacaccacacaagagaatacaaag--caaacaagataagc 38192147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 190 - 275
Target Start/End: Original strand, 38219289 - 38219372
Alignment:
Q  190 gtctccaagccaacaacaacaaaa-cagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagatcccaaagcacaaacaagataagc 275  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||  |||||||| ||||| |||||||||||||   |||||  ||||||||||||||    
T  38219289 gtctccaagc-aacaacaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaacaccacacaagagaatacaaag--caaacaagataagc 38219372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 225 - 274
Target Start/End: Original strand, 31180138 - 31180188
Alignment:
Q  225 tagtgtatagcaaaaccacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataag 274  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  31180138 tagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaagataag 31180188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 121; Significance: 5e-62; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 97 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 45348107 - 45347922
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttc--caaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctc 194  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  45348107 ttgtgaatccggttctacaaagaaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatctatgagaacaaatggtctt 45348010  T
Q  195 caagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagatcccaaagcacaaacaagataagcggtaaaa 282  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45348009 caagctaacaacaacaaaacagtcctagactagtgtaaagcaaaaccacacaagagattccaaagcacaaacaagataagcggtaaaa 45347922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 97 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 45357586 - 45357401
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttc--caaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctc 194  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  45357586 ttgtgaatccggttctacaaagaaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatctatgagaacaaatggtctt 45357489  T
Q  195 caagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagatcccaaagcacaaacaagataagcggtaaaa 282  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45357488 caagctaacaacaacaaaacagtcctagactagtgtaaagcaaaaccacacaagagattccaaagcacaaacaagataagcggtaaaa 45357401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 97 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 9224696 - 9224511
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaa--ccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctc 194  Q
    ||||||||||||||| ||| |||  ||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9224696 ttgtgaatccggttcaaaaaaaaaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctc 9224599  T
Q  195 caagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagcggtaaaa 282  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9224598 caagcaaacaacaacaaaacagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaagataagcggtaaaa 9224511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 97 - 281
Target Start/End: Original strand, 5732460 - 5732640
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5732460 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgaaaata---caatgatgtgtggagcaagtgatggtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 5732556  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa-gagatcccaaagcacaaacaagataagcggtaaa 281  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |  |||||||  |||||||||| |||||||    
T  5732557 agctaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagtaaaaccacacaaagagctaacaaagca--aacaagataaacggtaaa 5732640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 97 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 9229482 - 9229298
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaa-ccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcc 195  Q
    ||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9229482 ttgtgaatccggttaaaaaaaaaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcc 9229385  T
Q  196 aagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagcggtaaaa 282  Q
    |||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9229384 aagcaaacaacaacaaaacagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaagataagcggtaaaa 9229298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 97 - 247
Target Start/End: Original strand, 3813818 - 3813970
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttc--caaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctc 194  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3813818 ttgtgaatccggttctacaaagaaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagagcaaatggtctc 3813916  T
Q  195 caagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagc-aaaaccacacaa 247  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||  ||||||||| || ||||||||||||    
T  3813917 caagcaaacaacaacaaaacagtcctagactagtgtatcgcaaaaaccacacaa 3813970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 97 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 56146993 - 56146823
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    |||||||||||||||||||      ||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  56146993 ttgtgaatccggttccaaa------ttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaattggtctcca 56146902  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataag 274  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  56146901 agcaaacaacaacaaagcagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaagataag 56146823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 118 - 247
Target Start/End: Original strand, 18855544 - 18855671
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| |||||||    
T  18855544 aaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggcttccaagcaaacaacaac-aaacagc 18855641  T
Q  218 cctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 247  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18855642 cctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 18855671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 123 - 274
Target Start/End: Original strand, 51520280 - 51520430
Alignment:
Q  123 tcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaa 222  Q
    |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||     
T  51520280 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagcagccctag 51520377  T
Q  223 gctagtgtatagcaaaaccacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataag 274  Q
     ||||||||||||||||||| || |||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  51520378 actagtgtatagcaaaaccatacaaagagataacaaagcataaacaagataag 51520430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 143 - 275
Target Start/End: Original strand, 24741784 - 24741915
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaac-aaaacagccctaagctagtgtatagcaaaacc 241  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  24741784 caaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatga-acaaaatggtttccaag-caacaacaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaaaacc 24741881  T
Q  242 acac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagc 275  Q
    |||| ||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  24741882 acacaaagagataccaaagca-aaacaagataagc 24741915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 143 - 275
Target Start/End: Original strand, 29760486 - 29760616
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaacca 242  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |  ||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||  |||||||| ||||||||||    
T  29760486 caaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaat-aaacaaaatggtttccaag-caacaacaacaaaacaaccctagactagtgtagagcaaaacca 29760583  T
Q  243 cac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagc 275  Q
    ||| ||||||   ||||||| |||||||||||||    
T  29760584 cacaaagagagaacaaagca-aaacaagataagc 29760616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 97 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 22173482 - 22173299
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    |||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22173482 ttgtgaatccggtttcaaacaaatcttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 22173385  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagcggtaaaa 282  Q
    ||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  22173384 agcaaacaacaacaaaacagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaataagataagcggtaaaa 22173299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 97 - 281
Target Start/End: Original strand, 18656230 - 18656410
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18656230 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgaaaata---caatgatgtgtggagcaagtgatggtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 18656326  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa-gagatcccaaagcacaaacaagataagcggtaaa 281  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |  |||||||  |||||||||| |||||||    
T  18656327 agctaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagaaaaaccacacaaagagctaacaaagca--aacaagataaacggtaaa 18656410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 116 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 2677358 - 2677229
Alignment:
Q  116 gaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaaca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  2677358 gaaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaaca 2677259  T
Q  216 gccctaagc-tagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    ||| ||||| || ||||||||||||||||||    
T  2677258 gcc-taagcctaatgtatagcaaaaccacac 2677229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 116 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 2673202 - 2673073
Alignment:
Q  116 gaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaaca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| ||||||  |||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  2673202 gaaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagtaaatggcctccaagctaacaacaacaaaaca 2673103  T
Q  216 gccctaagc-tagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    ||| ||||| || ||||||||||||||||||    
T  2673102 gcc-taagcctaatgtatagcaaaaccacac 2673073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 118 - 245
Target Start/End: Original strand, 10207750 - 10207877
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||     
T  10207750 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacag- 10207848  T
Q  218 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  10207849 cctaagcctaatgtatagcaaaaccacac 10207877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 143 - 275
Target Start/End: Original strand, 7167088 - 7167219
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaacca 242  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||    
T  7167088 caaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagca-aaatggtttccaagc-aacaacaacaaaacagccctagactagtgtagagcaaaacca 7167185  T
Q  243 cac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagc 275  Q
    ||| |||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  7167186 cacaaagagataacaaagcataaacaagataagc 7167219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 143 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 2671840 - 2671708
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaac-aaaacagccctaagctagtgtatagcaaaacc 241  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  |||||||| || ||||||    
T  2671840 caaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgag-ccaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaaacagccctagtctagtgtagagaaaaacc 2671742  T
Q  242 acac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagc 275  Q
    |||| |||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  2671741 acacaaagagataacaaagca-aaacaagataagc 2671708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 118 - 218
Target Start/End: Original strand, 8512032 - 8512132
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||| |||||||  ||||||| |||||||||||||||||    
T  8512032 aaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagcaaatggcttccaagctaacaacaacaaaacagc 8512131  T
Q  218 c 218  Q
    |    
T  8512132 c 8512132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 118 - 218
Target Start/End: Original strand, 8516912 - 8517012
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||| |||||||  ||||||| |||||||||||||||||    
T  8516912 aaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagcaaatggcttccaagctaacaacaacaaaacagc 8517011  T
Q  218 c 218  Q
    |    
T  8517012 c 8517012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 118 - 218
Target Start/End: Original strand, 32475301 - 32475402
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaa-caacaacaaaacag 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||| | || ||||||||||||||    
T  32475301 aaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcctccaaactaatcaacaacaaaacag 32475400  T
Q  217 cc 218  Q
    ||    
T  32475401 cc 32475402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 118 - 218
Target Start/End: Original strand, 32480158 - 32480260
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaa-ccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaa-caacaacaaaaca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||| | || |||||||||||||    
T  32480158 aaccttcacaccaatgagaataaatccaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcctccaaactaatcaacaacaaaaca 32480257  T
Q  216 gcc 218  Q
    |||    
T  32480258 gcc 32480260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 147 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 28504104 - 28503982
Alignment:
Q  147 gatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac- 245  Q
    ||||||||||||||  | ||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||     
T  28504104 gatgtgtggagcaaaaggtagtgataatctatgagaa-aaatggtttccaagc-aacaacaacaaaacagcccttgactagtgtatagcaaaaccacaca 28504007  T
Q  246 aagagatcccaaagcacaaacaaga 270  Q
    |||||||  ||||||| ||||||||    
T  28504006 aagagataacaaagcataaacaaga 28503982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 151 - 245
Target Start/End: Original strand, 24967957 - 24968051
Alignment:
Q  151 tgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    ||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  24967957 tgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacag-cctaagcctaatgtatagcaaaaccacac 24968051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 143 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 8739318 - 8739185
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaac-aaaacagccctaagctagtgtatagc-aaaac 240  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||  |||||||| ||||||| || |||||| ||||| ||||||  || || || | | |||||    
T  8739318 caaagatgtgtggagcaagaaatagtggtaatctatgag-tcaaatggtttccaagcaaataacaacaaaaaccgccctagacttgtttagaacaaaaac 8739220  T
Q  241 cacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagc 275  Q
    ||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  8739219 cacacaaagagataccaaagca-aaacaagataagc 8739185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 143 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 9091556 - 9091423
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaac-aaaacagccctaagctagtgtatagc-aaaac 240  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||  |||||||| ||||||| || |||||| ||||| ||||||  || || || | | |||||    
T  9091556 caaagatgtgtggagcaagaaatagtggtaatctatgag-tcaaatggtttccaagcaaataacaacaaaaaccgccctagacttgtttagaacaaaaac 9091458  T
Q  241 cacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagc 275  Q
    ||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  9091457 cacacaaagagataccaaagca-aaacaagataagc 9091423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 143 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 40373049 - 40372980
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaa 213  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||| ||||||| ||||||| |||||    
T  40373049 caaaggtgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgggca-aaatggtttccaagcaaacaacatcaaaa 40372980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135 (Bit Score: 112; Significance: 1e-56; HSPs: 1)
Name: scaffold0135
Description:

Target: scaffold0135; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 97 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 35350 - 35166
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaa-ccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcc 195  Q
    ||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35350 ttgtgaatccggttaaaaaaaaaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcc 35253  T
Q  196 aagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagcggtaaaa 282  Q
    |||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  35252 aagcaaacaacaacaaaacagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaagataagcggtaaaa 35166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0355 (Bit Score: 111; Significance: 4e-56; HSPs: 2)
Name: scaffold0355
Description:

Target: scaffold0355; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 97 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 9928 - 9752
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  9928 ttgtgaatccggtttcaaacaaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagagcaaatggtctcca 9830  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagatcccaaagcacaaacaagataagc 275  Q
    | | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  | ||||| |||||||||||||    
T  9829 accaaacaacaacaaaacagccctaagctagtatatagcaaaaccacacaagagctaac-aagcataaacaagataagc 9752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0355; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 97 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 169 - 28
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||| ||||      |||||||||| |||||||||||||    
T  169 ttgtgaatccggtttcaaacaaaccttcacaccaatta-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgata------atcaatgagagcaaatggtctcca 77  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  76 agtaaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac 28  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 97 - 274
Target Start/End: Original strand, 41398034 - 41398215
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  41398034 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatga-aataaaccaattatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacatatggtctcca 41398132  T
Q  197 agc---caacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagc--aaaaccacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataag 274  Q
    |||   ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  41398133 agcaaacaacaacaacaaaacagccctaa-ctagtgtatagcaaaaaaccacacaaagagataccaaagcataaacaagataag 41398215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 97 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 44024161 - 44024013
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||  ||||    
T  44024161 ttgtgaatccgattccaaataaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaactgatagtgataatcaatgagaacaaatggcttcca 44024063  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 247  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44024062 agcaaacaacaac-aaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 44024013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 97 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 25445380 - 25445230
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttc--caaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctc 194  Q
    |||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||    
T  25445380 ttgtgaatccggttctacaaacgaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagcgatagtgataatcaatgagaacaaatggcttc 25445282  T
Q  195 caagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 247  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25445281 caagcaaacaacaac-aaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 25445230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 97 - 247
Target Start/End: Original strand, 39445294 - 39445444
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttc--caaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctc 194  Q
    |||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||  ||    
T  39445294 ttgtgaatccggttctacaaacgaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgtgaacaaatggcttc 39445392  T
Q  195 caagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 247  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39445393 caagcaaacaacaac-aaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 39445444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 97 - 199
Target Start/End: Original strand, 41386545 - 41386646
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  41386545 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctcca 41386643  T
Q  197 agc 199  Q
    |||    
T  41386644 agc 41386646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 118 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 1055279 - 1055152
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||   |||||||  |||||||| |||||||    
T  1055279 aaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgtgaacaaatgtcttccaagcttacaacaac-aaacagc 1055182  T
Q  218 cctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 247  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1055181 cctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 1055152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 118 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 43988734 - 43988607
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||||||     
T  43988734 aaccttcacgccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagcaaatggcttccaagctaacaacaacaaaacag- 43988636  T
Q  218 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    |||||| ||| ||||||||| ||||||||    
T  43988635 cctaagcctaatgtatagcacaaccacac 43988607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 143 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 24787621 - 24787487
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagc--caacaacaac--aaaacagccctaagctagtgtatagcaaa 238  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| | ||||||| |||||||  ||||||||||  ||||||||||||  ||  |||| ||||||    
T  24787621 caaagatgtgtggagcaagagatagtggtaataaatgagca-aaatggtttccaagcaacaacaacaacaaaaaacagccctagacttatgtagagcaaa 24787523  T
Q  239 accacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagc 275  Q
    ||||||| |||||||  |||||  ||||||||||||||    
T  24787522 accacacaaagagataacaaag--caaacaagataagc 24787487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 190 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 24202973 - 24202919
Alignment:
Q  190 gtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccaca 244  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||    
T  24202973 gtctccaagcaaacaacaacaaaacagccctaaactagtgtagagcaacaccaca 24202919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 201 - 274
Target Start/End: Original strand, 41390485 - 41390560
Alignment:
Q  201 aacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagc--aaaaccacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataag 274  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  41390485 aacaacaacaaaacagccctaa-ctagtgtatagcaaaaaaccacacaaagagatatcaaagcataaacaagataag 41390560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0464 (Bit Score: 94; Significance: 6e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold0464
Description:

Target: scaffold0464; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 97 - 247
Target Start/End: Original strand, 157 - 307
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttc--caaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctc 194  Q
    |||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||  ||    
T  157 ttgtgaatccggttctacaaacgaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatggtgataatcaatgagaacaaatggcttc 255  T
Q  195 caagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 247  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  256 caagcaaacaacaac-aaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0127 (Bit Score: 83; Significance: 2e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0127
Description:

Target: scaffold0127; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 97 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 34237 - 34136
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  34237 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctcca 34139  T
Q  197 agc 199  Q
    |||    
T  34138 agc 34136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 69; Significance: 5e-31; HSPs: 2)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 118 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 19433 - 19306
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  19433 aaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagc 19334  T
Q  218 cctaagc-tagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    | ||||| || ||||||||||||||||||    
T  19333 c-taagcctaatgtatagcaaaaccacac 19306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 118 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 14578 - 14477
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaa-caacaacaaaacag 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  14578 aaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcctccaagctaatcaacaacaaaacag 14479  T
Q  217 cc 218  Q
    ||    
T  14478 cc 14477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 69; Significance: 5e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 118 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 149224 - 149097
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  149224 aaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagc 149125  T
Q  218 cctaagc-tagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    | ||||| || ||||||||||||||||||    
T  149124 c-taagcctaatgtatagcaaaaccacac 149097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0259 (Bit Score: 65; Significance: 1e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0259
Description:

Target: scaffold0259; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 118 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 2519 - 2392
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||  | ||||| |||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  2519 aaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgataaagataatccatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagc 2420  T
Q  218 cctaagc-tagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    | ||||| || ||||||||||||||||||    
T  2419 c-taagcctaatgtatagcaaaaccacac 2392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 62; Significance: 8e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 118 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 182233 - 182132
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaa-caacaacaaaacag 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  182233 aaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcctccaagctaatcaacaacaaaacag 182134  T
Q  217 cc 218  Q
    ||    
T  182133 cc 182132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0978 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0978
Description:

Target: scaffold0978; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 143 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 491 - 358
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagc--caacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaac 240  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||| |||||||  ||||||||| ||||||||||||| ||||||   ||||||||    
T  491 caaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagcaaaaatggtttccaagcaacaacaacaa-aaaacagccctaaactagtgaggagcaaaac 393  T
Q  241 cacac-aagagatcccaaagcacaaacaagataagc 275  Q
    ||||| |||||||   |||||| |||||||||||||    
T  392 cacacaaagagataataaagca-aaacaagataagc 358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0479 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0479
Description:

Target: scaffold0479; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 97 - 186
Target Start/End: Original strand, 13143 - 13233
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttc--caaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaa 186  Q
    |||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  13143 ttgtgaatccggttctacaaacgaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatatgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaa 13233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University