View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11178_low_7 (Length: 271)

Name: NF11178_low_7
Description: NF11178
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11178_low_7
NF11178_low_7
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (97-270)||(39812104-39812276)
chr2 (97-270)||(32246579-32246753)
chr2 (97-270)||(44312740-44312908)
chr2 (116-245)||(19344236-19344364)
chr2 (116-245)||(19349094-19349222)
chr2 (143-270)||(11099054-11099180)
chr2 (143-247)||(9296551-9296655)
chr2 (143-247)||(14291331-14291435)
chr2 (190-261)||(25398386-25398457)
chr2 (190-261)||(25403524-25403595)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (97-270)||(39784940-39785112)
chr8 (97-266)||(25328399-25328566)
chr8 (123-270)||(6311121-6311267)
chr8 (147-270)||(7290042-7290166)
chr8 (118-245)||(35745208-35745335)
chr8 (143-270)||(4760202-4760329)
chr8 (118-218)||(10684432-10684533)
chr8 (143-270)||(30655484-30655612)
chr8 (143-270)||(36979221-36979347)
chr8 (143-270)||(33037933-33038060)
chr8 (143-270)||(10689270-10689396)
chr8 (143-270)||(18853295-18853422)
chr8 (143-270)||(18870689-18870813)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (97-270)||(31109700-31109870)
chr7 (97-270)||(12396712-12396880)
chr7 (117-270)||(12406149-12406300)
chr7 (97-247)||(24024467-24024616)
chr7 (116-247)||(21812379-21812508)
chr7 (118-247)||(19992130-19992257)
chr7 (97-247)||(4866530-4866676)
chr7 (118-218)||(16879889-16879990)
chr7 (118-218)||(16884745-16884846)
chr7 (143-247)||(20357697-20357801)
chr7 (118-218)||(24261491-24261592)
chr7 (118-218)||(24266370-24266471)
chr7 (143-261)||(2057802-2057921)
chr7 (143-261)||(1533579-1533694)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (97-270)||(28184299-28184473)
chr6 (97-270)||(14737692-14737864)
chr6 (97-271)||(11856767-11856941)
chr6 (97-247)||(14742575-14742723)
chr6 (97-270)||(22010813-22010981)
chr6 (118-247)||(6438319-6438445)
chr6 (118-245)||(6005234-6005361)
chr6 (87-245)||(28155712-28155869)
chr6 (118-245)||(16838561-16838688)
chr6 (118-239)||(33330594-33330715)
chr6 (118-218)||(33336112-33336212)
chr6 (118-218)||(5343297-5343397)
chr6 (143-247)||(30125944-30126048)
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (97-270)||(15044486-15044655)
chr5 (123-270)||(1457277-1457423)
chr5 (97-270)||(43592082-43592248)
chr5 (97-270)||(43598527-43598693)
chr5 (97-270)||(43604019-43604185)
chr5 (97-270)||(43609511-43609677)
chr5 (123-270)||(27444793-27444939)
chr5 (116-239)||(28807723-28807844)
chr5 (123-270)||(27449637-27449783)
chr5 (117-245)||(37561587-37561715)
chr5 (121-245)||(37556765-37556889)
chr5 (118-245)||(2785192-2785319)
chr5 (118-244)||(33791133-33791259)
chr5 (147-270)||(30631253-30631376)
chr5 (118-245)||(31401991-31402118)
chr5 (118-244)||(33767996-33768122)
chr5 (118-245)||(31397134-31397261)
chr5 (144-244)||(24135696-24135794)
chr5 (190-261)||(38192064-38192135)
chr5 (190-261)||(38219289-38219360)
chr5 (225-270)||(31180138-31180184)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (97-247)||(5732460-5732607)
chr4 (97-270)||(45347934-45348107)
chr4 (97-270)||(45357413-45357586)
chr4 (97-270)||(9224523-9224696)
chr4 (97-270)||(9229310-9229482)
chr4 (97-247)||(3813818-3813970)
chr4 (97-270)||(56146827-56146993)
chr4 (118-247)||(18855544-18855671)
chr4 (123-270)||(51520280-51520426)
chr4 (143-270)||(24741784-24741910)
chr4 (143-247)||(29760486-29760588)
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (97-247)||(18656230-18656377)
chr3 (97-261)||(22173319-22173482)
chr3 (116-245)||(2677229-2677358)
chr3 (116-245)||(2673073-2673202)
chr3 (118-245)||(10207750-10207877)
chr3 (143-270)||(7167088-7167214)
chr3 (118-218)||(8512032-8512132)
chr3 (118-218)||(8516912-8517012)
chr3 (143-247)||(2671736-2671840)
chr3 (118-218)||(32475301-32475402)
chr3 (147-270)||(28503982-28504104)
chr3 (118-218)||(32480158-32480260)
chr3 (151-245)||(24967957-24968051)
chr3 (143-213)||(8739249-8739318)
chr3 (143-213)||(9091487-9091556)
chr3 (143-213)||(40372980-40373049)
[»] scaffold0355 (2 HSPs)
scaffold0355 (97-250)||(9776-9928)
scaffold0355 (97-245)||(28-169)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (97-270)||(41398034-41398211)
chr1 (97-247)||(44024013-44024161)
chr1 (97-247)||(25445230-25445380)
chr1 (97-247)||(39445294-39445444)
chr1 (97-199)||(41386545-41386646)
chr1 (118-247)||(1055152-1055279)
chr1 (118-245)||(43988607-43988734)
chr1 (143-247)||(24787514-24787621)
chr1 (190-244)||(24202919-24202973)
chr1 (201-270)||(41390485-41390556)
[»] scaffold0135 (1 HSPs)
scaffold0135 (97-270)||(35178-35350)
[»] scaffold0464 (1 HSPs)
scaffold0464 (97-247)||(157-307)
[»] scaffold0127 (1 HSPs)
scaffold0127 (97-199)||(34136-34237)
[»] scaffold0197 (2 HSPs)
scaffold0197 (118-245)||(19306-19433)
scaffold0197 (118-218)||(14477-14578)
[»] scaffold0028 (1 HSPs)
scaffold0028 (118-245)||(149097-149224)
[»] scaffold0259 (1 HSPs)
scaffold0259 (118-245)||(2392-2519)
[»] scaffold0009 (1 HSPs)
scaffold0009 (118-218)||(182132-182233)
[»] scaffold0479 (1 HSPs)
scaffold0479 (97-186)||(13143-13233)
[»] scaffold0978 (1 HSPs)
scaffold0978 (143-247)||(386-491)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 154; Significance: 9e-82; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 97 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 39812276 - 39812104
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  39812276 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctcca 39812178  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  39812177 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagattccaaagcacaaacaaga 39812104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 97 - 270
Target Start/End: Original strand, 32246579 - 32246753
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttc--caaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctc 194  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  32246579 ttgtgaatccggttctacaaagaaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatctatgagaacaaatggtctc 32246677  T
Q  195 caagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32246678 caagctaacaacaacaaaacagtcctagactagtgtatagcaaaaccacacaagagattccaaagcataaacaaga 32246753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 97 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 44312908 - 44312740
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    ||||||||||||||| |||   | |||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44312908 ttgtgaatccggttcaaaa---atcttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 44312814  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac-aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    ||| |||||||||||| | ||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||    
T  44312813 agcaaacaacaacaaagccgccctagacaagtgtatagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaaga 44312740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 116 - 245
Target Start/End: Original strand, 19344236 - 19344364
Alignment:
Q  116 gaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaaca 215  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  19344236 gaaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagagcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaaca 19344334  T
Q  216 gccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    | |||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  19344335 g-cctaagcctaatgtatagcaaaaccacac 19344364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 116 - 245
Target Start/End: Original strand, 19349094 - 19349222
Alignment:
Q  116 gaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaaca 215  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  19349094 gaaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagagcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaaca 19349192  T
Q  216 gccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    | |||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  19349193 g-cctaagcctaatgtatagcaaaaccacac 19349222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 143 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 11099180 - 11099054
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaac-aaaacagccctaagctagtgtatagcaaaacc 241  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  11099180 caaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatga-acaaaatggtttccaag-caacaacaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaaaacc 11099083  T
Q  242 acac-aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    |||| ||||||| |||||||| ||||||||    
T  11099082 acacaaagagataccaaagca-aaacaaga 11099054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 143 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 9296655 - 9296551
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaa-cagccctaagctagtgtatagcaaaacc 241  Q
    ||||||||||||||||||  | ||||||||||| ||||| | ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||  |||||||| |||||||||    
T  9296655 caaagatgtgtggagcaaaaggtagtggtaatctatgagca-aaatggtttccaagcaaacaacaacaaaaacagccctagtctagtgtagagcaaaacc 9296557  T
Q  242 acacaa 247  Q
    ||||||    
T  9296556 acacaa 9296551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 143 - 247
Target Start/End: Original strand, 14291331 - 14291435
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaac-aaaacagccctaagctagtgtatagcaaaacc 241  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||  ||| |||| |||||||||    
T  14291331 caaaggtgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgggca-aaatggtttccaagcaaacaacaacaaaaacagccctagactaatgtagagcaaaacc 14291429  T
Q  242 acacaa 247  Q
    ||||||    
T  14291430 acacaa 14291435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 190 - 261
Target Start/End: Original strand, 25398386 - 25398457
Alignment:
Q  190 gtctccaagccaacaacaacaaaa-cagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagattccaaagca 261  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||  |||||||| ||||| ||||||||||||| | |||||||    
T  25398386 gtctccaagc-aacaacaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaacaccacacaagagaatacaaagca 25398457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 190 - 261
Target Start/End: Original strand, 25403524 - 25403595
Alignment:
Q  190 gtctccaagccaacaacaacaaaa-cagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagattccaaagca 261  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||  |||||||| ||||| ||||||||||||| | |||||||    
T  25403524 gtctccaagc-aacaacaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaacaccacacaagagaatacaaagca 25403595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 146; Significance: 6e-77; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 97 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 39785112 - 39784940
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  39785112 ttgtgaatctggttccaaagaaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctcca 39785014  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  39785013 agccaataacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagattccaaagcacaaacaaga 39784940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 97 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 25328566 - 25328399
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25328566 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaacaatga-aataaatcaatgatgtgcggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctcca 25328468  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagattccaaagcataaac 266  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  25328467 agccaacaacaacaaaacaaccctaa-ctagtgtatagcaaaaccacacaagagataccaaaacataaac 25328399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 123 - 270
Target Start/End: Original strand, 6311121 - 6311267
Alignment:
Q  123 tcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaa 222  Q
    |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||     
T  6311121 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaacaacaaagcagccctag 6311218  T
Q  223 gctagtgtatagcaaaaccacac-aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  6311219 actagtgtatagcaaaaccacactaagagataacaaagcataaacaaga 6311267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 147 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 7290166 - 7290042
Alignment:
Q  147 gatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac- 245  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||     
T  7290166 gatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaaacaaacaacaacaaagcagccctagactagtgtatagcaaaaccacaca 7290067  T
Q  246 aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    |||||||  |||| |||||||||||    
T  7290066 aagagataacaaaccataaacaaga 7290042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 118 - 245
Target Start/End: Original strand, 35745208 - 35745335
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||     
T  35745208 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacag- 35745306  T
Q  218 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  35745307 cctaagcctaatgtatagcaaaaccacac 35745335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 143 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 4760329 - 4760202
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaac-aaaacagccctaagctagtgtatagcaaaacc 241  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| | ||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  4760329 caaagatgtgtggagctagagatagtggtaatcaatgagca-aaatggtttccaag-caacaacaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaaaacc 4760232  T
Q  242 acac-aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    |||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  4760231 acacaaagagataacaaagcataaacaaga 4760202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 118 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 10684533 - 10684432
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaa-caacaacaaaacag 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  10684533 aaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcctccaagctaatcaacaacaaaacag 10684434  T
Q  217 cc 218  Q
    ||    
T  10684433 cc 10684432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 143 - 270
Target Start/End: Original strand, 30655484 - 30655612
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagc--caacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaac 240  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||| |||||||  ||||||||| ||||||||||||  |||||||| ||||||||    
T  30655484 caaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatga-acaaaatggtttccaagcaacaacaacaa-aaaacagccctagactagtgtagagcaaaac 30655581  T
Q  241 cacaca-agagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||||    
T  30655582 cacacatagagataacaaagcataaacaaga 30655612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 143 - 270
Target Start/End: Original strand, 36979221 - 36979347
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaac-aaaacagccctaagctagtgtatagcaaaacc 241  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  36979221 caaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatga-acaaaatggtttccaag-caacaacaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaaaacc 36979318  T
Q  242 acac-aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    |||| ||||||| |||||||| ||||||||    
T  36979319 acacaaagagataccaaagca-aaacaaga 36979347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 143 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 33038060 - 33037933
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaaca--aaacagccctaagctagtgtatagcaaaac 240  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||  |||||||| ||||||||    
T  33038060 caaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatga-acaaaatggtttccaag-caacaacaacaataaacagccctagactagtgtagagcaaaac 33037963  T
Q  241 cacac-aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    ||||| ||||||| |||||||| ||||||||    
T  33037962 cacacaaagagataccaaagca-aaacaaga 33037933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 143 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 10689396 - 10689270
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaac-aaaacagccctaagctagtgtatagcaaaacc 241  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  | |||||| |||||| |||||||||| |||||| |||||   ||||||| |||||||||    
T  10689396 caaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgag-tctaatggtttccaag-caacaacaacaaaaacaaccctagtgtagtgtagagcaaaacc 10689299  T
Q  242 acac-aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    |||| ||||||| |||||||| ||||||||    
T  10689298 acacaaagagataccaaagca-aaacaaga 10689270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 143 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 18853422 - 18853295
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaaca-gccctaagctagtgtatagcaaaacc 241  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  |||||||| ||||||| |||||||| |||| | ||||||  || || || |||||||||    
T  18853422 caaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgag-tcaaatggtttccaagcaaacaacaaaaaaaaacgccctagacttgtttagagcaaaacc 18853324  T
Q  242 acac-aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    |||| ||||||| |||||||| ||||||||    
T  18853323 acacaaagagataccaaagca-aaacaaga 18853295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 143 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 18870813 - 18870689
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaacca 242  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||   ||||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||  || || || ||||||||||    
T  18870813 caaagatgtgtggagcaagagataatggtaatctatgag-ttaaatggtttccaagcaaacaacaa-aaaac-gccctagacttgtttagagcaaaacca 18870717  T
Q  243 cac-aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    ||| ||||||| |||||||| ||||||||    
T  18870716 cacaaagagataccaaagca-aaacaaga 18870689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 134; Significance: 8e-70; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 97 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 31109870 - 31109700
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  31109870 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtgcagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctcca 31109773  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31109772 agccaacaacaacaaaacagccctaa-ctagtgtatagcaaaaccacacaagagattccaaagcataaacaaga 31109700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 97 - 270
Target Start/End: Original strand, 12396712 - 12396880
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    ||||||||||||||| |||   |||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12396712 ttgtgaatccggttcaaaa---accttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 12396806  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac-aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||    
T  12396807 agcaaacaacaacaaagcagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaaga 12396880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 117 - 270
Target Start/End: Original strand, 12406149 - 12406300
Alignment:
Q  117 aaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacag 216  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  12406149 aaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagcag 12406246  T
Q  217 ccctaagctagtgtatagcaaaaccacac-aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||    
T  12406247 ccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaaga 12406300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 97 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 24024616 - 24024467
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaa-ccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcc 195  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24024616 ttgtgaatccggttccaaagaaaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcc 24024519  T
Q  196 aagccaacaacaacaaaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacacaa 247  Q
    |||| |||||||||||||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||||    
T  24024518 aagcaaacaacaacaaaacag-cctatgactagtatatagcaaaaccacacaa 24024467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 116 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 21812508 - 21812379
Alignment:
Q  116 gaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaaca 215  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||  ||||||| ||||||||| |||||    
T  21812508 gaaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagagcaaatggcttccaagctaacaacaac-aaaca 21812411  T
Q  216 gccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 247  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21812410 gccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 21812379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 118 - 247
Target Start/End: Original strand, 19992130 - 19992257
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||| |||||||    
T  19992130 aaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaggtgatagtgataatcaatgagaacaaatggcttccaagcttacaacaac-aaacagc 19992227  T
Q  218 cctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 247  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19992228 cctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 19992257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 97 - 247
Target Start/End: Original strand, 4866530 - 4866676
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    ||||||||||||||| |||   |||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4866530 ttgtgaatccggttcaaaa---accttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgaggacaaatggtctcca 4866624  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagc-aaaaccacacaa 247  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  4866625 agcaaacaacaacaaaacagtcctagactagtgtatagcaaaaaccacacaa 4866676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 118 - 218
Target Start/End: Original strand, 16879889 - 16879990
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaa-caacaacaaaacag 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  16879889 aaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcctccaagctaatcaacaacaaaacag 16879988  T
Q  217 cc 218  Q
    ||    
T  16879989 cc 16879990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 118 - 218
Target Start/End: Original strand, 16884745 - 16884846
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaa-caacaacaaaacag 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  16884745 aaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcctccaagctaatcaacaacaaaacag 16884844  T
Q  217 cc 218  Q
    ||    
T  16884845 cc 16884846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 143 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 20357801 - 20357697
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaac-aaaacagccctaagctagtgtatagcaaaacc 241  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  20357801 caaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgag-ccaaatggtctccaagctaacaacaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaaaacc 20357703  T
Q  242 acacaa 247  Q
    ||||||    
T  20357702 acacaa 20357697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 118 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 24261592 - 24261491
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaa-caacaacaaaacag 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  24261592 aaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcctccaagctaatcaacaacaaaacag 24261493  T
Q  217 cc 218  Q
    ||    
T  24261492 cc 24261491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 118 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 24266471 - 24266370
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaa-caacaacaaaacag 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  24266471 aaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcctccaagctaatcaacaacaaaacag 24266372  T
Q  217 cc 218  Q
    ||    
T  24266371 cc 24266370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 143 - 261
Target Start/End: Original strand, 2057802 - 2057921
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaac-aaaacagccctaagctagtgtatagcaaaacc 241  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  |||||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||  || || || |||||||||    
T  2057802 caaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgag-tcaaatggtttccaagcaaacaacaacaaaaaccgccctagacttgtttagagcaaaacc 2057900  T
Q  242 acac-aagagattccaaagca 261  Q
    |||| ||||||| ||||||||    
T  2057901 acacaaagagataccaaagca 2057921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 143 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 1533694 - 1533579
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaa-cagccctaagctagtgtatagcaaaacc 241  Q
    ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||| |||  || |||||| |||||||||||||| |||||| |  |||||||| ||||| |||    
T  1533694 caaagatgtgtggagcaaaatatagtggtaatcaatgagaaaaaa--gtttccaag-caacaacaacaaaaccagccccagtctagtgtagagcaacacc 1533598  T
Q  242 acacaagagattccaaagca 261  Q
    ||| |||||| | |||||||    
T  1533597 aca-aagagaatacaaagca 1533579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 125; Significance: 2e-64; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 97 - 270
Target Start/End: Original strand, 28184299 - 28184473
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaa--tggtctc 194  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  |||||||    
T  28184299 ttgtgaatccggtttcaaacaaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaaaatggtctc 28184397  T
Q  195 caagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28184398 caagcaaacaacaacaaaacagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaagagattccaaagcataaacaaga 28184473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 97 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 14737864 - 14737692
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14737864 ttgtgaatccggtttcaaataaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctcca 14737767  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac--aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    ||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| ||||||||    
T  14737766 agcaaacaacaacaaaacagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaaagagataccaaagca-aaacaaga 14737692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 97 - 271
Target Start/End: Original strand, 11856767 - 11856941
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaa--ccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctc 194  Q
    ||||||||||||||| ||| |||  ||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11856767 ttgtgaatccggttcaaaaaaaaaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctc 11856864  T
Q  195 caagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac-aagagattccaaagcataaacaagac 271  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||    
T  11856865 caagcaaacaacaacaaaacagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaagac 11856941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 97 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 14742723 - 14742575
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14742723 ttgtgaatccggtttcaaataaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctcca 14742626  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 247  Q
    |||  ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  14742625 agcatacaacaacaaaacagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaa 14742575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 97 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 22010981 - 22010813
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    ||||||||||||||| |||   | |||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22010981 ttgtgaatccggttcaaaa---atcttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 22010887  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac-aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    ||| |||||||||||| | ||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||    
T  22010886 agcaaacaacaacaaagccgccctagacaagtgtatagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaaga 22010813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 118 - 247
Target Start/End: Original strand, 6438319 - 6438445
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||  ||||||| ||||||||| |||||||    
T  6438319 aaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaaccaatggcttccaagcaaacaacaac-aaacagc 6438415  T
Q  218 cctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 247  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6438416 cctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 6438445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 118 - 245
Target Start/End: Original strand, 6005234 - 6005361
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||     
T  6005234 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacag- 6005332  T
Q  218 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  6005333 cctaagcctaatgtatagcaaaaccacac 6005361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 87 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 28155869 - 28155712
Alignment:
Q  87 accaaacatcttgtgaatccggttccaaagaaa-ccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaaca 185  Q
    |||||| || ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||  ||||||| || ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||    
T  28155869 accaaagatgttgtgaatccggttctaaacaaaaccttcacaccaatgc-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagagca 28155772  T
Q  186 aatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| | || |||||||||||||||||||    
T  28155771 aatggtcttcaagctaacaacaacaaaacag-cctatgacttgtgtatagcaaaaccacac 28155712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 118 - 245
Target Start/End: Original strand, 16838561 - 16838688
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| || ||||| ||||||||||||||||     
T  16838561 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatatgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggccttcaagctaacaacaacaaaacag- 16838659  T
Q  218 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  16838660 cctaagcctaatgtatagcaaaaccacac 16838688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 118 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 33330715 - 33330594
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  33330715 aaccttcacaccaattagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagc 33330616  T
Q  218 cctaagc-tagtgtatagcaaaa 239  Q
    | ||||| || ||||||||||||    
T  33330615 c-taagcctaatgtatagcaaaa 33330594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 118 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 33336212 - 33336112
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||| | |||||||||||||||||    
T  33336212 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaaactaacaacaacaaaacagc 33336113  T
Q  218 c 218  Q
    |    
T  33336112 c 33336112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 118 - 218
Target Start/End: Original strand, 5343297 - 5343397
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  5343297 aaccttcacaccaatgagaataagtcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagc 5343396  T
Q  218 c 218  Q
    |    
T  5343397 c 5343397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 143 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 30126048 - 30125944
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaa-cagccctaagctagtgtatagcaaaacc 241  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||  |||||||| |||||||||    
T  30126048 caaagatgtgtggagcaagaggtagtgataatctatgagc-caaatggtctccaagctaactacaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaaaacc 30125950  T
Q  242 acacaa 247  Q
    ||||||    
T  30125949 acacaa 30125944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 124; Significance: 7e-64; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 97 - 270
Target Start/End: Original strand, 15044486 - 15044655
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||| || |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15044486 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatga-aata---caatgacgtgtagagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 15044581  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    | |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15044582 aaccaacaacaacaaaacagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaagagattccaaagcataaacaaga 15044655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 123 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 1457423 - 1457277
Alignment:
Q  123 tcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaa 222  Q
    |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||     
T  1457423 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagcagccctag 1457326  T
Q  223 gctagtgtatagcaaaaccacac-aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  1457325 actagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaaga 1457277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 97 - 270
Target Start/End: Original strand, 43592082 - 43592248
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    ||||||||||||||||||||      ||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43592082 ttgtgaatccggttccaaag------tcacatcaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 43592173  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac-aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  43592174 agcaaacaacaacaaagcagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaaga 43592248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 97 - 270
Target Start/End: Original strand, 43598527 - 43598693
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    ||||||||||||||||||||      |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  43598527 ttgtgaatccggttccaaag------tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaattggtctcca 43598618  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac-aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  43598619 agcaaacaacaacaaagcagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaaga 43598693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 97 - 270
Target Start/End: Original strand, 43604019 - 43604185
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    ||||||||||||||||||||      |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  43604019 ttgtgaatccggttccaaag------tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaattggtctcca 43604110  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac-aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  43604111 agcaaacaacaacaaagcagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaaga 43604185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 97 - 270
Target Start/End: Original strand, 43609511 - 43609677
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    ||||||||||||||||||||      |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  43609511 ttgtgaatccggttccaaag------tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaattggtctcca 43609602  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac-aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  43609603 agcaaacaacaacaaagcagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaaga 43609677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 123 - 270
Target Start/End: Original strand, 27444793 - 27444939
Alignment:
Q  123 tcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaa 222  Q
    |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||     
T  27444793 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagtacaaatggtctccaagcaaacaacaacatagcagccctag 27444890  T
Q  223 gctagtgtatagcaaaaccacac-aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  27444891 actagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaaga 27444939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 116 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 28807844 - 28807723
Alignment:
Q  116 gaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaaca 215  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| |||||    
T  28807844 gaaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggcttccaagcaaacaacaac-aaaca 28807747  T
Q  216 gccctaagctagtgtatagcaaaa 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  28807746 gccctaagctagtgtatagcaaaa 28807723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 123 - 270
Target Start/End: Original strand, 27449637 - 27449783
Alignment:
Q  123 tcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaa 222  Q
    |||||||||||| ||||||| || ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||     
T  27449637 tcacaccaatga-aataaac-aatgatatgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagtacaaatggtctccaagcaaacaacaacatagcagccctag 27449734  T
Q  223 gctagtgtatagcaaaaccacac-aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  27449735 actagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaaga 27449783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 117 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 37561715 - 37561587
Alignment:
Q  117 aaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacag 216  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  37561715 aaaccttcacaccaatgataataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatagtgataatctatgagagcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacag 37561616  T
Q  217 ccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
     |||| | || |||||||||||||||||||    
T  37561615 -cctatgacttgtgtatagcaaaaccacac 37561587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 121 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 37556889 - 37556765
Alignment:
Q  121 cttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccct 220  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||    
T  37556889 cttcacaccaatgataataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatagtgataatctatgagagcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacag-cct 37556791  T
Q  221 aag-ctagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    | | || |||||||||||||||||||    
T  37556790 atgacttgtgtatagcaaaaccacac 37556765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 118 - 245
Target Start/End: Original strand, 2785192 - 2785319
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||     
T  2785192 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacag- 2785290  T
Q  218 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  2785291 cctaagcctaatgtatagcaaaaccacac 2785319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 118 - 244
Target Start/End: Original strand, 33791133 - 33791259
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||     
T  33791133 aaccttcacatcaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacag- 33791231  T
Q  218 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccaca 244  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||    
T  33791232 cctaagcctaatgtatagcaaaaccaca 33791259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 147 - 270
Target Start/End: Original strand, 30631253 - 30631376
Alignment:
Q  147 gatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacaca 246  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||| |    
T  30631253 gatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagaacaaatggttttcaag-caacaacaacaaaacagccctagactagtgtatagcaaaatcacata 30631351  T
Q  247 -agagattccaaagcataaacaaga 270  Q
     | ||||  ||||||||||||||||    
T  30631352 tatagataacaaagcataaacaaga 30631376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 118 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 31402118 - 31401991
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  31402118 aaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagc 31402019  T
Q  218 cctaagc-tagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    | ||||| || |||| |||||||||||||    
T  31402018 c-taagcctaatgtaaagcaaaaccacac 31401991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 118 - 244
Target Start/End: Original strand, 33767996 - 33768122
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||  |||||||| ||||||||||||||||     
T  33767996 aaccttcacatcaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatgacctccaagctaacaacaacaaaacag- 33768094  T
Q  218 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccaca 244  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||    
T  33768095 cctaagcctaatgtatagcaaaaccaca 33768122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 118 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 31397261 - 31397134
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||      
T  31397261 aaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaaca-t 31397163  T
Q  218 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    |||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  31397162 cctaagcctaatgtaaagcaaaaccacac 31397134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 144 - 244
Target Start/End: Original strand, 24135696 - 24135794
Alignment:
Q  144 aaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccac 243  Q
    |||||||||||||||||  |  |||||||||| ||||| | | |  |||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| ||||| |||||    
T  24135696 aaagatgtgtggagcaaaagggagtggtaatctatgagtaaaga--gtctccaagcaaacaacaacaaaacagccctagactagtgtagagcaacaccac 24135793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 190 - 261
Target Start/End: Original strand, 38192064 - 38192135
Alignment:
Q  190 gtctccaagccaacaacaacaaaa-cagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagattccaaagca 261  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||  |||||||| ||||| ||||||||||||| | |||||||    
T  38192064 gtctccaagc-aacaacaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaacaccacacaagagaatacaaagca 38192135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 190 - 261
Target Start/End: Original strand, 38219289 - 38219360
Alignment:
Q  190 gtctccaagccaacaacaacaaaa-cagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagattccaaagca 261  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||  |||||||| ||||| ||||||||||||| | |||||||    
T  38219289 gtctccaagc-aacaacaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaacaccacacaagagaatacaaagca 38219360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 225 - 270
Target Start/End: Original strand, 31180138 - 31180184
Alignment:
Q  225 tagtgtatagcaaaaccacac-aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  31180138 tagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaaga 31180184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 113; Significance: 3e-57; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 97 - 247
Target Start/End: Original strand, 5732460 - 5732607
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5732460 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgaaaata---caatgatgtgtggagcaagtgatggtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 5732556  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 247  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5732557 agctaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagtaaaaccacacaa 5732607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 97 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 45348107 - 45347934
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttc--caaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctc 194  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  45348107 ttgtgaatccggttctacaaagaaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatctatgagaacaaatggtctt 45348010  T
Q  195 caagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45348009 caagctaacaacaacaaaacagtcctagactagtgtaaagcaaaaccacacaagagattccaaagcacaaacaaga 45347934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 97 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 45357586 - 45357413
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttc--caaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctc 194  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  45357586 ttgtgaatccggttctacaaagaaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatctatgagaacaaatggtctt 45357489  T
Q  195 caagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45357488 caagctaacaacaacaaaacagtcctagactagtgtaaagcaaaaccacacaagagattccaaagcacaaacaaga 45357413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 97 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 9224696 - 9224523
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaa--ccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctc 194  Q
    ||||||||||||||| ||| |||  ||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9224696 ttgtgaatccggttcaaaaaaaaaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctc 9224599  T
Q  195 caagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac-aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||    
T  9224598 caagcaaacaacaacaaaacagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaaga 9224523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 97 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 9229482 - 9229310
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaa-ccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcc 195  Q
    ||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9229482 ttgtgaatccggttaaaaaaaaaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcc 9229385  T
Q  196 aagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac-aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    |||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||    
T  9229384 aagcaaacaacaacaaaacagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaaga 9229310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 97 - 247
Target Start/End: Original strand, 3813818 - 3813970
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttc--caaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctc 194  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3813818 ttgtgaatccggttctacaaagaaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagagcaaatggtctc 3813916  T
Q  195 caagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagc-aaaaccacacaa 247  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||  ||||||||| || ||||||||||||    
T  3813917 caagcaaacaacaacaaaacagtcctagactagtgtatcgcaaaaaccacacaa 3813970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 97 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 56146993 - 56146827
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    |||||||||||||||||||      ||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  56146993 ttgtgaatccggttccaaa------ttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaattggtctcca 56146902  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac-aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  56146901 agcaaacaacaacaaagcagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaaga 56146827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 118 - 247
Target Start/End: Original strand, 18855544 - 18855671
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| |||||||    
T  18855544 aaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggcttccaagcaaacaacaac-aaacagc 18855641  T
Q  218 cctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 247  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18855642 cctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 18855671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 123 - 270
Target Start/End: Original strand, 51520280 - 51520426
Alignment:
Q  123 tcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaa 222  Q
    |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||     
T  51520280 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagcagccctag 51520377  T
Q  223 gctagtgtatagcaaaaccacac-aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
     ||||||||||||||||||| || |||||||  ||||||||||||||||    
T  51520378 actagtgtatagcaaaaccatacaaagagataacaaagcataaacaaga 51520426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 143 - 270
Target Start/End: Original strand, 24741784 - 24741910
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaac-aaaacagccctaagctagtgtatagcaaaacc 241  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  24741784 caaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatga-acaaaatggtttccaag-caacaacaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaaaacc 24741881  T
Q  242 acac-aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    |||| ||||||| |||||||| ||||||||    
T  24741882 acacaaagagataccaaagca-aaacaaga 24741910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 143 - 247
Target Start/End: Original strand, 29760486 - 29760588
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaacca 242  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |  ||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||  |||||||| ||||||||||    
T  29760486 caaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaat-aaacaaaatggtttccaag-caacaacaacaaaacaaccctagactagtgtagagcaaaacca 29760583  T
Q  243 cacaa 247  Q
    |||||    
T  29760584 cacaa 29760588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 113; Significance: 3e-57; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 97 - 247
Target Start/End: Original strand, 18656230 - 18656377
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18656230 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgaaaata---caatgatgtgtggagcaagtgatggtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 18656326  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 247  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18656327 agctaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagaaaaaccacacaa 18656377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 97 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 22173482 - 22173319
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    |||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22173482 ttgtgaatccggtttcaaacaaatcttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 22173385  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac-aagagattccaaagca 261  Q
    ||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  22173384 agcaaacaacaacaaaacagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataccaaagca 22173319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 116 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 2677358 - 2677229
Alignment:
Q  116 gaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaaca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  2677358 gaaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaaca 2677259  T
Q  216 gccctaagc-tagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    ||| ||||| || ||||||||||||||||||    
T  2677258 gcc-taagcctaatgtatagcaaaaccacac 2677229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 116 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 2673202 - 2673073
Alignment:
Q  116 gaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaaca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| ||||||  |||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  2673202 gaaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagtaaatggcctccaagctaacaacaacaaaaca 2673103  T
Q  216 gccctaagc-tagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    ||| ||||| || ||||||||||||||||||    
T  2673102 gcc-taagcctaatgtatagcaaaaccacac 2673073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 118 - 245
Target Start/End: Original strand, 10207750 - 10207877
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||     
T  10207750 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacag- 10207848  T
Q  218 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  10207849 cctaagcctaatgtatagcaaaaccacac 10207877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 143 - 270
Target Start/End: Original strand, 7167088 - 7167214
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaacca 242  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||    
T  7167088 caaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagca-aaatggtttccaagc-aacaacaacaaaacagccctagactagtgtagagcaaaacca 7167185  T
Q  243 cac-aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    ||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  7167186 cacaaagagataacaaagcataaacaaga 7167214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 118 - 218
Target Start/End: Original strand, 8512032 - 8512132
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||| |||||||  ||||||| |||||||||||||||||    
T  8512032 aaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagcaaatggcttccaagctaacaacaacaaaacagc 8512131  T
Q  218 c 218  Q
    |    
T  8512132 c 8512132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 118 - 218
Target Start/End: Original strand, 8516912 - 8517012
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||| |||||||  ||||||| |||||||||||||||||    
T  8516912 aaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagcaaatggcttccaagctaacaacaacaaaacagc 8517011  T
Q  218 c 218  Q
    |    
T  8517012 c 8517012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 143 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 2671840 - 2671736
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaac-aaaacagccctaagctagtgtatagcaaaacc 241  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  |||||||| || ||||||    
T  2671840 caaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgag-ccaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaaacagccctagtctagtgtagagaaaaacc 2671742  T
Q  242 acacaa 247  Q
    ||||||    
T  2671741 acacaa 2671736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 118 - 218
Target Start/End: Original strand, 32475301 - 32475402
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaa-caacaacaaaacag 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||| | || ||||||||||||||    
T  32475301 aaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcctccaaactaatcaacaacaaaacag 32475400  T
Q  217 cc 218  Q
    ||    
T  32475401 cc 32475402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 147 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 28504104 - 28503982
Alignment:
Q  147 gatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac- 245  Q
    ||||||||||||||  | ||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||     
T  28504104 gatgtgtggagcaaaaggtagtgataatctatgagaa-aaatggtttccaagc-aacaacaacaaaacagcccttgactagtgtatagcaaaaccacaca 28504007  T
Q  246 aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    |||||||  ||||||||||||||||    
T  28504006 aagagataacaaagcataaacaaga 28503982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 118 - 218
Target Start/End: Original strand, 32480158 - 32480260
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaa-ccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaa-caacaacaaaaca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||| | || |||||||||||||    
T  32480158 aaccttcacaccaatgagaataaatccaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcctccaaactaatcaacaacaaaaca 32480257  T
Q  216 gcc 218  Q
    |||    
T  32480258 gcc 32480260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 151 - 245
Target Start/End: Original strand, 24967957 - 24968051
Alignment:
Q  151 tgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    ||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  24967957 tgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacag-cctaagcctaatgtatagcaaaaccacac 24968051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 143 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 8739318 - 8739249
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaa 213  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||  |||||||| ||||||| || ||||||||||    
T  8739318 caaagatgtgtggagcaagaaatagtggtaatctatgag-tcaaatggtttccaagcaaataacaacaaaa 8739249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 143 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 9091556 - 9091487
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaa 213  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||  |||||||| ||||||| || ||||||||||    
T  9091556 caaagatgtgtggagcaagaaatagtggtaatctatgag-tcaaatggtttccaagcaaataacaacaaaa 9091487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 143 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 40373049 - 40372980
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaa 213  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||| ||||||| ||||||| |||||    
T  40373049 caaaggtgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgggca-aaatggtttccaagcaaacaacatcaaaa 40372980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0355 (Bit Score: 110; Significance: 2e-55; HSPs: 2)
Name: scaffold0355
Description:

Target: scaffold0355; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 97 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 9928 - 9776
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  9928 ttgtgaatccggtttcaaacaaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagagcaaatggtctcca 9830  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaagag 250  Q
    | | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9829 accaaacaacaacaaaacagccctaagctagtatatagcaaaaccacacaagag 9776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0355; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 97 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 169 - 28
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||| ||||      |||||||||| |||||||||||||    
T  169 ttgtgaatccggtttcaaacaaaccttcacaccaatta-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgata------atcaatgagagcaaatggtctcca 77  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  76 agtaaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac 28  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 97 - 270
Target Start/End: Original strand, 41398034 - 41398211
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  41398034 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatga-aataaaccaattatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacatatggtctcca 41398132  T
Q  197 agc---caacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagc--aaaaccacac-aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    |||   ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  41398133 agcaaacaacaacaacaaaacagccctaa-ctagtgtatagcaaaaaaccacacaaagagataccaaagcataaacaaga 41398211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 97 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 44024161 - 44024013
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||  ||||    
T  44024161 ttgtgaatccgattccaaataaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaactgatagtgataatcaatgagaacaaatggcttcca 44024063  T
Q  197 agccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 247  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44024062 agcaaacaacaac-aaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 44024013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 97 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 25445380 - 25445230
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttc--caaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctc 194  Q
    |||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||    
T  25445380 ttgtgaatccggttctacaaacgaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagcgatagtgataatcaatgagaacaaatggcttc 25445282  T
Q  195 caagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 247  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25445281 caagcaaacaacaac-aaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 25445230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 97 - 247
Target Start/End: Original strand, 39445294 - 39445444
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttc--caaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctc 194  Q
    |||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||  ||    
T  39445294 ttgtgaatccggttctacaaacgaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgtgaacaaatggcttc 39445392  T
Q  195 caagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 247  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39445393 caagcaaacaacaac-aaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 39445444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 97 - 199
Target Start/End: Original strand, 41386545 - 41386646
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  41386545 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctcca 41386643  T
Q  197 agc 199  Q
    |||    
T  41386644 agc 41386646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 118 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 1055279 - 1055152
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||   |||||||  |||||||| |||||||    
T  1055279 aaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgtgaacaaatgtcttccaagcttacaacaac-aaacagc 1055182  T
Q  218 cctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 247  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1055181 cctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 1055152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 118 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 43988734 - 43988607
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||||||     
T  43988734 aaccttcacgccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagcaaatggcttccaagctaacaacaacaaaacag- 43988636  T
Q  218 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    |||||| ||| ||||||||| ||||||||    
T  43988635 cctaagcctaatgtatagcacaaccacac 43988607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 24787621 - 24787514
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagc--caacaacaac--aaaacagccctaagctagtgtatagcaaa 238  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| | ||||||| |||||||  ||||||||||  ||||||||||||  ||  |||| ||||||    
T  24787621 caaagatgtgtggagcaagagatagtggtaataaatgagca-aaatggtttccaagcaacaacaacaacaaaaaacagccctagacttatgtagagcaaa 24787523  T
Q  239 accacacaa 247  Q
    |||||||||    
T  24787522 accacacaa 24787514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 190 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 24202973 - 24202919
Alignment:
Q  190 gtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccaca 244  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||    
T  24202973 gtctccaagcaaacaacaacaaaacagccctaaactagtgtagagcaacaccaca 24202919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 201 - 270
Target Start/End: Original strand, 41390485 - 41390556
Alignment:
Q  201 aacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagc--aaaaccacac-aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  41390485 aacaacaacaaaacagccctaa-ctagtgtatagcaaaaaaccacacaaagagatatcaaagcataaacaaga 41390556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0135
Description:

Target: scaffold0135; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 97 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 35350 - 35178
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaa-ccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcc 195  Q
    ||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35350 ttgtgaatccggttaaaaaaaaaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcc 35253  T
Q  196 aagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacac-aagagattccaaagcataaacaaga 270  Q
    |||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||    
T  35252 aagcaaacaacaacaaaacagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaaga 35178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0464 (Bit Score: 94; Significance: 6e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold0464
Description:

Target: scaffold0464; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 97 - 247
Target Start/End: Original strand, 157 - 307
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttc--caaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctc 194  Q
    |||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||  ||    
T  157 ttgtgaatccggttctacaaacgaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatggtgataatcaatgagaacaaatggcttc 255  T
Q  195 caagccaacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 247  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  256 caagcaaacaacaac-aaacagccctaagctagtgtatagcaaaaccacacaa 307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0127 (Bit Score: 83; Significance: 2e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0127
Description:

Target: scaffold0127; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 97 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 34237 - 34136
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctcca 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  34237 ttgtgaatccggttccaaagaaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctcca 34139  T
Q  197 agc 199  Q
    |||    
T  34138 agc 34136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 69; Significance: 5e-31; HSPs: 2)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 118 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 19433 - 19306
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  19433 aaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagc 19334  T
Q  218 cctaagc-tagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    | ||||| || ||||||||||||||||||    
T  19333 c-taagcctaatgtatagcaaaaccacac 19306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 118 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 14578 - 14477
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaa-caacaacaaaacag 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  14578 aaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcctccaagctaatcaacaacaaaacag 14479  T
Q  217 cc 218  Q
    ||    
T  14478 cc 14477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 69; Significance: 5e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 118 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 149224 - 149097
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  149224 aaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagc 149125  T
Q  218 cctaagc-tagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    | ||||| || ||||||||||||||||||    
T  149124 c-taagcctaatgtatagcaaaaccacac 149097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0259 (Bit Score: 65; Significance: 1e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0259
Description:

Target: scaffold0259; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 118 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 2519 - 2392
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||  | ||||| |||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  2519 aaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgataaagataatccatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagc 2420  T
Q  218 cctaagc-tagtgtatagcaaaaccacac 245  Q
    | ||||| || ||||||||||||||||||    
T  2419 c-taagcctaatgtatagcaaaaccacac 2392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 62; Significance: 7e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 118 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 182233 - 182132
Alignment:
Q  118 aaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagccaa-caacaacaaaacag 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  182233 aaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcctccaagctaatcaacaacaaaacag 182134  T
Q  217 cc 218  Q
    ||    
T  182133 cc 182132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0479 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0479
Description:

Target: scaffold0479; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 97 - 186
Target Start/End: Original strand, 13143 - 13233
Alignment:
Q  97 ttgtgaatccggttc--caaagaaaccttcacaccaatgagaataaaccaaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaa 186  Q
    |||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  13143 ttgtgaatccggttctacaaacgaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatatgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaa 13233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0978 (Bit Score: 52; Significance: 7e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0978
Description:

Target: scaffold0978; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 143 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 491 - 386
Alignment:
Q  143 caaagatgtgtggagcaagcgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagc--caacaacaacaaaacagccctaagctagtgtatagcaaaac 240  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||| |||||||  ||||||||| ||||||||||||| ||||||   ||||||||    
T  491 caaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagcaaaaatggtttccaagcaacaacaacaa-aaaacagccctaaactagtgaggagcaaaac 393  T
Q  241 cacacaa 247  Q
    |||||||    
T  392 cacacaa 386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University