View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11181_low_1 (Length: 752)

Name: NF11181_low_1
Description: NF11181
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11181_low_1
NF11181_low_1
[»] chr3 (45 HSPs)
chr3 (18-740)||(10034583-10035300)
chr3 (18-740)||(10263281-10263998)
chr3 (18-694)||(9841438-9842109)
chr3 (18-740)||(10129502-10130212)
chr3 (18-694)||(10520065-10520736)
chr3 (19-651)||(10430898-10431529)
chr3 (42-740)||(9980070-9980763)
chr3 (18-651)||(10360658-10361290)
chr3 (19-445)||(9852320-9852746)
chr3 (20-433)||(10372916-10373329)
chr3 (18-362)||(10666046-10666390)
chr3 (22-491)||(10583097-10583566)
chr3 (102-636)||(11771898-11772429)
chr3 (102-636)||(11778856-11779387)
chr3 (393-694)||(9852832-9853128)
chr3 (18-440)||(10503162-10503584)
chr3 (400-647)||(10666497-10666742)
chr3 (400-686)||(10583544-10583829)
chr3 (18-434)||(10091374-10091784)
chr3 (18-434)||(10198256-10198666)
chr3 (224-615)||(10192882-10193272)
chr3 (218-649)||(10531561-10531989)
chr3 (224-615)||(10085962-10086352)
chr3 (457-651)||(10372768-10372961)
chr3 (218-590)||(10680359-10680731)
chr3 (380-589)||(10091937-10092146)
chr3 (380-589)||(10198819-10199028)
chr3 (468-647)||(10503681-10503857)
chr3 (18-197)||(10531241-10531420)
chr3 (674-740)||(10430720-10430786)
chr3 (37-146)||(10680059-10680167)
chr3 (37-146)||(13852822-13852931)
chr3 (251-387)||(13852563-13852699)
chr3 (237-361)||(13163782-13163906)
chr3 (237-361)||(13173830-13173954)
chr3 (237-361)||(13346909-13347033)
chr3 (553-600)||(8585531-8585578)
chr3 (314-361)||(10892194-10892241)
chr3 (393-431)||(10091812-10091850)
chr3 (393-431)||(10198694-10198732)
chr3 (405-490)||(9852775-9852860)
chr3 (90-127)||(10085907-10085944)
chr3 (90-127)||(10192827-10192864)
chr3 (332-361)||(11128163-11128192)
chr3 (332-361)||(11157154-11157183)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (19-740)||(54374-55090)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-599)||(26909468-26910049)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (95-615)||(17849815-17850338)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (37-362)||(11487628-11487953)
chr8 (271-615)||(44954552-44954896)
chr8 (100-142)||(44955024-44955066)
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (237-361)||(143082-143206)
scaffold0002 (237-361)||(133034-133158)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 505; Significance: 0; HSPs: 45)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 505; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 740
Target Start/End: Original strand, 10034583 - 10035300
Alignment:
Q  18 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10034583 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggag 10034682  T
Q  118 tttgtctacctcccaaattacaatcaattacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttcctt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  10034683 tttgtctacctcccaaattacaatcaattacgatttcatcccaaagaacaaagccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccaa 10034782  T
Q  218 attgacaattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaa 317  Q
     ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||  ||| || |||||    
T  10034783 cttgagtattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtatctatatatcagggatttcgatgaa 10034882  T
Q  318 atgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10034883 atgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaaactctctgtttttggaattgtcatcaacttgagacattgccagaaaactgcc 10034982  T
Q  418 tcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctcttaagcaactagtcatttt 517  Q
    |||||||||||||||||| ||||  |||||     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||   |||||     
T  10034983 tcccttcctcgctgaaatcacttagattgtgggattgtaaaaagcttgagtcattaccagaagacagcctcactgactctcttagggaactctgcatttg 10035082  T
Q  518 tagatgtccattgttagtagaaaggtataaaaggaaggaacagtggtccaaaattgctcacatccctgtcatatatataaatgacgaagtcacaatatca 617  Q
     |  || |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | ||||||||||||| |    
T  10035083 gaattgcccattgttagaagaaaggtataaaaggaaggaacattggtccaaaattgctcacatccctttcatagatataaatcatgaagtcacaatatga 10035182  T
Q  618 tgagaacaagttgtgttccagtttcaggtatgttccacagttcctaccagaaaactgccaataatcaatcatctgtacgacacacctcttaatattttca 717  Q
    | || ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10035183 t-ag-acaagttgtgttcccatttcaggtatgttccacagttcctaccagaaa---gccaataatcaatcatctgtacgacacacctcttaatattttca 10035277  T
Q  718 tatcatctcatgggtcctatgct 740  Q
    |||||||||||||||||| ||||    
T  10035278 tatcatctcatgggtcctctgct 10035300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 409; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 740
Target Start/End: Original strand, 10263281 - 10263998
Alignment:
Q  18 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggag 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10263281 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggaaatgctcaccgctcttgaaaggttgtttctaacatgtgcagagttgtcattttctgaaggag 10263380  T
Q  118 tttgtctacctcccaaattacaatcaattacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttcctt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  |||||| ||||| |||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  10263381 tttgtctacctcccaaattacaatcaattgagatttctacccaaaaaacaacaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccta 10263480  T
Q  218 attgacaattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaa 317  Q
     ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||   | ||  |||||||  ||||    
T  10263481 cttgactattcaaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttttgtatctacgtgtctttgatctctctgaa 10263580  T
Q  318 atgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcc 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||     ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10263581 atgaagtcctttgatggaaatgggcttcaacacctctcctctctccaatatctctgttttttcttttgtcatcaacttgagacattgccagaaaactgcc 10263680  T
Q  418 tcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctcttaagcaactagtcatttt 517  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | ||| |  ||       
T  10263681 tcccttcctcgctgaaatcacttctattgcttggatgtgaaaagctagagtcattaccagaagacagcctcccttcctctcttaaactactcgctatcga 10263780  T
Q  518 tagatgtccattgttagtagaaaggtataaaaggaaggaacagtggtccaaaattgctcacatccctgtcatatatataaatgacgaagtcacaatatca 617  Q
        || |||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||   |||||||| ||||||||||||| |    
T  10263781 gttttgcccattgttagaagaaaggtataaaaggaaggaacattagtccaaaattgctcacatccctttcataagaataaatgatgaagtcacaatatga 10263880  T
Q  618 tgagaacaagttgtgttccagtttcaggtatgttccacagttcctaccagaaaactgccaataatcaatcatctgtacgacacacctcttaatattttca 717  Q
    | || ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10263881 t-ag-acaagttgtgttcccatttcaggtatgttccacagttcctaccagaaa---gccaataatcaatcatctgtacgacacacctcttaatattttca 10263975  T
Q  718 tatcatctcatgggtcctatgct 740  Q
    |||||||||||||||||| ||||    
T  10263976 tatcatctcatgggtcctctgct 10263998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 694
Target Start/End: Original strand, 9841438 - 9842109
Alignment:
Q  18 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggag 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9841438 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaatgttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggag 9841537  T
Q  118 tttgtctacctcccaaattacaatcaattacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttcctt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||  |||||| ||||  |||  | || ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||     
T  9841538 tttgtctacctcccaaattacaatcaattgctatttctacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtcaccaatatttgacggcactttccta 9841637  T
Q  218 attgacaattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaa 317  Q
     |||  |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||  ||||||  ||||    
T  9841638 cttgcgaattgataagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtgtctctaaatatcagggatctctctgaa 9841737  T
Q  318 atgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcc 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||  |  |||||   | |||||| ||||||||||||||||||    
T  9841738 atgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaatatctcgatttttcgttttgtccacagcttgagtcattgccagaaaactgcc 9841837  T
Q  418 tcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctcttaagcaactagtcatttt 517  Q
    |||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||   |||||     
T  9841838 tcccttcctcgctgaaatcacttatattgtttcaatgtgaaaagcttgagtcattaccagaagacagcctccctgactctcttgagcgtctgaacatttg 9841937  T
Q  518 tagatgtccattgttagtagaaaggtataaaaggaaggaacagtggtccaaaattgctcacatccctgtcatatatataaatgacgaagtcacaatatca 617  Q
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||  |||||  || |||||| ||||| |    
T  9841938 gggatgtccattgttagaagaaaggtataaaaggaaggaacattgctccaaaattgctcacatccctgtcatatggataaaccaccaagtcagaatatga 9842037  T
Q  618 tgagaacaagttgtgttccagtttcaggtatgttccacagttcctaccagaaaactgccaataatcaatcatctgta 694  Q
    | || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||    
T  9842038 t-ag-acaagttgtgttcccgtttcaggtatgttccacagttcctaccagaaa---gccaataatcaatcctctgta 9842109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 740
Target Start/End: Original strand, 10129502 - 10130212
Alignment:
Q  18 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10129502 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagattgacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggag 10129601  T
Q  118 tttgtctacctcccaaattacaatcaattacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttcctt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||    ||| ||||||||  |||  |||| || ||||||||||| ||| ||||||| || |||||       
T  10129602 tttgtctacctcccaaattacaatcaattgagatacagtccaaaagaacagcaccgcctgtgacagaatggggtcttcaagatttgaccgctctttcaag 10129701  T
Q  218 attgacaattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaa 317  Q
    |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||  ||| || |||||    
T  10129702 attgagtattggaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtatctatatatcagggatttcgatgaa 10129801  T
Q  318 atgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10129802 atgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctcttctctctccaacatctcttcttttggaattgtcatcaacttgagacattgccagaaaactgcc 10129901  T
Q  418 tcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcga-tgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctcttaagcaactagtcattt 516  Q
    |||||||||||||||||| |||| | || ||  || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||   ||||     
T  10129902 tcccttcctcgctgaaatcacttgactt-ttgggattgtgaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgattctcttatgcaactgtgcattc 10130000  T
Q  517 ttagatgtccattgttagtagaaaggtataaaaggaaggaacagtggtccaaaattgctcacatccctgtcatatatataaatgacgaagtcacaatatc 616  Q
       ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||| | ||||      | ||| ||||||||     
T  10130001 aaggatgtccattgttagaagaaaggtataaaaggaaggaacattgctccaaaattgctcacatccctttcaaaaatat------caaaggcacaatatg 10130094  T
Q  617 atgagaacaagttgtgttccagtttcaggtatgttccacagttcctaccagaaaactgccaataatcaatcatctgtacgacacacctcttaatattttc 716  Q
    || || ||||||||||||||  ||||||||||| |||  |||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10130095 at-ag-acaagttgtgttcccatttcaggtatgctcc-tagttcctaccagaaa---gccaataatcaatcctctgtacgacacacctcttaatattttc 10130188  T
Q  717 atatcatctcatgggtcctatgct 740  Q
    ||||||||||||||||||| ||||    
T  10130189 atatcatctcatgggtcctctgct 10130212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 694
Target Start/End: Original strand, 10520065 - 10520736
Alignment:
Q  18 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggag 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||| |||||||||||||||||||||||    
T  10520065 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgactctagattgtgtagagttgtcattttgtgaaggag 10520164  T
Q  118 tttgtctacctcccaaattacaatcaattacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttcctt 217  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||| ||||  |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  10520165 tttgtctacctcccaaattgcaatcaattaagatttctacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccga 10520264  T
Q  218 attgacaattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaa 317  Q
     |||   |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||  ||||||  ||||    
T  10520265 cttgggtattgtaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgactctaactatcagggatctctctgaa 10520364  T
Q  318 atgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcc 417  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| || ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||    
T  10520365 atgaagtcctttgatggaaaagggcttcgtcacctctcctctctccaacgtctccgtttttgggattgtgaacaacttgagacattgccagaaaactgcc 10520464  T
Q  418 tcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctcttaagcaactagtcatttt 517  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||    |||| |||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||  ||||||     
T  10520465 tcccttcctcgctgaaattacttgatttgtggaaatgtgaaaagcttaaatcattaccagaagacagcctccctgactctctgaagagactgctcatttg 10520564  T
Q  518 tagatgtccattgttagtagaaaggtataaaaggaaggaacagtggtccaaaattgctcacatccctgtcatatatataaatgacgaagtcacaatatca 617  Q
       |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||| || |||||||||||| |    
T  10520565 ggaatgtccattgttagaagaaaggtataaaaggaaggaacattggtccaaaattgctcacatcccagtcatatcaataaattaccaagtcacaatatga 10520664  T
Q  618 tgagaacaagttgtgttccagtttcaggtatgttccacagttcctaccagaaaactgccaataatcaatcatctgta 694  Q
    | || ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||    
T  10520665 t-ag-acaagttgtgttcccatttcaggtatgttccacagttcctaccagaaa---gccaataatcaatcctctgta 10520736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 10431529 - 10430898
Alignment:
Q  19 attcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagt 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| || | ||||||  | || |||||||||||||||||||    
T  10431529 attcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcaccgctcttgaaaagttgcatatgaaatgtcaaaagctgtcattttgtgaaggagt 10431430  T
Q  119 ttgtctacctcccaaattacaatcaattacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttcctta 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| | ||||| ||  ||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10431429 ttgtctacctcccaaattacaatcaatttggttttcatctcgaagaataactccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttcctta 10431330  T
Q  219 ttgacaattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaa 318  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||  |||||| |||||||  |||||    
T  10431329 ttgacaattcaaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtgtatctatatatcactgatctctctgaaa 10431230  T
Q  319 tgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcct 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||| ||  |||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10431229 tgaagtcctttgatggaaatgggctgcgacacctctcctctctccaaactctctgtttttggttttgtgatcaacttgagacattgccagaaaactgcct 10431130  T
Q  419 cccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctcttaagcaactagtcattttt 518  Q
    ||||||||||||||||| |||| | ||||    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||       
T  10431129 cccttcctcgctgaaatcacttgatttgtggaaatgtgaaaagcttgagtcattaccagaagacagcctccctgactctcttaagcaactgagaattagg 10431030  T
Q  519 agatgtccattgttagtagaaaggtataaaaggaaggaacagtggtccaaaattgctcacatccctgtcatatatataaatgacgaagtcacaatatcat 618  Q
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||    
T  10431029 gaatgtccattgttagaagaaaggtataaaaggaaggaacattggtccaaaattgctcacatccctgtcatagatataaatgatgaagtcacaatatgat 10430930  T
Q  619 gagaacaagttgtgttccag-tttcaggtatgtt 651  Q
     || |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10430929 -ag-acaagttgtgttccagttttcaggtatgtt 10430898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 42 - 740
Target Start/End: Original strand, 9980070 - 9980763
Alignment:
Q  42 aagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaat 141  Q
    |||||||||||||| |||||| | || |||||||  ||| || | |||||   | |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9980070 aagcttaagatggaaatgctctccgcccttgaaaatttgcatatgaaatgccaaaagttgtcattttctgaaggagtttgtctacctctcaaattacaat 9980169  T
Q  142 caattacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccttattgacaattgaaaagggtgatga 241  Q
    |||||  ||||||  || ||| ||||  |||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||| ||||| ||||||||||||    
T  9980170 caattgtgatttctaccaaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcacttttcgacttgagaattgtaaagggtgatga 9980269  T
Q  242 tatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaatggg 341  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||   ||||  |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9980270 tatatttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgcatctacgtatctgtgatctctctgaaatgaagtcctttgatggaaatggg 9980369  T
Q  342 cttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttc 441  Q
    || |||||||||||||||||||||  ||||||||||  |  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  9980370 ctgcgacacctctcctctctccaaagtctctgttttttgttttgtcaacaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaatcacttg 9980469  T
Q  442 aattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctcttaagcaactagtcatttttagatgtccattgttagtagaaag 541  Q
    |||| | |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||   |||   | | || |||||||||| ||||||    
T  9980470 aattttatgattgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgaatctcttaaggaactgtacatcgatggttgcccattgttagaagaaag 9980569  T
Q  542 gtataaaaggaaggaacagtggtccaaaattgctcacatccctgtcatatatataaatgacgaagtcacaatatcatgagaacaagttgtgttccagttt 641  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||| || || ||||||||||||||  |||    
T  9980570 gtataaaaggaaggaacattggtccaaaattgctcacatccctgtcatatcaataaattacaaagtcacaatatgat-ag-acaagttgtgttcccattt 9980667  T
Q  642 caggtatgttccacagttcctaccagaaaactgccaataatcaatcatctgtacgacacacctcttaatattttcatatcatctcatgggtcctatgct 740  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9980668 caggtatgttccacagttcctaccagaaa---gccaataatcaatcatctgtacgacacacctcttaatattttcatatcatctcatgggtcctctgct 9980763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 292; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 18 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 10361290 - 10360658
Alignment:
Q  18 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggag 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  | ||||||||| |||||| |||| | ||  |||||||||| |||||||||||||    
T  10361290 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacacgcttgccgctcttgaacggttgactctagattggccagagttgtcgttttgtgaaggag 10361191  T
Q  118 tttgtctacctcccaaattacaatcaattacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttcctt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||    ||| ||||||||  ||   |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  10361190 tttgtctacctcccaaattacaatcaattatgatacagtccaaaagaacagcactgcctgtgacagaatggggtctccaatatttgacagcactttccaa 10361091  T
Q  218 attgacaattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaa 317  Q
     |||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || |||||  ||||    
T  10361090 cttgggtattggaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccgtctcccttgtgtctctggaaatccatcatctctctgaa 10360991  T
Q  318 atgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctc-tgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgc 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||  ||| ||||   | |||||| |||| ||||||||||||    
T  10360990 atgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctcgtattttttgaa-tgtcgacagcttgagtcattaccagaaaactgc 10360892  T
Q  417 ctcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctcttaagcaactagtcattt 516  Q
    ||||||||||||||||||| ||||  ||| | | | ||| |||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||| |    
T  10360891 ctcccttcctcgctgaaatcacttacattttatggttgtgaaaagcttaaatcattaccagaagacagcctccctgactctcttaaggaactggacatct 10360792  T
Q  517 ttagatgtccattgttagtagaaaggtataaaaggaaggaacagtggtccaaaattgctcacatccctgtcatatatataaatgacgaagtcacaatatc 616  Q
     |   || |||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||| ||||||||||||     
T  10360791 atgattgcccattgttagaagaaaggtataaaaggaaggaacattgctccaaaattgctcacatccccgtcataaaaataaacgaccaagtcacaatatg 10360692  T
Q  617 atgagaacaagttgtgttccag-tttcaggtatgtt 651  Q
    || || |||||||||||||| | |||||||||||||    
T  10360691 at-ag-acaagttgtgttcccgttttcaggtatgtt 10360658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 19 - 445
Target Start/End: Original strand, 9852320 - 9852746
Alignment:
Q  19 attcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagt 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||| || | |||||   | |||||||||||| |||||||||    
T  9852320 attcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcaccgctcttgaagatttgcatatgaaatgccaaaagttgtcattttctgaaggagt 9852419  T
Q  119 ttgtctacctcccaaattacaatcaattacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttcctta 218  Q
    |||||||||||||||||||  | |||||  ||||||  || ||| ||||  |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |    
T  9852420 ttgtctacctcccaaattaagaacaattgtgatttctaccaaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagctctttcatca 9852519  T
Q  219 ttgacaattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaa 318  Q
    |||   |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  | ||||  |||||    
T  9852520 ttgtggattgtaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctaaatatcatggttctctctgaaa 9852619  T
Q  319 tgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcct 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||  |  ||||||  | |||| | ||||||||||||||||| |    
T  9852620 tgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctcttctctctccaatatctctattttgcgggttgtcaacagcttgggtcattgccagaaaactgctt 9852719  T
Q  419 cccttcctcgctgaaattacttcaatt 445  Q
    ||||||||| ||||||| |||| ||||    
T  9852720 cccttcctcactgaaatcacttaaatt 9852746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 20 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 10373329 - 10372916
Alignment:
Q  20 ttcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtt 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |   ||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  10373329 ttcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcaccgctcttgaaaggttgagtttgggatgtcgagagttgtcattttgtgaaggagtt 10373230  T
Q  120 tgtctacctcccaaattacaatcaattacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccttat 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||| | ||||| || |||  | || |||||||||||||||||| || | ||||| || ||    |    
T  10373229 tgtctacctctcaaattacaatcaatttggatttcatctcgaagaataacaccgccggttacggaatggggtctccaagatctaacagctctgtcaagct 10373130  T
Q  220 tgacaattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaat 319  Q
    |||  |||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||   ||||||| |||||  ||||||    
T  10373129 tgagtattagaaaggatgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtgcatctacgtatcaattatctctctgaaat 10373030  T
Q  320 gaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctc 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||   |||||| | || |||||| |||| |||||| || |||||    
T  10373029 gaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctcaaaaatctctatttttttaattgtgaaaagcttgagtcattaccagaagacagcctc 10372930  T
Q  420 ccttcctcgctgaa 433  Q
    |||||||| |||||    
T  10372929 ccttcctctctgaa 10372916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 18 - 362
Target Start/End: Original strand, 10666046 - 10666390
Alignment:
Q  18 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10666046 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcactgctcttgaaaagttgattctaagatgtgcacagttgtcattttgtgaaggag 10666145  T
Q  118 tttgtctacctcccaaattacaatcaattacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttcctt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||||| ||  ||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  10666146 tttgtctacctcccaaattacaaacaattgtgatttcatctcaaagaataactccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccta 10666245  T
Q  218 attgacaattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaa 317  Q
     ||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||     |||  | ||||    |     
T  10666246 cttgagtattgaaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatatcccttgtgtctctaacgttcagagctctctgcaat 10666345  T
Q  318 atgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctc 362  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10666346 ttgaagtcctttaatggaaatgggcttctacacctctcctctctc 10666390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 22 - 491
Target Start/End: Original strand, 10583097 - 10583566
Alignment:
Q  22 caattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttg 121  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||  ||| || | |||||   | |||||||||||| ||||||||||||    
T  10583097 caattgaattatttgaagtcaagtttaagatggaaatgctcaccgctcttgaaaatttgcatatgaaatgccaaaagttgtcattttctgaaggagtttg 10583196  T
Q  122 tctacctcccaaattacaatcaattacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccttattg 221  Q
    |||||||| |||||||| |||||||  |||||   |||||| ||||  |||  | || ||||||||||||||| || || | ||||| |||||    | |    
T  10583197 tctacctctcaaattacgatcaattgtgatttttacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctcaaagatctaacagctctttcaagctgg 10583296  T
Q  222 acaattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatga 321  Q
    |  |||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||  |||||    |||||  ||||||||    
T  10583297 agtattggaaaggatgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtgtatctatatatctggaatctctctgaaatga 10583396  T
Q  322 agtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctccc 421  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||   | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10583397 agtcctttgatggaaatgggctgcgacacctctcctctctccaatatctctgttttttcatttgtcatcaacttgagacattgccagaaaactgcctccc 10583496  T
Q  422 ttcctcgctgaaattacttcaattgtttcga-tgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccct 491  Q
    |||||| ||||||| ||||  ||| | | || ||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  10583497 ttcctcactgaaatcactttcatt-tatggattgtgaaaagcttgggtcattaccagaagacagcctccct 10583566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 102 - 636
Target Start/End: Original strand, 11771898 - 11772429
Alignment:
Q  102 tcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatcaattacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatt 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  || ||  ||||||| ||||| |||| | || || ||||||||||||||| |      
T  11771898 tcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaacttacaatcaattgtgagtttttcccaaataacaacaccaccagttacagaatggggtctccaaaacc 11771997  T
Q  202 tgacagcactttccttattgacaattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatat 301  Q
      ||  | |||||   ||||   |||| ||| | |||| ||||||| | |||||||||||| ||||  ||||| || ||||||||||||   |||  |||    
T  11771998 aaaccactctttcgaaattggttattggaaatgatgataatatagtcaccaccttgatgaaagagttgttgctgcctatctcccttgtggacctgtctat 11772097  T
Q  302 caatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagaca 401  Q
    || ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||  | || ||| ||    
T  11772098 cattgatctctatgaaatgaagtcttttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaatatctctatttttggaattgtcaacagctcgagtca 11772197  T
Q  402 ttgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctctta 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  |||       ||| |  |||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  11772198 ttgccagaaaactgcctcccttcctcgttgaaatcactttcatttcaaatgtgtgaggagcttgagtcattaccggaagacagcctccccgactctctta 11772297  T
Q  502 agcaactagtcatttttagatgtccattgttagtagaaaggtataaaaggaaggaacagtggtccaaaattgctcacatccctgtcatatatataaatga 601  Q
    |||||||   |||||   |||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11772298 agcaactgaccatttggggatgcccattgttagaagaaaggtataaaaggaaagaacattggtccaaaatcgctcacatccctgtcatagatataaatga 11772397  T
Q  602 cgaagtcacaatatcatgagaacaagttgtgttcc 636  Q
      ||||||||||   ||||||||||| ||||||||    
T  11772398 aaaagtcacaat---atgagaacaagctgtgttcc 11772429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 102 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 11779387 - 11778856
Alignment:
Q  102 tcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatcaattacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatt 201  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||  ||||||| ||||| |||| | || || ||||||||||||||| |      
T  11779387 tcattttgtgaaagagtttgtctacctcccaaattacaatcaattgtgagtttttcccaaataacaacaccaccagttacagaatggggtctccaaaacc 11779288  T
Q  202 tgacagcactttccttattgacaattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatat 301  Q
      ||  | |||||   | ||   |||| ||| | |||| ||||||| | ||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||   |||  |||    
T  11779287 aaaccactctttcagaactggttattggaaatgatgataatatagtcaccaccttgatgaaggatttgttgctacctatctcccttgtggacctgtctat 11779188  T
Q  302 caatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagaca 401  Q
    || ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||| ||||||||||  | || ||| ||    
T  11779187 cattgatctctatgaaatgaagtccttcgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctcgaatatctctatttttggaattgtcaacagctcgagtca 11779088  T
Q  402 ttgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctctta 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  |||       ||| |  |||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  11779087 ttgccagaaaactgcctcccttcctcgttgaaatcactttcatttcaaatgtgtgaggagcttgagtcattaccggaagacagcctccccgactctctta 11778988  T
Q  502 agcaactagtcatttttagatgtccattgttagtagaaaggtataaaaggaaggaacagtggtccaaaattgctcacatccctgtcatatatataaatga 601  Q
    |||||||   |||||   |||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||    
T  11778987 agcaactgaccatttggggatgcccattgttagaagaaaggtataaaaggaaagaacattggtccaaaatcgctcacatccctgtcatagaaataaatga 11778888  T
Q  602 cgaagtcacaatatcatgagaacaagttgtgttcc 636  Q
      ||||||||||   ||||||||||| ||||||||    
T  11778887 aaaagtcacaat---atgagaacaagctgtgttcc 11778856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 393 - 694
Target Start/End: Original strand, 9852832 - 9853128
Alignment:
Q  393 cttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctg 492  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||| || |||||||||| |||| ||||||    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9852832 cttgagtcattaccagaaaactgcctcccatcatcgctgaaatcacttgaattgtggaaatgtgaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctg 9852931  T
Q  493 actctcttaagcaactagtcatttttagatgtccattgttagtagaaaggtataaaaggaaggaacagtggtccaaaattgctcacatccctgtcatata 592  Q
    |||| || |||  ||| | ||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  9852932 actcactgaagagactggacatttatggatgtccattgttagaagaaaggtataaaaggaaggaacattggtccaaaattgctcacatccctgtcataga 9853031  T
Q  593 tataaatgacgaagtcacaatatcatgagaacaagttgtgttccagtttcaggtatgttccacagttcctaccagaaaactgccaataatcaatcatctg 692  Q
     ||||||||| | || ||||||| || || ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||    
T  9853032 aataaatgaccaggttacaatatgat-ag-acaagttgtgttcccatttcaggtatgttccacagttcctaccagaaa---gccaataatcaatcctctg 9853126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 18 - 440
Target Start/End: Original strand, 10503162 - 10503584
Alignment:
Q  18 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggag 117  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||  |||| |  |  | |||   ||||| ||||||||||||||||    
T  10503162 gattcagttgaatcatttgaagtcaagcttcagatgaacacgctcacggctcttgaagagttggacttggattgtcaggagttatcattttgtgaaggag 10503261  T
Q  118 tttgtctacctcccaaattacaatcaattacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttcctt 217  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||   ||||  ||||||||||||| | |  || ||| | ||||||||||  || || |||| || |||||       
T  10503262 tttgtcttcctcccaaattacaatcaattgatatttggtcccaaagaacaacaactcctataatgaaatggggtcttgaagatctgaccgctctttcaag 10503361  T
Q  218 attgacaattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaa 317  Q
    | ||| ||||| |   |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||  |||||  |||||| ||||||| |||||    
T  10503362 actgaaaattggagcaggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgcttcccatctcccttgcatctctatatatcagtgatctctatgaa 10503461  T
Q  318 atgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| || ||||    |||   |||||||   | |||||| ||||||||||||||||||    
T  10503462 atgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacaaatctcctctctcgaaaatcttgaatttcttaattgtctacagcttgagtcattgccagaaaactgcc 10503561  T
Q  418 tcccttcctcgctgaaattactt 440  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  10503562 tcccttcctcgctgaaattactt 10503584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 400 - 647
Target Start/End: Original strand, 10666497 - 10666742
Alignment:
Q  400 cattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctct 499  Q
    |||| |||||| || ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10666497 cattaccagaagacagcctcccttcctcgctgaaatcacttgaattgtttgaatgtgaaaagcttgagtcattaccagaagacagcctccctgactctct 10666596  T
Q  500 taagcaactagtcatttttagatgtccattgttagtagaaaggtataaaaggaaggaacagtggtccaaaattgctcacatccctgtcatatatataaat 599  Q
    |||| ||||   ||||     |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  10666597 taaggaactgcacattgaggaatgtccattgttagaagaaaggtataaaaggaaggaacattggtccaaaattgctcacatccctgtcatatcaataaat 10666696  T
Q  600 gacgaagtcacaatatcatgagaacaagttgtgttccagtttcaggta 647  Q
     || |||||||||||| || || || ||||||||||| ||||||||||    
T  10666697 tacaaagtcacaatatgat-ag-acgagttgtgttcctgtttcaggta 10666742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 400 - 686
Target Start/End: Original strand, 10583544 - 10583829
Alignment:
Q  400 cattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctct 499  Q
    |||| |||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||  |  | |||  ||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10583544 cattaccagaagacagcctcccttcctcgctgaaatcacttcaatttgtgggttgtgtaagactcgagtcattaccagaagacagcctccctgactctct 10583643  T
Q  500 taagcaactagtcatttttagatgtccattgttagtagaaaggtataaaaggaaggaacagtggtccaaaattgctcacatccctgtcatatatataaat 599  Q
    | ||| |||   |||       || |||||||||| |||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  10583644 tgagcgactgaccatccaattttgcccattgttagaagaaaggtataaaaggaatgaatattggtccaaaattgctcacatccctgtcatacaaataaat 10583743  T
Q  600 gacgaagtcacaatatcatgagaacaagttgtgttccag-tttcaggtatgttccacagttcctaccagaaaactgccaataatcaat 686  Q
     || |||||||||||| || || |||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10583744 cacaaagtcacaatatgat-ag-acaagttgtgttcccgttttcaggtatgttccacatttcctaccagaaaactgccaataatcaat 10583829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 18 - 434
Target Start/End: Original strand, 10091374 - 10091784
Alignment:
Q  18 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgt---gcagagttgtcattttgtgaag 114  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||  |||||| || ||||| | ||||  ||| ||||||   | || |||||||||||||||||    
T  10091374 gattcaattgaattgtttaaagtcaagcttcagatgaactcgctcaccgcccttgagaagttgtttctgaaatgtcgaggagtgttgtcattttgtgaag 10091473  T
Q  115 gagtttgtctacctcccaaattacaatcaattacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttc 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   |||   ||||  ||| ||| || || |||  | || |||||||||||||||||| || | ||  | |||||    
T  10091474 gagtttgtctacctcccaaattacaaaagattgttattttttccaaaaaaataacaccgccggttacggaatggggtctccaagatctaaccactctttc 10091573  T
Q  215 cttattgacaattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaat 314  Q
    |  |||||  ||| || |||  | |||||||||||||| |||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||         |||||| ||    
T  10091574 cgaattgatgattaaagaggcaggtgatatagttaacaacttggtgacggagtcgttgctacccatctcccttgtgtctctg---------gatctctat 10091664  T
Q  315 gaaatgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaact 414  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||  |  | ||||   | ||| || |||||||||||||||    
T  10091665 aagatgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacgtctcgatttctgtcaatgtcgacagcttcagtcattgccagaaaact 10091764  T
Q  415 gcctcccttcctcgctgaaa 434  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  10091765 gcctcccttcctcgctgaaa 10091784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 18 - 434
Target Start/End: Original strand, 10198256 - 10198666
Alignment:
Q  18 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcaga---gttgtcattttgtgaag 114  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||  |||||| || ||||| | ||||  ||| ||||||  ||    |||||||||||||||||    
T  10198256 gattcaattgaattgtttaaagtcaagcttcagatgaacgcgctcaccgcccttgagaagttgtttctgaaatgtcgaggactgttgtcattttgtgaag 10198355  T
Q  115 gagtttgtctacctcccaaattacaatcaattacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttc 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   |||   ||||  ||| ||| || || |||  | || |||||||||||||||||| || | ||  | |||||    
T  10198356 gagtttgtctacctcccaaattacaaaagattgttattttttccaaaaaaataacaccgccggttacggaatggggtctccaagatctaaccactctttc 10198455  T
Q  215 cttattgacaattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaat 314  Q
    |  |||||  ||| || |||  | |||||||||||||| |||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||         ||| ||    
T  10198456 cgaattgatgattaaagaggcaggtgatatagttaacaacttggtgacggagtcgttgctacccatctcccttgtgtctctggat---------ctctat 10198546  T
Q  315 gaaatgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaact 414  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||  |  | ||||   | ||| || |||||||||||||||    
T  10198547 aagatgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacgtctcgatttctgtcaatgtcgacagcttcagtcattgccagaaaact 10198646  T
Q  415 gcctcccttcctcgctgaaa 434  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  10198647 gcctcccttcctcgctgaaa 10198666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 224 - 615
Target Start/End: Original strand, 10192882 - 10193272
Alignment:
Q  224 aattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaag 323  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||| | || ||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||| || | ||||||    
T  10192882 aattgaaaaggatggtgatatagttaacaccttggtaaaagagccgttgctacccatctcccttgtgtctctgaatattggtgatctctataacatgaag 10192981  T
Q  324 tcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctccctt 423  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| || ||||    ||| | ||||||||  |||||||| |||| || ||||| ||| | ||||    
T  10192982 tcctttgatggaaatgggcttcaacacctctcctttctcgaa-atcttcactttcgtaattgtcaacaacttgagccatttcctgaaaattgcgttcctt 10193080  T
Q  424 cctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctcttaagcaactagtcatttttagatg 523  Q
    |||||||||||| |||| || | |   | ||| |||  || || |||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||  |||  |||  |    |     
T  10193081 cctcgctgaaatcacttgaaatttggagttgtgaaagacttgaatcattaccggaagactgcctccctgattctctgaagcgtctaagcatcgtattttt 10193180  T
Q  524 tccattgttagtagaaaggtataaaaggaaggaacagtggtccaaaattgctcacatccctgtcatatatataaatgacgaagtcacaatat 615  Q
     || ||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||| ||||||||| | ||||||| |||| |||||||||    
T  10193181 ccctttgttaaaagaaaggtataaaaggaaggaacattggtccaaaatttctctcattcctgtcataaaaataaatggcgaaatcacaatat 10193272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 218 - 649
Target Start/End: Original strand, 10531561 - 10531989
Alignment:
Q  218 attgacaattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaa 317  Q
    ||||||| ||| || || ||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||   | |||||  ||||    
T  10531561 attgacagttggaacggttgatgatatagttaacaccgtgctgaacgagtcattgcttcccatctcccttgtgtctctatctattggtcatctctctgaa 10531660  T
Q  318 atgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcc 417  Q
    || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||    |||   |||||     | |||||| ||||||||||||| ||||    
T  10531661 ataaagtcatttgaaggaaatggacttcgacacctctcctctctcaaaaatcttcactttcttaattgcttggagcttgagtcattgccagaaaattgcc 10531760  T
Q  418 tcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctcttaagcaactagtcatttt 517  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||| |   | |||  ||  || |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||   |||| ||| | |    
T  10531761 tcccttcctcgctgaagtcacttcaattttcgagttgtgtaagacttgagtcattaccagaagacagcctcccttcctctcttaa---actactcactat 10531857  T
Q  518 t-agatgt--ccattgttagtagaaaggtataaaaggaaggaacagtggtccaaaattgctcacatccctgtcatatatataaatgacgaagtcacaata 614  Q
      || | |  |||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||   |||||  |  |||| |||||     
T  10531858 cgagttttgcccattgttagaagaaaggtataaaaggaaggaaaattggtccaaaatttctcacatccctgtcataataataaacaagcaagttacaat- 10531956  T
Q  615 tcatgagaacaagttgtgttccagtttcaggtatg 649  Q
      ||||  |||||||||||||| ||||||||||||    
T  10531957 --atgaagacaagttgtgttcccgtttcaggtatg 10531989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 224 - 615
Target Start/End: Original strand, 10085962 - 10086352
Alignment:
Q  224 aattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaag 323  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||| | || ||| | |||||| |||||||||||||||||||| ||||   ||||||| || | ||||||    
T  10085962 aattgaaaaggatggtgatatagttaacaccttggtaaaagagccgttgctaaccatctcccttgtgtctctgaatattggtgatctctataacatgaag 10086061  T
Q  324 tcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctccctt 423  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| || ||||    ||| | ||||||||  |||||||| |||| || ||||| ||| | ||||    
T  10086062 tcctttgatggaaatgggcttcaacacctctcctttctcgaa-atcttcactttcgtaattgtcaacaacttgagccatttcctgaaaattgcgttcctt 10086160  T
Q  424 cctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctcttaagcaactagtcatttttagatg 523  Q
    |||||||||||| |||| || | |   | ||| |||  || || |||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||  ||   |||  |    |     
T  10086161 cctcgctgaaatcacttgaaatttggagttgtgaaagacttgaatcattaccggaagactgcctccctgattctctgaagcgtctgagcatcgtattttt 10086260  T
Q  524 tccattgttagtagaaaggtataaaaggaaggaacagtggtccaaaattgctcacatccctgtcatatatataaatgacgaagtcacaatat 615  Q
     || ||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||| ||||||||| | ||||||| |||| |||||||||    
T  10086261 ccctttgttaaaagaaaggtataaaaggaaggaacattggtccaaaatttctctcattcctgtcataaaaataaatggcgaaatcacaatat 10086352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 457 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 10372961 - 10372768
Alignment:
Q  457 aaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctcttaagcaactagtcatttttagatgtccattgttagtagaaaggtataaaaggaagga 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||  ||| |||||| |  |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10372961 aaaagcttgagtcattaccagaagacagcctcccttcctctctgaagagactggtcattatgggatgcccattgttagaagaaaggtataaaaggaagga 10372862  T
Q  557 acagtggtccaaaattgctcacatccctgtcatatatataaatgacgaagtcacaatatcatgagaacaagttgtgttccag-tttcaggtatgtt 651  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||| || ||||||||| || || |||||||||||||| | |||||||||||||    
T  10372861 acattggtccaaaattgctcacatccccgtcataaaaataaacgaccaaatcacaatatgat-ag-acaagttgtgttcccgttttcaggtatgtt 10372768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 218 - 590
Target Start/End: Original strand, 10680359 - 10680731
Alignment:
Q  218 attgacaattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaa 317  Q
    ||||||| ||| || || ||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||   | |||||  ||||    
T  10680359 attgacagttggaacggttgatgatatagttaacaccgtgctgaacgagtcattgcttcccatctcccttgtgtctctatctattggtcatctctctgaa 10680458  T
Q  318 atgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcc 417  Q
    || |||||  |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||    |||   |||||     | |||||| |||| |||||||| ||||    
T  10680459 ataaagtcacttgaaggaaatggacttcgacacctctcctctctcaaaaatcttaactttcttaattgctcggagcttgagtcatttccagaaaattgcc 10680558  T
Q  418 tcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctcttaagcaactagtcatttt 517  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||  | |||  ||  || ||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||   ||||| ||| | |    
T  10680559 tcccttcctcgctgaaatcacttcaatttttgagttgtgtaagacttgagttgttaccagaagacagcctcccttcctctctta---aactactcactat 10680655  T
Q  518 ta---gatgtccattgttagtagaaaggtataaaaggaaggaacagtggtccaaaattgctcacatccctgtcata 590  Q
     |     || |||||||||| |||||||||||||||||| |||||  ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10680656 caagttttgcccattgttagaagaaaggtataaaaggaatgaacatcggtccaaaatttctcacatccctgtcata 10680731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 380 - 589
Target Start/End: Original strand, 10091937 - 10092146
Alignment:
Q  380 gaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaa 479  Q
    ||||||| | || |||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||  ||||  |   ||||||| ||| || ||||||||||||    
T  10091937 gaattgtgaaaagcttgagtcatttccagacaactgcctcccgtcctcgctgaaatcacttagattgagtgattgtaaaatgcttgattcattaccagaa 10092036  T
Q  480 gacagcctccctgactctcttaagcaactagtcatttttagatgtccattgttagtagaaaggtataaaaggaaggaacagtggtccaaaattgctcaca 579  Q
    ||||||||||||   |||||||     ||   |||| |  |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  10092037 gacagcctcccttcatctcttatcactctgtacattatgggatgcccattgttagaagaaaggtataaaaggaaggaacattggtccaaaatttctcaca 10092136  T
Q  580 tccctgtcat 589  Q
    ||||||||||    
T  10092137 tccctgtcat 10092146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 380 - 589
Target Start/End: Original strand, 10198819 - 10199028
Alignment:
Q  380 gaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaa 479  Q
    ||||||| | || |||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||  ||||  |   ||||||| ||| || ||||||||||||    
T  10198819 gaattgtgaaaagcttgagtcatttccagacaactgcctcccgtcctcgctgaaatcacttagattgagtgattgtaaaatgcttgattcattaccagaa 10198918  T
Q  480 gacagcctccctgactctcttaagcaactagtcatttttagatgtccattgttagtagaaaggtataaaaggaaggaacagtggtccaaaattgctcaca 579  Q
    ||||||||||||   |||||||     ||   |||| |  |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  10198919 gacagcctcccttcatctcttatcactctgtacattatgggatgcccattgttagaagaaaggtataaaaggaaggaacattggtccaaaatttctcaca 10199018  T
Q  580 tccctgtcat 589  Q
    ||||||||||    
T  10199019 tccctgtcat 10199028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 468 - 647
Target Start/End: Original strand, 10503681 - 10503857
Alignment:
Q  468 tcattaccagaagacagcctccctgactctcttaagcaactagtcatttttagatgtccattgttagtagaaaggtataaaaggaaggaacagtggtcca 567  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||  |||||   ||||| |||   |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10503681 tcattaccagaagacagccttcctgattctcttaagctactgatcattcaaagatgcccaacattagaagaaaggtataaaaggaaggaacattggtcca 10503780  T
Q  568 aaattgctcacatccctgtcatatatataaatgacgaagtcacaatatcatgagaacaagttgtgttccagtttcaggta 647  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | ||| |||   ||||||||||   ||||| ||| | |||||||| ||||||||||    
T  10503781 aaatttctcacatccctgtcatagaaatagatggacaagtcacaat---atgaggacaggctgtgttcccgtttcaggta 10503857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Original strand, 10531241 - 10531420
Alignment:
Q  18 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggag 117  Q
    |||||||||| |||  || |||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||   |||| |||| | ||| | ||||||| |||||||||||||     
T  10531241 gattcaattggattgcttaaagtcaagcttcggatggacacgctcactgctcttgaacaattgactctagattgtcccgagttgttattttgtgaaggaa 10531340  T
Q  118 tttgtctacctcccaaattacaatcaattacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaa 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||| || | ||||||| |||  ||  ||||||| |||||||||||||||    
T  10531341 tttgtctacctcccaaattacaatcaattgtgatatctttccaaagagcaacgccgcctgtaacagaatggggtctccaa 10531420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 674 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 10430786 - 10430720
Alignment:
Q  674 gccaataatcaatcatctgtacgacacacctcttaatattttcatatcatctcatgggtcctatgct 740  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10430786 gccaataatcaatcatctgtacgacacacctcttaatattttcatatcatctcatgggtcctctgct 10430720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 37 - 146
Target Start/End: Original strand, 10680059 - 10680167
Alignment:
Q  37 aagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaatt 136  Q
    |||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||   | || |||| | ||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10680059 aagtcaagcttcggatggacacgctcactgctcttgaacaatagactctagattgtccagagttgttattt-gtgaaggagtttgtctacctcccaaatt 10680157  T
Q  137 acaatcaatt 146  Q
    ||||||||||    
T  10680158 acaatcaatt 10680167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 37 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 13852931 - 13852822
Alignment:
Q  37 aagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaatt 136  Q
    |||| ||||||  |||||||| ||| || ||||||||| ||||| |  |  |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13852931 aagtgaagcttcggatggacacgcttaccgctcttgaacggttggacttggaatgtcgagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcctaaatt 13852832  T
Q  137 acaatcaatt 146  Q
    ||||||||||    
T  13852831 acaatcaatt 13852822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 251 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 13852699 - 13852563
Alignment:
Q  251 caccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacac 350  Q
    ||||||||||||||||   ||| |||||||||||||| ||||||||  ||||     ||||  |||||||||||| || ||||||||||||||||||||     
T  13852699 caccttgatgaaggagctgttgatacccatctcccttttgtctctgtttatcggcagtctctctgaaatgaagtctttcgatggaaatgggcttcgacat 13852600  T
Q  351 ctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtc 387  Q
    |||||||||||| |  ||||| | ||| |||||||||    
T  13852599 ctctcctctctcaacaatctcggattttggaattgtc 13852563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 237 - 361
Target Start/End: Original strand, 13163782 - 13163906
Alignment:
Q  237 gatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaa 336  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||   ||||| || || || ||||||||| || ||||   | |||||  |||||| || |||||||||||||    
T  13163782 gatgatattgttaacaccttgctgaaggagcggttgctgccaatttcacttgtgtctttgtatatttctaatctctgtgaaataaaatcctttgatggaa 13163881  T
Q  337 atgggcttcgacacctctcctctct 361  Q
    |||| || |||||||| ||||||||    
T  13163882 atggactccgacacctatcctctct 13163906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 237 - 361
Target Start/End: Original strand, 13173830 - 13173954
Alignment:
Q  237 gatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaa 336  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||   ||||| || || || ||||||||| || ||||   | |||||  |||||| || ||| |||||||||    
T  13173830 gatgatattgttaacaccttgctgaaggagcggttgctgccaatttcacttgtgtctttgtatatttctaatctctgtgaaataaaatccattgatggaa 13173929  T
Q  337 atgggcttcgacacctctcctctct 361  Q
    |||| || |||||||| ||||||||    
T  13173930 atggactccgacacctatcctctct 13173954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #36
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 237 - 361
Target Start/End: Original strand, 13346909 - 13347033
Alignment:
Q  237 gatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaa 336  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||   ||||| || || || ||||||||| |||||||   | |||||  ||||||  | |||||||||||||    
T  13346909 gatgatattgttaacaccttgctgaaggagcggttgctgccaatttcacttgtgtctttggatatttctaatctctgtgaaatacaatcctttgatggaa 13347008  T
Q  337 atgggcttcgacacctctcctctct 361  Q
    |||| ||  ||||||| ||||||||    
T  13347009 atggactcggacacctatcctctct 13347033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #37
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 553 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 8585578 - 8585531
Alignment:
Q  553 aggaacagtggtccaaaattgctcacatccctgtcatatatataaatg 600  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  8585578 aggaacattggtccaacattgctcacatacctgtcataaatataaatg 8585531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #38
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 314 - 361
Target Start/End: Original strand, 10892194 - 10892241
Alignment:
Q  314 tgaaatgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctct 361  Q
    ||||||||| | ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10892194 tgaaatgaaatgcttaggtggaaatgggcttcgacacctctcctctct 10892241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #39
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 393 - 431
Target Start/End: Original strand, 10091812 - 10091850
Alignment:
Q  393 cttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctg 431  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10091812 cttgagtcattgccagaaaactgtctcccttcctcgctg 10091850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #40
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 393 - 431
Target Start/End: Original strand, 10198694 - 10198732
Alignment:
Q  393 cttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctg 431  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10198694 cttgagtcattgccagaaaactgtctcccttcctcgctg 10198732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #41
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 405 - 490
Target Start/End: Original strand, 9852775 - 9852860
Alignment:
Q  405 ccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccc 490  Q
    |||| |||||||||||| || |||||||||| |||| ||||  ||   ||||| ||||| ||||||||||||||| || |||||||    
T  9852775 ccagtaaactgcctcccatcatcgctgaaatcacttaaatttgttgattgtaagaagcttgagtcattaccagaaaactgcctccc 9852860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #42
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 90 - 127
Target Start/End: Original strand, 10085907 - 10085944
Alignment:
Q  90 tgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacc 127  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10085907 tgtggagagttgtcattttgtgaaggagtttgcctacc 10085944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #43
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 90 - 127
Target Start/End: Original strand, 10192827 - 10192864
Alignment:
Q  90 tgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacc 127  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10192827 tgtggagagttgtcattttgtgaaggagtttgcctacc 10192864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #44
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 332 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 11128192 - 11128163
Alignment:
Q  332 tggaaatgggcttcgacacctctcctctct 361  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11128192 tggaaatgggcttcgacacctctcctctct 11128163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #45
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 332 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 11157183 - 11157154
Alignment:
Q  332 tggaaatgggcttcgacacctctcctctct 361  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11157183 tggaaatgggcttcgacacctctcctctct 11157154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 364; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 55090 - 54374
Alignment:
Q  19 attcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | || |||||||  ||| || | |||||   | |||||||||||| |||||||||    
T  55090 attcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggaaatgctctccgcccttgaaaatttgcatatgaaatgccaaaagttgtcattttctgaaggagt 54991  T
Q  119 ttgtctacctcccaaattacaatcaattacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttcctta 218  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||  || ||| ||||  |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||     
T  54990 ttgtctacctctcaaattacaatcaattgtgatttctaccaaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagctctttttttt 54891  T
Q  219 ttgacaattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaa 318  Q
    |||   |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||   ||||  |||||||  |||||    
T  54890 ttgtgtattgtaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgcatctacgtatctgtgatctctctgaaa 54791  T
Q  319 tgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcct 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||  |  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  54790 tgaagtcctttgatggaaatgggctgcgacacctctcctctctccaaagtctctgttttttgttttgtcaacaacttgagacattgccagaaaactgcct 54691  T
Q  419 cccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctcttaagcaactagtcattttt 518  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||| | |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||   |||   |    
T  54690 cccttcctcgctgaaatcacttgaattttatgattgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgaatctcttaaggaactgtacatcgat 54591  T
Q  519 agatgtccattgttagtagaaaggtataaaaggaaggaacagtggtccaaaattgctcacatccctgtcatatatataaatgacgaagtcacaatatcat 618  Q
     | || |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||| ||    
T  54590 ggttgcccattgttagaagaaaggtataaaaggaaggaacattggtccaaaattgctcacatccctgtcatatcaataaattacaaagtcacaatatgat 54491  T
Q  619 gagaacaagttgtgttccagtttcaggtatgttccacagttcctaccagaaaactgccaataatcaatcatctgtacgacacacctcttaatattttcat 718  Q
     || ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54490 -ag-acaagttgtgttcccatttcaggtatgttccacagttcctaccagaaa---gccaataatcaatcatctgtacgacacacctcttaatattttcat 54396  T
Q  719 atcatctcatgggtcctatgct 740  Q
    ||||||||||||||||| ||||    
T  54395 atcatctcatgggtcctctgct 54374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 18 - 599
Target Start/End: Original strand, 26909468 - 26910049
Alignment:
Q  18 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggag 117  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||  |||||||| |||||||| |||||||  |||| ||||  | |||  ||||||||||||||||||||| |    
T  26909468 gattcaattgaattatttaaagtgaagcttcggatggacacgctcacagatcttgaacagttgtatctggactgtcgagagttgtcattttgtgaaggtg 26909567  T
Q  118 tttgtctacctcccaaattacaatcaattacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttcctt 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||    |||  || |||| ||||| ||| ||||| ||||||||| |||||||| || | ||  | |||||       
T  26909568 tttgtctacctcccaacttacaatcaattgacctttggtctcaaataacaacaccgtctgttacggaatggtgtctccaagatctaaccactctttcaga 26909667  T
Q  218 attgacaattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaa 317  Q
    |||||| ||  || ||||| |||||| | |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||  | ||||  |||||| |||||    
T  26909668 attgactatcaaagagggtcatgatacatttaacaccttgatgaaggagttgttgctacccatctcccttgtttctctacaaatcatggatctctatgaa 26909767  T
Q  318 atgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    ||||  |||||| |  ||||  || |||| |||||||||||||    
T  26909768 atgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacgcctctcctctctccaaaatcttcactttattaattgtgaacaactcaagtcatttccagaaaactgcc 26909867  T
Q  418 tcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctcttaagcaactagtcatttt 517  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| | | | ||| | || || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||   || |  || |     
T  26909868 tcccttcctcgctgaaatatcttcaattttatggctgtgagaaacttgagtcattaccagaagacagcctccccgactctcttgagatgctggaaatgtc 26909967  T
Q  518 tagatgtccattgttagtagaaaggtataaaaggaaggaacagtggtccaaaattgctcacatccctgtcatatatataaat 599  Q
        || |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  26909968 atcttgcccattgttagaagaaaggtacaaaaggaaggaacattggtccaaaattgctcacatccctgtcatacaaataaat 26910049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 122; Significance: 3e-62; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 95 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 17850338 - 17849815
Alignment:
Q  95 agagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatcaattacgatttcatcccaaagaacaaaa---ccatctgtaacggaatggggt 191  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||   |||   |||| |||||||| |   ||  ||||||| |||||||||    
T  17850338 agagttgtcattttgtggaggagtttccctacctcccaagttacaatcaattgatattcattcccgaagaacaacagccccgcctgtaacagaatggggt 17850239  T
Q  192 ctccaatatttgacagcactttccttattgacaattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgt 291  Q
    ||||||    | || || ||||| | |||||   ||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||    
T  17850238 ctccaaggcctaactgctctttcatcattgagtcttggaaaggatgatgatatagtgaacaccttgatgaaggagtcgttgctcccaatatccctcgtgt 17850139  T
Q  292 ctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataa 391  Q
    |||||  ||||  | ||||| || |  |||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||  ||  |||    |||   || |||||  |    
T  17850138 ctctgactatctgtcatctctataatctgaactcctttgatggaaatggacttcgacatctttcctctcttgaaagtcttgactttcttaactgtcaaca 17850039  T
Q  392 acttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccct 491  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||  ||| |||| | |   |||||||  || ||||| |||||||||||||||||||||    
T  17850038 acttgagtcattgccacaaaactgcctcccttcctcactgaaatcgcttgaattttgttattgtaaaagacttgagtcgttaccagaagacagcctccct 17849939  T
Q  492 gactctcttaagcaactagtcatttttagatgtccattgttagtagaaaggtataaaaggaaggaacagtggtccaaaattgctcacatccctgtcatat 591  Q
      ||||||||||| ||| |||||||   |||| ||  | |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  17849938 tcctctcttaagcgactggtcatttggcgatgccctatattagaagaaaggtataaaaggcaggaacattggtccaaaattgctcacatccctgtcatag 17849839  T
Q  592 atataaatgacgaagtcacaatat 615  Q
    | ||  | ||| ||||||||||||    
T  17849838 aaattgaggaccaagtcacaatat 17849815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 98; Significance: 7e-48; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 37 - 362
Target Start/End: Original strand, 11487628 - 11487953
Alignment:
Q  37 aagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaatt 136  Q
    ||||||| |||  ||||||||||||||| |||||||||   |||  ||| || ||| |||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||    
T  11487628 aagtcaaacttcggatggacatgctcactgctcttgaagttttgtctctgaattgtccagagttgtcattttgtgaagatgtttctctacctcccaaatt 11487727  T
Q  137 acaatcaattacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccttattgacaattgaaaagggt 236  Q
    | ||||||||  |||||  ||  ||||| |||  ||  |||| ||||||||||||||| || || |||| || |||||    ||||| |||| |  ||||    
T  11487728 agaatcaattgagattttgtcggaaagatcaacgccgcctgttacggaatggggtctcaaagatctgaccgctctttcacggttgactattggagtgggt 11487827  T
Q  237 gatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaa 336  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| ||  || | |  |||||||| ||| ||||||||    
T  11487828 gatgatatacttaacaccttgatgaagcagtcgttgctacccatctcccttgtgtctctgactatcgattgtcgctacaaaatgaagccctatgatggaa 11487927  T
Q  337 atgggcttcgacacctctcctctctc 362  Q
     |||||||||| ||||||||||||||    
T  11487928 gtgggcttcgatacctctcctctctc 11487953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 271 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 44954896 - 44954552
Alignment:
Q  271 tgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacct-ctcctctctccaacatc 369  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||| | ||||  ||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||| |||||||||| || |||    
T  44954896 tgctacccatctcccttgtgtctctgactatcagttatctggatgaaatgaagtcctttcaaggaaatgggcttcaacacctactcctctctcgaaaatc 44954797  T
Q  370 tctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtc 469  Q
    ||   ||| | || |||||  | |||||| |||| ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||| ||    ||| || | || |||||    
T  44954796 tccactttcgtaactgtcaacagcttgagtcatttccagaaaactgtcttccttcctcgctgaaatcacttcaatttttgttttgtgaaga-cttgagtc 44954698  T
Q  470 attaccagaagacagcctccctgactctcttaagcaactagtcatttttagatgtccattgttagtagaaaggtataaaaggaaggaacagtggtccaaa 569  Q
     ||||||||||| ||||||||  |||||||||| | ||| |||||||   |||| ||  | | || ||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  44954697 gttaccagaagaaagcctccccaactctcttaatcgactggtcatttggcgatgccctgtatcagaagaaaggtatagaaggaaggaacattggtccaaa 44954598  T
Q  570 attgctcacatccctgtcatatatataaatgacgaagtcacaatat 615  Q
    |||||| | || | ||||||| | ||| ||| | ||||||||||||    
T  44954597 attgctaaaattcatgtcatagaaatagatggccaagtcacaatat 44954552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 100 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 44955066 - 44955024
Alignment:
Q  100 tgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatc 142  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  44955066 tgtcattttgtgaaggtgtttgcctacctcccaaattacaatc 44955024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 237 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 143206 - 143082
Alignment:
Q  237 gatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaa 336  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||   ||||| || || || ||||||||| || ||||   | |||||  |||||| || |||||||||||||    
T  143206 gatgatattgttaacaccttgctgaaggagcggttgctgccaatttcacttgtgtctttgtatatttctaatctctgtgaaataaaatcctttgatggaa 143107  T
Q  337 atgggcttcgacacctctcctctct 361  Q
    |||| || |||||||| ||||||||    
T  143106 atggactccgacacctatcctctct 143082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 237 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 133158 - 133034
Alignment:
Q  237 gatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaa 336  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||   ||||| || || || ||||||||| || ||||   | |||||  |||||| || ||| |||||||||    
T  133158 gatgatattgttaacaccttgctgaaggagcggttgctgccaatttcacttgtgtctttgtatatttctaatctctgtgaaataaaatccattgatggaa 133059  T
Q  337 atgggcttcgacacctctcctctct 361  Q
    |||| || |||||||| ||||||||    
T  133058 atggactccgacacctatcctctct 133034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University