View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF11183_low_13 (Length: 514)
Name: NF11183_low_13
Description: NF11183
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11183_low_13 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 433; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 433; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 2803540 - 2803037
Alignment:
| Q |
1 |
aaaccaagctaggatagattaagactccataatcactattcactattcacctaggcgtatgaaatgttggaattaatttaataataattacacaatttgg |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
2803540 |
aaaccaagctaggatagtttaagattccataatcactattcactattctcctaggcgtatgaaatgttggaattaatttaataataattaaccaatttgg |
2803441 |
T |
|
| Q |
101 |
ctgttggattaaaagttcttataaattgaattatgtttacaacaatctatnnnnnnnn--ttaaaactaattgatacattcatcctactattttgtttta |
198 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2803440 |
ctgttggattaaaagttcttataaattgaattatgtttacaacaatctataaaaaaaaaattaaaactaattgatacattcatcctactattttgtttta |
2803341 |
T |
|
| Q |
199 |
taatacaaacaattatataatacacctatgtatgtccaaatcatttaaaatttaatatatcgaccataaagatatttatgtgtaatccaacatttagctt |
298 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
2803340 |
taatacaaacaattatataatacacctatgtatgtccaaatcgtttaaaatttaatatatcgaccataaagatatttatgtgtgatccaacatttagctt |
2803241 |
T |
|
| Q |
299 |
gaataataatatcgtatttttacaccagcgtcaacaaggactaaatataatacaagggcagttgtagtagacatgaaattaaagaatcatgtgactgaaa |
398 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2803240 |
gaataataatatcatatttttacaccagcgtcaacaaggactaaatataatacaagggcagttgtagtagacatgaaattaaagaatcatgtgactgaaa |
2803141 |
T |
|
| Q |
399 |
aagttgtgtgattacaacatatgaatatgatatgactattggtttatgctttgtatatactattagggaaaaaataacactcatcacgtgttaggtcgat |
498 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2803140 |
aagttgtgtgattacaacatatgaatatgatatgactattggtttatgatttgtatatactattagggaaaaaataacactcatcacgtgttaggtcgat |
2803041 |
T |
|
| Q |
499 |
tctg |
502 |
Q |
| |
|
|||| |
|
|
| T |
2803040 |
tctg |
2803037 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 4252427 - 4251930
Alignment:
| Q |
1 |
aaaccaagctaggatagattaagactccataatcactattcactattcacctaggcgtatgaaatgttggaattaatttaataataattacacaatttgg |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
4252427 |
aaaccaagctaggataggttaagagtccataatcactattcactattcacctaggcgtatgaaatgttggaattaatttaataataattaaccaatttgg |
4252328 |
T |
|
| Q |
101 |
ctgttggattaaaagttcttataaattgaattatgtttacaacaatctatnnnnnnnn-ttaaaactaattgatacattcatcctactattttgttttat |
199 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4252327 |
ctgttggattaaaagttcttataaattgaattatgtttacaacaatctataaaaaaaaattaaaactaattgacacattcatcctactattttgttttat |
4252228 |
T |
|
| Q |
200 |
aatacaaacaattatataatacacctatgtatgtccaaatcatttaaaatttaatatatcgaccataaagatatttatgtgtaatccaacatttagcttg |
299 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4252227 |
aatacaaacaattatgtaatacacctatttatgtccaaatcatttaaaatttaatatatcgaccataaagatatttatgtgtgatccaacatttagcttg |
4252128 |
T |
|
| Q |
300 |
aataataatatcgtatttttacaccagcgtcaacaaggactaaa--tataatacaagggcagttgtagtagacatgaaattaaagaatcatgtgactgaa |
397 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
4252127 |
aataataatatcatatttttacaccagcgtcaattgagactaaatgtataatacaagggcagttatagtagacatgaaattaaagaatcatgtg-----a |
4252033 |
T |
|
| Q |
398 |
aaagttgtgtgattacaacatatgaatatgatatgactattggtttatgctttgtatatactattagg-gaaaaaataacactcatcacgtgttaggtcg |
496 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4252032 |
aaagttgtgtgattacaacatatgaatatgatatgactattggtttgtgctttgtata---tattaggcaaaaaaataacactcatcacgtgttaggtcg |
4251936 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University