View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF11193_high_4 (Length: 430)
Name: NF11193_high_4
Description: NF11193
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11193_high_4 |
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| [»] scaffold0572 (1 HSPs) |
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| [»] scaffold0127 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold0572 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0572
Description:
Target: scaffold0572; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 6767 - 6371
Alignment:
| Q |
18 |
gatatgtcaagttatgaaacaaaatatgctgatagagaaaataatactttaggatcaaactcagaaggtgaacgaaaatttgatagatcagaaaataatg |
117 |
Q |
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| T |
6767 |
gatatgtcaagttatgaaacaaaatatgctgatagagaaaataatactttaggatcaaactcagaaggtgaacgaaaatttgatagatcagaaaataatg |
6668 |
T |
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| Q |
118 |
atagcacaaaatctggttctgcactagatgctgttgaatatgacaatctatgggagaaaatcacaatggataaattggacttgtatgaactttacatttc |
217 |
Q |
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| T |
6667 |
atagcacaaaatctggttctgcactagatgctgttgaatatgacaatctatgggagaaaatcacaatggataaattggacttgtatgaactttacatttc |
6568 |
T |
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| Q |
218 |
tataagaattgtatatattataagtggtgttttattgtgcccttatgttagttgttgctttaacagggtcctgtttgttcttttatcaattttcttagtt |
317 |
Q |
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| T |
6567 |
tataagaattgtatatattataagtggtgttttattgcgcccttatgttagttgttgctttaacagggtcctgtttgttcttttatcaattttcttagtt |
6468 |
T |
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| Q |
318 |
agtttaaatgaacaaatggaaattctgggttctttgtttatatttatattcgtcagctttgaatatgcatttgttttggccggttaatgtgacatct |
414 |
Q |
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| T |
6467 |
agtttaaattaacaaatggaaattctgggttctttgtttatatttatattcgtcagcttagaatatgcatttgttttggccggttaatgtgacatct |
6371 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0127 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0127
Description:
Target: scaffold0127; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 414
Target Start/End: Original strand, 30825 - 31221
Alignment:
| Q |
18 |
gatatgtcaagttatgaaacaaaatatgctgatagagaaaataatactttaggatcaaactcagaaggtgaacgaaaatttgatagatcagaaaataatg |
117 |
Q |
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| T |
30825 |
gatatgtcaagttatgaaacaaaatatgctgatagagaaaataatactttaggatcaaactcagaaggtgaacgaaaatttgatagatcagaaaataatg |
30924 |
T |
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| Q |
118 |
atagcacaaaatctggttctgcactagatgctgttgaatatgacaatctatgggagaaaatcacaatggataaattggacttgtatgaactttacatttc |
217 |
Q |
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| T |
30925 |
atagcacaaaatctggttctgcactagatgctgttgaatatgacaatctatgggagaaaatcacaatggataaattggacttgtatgaactttacatttc |
31024 |
T |
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| Q |
218 |
tataagaattgtatatattataagtggtgttttattgtgcccttatgttagttgttgctttaacagggtcctgtttgttcttttatcaattttcttagtt |
317 |
Q |
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| T |
31025 |
tataagaattgtatatattataagtggtgttttattgcgcccttatgttagttgttgctttaacagggtcctgtttgttcttttatcaattttcttagtt |
31124 |
T |
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| Q |
318 |
agtttaaatgaacaaatggaaattctgggttctttgtttatatttatattcgtcagctttgaatatgcatttgttttggccggttaatgtgacatct |
414 |
Q |
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| T |
31125 |
agtttaaattaacaaatggaaattctgggttctttgtttatatttatattcgtcagcttagaatatgcatttgttttggccggttaatgtgacatct |
31221 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 41403510 - 41403114
Alignment:
| Q |
18 |
gatatgtcaagttatgaaacaaaatatgctgatagagaaaataatactttaggatcaaactcagaaggtgaacgaaaatttgatagatcagaaaataatg |
117 |
Q |
| |
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| T |
41403510 |
gatatgtcaagttatgaaacaaaatatgctgatagagaaaataatactttaggatcaaactcagaaggtgaacgaaaatttgatagatcagaaaataatg |
41403411 |
T |
|
| Q |
118 |
atagcacaaaatctggttctgcactagatgctgttgaatatgacaatctatgggagaaaatcacaatggataaattggacttgtatgaactttacatttc |
217 |
Q |
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| T |
41403410 |
atagcacaaaatctggttctgcactagatgctgttgaatatgacaatctatgggagaaaatcacaatggataaattggacttgtatgaactttacatttc |
41403311 |
T |
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| Q |
218 |
tataagaattgtatatattataagtggtgttttattgtgcccttatgttagttgttgctttaacagggtcctgtttgttcttttatcaattttcttagtt |
317 |
Q |
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| T |
41403310 |
tataagaattgtatatattataagtggtgttttattgcgcccttatgttagttgttgctttaacagggtcctgtttgttcttttatcaattttcttagtt |
41403211 |
T |
|
| Q |
318 |
agtttaaatgaacaaatggaaattctgggttctttgtttatatttatattcgtcagctttgaatatgcatttgttttggccggttaatgtgacatct |
414 |
Q |
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| T |
41403210 |
agtttaaattaacaaatggaaattctgggttctttgtttatatttatattcgtcagcttagaatatgcatttgttttggccggttaatgtgacatct |
41403114 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 373; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 20970917 - 20970521
Alignment:
| Q |
18 |
gatatgtcaagttatgaaacaaaatatgctgatagagaaaataatactttaggatcaaactcagaaggtgaacgaaaatttgatagatcagaaaataatg |
117 |
Q |
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| T |
20970917 |
gatatgtcaagttatgaaacaaaatatggtgatagagaaaataatgctttaggatcaaactcagaaggtgaaccaaaatttgatagatcagaaaataatg |
20970818 |
T |
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| Q |
118 |
atagcacaaaatctggttctgcactagatgctgttgaatatgacaatctatgggagaaaatcacaatggataaattggacttgtatgaactttacatttc |
217 |
Q |
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| T |
20970817 |
atagcacaaaatctggttctgcactagatgctgttgaatatgacaatctatgggagaaaatcacaatggataaattggacttgtatgaactttacatttc |
20970718 |
T |
|
| Q |
218 |
tataagaattgtatatattataagtggtgttttattgtgcccttatgttagttgttgctttaacagggtcctgtttgttcttttatcaattttcttagtt |
317 |
Q |
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| T |
20970717 |
tataagaattgtatatattataagtggtgttttattgtgcccttatgttagttgttgctttaacagggtcctgtttgttcttttatcaattttctttgtt |
20970618 |
T |
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| Q |
318 |
agtttaaatgaacaaatggaaattctgggttctttgtttatatttatattcgtcagctttgaatatgcatttgttttggccggttaatgtgacatct |
414 |
Q |
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| T |
20970617 |
agtttaaattaacaaatggaaattctgggttctttgtttatatttatattcgtcagcttagaatatgcatttgttttggccggttaatgtgacatct |
20970521 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 200 - 235
Target Start/End: Original strand, 15683874 - 15683909
Alignment:
| Q |
200 |
gtatgaactttacatttctataagaattgtatatat |
235 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
15683874 |
gtatgaactttacatttctataagaattgtatatat |
15683909 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000006; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 57 - 153
Target Start/End: Original strand, 45202466 - 45202562
Alignment:
| Q |
57 |
aataatactttaggatcaaactcagaaggtgaacgaaaatttgatagatcagaaaataatgatagcacaaaatctggttctgcactagatgctgttg |
153 |
Q |
| |
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| T |
45202466 |
aataatgctttaggagcaaactcagaaggtggggaaaaatctgatagatcagtcagtaacgatagtacaaaatctgatttggcattagatgatgttg |
45202562 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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