View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11193_low_2 (Length: 725)

Name: NF11193_low_2
Description: NF11193
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11193_low_2
NF11193_low_2
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (1-715)||(38608771-38609485)
chr8 (1-715)||(38793554-38794268)
chr8 (1-631)||(38120719-38121352)
chr8 (476-586)||(34592844-34592957)
chr8 (654-715)||(34592970-34593031)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-631)||(28730296-28730926)
chr4 (518-713)||(33078483-33078657)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 575; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 575; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 715
Target Start/End: Original strand, 38608771 - 38609485
Alignment:
Q  1 caacaacatgactattttcgccgtggatgatctttctatattctctggctctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcattac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38608771 caacaacatgactattttcgccgttgatgatctttctatattctccggttctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaattattac 38608870  T
Q  101 ttgtctatcgctgatcttgaaaagcttccagttggaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggtggaggagtgg 200  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  38608871 ttgtcgatcgccgatcttgagaagcttccagttggaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggcggaggagtga 38608970  T
Q  201 catcagcgccaatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacgtcattcgcaatgtgaagatagttgtgcacaacgtgtatttgccttttccgca 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  38608971 catcagcgccgatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacgtcatccgcaatgtgaagatagttgtgcacagtgtgtatttgccttttccgca 38609070  T
Q  301 tatcaatcctattgcggctgcttatgatactatcttaggaggtgaaggagcattggaaggagcgggtgtcggagccagagctgctactgtatcagattct 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||| ||||  | ||| ||| |||||||    
T  38609071 tatcaatcctattgcggctgcttatgatactatattaggaggtgaaggagcgtcggaaggagcaggtgttggagccggagcatcaactttattagattct 38609170  T
Q  401 gctggtcaggcgacggaagaatcctgctctgctcttgatggacgtggtgattgtgctgctgatgtcactgctgcagcaggtgtgtctcccatgcctcagg 500  Q
     | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  38609171 ccaggtcaggcgacggaagaaacctgctctgctcttgatggacgtggtggttgtgctgctggtgtcactactacagcaggtgtgtctcccatgcctcagg 38609270  T
Q  501 tcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttcgatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaat 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609271 tcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttcgatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaat 38609370  T
Q  601 ctctattaaatttgtagttaataagtttacagttacactgttgttcatatactaaagtgaaactctgaatttgtagttaactcacattgttgtttagttt 700  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38609371 ctctatgaaatttgtagttaataagtttacagttacactgttgttcatgtactaaagtgaaactctgaatttgtagttaactcgcattgttgtttagttt 38609470  T
Q  701 gtggctctgtgctgc 715  Q
    |||||| ||||||||    
T  38609471 gtggctttgtgctgc 38609485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 575; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 715
Target Start/End: Original strand, 38793554 - 38794268
Alignment:
Q  1 caacaacatgactattttcgccgtggatgatctttctatattctctggctctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcattac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38793554 caacaacatgactattttcgccgttgatgatctttctatattctccggttctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaattattac 38793653  T
Q  101 ttgtctatcgctgatcttgaaaagcttccagttggaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggtggaggagtgg 200  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  38793654 ttgtcgatcgccgatcttgagaagcttccagttggaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggcggaggagtga 38793753  T
Q  201 catcagcgccaatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacgtcattcgcaatgtgaagatagttgtgcacaacgtgtatttgccttttccgca 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  38793754 catcagcgccgatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacgtcatccgcaatgtgaagatagttgtgcacagtgtgtatttgccttttccgca 38793853  T
Q  301 tatcaatcctattgcggctgcttatgatactatcttaggaggtgaaggagcattggaaggagcgggtgtcggagccagagctgctactgtatcagattct 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||| ||||  | ||| ||| |||||||    
T  38793854 tatcaatcctattgcggctgcttatgatactatattaggaggtgaaggagcgtcggaaggagcaggtgttggagccggagcatcaactttattagattct 38793953  T
Q  401 gctggtcaggcgacggaagaatcctgctctgctcttgatggacgtggtgattgtgctgctgatgtcactgctgcagcaggtgtgtctcccatgcctcagg 500  Q
     | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  38793954 ccaggtcaggcgacggaagaaacctgctctgctcttgatggacgtggtggttgtgctgctggtgtcactactacagcaggtgtgtctcccatgcctcagg 38794053  T
Q  501 tcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttcgatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaat 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38794054 tcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttcgatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaat 38794153  T
Q  601 ctctattaaatttgtagttaataagtttacagttacactgttgttcatatactaaagtgaaactctgaatttgtagttaactcacattgttgtttagttt 700  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38794154 ctctatgaaatttgtagttaataagtttacagttacactgttgttcatgtactaaagtgaaactctgaatttgtagttaactcgcattgttgtttagttt 38794253  T
Q  701 gtggctctgtgctgc 715  Q
    |||||| ||||||||    
T  38794254 gtggctttgtgctgc 38794268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 532; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 631
Target Start/End: Complemental strand, 38121352 - 38120719
Alignment:
Q  1 caacaacatgactattttcgccgtggatgatctttctatattctctggctctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcattac 100  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38121352 caacaacatgactattttcgctgttgatgatctttctatattctccggttctcaatcgtatatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcattac 38121253  T
Q  101 ttgtctatcgctgatcttgaaaagcttccagttggaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggtggaggagtgg 200  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  38121252 ttgtcaatcgccgatcttgagaagcttccggttggaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggcggaggagtga 38121153  T
Q  201 catcagcgccaatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacgtcattcgcaatgtgaagatagttgtgcacaacgtgtatttgccttttccgca 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38121152 catcagcgccgatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacgtcatccgcaatgtgaagattgttgtgcacagcgtgtatttgccttttccgca 38121053  T
Q  301 tatcaatcctattgcggctgcttatgatactatcttaggaggtgaaggagcattggaaggagcgggtgtcggagccagagctgctactgtatcagattct 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38121052 tatcaatcctattgcggctgcttatgatactatcttaggaggtgaaggagcatcggaaggagcgggtgtcggagccagagctgctactgtatcagattct 38120953  T
Q  401 gctggtcaggcgacggaagaatcctgctctgctcttgatggacgtggtgattgtgctgctgatgtcactgctgcagcaggtgtgtctcccatgcctcagg 500  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38120952 gctggtcaggccacggaagaaacctgctctgctcctgatggacgtggtggttgtgctgctgatgtcactactgcagcaggtgtgtctcccatgcctcagg 38120853  T
Q  501 tcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttcgatgatg---atgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagtg 597  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38120852 tcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttcgatgatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagtg 38120753  T
Q  598 aatctctattaaatttgtagttaataagtttaca 631  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38120752 aatctctatgaaatttgtagttaataagtttaca 38120719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 476 - 586
Target Start/End: Original strand, 34592844 - 34592957
Alignment:
Q  476 gcaggtgtgtctcccatgcctcaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttc---gatgatgatgaagattgcg 572  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||    
T  34592844 gcaggtgtgtctcccgtgcctcgggtcaggccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgtgatgcttcaatgatgatgatgaagattgcg 34592943  T
Q  573 gtttagttctttct 586  Q
    ||||| ||||||||    
T  34592944 gtttacttctttct 34592957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 654 - 715
Target Start/End: Original strand, 34592970 - 34593031
Alignment:
Q  654 aaagtgaaactctgaatttgtagttaactcacattgttgtttagtttgtggctctgtgctgc 715  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  34592970 aaagtgaaactctgaatttgtagttaacttgcattgttgtttagtttgtggctttgtgctgc 34593031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 463; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 463; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 631
Target Start/End: Complemental strand, 28730926 - 28730296
Alignment:
Q  1 caacaacatgactattttcgccgtggatgatctttctatattctctggctctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcattac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28730926 caacaacatgactattttcgccgttgatgatctttctatattctccggttctcaatcgtatatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcgttac 28730827  T
Q  101 ttgtctatcgctgatcttgaaaagcttccagttggaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggtggaggagtgg 200  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  28730826 ttgtcaatcgccgatcttgagaagcttccagttggaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggtggaggagtga 28730727  T
Q  201 catcagcgccaatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacgtcattcgcaatgtgaagatagttgtgcacaacgtgtatttgccttttccgca 300  Q
    ||| ||| || ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||    
T  28730726 cattagcaccgatgaggattaactatgttagggtgaaggttgctgacgtcatccgtaatgtgaagatagttgtgcatagtgtgtatttgccttttccgca 28730627  T
Q  301 tatcaatcctattgcggctgcttatgatactatcttaggaggtgaaggagcattggaaggagcgggtgtcggagccagagctgctactgtatcagattct 400  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28730626 tatcaatcctattgcggatgcttatgatactatcttaggaggtgaaggagcatcggaaggagcaggtgtcggagccagagctgctactgtatcagattct 28730527  T
Q  401 gctggtcaggcgacggaagaatcctgctctgctcttgatggacgtggtgattgtgctgctgatgtcactgctgcagcaggtgtgtctcccatgcctcagg 500  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28730526 gctggtcaggcgactgaagaaacctgctctgctcttgatgggcgtggtggctgtgctgctgatgtcactgctgcaacaggtgtgtctcccatgcctcagg 28730427  T
Q  501 tcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttcgatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaat 600  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| |||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||     
T  28730426 tcaggccaatgtttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgtgatggtttgatcatgacgaagattgcgatttacttctttctctgctgaagtaaaa 28730327  T
Q  601 ctctattaaatttgtagttaataagtttaca 631  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28730326 ctatatgaaatttgtagttaataagtttaca 28730296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 518 - 713
Target Start/End: Original strand, 33078483 - 33078657
Alignment:
Q  518 attgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttc---gatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaatctctattaaatttg 614  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||   ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||                  |||||||    
T  33078483 attgaagatcaccatgggctgtgactgcgatgcttcaatgatgatgatgaagatcgcggtttacttctttctctg------------------aaatttg 33078564  T
Q  615 tagttaataagtttacagttacactgttgttcatatactaaagtgaaactctgaatttgtagttaactcacattgttgtttagtttgtggctctgtgct 713  Q
    ||||||||||||||||      |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33078565 tagttaataagtttac------actgttgttcatgtacaaaagtgaaactctgaatttgtagttaactcgcattgttgtttagtttgtggctttgtgct 33078657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University