View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11194_high_3 (Length: 427)

Name: NF11194_high_3
Description: NF11194
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11194_high_3
NF11194_high_3
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (37-399)||(8936168-8936530)
chr1 (37-399)||(8959707-8960051)
chr1 (33-399)||(8924545-8924893)
chr1 (40-199)||(9306840-9306999)
chr1 (33-193)||(9475290-9475450)
chr1 (36-199)||(9245056-9245219)
chr1 (33-199)||(9335503-9335669)
chr1 (33-182)||(8945879-8946028)
chr1 (36-193)||(9359247-9359404)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (36-199)||(9168398-9168558)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (34-193)||(15912782-15912941)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 307; Significance: 1e-173; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 307; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 37 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 8936530 - 8936168
Alignment:
Q  37 tgtggtgatccgaggtatgagttatcctgcgaaaacaacataacaactttaactttgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaataact 136  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8936530 tgtggtgatccaaggtatgagttatcctgcgaaaacaacatcacaatgttaactctgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaataact 8936431  T
Q  137 acacaattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctcactattacttgtacaattataatttcagcagctcttatatctt 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  8936430 acacaattcggttagttgatcccggaattgaagagggtgattgctccaccattcctcactattacttatacaattataatttcagcagctcttatatcta 8936331  T
Q  237 caattctgttgatccatatcaaacttaccagaatagaatagttgatactactatatatgaaaatgcagaagctctttctttggaaattcttaaatatcct 336  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8936330 cgattctgttgatccatatcaaacttaccagagaagaatagttgatactactatatatgaaaatgcagaagctcttactttggaaattcttaaatatcct 8936231  T
Q  337 acatcattacaaatgttccagcacgtaatttacatgaattgtagcagtcctgtgagtgatgat 399  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8936230 acaacattacaaatgttccagcacgtaatttacatgaattgtagcagtcctgtgagggatgat 8936168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 37 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 8960051 - 8959707
Alignment:
Q  37 tgtggtgatccgaggtatgagttatcctgcgaaaacaacataacaactttaactttgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaataact 136  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8960051 tgtggtgatccgaggtacgagttatcctgcgaaaacaacatcacaaccttaactttgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaataact 8959952  T
Q  137 acacaattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctcactattacttgtacaattataatttcagcagctcttatatctt 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  8959951 acacaattcggttagttgatcccggaattgaagagggtgattgctccaccattcctcactattacttgtacaattataatttcagcagctcttatatcta 8959852  T
Q  237 caattctgttgatccatatcaaacttaccagaatagaatagttgatactactatatatgaaaatgcagaagctctttctttggaaattcttaaatatcct 336  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || || ||  ||||||| ||||||                     
T  8959851 cgattctgttgatccatatcaaacttaccagagtagaatagttgatactactagatataaatattcaccagctcttactttgg----------------- 8959769  T
Q  337 acatcattacaaatgttccagcacgtaatttacatgaattgtagcagtcctgtgagtgatgat 399  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8959768 -catcattacaaatgttccagcacgtaatttacatgaattgtagcagtcctgtgagggatgat 8959707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 33 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 8924893 - 8924545
Alignment:
Q  33 aacctgtggtgatccgaggtatgagttatcctgcgaaaacaacataacaactttaactttgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaat 132  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8924893 aacctgtggtgatccgaggtacgagttatcctgcgaaaacaacataacaactttaactctattgtcgagtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaat 8924794  T
Q  133 aactacacaattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctcactattacttgtacaattataatttcagcagctcttata 232  Q
    |||||||||||  |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8924793 aactacacaatcagaatagttgatcccggaattgaagagggtgattgctcctcctttcctcgctattacttatacaattataatttcagcagctcttata 8924694  T
Q  233 tcttcaattctgttgatccatatcaaacttaccagaatagaatagttgatactactatatatgaaaatgcagaagctctttctttggaaattcttaaata 332  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||| || || ||  ||||||| ||||||                 
T  8924693 tcttcgattctgttgatccatatcaaacataccagagcagaatagttgatactactagatataaatattcaccagctcttactttgg------------- 8924607  T
Q  333 tcctacatcattacaaatgttccagcacgtaatttacatgaattgtagcagtcctgtgagtgatgat 399  Q
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8924606 -----catcattacaaatgttccagcacgtaatttacatgaattgtagcagtcctgtgagggatgat 8924545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 40 - 199
Target Start/End: Original strand, 9306840 - 9306999
Alignment:
Q  40 ggtgatccgaggtatgagttatcctgcgaaaacaacataacaactttaactttgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaataactaca 139  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||     
T  9306840 ggtgatccgaggtatgagttatcctgcgaaaacaacatcacaacgttaactttgttttcaggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacagaaactact 9306939  T
Q  140 caattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctcactatt 199  Q
    ||||  |  |||||||||  ||||||||||| |||||||||||| |||| |||| |||||    
T  9306940 caatgagagtagttgatcttggaattcaagaaggtgattgctcctccatgcctcgctatt 9306999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 33 - 193
Target Start/End: Original strand, 9475290 - 9475450
Alignment:
Q  33 aacctgtggtgatccgaggtatgagttatcctgcgaaaacaacataacaactttaactttgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaat 132  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||    
T  9475290 aacctgtggtgatccgaggtacgagttatcctgcgtaaacaacatcacaacgttaactttgctttcgggtaactacaatgtgaagtcaatcaactacgat 9475389  T
Q  133 aactacacaattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctc 193  Q
    |||||||||||  |  |||||||||| ||||||||||||| |||||||| | |||||||||    
T  9475390 aactacacaatcagactagttgatcctggaattcaagaggatgattgcttctccattcctc 9475450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 36 - 199
Target Start/End: Original strand, 9245056 - 9245219
Alignment:
Q  36 ctgtggtgatccgaggtatgagttatcctgcgaaaacaacataacaactttaactttgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaataac 135  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||| |||| |||||||| |||||||||||  ||||||||||||| |||    
T  9245056 ctgtggtgatccgaagtatgagttatcctgcgaaaacaacatcacagtgttaactctgttttcgggtaagtactatgtgaaggcaatcaactacaacaac 9245155  T
Q  136 tacacaattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctcactatt 199  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| || |||||| |||||    
T  9245156 tacacaattttgttagttgatcccggaattgaagagggtagttgctcctcccttcctcgctatt 9245219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 33 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 9335669 - 9335503
Alignment:
Q  33 aacctgtggtgatccgaggtatgagttatcctgcgaaaacaacataacaactttaactttgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaat 132  Q
    ||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| |||| || ||||||||||||||| |   |||||||||||      
T  9335669 aacctgtggtgatccaaagtacgagttatcctgcgaaaacaacatcacagcgttaactctgttttcaggtaaatactatgtgcaggaaatcaactacata 9335570  T
Q  133 aactacacaattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctcactatt 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||| |||| ||||||||| |||||    
T  9335569 aactacacaattcggttagttgatccaggaattgaagaaggtgattactcctccattcctcgctatt 9335503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 33 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 8946028 - 8945879
Alignment:
Q  33 aacctgtggtgatccgaggtatgagttatcctgcgaaaacaacataacaactttaactttgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaat 132  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||   || | || ||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  8946028 aacctgcggtgatccgaggtacgagttatcctgcgaaaaaaacatcacaatgttaaagctgctttctggtaaataccatgtaaaatcaatcaactacaat 8945929  T
Q  133 aactacacaattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctc 182  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| |||||||||||    
T  8945928 aactacacaattcggttagttgatcctggaataaaagaaggtgattgctc 8945879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 36 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 9359404 - 9359247
Alignment:
Q  36 ctgtggtgatccgaggtatgagttatcctgcgaaaacaacataacaactttaactttgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaataac 135  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||    |||||| |||| || ||||||||||||||| |   ||||||||||   ||     
T  9359404 ctgtggtgatccgaagtacgagttatcctgcgaaaacaacatcaccgtgttaactctgttttcaggtaaatactatgtgcaggaaatcaactacgtaaat 9359305  T
Q  136 tacacaattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctc 193  Q
    |||||||||||| |||||||||| | |||| |||||||| |||||||| |||||||||    
T  9359304 tacacaattcggctagttgatccagtaattgaagagggtaattgctcctccattcctc 9359247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 74; Significance: 8e-34; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 36 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 9168558 - 9168398
Alignment:
Q  36 ctgtggtgatccgaggtatgagttatcctgcgaaaacaacataacaactttaactttgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaataac 135  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||  ||| | |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  9168558 ctgtggtgatccgaggtacgagttatcctgtgaaaacaacatcacaacgctaagtctgttttggggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaaaaac 9168459  T
Q  136 tacacaattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctcactatt 199  Q
    ||||||||  |  |||||||||| |||||  |||| ||||||||   ||||||||||| |||||    
T  9168458 tacacaatcagagtagttgatcctggaatagaagaaggtgattg---caccattcctcgctatt 9168398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 68; Significance: 3e-30; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 34 - 193
Target Start/End: Original strand, 15912782 - 15912941
Alignment:
Q  34 acctgtggtgatccgaggtatgagttatcctgcgaaaacaacataacaactttaactttgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaata 133  Q
    |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | |||| || ||||| |||||||||     ||||||||| || |    
T  15912782 acctgtggggatccgagctacgagttatcctgcgaaaacaacatcacaaccttaaatctgttttcaggtaagtactatgtgttggaaatcaactataaaa 15912881  T
Q  134 actacacaattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctc 193  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||  | |||||||||||||||||| |||||||||    
T  15912882 actacacaattaggttagttgatgccgggttgcaagagggtgattgctcctccattcctc 15912941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University