View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11195_low_1 (Length: 843)

Name: NF11195_low_1
Description: NF11195
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11195_low_1
NF11195_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (12-825)||(3002766-3003580)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 758; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 758; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 825
Target Start/End: Original strand, 3002766 - 3003580
Alignment:
Q  12 acagacacatatggaaggtggaaaccatgggaattattcaatgcaaagtgcttataagttgtgcatcaatgagttgattaatgtcggtcatttgaaaatg 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3002766 acagacacatatggaaggtggaaaccatgggaattattcaatgcaaagtgcttataagttgtgcatcaatgagttgattaatgtcggtcatttgaaaatg 3002865  T
Q  112 aaaggtgtggtagggaattgggattgcatttggtgtttgaaagttccatcgaaagtgaagaatttaatttggtgagtgtgtcataacgtgccgcttcata 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3002866 aaaggtgtggtagggaattgggattgcatttggtgtttgaaagttccatcgaaagtgaagaatttaatttggtgagtgtgtcataacgtgccgcttcata 3002965  T
Q  212 gaattcgtttgcaagatgaggagttgattgctctcctttatgtgttttttatgaagaatcgggtgaatatgtgttttacttgttttttcaatgtgcaggg 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3002966 gaattcgtttgcaagatgaggagttgattgctctcctttatgtgttttttatgaagaatcgggtgaatatgttttttacttgttttttcaatgtgcaggg 3003065  T
Q  312 gccagggagtatgacctgttgcaaaatggtgatttgtgaaatgaaatattgggtattttacagcagttaagaacaaatgtaaagcagatgagtttttact 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3003066 gccagggagtatgacctgttgcaaaatggtgatttgtgaaatgaaatattgggtattttacagcagttaagaacaaatgtaaagcagatgagtttttact 3003165  T
Q  412 gcattacgatattttatctccgacatagtgtctctttgcggttattatttggagtatttggaaaagtcgtgatatccgcatctaggagaatgtttgttaa 511  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3003166 gcattatgatattttatctccgacatagtgtctctttgcggttattatttggagtattcggaaaagtcgtgatatccgcatctaggagaatgtttgttaa 3003265  T
Q  512 caatagcagcatattttttggcgcgctgagcagttatttcaaagctggtgcagg-gcagcggtacatcagtgcaggttcgacagcagtgcagggnnnnnn 610  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  3003266 caacagcagcatattttttggcgcgctgagtagttatttcaaagctggtgcaggtgcagcggtacatcagtgcaggttcgacagcagtgcagggaaaaaa 3003365  T
Q  611 nccagacacgccaagtttggacgctttgtgcttgctagaacggagtgtcactcttccatttgtttcattaatgaaggtgaagcttgtggccttctttccg 710  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3003366 accagatacgccaagtttggacgctttgtgcttgctagaacggagtgtcactcttccatttgtttcattaatgaaggtgaagcttgtggccttctttccg 3003465  T
Q  711 ctgtctggtaggtgcaccatttgcagttagatggagcaacttttgagcttgaccctgagcgaatggtagacaaccttcaatctattaaggaagatgtatc 810  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  3003466 ctgtctggtaggtgcaccatttgcagttagatggagcaacttttgagcttgaccctgagcgaatggtagacaaccttcaatctattaaggaagatgtctc 3003565  T
Q  811 gagtttagtgctatt 825  Q
    |||||||||||||||    
T  3003566 gagtttagtgctatt 3003580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University