View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11202_low_2 (Length: 584)

Name: NF11202_low_2
Description: NF11202
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11202_low_2
NF11202_low_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (20-577)||(14751694-14752251)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (40-480)||(8534061-8534504)
chr1 (40-480)||(8599300-8599743)
chr1 (40-480)||(8613683-8614126)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 514; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 514; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 577
Target Start/End: Original strand, 14751694 - 14752251
Alignment:
Q  20 tggttaactggaagcagtttagcagtttcagtgtcaacaatgatggcctcaatggaggaagacaaaagccccgccgtgccatacttacgactctcttcca 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14751694 tggttaactggaagcagtttagcagtttcagtgtcaacaatgatagcctcaatggaggaagacaaaagccccgccgtgccgtacttacgactctcttcca 14751793  T
Q  120 aagaatcggtggaagccccagctccaaaggattctgtcagaccataaccttgaaggatggcaacattagggtacttatcaacaaacccttctgtaacctc 219  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14751794 aagaatcagtagaagccccagctccaaaggattctgtcagaccataaccctgaaggatggcaacattagggtacttatcaacaaacccttcagtaacctc 14751893  T
Q  220 tttgctaagaggagccccaccgcatagcaccgtatgaagggaactcaagtcgtattttctcttaatcgcatcagcattgttgagcatagcaacgaatatg 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14751894 tttgctaagaggagccccaccgcatagcaccgtatgaagggaactcaagtcgtattttctcttaatcgcatcagcattgttgagcatagcgacgaatatg 14751993  T
Q  320 ggtggcacaagcggtaggaacgtgactttgaacttctcaatggatgaaagcatgtcatgcatttcgaacttggagagaacaacgattgttgaacctaaag 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14751994 ggtggcacaagcggtaggaacgtgactttgaacttttcaatggatgaaagcatgtcatgcatttcgaacttggagagaacaacgattgttgaacctaaag 14752093  T
Q  420 agagaagcccagcgaacatggctagaccgtatatgtgaaacatgggaattgtgcatatgaatgtatttccccgctcatattcttcatggttaaacctagc 519  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14752094 agagaagcccagcgaacattgctagaccgtatatgtgaaacatgggaattgtgcatatgaatgtatttccccgctcatattcttcgtggttaaacctagc 14752193  T
Q  520 acatacattttgaaccattgctatgaggtttctatgtgaagatactactcctttgctt 577  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14752194 acatacaatttgaaccattgctatgaggtttctatgtgaagatactactcctttgctt 14752251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 130; Significance: 4e-67; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 40 - 480
Target Start/End: Original strand, 8534061 - 8534504
Alignment:
Q  40 agcagtttcagtgtcaacaatgatggcctcaatggaggaagacaaaagccccgccgtgccatacttacgactctcttccaaagaatcggtggaagcccca 139  Q
    |||||| |||||||||||||| || |||||  |||| | ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||    
T  8534061 agcagtctcagtgtcaacaatcatagcctccgtggaagcagacacaagccccgccgtaccatacttacgactctcttccaaagactcggtagaagctcca 8534160  T
Q  140 gctccaaaggattctgtcagaccataaccttgaaggatggcaacattagggtacttatcaacaaacccttctgtaacctctttgctaagaggagccccac 239  Q
      |||| ||||||| || | |||||||||||||| |||    |||||||||||||| |||| ||||||||| || || ||||| || | |||||| ||||    
T  8534161 attccagaggattcagttaaaccataaccttgaaagatacttacattagggtacttttcaataaacccttccgttacttctttactcaaaggagcaccac 8534260  T
Q  240 cgcatagcaccgtatgaagggaactcaagtcgtattttctcttaatcgcatcagcattgttgagcatagcaacgaatatgggtggcacaagcggtaggaa 339  Q
    |  | | |||||||||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| |||| |||    
T  8534261 cagaaaccaccgtatgaagcgaactcaaatcatactttctcttaatagcatctgcgttgttcagcatagcaaccaatatcgggggcacaagaggtaagaa 8534360  T
Q  340 cgtgactttgaacttctcaatggatgaaagcatgtcatgcatttcgaacttggagagaacaacgattgttgaacctaaagagagaagccc---agcgaac 436  Q
     ||  || |||| || ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||| || |||||||| | ||  ||||||||   ||| |||    
T  8534361 ggttgctctgaatttttcaatcgatgaaagcatgtcgtgcatctcgaatttagagagaacaactatggttgaacccatagcaagaagccccatagcaaac 8534460  T
Q  437 atggctagaccgtatatgtgaaacatgggaattgtgcatatgaa 480  Q
    |  || ||||||||||| |||||||| ||||  || ||||||||    
T  8534461 accgcaagaccgtatatatgaaacatcggaacagtacatatgaa 8534504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 40 - 480
Target Start/End: Original strand, 8599300 - 8599743
Alignment:
Q  40 agcagtttcagtgtcaacaatgatggcctcaatggaggaagacaaaagccccgccgtgccatacttacgactctcttccaaagaatcggtggaagcccca 139  Q
    |||||| |||||||||||||| || |||||  |||| | ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||    
T  8599300 agcagtctcagtgtcaacaatcatagcctccgtggaagcagacacaagccccgccgtaccatacttacgactctcttccaaagactcagtagaagctcca 8599399  T
Q  140 gctccaaaggattctgtcagaccataaccttgaaggatggcaacattagggtacttatcaacaaacccttctgtaacctctttgctaagaggagccccac 239  Q
      |||| ||||||| || | |||||||||||||| |||    |||||||||||||| |||| ||||||||| || || ||||| || | |||||| ||||    
T  8599400 attccagaggattcagttaaaccataaccttgaaagatacttacattagggtacttttcaataaacccttccgttacttctttactcaaaggagcaccac 8599499  T
Q  240 cgcatagcaccgtatgaagggaactcaagtcgtattttctcttaatcgcatcagcattgttgagcatagcaacgaatatgggtggcacaagcggtaggaa 339  Q
    |  | | |||||||||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| |||| |||    
T  8599500 cagaaaccaccgtatgaagcgaactcaaatcatactttctcttaatagcatctgcgttgttcagcatagcaaccaatatcgggggcacaagaggtaagaa 8599599  T
Q  340 cgtgactttgaacttctcaatggatgaaagcatgtcatgcatttcgaacttggagagaacaacgattgttgaacctaaagagagaagccc---agcgaac 436  Q
     ||  || |||| || ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||| || |||||||| | ||  ||||||||   ||| |||    
T  8599600 ggttgctctgaatttttcaatcgatgaaagcatgtcgtgcatctcgaatttagagagaacaactatggttgaacccatagcaagaagccccatagcaaac 8599699  T
Q  437 atggctagaccgtatatgtgaaacatgggaattgtgcatatgaa 480  Q
    |  || ||||||||||| |||||||| ||||  || ||||||||    
T  8599700 accgcaagaccgtatatatgaaacatcggaacagtacatatgaa 8599743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 40 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 8614126 - 8613683
Alignment:
Q  40 agcagtttcagtgtcaacaatgatggcctcaatggaggaagacaaaagccccgccgtgccatacttacgactctcttccaaagaatcggtggaagcccca 139  Q
    |||||| |||||||||||||| || |||||  |||| | ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||    
T  8614126 agcagtctcagtgtcaacaatcatagcctccgtggaagcagacacaagccccgccgtaccatacttacgactctcttccaaagactcagtagaagctcca 8614027  T
Q  140 gctccaaaggattctgtcagaccataaccttgaaggatggcaacattagggtacttatcaacaaacccttctgtaacctctttgctaagaggagccccac 239  Q
      |||| ||||||| || | |||||||||||||| |||    |||||||||||||| |||| ||||||||| || || ||||| || | |||||| ||||    
T  8614026 attccagaggattcagttaaaccataaccttgaaagatacttacattagggtacttttcaataaacccttccgttacttctttactcaaaggagcaccac 8613927  T
Q  240 cgcatagcaccgtatgaagggaactcaagtcgtattttctcttaatcgcatcagcattgttgagcatagcaacgaatatgggtggcacaagcggtaggaa 339  Q
    |  | | |||||||||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||| || ||||| || |||||||| ||||| || |||||||| |||| |||    
T  8613926 cagaaaccaccgtatgaagcgaactcaaatcatactttctcttaatagcatctgcgttgttcagtatagcaaccaatatcgggggcacaagaggtaagaa 8613827  T
Q  340 cgtgactttgaacttctcaatggatgaaagcatgtcatgcatttcgaacttggagagaacaacgattgttgaacctaaagagagaagccc---agcgaac 436  Q
     ||  || |||| || |||||  ||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||| || |||||||| | ||  ||||||||   ||| |||    
T  8613826 ggttgctctgaatttttcaatcaatgaaagcatgtcgtgcatctcgaatttagagagaacaactatggttgaacccatagcaagaagccccatagcaaac 8613727  T
Q  437 atggctagaccgtatatgtgaaacatgggaattgtgcatatgaa 480  Q
    |  || ||||||||||| |||||||| ||||  || ||||||||    
T  8613726 accgcaagaccgtatatatgaaacatcggaacagtacatatgaa 8613683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University