View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF11207_low_10 (Length: 538)
Name: NF11207_low_10
Description: NF11207
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11207_low_10 |
 | |
|
| [»] scaffold0264 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0074 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0007 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: scaffold0264 (Bit Score: 485; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0264
Description:
Target: scaffold0264; HSP #1
Raw Score: 485; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 15275 - 14763
Alignment:
| Q |
17 |
attatgtgagtgtaatgatctaacaatagtaccctttcatttttccttttatgataaatgcatatactctcgagtcagaacatggaacaatctttagtcg |
116 |
Q |
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| T |
15275 |
attatgtgagtgtaatgatctaacaatagtaccctttcatttttccttttatgataaatgcatatactctcaagtcagaacatggaacaatctttagtcg |
15176 |
T |
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| Q |
117 |
gagtttatatatcttttggtcggatttcgagttacgagagcttcttttcgagttacaagaaatatatattatttgcacttgaatatatcacattcgacct |
216 |
Q |
| |
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| T |
15175 |
gactttatatatcttttggtcggatttcgagttacgagagcttcttttcgagttacaagaaatatatattatttgcacttgaataaatcacatacgacct |
15076 |
T |
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| Q |
217 |
ggatattagttgagaaatcggatttcacacattatttcaagtatggagacaatggatggatcaaacacctttaagtatattggacccaaatattaaagaa |
316 |
Q |
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| T |
15075 |
ggatattagttgagaaatcggatttcacacattatttcaggtatggagacaatggatggatcaaacacctttaagtatattggacccaaatattaaagaa |
14976 |
T |
|
| Q |
317 |
gattattctacaaatgaagtcattaagtgcattcagattggtctattatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaatcgtgacagttgcttctt |
416 |
Q |
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| T |
14975 |
gattattctacaaatgaagtcattaagtgcattcagattggtctattatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaattgtgacagttgcttctt |
14876 |
T |
|
| Q |
417 |
atcttagcagttatgcaattgatttaccaactccacaagaacctgcgtttttcttgcatggtagaacttattccaacgttcttgcacaagaatcaagttc |
516 |
Q |
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| T |
14875 |
atcttagcagttatgcaattgatttaccaactccacaagaacctgcgtttttcttgcatggtagaacttattccgacgttcttgcacaagaatcaagttc |
14776 |
T |
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| Q |
517 |
tactcaatctgcc |
529 |
Q |
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| T |
14775 |
tactcaatctgcc |
14763 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0074 (Bit Score: 430; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0074
Description:
Target: scaffold0074; HSP #1
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 529
Target Start/End: Original strand, 50022 - 50531
Alignment:
| Q |
20 |
atgtgagtgtaatgatctaacaatagtaccctttcatttttccttttatgataaatgcatatactctcgagtcagaacatggaacaatctttagtcggag |
119 |
Q |
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| T |
50022 |
atgtgagtgtaatgatctagcattagtatcctttcatttttccttttatgataaatgcatatactctcgagtcagaacatggaacaatctttagtcggac |
50121 |
T |
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| Q |
120 |
tttatatatcttttggtcggatttcgagttacgagagcttcttttcgagttacaagaaatatatattatttgcacttgaatatatcacattcgacctgga |
219 |
Q |
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| T |
50122 |
tttatatatcttttggccggatttcgagttacgagagcttcttttcgagttacaagaaatatatattatttgctcttgaatatatcacatgccacctgga |
50221 |
T |
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| Q |
220 |
tattagttgagaaatcggatttcacacattatttcaagtatggagacaatggatggatcaaacacctttaagtatattggacccaaatattaaagaagat |
319 |
Q |
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| T |
50222 |
tatttgttgagaaattggatttcacacattatttcaggtatggagacagtggatggatcaaacacctataagtattttggacccaaatattaaagaagat |
50321 |
T |
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| Q |
320 |
tattctacaaatgaagtcattaagtgcattcagattggtctattatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaatcgtgacagttgcttcttatc |
419 |
Q |
| |
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|
|
| T |
50322 |
tattctacaaatgaagtcattaaatgcattcagattggtctgttatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaattgtgacagttgcttcttatc |
50421 |
T |
|
| Q |
420 |
ttagcagttatgcaattgatttaccaactccacaagaacctgcgtttttcttgcatggtagaacttattccaacgttcttgcacaagaatcaagttctac |
519 |
Q |
| |
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|
| T |
50422 |
ttagcagttatgcaattgaattaccaactccaaaagaacctgcgtttttcttgcatggtagaacttattccgacgttcttgcacaagaatcaagttctac |
50521 |
T |
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| Q |
520 |
tcaatctgcc |
529 |
Q |
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|
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|
|
| T |
50522 |
tcaatctgcc |
50531 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0007 (Bit Score: 426; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:
Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 529
Target Start/End: Original strand, 7556 - 8065
Alignment:
| Q |
20 |
atgtgagtgtaatgatctaacaatagtaccctttcatttttccttttatgataaatgcatatactctcgagtcagaacatggaacaatctttagtcggag |
119 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7556 |
atgtgagtgtaatgatctagcagtagtatcctttcatttttccttttatgataattgcatatactctcgagtcagaacatggaacaatctttagtcggac |
7655 |
T |
|
| Q |
120 |
tttatatatcttttggtcggatttcgagttacgagagcttcttttcgagttacaagaaatatatattatttgcacttgaatatatcacattcgacctgga |
219 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||| |
|
|
| T |
7656 |
tttatatatcttttggtcggatttcaagttacgagagcttcttttcgagttacaagaaatatatattatttgcacttaaatatatcacatgcgacgtgga |
7755 |
T |
|
| Q |
220 |
tattagttgagaaatcggatttcacacattatttcaagtatggagacaatggatggatcaaacacctttaagtatattggacccaaatattaaagaagat |
319 |
Q |
| |
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|
|
| T |
7756 |
tattagttgagaaattggatttcatacattatttcaggtatggagacagtggatggatcaaacacctttaagtatattggacccaaatattaaaaaagat |
7855 |
T |
|
| Q |
320 |
tattctacaaatgaagtcattaagtgcattcagattggtctattatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaatcgtgacagttgcttcttatc |
419 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
7856 |
tattctacaaatgaagtcattaaatgcattcagattggtctgttatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaattgtgacagttgcttcttatc |
7955 |
T |
|
| Q |
420 |
ttagcagttatgcaattgatttaccaactccacaagaacctgcgtttttcttgcatggtagaacttattccaacgttcttgcacaagaatcaagttctac |
519 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7956 |
ttagcagttatgcaattgaattaccaactccaaaagaacctgcgtttctcttgcatggtagaacttattccgacgttcttgcacaagaatcaagttctac |
8055 |
T |
|
| Q |
520 |
tcaatctgcc |
529 |
Q |
| |
|
|||||||||| |
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|
| T |
8056 |
tcaatctgcc |
8065 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 422; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 422; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 18995437 - 18994928
Alignment:
| Q |
20 |
atgtgagtgtaatgatctaacaatagtaccctttcatttttccttttatgataaatgcatatactctcgagtcagaacatggaacaatctttagtcggag |
119 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
18995437 |
atgtgagtgtaatgatctagcattagtatcctttcatttttcctgttatgataaatgcatatactctcgagtcagaacatggaacaatttttagtcggac |
18995338 |
T |
|
| Q |
120 |
tttatatatcttttggtcggatttcgagttacgagagcttcttttcgagttacaagaaatatatattatttgcacttgaatatatcacattcgacctgga |
219 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
18995337 |
tttatatatcttttggtcggatttcgagttacgagagcttcttttcgagttacaagaaatatatattatttgcacttaaatatatcacatgcgacctgga |
18995238 |
T |
|
| Q |
220 |
tattagttgagaaatcggatttcacacattatttcaagtatggagacaatggatggatcaaacacctttaagtatattggacccaaatattaaagaagat |
319 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
18995237 |
tattagttgagaaattggatttcacacattatttcaggtatggagacagtggatggatcaaacacctataagtattttggacctaaatattaaagaagat |
18995138 |
T |
|
| Q |
320 |
tattctacaaatgaagtcattaagtgcattcagattggtctattatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaatcgtgacagttgcttcttatc |
419 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
18995137 |
tattctgcaaatgaagtcattaaatgcattcagattggtctgttatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaattgtgacagttgcttcttatc |
18995038 |
T |
|
| Q |
420 |
ttagcagttatgcaattgatttaccaactccacaagaacctgcgtttttcttgcatggtagaacttattccaacgttcttgcacaagaatcaagttctac |
519 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
18995037 |
ttagcagttatgcaattgaattaccaactccaaaagaacctgcgtttttcttgcatggtagaacttattccgacgttcttgcactagaatcaagttctac |
18994938 |
T |
|
| Q |
520 |
tcaatctgcc |
529 |
Q |
| |
|
|||||||||| |
|
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| T |
18994937 |
tcaatctgcc |
18994928 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 217 - 529
Target Start/End: Original strand, 22209585 - 22209897
Alignment:
| Q |
217 |
ggatattagttgagaaatcggatttcacacattatttcaagtatggagacaatggatggatcaaacacctttaagtatattggacccaaatattaaagaa |
316 |
Q |
| |
|
||||| || ||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
22209585 |
ggatagtaattgagaaatttaatttcacacaatatttcaggtatggagacaatggatggatcaaacacctttaagtattttggacccaaatattcaagaa |
22209684 |
T |
|
| Q |
317 |
gattattctacaaatgaagtcattaagtgcattcagattggtctattatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaatcgtgacagttgcttctt |
416 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||| |
|
|
| T |
22209685 |
gattattctacaaatgaagtaattaagtacattcagattggtctattatgtgttcaaaatgacccggatgctagaccttcaattgcgacagttgcttctt |
22209784 |
T |
|
| Q |
417 |
atcttagcagttatgcaattgatttaccaactccacaagaacctgcgtttttcttgcatggtagaacttattccaacgttcttgcacaagaatcaagttc |
516 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
22209785 |
atcttagcagttatgcaattgaattaccaactccaaaagaacctgcgtttttcttgcatggtagaacttattcggacgttcttgcactagaatcaagttc |
22209884 |
T |
|
| Q |
517 |
tactcaatctgcc |
529 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |
|
|
| T |
22209885 |
tactcaatctgcc |
22209897 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 238 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 20083573 - 20083285
Alignment:
| Q |
238 |
atttcacacattatttcaagtatggagacaatggatggatcaaacacctttaagtatattggacccaaatattaaagaagattattctacaaatgaagtc |
337 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20083573 |
atttcacacattatttcaggtatggagactgtggatggagcaaacacctttaagtatactggatccaaatattaaagaagattattctacaaatgaagtc |
20083474 |
T |
|
| Q |
338 |
attaagtgcattcagattggtctattatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaatcgtgacagttgcttcttatcttagcagttatgcaattg |
437 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
20083473 |
attaagtgcattcagattggtctattatgtgttcaacatgacccggatgccagaccttcgatcgtgacagttgcttcttatcttagcagttatgcagttg |
20083374 |
T |
|
| Q |
438 |
atttaccaactccacaagaacctgcgtttttcttgcatggtagaacttattccaacgttcttgcacaagaatcaagttctactcaatct |
526 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20083373 |
aattaccaactccaccagaacctgcgtttttcttgcatggtagaacttattcaaatgttcttgcacaagaatcaagttctactcaatct |
20083285 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 189 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 20235593 - 20235253
Alignment:
| Q |
189 |
ttgcacttgaatatatcacattcgacctggatattagttgagaaatcggatttcacacattatttcaagtatggagacaatggatggatcaaacaccttt |
288 |
Q |
| |
|
|||| ||| |||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20235593 |
ttgctcttaaatatatcacatacgaccaggataataactgagaaatttaatttcacacattaattcaggtatggagacaatggatggatcaaacaccttt |
20235494 |
T |
|
| Q |
289 |
aagtatattggacccaaatattaaagaagattattctacaaatgaagtcattaagtgcattcagattggtctattatgtgttcaaaatgacccgaatgct |
388 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |
|
|
| T |
20235493 |
aagtattttggacccaaatattcaagaagattattctacaaatgaagtcattaagtgcattcagattggtctattatgtgttcaacatgacccggatgct |
20235394 |
T |
|
| Q |
389 |
agaccttcaatcgtgacagttgcttcttatcttagcagttatgcaattgatttaccaactccacaagaacctgcgtttttcttgcatggtagaacttatt |
488 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
20235393 |
agaccttcaatctcgacagtttcttcttaccttagcagttatgcagttgaattaccaactccgaaagaacctgcgtttttcttgcatggtagaaagaatt |
20235294 |
T |
|
| Q |
489 |
ccaacgttcttgcacaagaatcaagttctactcaatctgcc |
529 |
Q |
| |
|
| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20235293 |
caaacattcttgcacaagaatcaagttctactcaatctgcc |
20235253 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 189 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 22129577 - 22129237
Alignment:
| Q |
189 |
ttgcacttgaatatatcacattcgacctggatattagttgagaaatcggatttcacacattatttcaagtatggagacaatggatggatcaaacaccttt |
288 |
Q |
| |
|
|||| ||| |||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
22129577 |
ttgctcttaaatatatcacatacgaccaggataataactgagaaatttaatttcacacattaattcaggtatggagacaatggatggatcaaacaccttt |
22129478 |
T |
|
| Q |
289 |
aagtatattggacccaaatattaaagaagattattctacaaatgaagtcattaagtgcattcagattggtctattatgtgttcaaaatgacccgaatgct |
388 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |
|
|
| T |
22129477 |
aagtattttggacccaaatattcaagaagattattctacaaatgaagtcattaagtgcattcagattggtctattatgtgttcaacatgacccggatgct |
22129378 |
T |
|
| Q |
389 |
agaccttcaatcgtgacagttgcttcttatcttagcagttatgcaattgatttaccaactccacaagaacctgcgtttttcttgcatggtagaacttatt |
488 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
22129377 |
agaccttcaatctcgacagtttcttcttaccttagcagttatgcagttgaattaccaactccgaaagaacctgcgtttttcttgcatggtagaaagaatt |
22129278 |
T |
|
| Q |
489 |
ccaacgttcttgcacaagaatcaagttctactcaatctgcc |
529 |
Q |
| |
|
| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22129277 |
caaacattcttgcacaagaatcaagttctactcaatctgcc |
22129237 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 238 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 18990629 - 18990339
Alignment:
| Q |
238 |
atttcacacattatttcaagtatggagacaatggatggatcaaacacctttaagtatattggacccaaatattaaagaagattattctacaaatgaagtc |
337 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18990629 |
atttcacacattatttcaggtatggagacggtggatggaggaaacacctttaagtatactggatccaaatattgaagaagattattctacaaatgaagtc |
18990530 |
T |
|
| Q |
338 |
attaagtgcattcagattggtctattatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaatcgtgacagttgcttcttatcttagcagttatgcaattg |
437 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |
|
|
| T |
18990529 |
attaagtgcattcagattggtctattatgtgttcaaaatgacccggatgctagaccttcgatcgtgacagttgcttcttatcttagcatttatgcagttg |
18990430 |
T |
|
| Q |
438 |
atttaccaactccacaagaacctgcgtttttcttgcatggtagaacttattccaacgttcttgcacaagaatcaagttctactcaatctgcc |
529 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18990429 |
aattaccaactccaccagaacctgcgtttttcttgcatggtagaggg-attcaaacgttcttgcacaagaatctagttctactcaatctgcc |
18990339 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 251 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 22085682 - 22085446
Alignment:
| Q |
251 |
tttcaagtatggagacaatggatggatcaaacacctttaagtatattggacccaaatattaaagaagattattctacaaatgaagtcattaagtgcattc |
350 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22085682 |
tttcaggtatggagacagtggatggataaaacacctttaaatatattggacccaaatattaaaggagattattctaaaactgaagtcattaagtgcattc |
22085583 |
T |
|
| Q |
351 |
agattggtctattatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaatcgtgacagttgcttcttatcttagcagttatgcaattgatttaccaactcc |
450 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
22085582 |
agattggtctattatgtgttcaaaatgacccagaggctagaccttcaatcttgacaattgcttcttatcttagcagtcattcaattgagttaccaactcc |
22085483 |
T |
|
| Q |
451 |
acaagaacctgcgtttttcttgcatggtagaacttat |
487 |
Q |
| |
|
|||| ||||||| |||||| |||| ||||||| |||| |
|
|
| T |
22085482 |
acaacaacctgcatttttcctgcaaggtagaaattat |
22085446 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 238 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 18979277 - 18979017
Alignment:
| Q |
238 |
atttcacacattatttcaagtatggagacaatggatggatcaaacacctttaagtatattggacccaaatattaaagaagattattctacaaatgaagtc |
337 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18979277 |
atttcacacattatttcaggtatggagacggtggatggaggaaacacctttaagtatactggatccaaatattaaagaatatcattctacaaatgaagtc |
18979178 |
T |
|
| Q |
338 |
attaagtgcattcagattggtctattatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaatcgtgacagttgcttcttatcttagcagttatgcaattg |
437 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
18979177 |
attaagtgcatttagattggtcgattatgtgttcgaaatgacccggatg-tagaccttcgattgtgacagttccttcttatcttagcagttatgcagttg |
18979079 |
T |
|
| Q |
438 |
atttaccaactccacaagaacctgcg-tttttcttgcatggtagaacttattccaacgttct |
498 |
Q |
| |
|
| ||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| |
|
|
| T |
18979078 |
aattaccaactccgcaagaacctgcgttttttattgcatggtagaacatattcaaaagttct |
18979017 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 251 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 22001623 - 22001393
Alignment:
| Q |
251 |
tttcaagtatggagacaatggatggatcaaacacctttaagtatattggacccaaatattaaagaagattattctacaaatgaagtcattaagtgcattc |
350 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22001623 |
tttcaggtatggagacagtggatggataaaacacctttaaatatattggacccaaatattaaaggagattattctaaaactgaagtcattaagtgcattc |
22001524 |
T |
|
| Q |
351 |
agattggtctattatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaatcgtgacagttgcttcttatcttagcagttatgcaattgatttaccaactcc |
450 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| |||| |||||| |
|
|
| T |
22001523 |
agattggtctattatgtgttcaaaatgacccagaggctagaccttcaatcttgacaattgcttcttatcttagcagtcattcaattgagttacgaactcc |
22001424 |
T |
|
| Q |
451 |
acaagaacctgcgtttttcttgcatggtaga |
481 |
Q |
| |
|
|||| ||||||| |||||| |||| |||||| |
|
|
| T |
22001423 |
acaacaacctgcatttttcctgcaaggtaga |
22001393 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 251 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 21967353 - 21967121
Alignment:
| Q |
251 |
tttcaagtatggagacaatggatggatcaaacacctttaagtatattggacccaaatattaaagaagattattctacaaatgaagtcattaagtgcattc |
350 |
Q |
| |
|
||||| || |||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21967353 |
tttcaggtgtggagacagtggatggataaaacacctttaaatatattggacccaaatattaaaggagatttttctaaaactgaagtcattaagtgcattc |
21967254 |
T |
|
| Q |
351 |
agattggtctattatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaatcgtgacagttgcttcttatcttagcagttatgcaattgatttaccaactcc |
450 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
21967253 |
agattggtctattatgtgttcaaaatgatccagaggctagaccttcaatcttgacaattgcttcttatcttagcagtcattcaattgagttaccaactcc |
21967154 |
T |
|
| Q |
451 |
acaagaacctgcgtttttcttgcatggtagaac |
483 |
Q |
| |
|
|||| ||||||| |||||| |||| |||||||| |
|
|
| T |
21967153 |
acaacaacctgcatttttcctgcaaggtagaac |
21967121 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 251 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 21967799 - 21967569
Alignment:
| Q |
251 |
tttcaagtatggagacaatggatggatcaaacacctttaagtatattggacccaaatattaaagaagattattctacaaatgaagtcattaagtgcattc |
350 |
Q |
| |
|
||||| || |||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21967799 |
tttcaggtgtggagacagtggatggataaaacacctttaaatatattggacccaaatattaaaggagatttttctaaaactgaagtcattaagtgcattc |
21967700 |
T |
|
| Q |
351 |
agattggtctattatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaatcgtgacagttgcttcttatcttagcagttatgcaattgatttaccaactcc |
450 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
21967699 |
agattggtctattatgtgttcaaaatgatccagaggctagaccttcaatcttgacaattgcttcttatcttagcagtcattcaattgagttaccaactcc |
21967600 |
T |
|
| Q |
451 |
acaagaacctgcgtttttcttgcatggtaga |
481 |
Q |
| |
|
|||| ||||||| |||||| |||| |||||| |
|
|
| T |
21967599 |
acaacaacctgcatttttcctgcaaggtaga |
21967569 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 17 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 20235776 - 20235665
Alignment:
| Q |
17 |
attatgtgagtgtaatgatctaacaatagtaccctttcatttttccttttatgataaatgcatatactctcgagtcagaacatggaacaatctttagtcg |
116 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||| ||||||||| ||||||||| |||| | |
|
|
| T |
20235776 |
attatgtgagtgtaatgatctaacaatagtgccctttcatttttcgtattatgataaatatatatacgctctagtcagaacttggaacaataattagaca |
20235677 |
T |
|
| Q |
117 |
gagtttatatat |
128 |
Q |
| |
|
|| ||||||||| |
|
|
| T |
20235676 |
gattttatatat |
20235665 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 17 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 22129760 - 22129649
Alignment:
| Q |
17 |
attatgtgagtgtaatgatctaacaatagtaccctttcatttttccttttatgataaatgcatatactctcgagtcagaacatggaacaatctttagtcg |
116 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||| ||||||||| ||||||||| |||| | |
|
|
| T |
22129760 |
attatgtgagtgtaatgatctaacaatagtgccctttcatttttcgtattatgataaatatatatacgctctagtcagaacttggaacaataattagaca |
22129661 |
T |
|
| Q |
117 |
gagtttatatat |
128 |
Q |
| |
|
|| ||||||||| |
|
|
| T |
22129660 |
gattttatatat |
22129649 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 260 - 372
Target Start/End: Original strand, 20233749 - 20233861
Alignment:
| Q |
260 |
tggagacaatggatggatcaaacacctttaagtatattggacccaaatattaaa-gaagattattctacaaatgaagtcattaagtgcattcagattggt |
358 |
Q |
| |
|
|||| |||||||| |||| ||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| || |||||| ||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
20233749 |
tggaaacaatggagggatgaaataccattaagcatattagacccaaatattaaaggaaga-tattctgaaattgaagtaattaaatgcattcagattggt |
20233847 |
T |
|
| Q |
359 |
ctattatgtgttca |
372 |
Q |
| |
|
||||||| ||||| |
|
|
| T |
20233848 |
ttattatgcgttca |
20233861 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 260 - 372
Target Start/End: Original strand, 22127733 - 22127845
Alignment:
| Q |
260 |
tggagacaatggatggatcaaacacctttaagtatattggacccaaatattaaa-gaagattattctacaaatgaagtcattaagtgcattcagattggt |
358 |
Q |
| |
|
|||| |||||||| |||| ||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| || |||||| ||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
22127733 |
tggaaacaatggagggatgaaataccattaagcatattagacccaaatattaaaggaaga-tattctgaaattgaagtaattaaatgcattcagattggt |
22127831 |
T |
|
| Q |
359 |
ctattatgtgttca |
372 |
Q |
| |
|
||||||| ||||| |
|
|
| T |
22127832 |
ttattatgcgttca |
22127845 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 75
Target Start/End: Original strand, 22207226 - 22207281
Alignment:
| Q |
20 |
atgtgagtgtaatgatctaacaatagtaccctttcatttttccttttatgataaat |
75 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
22207226 |
atgtgagtgttatgatctaactataggaccctttcatttttcctattatgataaat |
22207281 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 65
Target Start/End: Complemental strand, 18979373 - 18979328
Alignment:
| Q |
20 |
atgtgagtgtaatgatctaacaatagtaccctttcatttttccttt |
65 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18979373 |
atgtgagtgcaatgatctagcagtagtatcctttcatttttccttt |
18979328 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 65
Target Start/End: Complemental strand, 20083669 - 20083624
Alignment:
| Q |
20 |
atgtgagtgtaatgatctaacaatagtaccctttcatttttccttt |
65 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20083669 |
atgtgagtgcaatgatctagcagtagtatcctttcatttttccttt |
20083624 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 260 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 10401239 - 10401126
Alignment:
| Q |
260 |
tggagacaatggatggatcaaacacctttaagtatattggacccaaatattaaagaagattattctacaaatgaagtcattaagtgcattcagattggtc |
359 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||| | | |||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| | |||| ||||| || ||||||||||||||| |
|
|
| T |
10401239 |
tggagacaatggagtgatcaaataacattaagtatattggaccaaaatattaaaggaacttattctgaatatgaggtcatcaaatgcattcagattggtt |
10401140 |
T |
|
| Q |
360 |
tattatgtgttcaa |
373 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |
|
|
| T |
10401139 |
tattatgtgttcaa |
10401126 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 257 - 373
Target Start/End: Original strand, 47593883 - 47593996
Alignment:
| Q |
257 |
gtatggagacaatggatggatcaaacacctttaagtatattggacccaaatattaaagaagattattctacaaatgaagtcattaagtgcattcagattg |
356 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| | || |||| || |||| |||||||| ||||| ||| ||| |||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
47593883 |
gtatggagacaatggaagaatgaaactccattaatcatattggatccaaaaatt---gaaaattattctcgtattgaagttattaagtgcatacagattg |
47593979 |
T |
|
| Q |
357 |
gtctattatgtgttcaa |
373 |
Q |
| |
|
|| | |||||||||||| |
|
|
| T |
47593980 |
gtttgttatgtgttcaa |
47593996 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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