View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11209_low_1 (Length: 720)

Name: NF11209_low_1
Description: NF11209
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11209_low_1
NF11209_low_1
[»] chr1 (23 HSPs)
chr1 (1-713)||(13086035-13086747)
chr1 (2-570)||(13271515-13272083)
chr1 (2-579)||(13244210-13244784)
chr1 (1-521)||(13080609-13081129)
chr1 (1-521)||(19278912-19279432)
chr1 (6-319)||(12963821-12964134)
chr1 (1-487)||(13204387-13204870)
chr1 (1-471)||(30367905-30368372)
chr1 (1-487)||(13069957-13070440)
chr1 (3-487)||(13007130-13007611)
chr1 (33-475)||(13065006-13065445)
chr1 (1-487)||(13100929-13101411)
chr1 (1-484)||(13094327-13094807)
chr1 (380-500)||(12963676-12963796)
chr1 (1-471)||(13129756-13130223)
chr1 (1-471)||(13161449-13161916)
chr1 (389-487)||(13214132-13214230)
chr1 (236-487)||(19727316-19727564)
chr1 (622-713)||(19278729-19278817)
chr1 (671-713)||(13080447-13080489)
chr1 (667-709)||(30367679-30367721)
chr1 (648-713)||(12963472-12963537)
chr1 (648-713)||(13244106-13244171)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (382-487)||(31396456-31396562)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (279-316)||(12176004-12176041)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 665; Significance: 0; HSPs: 23)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 665; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 713
Target Start/End: Original strand, 13086035 - 13086747
Alignment:
Q  1 cagctgcaaccattttcatttgaacaatgctaatatctttcccaagacaacttcgaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||     
T  13086035 cagctgcaaccattttcatttgaacaatgctaatatctttcccaagacaacttcgaggacctgcattaaatgctatgaacttgcaagatggtacatgcaa 13086134  T
Q  101 aatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccccatatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  13086135 aatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccccatatttgtttcatccttcccattgcatacaaagagtatatt 13086234  T
Q  201 aacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgctt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13086235 aacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgctt 13086334  T
Q  301 cacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaattagtgaccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13086335 cacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaattagtgaccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctc 13086434  T
Q  401 ttgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaactgttccacttcctgcagctaagagattg 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13086435 ttgaattattttagcttccactatgaaatgagttgaaacaagccaagagaaccaacttagacctgaactaactgttccacttcctgcagctaagagattg 13086534  T
Q  501 gatgcagtgtctctaatatacttatcaatttcaaccattgcctcatttcccaagccttccttcattagtgcctttagcaagtaaaaatggctttcatcaa 600  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13086535 aatgcagtgtctctaatatacttatcaatttcaaccatttcctcatttcccaagccttccttcatcagtgcctttagcaagtaaaaatggctttcatcaa 13086634  T
Q  601 aatcttcaccgtttcgcaatcttcttctctcttcatcacctttggaataataagttatacatttggacaagaattggtgaagattttcttgagctacctt 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13086635 aatcttcaccgtttcgcaatcttcttctctcttcatcacctttggaataataagttatacatttggacaagaattggtgaagattttcttgagctacctt 13086734  T
Q  701 gtacttcttctct 713  Q
    |||||||||||||    
T  13086735 gtacttcttctct 13086747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 2 - 570
Target Start/End: Original strand, 13271515 - 13272083
Alignment:
Q  2 agctgcaaccattttcatttgaacaatgctaatatctttcccaagacaacttcgaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcata 101  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  13271515 agctgcaaccattttcatttgaataaagctaatatctttcccaagacagcttctaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagatggtacatgtata 13271614  T
Q  102 atatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccccatatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatatta 201  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||| |||   ||||||||  |||| ||| |||||||||||||| | |||||||||||    
T  13271615 atttgtcctttatctgatatccatctctcaggcttaaactccaagcaatcaccaccccatacatgttccattcttcccattgcatacaaagagtatatta 13271714  T
Q  202 acttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttc 301  Q
    |||| || |||||   |||||  | ||||||||||||||||||||  || | |||||||||||| | |||||||| |||||||||||| ||||| | |||    
T  13271715 actttgtgtttggaccaacatggtgtccactaggtagtatatcagaattaactgcacacttgtgatcaaatggtataggaggataaagtctcaaggtttc 13271814  T
Q  302 acatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaattagtgaccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctct 401  Q
    |||||||||| |||||||||| |  || |||| ||  ||||||||  |||||||| ||| |||||| ||||| |||| |||||||| |||||| ||||||    
T  13271815 acatatagctgcatgaaggtaaatcagcttatcaatgttttcaacatttaaattattgatcaaattctcctcttgtgttagacaatgatctttgatctct 13271914  T
Q  402 tgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaactgttccacttcctgcagctaagagattgg 501  Q
    ||||| | ||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||     
T  13271915 tgaataagttttgcttccacattaggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaactgttccatttcctgcagccaagagagtga 13272014  T
Q  502 atgcagtgtctctaatatacttatcaatttcaaccattgcctcatttcccaagccttccttcattagtg 570  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||  | || | || |||||||||||||||||||||||||    
T  13272015 atgcagtgtctctaatatacttttcattttcattcgtttcttcctttcccaagccttccttcattagtg 13272083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 2 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 13244784 - 13244210
Alignment:
Q  2 agctgcaaccattttcatttgaacaatgctaatatctttcccaagacaacttcgaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcata 101  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  |||    
T  13244784 agctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacggtacatttata 13244685  T
Q  102 atatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccccatatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatatta 201  Q
    ||   |||| || ||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||| ||||| |    
T  13244684 atccctcctctagctgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcatctccccatatttgttgcatccttcccattgcatacaaagaatatatca 13244585  T
Q  202 acttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttc 301  Q
    |||| ||||||||   |||||  |||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||| | |||    
T  13244584 actttgtatttggaccaacatgttctccactaggtagtatatcagatttgatagcgcacttgtgctgaaatgccagaggaggatatagcctcaaggtttc 13244485  T
Q  302 acatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaattagtgaccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctct 401  Q
    |||||| |||||||||||||| || || |||| || |||||| ||  |||||||| |||  ||||| ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  13244484 acatatggctccatgaaggtaaacaagcttatcaatcttttccacgtttaaattattgattaaattctcctcttgtgttagacaattatctttgatctct 13244385  T
Q  402 tgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaactgttccacttcctgcagctaagagattgg 501  Q
    ||||| ||||| |||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| | ||||||||      
T  13244384 tgaataattttcgcttccccaataggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaattgttccatttcctgcaccgaagagattta 13244285  T
Q  502 atgcagtgtctctaatatacttatcaatttcaaccattgcctcatttcccaagccttccttcattagtgcctttagca 579  Q
      ||||||||||| |||||||| |||   || | |||| || | |||||||| | ||||||||||||| | |||||||    
T  13244284 ccgcagtgtctctgatatacttctca---tcgatcatttccccctttcccaatctttccttcattagttcttttagca 13244210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 13081129 - 13080609
Alignment:
Q  1 cagctgcaaccattttcatttgaacaatgctaatatctttcccaagacaacttcgaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| || ||||||||||| ||||| || || || ||    
T  13081129 cagctgcaaccattttcatttgaagaaaactaatatctttcccaagacagcttcttggacctgcattaaacgctatgaacttataagacggcacttgtat 13081030  T
Q  101 aatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccccatatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatatt 200  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || |||| |||||  ||||||||||| | |||||||||||||||||| | ||| ||||||    
T  13081029 aatttgtcctctatctgatatccatctctcaggcttaaactccaagcaatcctctccccatatttgctccatccttcccattgcatacaaagaatatatt 13080930  T
Q  201 aacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgctt 300  Q
    ||||| ||||||||  ||||||  ||||||||||| ||| |||| | |||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||| || ||||    
T  13080929 aactttgtatttggactaacatggtctccactaggaagtttatccgatttgatagcacacttgtgctgaaatgctacagaaggatatagccttaaggctt 13080830  T
Q  301 cacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaattagtgaccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctc 400  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||| |||| ||||| ||| || | |||||||| ||  ||||| || || |||  || |||||||||||| |||||    
T  13080829 cacatatggctccatgaaggtaaactagcttatcaagctcttccacacctaaattagcgataaaattctcatcgtgttttaaacaattatctttgatctc 13080730  T
Q  401 ttgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaactgttccacttcctgcagctaagagattg 500  Q
    |||||| |||||| | || ||  | ||||| |||||||| |||||||| |||||| | ||||||| ||||| ||||||| |||||||| | |||||||||    
T  13080729 ttgaataattttaccatctaccctaggatgcgttgaaaccagccaaaaaaaccaagtgagacctgtactaattgttccatttcctgcaaccaagagattg 13080630  T
Q  501 gatgcagtgtctctaatatac 521  Q
      || ||| ||||||||||||    
T  13080629 attgtagtatctctaatatac 13080609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 19279432 - 19278912
Alignment:
Q  1 cagctgcaaccattttcatttgaacaatgctaatatctttcccaagacaacttcgaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |   |||||||||| || ||||| ||||  ||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||| ||    
T  19279432 cagctgcaaccattttcatttgaaggaaagtaatatcttttccgagacagcttctcggacctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtat 19279333  T
Q  101 aatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccccatatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatatt 200  Q
    ||| |||||| |||| |||||||||||||| |||  |||||| | || ||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  19279332 aatttgtcctctatccgatatccatctctcaggccgaaattctaggcaatcatcaccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatatt 19279233  T
Q  201 aacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgctt 300  Q
    ||||| |||||| |  ||||||  |||||||||||||||||||| |  || | |||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||| || ||||    
T  19279232 aactttgtatttagactaacatggtctccactaggtagtatatcggaattaactgcacacttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggctt 19279133  T
Q  301 cacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaattagtgaccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctc 400  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||| |||| ||||| ||  || || ||||| |||| |||||||||||| | || || ||| ||| | || |||||    
T  19279132 cacatatagctccatgaagataaactagcttatcaagctctttcacactaaaatttgtgatcaaattatcctcttttgttaaacagttaaccttgatctc 19279033  T
Q  401 ttgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaactgttccacttcctgcagctaagagattg 500  Q
    |||||| ||||| ||||| || || ||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||| | |||||||| |||||||||    
T  19279032 ttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaattgttccattacctgcagccaagagattg 19278933  T
Q  501 gatgcagtgtctctaatatac 521  Q
       ||||||||||||||||||    
T  19278932 agagcagtgtctctaatatac 19278912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 6 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 12964134 - 12963821
Alignment:
Q  6 gcaaccattttcatttgaacaatgctaatatctttcccaagacaacttcgaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatat 105  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || || ||||| |    
T  12964134 gcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaatgctatgaacttataagatggcacttgtataattt 12964035  T
Q  106 gtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccccatatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaactt 205  Q
     |||| ||| |||||||||||| || ||||||||||| |||| ||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||| ||||| |||||    
T  12964034 ctcctctatttgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactt 12963935  T
Q  206 agtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttcacat 305  Q
     ||||||||  ||||||  ||||||||||||| |||||| | ||| |||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||| || ||||||||     
T  12963934 tgtatttggactaacatggtctccactaggtaatatatctgatttaattgcacacttgtgttcaaatggtataggaggataaagccttaaagcttcacaa 12963835  T
Q  306 atagctccatgaag 319  Q
    ||||||||||||||    
T  12963834 atagctccatgaag 12963821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 157; E-Value: 4e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 487
Target Start/End: Original strand, 13204387 - 13204870
Alignment:
Q  1 cagctgcaaccattttcatttgaacaatgctaatatctttcccaagacaacttcgaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcat 100  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||  |  |||| |||||| || | |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  13204387 cagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacccaaacaacttctaggacctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtat 13204486  T
Q  101 aatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccccatatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatatt 200  Q
    ||| |||||| | ||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||  || |  ||||||||||||| |||||||||||| || || | |||||| | |    
T  13204487 aatgtgtcctgtctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaat 13204586  T
Q  201 aacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgctt 300  Q
    ||| | ||||||||  |||||   |||||||||||||||||||| | ||||||||||||  | |||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  13204587 aaccttgtatttggactaacacgctctccactaggtagtatatcggatttgattgcacatatatgctcaaaaggtacaggaggataaagtctcaaggctt 13204686  T
Q  301 cacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaattagtgaccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |  ||| ||||  |   ||  | |  ||| ||||| ||||   |||| |||||||| || ||    
T  13204687 cacatatagctccatgaaggtacactagcttatcaagatactcatctctcga---aggaatctgattctcctcttgtgtaggacagttatctttgatttc 13204783  T
Q  401 ttgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaactgttccacttcctgc 487  Q
    |||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||    
T  13204784 ttgaattattttggcttccacaataggatgagtggaaacaagccaaaaaaaccaacttagacctgaactagctggaccacttcctgc 13204870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 145; E-Value: 6e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 30368372 - 30367905
Alignment:
Q  1 cagctgcaaccattttcatttgaacaatgctaatatctttcccaagacaacttcgaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcat 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |  |||| |||||| || | |||||||| ||| |||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  30368372 cagctgcaaccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtat 30368273  T
Q  101 aatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccccatatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatatt 200  Q
    ||| |||||| | ||||||| ||||||||| ||||||||||| | || ||| |  |||||||||| || |||||||||||| ||||| | |||||| |||    
T  30368272 aatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatcttctccccatattttttccatccttcccatagcatacaaagagtaaatt 30368173  T
Q  201 aacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgctt 300  Q
    ||||| ||||||||  ||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||   |  ||| ||| ||||||| |||||| | |||||  | ||    
T  30368172 aacttggtatttggactaacattctctccactaggtagtatatcagatttgattgcactgataagctcaaaaggtacagtaggatacaacctcatggatt 30368073  T
Q  301 cacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaattagtgaccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctc 400  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| |||| |||  |||| ||  || |   ||| | | |||| || |  | ||||| |||||||||||| |||||    
T  30368072 cacatatagctccatggaggtagactagcttatcaaggctttccaccattga---agttatccaattctcatgttttgatacacaattatctttgatctc 30367976  T
Q  401 ttgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaa 471  Q
    |||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||| |||| ||||||||    
T  30367975 ttgaataattttggcttccacaataggatgagttgaaacaagccagaaaaaccaactgagacttgaactaa 30367905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 137; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 13070440 - 13069957
Alignment:
Q  1 cagctgcaaccattttcatttgaacaatgctaatatctttcccaagacaacttcgaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcat 100  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||  |  |||| |||||| || | ||||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||    
T  13070440 cagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacccaaacaacttctcggacctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggaacatgtat 13070341  T
Q  101 aatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccccatatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatatt 200  Q
    ||| |||||| | ||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||  || |  ||||||||||||| |||||||||||| || || | |||||| | |    
T  13070340 aatgtgtcctgtctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaat 13070241  T
Q  201 aacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgctt 300  Q
    ||| | ||||||||  |||||   |||||||||||||||||||| | ||||||||||||  | |||| ||| ||||||||||||||||| ||||| | ||    
T  13070240 aaccttgtatttggactaacacgctctccactaggtagtatatcggatttgattgcacatatatgctcaaaaggtacaggaggataaagtctcaaggttt 13070141  T
Q  301 cacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaattagtgaccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |   || ||||  ||  |||   |  ||| ||||| ||||   | || ||||||||||| ||    
T  13070140 cacatatagctccatgaaggtacactagattatcaagatccacatctctccaaggagt---ctgattctcctcttgtgtgggccagttatcttttatttc 13070044  T
Q  401 ttgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaactgttccacttcctgc 487  Q
    |||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||| ||| |||||||    
T  13070043 ttgaataattttggcttccacaataggatgagttgaaacaagccagaaaaaccaactgagacctgaagtaactgtgccatttcctgc 13069957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 135; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 3 - 487
Target Start/End: Original strand, 13007130 - 13007611
Alignment:
Q  3 gctgcaaccattttcatttgaacaatgctaatatctttcccaagacaacttcgaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataa 102  Q
    ||||| ||||| ||||||||||  | ||||||||| || || | |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  13007130 gctgcgaccatcttcatttgaatgaagctaatatccttgcccatacaacttctaggacctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataa 13007229  T
Q  103 tatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccccatatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaa 202  Q
    | |||||| | ||||| | ||||||||| ||||||||||| | ||  || |  ||||||||||||| |||||||||||| || || | |||||| | |||    
T  13007230 tgtgtcctctctctgacacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataa 13007329  T
Q  203 cttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttca 302  Q
    | | ||||||||  |||||   |||||||||||||||||||| |  |||||||||||  | |||| ||| ||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  13007330 ccttgtatttggactaacacgctctccactaggtagtatatcggaattgattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcatggcttca 13007429  T
Q  303 catatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaattagtgaccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctctt 402  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||| |||| ||| |   || |||| |||  |||   |  ||| ||||| ||||   | || |||||||| || ||||    
T  13007430 catagagctccatggaggtacactagcttatcaagatccacatctctcaaaggagt---ctgattctcctcttgtgtgggccagttatctttgatttctt 13007526  T
Q  403 gaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaactgttccacttcctgc 487  Q
    |||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||    
T  13007527 gaataattttggcttccacaataggatgagttgaaacaagccagaaaaaccaactgagacctgaactaattgtgccatttcctgc 13007611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 133; E-Value: 9e-69
Query Start/End: Original strand, 33 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 13065445 - 13065006
Alignment:
Q  33 atatctttcccaagacaacttcgaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgg 132  Q
    |||||||| || | ||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||  | | ||||||||||||||| |    
T  13065445 atatctttacccaaacaacttcttggccctgcattgaaagctatgaacttgtaagacggtacatgtataatttgtccgctttttgatatccatctctcag 13065346  T
Q  133 gcttaaattcgaagcgatccttaccccatatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccact 232  Q
    |||||||||| | ||  || |  ||||||||||  | |||||||||||||| ||| | | |||||| || | | ||||||||  | ||||   |||||||    
T  13065345 gcttaaattccatgcagtcttctccccatattttctccatccttcccattgaatacaaatagtataatatccttgtatttggacttacatggactccact 13065246  T
Q  233 aggtagtatatcagctttgattgcacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctccatgaaggtacactagttta 332  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||  |  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||| | |||||||    
T  13065245 aggaagtatatcagctttgattgcaaacttttgctcgataggtacaggaggataaagccttaaggcttcacatatagctccgtggaggtaaattagttta 13065146  T
Q  333 ttaagcttttcaactcttaaattagtgaccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctcttgaattattttagcttccactatgggatgag 432  Q
    | ||||||||| ||  || |   ||| | ||| || || ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||| |  ||||||     
T  13065145 tcaagcttttccacaattga---agtaatcaagttttcatcatcagatagacaattatctttcatctcttgaataatcttggcttccacaacaggatgac 13065049  T
Q  433 ttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaactgt 475  Q
     |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13065048 atgaaacaagccaaaagaaccaactgagacctgaactaactgt 13065006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 487
Target Start/End: Original strand, 13100929 - 13101411
Alignment:
Q  1 cagctgcaaccattttcatttgaacaatgctaatatctttcccaagacaacttcgaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcat 100  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||  | ||||||||| || || | |||||||| ||| |||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  13100929 cagctgcgaccatcttcatttgaatgaagctaatatccttacccatacaacttctaggtcctg-attgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtat 13101027  T
Q  101 aatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccccatatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatatt 200  Q
    ||| |||||| | ||||| | ||||||||| ||||||||||| | ||  || |  ||||||||||||| |||||||||||| || || | |||||| | |    
T  13101028 aatgtgtcctctctctgacacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaat 13101127  T
Q  201 aacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgctt 300  Q
    ||| | ||||||||  ||| |   ||||||||||| |||||||| | |||||||| |||  | |||| ||| ||||||||||||||||||||||| | ||    
T  13101128 aaccttgtatttggactaaaacgctctccactaggaagtatatcggatttgattgaacatatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcaaggttt 13101227  T
Q  301 cacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaattagtgaccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctc 400  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| |  ||| ||||  |   ||  | |  ||| ||||| ||||   |||| |||||||| || ||    
T  13101228 cacatatagctccatggaggtacactagcttatcaagatactcatctctcga---aggaatctgattctcctcttgtgtaggacagttatctttgatttc 13101324  T
Q  401 ttgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaactgttccacttcctgc 487  Q
    |||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||||  ||| |||||||    
T  13101325 ttgaattattttggcttccacaataggatgagtggaaacaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaactgggccatttcctgc 13101411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 484
Target Start/End: Original strand, 13094327 - 13094807
Alignment:
Q  1 cagctgcaaccattttcatttgaacaatgctaatatctttcccaagacaacttcgaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcat 100  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||  |  ||||||||||| || | |||| |||  || ||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  13094327 cagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaatatctttacctatacaaattctgggtcctgtgttgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtat 13094426  T
Q  101 aatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccccatatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatatt 200  Q
    ||||| |||  | || |||||||||||||| ||||||||||| | ||  || |  ||||||||||||| |||||||||||| | ||| | |||||| |||    
T  13094427 aatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagaatacaaagagtaaatt 13094526  T
Q  201 aacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgctt 300  Q
    ||  | ||||||||  ||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||||  | |||| ||| |||||||||||||||||||| || | ||    
T  13094527 aaagttgtatttggagtaacatggtatccactaggtagtatatcagatttgattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagccttaaggttt 13094626  T
Q  301 cacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaattagtgaccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctc 400  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| |   || | || ||   ||| | |  || ||||||  ||| ||  ||||||||| | |||||    
T  13094627 cacatatagctccatggaggtatactagcttatcaagatccacatccctcaa---agtaatccgataatcctctcgtgttaaccaattatctctgatctc 13094723  T
Q  401 ttgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaactgttccacttcc 484  Q
    |||||| |||||  ||||||| || |||| |||||||| |||||| || |||||||| ||| ||||||||| ||| ||| ||||    
T  13094724 ttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaagaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaattgtaccatttcc 13094807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 380 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 12963796 - 12963676
Alignment:
Q  380 tagacaattatcttttatctcttgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaactgttcca 479  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12963796 tagaaaattatctttaatctcttgaataattttagtttccacaataggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaactgttcca 12963697  T
Q  480 cttcctgcagctaagagattg 500  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  12963696 cttcctgcagctaagagattg 12963676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 471
Target Start/End: Original strand, 13129756 - 13130223
Alignment:
Q  1 cagctgcaaccattttcatttgaacaatgctaatatctttcccaagacaacttcgaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcat 100  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||  |  |||| |||||| || | |||| |||  || ||||  ||||| |||| |||||||||||| |||||||| ||    
T  13129756 cagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacctatacaaattctgggtcctgtgttgaaagctacgaacttgtaagatggtacatgtat 13129855  T
Q  101 aatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccccatatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatatt 200  Q
    ||||| |||  | || |||||||||||||| ||||||||||| | ||  || |  ||||||||||||| |||||||||||| | ||| | |||||| ||     
T  13129856 aatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagaatacaaagagtaaatc 13129955  T
Q  201 aacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgctt 300  Q
    ||  | ||||||||  ||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||| |||  | |||| ||| |||| ||||||||||||||| || | ||    
T  13129956 aaagttgtatttggactaacatggtatccactaggtagtatatcagatttgattgaacagatatgctcaaaaggtataggaggataaagccttaaggttt 13130055  T
Q  301 cacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaattagtgaccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctc 400  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| |   ||   || ||   ||| | |  |||| |||| |||| ||  ||||||||||| |||||    
T  13130056 cacatatagctccatggaggtatactagcttatcaagatccacatgcctcaa---agtaatccgattaccctcttgtgttaaccaattatctttgatctc 13130152  T
Q  401 ttgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaa 471  Q
    |||||| |||||  ||||||| || |||| |||||||| |||||| || |||||||| ||| |||||||||    
T  13130153 ttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaagaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaa 13130223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 471
Target Start/End: Original strand, 13161449 - 13161916
Alignment:
Q  1 cagctgcaaccattttcatttgaacaatgctaatatctttcccaagacaacttcgaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcat 100  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||  |  |||| |||||| || | |||| |||  || ||||  ||||| | ||||||||||||||| |||||||| ||    
T  13161449 cagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacctatacaaattctgggtcctgtgttgaaagatatgaacttgtaagaaggtacatgtat 13161548  T
Q  101 aatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccccatatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatatt 200  Q
    ||||| |||  | || |||||||||||||| ||||||||||| | ||  || |  ||||||| ||||| |||||| ||||| | ||| |||||||| |||    
T  13161549 aatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttccccccatagttgttccatcctgcccatagaatacatagagtacatt 13161648  T
Q  201 aacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgctt 300  Q
    ||  | ||||||||  ||| |   |||||||||||||||||||| | ||||||||||||  | |||| ||| |||| ||| ||||||||||| || | ||    
T  13161649 aaacttgtatttggactaatacgttctccactaggtagtatatcggatttgattgcacagatatgctcaaaaggtataggtggataaagccttaaggttt 13161748  T
Q  301 cacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaattagtgaccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctc 400  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| |||| |||     || | || ||| ||   | |  ||||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||    
T  13161749 cacatatagctccatggaggtatactagcttatcaagaaccacatccctcaaaata---atccgattatcctcttgtgttagccaattatctttgatctc 13161845  T
Q  401 ttgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaa 471  Q
    |||||| |||||  ||||||| || |||| ||||||||  ||||| || |||||||| ||| |||||||||    
T  13161846 ttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaaggagccagaaaaaccaactgagagctgaactaa 13161916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 389 - 487
Target Start/End: Original strand, 13214132 - 13214230
Alignment:
Q  389 atcttttatctcttgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaactgttccacttcctgc 487  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| || |||||| | |||||||||| |||||  ||| |||||||    
T  13214132 atcttttatttcttgaataattttagcttccacaataagatgagttgaaacaagccagaaaaaccaaatgagacctgaacgaactgggccatttcctgc 13214230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 236 - 487
Target Start/End: Original strand, 19727316 - 19727564
Alignment:
Q  236 tagtatatcagctttgattgcacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctccatgaaggtacactagtttatta 335  Q
    |||||||| || ||||||||||||  | |||| ||| ||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| | |||| || ||||||||||| |||| |    
T  19727316 tagtatatgagatttgattgcacatatatgctcaaaaggtacaggaggataaagtctcaaggcttaacatagatctccgtggaggtacactagcttatca 19727415  T
Q  336 agcttttcaactcttaaattagtgaccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctcttgaattattttagcttccactatgggatgagttg 435  Q
    || |   || |||| |||  |||   |   || ||||| ||||   | || |||||||| || |||||||| ||||| ||||| || || |||||||| |    
T  19727416 agatccacatctctcaaaggagt---ctggttctcctcttgtgtgggccagttatctttgatttcttgaataattttggcttcgacaataggatgagtcg 19727512  T
Q  436 aaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaactgttccacttcctgc 487  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||  ||| |||||||    
T  19727513 aaacaagccaaaaaaaccaactgagacctgtactaactgggccatttcctgc 19727564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 622 - 713
Target Start/End: Complemental strand, 19278817 - 19278729
Alignment:
Q  622 ttcttctctcttcatcacctttggaataataagttatacatttggacaagaattggtgaagattttcttgagctaccttgtacttcttctct 713  Q
    ||||| |||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||||||| ||||||| ||  ||||||||||    
T  19278817 ttcttttctcttcatcacctttg---taataagatatacatttgttcaagaattcgtgaagattttctttagctaccgtgcccttcttctct 19278729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 671 - 713
Target Start/End: Complemental strand, 13080489 - 13080447
Alignment:
Q  671 gaattggtgaagattttcttgagctaccttgtacttcttctct 713  Q
    |||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  13080489 gaattgatgaagattttcttttgctaccttgtacttcttctct 13080447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 667 - 709
Target Start/End: Complemental strand, 30367721 - 30367679
Alignment:
Q  667 acaagaattggtgaagattttcttgagctaccttgtacttctt 709  Q
    |||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30367721 acaagaatcggtcaagattttcttcagctaccttgtacttctt 30367679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 648 - 713
Target Start/End: Complemental strand, 12963537 - 12963472
Alignment:
Q  648 taataagttatacatttggacaagaattggtgaagattttcttgagctaccttgtacttcttctct 713  Q
    ||||||| |||||| ||| |||||||||  |||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||    
T  12963537 taataagatatacaattgtacaagaatttatgaatattttcttgagctatattgttcttcttctct 12963472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 648 - 713
Target Start/End: Complemental strand, 13244171 - 13244106
Alignment:
Q  648 taataagttatacatttggacaagaattggtgaagattttcttgagctaccttgtacttcttctct 713  Q
    |||| ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||  |||| |||||  ||||||||||    
T  13244171 taatcagttatacatttctccaagaattggtgaagattttctctagctgccttgcccttcttctct 13244106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000003; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 382 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 31396562 - 31396456
Alignment:
Q  382 gacaattatcttttatctcttgaattattttagcttccactatgggatgagttg-aaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaactgttccac 480  Q
    |||| |||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||  | |||||||||| |||||||||| || |||||||  |||| |||||||| ||| |||     
T  31396562 gacagttatcttgaatctcttgaataattttggcttccacattaggatgagttgaaaacaagccagaaaaaccaaccgagacttgaactaattgtgccat 31396463  T
Q  481 ttcctgc 487  Q
    |||||||    
T  31396462 ttcctgc 31396456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 279 - 316
Target Start/End: Original strand, 12176004 - 12176041
Alignment:
Q  279 ggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctccatg 316  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  12176004 ggaggataaagcctcaaggcttcacataaagctccatg 12176041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University