View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11215_low_10 (Length: 210)

Name: NF11215_low_10
Description: NF11215
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11215_low_10
NF11215_low_10
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (12-210)||(43657223-43657421)
chr1 (13-178)||(41092521-41092686)
chr1 (13-181)||(41087753-41087921)
chr1 (49-191)||(41087762-41087904)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (13-191)||(38556546-38556724)
chr3 (13-187)||(38556523-38556697)
chr3 (23-191)||(38556460-38556633)
chr3 (13-170)||(38556513-38556670)
chr3 (13-124)||(2010492-2010603)
chr3 (22-191)||(38556428-38556607)
chr3 (116-191)||(38556342-38556417)
chr3 (104-181)||(38556325-38556402)
chr3 (116-188)||(38556372-38556449)
chr3 (88-181)||(2010513-2010606)
chr3 (134-190)||(2010505-2010561)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (13-170)||(47404706-47404863)
chr7 (49-191)||(47404715-47404857)
chr7 (13-191)||(47404760-47404948)
chr7 (148-191)||(47404990-47405033)
chr7 (127-181)||(47404911-47404965)
chr7 (42-119)||(47404992-47405069)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (13-180)||(22466116-22466283)
chr4 (66-191)||(22466142-22466267)
chr4 (49-192)||(47745091-47745234)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (22-192)||(36363100-36363270)
chr2 (49-197)||(36363275-36363423)
chr2 (13-98)||(28388878-28388963)
chr2 (93-181)||(28388876-28388964)
chr2 (22-169)||(36363096-36363243)
chr2 (21-139)||(36363306-36363424)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (23-67)||(23249808-23249852)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 171; Significance: 5e-92; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 12 - 210
Target Start/End: Original strand, 43657223 - 43657421
Alignment:
Q  12 atgaagagtagagctgagctaggcatgctaaagggtcgagttgagctgggcatgctgaagtgtcgagctgcgctgagcatgctgaagagtccagctgagc 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43657223 atgaagagtagagctgagctaggcatgctaaagggtcgagttgagctgggcatgctgaagggtcgagctgcgctgagcatgctgaagagtccagctgagc 43657322  T
Q  112 tggccatgctgaaaggacgagctgagctaagcatactgaagggatgagctgagctgagcatgttgaagggacgagctgagaagaatagttaaagcgtca 210  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  43657323 tggccatgctgaaaggacgagttgagctaagcatgctgaagggacgagctgagctaagcatgctgaagggacgagctgagtagaatagttaaagcgtca 43657421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 13 - 178
Target Start/End: Original strand, 41092521 - 41092686
Alignment:
Q  13 tgaagagtagagctgagctaggcatgctaaagggtcgagttgagctgggcatgctgaagtgtcgagctgcgctgagcatgctgaagagtccagctgagct 112  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||| |||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||| |||  || || ||||||    
T  41092521 tgaagagtagagctgagttgggcatgctgaagggttgagctaagctgggcatgctgaagggtcgagctaagctgggcatgcttaaggatcaagttgagct 41092620  T
Q  113 ggccatgctgaaaggacgagctgagctaagcatactgaagggatgagctgagctgagcatgttgaa 178  Q
    |  |||||||||||| || ||||||||  |||| ||||||||  ||| |||||||  |||||||||    
T  41092621 gagcatgctgaaaggtcgggctgagctgggcatgctgaagggtagagttgagctggacatgttgaa 41092686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 13 - 181
Target Start/End: Original strand, 41087753 - 41087921
Alignment:
Q  13 tgaagagtagagctgagctaggcatgctaaagggtcgagttgagctgggcatgctgaagtgtcgagctgcgctgagcatgctgaagagtccagctgagct 112  Q
    |||||||||||| |||| | |||||||| |||||| ||| ||| |||| ||| |||||| ||| ||||| | || ||||||||||| ||| |||| ||||    
T  41087753 tgaagagtagagttgagttgggcatgctgaagggttgagatgaactggacatactgaagggtccagctgaggtgggcatgctgaagggtcgagctaagct 41087852  T
Q  113 ggccatgctgaaaggacgagctgagctaagcatactgaagggatgagctgagctgagcatgttgaaggg 181  Q
    || ||||||||| || | || |||||| ||||| ||||| ||  | ||||||||| ||||| |||||||    
T  41087853 gggcatgctgaagggtcaagttgagctgagcatgctgaaaggtcgggctgagctgggcatgctgaaggg 41087921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 49 - 191
Target Start/End: Original strand, 41087762 - 41087904
Alignment:
Q  49 gagttgagctgggcatgctgaagtgtcgagctgcgctgagcatgctgaagagtccagctgagctggccatgctgaaaggacgagctgagctaagcatact 148  Q
    |||||||| |||||||||||||| || ||| ||  |||  ||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||||| || |||||| ||||  |||| ||    
T  41087762 gagttgagttgggcatgctgaagggttgagatgaactggacatactgaagggtccagctgaggtgggcatgctgaagggtcgagctaagctgggcatgct 41087861  T
Q  149 gaagggatgagctgagctgagcatgttgaagggacgagctgag 191  Q
    ||||||   || ||||||||||||| |||| || || ||||||    
T  41087862 gaagggtcaagttgagctgagcatgctgaaaggtcgggctgag 41087904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 99; Significance: 5e-49; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 13 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 38556724 - 38556546
Alignment:
Q  13 tgaagagtagagctgagctaggcatgctaaagggtcgagttgagctgggcatgctgaagtgtcgagctgcgctgagcatgctgaagagtccagctgagct 112  Q
    ||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  38556724 tgaagagtatagttgagcaaggcatgctgaagggtcgagctgagctgggcatgctgaagggtcgagctgagctgggcatgctgaaaagtccagctgagct 38556625  T
Q  113 ggccatgctgaaaggacgagctgagctaagcatactgaagggatgagctgagctgagcatgttgaagggacgagctgag 191  Q
     ||||| || || |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||  |||| | |||||||||||||||    
T  38556624 agccattctaaagggacgagctgagctgagcatgctgaagggacgagctgagctggtcatgctaaagggacgagctgag 38556546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 13 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 38556697 - 38556523
Alignment:
Q  13 tgaagagtagagctgagctaggcatgctaaagggtcgagttgagctgggcatgctgaagtgtcgagctgcgctgagcatgctgaagagtccagctgagct 112  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||| |||   ||| || ||| | | |||||||||    
T  38556697 tgaagggtcgagctgagctgggcatgctgaagggtcgagctgagctgggcatgctgaaaagtccagctgagctagccattctaaagggacgagctgagct 38556598  T
Q  113 ggccatgctgaaaggacgagctgagctaagcatactgaagggatgagctgagctgagcatgttgaagggacgagc 187  Q
    |  ||||||||| ||||||||||||||   ||| || |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38556597 gagcatgctgaagggacgagctgagctggtcatgctaaagggacgagctgagctgagcatgctgaagggacgagc 38556523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 23 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 38556633 - 38556460
Alignment:
Q  23 agctgagctaggcatgctaaagggtcgagttgagctgggcatgctgaagtgtcgagctgcgctgagcatgctgaagagtccagctgagctggccatgctg 122  Q
    ||||||||||| ||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||| | ||||||| ||||  |||||| ||| | | ||||||||||  |||||||    
T  38556633 agctgagctagccattctaaagggacgagctgagctgagcatgctgaagggacgagctgagctggtcatgctaaagggacgagctgagctgagcatgctg 38556534  T
Q  123 aaaggacgagctgagctaagc-----atactgaagggatgagctgagctgagcatgttgaagggacgagctgag 191  Q
    || |||||||| ||||| |||     || ||||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  38556533 aagggacgagccgagctgagctcaacatgctgaagggacgagccgagttgagcatgctgaagggacgagctgag 38556460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 13 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 38556670 - 38556513
Alignment:
Q  13 tgaagagtagagctgagctaggcatgctaaagggtcgagttgagctgggcatgctgaagtgtcgagctgcgctgagcatgctgaagagtccagctgagct 112  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||| ||  ||| || |||||| | ||| || ||| | ||||||| |||||||||||||||| | | |||||||||    
T  38556670 tgaagggtcgagctgagctgggcatgctgaaaagtccagctgagctagccattctaaagggacgagctgagctgagcatgctgaagggacgagctgagct 38556571  T
Q  113 ggccatgctgaaaggacgagctgagctaagcatactgaagggatgagctgagctgagc 170  Q
    || |||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| |||||||||    
T  38556570 ggtcatgctaaagggacgagctgagctgagcatgctgaagggacgagccgagctgagc 38556513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 13 - 124
Target Start/End: Original strand, 2010492 - 2010603
Alignment:
Q  13 tgaagagtagagctgagctaggcatgctaaagggtcgagttgagctgggcatgctgaagtgtcgagctgcgctgagcatgctgaagagtccagctgagct 112  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||  |||  |||||||||| ||  ||||||| |    
T  2010492 tgaagggtagagttgagctaggcatgctgaagggtcgagctgagctgggcatgctgaagggtcgagctgaactggacatgctgaagggtatagctgagtt 2010591  T
Q  113 ggccatgctgaa 124  Q
    || |||| ||||    
T  2010592 ggacatgttgaa 2010603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 22 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 38556607 - 38556428
Alignment:
Q  22 gagctgagctaggcatgctaaagggtcgagttgagctgggcatgctgaagtgtcgagctgcgctgagcatgctgaag-----agtccagctgagctggcc 116  Q
    ||||||||||  ||||||| ||||| |||| |||||||| |||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||     || | |||||||||   |    
T  38556607 gagctgagctgagcatgctgaagggacgagctgagctggtcatgctaaagggacgagctgagctgagcatgctgaagggacgagccgagctgagctcaac 38556508  T
Q  117 atgctgaaaggacgagctgagctaagcatactgaagggatgagctgagc-----tgagcatgttgaagggacgagctgag 191  Q
    |||||||| |||||||| ||| | ||||| ||||||||| |||||||||     |||||||| |||||||||||||||||    
T  38556507 atgctgaagggacgagccgagttgagcatgctgaagggacgagctgagctgagttgagcatgctgaagggacgagctgag 38556428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 116 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 38556417 - 38556342
Alignment:
Q  116 catgctgaaaggacgagctgagctaagcatactgaagggatgagctgagctgagcatgttgaagggacgagctgag 191  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| |||||  |||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38556417 catgctgaagggaagagctgagctgagcatggtgaagggacgagctaagctaagcatgttgaagggacgagctgag 38556342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 104 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 38556402 - 38556325
Alignment:
Q  104 agctgagctggccatgctgaaaggacgagctgagctaagcatactgaagggatgagctgagctgagcatgttgaaggg 181  Q
    ||||||||||  |||| |||| ||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||||  ||||||||||||    
T  38556402 agctgagctgagcatggtgaagggacgagctaagctaagcatgttgaagggacgagctgagctggacatgttgaaggg 38556325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 116 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 38556449 - 38556372
Alignment:
Q  116 catgctgaaaggacgagctgagctaagc-----atactgaagggatgagctgagctgagcatgttgaagggacgagct 188  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||     || ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38556449 catgctgaagggacgagctgagctgagctctacatgctgaagggaagagctgagctgagcatggtgaagggacgagct 38556372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 88 - 181
Target Start/End: Original strand, 2010513 - 2010606
Alignment:
Q  88 gcatgctgaagagtccagctgagctggccatgctgaaaggacgagctgagctaagcatactgaagggatgagctgagctgagcatgttgaaggg 181  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| || |||||||| ||   ||| ||||||||   ||||||| ||  ||||||||||||    
T  2010513 gcatgctgaagggtcgagctgagctgggcatgctgaagggtcgagctgaactggacatgctgaagggtatagctgagttggacatgttgaaggg 2010606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 134 - 190
Target Start/End: Original strand, 2010505 - 2010561
Alignment:
Q  134 tgagctaagcatactgaagggatgagctgagctgagcatgttgaagggacgagctga 190  Q
    ||||||| |||| ||||||||  ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||    
T  2010505 tgagctaggcatgctgaagggtcgagctgagctgggcatgctgaagggtcgagctga 2010561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 90; Significance: 1e-43; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 13 - 170
Target Start/End: Original strand, 47404706 - 47404863
Alignment:
Q  13 tgaagagtagagctgagctaggcatgctaaagggtcgagttgagctgggcatgctgaagtgtcgagctgcgctgagcatgctgaagagtccagctgagct 112  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||  || ||||||| ||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  47404706 tgaagagtagagttgagctaggcatgctgaagggttaagctgagctgagcattttgaagggtcgagctgagctgagcatgctgcagagtccagctgagct 47404805  T
Q  113 ggccatgctgaaaggacgagctgagctaagcatactgaagggatgagctgagctgagc 170  Q
    || ||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  47404806 ggtcatgctgaagggacaagctgagctaagcatgctgaagggacgagctgagttgagc 47404863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 49 - 191
Target Start/End: Original strand, 47404715 - 47404857
Alignment:
Q  49 gagttgagctgggcatgctgaagtgtcgagctgcgctgagcatgctgaagagtccagctgagctggccatgctgaaaggacgagctgagctaagcatact 148  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||  ||||| |||||||||  ||||| ||| ||||||||||  ||||||| |  | | |||||||||   ||| ||    
T  47404715 gagttgagctaggcatgctgaagggttaagctgagctgagcattttgaagggtcgagctgagctgagcatgctgcagagtccagctgagctggtcatgct 47404814  T
Q  149 gaagggatgagctgagctgagcatgttgaagggacgagctgag 191  Q
    |||||||  ||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  47404815 gaagggacaagctgagctaagcatgctgaagggacgagctgag 47404857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 13 - 191
Target Start/End: Original strand, 47404760 - 47404948
Alignment:
Q  13 tgaagagtagagctgagctaggcatgctaaagggtcgagttgagctgggcatgctgaagtgtcgagctgcgctgagcatgctgaagagtccagctgagct 112  Q
    ||||| || ||||||||||  |||||||  || ||| || |||||||| |||||||||| | | ||||| ||| |||||||||||| | | ||||||| |    
T  47404760 tgaagggtcgagctgagctgagcatgctgcagagtccagctgagctggtcatgctgaagggacaagctgagctaagcatgctgaagggacgagctgagtt 47404859  T
Q  113 g-gc----catgctgaaaggacgagctgagctaagc-----atactgaagggatgagctgagctgagcatgttgaagggacgagctgag 191  Q
    | ||    ||||||||| ||||||| |||| | |||     ||||||||| || ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  47404860 gagctcaacatgctgaagggacgagttgagttgagctcaacatactgaagtgacgagttgagctgagcatgctgaagggatgagctgag 47404948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 148 - 191
Target Start/End: Original strand, 47404990 - 47405033
Alignment:
Q  148 tgaagggatgagctgagctgagcatgttgaagggacgagctgag 191  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  47404990 tgaagggacgaggtgagctgagcatgctgaagggacgagctgag 47405033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 181
Target Start/End: Original strand, 47404911 - 47404965
Alignment:
Q  127 gacgagctgagctaagcatactgaagggatgagctgagctgagcatgttgaaggg 181  Q
    |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||  |||| |||||||    
T  47404911 gacgagttgagctgagcatgctgaagggatgagctgagctggacatgctgaaggg 47404965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 42 - 119
Target Start/End: Original strand, 47404992 - 47405069
Alignment:
Q  42 aagggtcgagttgagctgggcatgctgaagtgtcgagctgcgctgagcatgctgaagagtccagctgagctggccatg 119  Q
    ||||| |||| ||||||| ||||||||||| | ||||||| || ||||||||||||| ||  ||||||| ||| ||||    
T  47404992 aagggacgaggtgagctgagcatgctgaagggacgagctgagccgagcatgctgaagggtatagctgagttggacatg 47405069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 72; Significance: 6e-33; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 13 - 180
Target Start/End: Original strand, 22466116 - 22466283
Alignment:
Q  13 tgaagagtagagctgagctaggcatgctaaagggtcgagttgagctgggcatgctgaagtgtcgagctgcgctgagcatgctgaagagtccagctgagct 112  Q
    |||||||||||||||| |||| ||| || |||||||||| ||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||||  |||||||||| ||| ||||| |||    
T  22466116 tgaagagtagagctgaactagacatactgaagggtcgagctgagctgggtatgctgaagggtccagctgagctggccatgctgaagggtcgagctgtgct 22466215  T
Q  113 ggccatgctgaaaggacgagctgagctaagcatactgaagggatgagctgagctgagcatgttgaagg 180  Q
    |  ||||||||| ||||||| |||| | |||||  |||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  22466216 gagcatgctgaagggacgagttgagttgagcatgttgaagggtcgagctgagctgagcatgttgaagg 22466283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 66 - 191
Target Start/End: Original strand, 22466142 - 22466267
Alignment:
Q  66 ctgaagtgtcgagctgcgctgagcatgctgaagagtccagctgagctggccatgctgaaaggacgagctgagctaagcatactgaagggatgagctgagc 165  Q
    |||||| ||||||||| |||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| ||||| ||||||||| ||| ||||     
T  22466142 ctgaagggtcgagctgagctgggtatgctgaagggtccagctgagctggccatgctgaagggtcgagctgtgctgagcatgctgaagggacgagttgagt 22466241  T
Q  166 tgagcatgttgaagggacgagctgag 191  Q
    |||||||||||||||| |||||||||    
T  22466242 tgagcatgttgaagggtcgagctgag 22466267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 49 - 192
Target Start/End: Original strand, 47745091 - 47745234
Alignment:
Q  49 gagttgagctgggcatgctgaagtgtcgagctgcgctgagcatgctgaagagtccagctgagctggccatgctgaaaggacgagctgagctaagcatact 148  Q
    |||||||||  |||||| ||| | ||||||||| ||||  || ||||||| | | |||||| |||| || |||||| ||||||||||  ||   ||| ||    
T  47745091 gagttgagcaaggcatgttgacgggtcgagctgagctggacacgctgaagggacgagctgacctggtcacgctgaagggacgagctggcctggtcatgct 47745190  T
Q  149 gaagggatgagctgagctgagcatgttgaagggacgagctgaga 192  Q
    ||| || |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  47745191 gaatggttgagctgagctgagcacgctgaagggacgagctgaga 47745234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 22 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 36363270 - 36363100
Alignment:
Q  22 gagctgagctaggcatgctaaagggtcgagttgagctgggcatgctgaagtgtcgagctgcgctgagcatgctgaagagtccagctgagctggccatgct 121  Q
    |||||||||| | || ||| ||||| |||| |||| ||| |||||||||  || |||||| ||||  || ||||||| | | |||||| |||| || |||    
T  36363270 gagctgagctggtcacgctgaagggacgagctgagttggtcatgctgaatggttgagctgagctggtcacgctgaagggacgagctgacctggtcacgct 36363171  T
Q  122 gaaaggacgagctgagctaagcatactgaagggatgagctgagctgagcatgttgaagggacgagctgaga 192  Q
    ||| ||||||||||| ||   ||| ||||| || ||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||    
T  36363170 gaagggacgagctgacctggtcatgctgaatggttgagctgagctaagcacgctgaagggacgagctgaga 36363100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 49 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 36363423 - 36363275
Alignment:
Q  49 gagttgagctgggcatgctgaagtgtcgagctgcgctgagcatgctgaagagtccagctgagctggccatgctgaaaggacgagctgagctaagcatact 148  Q
    |||||||||  |||||||||||| ||||||||| ||| |||| || |||| | | ||||||| ||  || |||||| |||||||||||| |   ||   |    
T  36363423 gagttgagcaaggcatgctgaagggtcgagctgagctaagcacgccgaagggacgagctgagatgagcacgctgaagggacgagctgagttggtcacgtt 36363324  T
Q  149 gaagggatgagctgagctgagcatgttgaagggacgagctgagaagaat 197  Q
    ||||||| |||||||||||  || |||||||||||||||||||| ||||    
T  36363323 gaagggacgagctgagctggacacgttgaagggacgagctgagatgaat 36363275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 28388963 - 28388878
Alignment:
Q  13 tgaagagtagagctgagctaggcatgctaaagggtcgagttgagctgggcatgctgaagtgtcgagctgcgctgagcatgctgaag 98  Q
    ||||||||| || |||||| | |||||| || ||| ||||||||||| ||||||||||| || ||| || ||||||||||||||||    
T  28388963 tgaagagtaaagttgagctggccatgctgaatggtagagttgagctgagcatgctgaagggtggagttgagctgagcatgctgaag 28388878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 93 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 28388964 - 28388876
Alignment:
Q  93 ctgaagagtccagctgagctggccatgctgaaaggacgagctgagctaagcatactgaagggatgagctgagctgagcatgttgaaggg 181  Q
    |||||||||  || |||||||||||||||||| ||  ||| |||||| ||||| ||||||||  ||| ||||||||||||| |||||||    
T  28388964 ctgaagagtaaagttgagctggccatgctgaatggtagagttgagctgagcatgctgaagggtggagttgagctgagcatgctgaaggg 28388876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 36363243 - 36363096
Alignment:
Q  22 gagctgagctaggcatgctaaagggtcgagttgagctgggcatgctgaagtgtcgagctgcgctgagcatgctgaagagtccagctgagctggccatgct 121  Q
    |||||||| | | |||||| || ||| ||| |||||||| || ||||||| | |||||||  |||  || ||||||| | | |||||| |||| ||||||    
T  36363243 gagctgagttggtcatgctgaatggttgagctgagctggtcacgctgaagggacgagctgacctggtcacgctgaagggacgagctgacctggtcatgct 36363144  T
Q  122 gaaaggacgagctgagctaagcatactgaagggatgagctgagctgag 169  Q
    ||| ||  |||||||||||||||  ||||||||| |||||||| ||||    
T  36363143 gaatggttgagctgagctaagcacgctgaagggacgagctgagatgag 36363096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 21 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 36363424 - 36363306
Alignment:
Q  21 agagctgagctaggcatgctaaagggtcgagttgagctgggcatgctgaagtgtcgagctgcgctgagcatgctgaagagtccagctgagctggccatgc 120  Q
    |||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||  ||| || |||| | ||||||| | |||||| ||||||| | | ||||||| ||| || |     
T  36363424 agagttgagcaaggcatgctgaagggtcgagctgagctaagcacgccgaagggacgagctgagatgagcacgctgaagggacgagctgagttggtcacgt 36363325  T
Q  121 tgaaaggacgagctgagct 139  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  36363324 tgaagggacgagctgagct 36363306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 23 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 23249852 - 23249808
Alignment:
Q  23 agctgagctaggcatgctaaagggtcgagttgagctgggcatgct 67  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  23249852 agctgagctaggcatgctgaagggtcgagttgagctaggcttgct 23249808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University