View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11217_low_1 (Length: 793)

Name: NF11217_low_1
Description: NF11217
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11217_low_1
NF11217_low_1
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (9-631)||(44559322-44559944)
chr8 (662-786)||(44559201-44559325)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 599; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 599; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 631
Target Start/End: Complemental strand, 44559944 - 44559322
Alignment:
Q  9 gagatgaacgagggtaaggttatcttgtggtgcagtgttttgaagggaaaatatagccgagggatacttgaggagaggcattgttgctaaaccctcagat 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44559944 gagatgaacgagggtaaggttatcttgtggtgcagtgttttgaagggaaaatatagccgagggatacttgaggagaggcattgttgctaaaccctcagat 44559845  T
Q  109 tatttatttgcaaagtaatggttagcacttggactagtattagtcattctgagtcggtgatgtgcgatcagttaatgtctggagaaaacaaatcacaaat 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  44559844 tatttatttgcaaagtaatggttagcacttggactagtattagtcattctgagtcggtgatgtgcgatcagttaatgtttggagaaaacaaatcacaaat 44559745  T
Q  209 gacaggtggcaacattattttagctgattgcatggtgcaagttcacgatgacattagaaaatggataatctctgatttggtcggtatggagatggcaatt 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  44559744 gacaggtggcaacattattttagctgattgcatggtgcaagttcacgatgacatgagaaaatggatagtctctgatttggtcgatatggagatggcaatt 44559645  T
Q  309 ggaaggtgaatattttgatggtgtagatgtgagagtgtagtgtagccagggaaatagacttgggaatttttcagagtcaagtgcgtataacatgcatgct 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44559644 ggaaggtgaatattttgatggtgtagatgtgagaatgtggtgtagccagggaaatagacttgggaatttttcagagtcaagtgcgtataacatgcatgct 44559545  T
Q  409 acgagggtatcatgaccattttccaagttcagtgtggaggagaatgtggaatatggatgttctggaatgaaaacaaatgctttatttggcatcagttatt 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44559544 acgagggtatcatgaccattttccaagttcagtgtggaggagaatgtggaatatggatgttctggaatgaaaacaaatgctttatttggcatcagttatt 44559445  T
Q  509 agctaggtttgtttggaatcacttggttcctatgcaagtttagagtggattgctaataatttgaatgttgatgtgtttttaaacattggctttgcaagtt 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44559444 agctaggtttgtttggaatcacttggttcctatgcaagtttagagtggattgctaataatttgaatgttgatgtgtttttaaacattggctttgcaagtt 44559345  T
Q  609 gttagatcaccaagctttagggt 631  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  44559344 gttagatcaccaagctttagggt 44559322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 662 - 786
Target Start/End: Complemental strand, 44559325 - 44559201
Alignment:
Q  662 gggtttgcaaatggactctctaattgtggtgtggtgaggagtcttaatgggaaggatgttcgaagtattggtggcaggagcttgatcagaaagattcgtc 761  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44559325 gggtttgcaaatggactctctaattgtggtgtggtgaggagtcttaatgggaaggatgttcgaagtattggtggcaggagcttgatcagaaagattcgtc 44559226  T
Q  762 atttgatttgtgaaaagagtgatga 786  Q
    |||||||||||||||||||| ||||    
T  44559225 atttgatttgtgaaaagagtaatga 44559201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University