View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11217_low_18 (Length: 340)

Name: NF11217_low_18
Description: NF11217
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11217_low_18
NF11217_low_18
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (7-321)||(14864624-14864938)
chr6 (7-317)||(15322590-15322900)
chr6 (7-309)||(15353720-15354024)
chr6 (21-317)||(15373176-15373472)
chr6 (7-317)||(15352747-15353057)
chr6 (21-317)||(15323596-15323891)
chr6 (7-317)||(15373921-15374231)
chr6 (111-321)||(19961122-19961331)
chr6 (152-321)||(19962119-19962288)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (7-321)||(35146171-35146485)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (193-321)||(43278238-43278366)
chr2 (115-313)||(43283135-43283333)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 7 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 14864938 - 14864624
Alignment:
Q  7 ggagcagagacaggcaaatttgcagactttctttgagaaggctcttcaggattcttttattgtggaacttctttcccgcaaaatcgaatccatggatttg 106  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14864938 ggagcagaggcaggcaaatttgcagactttctttgacaaggctcttcaggattcttttattgtggaacttctttcccgcaaaatcgaatccatggatttg 14864839  T
Q  107 gcatctgataataagaaaaggcgattgtctcaggttgatcgcatacagcctgttgtcgaaggtattttgcttgacaatccttgcagtttcatactcgaat 206  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  14864838 gcagctgataataagaaaaggcgattgtctcaggttgatcgcatacagcctgttgtcgaaggtatttttcttgacaatccttgcagtttcagactggaat 14864739  T
Q  207 ttggtaatgttttctatcaagatatctcaaataaactaagattagaattatcactagctgacttagatatgaacttgatatcaggtagcacacagggttc 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  14864738 ttggtaatgttttctatcaagatatctcaaataaactaagattagaattatcactagctgacttagatatgaactttatatcaggtagcacacagggttc 14864639  T
Q  307 aaatgaagatgagga 321  Q
    |||||||||||||||    
T  14864638 aaatgaagatgagga 14864624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 7 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 15322900 - 15322590
Alignment:
Q  7 ggagcagagacaggcaaatttgcagactttctttgagaaggctcttcaggattcttttattgtggaacttctttcccgcaaaatcgaatccatggatttg 106  Q
    |||| |||| ||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||    
T  15322900 ggagaagaggcagacaaatttgcagaacttctttgagaaggctcttcaggattcttttattgttgaacttctttccggcaaattcgaatccaaggatttg 15322801  T
Q  107 gcatctgataataagaaaaggcgattgtctcaggttgatcgcatacagcctgttgtcgaaggtattttgcttgacaatccttgcagtttcatactcgaat 206  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||| ||||| ||||||||  ||| ||||| ||||| ||| | ||| ||| ||||    
T  15322800 gcagcttataataagaaaaggcgattgtctcaggttgatcagatgcagcttgttgccgaaggtagattggttgaccatcctagcaatatcagactggaat 15322701  T
Q  207 ttggtaatgttttctatcaagatatctcaaataaactaagattagaattatcactagctgacttagatatgaacttgatatcaggtagcacacagggttc 306  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| | | ||||||||||||||||||| ||||||| | ||    
T  15322700 ttgggaatgttttctattaagatatctcaaataaactaagactagaattatcaccagctgactcatacatgaacttgatatcaggtatcacacagtgatc 15322601  T
Q  307 aaatgaagatg 317  Q
    ||| |||||||    
T  15322600 aaacgaagatg 15322590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 7 - 309
Target Start/End: Original strand, 15353720 - 15354024
Alignment:
Q  7 ggagcagagacaggcaaatttgcagactttctttgagaaggctcttcaggattcttttattgtggaacttctttcccgcaaaatcgaatccatggatttg 106  Q
    |||| |||| ||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  15353720 ggagaagaggcagacaaatttgcagaacttctttgagaaggctcttcaggattcttttattgttgaacttctttccggcaaattcgaatccatggatttg 15353819  T
Q  107 gcatctgataataagaaaaggcgattgtctcaggttgatcgcatacagcctgttgtcgaaggtattttgcttgacaatccttgcagtttcatactcgaat 206  Q
    | | || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||| ||| | ||| | | ||||    
T  15353820 gaagcttataataagaaaaggcgattgtctcaggttgatcacatgcagcctgttgccgaaggtagcttggttgacaatcctagcaatatcagattggaat 15353919  T
Q  207 ttggtaatgttttc--tatcaagatatctcaaataaactaagattagaattatcactagctgacttagatatgaacttgatatcaggtagcacacagggt 304  Q
    || | | |||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  15353920 tttggattgttttctatattaagatatctcaaataaactaagactaaaattatcactagctgactcatatatgaacttgatatcaggtagcacacatggt 15354019  T
Q  305 tcaaa 309  Q
    |||||    
T  15354020 tcaaa 15354024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 21 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 15373472 - 15373176
Alignment:
Q  21 caaatttgcagactttctttgagaaggctcttcaggattcttttattgtggaacttctttcccgcaaaatcgaatccatggatttggcatctgataataa 120  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  || |||||||||||||||||||| || |||||||    
T  15373472 caaatttgcagaacttctttgaaaaggctcttcaggattcttttattgttgaacttctttccggataattcgaatccatggatttggcagcttataataa 15373373  T
Q  121 gaaaaggcgattgtctcaggttgatcgcatacagcctgttgtcgaaggtattttgcttgacaatccttgcagtttcatactcgaatttggtaatgttttc 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||| ||| | ||| ||| |||||| | | |||||||    
T  15373372 gaaaaggcgattgtctcaggttgatcacatgcagcctgttgccgaaggtagcttggttgacaatcctagcaatatcagactggaatttaggattgttttc 15373273  T
Q  221 tatcaagatatctcaaataaactaagattagaattatcactagctgacttagatatgaacttgatatcaggtagcacacagggttcaaatgaagatg 317  Q
     || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||    
T  15373272 cattaagatatctcaaataaactaagactagaattatcaccagctaactcagatatgaacttgatatcaagtagcacacaaggttcaaacgaagatg 15373176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 7 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 15353057 - 15352747
Alignment:
Q  7 ggagcagagacaggcaaatttgcagactttctttgagaaggctcttcaggattcttttattgtggaacttctttcccgcaaaatcgaatccatggatttg 106  Q
    |||| |||| ||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||    
T  15353057 ggagaagaggcagacaaatttgcagaacttctttgagaaggctcttcaggattcttttattgttgaacttctttccggcaaattcgaatccaaggatttg 15352958  T
Q  107 gcatctgataataagaaaaggcgattgtctcaggttgatcgcatacagcctgttgtcgaaggtattttgcttgacaatccttgcagtttcatactcgaat 206  Q
    ||  || ||||||||||||||||||||||| | |||||||  || |||| ||||| ||||||||  ||| ||||| ||| | ||| | ||| ||| ||||    
T  15352957 gctgcttataataagaaaaggcgattgtcttatgttgatcaaatgcagcttgttgccgaaggtagattggttgaccatcgtagcaatatcagactggaat 15352858  T
Q  207 ttggtaatgttttctatcaagatatctcaaataaactaagattagaattatcactagctgacttagatatgaacttgatatcaggtagcacacagggttc 306  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  15352857 ttgggaatgttttctattaagatatctcaaataaactaagactagaattatcaccagctgactcagacatgaacttgatatcatgtagtacacagggttc 15352758  T
Q  307 aaatgaagatg 317  Q
    ||| |||||||    
T  15352757 aaacgaagatg 15352747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 21 - 317
Target Start/End: Original strand, 15323596 - 15323891
Alignment:
Q  21 caaatttgcagactttctttgagaaggctcttcaggattcttttattgtggaacttctttcccgcaaaatcgaatccatggatttggcatctgataataa 120  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||  |||| ||| |||||||||||||||| || |||||||    
T  15323596 caaatttgcagaacttctttgagaaggttcttcaagattcttttattgttgaacttctttccgacaaattcggatccatggatttggcagcttataataa 15323695  T
Q  121 gaaaaggcgattgtctcaggttgatcgcatacagcctgttgtcgaaggtattttgcttgacaatccttgcagtttcatactcgaatttggtaatgttttc 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| ||||||||  ||| ||||||||||| |||   ||| | | ||| |||| |||||||||    
T  15323696 gaaaaggcgattgtctcaggttgatcacatgcaacctgttgccgaaggtagcttggttgacaatcctagcataatcagattggaa-ttgggaatgttttc 15323794  T
Q  221 tatcaagatatctcaaataaactaagattagaattatcactagctgacttagatatgaacttgatatcaggtagcacacagggttcaaatgaagatg 317  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  15323795 tattaagatatctcaaataaactaagactaaaattatcacctgctgactcagatatgaacttgatatcaggtagtacacagggttcaaacgaagatg 15323891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 7 - 317
Target Start/End: Original strand, 15373921 - 15374231
Alignment:
Q  7 ggagcagagacaggcaaatttgcagactttctttgagaaggctcttcaggattcttttattgtggaacttctttcccgcaaaatcgaatccatggatttg 106  Q
    |||| |||| ||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  15373921 ggagaagaggcagacaaatttgcagaacttctttgagaagcctcttcaagattcttttattgttgaacttctttccggaaaattcgaatccatggatttg 15374020  T
Q  107 gcatctgataataagaaaaggcgattgtctcaggttgatcgcatacagcctgttgtc-gaaggtattttgcttgacaatccttgcagtttcatactcgaa 205  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||  | ||||| |  ||| |  ||| |||  |||   | | | | | |    
T  15374021 gcagcttataataagaaaaggcgattgtctcaggttgatcacatgcagcctatttccggaaggaagcttggtccacattcccagcataataaga-tggga 15374119  T
Q  206 tttggtaatgttttctatcaagatatctcaaataaactaagattagaattatcactagctgacttagatatgaacttgatatcaggtagcacacagggtt 305  Q
    || || |||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15374120 ttggggaatgttttatattaagatatctcaaattaactaagactaaaattatcaccagctgactcatatatgaacttgatatcaggtagcacacagggtt 15374219  T
Q  306 caaatgaagatg 317  Q
    |||| |||||||    
T  15374220 caaacgaagatg 15374231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 111 - 321
Target Start/End: Original strand, 19961122 - 19961331
Alignment:
Q  111 ctgataataagaaaaggcgattgtctcaggttgatcgcatacagcctgttgtcgaaggtattttgcttgacaatccttgcagtttcatactcgaatttgg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||   | ||||||||||  ||||| |  ||| ||||||||||| ||| ||||| ||| |||||| |    
T  19961122 ctgataataagaaaaggcgattgcctcaggt-gatcaggtgcagcctgttgctgaaggaagcttggttgacaatcctagcaatttcagactggaatttag 19961220  T
Q  211 taatgttttctatcaagatatctcaaataaactaagattagaattatcactagctgacttagatatgaacttgatatcaggtagcacacagggttcaaat 310  Q
     |||   |||  ||  |||||||||||||||||   | |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||     
T  19961221 gaattgcttccctcgtgatatctcaaataaactcctactagaattatcaccagctgtcttagatatgaacttaatatcatgtaggacacagggttcaaac 19961320  T
Q  311 gaagatgagga 321  Q
    |||||||||||    
T  19961321 gaagatgagga 19961331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 152 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 19962288 - 19962119
Alignment:
Q  152 cagcctgttgtcgaaggtattttgcttgacaatccttgcagtttcatactcgaatttggtaatgttttctatcaagatatctcaaataaactaagattag 251  Q
    ||||||||||   ||||||  ||| ||||||||||| ||| ||||| ||| |||||||| |||||||||  | | ||||||||||||||||| ||| ||     
T  19962288 cagcctgttggttaaggtagcttggttgacaatcctagcaatttcagactggaatttgggaatgttttcccttatgatatctcaaataaactcagactat 19962189  T
Q  252 aattatcactagctgacttagatatgaacttgatatcaggtagcacacagggttcaaatgaagatgagga 321  Q
    |||||||   || |  || | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19962188 aattatcgtcaggtatctcatatatgaacttggtatcaggtagcacacagggttcaaacgaagatgagga 19962119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 171; Significance: 8e-92; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 8e-92
Query Start/End: Original strand, 7 - 321
Target Start/End: Original strand, 35146171 - 35146485
Alignment:
Q  7 ggagcagagacaggcaaatttgcagactttctttgagaaggctcttcaggattcttttattgtggaacttctttcccgcaaaatcgaatccatggatttg 106  Q
    |||| |||| ||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  35146171 ggagaagaggcagacaaatttgcagaacttctttgagaaggctcttcaagattcttttattgttgaacttctttcccgcaaaattgaatccatggatttg 35146270  T
Q  107 gcatctgataataagaaaaggcgattgtctcaggttgatcgcatacagcctgttgtcgaaggtattttgcttgacaatccttgcagtttcatactcgaat 206  Q
    ||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||   | |||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||| ||| ||||| ||| ||||    
T  35146271 gcagcttataataagaaaaggcgattgcctcaggttgatcaggtgcagcctgttgccgaaggtagcttggttgacaatcctagcaatttcagactggaat 35146370  T
Q  207 ttggtaatgttttctatcaagatatctcaaataaactaagattagaattatcactagctgacttagatatgaacttgatatcaggtagcacacagggttc 306  Q
    |||| |||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||| | ||||| |||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  35146371 ttgggaatgttttccctcatgatatctcaaataaactcagactggaattgtcaccagctgtctcagatatgaacttgatatcaggtagcacgcagggttc 35146470  T
Q  307 aaatgaagatgagga 321  Q
    ||| |||||||||||    
T  35146471 aaacgaagatgagga 35146485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000003; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 193 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 43278366 - 43278238
Alignment:
Q  193 tttcatactcgaatttggtaatgttttctatcaagatatctcaaataaactaagattagaattatcactagctgacttagatatgaacttgatatcaggt 292  Q
    |||||| || |||||||  ||||||||| |||||||  | || |||||||| ||| | ||||| |||| | ||| || ||||||||||||  |||| |||    
T  43278366 tttcattctggaatttgaaaatgttttccatcaagaattttcgaataaacttagactggaattgtcaccatctgtctcagatatgaactttgtatctggt 43278267  T
Q  293 agcacacagggttcaaatgaagatgagga 321  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||    
T  43278266 agcacacatgtttcaaatgaagatgagga 43278238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 115 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 43283333 - 43283135
Alignment:
Q  115 taataagaaaaggcgattgtctcaggttgatcgcatacagcctgttgtcgaaggtattttgcttgacaatccttgcagtttcatactcgaatttggtaat 214  Q
    ||||||||||||||| ||| |||| |||||||   | ||||||||||  | |||||  ||| ||||||||| | ||| ||| |  || | |||||  |||    
T  43283333 taataagaaaaggcggttgcctcatgttgatcatgtgcagcctgttgctgcaggtagcttgattgacaatcatagcaattttagtctaggatttgaaaat 43283234  T
Q  215 gttttctatcaagatatctcaaataaactaagattagaattatcactagctgacttagatatgaacttgatatcaggtagcacacagggttcaaatgaa 313  Q
    |||||| ||||| || |||  |||||||| ||| | ||||| |||| | ||| || ||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  43283233 gttttccatcaaaatttcttgaataaactcagactggaattgtcaccatctgtctcagatatgaacttggtatcaggtagcacacacgtttcaactgaa 43283135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University