View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11218_low_11 (Length: 536)

Name: NF11218_low_11
Description: NF11218
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11218_low_11
NF11218_low_11
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (20-530)||(38321087-38321597)
chr8 (20-511)||(38300342-38300833)
chr8 (20-530)||(38325837-38326347)
chr8 (20-530)||(38316992-38317502)
chr8 (20-529)||(38308989-38309498)
chr8 (20-528)||(38313583-38314089)
chr8 (78-511)||(38306309-38306730)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (20-529)||(38849835-38850353)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 507; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 507; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 530
Target Start/End: Original strand, 38321087 - 38321597
Alignment:
Q  20 tgaaagtcttcacttgtatgatgataattatgagttatgtccttcggtagaagaatggaaaagagttgaaaagatttgtgcgttcttgttgcctttaagg 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38321087 tgaaagtcttcacttgtatgatgataattatgagttatgtccttcggtagaagaatggaaaagagttgaaaagatttgtgtgttcttgttgcctttaagg 38321186  T
Q  120 gaaactgctaacatgattaatggcacagcacatcctacttcaaacatgtattttttgcaagtttggaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagag 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321187 gaaactgctaacatgattaatggcacagcacatcctacttcaaacatgtattttttgcaagtttggaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagag 38321286  T
Q  220 atgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttct 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321287 atgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttct 38321386  T
Q  320 tgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttcggcctgtgaaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttgtac 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321387 tgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttcggcctgtgaaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttgtac 38321486  T
Q  420 atgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactattcaggacgaatcttctagcatgccattgcaaaagaaattgaagt 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321487 atgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactattcaggacgaatcttctagcatgccattgcaaaagaaattgaagt 38321586  T
Q  520 cttcatctcac 530  Q
    |||||||||||    
T  38321587 cttcatctcac 38321597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 20 - 511
Target Start/End: Original strand, 38300342 - 38300833
Alignment:
Q  20 tgaaagtcttcacttgtatgatgataattatgagttatgtccttcggtagaagaatggaaaagagttgaaaagatttgtgcgttcttgttgcctttaagg 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| ||     
T  38300342 tgaaagtcttcacttgtatgatgatagttatgtgttatgtccttcggtagaagagtggaaaagagtacaaaagatttgtgtgttcttgttgccttttagt 38300441  T
Q  120 gaaactgctaacatgattaatggcacagcacatcctacttcaaacatgtattttttgcaagtttggaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagag 219  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||| |||| ||||| |||    
T  38300442 gaaactgccaacatgattaatgccacaacacatcctacttccaacttgtattttttgcaagtttggaaagtccaatgccttttagttgattgtttgggag 38300541  T
Q  220 atgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttct 319  Q
    || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38300542 atcaagatgaagatataaagagaatggctgaaaggatgctgaccaagtttgagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcaatgggagcggttct 38300641  T
Q  320 tgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttcggcctgtgaaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttgtac 419  Q
    ||||||| |||| ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||  |  ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  38300642 tgacccaaggattaagctttcaacattggctaattgttactcaaaacttgatgcatcaacacgtgaaaggaagttgcaacaagtaaagagcaagttgtac 38300741  T
Q  420 atgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactattcaggacgaatcttctagcatgccattgcaaaagaa 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  38300742 atgctatttgacaagtattctagcaaaagtactccttcttgcgtgcaaagaattatccaggaccaatcttctagcatgccatttcaagagaa 38300833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 20 - 530
Target Start/End: Original strand, 38325837 - 38326347
Alignment:
Q  20 tgaaagtcttcacttgtatgatgataattatgagttatgtccttcggtagaagaatggaaaagagttgaaaagatttgtgcgttcttgttgcctttaagg 119  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||  |     
T  38325837 tgaaagtcttcacttgtatgaggataattatgagttatgtccttcggtagaagagtagaaaagagtagaaaagatctgtgcattcttgttgcctttttgt 38325936  T
Q  120 gaaactgctaacatgattaatggcacagcacatcctacttcaaacatgtattttttgcaagtttggaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagag 219  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| || || |||| |||    
T  38325937 gaaactgctaacatgattaatgacacaacgcatcctacttccaatttgtaatttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgctactttgggag 38326036  T
Q  220 atgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttct 319  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38326037 atgaagatgaagttataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgacaaattttggaatgagtacagtgttgttcttgcattgggagcggttct 38326136  T
Q  320 tgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttcggcctgtgaaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttgtac 419  Q
    |||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||||||||| |||||| ||  |||||||||    
T  38326137 tgacccacggattaaattttcaacattggcttattgttactcaaaacttgatgcatcaacctgtgaaaggaagttgcaacaagtaaggacgaagttgtac 38326236  T
Q  420 atgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactattcaggacgaatcttctagcatgccattgcaaaagaaattgaagt 519  Q
    |||||||||| ||||||||||||| || ||| |||||||||  ||||||||||| |||||| | ||||||| | |||| ||||||||||||| |  ||||    
T  38326237 atgctatttggcaagtattctagccaacgtacttcttctggcatgcaaagaactgttcagggccaatcttcgaccatgtcattgcaaaagaactccaagt 38326336  T
Q  520 cttcatctcac 530  Q
    ||| |||||||    
T  38326337 ctttatctcac 38326347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 20 - 530
Target Start/End: Original strand, 38316992 - 38317502
Alignment:
Q  20 tgaaagtcttcacttgtatgatgataattatgagttatgtccttcggtagaagaatggaaaagagttgaaaagatttgtgcgttcttgttgcctttaagg 119  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  | | | || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||        
T  38316992 tgaaagttttcacttgtatgatgataattaccagttatgtcctttagcacatgagtggaaaagagttgaaaagatttgtgcgttcttgctgcctttttat 38317091  T
Q  120 gaaactgctaacatgattaatggcacagcacatcctacttcaaacatgtattttttgcaagtttggaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagag 219  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| |||    
T  38317092 gaaactgccaacatgattaatgacacaacgcatcctacttcaaacttgtgttttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgatagtttgggag 38317191  T
Q  220 atgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttct 319  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  38317192 atgaagataaagttataaagagaatggctgaaaggatgatgagcgagtttgacaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcactgggagcagttct 38317291  T
Q  320 tgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttcggcctgtgaaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttgtac 419  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||   ||  |||| ||   ||||||||||  ||||||||| |||||||||    
T  38317292 tgacccacggatgaagttttcgacgttggcttattgttactcaaaacttgatccatcaacctgcgagcagaagttgcaactagtaaagagaaagttgtac 38317391  T
Q  420 atgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactattcaggacgaatcttctagcatgccattgcaaaagaaattgaagt 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||  |  ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  38317392 atgctatttgacaagtattctagcaaaagcacttcttctggcctaaaaagaactactcaggaccaatcttctaccatgccattgcaaaagaaattaaagt 38317491  T
Q  520 cttcatctcac 530  Q
    ||| |||||||    
T  38317492 ctttatctcac 38317502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 20 - 529
Target Start/End: Original strand, 38308989 - 38309498
Alignment:
Q  20 tgaaagtcttcacttgtatgatgataattatgagttatgtccttcggtagaagaatggaaaagagttgaaaagatttgtgcgttcttgttgcctttaagg 119  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  |||||| | ||||||| ||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||     
T  38308989 tgaaagtcttcacttgtatgacgatggttatgattcatgtcctgcggcagaagagtggaaaagagtagaaaagatttgtgcattcttgttgccttttagc 38309088  T
Q  120 gaaactgctaacatgattaatggcacagcacatcctacttcaaacatgtattttttgcaagtttggaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagag 219  Q
    |||||||| |||| ||| |||||  || |||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||| |||    
T  38309089 gaaactgccaacacgataaatggtgcaacacatcgtacttccaacttgtattttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgataatttgggag 38309188  T
Q  220 atgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttct 319  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38309189 atgaagatgaagatataaagagaatggttgaaaggatgttgaccaagtttgagaaatattgggaagagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttct 38309288  T
Q  320 tgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttcggcctgtgaaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttgtac 419  Q
    ||||||| |||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||  |||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||||||    
T  38309289 tgacccaaggataaagctttccacattggcttattgttactcaaaacttaatgcatcaacctgcgaaaggaagttgcagcaagtaaagagcaagttgtac 38309388  T
Q  420 atgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactattcaggacgaatcttctagcatgccattgcaaaagaaattgaagt 519  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| || ||||    
T  38309389 atgctatttcacaagaattcttgcaaaagtacttcttctggcgtgcaaagaacaattcaggaccaatcttctagtgtgccattgcaaaagaagttaaagt 38309488  T
Q  520 cttcatctca 529  Q
    ||| ||||||    
T  38309489 ctttatctca 38309498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 20 - 528
Target Start/End: Original strand, 38313583 - 38314089
Alignment:
Q  20 tgaaagtcttcacttgtatgatgataattatgagttatgtccttcggtagaagaatggaaaagagttgaaaagatttgtgcgttcttgttgcctttaagg 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||| ||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||  |     
T  38313583 tgaaagtcttcacttgtatgatgatgattatgattcatgtcctgcggcagaagactggaaaagagtagaaaagatttgtgcattcttgttacctttttgt 38313682  T
Q  120 gaaactgctaacatgattaatggcacagcacatcctacttcaaacatgtattttttgcaagtttggaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagag 219  Q
    |||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  38313683 gaaactgccaacatgattaatggcgcaacacatcctacttccaacttgtatttttcgcaagtttggaaacttcaatgtgttttagttgatagtttgggag 38313782  T
Q  220 atgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttct 319  Q
    |||||||||||  | ||  |||||||||| |||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  38313783 atgaagatgaatttgtagcgagaatggctaaaagtatgatgggcaagtttaagaaatattgggatgag--tagtgttgttcttgcaatgggagcagttct 38313880  T
Q  320 tgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttcggcctgtgaaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttgtac 419  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||  ||||||||||||||| |||   ||  | |||||| ||||||||||| |||||||||  |||||||||    
T  38313881 tgacccacggatgaaattttcaagattggctgcttgttactcaaaactagatccatcaacttgtgaacggaagttgcaaaaagtaaagacaaagttgtac 38313980  T
Q  420 atgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactattcaggacgaatcttctagcatgccattgcaaaagaaattgaagt 519  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||| ||| | ||||||||| |||||||||||||||||| |   |||    
T  38313981 atgctatttgccaagtactctagcaaaagtacttcttctagggtgcaaacaactatttagggccaatcttctaccatgccattgcaaaagaactctgagt 38314080  T
Q  520 cttcatctc 528  Q
    |||||||||    
T  38314081 cttcatctc 38314089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 78 - 511
Target Start/End: Original strand, 38306309 - 38306730
Alignment:
Q  78 aaaagagttgaaaagatttgtgcgttcttgttgcctttaagggaaactgctaacatgattaatggcacagcacatcctacttcaaacatgtattttttgc 177  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||  | |||||||| |||||||| |||||  || ||||||| ||||| ||| ||||||||||||    
T  38306309 aaaagagtggaaaagatttgtgcattcatgttgccttttcgtgaaactgccaacatgatcaatggtgcaacacatcccacttccaacttgtattttttgc 38306408  T
Q  178 aagtttggaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagagatgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaata 277  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | | |||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  38306409 aagtttggaaagtccaatgtgttcttgttgatagtttgggagatgaagatgaagttatagcgagaatggctaaaaggatgatgggcaagtttaagaaata 38306508  T
Q  278 ttgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttcg 377  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||            |||||||||||||| || || |  |||||| |||||||||||||||| |||   ||     
T  38306509 ttgggatgagcatagtgttgttcttgcaatg------------gacccacggatgaaattctcaaggttggctgattgttactcaaaactcgatccatca 38306596  T
Q  378 gcctgtgaaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactattc 477  Q
     | |||||| ||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |||| |||    
T  38306597 acttgtgaacggaagttgcaaaaagtaaagacaaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtacttcttctggtatgcaaacaactgttc 38306696  T
Q  478 aggacgaatcttctagcatgccattgcaaaagaa 511  Q
    ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38306697 agggccaatcttctaccatgccattgcaaaagaa 38306730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 275; Significance: 1e-153; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 20 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 38850353 - 38849835
Alignment:
Q  20 tgaaagtcttcacttgtatgatgataattatgagttatgtccttcggtagaagaatggaaaagagttgaaaagatttgtgcgttcttgttgcctttaagg 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||  |     
T  38850353 tgaaagttttcacttgtatgatgatagttatgatttatgtccttcggcggaagagtggaaaagagtagaaaagatttgtgcattcctgttgcctttttgt 38850254  T
Q  120 gaaactgctaacatgattaatggcacagcacatcctacttcaaacatgtattttttgcaagtttggaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagag 219  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| |||    
T  38850253 gaaactgccaacatgattaatagcacaacacatcctacttccaacttgtattttttacaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgatagtttgggag 38850154  T
Q  220 atgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttct 319  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38850153 atgaagatgaagatataaagaaaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttct 38850054  T
Q  320 tgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttcggcctgtgaaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttgtac 419  Q
    ||||||||||||||||||| | || |||||| ||||||| |||||||| ||||  ||  |||||||||||||| | ||  |||||||||| ||||||| |    
T  38850053 tgacccacggatgaagtttacaaccttggcttattgttattcaaaactggatgcatcaacctgtgaaaggaagctacagcaagtaaagagaaagttgtgc 38849954  T
Q  420 atgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactat---------tcaggacgaatcttctagcatgccattgcaaaaga 510  Q
    ||||||||||| ||| ||||| |||| || | | || ||||||| |||||||||||         ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  38849953 atgctatttgagaagcattctggcaacagcactactgctggggttcaaagaactattaaggagaatcaggaccaatcttctagcatgccattacaaaaga 38849854  T
Q  511 aattgaagtcttcatctca 529  Q
    |||| ||||||| ||||||    
T  38849853 aattaaagtctttatctca 38849835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University