View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11218_low_32 (Length: 298)

Name: NF11218_low_32
Description: NF11218
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11218_low_32
NF11218_low_32
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (1-266)||(30224173-30224439)
chr8 (1-268)||(5567367-5567635)
chr8 (1-266)||(25248955-25249215)
chr8 (1-264)||(3375456-3375709)
chr8 (13-264)||(31032038-31032285)
chr8 (1-252)||(6428699-6428950)
chr8 (35-230)||(3379172-3379366)
chr8 (70-181)||(36535924-36536035)
chr8 (148-210)||(14935576-14935638)
chr8 (213-266)||(5567676-5567729)
chr8 (1-33)||(36535873-36535905)
chr8 (117-180)||(29274786-29274849)
chr8 (13-92)||(19473649-19473728)
chr8 (13-92)||(19544574-19544653)
chr8 (13-92)||(19588043-19588122)
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (1-266)||(7040304-7040570)
chr4 (1-266)||(23564697-23564963)
chr4 (1-266)||(18656051-18656317)
chr4 (78-266)||(23566449-23566628)
chr4 (86-266)||(52520542-52520724)
chr4 (2-266)||(52518700-52518968)
chr4 (82-210)||(3529251-3529379)
chr4 (82-210)||(23985773-23985901)
chr4 (21-183)||(54296454-54296617)
chr4 (13-210)||(52545137-52545333)
chr4 (77-266)||(3274538-3274728)
chr4 (110-210)||(24807423-24807522)
chr4 (1-59)||(23566391-23566450)
chr4 (13-98)||(56074680-56074766)
chr4 (160-210)||(18395816-18395866)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (1-266)||(29758063-29758329)
chr2 (35-121)||(8759121-8759207)
chr2 (87-255)||(20516053-20516227)
chr2 (198-264)||(8759203-8759269)
chr2 (13-111)||(18612074-18612174)
chr2 (209-259)||(31155713-31155763)
chr2 (150-210)||(18739671-18739730)
chr2 (72-109)||(17149025-17149062)
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (1-264)||(44963108-44963372)
chr7 (1-266)||(20046517-20046787)
chr7 (86-266)||(28124696-28124878)
chr7 (86-266)||(28126523-28126705)
chr7 (72-266)||(4895525-4895722)
chr7 (87-210)||(37405559-37405682)
chr7 (2-111)||(28014296-28014406)
chr7 (178-264)||(44962228-44962314)
chr7 (2-111)||(25471794-25471904)
chr7 (2-88)||(8405628-8405715)
chr7 (70-145)||(4880267-4880343)
chr7 (98-160)||(36989570-36989632)
chr7 (77-153)||(4571066-4571144)
chr7 (221-267)||(6322930-6322976)
chr7 (2-50)||(28124610-28124659)
chr7 (2-50)||(28126437-28126486)
chr7 (162-202)||(25471955-25471995)
chr7 (232-264)||(36989612-36989644)
chr7 (223-267)||(41966676-41966720)
[»] chr6 (22 HSPs)
chr6 (1-264)||(19645322-19645586)
chr6 (1-266)||(5376818-5377087)
chr6 (1-258)||(5378681-5378942)
chr6 (1-266)||(1088675-1088945)
chr6 (52-264)||(15149112-15149331)
chr6 (87-210)||(15868391-15868514)
chr6 (87-210)||(33866098-33866221)
chr6 (87-210)||(15866579-15866702)
chr6 (87-210)||(33869245-33869368)
chr6 (101-182)||(9415095-9415176)
chr6 (196-266)||(9414962-9415032)
chr6 (82-210)||(14611083-14611210)
chr6 (209-266)||(9415050-9415107)
chr6 (139-210)||(32079909-32079980)
chr6 (83-202)||(28884359-28884479)
chr6 (2-107)||(8915570-8915676)
chr6 (2-107)||(20985831-20985937)
chr6 (82-158)||(14618975-14619050)
chr6 (150-210)||(14620510-14620570)
chr6 (226-266)||(30376225-30376265)
chr6 (11-71)||(24544757-24544818)
chr6 (2-30)||(31528957-31528985)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (1-267)||(17402804-17403074)
chr3 (1-264)||(1139958-1140210)
chr3 (1-266)||(6789563-6789829)
chr3 (77-197)||(20302639-20302760)
chr3 (118-197)||(20327181-20327259)
chr3 (110-167)||(41874441-41874497)
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (1-260)||(17449260-17449519)
chr1 (86-266)||(16808687-16808869)
chr1 (87-210)||(9312028-9312151)
chr1 (87-210)||(3282800-3282923)
chr1 (87-210)||(3284501-3284624)
chr1 (87-210)||(9310411-9310534)
chr1 (159-269)||(48940616-48940726)
chr1 (118-210)||(37664695-37664787)
chr1 (118-210)||(37674417-37674509)
chr1 (118-210)||(37702185-37702277)
chr1 (4-163)||(48941646-48941810)
chr1 (110-202)||(902084-902175)
chr1 (150-210)||(5924946-5925006)
chr1 (44-128)||(5924852-5924935)
chr1 (227-266)||(51020570-51020609)
[»] scaffold0057 (1 HSPs)
scaffold0057 (13-210)||(58785-58982)
[»] scaffold0251 (1 HSPs)
scaffold0251 (87-210)||(6225-6348)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (87-210)||(39787168-39787291)
chr5 (36-210)||(25076173-25076348)
chr5 (36-210)||(25134142-25134317)
chr5 (110-154)||(6569888-6569932)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (35-210)||(39144-39318)
[»] scaffold0189 (1 HSPs)
scaffold0189 (2-92)||(19063-19153)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 1 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 30224439 - 30224173
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30224439 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 30224340  T
Q  100 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30224339 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 30224240  T
Q  200 ataattgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 266  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30224239 atagttgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 30224173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 5567635 - 5567367
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5567635 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaa 5567536  T
Q  100 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 199  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  5567535 tgagtacaatagttttcctatatatagagattagtttgagtaactaactccaactaacttctaactaagctactaactctagtttagctatcaactaact 5567436  T
Q  200 ataattgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaacata 268  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||    
T  5567435 atagttgattactaactctagtctaactactttaactaacttcacataacttccagctattttaacata 5567367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 25249215 - 25248955
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 99  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25249215 gtcatatatgtaagcaagatagcaagcataagggtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatcatgaa 25249116  T
Q  100 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac---ttatcaacta 196  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||    
T  25249115 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctttaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttattatcaatta 25249016  T
Q  197 actataattgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 266  Q
    |||||| |||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25249015 actatagttgattactaactctagtc---------taactaactccacataacttccaactatcttaaca 25248955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Original strand, 3375456 - 3375709
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 99  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||          ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3375456 gtcatagatgtaagtaagatagcaagcaaaagagtactcatgtgggagata----------ctcattgtagaaatgaatagattga-aaaagataatgaa 3375544  T
Q  100 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 199  Q
    || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3375545 tgggtacaatagagttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaact 3375644  T
Q  200 ataattgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 264  Q
    ||| ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3375645 atagttgattactaacagaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 3375709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 264
Target Start/End: Original strand, 31032038 - 31032285
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaatag 111  Q
    ||||||| |||||||||||||  ||||||| |||||||| ||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||     
T  31032038 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaa-tgaatagattgataaaagatcatgaatgagtgtagtaa 31032136  T
Q  112 tgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactataattgattac 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31032137 tgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaa----cttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagttgattac 31032232  T
Q  212 taactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 264  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31032233 taactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 31032285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 6428950 - 6428699
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-aaaagataatg 97  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||  ||||||| | |||||| |||||| |||||||||||||  |||||||||| ||| ||||||| |||    
T  6428950 gtcatagatgtaagtaagatagcaaacataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattgtagag-tgaatagatttgattaaaagatgatg 6428852  T
Q  98 aatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaa 197  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6428851 aatgattacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttttaactaaggtactaactctagtttacttatcaactaa 6428752  T
Q  198 ctataattgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttc 252  Q
     |||| ||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  6428751 ttatagttgattactaactcttgtctaactac--taactaactccacataacttc 6428699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 35 - 230
Target Start/End: Original strand, 3379172 - 3379366
Alignment:
Q  35 actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagt 134  Q
    ||||||| |||||||| ||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||    
T  3379172 actcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaa-tgaatagattgataaaaaatgatgaatgagtacaatagttttccttaatatagagattagt 3379270  T
Q  135 ttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactataattgattactaactctagtctaactacc 230  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3379271 ttgagtaactaactctaactaacttctaactaaactactaactctagtttaactatcaactaactatagttgattactaactctagtctaactacc 3379366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 70 - 181
Target Start/End: Original strand, 36535924 - 36536035
Alignment:
Q  70 gaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagc 169  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36535924 gaaatgaatagattgataaaagatgatgaatgagtacaacagtattgctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagc 36536023  T
Q  170 tactaactctag 181  Q
    ||||||||||||    
T  36536024 tactaactctag 36536035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 148 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 14935638 - 14935576
Alignment:
Q  148 tctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactataattgatta 210  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  14935638 tctaactaacttctaaccaagttactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 14935576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 213 - 266
Target Start/End: Original strand, 5567676 - 5567729
Alignment:
Q  213 aactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 266  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||    
T  5567676 aactctagtctaactaccttaactaacttcacataacttccagctattttaaca 5567729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 33
Target Start/End: Original strand, 36535873 - 36535905
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataaga 33  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36535873 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataaga 36535905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 117 - 180
Target Start/End: Original strand, 29274786 - 29274849
Alignment:
Q  117 ctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactcta 180  Q
    ||||||||| |||||| || |||||| || |||||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  29274786 ctatatataaagattaattggagtaattaactctaactaacccgtaaccaagctactaactcta 29274849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 13 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 19473728 - 19473649
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaaga 92  Q
    ||||||| |||||| ||||||  ||||||| |||||||| ||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  19473728 agcaagaaagcaagaataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaa-tgaatagattgatagaaga 19473649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 13 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 19544653 - 19544574
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaaga 92  Q
    ||||||| |||||| ||||||  ||||||| |||||||| ||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  19544653 agcaagaaagcaagaataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaa-tgaatagattgatagaaga 19544574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 13 - 92
Target Start/End: Original strand, 19588043 - 19588122
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaaga 92  Q
    ||||||| |||||| ||||||  ||||||| |||||||| ||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  19588043 agcaagaaagcaagaataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaa-tgaatagattgatagaaga 19588122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 1 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 7040570 - 7040304
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7040570 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 7040471  T
Q  100 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7040470 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 7040371  T
Q  200 ataattgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 266  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7040370 atagttgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 7040304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 243; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 1 - 266
Target Start/End: Original strand, 23564697 - 23564963
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 99  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23564697 gtcatagatgtaagcaaaatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 23564796  T
Q  100 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23564797 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 23564896  T
Q  200 ataattgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 266  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23564897 atagttgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 23564963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 18656317 - 18656051
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18656317 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaa 18656218  T
Q  100 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 199  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  18656217 tgagtacaatagttttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaactaagctactaactctagtttagctatcaactaact 18656118  T
Q  200 ataattgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 266  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||| ||||||    
T  18656117 atagttgattactaactctagtctaactaccttaactaacttcacataacttccggctattttaaca 18656051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 78 - 266
Target Start/End: Original strand, 23566449 - 23566628
Alignment:
Q  78 tagattgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaact 177  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  23566449 tagattgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaagt 23566548  T
Q  178 ctagtttacttatcaactaactataattgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 266  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  23566549 ctagtttacttatcaactaactatagttgattactaactctagtc---------taactaactccacataactttcaactatcttaaca 23566628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 86 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 52520724 - 52520542
Alignment:
Q  86 taaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagttta 185  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  52520724 taaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagttta 52520625  T
Q  186 cttatcaactaactataattgattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 266  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  52520624 cttatcaactaactatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaaca 52520542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 9e-73
Query Start/End: Original strand, 2 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 52518968 - 52518700
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataaga-aactcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-aaaagataatga 98  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| ||  |  |||  | ||| |||| | ||| ||| ||||||| ||||    
T  52518968 tcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagaactcatgtgggagatactcatagagatccatattggaa-tgaaaatatttgattaaaagatgatga 52518870  T
Q  99 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaac 198  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52518869 ttgagtacaacagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaac 52518770  T
Q  199 tataattgattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 266  Q
    |||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  52518769 tatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaaca 52518700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 82 - 210
Target Start/End: Original strand, 3529251 - 3529379
Alignment:
Q  82 ttgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctag 181  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  3529251 ttgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactttag 3529350  T
Q  182 tttacttatcaactaactataattgatta 210  Q
    ||||| ||||||||||||| | |||||||    
T  3529351 tttacctatcaactaactacagttgatta 3529379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 82 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 23985901 - 23985773
Alignment:
Q  82 ttgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctag 181  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23985901 ttgataaaagatggtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgaataactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctag 23985802  T
Q  182 tttacttatcaactaactataattgatta 210  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  23985801 tttacctatcaactaactatagttgatta 23985773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 21 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 54296617 - 54296454
Alignment:
Q  21 agcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgat-aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcct 118  Q
    |||||||||||||  ||| |||||||||||| ||| || |||||||| || |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  54296617 agcaagcataagagtactgatgagggagatactcatagaaactcattata-aaatgaattgattgattaaaagatcatgaatgagtacaatagtgttcct 54296519  T
Q  119 atatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtt 183  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54296518 atatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtt 54296454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 13 - 210
Target Start/End: Original strand, 52545137 - 52545333
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa-tgagtacaata 110  Q
    ||||||| ||| |||||||||  ||||||| |||||||| ||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| ||||  |    
T  52545137 agcaagaaagcgagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaa-tgaatagattgataaaagataataaaatga-tacatga 52545234  T
Q  111 gtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactataattgatta 210  Q
    |||||||||||||||||| |||||| | ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  52545235 gtgttcctatatatagagtttagtt-gtgtaactaactctaaccaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 52545333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 77 - 266
Target Start/End: Original strand, 3274538 - 3274728
Alignment:
Q  77 atagattgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcct-atatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaa 175  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||| ||  || |  | ||||||||| |||| ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  3274538 atagattgataaaagatgatgaatgattaccatgatgatgtttatatatagaaattaatttgagtaattaactctaactaacttctaatcaagccactaa 3274637  T
Q  176 ctctagtttacttatcaactaactataattgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 266  Q
    |||| |||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| |||| | |||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||    
T  3274638 ctcttgtttacctatcaactaattatagttgattactaactatagttttactaccttaactaacttcatataacttccaactattttaaca 3274728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 110 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 24807522 - 24807423
Alignment:
Q  110 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactataattgatt 209  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| | ||||||| ||||  ||||||  |||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  24807522 agtgttcctatatatagattttagtt-gtgtaactaactcttcctaactcttaaccaagcttctaactctaatttacctatcaactaactatagttgatt 24807424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 59
Target Start/End: Original strand, 23566391 - 23566450
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataaga-aactcatgagggagatattcaaagta 59  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||| ||||||||    
T  23566391 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacccatgagggagatactcaaagta 23566450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 13 - 98
Target Start/End: Original strand, 56074680 - 56074766
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatga 98  Q
    ||||||| |||||||||||||  ||||||| |||||||| ||| || ||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  56074680 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcgttatagaaatgaatagaatgataaaagatgatga 56074766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 160 - 210
Target Start/End: Original strand, 18395816 - 18395866
Alignment:
Q  160 ctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactataattgatta 210  Q
    |||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  18395816 ctaaccaacctattaactatagtttacctatcaactaactatagttgatta 18395866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 243; Significance: 1e-135; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 243; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 1 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 29758329 - 29758063
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29758329 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 29758230  T
Q  100 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29758229 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 29758130  T
Q  200 ataattgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 266  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29758129 atagttgattactaagtctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 29758063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 35 - 121
Target Start/End: Original strand, 8759121 - 8759207
Alignment:
Q  35 actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctata 121  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8759121 actcatgagggagatactcaaagaaactcattgtagaaatgaacagattgataaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctata 8759207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 87 - 255
Target Start/End: Original strand, 20516053 - 20516227
Alignment:
Q  87 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttg----agtaactac-----ctctaactaacttctaaccaagctactaact 177  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||    ||||||||      ||||||||| ||| ||||||||||||||||     
T  20516053 aaaaaataatgaatgagtacaatagtgttcttatatataaaaattagtttgtttgagtaactaaactaactctaactatcttttaaccaagctactaacc 20516152  T
Q  178 ctagtttacttatcaactaactataattgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaa 255  Q
    |||| | |||||   |||||||||| || ||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20516153 ctagctaactta---actaactatagttaattactaactccagtttaattaccttaactaactgcacataacttccaa 20516227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 198 - 264
Target Start/End: Original strand, 8759203 - 8759269
Alignment:
Q  198 ctataattgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 264  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8759203 ctatagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 8759269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 13 - 111
Target Start/End: Original strand, 18612074 - 18612174
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaag-ataatgaatgagtacaata 110  Q
    ||||||| |||||||||||||  ||||||| |||||||||| | |  |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  18612074 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatatttacaaaaactcattatagaaatgaatagattgataaaagtataatgattgagtacaata 18612173  T
Q  111 g 111  Q
    |    
T  18612174 g 18612174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 209 - 259
Target Start/End: Original strand, 31155713 - 31155763
Alignment:
Q  209 tactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactat 259  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31155713 tactaactctagtttaactaccttaactaactccgcataacttccaactat 31155763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 150 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 18739730 - 18739671
Alignment:
Q  150 taactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactataattgatta 210  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  18739730 taactaact-ctaaccagactactaactctagttaacgtatcaactaactataattgatta 18739671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 109
Target Start/End: Original strand, 17149025 - 17149062
Alignment:
Q  72 aatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaat 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  17149025 aatgaatagattgataaaagataatgatagagtacaat 17149062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 44963372 - 44963108
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 99  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  44963372 gtcatagatgtaagtaagatagcaagcataagagtattcatgagggagatactcaaagaaattcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaa 44963273  T
Q  100 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44963272 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattaatttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaact 44963173  T
Q  200 ataattgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 264  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44963172 atagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 44963108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 266
Target Start/End: Original strand, 20046517 - 20046787
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaa-gataatga 98  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  20046517 gtcatagatgtaagcgagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaaagatattga 20046616  T
Q  99 atgagtacaatagtgttcctatatata-gagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaa 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20046617 atgagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaa 20046716  T
Q  198 ctataattgattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 266  Q
    ||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  20046717 ctatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaaca 20046787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 86 - 266
Target Start/End: Original strand, 28124696 - 28124878
Alignment:
Q  86 taaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagttta 185  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28124696 taaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagttta 28124795  T
Q  186 cttatcaactaactataattgattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 266  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  28124796 cttatcaactaactatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaaca 28124878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 86 - 266
Target Start/End: Original strand, 28126523 - 28126705
Alignment:
Q  86 taaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagttta 185  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28126523 taaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagttta 28126622  T
Q  186 cttatcaactaactataattgattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 266  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  28126623 cttatcaactaactatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaaca 28126705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 9e-73
Query Start/End: Original strand, 72 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 4895722 - 4895525
Alignment:
Q  72 aatgaatagattgat-aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagct 170  Q
    |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||    
T  4895722 aatgaatatattgattaaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaaataactctaactaacttctaaccaaact 4895623  T
Q  171 actaactctagtttacttatcaactaactataattgattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 266  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  4895622 actaactctagtttacttatcaactaactatagttgattacaattactctaatctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaaca 4895525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 87 - 210
Target Start/End: Original strand, 37405559 - 37405682
Alignment:
Q  87 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 186  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  37405559 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttat 37405658  T
Q  187 ttatcaactaactataattgatta 210  Q
     ||||||||||||||| |||||||    
T  37405659 ctatcaactaactatagttgatta 37405682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 2 - 111
Target Start/End: Original strand, 28014296 - 28014406
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagaaa-ctcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| |||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||    
T  28014296 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtgctcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgaataat 28014395  T
Q  101 gagtacaatag 111  Q
    |||||||||||    
T  28014396 gagtacaatag 28014406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 178 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 44962314 - 44962228
Alignment:
Q  178 ctagtttacttatcaactaactataattgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 264  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  44962314 ctagtttacttatcaactaactatagttgattactcactcaagtctaactaccttaactaacttcacataacttccaactatgttaa 44962228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 2 - 111
Target Start/End: Original strand, 25471794 - 25471904
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaat 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||  | ||| | |||||||| | | || |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |  |||    
T  25471794 tcatagatgtaagaaagatagcaagcataagattattcacgtgggagatactaatagaaactcattatataaatgaatagattgataaaagatgaataat 25471893  T
Q  101 gagtacaatag 111  Q
    |||||||||||    
T  25471894 gagtacaatag 25471904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 8405715 - 8405628
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataa 88  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||  | ||||| |||||||| ||  || |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8405715 tcatatatgtaagcaaaatagcaagcataagagtattcatgggggagataatcgtagaaactcattgtagaaatgactagattgataa 8405628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 70 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 4880343 - 4880267
Alignment:
Q  70 gaaatgaat-agattgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaacta 145  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| ||||||| ||||||| ||  ||||||||    
T  4880343 gaaatgaattagattgataaaagatgatgaatgagtataatggtgttcatatatatcgagattaattgaagtaacta 4880267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 98 - 160
Target Start/End: Original strand, 36989570 - 36989632
Alignment:
Q  98 aatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttc 160  Q
    ||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||  |||||||    
T  36989570 aatgactacaataatgtttctatatatagagattagtttgaataactaactctacataacttc 36989632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 77 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 4571144 - 4571066
Alignment:
Q  77 atagattgataaaagataatgaa--tgagtacaat-agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaac 153  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  4571144 atagattgataaaagataatgaaaatga-tacaatgagtgttcatatatatagagattagttgaagtaattaactctaac 4571066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 221 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 6322976 - 6322930
Alignment:
Q  221 tctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaacat 267  Q
    |||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  6322976 tctaactaccgtaattaactccatataacttccaactattttaacat 6322930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 50
Target Start/End: Original strand, 28124610 - 28124659
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataaga-aactcatgagggagata 50  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||| ||||||||    
T  28124610 tcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgggagata 28124659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 50
Target Start/End: Original strand, 28126437 - 28126486
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataaga-aactcatgagggagata 50  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||| ||||||||    
T  28126437 tcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgggagata 28126486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 162 - 202
Target Start/End: Original strand, 25471955 - 25471995
Alignment:
Q  162 aaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactata 202  Q
    |||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  25471955 aaccaacctactaactctagttaacctatcaactaactata 25471995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 232 - 264
Target Start/End: Original strand, 36989612 - 36989644
Alignment:
Q  232 taactaactccacataacttccaactatcttaa 264  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  36989612 taactaactctacataacttccaactatcttaa 36989644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 223 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 41966720 - 41966676
Alignment:
Q  223 taactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaacat 267  Q
    ||||||| |||| |||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  41966720 taactactttaattaacacgacataacttccaactatcttaacat 41966676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 22)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Original strand, 19645322 - 19645586
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 99  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19645322 gtcatagatgtaaccaagatagcaagtataagagtactcatgagggagatactcaaagaaattcattgtagaaataaatagattgataaaagataatgaa 19645421  T
Q  100 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 199  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  19645422 tgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctgactaatttctaaccaagctactaactttagtttacttatcaactaact 19645521  T
Q  200 ataattgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  19645522 ataattgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacatatcttctaactatcttaa 19645586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 5377087 - 5376818
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5377087 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatattgaa 5376988  T
Q  100 tgagtacaatagtgttcctatatata-gagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaac 198  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5376987 tgagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaac 5376888  T
Q  199 tataattgattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 266  Q
    |||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||    
T  5376887 tatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacatataacttccaactattttaaca 5376818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 5378942 - 5378681
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5378942 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatattgaa 5378843  T
Q  100 tgagtacaatagtgttcctatatata-gagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaac 198  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5378842 tgagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaac 5378743  T
Q  199 tataattgattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaacta 258  Q
    |||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5378742 tatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaacta 5378681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 266
Target Start/End: Original strand, 1088675 - 1088945
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaa-gtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatga 98  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||  |||||||| ||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  1088675 gtcatagatgtaagcaagatagcaaacataagagtactcatatgggagatactcaaaagaaactcattatagaa-tgaatagattgataaaagatgatga 1088773  T
Q  99 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaac 198  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1088774 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgactaactaactctaactaacttctaacaaagctactaactctaatttacttatcaactaac 1088873  T
Q  199 tataattgattactaactctagtctaactaccttaactaactc----cacataacttccaactatcttaaca 266  Q
    |||| ||||| |||||||||| | ||||||| ||||||||||     |||||||||||||| ||| ||||||    
T  1088874 tatagttgatcactaactctaatttaactactttaactaactaacttcacataacttccaagtattttaaca 1088945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 52 - 264
Target Start/End: Original strand, 15149112 - 15149331
Alignment:
Q  52 tcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaata-----gt--gttcctatatatagagattagtttgagtaact 144  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     ||  ||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  15149112 tcaaagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacagtacaacagtacgttcctatatatagaaattaatttgagtaact 15149211  T
Q  145 acctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactataattgattactaactctagtctaactaccttaactaactccac 244  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  15149212 aactctaactaacttctaaccaagctactgaccctagtttacttatcaactaactatagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccgc 15149311  T
Q  245 ataacttccaactatcttaa 264  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  15149312 ataacttccaactatcttaa 15149331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 87 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 15868514 - 15868391
Alignment:
Q  87 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 186  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15868514 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctattaactctagtttac 15868415  T
Q  187 ttatcaactaactataattgatta 210  Q
     ||||||||||||||| |||||||    
T  15868414 ctatcaactaactatagttgatta 15868391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 87 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 33866221 - 33866098
Alignment:
Q  87 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 186  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33866221 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtctgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 33866122  T
Q  187 ttatcaactaactataattgatta 210  Q
     ||||||||||||||| |||||||    
T  33866121 ctatcaactaactatagttgatta 33866098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 87 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 15866702 - 15866579
Alignment:
Q  87 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 186  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  15866702 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctaaatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctacccaagctattaactctagtttac 15866603  T
Q  187 ttatcaactaactataattgatta 210  Q
     ||||||||||||||| |||||||    
T  15866602 ctatcaactaactatagttgatta 15866579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 87 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 33869368 - 33869245
Alignment:
Q  87 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 186  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33869368 aaaagatagtgaatgcgtacaatagtgttcctatatatagagattagtttaagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 33869269  T
Q  187 ttatcaactaactataattgatta 210  Q
     ||||||||||||||| |||||||    
T  33869268 ctatcaactaactatagttgatta 33869245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 101 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 9415176 - 9415095
Alignment:
Q  101 gagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagt 182  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9415176 gagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttcactaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagt 9415095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 196 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 9415032 - 9414962
Alignment:
Q  196 aactataattgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 266  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  9415032 aactatagttgatcactaactctagtctaactaccttaactaactccgcataacttccaactattttaaca 9414962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 82 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 14611210 - 14611083
Alignment:
Q  82 ttgataaaagataatgaa-tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactcta 180  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||| |||||| |||||  |||| |||||||||||||||    
T  14611210 ttgataaaagataatgaaatga-tacacgagtgttcctatatatagagtttagtt-gtgtaactaactctaaataactcttaacgaagctactaactcta 14611113  T
Q  181 gtttacttatcaactaactataattgatta 210  Q
     ||||| ||||||||||| ||| |||||||    
T  14611112 atttacctatcaactaaccatagttgatta 14611083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 209 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 9415107 - 9415050
Alignment:
Q  209 tactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 266  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9415107 tactaactctagtctaacttccttaactaactccacataacttccaactattttaaca 9415050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 139 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 32079980 - 32079909
Alignment:
Q  139 gtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactataattgatta 210  Q
    ||||||| ||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  32079980 gtaactaactctaactaactcttaaccaagcttctaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 32079909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 83 - 202
Target Start/End: Original strand, 28884359 - 28884479
Alignment:
Q  83 tgataaaagataatgaatgagtacaat-agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctag 181  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||| |||||| ||  ||||||   ||||||| ||||   ||| ||||| ||||||||||    
T  28884359 tgataaaagataatgaatgagtacaatgattgttcctttatatacagattaattgaagtaaccgactctaaccaactataaacaaagcttctaactctag 28884458  T
Q  182 tttacttatcaactaactata 202  Q
    || || |||||||||||||||    
T  28884459 ttaacctatcaactaactata 28884479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 8915676 - 8915570
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataaga-aactcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaat 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| || || ||||| ||| || |||| ||| |||||||||||||||| |||||||||  | |||    
T  8915676 tcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcgtgtggaagatactcatagaaacttattatagaaatgaatagattaataaaagatgctaaat 8915577  T
Q  101 gagtaca 107  Q
    |||||||    
T  8915576 gagtaca 8915570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 107
Target Start/End: Original strand, 20985831 - 20985937
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaat 100  Q
    |||||||||||| |||| | ||||||||||||  ||||||| || ||||| | | |  || ||||| |||||||||||||||||||||||||||   |||    
T  20985831 tcatagatgtaatcaagtttgcaagcataagagtactcatgtggtagatacttataaaaattcattatagaaatgaatagattgataaaagatagcaaat 20985930  T
Q  101 gagtaca 107  Q
    |||||||    
T  20985931 gagtaca 20985937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 82 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 14619050 - 14618975
Alignment:
Q  82 ttgataaaagataatgaa-tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaact 158  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||    
T  14619050 ttgataaaagataatgaaatga-tacatgagtgttcctatatatagagtttag-ttgtgtaactaactctaactaact 14618975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 150 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 14620570 - 14620510
Alignment:
Q  150 taactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactataattgatta 210  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  ||| |||||||    
T  14620570 taactaactcttaaccaagctactaactgtagtttacctatcaactaatcatagttgatta 14620510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 226 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 30376265 - 30376225
Alignment:
Q  226 ctaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 266  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30376265 ctacgttaactaactccacataacttccaactattttaaca 30376225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 11 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 24544818 - 24544757
Alignment:
Q  11 taagcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtaga 71  Q
    ||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||| ||| || ||||||| |||||    
T  24544818 taagcaagaaagcaagcataagagtactcatgagggagatactcatagaaactcatagtaga 24544757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 2 - 30
Target Start/End: Complemental strand, 31528985 - 31528957
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcata 30  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31528985 tcatagatgtaagcaagatagcaagcata 31528957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 196; Significance: 1e-107; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 267
Target Start/End: Original strand, 17402804 - 17403074
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17402804 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatattgaa 17402903  T
Q  100 tgagtacaatagtgttcctatatata-gagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaac 198  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17402904 tgagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaac 17403003  T
Q  199 tataattgattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaacat 267  Q
    |||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  17403004 tatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaacat 17403074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 1140210 - 1139958
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1140210 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaa 1140111  T
Q  100 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||    
T  1140110 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaacc------------ctagtttacttatcaactaact 1140023  T
Q  200 ataattgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 264  Q
    ||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1140022 atagttgattactaactcaagtccaactaccttaactaactccatataacttccaactatcttaa 1139958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 8e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 6789829 - 6789563
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaa-gatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatga 98  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| |||||||| ||| || |||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||    
T  6789829 gtcatagatgtaagcaaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaa-tgaatagattgaaaaaagatagtga 6789731  T
Q  99 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaac 198  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  6789730 atgagtacaatagtattcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagttcacttatccactaac 6789631  T
Q  199 tataattgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 266  Q
    ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||    
T  6789630 tatacatgattaccaactctagtctaactaccttaactaactacacattacttccaactattttaaca 6789563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 77 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 20302760 - 20302639
Alignment:
Q  77 atagattgataaaagataatg--aatgagtacaat-agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctact 173  Q
    ||||||| |||||||||||||  |||| |||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| | || ||||| |||| ||||||| |||||    
T  20302760 atagatttataaaagataatggaaatg-gtacgatgagtgttcttatatatagagattagtttgaataaccaactataacttactt-taaccaatctact 20302663  T
Q  174 aactctagtttacttatcaactaa 197  Q
    || ||||||| || | ||||||||    
T  20302662 aagtctagttaacctttcaactaa 20302639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 118 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 20327259 - 20327181
Alignment:
Q  118 tatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaa 197  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| | || ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| || | ||||||||    
T  20327259 tatatagagagattagtttgagtaaccaactataacttactt-taaccaagctactaagtctagttaacctttcaactaa 20327181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 110 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 41874497 - 41874441
Alignment:
Q  110 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaa 167  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||  |||||||    
T  41874497 agtgttcctatatatagagtttag-ttgtgtaactaactctaactaactcttaaccaa 41874441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 17449519 - 17449260
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||||| ||| || | ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  17449519 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcaaaagagtactcatgtgggagatactcatagaatctcattgtagacatgaatagattga-aaaagataatgaa 17449421  T
Q  100 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  17449420 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaacgaagctactaaccctagtttacttatcaactaact 17449321  T
Q  200 ataattgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatc 260  Q
    ||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17449320 atagttgattactaactcaagtccaactaccttaactaactccatataacttccaactatc 17449260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 86 - 266
Target Start/End: Original strand, 16808687 - 16808869
Alignment:
Q  86 taaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagttta 185  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16808687 taaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcatatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagttta 16808786  T
Q  186 cttatcaactaactataattgattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 266  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  16808787 cttatcaactaactatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaaca 16808869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 87 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 9312151 - 9312028
Alignment:
Q  87 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 186  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9312151 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 9312052  T
Q  187 ttatcaactaactataattgatta 210  Q
     ||||||||||||||| |||||||    
T  9312051 ctatcaactaactatagttgatta 9312028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 87 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 3282923 - 3282800
Alignment:
Q  87 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 186  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3282923 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 3282824  T
Q  187 ttatcaactaactataattgatta 210  Q
     ||||||||||||||| |||||||    
T  3282823 ctatcaactaactatagttgatta 3282800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 87 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 3284624 - 3284501
Alignment:
Q  87 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 186  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3284624 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 3284525  T
Q  187 ttatcaactaactataattgatta 210  Q
     ||||||||||||||| |||||||    
T  3284524 ctatcaactaactatagttgatta 3284501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 87 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 9310534 - 9310411
Alignment:
Q  87 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 186  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9310534 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagatattaatttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 9310435  T
Q  187 ttatcaactaactataattgatta 210  Q
    |||||||||||||||| |||||||    
T  9310434 ttatcaactaactatagttgatta 9310411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 159 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 48940726 - 48940616
Alignment:
Q  159 tctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactataattgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaacta 258  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48940726 tctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaactatagttgattactaactcttgtctaactaccttaactaactccacataacttccaacta 48940627  T
Q  259 tcttaacatat 269  Q
    | |||||||||    
T  48940626 ttttaacatat 48940616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 118 - 210
Target Start/End: Original strand, 37664695 - 37664787
Alignment:
Q  118 tatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactataattgatta 210  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  37664695 tatatatagagattagtttgaataactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 37664787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 118 - 210
Target Start/End: Original strand, 37674417 - 37674509
Alignment:
Q  118 tatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactataattgatta 210  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  37674417 tatatatagagattagtttgaataactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 37674509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 118 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 37702277 - 37702185
Alignment:
Q  118 tatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactataattgatta 210  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  37702277 tatatatagagattagtttgaataactaactctaactaatttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 37702185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 4 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 48941810 - 48941646
Alignment:
Q  4 atagatgtaagcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgta--gaaatgaatagatt-gat-aaaagataatga 98  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||  | ||||| | |||||| ||| |  |||||||| ||  |||||||||||||| ||| |||||||| |||    
T  48941810 atagatgtaagcaagagagcaagtataagagtattcatgtgagagatactcatataaactcattatatagaaatgaatagatttgattaaaagatactga 48941711  T
Q  99 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaa 163  Q
    |||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  48941710 atgagtacaatagtgtttatatgtatagagattagtttgagtaaccaactctaactaacttctaa 48941646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 110 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 902175 - 902084
Alignment:
Q  110 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactata 202  Q
    |||||||||||||| |||| ||| || | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  902175 agtgttcctatatagagagtttaatt-gtgtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactata 902084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 150 - 210
Target Start/End: Original strand, 5924946 - 5925006
Alignment:
Q  150 taactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactataattgatta 210  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  5924946 taactaacttctaaccaaactactaactctaatttacctatcaactaactatagttgatta 5925006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 44 - 128
Target Start/End: Original strand, 5924852 - 5924935
Alignment:
Q  44 ggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagag 128  Q
    ||||||| ||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||  | ||||  ||||||| |||||||||||    
T  5924852 ggagatactcatagaaactcattatagaa-tgaatagattgataaaagatgatgaaataatacacgagtgttcttatatatagag 5924935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 227 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 51020609 - 51020570
Alignment:
Q  227 taccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 266  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  51020609 taccttaaccaactccacataacttccaactattttaaca 51020570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057 (Bit Score: 131; Significance: 5e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0057
Description:

Target: scaffold0057; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 13 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 58982 - 58785
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagaa-actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaatag 111  Q
    ||||||| |||||||||||||  ||||||| |||||||| ||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  58982 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaa-tgaatagattgataaaagatgatgaatgagtacaatag 58884  T
Q  112 tgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactataattgatta 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| |||||||    
T  58883 tgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctactaactaactatagttgatta 58785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0251 (Bit Score: 104; Significance: 7e-52; HSPs: 1)
Name: scaffold0251
Description:

Target: scaffold0251; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 87 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 6348 - 6225
Alignment:
Q  87 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 186  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6348 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 6249  T
Q  187 ttatcaactaactataattgatta 210  Q
     |||||| |||||||| |||||||    
T  6248 ctatcaattaactatagttgatta 6225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 87 - 210
Target Start/End: Original strand, 39787168 - 39787291
Alignment:
Q  87 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 186  Q
    |||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39787168 aaaagacagtgaatgagtaaaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 39787267  T
Q  187 ttatcaactaactataattgatta 210  Q
     ||||||||||||||| |||||||    
T  39787268 ctatcaactaactatagttgatta 39787291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 36 - 210
Target Start/End: Original strand, 25076173 - 25076348
Alignment:
Q  36 ctcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaatag-tgttcctatatatagagattagt 134  Q
    |||||||| |||||||||| || |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||    
T  25076173 ctcatgagagagatattcatagaaactcattatagaaatgaatatattgataaaagatgatgaaagagtacaattgttgttcctatatctagagattagt 25076272  T
Q  135 ttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactataattgatta 210  Q
    | || | |||  ||||||||||||   |||   ||| |||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||||    
T  25076273 tggaatgacttactctaactaactctaaacttggcttctaattctagttaacctatcaactaactatagttgatta 25076348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 36 - 210
Target Start/End: Original strand, 25134142 - 25134317
Alignment:
Q  36 ctcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaatag-tgttcctatatatagagattagt 134  Q
    |||||||| |||||||||| || |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||    
T  25134142 ctcatgagagagatattcatagaaactcattatagaaatgaatatattgataaaagatgatgaaagagtacaattgttgttcctatatctagagattagt 25134241  T
Q  135 ttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactataattgatta 210  Q
    | || | |||  ||||||||||||   |||   ||| |||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||||    
T  25134242 tggaatgacttactctaactaactctaaacttggcttctaattctagttaacctatcaactaactatagttgatta 25134317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 110 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 6569932 - 6569888
Alignment:
Q  110 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaact 154  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||    
T  6569932 agtgttcctatatatagagattagttggactaactaactctaact 6569888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 97; Significance: 1e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 35 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 39318 - 39144
Alignment:
Q  35 actcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa-tgagtacaatagtgttcctatatatagagattag 133  Q
    ||||||| |||||||| ||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||| ||||    
T  39318 actcatgtgggagatactcataaaaactcattatagaaatgaatagattgataaaagatgatgaaatga-tacatgagtgttcctatatatagagtttag 39220  T
Q  134 tttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactataattgatta 210  Q
    || | ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  39219 tt-gtgtaactaactttaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttgatta 39144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0189 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0189
Description:

Target: scaffold0189; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 19153 - 19063
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataaga-aactcatgagggagatattcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaaga 92  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||  ||||||| |||||||  ||| || |||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  19153 tcatagatgtaagcaagatagaaagcataggagtactcatgtgggagatgctcatagaaactcattatag-aatgaatagattgataaaaga 19063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University