View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11220_low_1 (Length: 735)

Name: NF11220_low_1
Description: NF11220
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11220_low_1
NF11220_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (19-725)||(39150459-39151154)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 588; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 588; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 725
Target Start/End: Original strand, 39150459 - 39151154
Alignment:
Q  19 ttgacataggccaaattcaatctgcaagggtaagtgaatatgtagtagaataattttctctatctctttttcatctattaatattatttttcgattggtt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39150459 ttgacataggccaaattcaatctgcaagggtaagtgaatatgtagtagaataattttctctatctctttttcatctattaatattatttttcgattggtt 39150558  T
Q  119 cttctaacaatggtatgttgatgtggatttattcacagaatttagcaatatatatattgaacacaaagaccttcgaagaagcttccagaattttcaccga 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39150559 cttctaacaatggtatgttgatgtggatttattcacagaatttagcaatatacatattgaacacaaagaccttcgaagaagcttccagaattttcaccga 39150658  T
Q  219 ggtagttatatatttactatgttttcacctcctgttcgaaatttggagattaatcttgttgggataggtctaaaacaaaaagaaataccacaagnnnnnn 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  39150659 ggtagttatatatttactatgttttcacctcttgttcgaaatttggagattaatcttgttgggataggtctaaaacaaaaagaaataccacaagtttttt 39150758  T
Q  319 nnnaaggcaatagcaaaatatatttatgtatataagcctgtaataatgtgattgtgagtacgaaaatttaattaactgtgacacccataataatatttga 418  Q
       ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39150759 tttaaggcaatagcaaaatatatttatgtatatatgcctgtaataatgtgattgtgtgtacgaaaatttaattaactgtgacaccaataataatatttga 39150858  T
Q  419 tcaaatggtagggattgcagccagtggtgagtgctgcttctagcatgggatccggtaacatggatttgggtgaagaattggagctaatcccccaagaagc 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  39150859 tcaaatggtagggattgcagccagtggtgagtgctgcttctagcatgggatccggtaacatggatttgggtgaagaattggagctaatccccca------ 39150952  T
Q  519 atcactagaagcattcagggacatagcatctgcacctttctagctatactcaaattgaatatacatgctcactcaacaagtgttcatgatcttttgaact 618  Q
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39150953 ------agaagcattcagggacatagcatctgcacctttctagctatactcaaattgaatatacatgctcactcaacaagtgttcatgatcttttgaact 39151046  T
Q  619 tagttgtagcttgtac----atatatatatagtatgccatatgataccatacgggatgaaattttgggtttccaacaattattttttatcattatctctt 714  Q
    ||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||    
T  39151047 tagttgtagcttgtacatatatatatatatagtatgccatatgataccatacgggatgaaattttgggtttccaacaattattatttatc---atctctt 39151143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University