View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11220_low_7 (Length: 444)

Name: NF11220_low_7
Description: NF11220
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11220_low_7
NF11220_low_7
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (5-427)||(11785396-11785818)
chr4 (5-427)||(11788983-11789405)
chr4 (5-427)||(11801150-11801572)
chr4 (8-427)||(11699158-11699577)
chr4 (9-427)||(11677974-11678392)
chr4 (9-427)||(11686253-11686671)
chr4 (9-427)||(11708612-11709030)
[»] scaffold0294 (1 HSPs)
scaffold0294 (9-427)||(20402-20820)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 399; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 427
Target Start/End: Original strand, 11785396 - 11785818
Alignment:
Q  5 ttgattccaatttgggcttcaactttggtttatggtattatctttgctcaaatatttacattcttcactaagcaagggagttctatggagagaacaatat 104  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11785396 ttgattccaatttgggcttcgactttagtttatggtattatctttgctcaaatatttacattcttcaccaagcaagggagttctatggagagaacaatat 11785495  T
Q  105 ttcctggtttcaacatacctcccgcttctcttggaatgataggcggtgttgcaattgttctcttcagccctatctacgaccgtttattcgtgccactagc 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11785496 ttcctggtttcaacatacctcccgcttctcttggaatgataggcggtgttgcaattgttctcttcagccctatctacgaccgtttattcgtgccactagc 11785595  T
Q  205 aaggaatataactggaaaaccctcaggtatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttctatctatattcacagtagtggttgcagcctttgtt 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11785596 aaggaatataactggaaaaccctcaggtatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttctatctatattcacagtagtggttgcagcctttgtt 11785695  T
Q  305 gagatgaaaagactgaaggtagcacaagagcatggtcttgttgatgatcctaatgcaactgttccaatgagtatatggtggttggttcctcaatactttt 404  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11785696 gagatgaaaagactaaagatagcacaagagcatggtcttgttgatgatccaaatgcaactgttccaatgagtatatggtggttggttcctcaatactttt 11785795  T
Q  405 tgtttggagtatctgaggttttt 427  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  11785796 tgtttggagtatctgaggttttt 11785818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 5 - 427
Target Start/End: Original strand, 11788983 - 11789405
Alignment:
Q  5 ttgattccaatttgggcttcaactttggtttatggtattatctttgctcaaatatttacattcttcactaagcaagggagttctatggagagaacaatat 104  Q
    |||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||    
T  11788983 ttgattccaatttgggctacatctttagtttatggtattatctttgctcaaatatttacattcttcaccaaacaagggagttctttggagagaacaatat 11789082  T
Q  105 ttcctggtttcaacatacctcccgcttctcttggaatgataggcggtgttgcaattgttctcttcagccctatctacgaccgtttattcgtgccactagc 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11789083 ttcctggtttcaacatacctcccgcttctcttggatcaataggtggtgttgctattgttctcttcactcctatctacgaccgtttattcgtgccactagc 11789182  T
Q  205 aaggaatataactggaaaaccctcaggtatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttctatctatattcacagtagtggttgcagcctttgtt 304  Q
    |||   ||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  11789183 aagagttataactggaaagtcctcaggtattacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttctatctatattcacagtagtacttgcagcctttgtt 11789282  T
Q  305 gagatgaaaagactgaaggtagcacaagagcatggtcttgttgatgatcctaatgcaactgttccaatgagtatatggtggttggttcctcaatactttt 404  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11789283 gagatgaaaagactaaagatagcacaagagcatggtcttgttgatgatccaaacgcaattgttccaatgagtatatggtggttggttcctcaatactttt 11789382  T
Q  405 tgtttggagtatctgaggttttt 427  Q
    |||||||||| || |||||||||    
T  11789383 tgtttggagtttcagaggttttt 11789405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 5 - 427
Target Start/End: Original strand, 11801150 - 11801572
Alignment:
Q  5 ttgattccaatttgggcttcaactttggtttatggtattatctttgctcaaatatttacattcttcactaagcaagggagttctatggagagaacaatat 104  Q
    |||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||    
T  11801150 ttgattccaatttgggctacatctttagtttatggtattatctttgctcaaatatttacattcttcaccaaacaagggagttctttggagagaacaatat 11801249  T
Q  105 ttcctggtttcaacatacctcccgcttctcttggaatgataggcggtgttgcaattgttctcttcagccctatctacgaccgtttattcgtgccactagc 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11801250 ttcctggtttcaacatacctcccgcttctcttggatcaataggtggtgttgctattgttctcttcactcctatctacgaccgtttattcgtgccactagc 11801349  T
Q  205 aaggaatataactggaaaaccctcaggtatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttctatctatattcacagtagtggttgcagcctttgtt 304  Q
    |||   ||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  11801350 aagagttataactggaaagtcctcaggtattacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttctatctatattcacagtagtacttgcagcctttgtt 11801449  T
Q  305 gagatgaaaagactgaaggtagcacaagagcatggtcttgttgatgatcctaatgcaactgttccaatgagtatatggtggttggttcctcaatactttt 404  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11801450 gagatgaaaagactaaagatagcacaagagcatggtcttgttgatgatccaaacgcaattgttccaatgagtatatggtggttggttcctcaatactttt 11801549  T
Q  405 tgtttggagtatctgaggttttt 427  Q
    |||||||||| || |||||||||    
T  11801550 tgtttggagtttcagaggttttt 11801572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 8 - 427
Target Start/End: Original strand, 11699158 - 11699577
Alignment:
Q  8 attccaatttgggcttcaactttggtttatggtattatctttgctcaaatatttacattcttcactaagcaagggagttctatggagagaacaatatttc 107  Q
    ||||||||||||||  ||||||| |||||||| ||| ||||||||||| | ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11699158 attccaatttgggcgacaactttagtttatggcattgtctttgctcaagtttttactttcttcaccaagcaagggagttcaatggagagaacaatatttc 11699257  T
Q  108 ctggtttcaacatacctcccgcttctcttggaatgataggcggtgttgcaattgttctcttcagccctatctacgaccgtttattcgtgccactagcaag 207  Q
    |||| ||| |||||||||| |||||||||  || ||||  |||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||  |||| ||||||||||||||    
T  11699258 ctggcttcgacatacctcctgcttctcttcaaacgataaacggtgttgcaattgttgtcttcagcgcaatctacgaccgcatatttgtgccactagcaag 11699357  T
Q  208 gaatataactggaaaaccctcaggtatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttctatctatattcacagtagtggttgcagcctttgttgag 307  Q
       |||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  11699358 agctataaccggtaaaacctcaggtatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttctatctatattcacagtagtacttgcagcctttgttgag 11699457  T
Q  308 atgaaaagactgaaggtagcacaagagcatggtcttgttgatgatcctaatgcaactgttccaatgagtatatggtggttggttcctcaatactttttgt 407  Q
    |  |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||  ||||||    
T  11699458 aataaaagactaaaagtagcacaagagcatggtcttgttgatgatcctaatgcaactgttccaatgagtatagggtggttgattcctcagtatgttttgt 11699557  T
Q  408 ttggagtatctgaggttttt 427  Q
    |||| || ||||||||||||    
T  11699558 ttggtgtttctgaggttttt 11699577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 9 - 427
Target Start/End: Original strand, 11677974 - 11678392
Alignment:
Q  9 ttccaatttgggcttcaactttggtttatggtattatctttgctcaaatatttacattcttcactaagcaagggagttctatggagagaacaatatttcc 108  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11677974 ttccaatttgggctacaactttggtttatggtattatctttgctcaagtttttacattctttaccaagcaagggagttctatgcagagaacaatatttcc 11678073  T
Q  109 tggtttcaacatacctcccgcttctcttggaatgataggcggtgttgcaattgttctcttcagccctatctacgaccgtttattcgtgccactagcaagg 208  Q
    ||| ||  |||||||||||||||| |||  |  |||   |||  |||||||| ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||     
T  11678074 tggatttgacatacctcccgcttcgcttcaatcgattaacgggcttgcaattcttctcttcagccctatctatgaccgcatattcgtgccgctagcaaga 11678173  T
Q  209 aatataactggaaaaccctcaggtatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttctatctatattcacagtagtggttgcagcctttgttgaga 308  Q
      ||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||    ||||||||||||||||||    
T  11678174 gctatcaccggaaaaccctctggcatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttatatcgataatcacggtaacatttgcagcctttgttgaga 11678273  T
Q  309 tgaaaagactgaaggtagcacaagagcatggtcttgttgatgatcctaatgcaactgttccaatgagtatatggtggttggttcctcaatactttttgtt 408  Q
    |||||||||| ||  ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11678274 tgaaaagactaaaaatagcacaagaatatggtattgttgatgatcctaatgcaactgtaccaatgagtatatggtggttggttcctcaatactttttgtt 11678373  T
Q  409 tggagtatctgaggttttt 427  Q
    |||||| || |||||||||    
T  11678374 tggagtttcagaggttttt 11678392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 9 - 427
Target Start/End: Original strand, 11686253 - 11686671
Alignment:
Q  9 ttccaatttgggcttcaactttggtttatggtattatctttgctcaaatatttacattcttcactaagcaagggagttctatggagagaacaatatttcc 108  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11686253 ttccaatttgggctacaactttggtttatggtattatctttgctcaagtttttacattctttaccaagcaagggagttctatgcagagaacaatatttcc 11686352  T
Q  109 tggtttcaacatacctcccgcttctcttggaatgataggcggtgttgcaattgttctcttcagccctatctacgaccgtttattcgtgccactagcaagg 208  Q
    ||| ||  |||||||||||||||| |||  |  |||   |||  |||||||| ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||     
T  11686353 tggatttgacatacctcccgcttcgcttcaatcgattaacgggcttgcaattcttctcttcagccctatctatgaccgcatattcgtgccgctagcaaga 11686452  T
Q  209 aatataactggaaaaccctcaggtatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttctatctatattcacagtagtggttgcagcctttgttgaga 308  Q
      ||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||    ||||||||||||||||||    
T  11686453 gctatcaccggaaaaccctctggcatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttatatcgataatcacggtaacatttgcagcctttgttgaga 11686552  T
Q  309 tgaaaagactgaaggtagcacaagagcatggtcttgttgatgatcctaatgcaactgttccaatgagtatatggtggttggttcctcaatactttttgtt 408  Q
    |||||||||| ||  ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11686553 tgaaaagactaaaaatagcacaagaatatggtattgttgatgatcctaatgcaactgtaccaatgagtatatggtggttggttcctcaatactttttgtt 11686652  T
Q  409 tggagtatctgaggttttt 427  Q
    |||||| || |||||||||    
T  11686653 tggagtttcagaggttttt 11686671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 9 - 427
Target Start/End: Original strand, 11708612 - 11709030
Alignment:
Q  9 ttccaatttgggcttcaactttggtttatggtattatctttgctcaaatatttacattcttcactaagcaagggagttctatggagagaacaatatttcc 108  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  11708612 ttccaatttggacttcaactttggtttatggtattgtctttgctcaagtttttacattcttcaccaagcaagggacttcaatggagagaacaatatttcc 11708711  T
Q  109 tggtttcaacatacctcccgcttctcttggaatgataggcggtgttgcaattgttctcttcagccctatctacgaccgtttattcgtgccactagcaagg 208  Q
    ||| ||  ||||||||||| |||| |||  ||  |||    |  ||||||||||||||||| |||||||||| || |   |||||||||||||||||||     
T  11708712 tggatttgacatacctccctcttcgcttcaaacaataaaatggcttgcaattgttctcttctgccctatctatgagcacatattcgtgccactagcaaga 11708811  T
Q  209 aatataactggaaaaccctcaggtatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttctatctatattcacagtagtggttgcagcctttgttgaga 308  Q
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||  |||||  ||||||||||||||||||    
T  11708812 gttataactggaaagccctcaggtatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttatatcaatattcatggtagtatttgcagcctttgttgaga 11708911  T
Q  309 tgaaaagactgaaggtagcacaagagcatggtcttgttgatgatcctaatgcaactgttccaatgagtatatggtggttggttcctcaatactttttgtt 408  Q
      |||||| | ||  |||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11708912 ctaaaagattaaaaatagcacaaaaatatggtcttgttgatgatcctaatgcaactgtaccaatgagtatatggtggttggttcctcaatactttttgtt 11709011  T
Q  409 tggagtatctgaggttttt 427  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  11709012 tggagtttctgaggttttt 11709030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0294 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 1)
Name: scaffold0294
Description:

Target: scaffold0294; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 9 - 427
Target Start/End: Original strand, 20402 - 20820
Alignment:
Q  9 ttccaatttgggcttcaactttggtttatggtattatctttgctcaaatatttacattcttcactaagcaagggagttctatggagagaacaatatttcc 108  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20402 ttccaatttgggctacaactttggtttatggtattatctttgctcaagtttttacattcttcaccaagcaagggagttctatgcagagaacaatatttcc 20501  T
Q  109 tggtttcaacatacctcccgcttctcttggaatgataggcggtgttgcaattgttctcttcagccctatctacgaccgtttattcgtgccactagcaagg 208  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||  || ||||  |  |||  | || ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||     
T  20502 tggtttcgacatacctccggcttctcttcaaacgataaccaatgtctccatagttctcttcagccctatctacgaccgtatatttgtgccactagcaaga 20601  T
Q  209 aatataactggaaaaccctcaggtatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttctatctatattcacagtagtggttgcagcctttgttgaga 308  Q
    | ||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||| ||  ||||||||||||||||||    
T  20602 agtatcactggaaaaccctcaggcatcacattgcttcaaagaattggcactggaattttcatatcaatatttacagtggtatttgcagcctttgttgaga 20701  T
Q  309 tgaaaagactgaaggtagcacaagagcatggtcttgttgatgatcctaatgcaactgttccaatgagtatatggtggttggttcctcaatactttttgtt 408  Q
    | |||||||| ||| |||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20702 ttaaaagactaaagatagcacaagagcatagtcttgatgatgatccaaatgcaactgtaccaatgagtatatggtggttgattcctcaatactttttgtt 20801  T
Q  409 tggagtatctgaggttttt 427  Q
    ||| || || |||||||||    
T  20802 tggtgtttcagaggttttt 20820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University